Centre de Documentation Campus Montignies
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6 résultat(s) recherche sur le mot-clé 'INSTITUT DE PATHOLOGIE ET DE GENETIQUE'
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Utilisation de micropuces combinant le caryotype moléculaire et le génotypage SNP pour la détection de perte d’hétérozygotie sans variation du nombre de copies en génétique constitutionnelle / John Mercier
Titre : Utilisation de micropuces combinant le caryotype moléculaire et le génotypage SNP pour la détection de perte d’hétérozygotie sans variation du nombre de copies en génétique constitutionnelle Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : John Mercier, Auteur ; Benoit Parmentier, Directeur de la recherche Année de publication : 2015 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale IPG Institut de pathologie et de Génétique hétérozygotie Cytogénétique Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Table des matières ............................................................................................................ 1
Présentation du lieu de stage : .......................................................................................... 3
Partie Théorique ............................................................................................................... 5
1 Introduction .............................................................................................................. 6
2 Notions de base en cytogénétique ............................................................................. 6
2.2. Cellule, ADN et Chromosome ........................................................................................ 7
2.2.1. Qu’est-ce que le chromosome ? ..................................................................................................... 7
2.2.2. Structure du chromosome .............................................................................................................. 8
2.2.3. Les anomalies des chromosomes .................................................................................................... 9
3 Les techniques d’étude des chromosomes ................................................................ 12
3.1.1. Principe : ........................................................................................................................................ 12
3.1.2. Avantages/désavantages :............................................................................................................. 13
3.2.1. Principe : ....................................................................................................................................... 13
3.2.2. Avantages/désavantages :............................................................................................................. 14
3.3.1. Principe : ....................................................................................................................................... 15
3.4. Une variante : les puces combinant CGH et SNP .......................................................... 17
4 Les variations du nombre de copie ........................................................................... 19
4.1. Qu’est-ce qu’une variation du nombre de copies (CNV) ? ............................................ 19
4.2. Classification des CNVs : ............................................................................................. 19
5 Les pertes d’hétérozygoties ..................................................................................... 21
5.1. Définition ................................................................................................................... 21
5.2. La disomie uniparentale ............................................................................................. 21
5.2.1. Mécanismes conduisant aux disomies uniparentales ................................................................... 22
5.2.2. Conséquences cliniques des disomies uniparentales.................................................................... 23
6 Gènes soumis à l’empreinte parentale ..................................................................... 23
7 Objectif de ce travail de fin d’étude ......................................................................... 26
7.1. Intérêt ....................................................................................................................... 26
7.2. Objectif ...................................................................................................................... 26
Partie Pratique ............................................................................................................... 28
1 Méthode CGH avec sondes SNPs .............................................................................. 29
1.3.1. Jour 1 : digestion enzymatique, marquage et purification de l’ADN ............................................ 31
1.3.2. Jour 2 : hybridation ....................................................................................................................... 35
1.3.3. Jour 3 : lavage des lames, scan et interprétation des résultats. ................................................... 36
1.3.4. Remarque : Purification de l’ADN sur colonne « amicon » ........................................................... 37
2 RESULTATS / DISCUSSION ........................................................................................ 38
2.3.1. Le derivative log ratio spread (DLR-spread) .................................................................................. 41
2.3.2. Le pourcentage d’inliers : .............................................................................................................. 41
2.3.3. Le SNP-call rate : ............................................................................................................................ 41
3 Résultats ................................................................................................................. 41
3.1. Anomalie de la fécondation : môle hydatiforme complète ........................................... 41
3.1.1. Rappels sur la môle hydatiforme complète : ................................................................................ 41
3.1.2. Patient analysé .............................................................................................................................. 42
3.1.3. Analyse histologique ..................................................................................................................... 42
