Centre de Documentation Campus Montignies
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Lundi : 8h-18h30
Mardi : 8h-18h30
Mercredi 9h-16h30
Jeudi : 8h-18h30
Vendredi : 8h-16h30
Attention, votre centre de documentation sera fermé du 27/04 au 12/05 inclus.
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TFE Agro-industries et biotechnologies
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Screening et caractérisation de virus de Fusarium spp. / Bryan Stiens
Titre : Screening et caractérisation de virus de Fusarium spp. Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Bryan Stiens, Auteur ; Jonathan Scauflaire, Directeur de publication, rédacteur en chef Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Agronomie Année de publication : 2019 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : Agronomie AIBT UCLouvain Faculté des bioingénieurs Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : De nombreuses espèces du genre Fusarium spp. sont pathogènes de plantes. Celles-ci peuvent mener à des ravages importants dans les cultures et par conséquent à de lourdes pertes économiques. Ces champignons sont omniprésents dans l’environnement par l’intermédiaire de spores : les micro- et macroconidies et les chlamydospores. Ces spores vont être propagées par divers moyen, vont pouvoir germer et ensuite inoculer d’autres plantes. Il a été découvert dans les souches de Fusarium présentes dans la collection du laboratoire FYMY la présence de mycovirus. Ces derniers parasitent les champignons afin de pouvoir répliquer leur matériel génétique. Ces mycovirus en question sont, en fait, des virus à ARN double brin. Ils représentent un potentiel de biocontrôle pour les champignons phytopathogènes qu’ils infectent. En effet, certains possèdent une capacité d’hypovirulence, c’est-à-dire de virulence réduite de leur hôte, qui peut être utilisée pour diminuer l’impact des champignons.
L’objectif de ce stage est multiple. D’abord, il a été question d’arriver à séquencer les
extrémités d’un virus de F. culmorum dont une partie du génome avait déjà été séquencée
précédemment. En parallèle, il a fallu caractériser biologiquement un virus de F. redolens,
c’est-à-dire, savoir comment celui-ci se comporte une fois inséré dans son hôte fongique. Et
enfin, nous avons cherché la présence de mycovirus dans d’autres souches de la collection du
laboratoire FYMY.
En ce qui concerne les extrémités du virus de F. culmorum, il a pu être montré après une suite
d’essais et de manipulations (RT-PCR, PCR, ligation à la T4 RNA Ligase, clonage, restriction
et séquençage) que l’extrémité 5’ de son génome était très proche d’autres virus du même
genre.
Ensuite, il a été constaté qu’il y avait uniquement une différence de phénotype entre les
souches de F. redolens infectées par le virus et celles non infectées. Aucune différence en
terme de vitesse de croissance n’a pu être mise en évidence.
Finalement, aucun virus de champignons n’a été trouvé dans les autres souches de Fusarium
de la collection du laboratoire FYMY ayant été testées.Note de contenu : Table des matières
Table des tableaux ........................................................... 6
Table des Figures ............................................................. 7
Présentation du laboratoire ............................................ 9
tIntroduction générale ................................................... 10
1) Le genre Fusarium .............................................................................................. 12
A. Introduction .................................................................................................... 12
B. Classification ................................................................................................... 13
a) Cycle de vie ................................................................................................ 14
b) Reproduction sexuée et asexuée ................................................................. 15
C. Symptômes ..................................................................................................... 16
D. Point de vue économique ............................................................................... 17
E. Moyens de lutte ............................................................................................. 17
a) Lutte chimique ............................................................................................ 17
b) Lutte biologique ......................................................................................... 17
2) Virus en général .................................................................................................. 18
a) Classification en fonction du génome ......................................................... 18
b) Capside ....................................................................................................... 19
c) Cycle viral .................................................................................................. 19
3) Virus de champignon .......................................................................................... 20
a) Familles et genres ....................................................................................... 20
a) Impact sur les champignons ....................................................................... 21
b) Transmission .............................................................................................. 22
c) Exemple d’utilisation : Cryphonectria parasitica ...................................... 22
Objectif ............................................................................ 24
Matériel et méthodes ...................................................... 25
1) Matériel .............................................................................................................. 25
A. Analyse bio-informatique ............................................................................... 25
B. Milieux utilisés ................................................................................................ 25
2) Matériel biologique ............................................................................................ 26
A. Fusarium spp. ................................................................................................. 26
B. E. coli .............................................................................................................. 27
3) Méthodes ........................................................................................................... 28
A. Extraction d’ADN par la méthode au CTAB .................................................... 28
B. Extraction d’ARN simple brin (ARNsb) par la méthode au Trizol .................... 28
C. Extraction de l’ARN double brin (ARNdb) ....................................................... 29
D. Electrophorèse sur gel d’agarose ................................................................... 29
E. Transformation bactérienne .......................................................................... 29
F. Reverse-Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) ........................ 31
G. Polymerase Chain Reaction (PCR) .................................................................. 31
H. Culture de Fusarium ....................................................................................... 31
I. Séquençage .................................................................................................... 32
J. Isolement de conidies .................................................................................... 32
5
K. Ligation T4 RNA ligase .................................................................................... 33
L. Purification à la RNase et à la DNase .............................................................. 33
M. Purification de l’ADN sur colonne .............................................................. 33
N. Purification sur gel .......................................................................................... 34
O. Extraction de plasmides ................................................................................. 34
Résultats et discussions .................................................. 35
1) Séquençage EF1⍺ de Fusarium redolens A63-1 .................................................. 35
2) Séquençage des extrémités du virus de Fusarium culmorum A104-1 ................ 37
3) Transmission verticale du virus de Fusarium redolens A63-1 ............................ 46
4) Comparaison de différentes souches de Fusarium culmorum A104-1 ............... 51
5) Screening autres souches de Fusarium .............................................................. 52
Conclusion générale ....................................................... 53
Bibliographie .................................................................. 54
ANNEXES ........................................................................ I
Annexe A : Machines utilisées ....................................................................................... I
Annexe B : Composition des milieu utilisés ................................................................ IV
Annexe C : Protocoles utilisés ..................................................................................... V
Annexe D : Amorces utilisées ...................................................................................... XI
Annexe E : Résultats du séquençage des 8 produits de restrictions .......................... XII
Annexe F : Croissance de différentes souches de Fusarium A63-1 ......................... XIV
Annexe G : Cycle PCR Utilisés .................................................................................... XVPermalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=79730 Screening et caractérisation de virus de Fusarium spp. [TFE / Mémoire] / Bryan Stiens, Auteur ; Jonathan Scauflaire, Directeur de publication, rédacteur en chef . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Agronomie, 2019.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Agronomie AIBT UCLouvain Faculté des bioingénieurs Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : De nombreuses espèces du genre Fusarium spp. sont pathogènes de plantes. Celles-ci peuvent mener à des ravages importants dans les cultures et par conséquent à de lourdes pertes économiques. Ces champignons sont omniprésents dans l’environnement par l’intermédiaire de spores : les micro- et macroconidies et les chlamydospores. Ces spores vont être propagées par divers moyen, vont pouvoir germer et ensuite inoculer d’autres plantes. Il a été découvert dans les souches de Fusarium présentes dans la collection du laboratoire FYMY la présence de mycovirus. Ces derniers parasitent les champignons afin de pouvoir répliquer leur matériel génétique. Ces mycovirus en question sont, en fait, des virus à ARN double brin. Ils représentent un potentiel de biocontrôle pour les champignons phytopathogènes qu’ils infectent. En effet, certains possèdent une capacité d’hypovirulence, c’est-à-dire de virulence réduite de leur hôte, qui peut être utilisée pour diminuer l’impact des champignons.