3.1.4. Analyse et résultats cytogénétiques ............................................................................................. 42
3.1.5. Mécanisme : .................................................................................................................................. 44
3.2.1. Premier cas : délétion de la région chromosomique 15q11.2-q13 ............................................... 45
3.2.2. Second cas : isodisomie de la région 15q11.2 –q13 ...................................................................... 48
3.2.3. Troisième cas : Hétérodisomie de la région 15q11.2-q13 ............................................................. 54
Le syndrome de Beckwith-Wiedemann (BWS) .......................................................................................... 57
3.3.1. Patient analysé .............................................................................................................................. 58
3.3.2. Analyse moléculaire : .................................................................................................................... 58
3.3.3. Analyse et résultats cytogénétiques ............................................................................................. 59
3.3.4. Mécanisme .................................................................................................................................... 60
3.4. Présentation d’un réarrangement complexe du chromosome 14 ................................. 61
3.4.1. Patient analysé : ............................................................................................................................ 61
3.4.2. Analyse et résultats cytogénétiques ............................................................................................. 62
3.4.3. Mécanisme supposé : .................................................................................................................... 63
Conclusion et perspectives .............................................................................................. 65
Bibliographie .................................................................................................................. 66Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=64510 Utilisation de micropuces combinant le caryotype moléculaire et le génotypage SNP pour la détection de perte d’hétérozygotie sans variation du nombre de copies en génétique constitutionnelle [TFE / Mémoire] / John Mercier, Auteur ; Benoit Parmentier, Directeur de la recherche . - 2015.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : biologie médicale IPG Institut de pathologie et de Génétique hétérozygotie Cytogénétique Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Table des matières ............................................................................................................ 1
Présentation du lieu de stage : .......................................................................................... 3
Partie Théorique ............................................................................................................... 5
1 Introduction .............................................................................................................. 6
2 Notions de base en cytogénétique ............................................................................. 6
2.2. Cellule, ADN et Chromosome ........................................................................................ 7
2.2.1. Qu’est-ce que le chromosome ? ..................................................................................................... 7
2.2.2. Structure du chromosome .............................................................................................................. 8
2.2.3. Les anomalies des chromosomes .................................................................................................... 9
3 Les techniques d’étude des chromosomes ................................................................ 12
3.1.1. Principe : ........................................................................................................................................ 12
3.1.2. Avantages/désavantages :............................................................................................................. 13
3.2.1. Principe : ....................................................................................................................................... 13
3.2.2. Avantages/désavantages :............................................................................................................. 14
3.3.1. Principe : ....................................................................................................................................... 15
3.4. Une variante : les puces combinant CGH et SNP .......................................................... 17
4 Les variations du nombre de copie ........................................................................... 19
4.1. Qu’est-ce qu’une variation du nombre de copies (CNV) ? ............................................ 19
4.2. Classification des CNVs : ............................................................................................. 19
5 Les pertes d’hétérozygoties ..................................................................................... 21
5.1. Définition ................................................................................................................... 21
5.2. La disomie uniparentale ............................................................................................. 21
5.2.1. Mécanismes conduisant aux disomies uniparentales ................................................................... 22
5.2.2. Conséquences cliniques des disomies uniparentales.................................................................... 23
6 Gènes soumis à l’empreinte parentale ..................................................................... 23
7 Objectif de ce travail de fin d’étude ......................................................................... 26
7.1. Intérêt ....................................................................................................................... 26
7.2. Objectif ...................................................................................................................... 26
Partie Pratique ............................................................................................................... 28