L’objectif de ce stage est multiple. D’abord, il a été question d’arriver à séquencer les
extrémités d’un virus de F. culmorum dont une partie du génome avait déjà été séquencée
précédemment. En parallèle, il a fallu caractériser biologiquement un virus de F. redolens,
c’est-à-dire, savoir comment celui-ci se comporte une fois inséré dans son hôte fongique. Et
enfin, nous avons cherché la présence de mycovirus dans d’autres souches de la collection du
laboratoire FYMY.
En ce qui concerne les extrémités du virus de F. culmorum, il a pu être montré après une suite
d’essais et de manipulations (RT-PCR, PCR, ligation à la T4 RNA Ligase, clonage, restriction
et séquençage) que l’extrémité 5’ de son génome était très proche d’autres virus du même
genre.
Ensuite, il a été constaté qu’il y avait uniquement une différence de phénotype entre les
souches de F. redolens infectées par le virus et celles non infectées. Aucune différence en
terme de vitesse de croissance n’a pu être mise en évidence.
Finalement, aucun virus de champignons n’a été trouvé dans les autres souches de Fusarium
de la collection du laboratoire FYMY ayant été testées.Note de contenu : Table des matières
Table des tableaux ........................................................... 6
Table des Figures ............................................................. 7
Présentation du laboratoire ............................................ 9
tIntroduction générale ................................................... 10
1) Le genre Fusarium .............................................................................................. 12
A. Introduction .................................................................................................... 12
B. Classification ................................................................................................... 13
a) Cycle de vie ................................................................................................ 14
b) Reproduction sexuée et asexuée ................................................................. 15
C. Symptômes ..................................................................................................... 16
D. Point de vue économique ............................................................................... 17
E. Moyens de lutte ............................................................................................. 17
a) Lutte chimique ............................................................................................ 17
b) Lutte biologique ......................................................................................... 17
2) Virus en général .................................................................................................. 18
a) Classification en fonction du génome ......................................................... 18
b) Capside ....................................................................................................... 19
c) Cycle viral .................................................................................................. 19
3) Virus de champignon .......................................................................................... 20
a) Familles et genres ....................................................................................... 20
a) Impact sur les champignons ....................................................................... 21
b) Transmission .............................................................................................. 22
c) Exemple d’utilisation : Cryphonectria parasitica ...................................... 22
Objectif ............................................................................ 24
Matériel et méthodes ...................................................... 25
1) Matériel .............................................................................................................. 25
A. Analyse bio-informatique ............................................................................... 25
B. Milieux utilisés ................................................................................................ 25
2) Matériel biologique ............................................................................................ 26
A. Fusarium spp. ................................................................................................. 26
B. E. coli .............................................................................................................. 27
3) Méthodes ........................................................................................................... 28
A. Extraction d’ADN par la méthode au CTAB .................................................... 28
B. Extraction d’ARN simple brin (ARNsb) par la méthode au Trizol .................... 28
C. Extraction de l’ARN double brin (ARNdb) ....................................................... 29
D. Electrophorèse sur gel d’agarose ................................................................... 29
E. Transformation bactérienne .......................................................................... 29
F. Reverse-Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) ........................ 31
G. Polymerase Chain Reaction (PCR) .................................................................. 31
H. Culture de Fusarium ....................................................................................... 31
I. Séquençage .................................................................................................... 32
J. Isolement de conidies .................................................................................... 32
5
K. Ligation T4 RNA ligase .................................................................................... 33
L. Purification à la RNase et à la DNase .............................................................. 33
M. Purification de l’ADN sur colonne .............................................................. 33
N. Purification sur gel .......................................................................................... 34
O. Extraction de plasmides ................................................................................. 34
Résultats et discussions .................................................. 35
1) Séquençage EF1⍺ de Fusarium redolens A63-1 .................................................. 35
2) Séquençage des extrémités du virus de Fusarium culmorum A104-1 ................ 37
3) Transmission verticale du virus de Fusarium redolens A63-1 ............................ 46
4) Comparaison de différentes souches de Fusarium culmorum A104-1 ............... 51
5) Screening autres souches de Fusarium .............................................................. 52
Conclusion générale ....................................................... 53
Bibliographie .................................................................. 54
ANNEXES ........................................................................ I
Annexe A : Machines utilisées ....................................................................................... I
Annexe B : Composition des milieu utilisés ................................................................ IV
Annexe C : Protocoles utilisés ..................................................................................... V
Annexe D : Amorces utilisées ...................................................................................... XI
Annexe E : Résultats du séquençage des 8 produits de restrictions .......................... XII
Annexe F : Croissance de différentes souches de Fusarium A63-1 ......................... XIV
Annexe G : Cycle PCR Utilisés .................................................................................... XVPermalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=79730 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Sélection de bactéries à potentiel antagoniste pour le biocontrôle des maladies en froment / Corentin Laurent
Titre : Sélection de bactéries à potentiel antagoniste pour le biocontrôle des maladies en froment Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Corentin Laurent, Auteur ; Anne Tetelain, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Agronomie Année de publication : 2021 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : UCLouvain Université Catholique de Louvain-la-Neuve. Laboratoire de recherche de l’unité de phytopathologie FYMY Froment : maladies biocontrôle Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Note de contenu : Table des matières
1 Présentation du lieu de stage .............................................................................................. 6
2 Introduction générale .......................................................................................................... 6
2.1 Les origines du projet Antagonist ............................................................................... 6
2.2 Le projet Antagonist ................................................................................................... 7
3 Contexte général ................................................................................................................. 9
3.1 Biocontrôle ................................................................................................................. 9
3.2 Septoriose ................................................................................................................. 10
3.3 Fusariose ................................................................................................................... 12
3.4 Agents de biocontrôle ............................................................................................... 13
3.4.1 Pseudomonas ...................................................................................................... 13
3.4.2 Bacillus ............................................................................................................... 15
3.4.3 Paenibacillus ...................................................................................................... 16
4 Objectifs et stratégie ......................................................................................................... 17
5 Matériel et méthodes ........................................................................................................ 18
5.1 Protocoles pour la caractérisation des bactéries ....................................................... 18
5.1.1 PCR et PCR sur colonies .................................................................................... 18
5.1.1.1 Matériel ....................................................................................................... 18
5.1.1.2 Méthode ...................................................................................................... 18
5.1.2 Extraction et purification sur gel ........................................................................ 19
5.1.2.1 Matériel ....................................................................................................... 19
5.1.2.2 Méthode ...................................................................................................... 19
5.1.3 Purification de l’ADN ........................................................................................ 20
5.1.3.1 Matériel ....................................................................................................... 20
5.1.3.2 Méthode ...................................................................................................... 20
5.1.4 Tests enzymatiques ............................................................................................ 22
5.1.4.1 Préparation du milieu CMC (Cellulose Carboxymethyl) Agar .................. 22
5.1.4.2 Préparation du milieu Colloïdal Chitine (CC)-agar .................................... 23
5.1.4.3 Préparation du milieu Skim Milk Agar ....................................................... 24
5.1.5 Production de sidérophore .................................................................................. 24
5.2 Protocoles des tests in planta ................................................................................... 25
5.2.1 Inoculation de Zymoseptoria tritici sur des plantes de froment ......................... 25
5.2.1.1 Matériel ....................................................................................................... 25
5.2.1.2 Méthode ...................................................................................................... 25
5.2.1.3 Matériel ....................................................................................................... 25
5.2.1.4 Méthode ...................................................................................................... 26
5.2.2 Inoculation de bactéries ...................................................................................... 26
5.2.3 Test de germination ............................................................................................ 26
5.2.3.1 Matériel ....................................................................................................... 27
5.2.3.2 Méthode ...................................................................................................... 27
6 Résultats et discussion ...................................................................................................... 27
6.1 Pseudomonas ............................................................................................................ 28
6.2 Bacillus ..................................................................................................................... 30
6.3 Paenibacillus ............................................................................................................ 33
Conclusion générale (et perspectives) ...................................................................................... 34
7 Liste de figures ................................................................................................................. 35
8 Table des illustrations ....................................................................................................... 35
9 Bibliographie .................................................................................................................... 36Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=99939 Sélection de bactéries à potentiel antagoniste pour le biocontrôle des maladies en froment [TFE / Mémoire] / Corentin Laurent, Auteur ; Anne Tetelain, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Agronomie, 2021.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur
Langues : Français (fre)
Mots-clés : UCLouvain Université Catholique de Louvain-la-Neuve. Laboratoire de recherche de l’unité de phytopathologie FYMY Froment : maladies biocontrôle Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Note de contenu : Table des matières
1 Présentation du lieu de stage .............................................................................................. 6
2 Introduction générale .......................................................................................................... 6
2.1 Les origines du projet Antagonist ............................................................................... 6
2.2 Le projet Antagonist ................................................................................................... 7
3 Contexte général ................................................................................................................. 9
3.1 Biocontrôle ................................................................................................................. 9
3.2 Septoriose ................................................................................................................. 10
3.3 Fusariose ................................................................................................................... 12
3.4 Agents de biocontrôle ............................................................................................... 13
3.4.1 Pseudomonas ...................................................................................................... 13
3.4.2 Bacillus ............................................................................................................... 15
3.4.3 Paenibacillus ...................................................................................................... 16
4 Objectifs et stratégie ......................................................................................................... 17
5 Matériel et méthodes ........................................................................................................ 18
5.1 Protocoles pour la caractérisation des bactéries ....................................................... 18
5.1.1 PCR et PCR sur colonies .................................................................................... 18
5.1.1.1 Matériel ....................................................................................................... 18
5.1.1.2 Méthode ...................................................................................................... 18
5.1.2 Extraction et purification sur gel ........................................................................ 19
5.1.2.1 Matériel ....................................................................................................... 19
5.1.2.2 Méthode ...................................................................................................... 19
5.1.3 Purification de l’ADN ........................................................................................ 20
5.1.3.1 Matériel ....................................................................................................... 20
5.1.3.2 Méthode ...................................................................................................... 20
5.1.4 Tests enzymatiques ............................................................................................ 22
5.1.4.1 Préparation du milieu CMC (Cellulose Carboxymethyl) Agar .................. 22
5.1.4.2 Préparation du milieu Colloïdal Chitine (CC)-agar .................................... 23
5.1.4.3 Préparation du milieu Skim Milk Agar ....................................................... 24
5.1.5 Production de sidérophore .................................................................................. 24
5.2 Protocoles des tests in planta ................................................................................... 25
5.2.1 Inoculation de Zymoseptoria tritici sur des plantes de froment ......................... 25
5.2.1.1 Matériel ....................................................................................................... 25
5.2.1.2 Méthode ...................................................................................................... 25
5.2.1.3 Matériel ....................................................................................................... 25
5.2.1.4 Méthode ...................................................................................................... 26
5.2.2 Inoculation de bactéries ...................................................................................... 26
5.2.3 Test de germination ............................................................................................ 26
5.2.3.1 Matériel ....................................................................................................... 27
5.2.3.2 Méthode ...................................................................................................... 27
6 Résultats et discussion ...................................................................................................... 27
6.1 Pseudomonas ............................................................................................................ 28
6.2 Bacillus ..................................................................................................................... 30
6.3 Paenibacillus ............................................................................................................ 33
Conclusion générale (et perspectives) ...................................................................................... 34
7 Liste de figures ................................................................................................................. 35
8 Table des illustrations ....................................................................................................... 35
9 Bibliographie .................................................................................................................... 36Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=99939 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Suivi de la densité de population de la Perdrix grise au sein de la zone de projet « Plaine de vie : 2000 ha sinon rien » sur le Conseil Cynégétique des 3 Rivières (commune de Silly) / BÉRÉNICE DEVERD
Titre : Suivi de la densité de population de la Perdrix grise au sein de la zone de projet « Plaine de vie : 2000 ha sinon rien » sur le Conseil Cynégétique des 3 Rivières (commune de Silly) Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : BÉRÉNICE DEVERD, Auteur Année de publication : 2015 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : AGRONOMIE AIBT FAUNE ET BIOTOPES PERDRIX: GRISE, BIOLOGIE, POPULATION, CONSERVATION Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : La perdrix grise est un oiseau sédentaire de la famille des Phasianidés. Son milieu de vie est diversifié, allant des zones de bocages aux grandes plaines céréalières très simplifiées. La modernisation et l'intensification de l'agriculture, qui a entrainer une raréfaction des ressources en nourriture et des zones de refuges, a engendré une très forte diminution des populations de perdrix grise depuis les années 1970.
Agriculteurs, naturalistes, chasseurs : ces différents acteurs du monde rural ont une vue et une action territoriale bien différente. L’agriculteur voit son environnement au travers de ses parcelles. Le chasseur, lui, l’identifie au niveau de son territoire de chasse et le naturaliste s’étend souvent sur une province entière. Bien que les terrains soient différents, les espèces de gibier telle que la perdrix grise ont des domaines vitaux bien déterminés et ceux-ci coïncident rarement avec la gestion du territoire qui leur est imposée. Face à ce problème, l’asbl Faune & Biotopes mène, depuis 2008, un projet subsidié par la région Wallonne se nommant « Plaine de vie : 2000 ha sinon rien !». Ce projet à pour but d’améliorer l’état de conservation de la petite faune sauvage des plaines en mettant en contact les différents acteurs du monde rural.
La première partie de ce travail porte sur la description de la perdrix grise en passant par sa biologie, son écologie, la gestion des populations et enfin les actions pouvant être mises en oeuvre pour sa conservation.