1 Méthode CGH avec sondes SNPs .............................................................................. 29
1.3.1. Jour 1 : digestion enzymatique, marquage et purification de l’ADN ............................................ 31
1.3.2. Jour 2 : hybridation ....................................................................................................................... 35
1.3.3. Jour 3 : lavage des lames, scan et interprétation des résultats. ................................................... 36
1.3.4. Remarque : Purification de l’ADN sur colonne « amicon » ........................................................... 37
2 RESULTATS / DISCUSSION ........................................................................................ 38
2.3.1. Le derivative log ratio spread (DLR-spread) .................................................................................. 41
2.3.2. Le pourcentage d’inliers : .............................................................................................................. 41
2.3.3. Le SNP-call rate : ............................................................................................................................ 41
3 Résultats ................................................................................................................. 41
3.1. Anomalie de la fécondation : môle hydatiforme complète ........................................... 41
3.1.1. Rappels sur la môle hydatiforme complète : ................................................................................ 41
3.1.2. Patient analysé .............................................................................................................................. 42
3.1.3. Analyse histologique ..................................................................................................................... 42
3.1.4. Analyse et résultats cytogénétiques ............................................................................................. 42
3.1.5. Mécanisme : .................................................................................................................................. 44
3.2.1. Premier cas : délétion de la région chromosomique 15q11.2-q13 ............................................... 45
3.2.2. Second cas : isodisomie de la région 15q11.2 –q13 ...................................................................... 48
3.2.3. Troisième cas : Hétérodisomie de la région 15q11.2-q13 ............................................................. 54
Le syndrome de Beckwith-Wiedemann (BWS) .......................................................................................... 57
3.3.1. Patient analysé .............................................................................................................................. 58
3.3.2. Analyse moléculaire : .................................................................................................................... 58
3.3.3. Analyse et résultats cytogénétiques ............................................................................................. 59
3.3.4. Mécanisme .................................................................................................................................... 60
3.4. Présentation d’un réarrangement complexe du chromosome 14 ................................. 61
3.4.1. Patient analysé : ............................................................................................................................ 61
3.4.2. Analyse et résultats cytogénétiques ............................................................................................. 62
3.4.3. Mécanisme supposé : .................................................................................................................... 63
Conclusion et perspectives .............................................................................................. 65
Bibliographie .................................................................................................................. 66Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=64510 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Optimisation de la technique d’hybridation in situ en fluorescence (FISH) dans le cadre du diagnostic d’une leucémie lymphocytaire chronique (LLC) : Réévaluation des sondes FISH 13q14.3, ATM et TP53. / MELANIE BAUDOUX
Titre : Optimisation de la technique d’hybridation in situ en fluorescence (FISH) dans le cadre du diagnostic d’une leucémie lymphocytaire chronique (LLC) : Réévaluation des sondes FISH 13q14.3, ATM et TP53. Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : MELANIE BAUDOUX, Année de publication : 2016 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : Biologie médicale Institut de Pathologie et de Génétique IPG Gosselies agénétique chromosome chromosome métaphasique abérrations chromosomiques anomalie de nombre anomalie de structure cytogénétique conventionnelle caryotype cytogénétique moléculaire technique FISH hybridation génomique comparative sur microdamier (CGH) leucémies aigues leucémies chroniques leucémie lymphoïde chronique LLC délétions amplifications Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
PRESENTATION DU LIEU DE STAGE [1] ............................................................................... 6
1) LA GÉNÉTIQUE HUMAINE ....................................................................................................... 6
2) LA BIOLOGIE MOLÉCULAIRE .................................................................................................... 7
3) L’ANATOMOPATHOLOGIE ...................................................................................................... 7
INTRODUCTION GENERALE ............................................................................................... 8
CHAPITRE 1 : LA CYTOGENETIQUE CONVENTIONNELLE .................................................... 10
1.1. QU’EST QU’UN CHROMOSOME ? ............................................................................................. 10
1.2. STRUCTURE DU CHROMOSOME METAPHASIQUE .......................................................................... 10
1.3. ABERRATIONS CHROMOSOMIQUES........................................................................................... 10
A) ANOMALIES DE NOMBRE ..................................................................................................... 11
B) ANOMALIES DE STRUCTURE .................................................................................................. 11