En second lieu, un inventaire cartographique a été réalisé et a permis de faire un état des lieux de la population des perdrix grises sur la zone de projet du conseil cynégétique des 3 rivières. Il est important de poursuivre ce type de recensement pour le projet dans les années futures afin de pouvoir développer et compléter ces premières conclusions, mais aussi de pouvoir dresser un tableau de prélèvements afin de permettre le maintien du niveau de population de la perdrix grise à un taux acceptable.Note de contenu : Table des matières
Remerciements
Introduction générale................................................................................................................. 8
Première partie : présentation de la perdrix grise (Perdix perdix) et de la gestion cynégétique
1. La Perdrix grise (Perdrix Perdix perdix L.) .......................................................................... 10
1.1 Identification ......................................................................................................................... 10
1.1.1 Classification ................................................................................................................. 10
1.1.2 Description morphologique ........................................................................................... 11
1.1.2.1 Dimorphisme sexuel ................................................................................................. 11
1.2 Ecologie de la Perdrix ............................................................................................................ 12
1.2.1 Aire de répartition ........................................................................................................ 12
1.2.2 Habitat et domaine vital de la Perdrix grise ................................................................. 14
1.2.2.1 L’habitat de la Perdrix................................................................................................ 14
1.2.2.2 Le domaine vital ....................................................................................................... 15
1.3 Biologie de la Perdrix ............................................................................................................. 16
1.3.1 Cycle biologique de la Perdrix ...................................................................................... 16
2. Gestion des populations ................................................................................................... 20
2.1 Causes du déclin de la Perdrix .............................................................................................. 20
2.1.1 Dégradation et modification du biotope ....................................................................... 20
2.1.2 La prédation ................................................................................................................... 21
2.1.3 Les méthodes agricoles ................................................................................................. 22
2.1.3.1 Utilisation de produits phytosanitaires ..................................................................... 22
2.1.4 Conditions météorologiques ......................................................................................... 23
2.1.5 L’activité cynégétique .................................................................................................... 23
2.1.6 Les maladies .................................................................................................................. 23
2.1.7 Les collisions routières .................................................................................................. 23
3. Actions en faveur de la Perdrix grise ............................................................................... 24
3.1 Gestion de l’espace d’occupation ......................................................................................... 24
3.1.1 La gestion des bords de cultures ................................................................................... 25
3.1.2 Diversité des cultures .................................................................................................... 26
3.1.3 Les cultures intermédiaires ........................................................................................... 27
3.1.4 Les zones non cultivées et les éléments fixes du paysage ........................................... 27
3.2 Gestion de l’exploitation et des pratiques agricoles ............................................................ 28
3.2.1 Machinisme agricole...................................................................................................... 28
3.2.2 Produits phytosanitaires................................................................................................ 29
3.2.3 La gestion des populations ............................................................................................ 29
3.2.3.1 Adaptation des prélèvements cynégétiques ............................................................. 29
3.2.3.1.1 Le plan de chasse (quota) .................................................................................... 29
3.2.3.1.2 Autres mesures de gestion de l’activité cynégétique ......................................... 31
3.2.3.2 L’agrainage ................................................................................................................ 31
3.2.3.3 Régulation des prédateurs ........................................................................................ 32
3.2.3.3.1 Aménager l’espace de chasse pour limiter le risque de prédation ..................... 32
3.2.3.3.2 Lutte directe contre la prédation ....................................................................... 33
Deuxième partie: Cartographie et analyse des résultats du recensement de la zone de projet du conseil cynégétique des 3 rivières
1. Objectifs ........................................................................................................................... 39
2. Dispositif expérimental .................................................................................................... 40
3. Matériel et méthode ......................................................................................................... 41
3.1 La méthode de la repasse ...................................................................................................... 41
3.2 Le logiciel Arcgis .................................................................................................................... 42
4. Présentation des résultats ................................................................................................ 43
Parcours 1 .......................................................................................................................................... 43
Parcours 2 .......................................................................................................................................... 44
Parcours 3 a ....................................................................................................................................... 45
Parcours 3 b ....................................................................................................................................... 46
Parcours 4 .......................................................................................................................................... 47
Parcours 5 .......................................................................................................................................... 48
Parcours 6 .......................................................................................................................................... 49
Parcours 7 .......................................................................................................................................... 50
Parcours 8 .......................................................................................................................................... 51
Parcours 9 .......................................................................................................................................... 52
Parcours 10 ........................................................................................................................................ 53
Parcours 11 ........................................................................................................................................ 54
4.1 Synthèse des observations ................................................................................................... 56
4.1.1 La température .............................................................................................................. 56
4.1.2 Le temps (heure) ........................................................................................................... 57
4.1.3 L’intensité du vent ......................................................................................................... 60
4.1.4 Les chants spontanés..................................................................................................... 61
5. Analyse des résultats et hypothèses ................................................................................. 62
5.1 Fiche technique pour la technique de la repasse .................................................................. 63
5.2 Formulaire de comptage de la Perdrix grise par méthode de la «repasse» ......................... 65
Conclusion générale et perspectives ....................................................................................... 66
Bibliographie ............................................................................................................................ 67
AnnexesPermalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65574 Suivi de la densité de population de la Perdrix grise au sein de la zone de projet « Plaine de vie : 2000 ha sinon rien » sur le Conseil Cynégétique des 3 Rivières (commune de Silly) [TFE / Mémoire] / BÉRÉNICE DEVERD, Auteur . - 2015.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur
Langues : Français (fre)
Mots-clés : AGRONOMIE AIBT FAUNE ET BIOTOPES PERDRIX: GRISE, BIOLOGIE, POPULATION, CONSERVATION Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : La perdrix grise est un oiseau sédentaire de la famille des Phasianidés. Son milieu de vie est diversifié, allant des zones de bocages aux grandes plaines céréalières très simplifiées. La modernisation et l'intensification de l'agriculture, qui a entrainer une raréfaction des ressources en nourriture et des zones de refuges, a engendré une très forte diminution des populations de perdrix grise depuis les années 1970.
Agriculteurs, naturalistes, chasseurs : ces différents acteurs du monde rural ont une vue et une action territoriale bien différente. L’agriculteur voit son environnement au travers de ses parcelles. Le chasseur, lui, l’identifie au niveau de son territoire de chasse et le naturaliste s’étend souvent sur une province entière. Bien que les terrains soient différents, les espèces de gibier telle que la perdrix grise ont des domaines vitaux bien déterminés et ceux-ci coïncident rarement avec la gestion du territoire qui leur est imposée. Face à ce problème, l’asbl Faune & Biotopes mène, depuis 2008, un projet subsidié par la région Wallonne se nommant « Plaine de vie : 2000 ha sinon rien !». Ce projet à pour but d’améliorer l’état de conservation de la petite faune sauvage des plaines en mettant en contact les différents acteurs du monde rural.
La première partie de ce travail porte sur la description de la perdrix grise en passant par sa biologie, son écologie, la gestion des populations et enfin les actions pouvant être mises en oeuvre pour sa conservation.
En second lieu, un inventaire cartographique a été réalisé et a permis de faire un état des lieux de la population des perdrix grises sur la zone de projet du conseil cynégétique des 3 rivières. Il est important de poursuivre ce type de recensement pour le projet dans les années futures afin de pouvoir développer et compléter ces premières conclusions, mais aussi de pouvoir dresser un tableau de prélèvements afin de permettre le maintien du niveau de population de la perdrix grise à un taux acceptable.Note de contenu : Table des matières
Remerciements
Introduction générale................................................................................................................. 8
Première partie : présentation de la perdrix grise (Perdix perdix) et de la gestion cynégétique
1. La Perdrix grise (Perdrix Perdix perdix L.) .......................................................................... 10
1.1 Identification ......................................................................................................................... 10
1.1.1 Classification ................................................................................................................. 10
1.1.2 Description morphologique ........................................................................................... 11
1.1.2.1 Dimorphisme sexuel ................................................................................................. 11
1.2 Ecologie de la Perdrix ............................................................................................................ 12
1.2.1 Aire de répartition ........................................................................................................ 12
1.2.2 Habitat et domaine vital de la Perdrix grise ................................................................. 14
1.2.2.1 L’habitat de la Perdrix................................................................................................ 14
1.2.2.2 Le domaine vital ....................................................................................................... 15
1.3 Biologie de la Perdrix ............................................................................................................. 16
1.3.1 Cycle biologique de la Perdrix ...................................................................................... 16
2. Gestion des populations ................................................................................................... 20
2.1 Causes du déclin de la Perdrix .............................................................................................. 20
2.1.1 Dégradation et modification du biotope ....................................................................... 20
2.1.2 La prédation ................................................................................................................... 21
2.1.3 Les méthodes agricoles ................................................................................................. 22
2.1.3.1 Utilisation de produits phytosanitaires ..................................................................... 22
2.1.4 Conditions météorologiques ......................................................................................... 23
2.1.5 L’activité cynégétique .................................................................................................... 23
2.1.6 Les maladies .................................................................................................................. 23
2.1.7 Les collisions routières .................................................................................................. 23
3. Actions en faveur de la Perdrix grise ............................................................................... 24
3.1 Gestion de l’espace d’occupation ......................................................................................... 24
3.1.1 La gestion des bords de cultures ................................................................................... 25
3.1.2 Diversité des cultures .................................................................................................... 26
3.1.3 Les cultures intermédiaires ........................................................................................... 27
3.1.4 Les zones non cultivées et les éléments fixes du paysage ........................................... 27
3.2 Gestion de l’exploitation et des pratiques agricoles ............................................................ 28
3.2.1 Machinisme agricole...................................................................................................... 28
3.2.2 Produits phytosanitaires................................................................................................ 29
3.2.3 La gestion des populations ............................................................................................ 29
3.2.3.1 Adaptation des prélèvements cynégétiques ............................................................. 29
3.2.3.1.1 Le plan de chasse (quota) .................................................................................... 29
3.2.3.1.2 Autres mesures de gestion de l’activité cynégétique ......................................... 31
3.2.3.2 L’agrainage ................................................................................................................ 31
3.2.3.3 Régulation des prédateurs ........................................................................................ 32
3.2.3.3.1 Aménager l’espace de chasse pour limiter le risque de prédation ..................... 32
3.2.3.3.2 Lutte directe contre la prédation ....................................................................... 33
Deuxième partie: Cartographie et analyse des résultats du recensement de la zone de projet du conseil cynégétique des 3 rivières
1. Objectifs ........................................................................................................................... 39
2. Dispositif expérimental .................................................................................................... 40
3. Matériel et méthode ......................................................................................................... 41
3.1 La méthode de la repasse ...................................................................................................... 41
3.2 Le logiciel Arcgis .................................................................................................................... 42
4. Présentation des résultats ................................................................................................ 43
Parcours 1 .......................................................................................................................................... 43
Parcours 2 .......................................................................................................................................... 44
Parcours 3 a ....................................................................................................................................... 45
Parcours 3 b ....................................................................................................................................... 46
Parcours 4 .......................................................................................................................................... 47
Parcours 5 .......................................................................................................................................... 48
Parcours 6 .......................................................................................................................................... 49
Parcours 7 .......................................................................................................................................... 50
Parcours 8 .......................................................................................................................................... 51
Parcours 9 .......................................................................................................................................... 52
Parcours 10 ........................................................................................................................................ 53
Parcours 11 ........................................................................................................................................ 54
4.1 Synthèse des observations ................................................................................................... 56
4.1.1 La température .............................................................................................................. 56
4.1.2 Le temps (heure) ........................................................................................................... 57
4.1.3 L’intensité du vent ......................................................................................................... 60
4.1.4 Les chants spontanés..................................................................................................... 61
5. Analyse des résultats et hypothèses ................................................................................. 62
5.1 Fiche technique pour la technique de la repasse .................................................................. 63
5.2 Formulaire de comptage de la Perdrix grise par méthode de la «repasse» ......................... 65
Conclusion générale et perspectives ....................................................................................... 66
Bibliographie ............................................................................................................................ 67
AnnexesPermalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65574 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Suivi du nouveau plan de contrôle sur les différents produits et points à contrôler du site. / Marie COCLET
Titre : Suivi du nouveau plan de contrôle sur les différents produits et points à contrôler du site. Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Marie COCLET, Auteur Année de publication : 2016 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : AGRONOMIE AIBT VILLERS MONOPOLE EAU MINERALE ANALYSES: MICROBIOLOGIE,PHYSICO-CHIMIE,ORGANOLEPTIQUE HACCP Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Note de contenu : Table des matières
Remerciements ................................................................................................................ Introduction .................................................................................................................. 11 Présentation de l’entreprise .......................................................................................... 12
1. Généralités ............................................................................................................. 12
2. Historique .............................................................................................................. 12
3. Description de la chaine de production Villers ..................................................... 15
3.1. Stockage Vidange ................................................................................................... 15
3.2. Dépalettisation ....................................................................................................... 16
3.3. (Enlèvement des pailles)......................................................................................... 16
3.4. Débouchonnage ..................................................................................................... 16
3.5. Décaissage ............................................................................................................. 16
3.6. Première inspection................................................................................................ 17
3.7. Lavage .................................................................................................................... 17
3.8. Deuxième inspection .............................................................................................. 17
3.9. Soutirage ................................................................................................................ 17
3.10. Capsulage/bouchage ............................................................................................. 18
3.11. Etiquetage .............................................................................................................. 18
3.12. Datage .................................................................................................................... 18
3.13. Troisième inspection .............................................................................................. 18
3.14. Encaissage .............................................................................................................. 19
3.15. Quatrième inspection ............................................................................................. 19
3.16. Palettisation ........................................................................................................... 19
3.17. Stockage produits finis ........................................................................................... 19 Partie théorique ............................................................................................................ 20
1. Les différentes eaux............................................................................................... 20
1.1. Eau minérale .......................................................................................................... 20
1.2. Eau de source ......................................................................................................... 21
1.3. Eau du robinet ........................................................................................................ 21
1.4. Tableau récapitulatif .............................................................................................. 21
2. Les produits Villers Monopole et les microorganismes ........................................ 22
2.1. Les coliformes fécaux ............................................................................................. 22
2.2. Escherichia coli ....................................................................................................... 23
2.2.1. Présentation de la bactérie ............................................................................ 23
2.2.2. Symptomatologie ........................................................................................... 23
2.2.3. Traitement ..................................................................................................... 23
2.2.4. Prévention et recommandations ................................................................... 24
2.3. Pseudomonas aeruginosa ...................................................................................... 24
2.3.1. Présentation de la bactérie ............................................................................ 24
2.3.2. Symptomatologie ........................................................................................... 24
2.3.3. Environnement ............................................................................................... 25
2.3.4. Prévention et recommandations.................................................................... 25
2.4. Enterococcus faecalis ............................................................................................. 26
2.4.1. Présentation de la bactérie ............................................................................ 26