CHAPITRE 2 : TECHNIQUES DE LA CYTOGENETIQUE .............................................................. 16
2.1. LA CYTOGENETIQUE CONVENTIONNELLE .................................................................................... 16
2.1.1. LE CARYOTYPE ................................................................................................................... 16
2.1.2. INCONVÉNIENTS ET LIMITES DU CARYOTYPE ............................................................................. 17
2.2. LA CYTOGENETIQUE MOLECULAIRE ........................................................................................... 18
2.2.1. TECHNIQUE FISH .............................................................................................................. 18
2.2.2. L’HYBRIDATION GÉNOMIQUE COMPARATIVE SUR MICRODAMIER (CGH) ....................................... 20
CHAPITRE 3 : LA LEUCEMIE ...................................................................................................... 22
3.1. DEFINITION ......................................................................................................................... 22
3.2. LES LEUCEMIES AIGÜES .......................................................................................................... 22
3.3. LES LEUCEMIES CHRONIQUES .................................................................................................. 22
3.3.1. LA LEUCÉMIE LYMPHOÏDE CHRONIQUE (LLC) ........................................................................... 23
BUT DU MEMOIRE .......................................................................................................... 32
PARTIE PRATIQUE ........................................................................................................... 34
CHAPITRE 1 - MATERIELS ET METHODES .......................................................................... 35
1.1. MISE EN CULTURE DES PRELEVEMENTS (MOELLE/SANG) POUR LE CARYOTYPE ET LA FISH. [33]............ 35
1.1.1. MATÉRIELS ET SOLUTIONS ................................................................................................... 35
1.1.2. MODE OPÉRATOIRE ........................................................................................................... 35
1.2. ARRET DES CULTURES [34] ..................................................................................................... 36
1.2.1. MATÉRIELS ET SOLUTIONS ................................................................................................... 36
1.2.2. MODE OPÉRATOIRE ............................................................................................................ 36
1.3. ETALEMENT [35] ................................................................................................................. 38
1.3.1. MATÉRIELS ET SOLUTIONS ................................................................................................... 38
1.3.2. MODE OPÉRATOIRE ............................................................................................................ 38
1.4. FISH LLC [36]. ................................................................................................................... 39
1.4.1. MATÉRIELS ET SOLUTIONS ................................................................................................... 39
1.4.2. MODE OPÉRATOIRE ............................................................................................................ 39
CHAPITRE 2 – RESULTATS ET INTERPRETATIONS .............................................................. 45
2.1. RECHERCHE D’UNE DELETION PAR FISH INTERPHASIQUE DES LLC-B. .............................................. 45
2.1.1. CRITÈRES D’ANALYSE .......................................................................................................... 45
2.1.2. CRITÈRES DE POSITIVITÉ (NOYAUX INTERPHASIQUES) ................................................................. 45
2.2. ÉVALUATION DES CULTURES DSP30+IL2, PMA ET COURT TERME (24H). ...................................... 46
2.2.1. ÉCHANTILLONS ANALYSÉS .................................................................................................... 46
2.2.2. RÉSULTATS ET DISCUSSIONS ................................................................................................. 46
2.3. ÉVALUATION DES SONDES 13Q14/13Q34, TP53/17CEN, ATM/11CEN DES FIRMES CYTOCELL® ET NON-CYTOCELL (VYSIS®/METASYSTEMS®). ........................................................................................ 51
2.3.1. ÉCHANTILLONS ANALYSÉS .................................................................................................... 51
2.3.2. RÉSULTATS ET DISCUSSION ................................................................................................... 51
2.4. SONDES ATM POUR LA DELETION 11Q- : 7 CAS CONTROLES POSITIFS ............................................. 55
2.4.1. ÉCHANTILLONS ANALYSÉS .................................................................................................... 55
2.5. REEVALUATION DE CAS PROBLEMATIQUES POUR LA DELETION 11Q (ATM/CEP11) .......................... 58
2.5.1. ÉCHANTILLONS ANALYSÉS .................................................................................................... 58
2.5.2. RÉSULTATS ET DISCUSSIONS ................................................................................................. 58
CONCLUSIONS ET PERSPECTIVES ..................................................................................... 62
GLOSSAIRE
TABLES DES FIGURES
TABLES DES GRAPHIQUES
BIBLIOGRAPHIES
ABREVIATIONS
ANNEXESPermalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65659 Optimisation de la technique d’hybridation in situ en fluorescence (FISH) dans le cadre du diagnostic d’une leucémie lymphocytaire chronique (LLC) : Réévaluation des sondes FISH 13q14.3, ATM et TP53. [TFE / Mémoire] / MELANIE BAUDOUX, . - 2016.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Biologie médicale Institut de Pathologie et de Génétique IPG Gosselies agénétique chromosome chromosome métaphasique abérrations chromosomiques anomalie de nombre anomalie de structure cytogénétique conventionnelle caryotype cytogénétique moléculaire technique FISH hybridation génomique comparative sur microdamier (CGH) leucémies aigues leucémies chroniques leucémie lymphoïde chronique LLC délétions amplifications Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
PRESENTATION DU LIEU DE STAGE [1] ............................................................................... 6
1) LA GÉNÉTIQUE HUMAINE ....................................................................................................... 6
2) LA BIOLOGIE MOLÉCULAIRE .................................................................................................... 7
3) L’ANATOMOPATHOLOGIE ...................................................................................................... 7
INTRODUCTION GENERALE ............................................................................................... 8
CHAPITRE 1 : LA CYTOGENETIQUE CONVENTIONNELLE .................................................... 10
1.1. QU’EST QU’UN CHROMOSOME ? ............................................................................................. 10
1.2. STRUCTURE DU CHROMOSOME METAPHASIQUE .......................................................................... 10
1.3. ABERRATIONS CHROMOSOMIQUES........................................................................................... 10
A) ANOMALIES DE NOMBRE ..................................................................................................... 11
B) ANOMALIES DE STRUCTURE .................................................................................................. 11
CHAPITRE 2 : TECHNIQUES DE LA CYTOGENETIQUE .............................................................. 16
2.1. LA CYTOGENETIQUE CONVENTIONNELLE .................................................................................... 16
2.1.1. LE CARYOTYPE ................................................................................................................... 16
2.1.2. INCONVÉNIENTS ET LIMITES DU CARYOTYPE ............................................................................. 17
2.2. LA CYTOGENETIQUE MOLECULAIRE ........................................................................................... 18
2.2.1. TECHNIQUE FISH .............................................................................................................. 18
2.2.2. L’HYBRIDATION GÉNOMIQUE COMPARATIVE SUR MICRODAMIER (CGH) ....................................... 20
CHAPITRE 3 : LA LEUCEMIE ...................................................................................................... 22
3.1. DEFINITION ......................................................................................................................... 22
3.2. LES LEUCEMIES AIGÜES .......................................................................................................... 22
3.3. LES LEUCEMIES CHRONIQUES .................................................................................................. 22
3.3.1. LA LEUCÉMIE LYMPHOÏDE CHRONIQUE (LLC) ........................................................................... 23
BUT DU MEMOIRE .......................................................................................................... 32
PARTIE PRATIQUE ........................................................................................................... 34
CHAPITRE 1 - MATERIELS ET METHODES .......................................................................... 35
1.1. MISE EN CULTURE DES PRELEVEMENTS (MOELLE/SANG) POUR LE CARYOTYPE ET LA FISH. [33]............ 35
1.1.1. MATÉRIELS ET SOLUTIONS ................................................................................................... 35
1.1.2. MODE OPÉRATOIRE ........................................................................................................... 35
1.2. ARRET DES CULTURES [34] ..................................................................................................... 36
1.2.1. MATÉRIELS ET SOLUTIONS ................................................................................................... 36
1.2.2. MODE OPÉRATOIRE ............................................................................................................ 36
1.3. ETALEMENT [35] ................................................................................................................. 38
1.3.1. MATÉRIELS ET SOLUTIONS ................................................................................................... 38
1.3.2. MODE OPÉRATOIRE ............................................................................................................ 38
1.4. FISH LLC [36]. ................................................................................................................... 39
1.4.1. MATÉRIELS ET SOLUTIONS ................................................................................................... 39
1.4.2. MODE OPÉRATOIRE ............................................................................................................ 39
CHAPITRE 2 – RESULTATS ET INTERPRETATIONS .............................................................. 45
2.1. RECHERCHE D’UNE DELETION PAR FISH INTERPHASIQUE DES LLC-B. .............................................. 45
2.1.1. CRITÈRES D’ANALYSE .......................................................................................................... 45
2.1.2. CRITÈRES DE POSITIVITÉ (NOYAUX INTERPHASIQUES) ................................................................. 45
2.2. ÉVALUATION DES CULTURES DSP30+IL2, PMA ET COURT TERME (24H). ...................................... 46
2.2.1. ÉCHANTILLONS ANALYSÉS .................................................................................................... 46
2.2.2. RÉSULTATS ET DISCUSSIONS ................................................................................................. 46
2.3. ÉVALUATION DES SONDES 13Q14/13Q34, TP53/17CEN, ATM/11CEN DES FIRMES CYTOCELL® ET NON-CYTOCELL (VYSIS®/METASYSTEMS®). ........................................................................................ 51
2.3.1. ÉCHANTILLONS ANALYSÉS .................................................................................................... 51
2.3.2. RÉSULTATS ET DISCUSSION ................................................................................................... 51
2.4. SONDES ATM POUR LA DELETION 11Q- : 7 CAS CONTROLES POSITIFS ............................................. 55
2.4.1. ÉCHANTILLONS ANALYSÉS .................................................................................................... 55
2.5. REEVALUATION DE CAS PROBLEMATIQUES POUR LA DELETION 11Q (ATM/CEP11) .......................... 58