2.4.2. Symptomatologie ........................................................................................... 26
2.4.3. Prévention et recommandations.................................................................... 26
2.5. Germes totaux ........................................................................................................ 27
2.5.1. Définition ........................................................................................................ 27
2.5.2. Explications ..................................................................................................... 27
2.6. Levures/moisissures ................................................................................................ 28
3. Les produits finis : partie chimique-physique ....................................................... 30
3.1. Le sucre ................................................................................................................... 30
3.2. Le pH ....................................................................................................................... 31
3.2.1. Le pH mètre .................................................................................................... 31
3.2.2. Mesure du pH ................................................................................................. 31
3.3. L’acidité totale ........................................................................................................ 32
3.3.1. Matériel .......................................................................................................... 32
3.3.2. Méthode ......................................................................................................... 32
3.3.3. Équation et explication ................................................................................... 33
3.4. Les eaux de rinçage ................................................................................................ 33
3.4.1. Matériel .......................................................................................................... 34
3.4.2. Méthode ......................................................................................................... 34
3.4.3. Équations et explications................................................................................ 34 Partie pratique ............................................................................................................. 36
1. Analyses sensorielles ............................................................................................. 36
2. Analyses microbiologiques .................................................................................... 37
2.1. Les bactéries potentiellement pathogènes ........................................................... 37
2.2. La Flore Mésophile Aérobie Totale ........................................................................ 37
2.3. Les levures et moisissures ...................................................................................... 38
2.4. Procédé ................................................................................................................... 38
2.4.1. Matériel .......................................................................................................... 38
2.4.2. Méthode ......................................................................................................... 38
2.4.3. Résultats et discussion ................................................................................... 41
3. Analyses physico-chimiques réalisées sur place ................................................... 43
3.1. Dosage de l’acidité totale ...................................................................................... 43
3.2. Détermination de la concentration en Sopuroxid 5 ............................................. 44 Conclusion .................................................................................................................... 46 Liste des abréviations .................................................................................................... 48 Bibliographie ................................................................................................................ 49 Tables des figures .......................................................................................................... 50 Table des tableaux ........................................................................................................ 50Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65657 Suivi du nouveau plan de contrôle sur les différents produits et points à contrôler du site. [TFE / Mémoire] / Marie COCLET, Auteur . - 2016.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur
Langues : Français (fre)
Mots-clés : AGRONOMIE AIBT VILLERS MONOPOLE EAU MINERALE ANALYSES: MICROBIOLOGIE,PHYSICO-CHIMIE,ORGANOLEPTIQUE HACCP Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Note de contenu : Table des matières
Remerciements ................................................................................................................ Introduction .................................................................................................................. 11 Présentation de l’entreprise .......................................................................................... 12
1. Généralités ............................................................................................................. 12
2. Historique .............................................................................................................. 12
3. Description de la chaine de production Villers ..................................................... 15
3.1. Stockage Vidange ................................................................................................... 15
3.2. Dépalettisation ....................................................................................................... 16
3.3. (Enlèvement des pailles)......................................................................................... 16
3.4. Débouchonnage ..................................................................................................... 16
3.5. Décaissage ............................................................................................................. 16
3.6. Première inspection................................................................................................ 17
3.7. Lavage .................................................................................................................... 17
3.8. Deuxième inspection .............................................................................................. 17
3.9. Soutirage ................................................................................................................ 17
3.10. Capsulage/bouchage ............................................................................................. 18
3.11. Etiquetage .............................................................................................................. 18
3.12. Datage .................................................................................................................... 18
3.13. Troisième inspection .............................................................................................. 18
3.14. Encaissage .............................................................................................................. 19
3.15. Quatrième inspection ............................................................................................. 19
3.16. Palettisation ........................................................................................................... 19
3.17. Stockage produits finis ........................................................................................... 19 Partie théorique ............................................................................................................ 20
1. Les différentes eaux............................................................................................... 20
1.1. Eau minérale .......................................................................................................... 20
1.2. Eau de source ......................................................................................................... 21
1.3. Eau du robinet ........................................................................................................ 21
1.4. Tableau récapitulatif .............................................................................................. 21
2. Les produits Villers Monopole et les microorganismes ........................................ 22
2.1. Les coliformes fécaux ............................................................................................. 22
2.2. Escherichia coli ....................................................................................................... 23
2.2.1. Présentation de la bactérie ............................................................................ 23
2.2.2. Symptomatologie ........................................................................................... 23
2.2.3. Traitement ..................................................................................................... 23
2.2.4. Prévention et recommandations ................................................................... 24
2.3. Pseudomonas aeruginosa ...................................................................................... 24
2.3.1. Présentation de la bactérie ............................................................................ 24
2.3.2. Symptomatologie ........................................................................................... 24
2.3.3. Environnement ............................................................................................... 25
2.3.4. Prévention et recommandations.................................................................... 25
2.4. Enterococcus faecalis ............................................................................................. 26
2.4.1. Présentation de la bactérie ............................................................................ 26
2.4.2. Symptomatologie ........................................................................................... 26
2.4.3. Prévention et recommandations.................................................................... 26
2.5. Germes totaux ........................................................................................................ 27
2.5.1. Définition ........................................................................................................ 27
2.5.2. Explications ..................................................................................................... 27
2.6. Levures/moisissures ................................................................................................ 28
3. Les produits finis : partie chimique-physique ....................................................... 30
3.1. Le sucre ................................................................................................................... 30
3.2. Le pH ....................................................................................................................... 31
3.2.1. Le pH mètre .................................................................................................... 31
3.2.2. Mesure du pH ................................................................................................. 31
3.3. L’acidité totale ........................................................................................................ 32
3.3.1. Matériel .......................................................................................................... 32
3.3.2. Méthode ......................................................................................................... 32
3.3.3. Équation et explication ................................................................................... 33
3.4. Les eaux de rinçage ................................................................................................ 33
3.4.1. Matériel .......................................................................................................... 34
3.4.2. Méthode ......................................................................................................... 34
3.4.3. Équations et explications................................................................................ 34 Partie pratique ............................................................................................................. 36
1. Analyses sensorielles ............................................................................................. 36
2. Analyses microbiologiques .................................................................................... 37
2.1. Les bactéries potentiellement pathogènes ........................................................... 37
2.2. La Flore Mésophile Aérobie Totale ........................................................................ 37
2.3. Les levures et moisissures ...................................................................................... 38
2.4. Procédé ................................................................................................................... 38
2.4.1. Matériel .......................................................................................................... 38
2.4.2. Méthode ......................................................................................................... 38
2.4.3. Résultats et discussion ................................................................................... 41
3. Analyses physico-chimiques réalisées sur place ................................................... 43
3.1. Dosage de l’acidité totale ...................................................................................... 43
3.2. Détermination de la concentration en Sopuroxid 5 ............................................. 44 Conclusion .................................................................................................................... 46 Liste des abréviations .................................................................................................... 48 Bibliographie ................................................................................................................ 49 Tables des figures .......................................................................................................... 50 Table des tableaux ........................................................................................................ 50Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65657 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Suivi et quantification de l’inoculum aérien de Phytophthora infestans à l’aide de capteurs de spores / Marie Goormans
Titre : Suivi et quantification de l’inoculum aérien de Phytophthora infestans à l’aide de capteurs de spores Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Marie Goormans, Auteur ; Olivier Janssens, Directeur de publication, rédacteur en chef Année de publication : 2019 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : Agronomie AIBT laboratoire de phytopathologie UCLouvain Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : Le mildiou est la maladie que redoutent le plus les producteurs de pomme de terre. En effet, dans des conditions optimales, la maladie peut détruire un champ entier en quelques jours seulement. Le mildiou entraîne donc des coûts importants, que ce soit au niveau préventif ou curatif.
Pour aider les producteurs à gérer le mildiou, le CRA-W, en association avec la FIWAP et l’UCLouvain, a lancé le projet Potato SMART. Ce projet consiste en l’élaboration d’un outil d’aide à la décision adapté aux parcelles des agriculteurs.
Dans le cadre de ce projet, Phytophthora infestans, l’oomycète responsable du mildiou, doit pouvoir être quantifié au niveau d’une parcelle de culture pour savoir si un traitement du champ est nécessaire ou non.
Un capteur passif, encore à l’état d’expérimentation, est étudié dans ce travail pour être comparé au capteur actif Burkard. Celui-ci est actuellement utilisé dans le domaine de l’aérobiologie depuis de nombreuses années.
L’objectif de ce travail de fin d’étude est d’analyser un nombre précis de sporanges à la qPCR et de déterminer une droite de calibration qui permettra de quantifier le nombre de sporanges présents dans l’inoculum aérien de la parcelle.
Pour cela, il a fallu mettre au point un protocole d’extraction d’ADN efficace. Après plusieurs tests, un protocole d’extraction au phénol-chloroforme a été choisi pour la suite des opérations.
Ensuite, les extraits d’ADN ont été analysés à la qPCR, ce qui a permis d’associer un nombre de sporanges à un Cq.
Ces essais ont été réalisés plusieurs fois afin de réaliser la droite de calibration.
Les résultats sont concluants car la méthode d’extraction d’ADN est efficace, et un sporange serait détectable à la qPCR avec cette méthode.
Malheureusement, la droite de calibration tracée est moins uniforme que celle obtenue pour le capteur Burkard.
En comparaison avec le Burkard, le capteur passif est moins efficace pour le captage de sporange mais comme il filtre plus d’air que le Burkard il pourrait tout de même être assez efficace pour répondre aux attentes de l’outil d’aide à la décision. Il permettrait donc d’aider les agriculteurs à mieux gérer leur parcelle vis-à-vis du mildiou de la pomme de terre.Note de contenu : Table des matières
Remerciements
Présentation du lieu de stage ............................................................................................ 7
Introduction ................................................................................................................... 9
1. La pomme de terre ................................................................................................. 11
1.1 Origine de la pomme de terre ....................................................................................................... 11
1.2 Implantation de la pomme de terre en Europe.............................................................................. 11
1.3 Importance de la culture de pomme de terre en Belgique et dans le monde ................................. 12
1.3.1 La pomme de terre dans le monde ...................................................................................... 12
1.3.2 Superficie de la culture de pomme de terre en Wallonie et en Belgique ............................... 13
1.3.3 Economie de la pomme de terre en Belgique ...................................................................... 15
1.4 La pomme de terre et son cycle de développement ...................................................................... 16
1.4.1 Description botanique ......................................................................................................... 16
1.4.2 Cycle de vie et culture ..........................................................................................................17
1.4.3 Reproduction de la pomme de terre .................................................................................... 19
1.5 Variétés de pomme de terre et type de culture ............................................................................. 20
1.6 Principales maladies touchant la pomme de terre ........................................................................ 21
2. Le mildiou .............................................................................................................. 22
2.1 La Grande Famine ........................................................................................................................ 22
2.2 Description Phytophtora infestans ................................................................................................ 23
2.3 Modes de reproduction ................................................................................................................ 25
2.4 Cycle épidémiologique ................................................................................................................. 27
2.5 Génétique .................................................................................................................................... 30
2.6 Moyen de lutte ............................................................................................................................. 31
3. Aérobiologie et capteurs ......................................................................................... 33
3.1 Description de l’aérobiologie et objectifs ...................................................................................... 33
3.2 Présentation des capteurs ............................................................................................................ 34
3.2.1 Burkard ............................................................................................................................... 34
3.2.2 Rotorod............................................................................................................................... 35
3.2.3 Capteur passif ..................................................................................................................... 36
Objectifs et stratégie ..................................................................................................... 38
1. Mise au point d’une méthode d’extraction d’ADN ..................................................... 39
2. Détermination d’une droite de calibration ................................................................ 39
3. Comparaison de l’efficacité des capteurs .................................................................. 39
Matériel et méthode ...................................................................................................... 40
1 Culture de Phytophthora infestans ........................................................................... 40
2 Préparation de solutions de sporanges ..................................................................... 40
4. Inoculation des tubes d’extraction ........................................................................... 41
5. Extraction ADN...................................................................................................... 41
5.1. Extraction au phénol-chloroforme ........................................................................................... 41
5.2. Extraction en kit : Nucléospin ................................................................................................... 42
6. qPCR..................................................................................................................... 42
6.1. Méthode .................................................................................................................................. 42
7. Entretien des capteurs ............................................................................................44
7.1. Burkard.................................................................................................................................... 44
7.2. Capteur passif .......................................................................................................................... 44
8. Découpe de la bande et du filtre ..............................................................................44
8.1. Burkard.................................................................................................................................... 44
8.2. Capteur passif .......................................................................................................................... 44
Résultats et discussion ................................................................................................... 45
1. Méthode d’extraction de l’ADN ............................................................................... 45
2. Détermination d’une droite de calibration ............................................................... 46
3. Comparaison de l’efficacité des capteurs .................................................................. 51
Conclusion ................................................................................................................... 54
Liste des figures ............................................................................................................ 55
Liste des tableaux ......................................................................................................... 56
Bibliographie ................................................................................................................ 57
Abréviations ................................................................................................................. 61
Table des annexesPermalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=79724 Suivi et quantification de l’inoculum aérien de Phytophthora infestans à l’aide de capteurs de spores [TFE / Mémoire] / Marie Goormans, Auteur ; Olivier Janssens, Directeur de publication, rédacteur en chef . - 2019.