2.5.1. ÉCHANTILLONS ANALYSÉS .................................................................................................... 58
2.5.2. RÉSULTATS ET DISCUSSIONS ................................................................................................. 58
CONCLUSIONS ET PERSPECTIVES ..................................................................................... 62
GLOSSAIRE
TABLES DES FIGURES
TABLES DES GRAPHIQUES
BIBLIOGRAPHIES
ABREVIATIONS
ANNEXESPermalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65659 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire La QF-PCR et le SWGS comme alternative à la méthode de CGH+SNP pour les analyses de produits de fausse couche / Florian Chavée
Titre : La QF-PCR et le SWGS comme alternative à la méthode de CGH+SNP pour les analyses de produits de fausse couche Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Florian Chavée, Auteur ; Véronique Vallery, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale Année de publication : 2021 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : IPG Institut de Pathologie et de Génétique Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Les anomalies chromosomiques (principalement l’aneuploïdie) sont mises en cause dans environ 50% des fausses couches du premier trimestre. Outre la monosomie X et la triploïdie, les aneuploïdies les plus couramment rencontrées dans les produits de conception sont les trisomies pour les chromosomes 13, 15, 16, 18, 21 et 22. La technique d’analyse actuellement utilisée en première intention sur les produits de fausse couche à l’IPG, est la CGH+SNP. Cette méthode utilise l’ADN du patient et un ADN de référence, chacun d’eux sont marqués par un fluorochrome spécifique et hybridés de façon compétitive sur une micropuce. Le signal fluorescent est mesuré et un rapport entre les deux fluorescences est calculé afin de déterminer les pertes ou les gains de matériels génétiques. Pour diverses raisons, l’IPG souhaite revoir l’entièreté de son flux d’analyse des produits de fausse couche avec la mise en place d’une technique de séquençage (shallow sequencing) ainsi qu’une technique de PCR quantitative (kit QSTR-PL). Le shallow sequencing est une technique déjà utilisée à l’IPG. L’ADN est fragmenté, amplifié, séquencé et aligné sur un génome de référence afin de déterminer les pertes ou les gains de matériels génétiques. Le kit QSTR-PL permet l’amplification de STR présents sur des chromosomes spécifiques, ceux-ci sont analysés
quantitativement par un séquenceur capillaire. L’objectif de ce travail est de comparer les résultats obtenus avec l’ancien flux (CGH+SNP) et le nouveau flux (shallow sequencing et le kit QSTR-PL) dans le cadre des analyses de fausse couche. Pour ce faire, seize échantillons ont été sélectionnés et analysés par les différentes méthodes et comparés. Les résultats obtenus sont concluants, le nouveau flux apparaissant comme une alternative technique et financièrement intéressante à la technique du CGH+SNP. La totalité des résultats obtenus sont, en effet, identiques ou ont été améliorés pour un coût financier moindre. Les résultats étant validés, l'IPG pourra utiliser ce nouveau flux à l'avenir.Note de contenu : Table des matières
Le lieu de stage............................................................................................................................... 6
Introduction générale .................................................................................................................... 7
Partie théorique ............................................................................................................................. 8
Historique de la cytogénétique.......................................................................................... 8
Notions de base.................................................................................................................. 9
2.1. Le cycle de vie d’une cellule............................................................................................ 9
2.2. La division cellulaire ...................................................................................................... 11
2.3. Le brassage génétique................................................................................................... 13
2.4. Les chromosomes.......................................................................................................... 15
2.5. Les anomalies chromosomiques ................................................................................... 16
Les fausses couches.......................................................................................................... 20
3.1. Les facteurs de risque et causes ................................................................................... 21
3.2. Le traitement de l’échantillon....................................................................................... 23
Les méthodes d’analyse en cytogénétique à l’IPG pour les fausses couches.................. 24
4.1. Le caryotype standard................................................................................................... 24
4.2. Le caryotype moléculaire .............................................................................................. 24
4.3. La PCR quantitative en fluorescence............................................................................. 31
Objectif et stratégie ......................................................................................................... 32
Partie pratique ............................................................................................................................. 34
Matériel et méthode........................................................................................................ 34
6.1. Kit QSTR-PL.................................................................................................................... 35
6.2. Shallow sequencing....................................................................................................... 36
Résultats et discussions.................................................................................................... 41
7.1. Démarche scientifique .................................................................................................. 41
7.2. En CGH+SNP .................................................................................................................. 43
7.3. Avec le kit QSTR-PL........................................................................................................ 48