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Langues : Français (fre)
Mots-clés : Agronomie AIBT laboratoire de phytopathologie UCLouvain Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : Le mildiou est la maladie que redoutent le plus les producteurs de pomme de terre. En effet, dans des conditions optimales, la maladie peut détruire un champ entier en quelques jours seulement. Le mildiou entraîne donc des coûts importants, que ce soit au niveau préventif ou curatif.
Pour aider les producteurs à gérer le mildiou, le CRA-W, en association avec la FIWAP et l’UCLouvain, a lancé le projet Potato SMART. Ce projet consiste en l’élaboration d’un outil d’aide à la décision adapté aux parcelles des agriculteurs.
Dans le cadre de ce projet, Phytophthora infestans, l’oomycète responsable du mildiou, doit pouvoir être quantifié au niveau d’une parcelle de culture pour savoir si un traitement du champ est nécessaire ou non.
Un capteur passif, encore à l’état d’expérimentation, est étudié dans ce travail pour être comparé au capteur actif Burkard. Celui-ci est actuellement utilisé dans le domaine de l’aérobiologie depuis de nombreuses années.
L’objectif de ce travail de fin d’étude est d’analyser un nombre précis de sporanges à la qPCR et de déterminer une droite de calibration qui permettra de quantifier le nombre de sporanges présents dans l’inoculum aérien de la parcelle.
Pour cela, il a fallu mettre au point un protocole d’extraction d’ADN efficace. Après plusieurs tests, un protocole d’extraction au phénol-chloroforme a été choisi pour la suite des opérations.
Ensuite, les extraits d’ADN ont été analysés à la qPCR, ce qui a permis d’associer un nombre de sporanges à un Cq.
Ces essais ont été réalisés plusieurs fois afin de réaliser la droite de calibration.
Les résultats sont concluants car la méthode d’extraction d’ADN est efficace, et un sporange serait détectable à la qPCR avec cette méthode.
Malheureusement, la droite de calibration tracée est moins uniforme que celle obtenue pour le capteur Burkard.
En comparaison avec le Burkard, le capteur passif est moins efficace pour le captage de sporange mais comme il filtre plus d’air que le Burkard il pourrait tout de même être assez efficace pour répondre aux attentes de l’outil d’aide à la décision. Il permettrait donc d’aider les agriculteurs à mieux gérer leur parcelle vis-à-vis du mildiou de la pomme de terre.Note de contenu : Table des matières
Remerciements
Présentation du lieu de stage ............................................................................................ 7
Introduction ................................................................................................................... 9
1. La pomme de terre ................................................................................................. 11
1.1 Origine de la pomme de terre ....................................................................................................... 11
1.2 Implantation de la pomme de terre en Europe.............................................................................. 11
1.3 Importance de la culture de pomme de terre en Belgique et dans le monde ................................. 12
1.3.1 La pomme de terre dans le monde ...................................................................................... 12
1.3.2 Superficie de la culture de pomme de terre en Wallonie et en Belgique ............................... 13
1.3.3 Economie de la pomme de terre en Belgique ...................................................................... 15
1.4 La pomme de terre et son cycle de développement ...................................................................... 16
1.4.1 Description botanique ......................................................................................................... 16
1.4.2 Cycle de vie et culture ..........................................................................................................17
1.4.3 Reproduction de la pomme de terre .................................................................................... 19
1.5 Variétés de pomme de terre et type de culture ............................................................................. 20
1.6 Principales maladies touchant la pomme de terre ........................................................................ 21
2. Le mildiou .............................................................................................................. 22
2.1 La Grande Famine ........................................................................................................................ 22
2.2 Description Phytophtora infestans ................................................................................................ 23
2.3 Modes de reproduction ................................................................................................................ 25
2.4 Cycle épidémiologique ................................................................................................................. 27
2.5 Génétique .................................................................................................................................... 30
2.6 Moyen de lutte ............................................................................................................................. 31
3. Aérobiologie et capteurs ......................................................................................... 33
3.1 Description de l’aérobiologie et objectifs ...................................................................................... 33
3.2 Présentation des capteurs ............................................................................................................ 34
3.2.1 Burkard ............................................................................................................................... 34
3.2.2 Rotorod............................................................................................................................... 35
3.2.3 Capteur passif ..................................................................................................................... 36
Objectifs et stratégie ..................................................................................................... 38
1. Mise au point d’une méthode d’extraction d’ADN ..................................................... 39
2. Détermination d’une droite de calibration ................................................................ 39
3. Comparaison de l’efficacité des capteurs .................................................................. 39
Matériel et méthode ...................................................................................................... 40
1 Culture de Phytophthora infestans ........................................................................... 40
2 Préparation de solutions de sporanges ..................................................................... 40
4. Inoculation des tubes d’extraction ........................................................................... 41
5. Extraction ADN...................................................................................................... 41
5.1. Extraction au phénol-chloroforme ........................................................................................... 41
5.2. Extraction en kit : Nucléospin ................................................................................................... 42
6. qPCR..................................................................................................................... 42
6.1. Méthode .................................................................................................................................. 42
7. Entretien des capteurs ............................................................................................44
7.1. Burkard.................................................................................................................................... 44
7.2. Capteur passif .......................................................................................................................... 44
8. Découpe de la bande et du filtre ..............................................................................44
8.1. Burkard.................................................................................................................................... 44
8.2. Capteur passif .......................................................................................................................... 44
Résultats et discussion ................................................................................................... 45
1. Méthode d’extraction de l’ADN ............................................................................... 45
2. Détermination d’une droite de calibration ............................................................... 46
3. Comparaison de l’efficacité des capteurs .................................................................. 51
Conclusion ................................................................................................................... 54
Liste des figures ............................................................................................................ 55
Liste des tableaux ......................................................................................................... 56
Bibliographie ................................................................................................................ 57
Abréviations ................................................................................................................. 61
Table des annexesPermalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=79724 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Translocation du Bufo calamita dans le cadre du projet LIFE in Quarries / Lison Cowez
PermalinkTravail sur des pathogènes fongiques dans le cadre de projets de recherche en lutte intégrée sur tomate et céréale / Hanne Verhaegen
PermalinkUtilisation des bactéries associées au blé pour le protéger des maladies foliaires : du laboratoire au champ / Pauline Hervelle
PermalinkValidation industrielle d'une nouvelle ligne de production dont une cellule de décongélation / Kevin MARCHAL
PermalinkValidation de la méthode PCR en temps réel pour la protection de Salmonella spp. sur différentes matrices alimentaires / LOPERFIDO Maïka
PermalinkValidation de la méthode TEMPO pour le dénombrement de la flore mésophile aérobie totale et des staphylocoques coagulase positive / Patient Richard EKAMBI ESSOH
PermalinkValidation et optimisation du procédé de pasteurisation de préparations sucrées en bocaux dans une entreprise industrielle de transformation des fruits / Massimo FUNEDDA
PermalinkVérification et amélioration du système de maîtrise de la contamination par acrylamide / Cédric Van Bever
PermalinkVérification de l'intérêt de l'atmosphère protectrice de l'emballage et la conservation de pizzas fraîches / Jessica Kamche Fogang
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