7.4. Avec le shallow sequencing........................................................................................... 53
7.5. Discussions .................................................................................................................... 59
Conclusion générale et perspectives ........................................................................................... 61
Liste des abréviations................................................................................................................... 62
Liste des figures............................................................................................................................ 63
Liste des tableaux......................................................................................................................... 66
Bibliographie ................................................................................................................................ 67
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=100371 La QF-PCR et le SWGS comme alternative à la méthode de CGH+SNP pour les analyses de produits de fausse couche [TFE / Mémoire] / Florian Chavée, Auteur ; Véronique Vallery, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale, 2021.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur
Langues : Français (fre)
Mots-clés : IPG Institut de Pathologie et de Génétique Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Les anomalies chromosomiques (principalement l’aneuploïdie) sont mises en cause dans environ 50% des fausses couches du premier trimestre. Outre la monosomie X et la triploïdie, les aneuploïdies les plus couramment rencontrées dans les produits de conception sont les trisomies pour les chromosomes 13, 15, 16, 18, 21 et 22. La technique d’analyse actuellement utilisée en première intention sur les produits de fausse couche à l’IPG, est la CGH+SNP. Cette méthode utilise l’ADN du patient et un ADN de référence, chacun d’eux sont marqués par un fluorochrome spécifique et hybridés de façon compétitive sur une micropuce. Le signal fluorescent est mesuré et un rapport entre les deux fluorescences est calculé afin de déterminer les pertes ou les gains de matériels génétiques. Pour diverses raisons, l’IPG souhaite revoir l’entièreté de son flux d’analyse des produits de fausse couche avec la mise en place d’une technique de séquençage (shallow sequencing) ainsi qu’une technique de PCR quantitative (kit QSTR-PL). Le shallow sequencing est une technique déjà utilisée à l’IPG. L’ADN est fragmenté, amplifié, séquencé et aligné sur un génome de référence afin de déterminer les pertes ou les gains de matériels génétiques. Le kit QSTR-PL permet l’amplification de STR présents sur des chromosomes spécifiques, ceux-ci sont analysés
quantitativement par un séquenceur capillaire. L’objectif de ce travail est de comparer les résultats obtenus avec l’ancien flux (CGH+SNP) et le nouveau flux (shallow sequencing et le kit QSTR-PL) dans le cadre des analyses de fausse couche. Pour ce faire, seize échantillons ont été sélectionnés et analysés par les différentes méthodes et comparés. Les résultats obtenus sont concluants, le nouveau flux apparaissant comme une alternative technique et financièrement intéressante à la technique du CGH+SNP. La totalité des résultats obtenus sont, en effet, identiques ou ont été améliorés pour un coût financier moindre. Les résultats étant validés, l'IPG pourra utiliser ce nouveau flux à l'avenir.Note de contenu : Table des matières
Le lieu de stage............................................................................................................................... 6
Introduction générale .................................................................................................................... 7
Partie théorique ............................................................................................................................. 8
Historique de la cytogénétique.......................................................................................... 8
Notions de base.................................................................................................................. 9
2.1. Le cycle de vie d’une cellule............................................................................................ 9
2.2. La division cellulaire ...................................................................................................... 11
2.3. Le brassage génétique................................................................................................... 13
2.4. Les chromosomes.......................................................................................................... 15
2.5. Les anomalies chromosomiques ................................................................................... 16
Les fausses couches.......................................................................................................... 20
3.1. Les facteurs de risque et causes ................................................................................... 21
3.2. Le traitement de l’échantillon....................................................................................... 23
Les méthodes d’analyse en cytogénétique à l’IPG pour les fausses couches.................. 24
4.1. Le caryotype standard................................................................................................... 24
4.2. Le caryotype moléculaire .............................................................................................. 24
4.3. La PCR quantitative en fluorescence............................................................................. 31
Objectif et stratégie ......................................................................................................... 32
Partie pratique ............................................................................................................................. 34
Matériel et méthode........................................................................................................ 34
6.1. Kit QSTR-PL.................................................................................................................... 35
6.2. Shallow sequencing....................................................................................................... 36
Résultats et discussions.................................................................................................... 41
7.1. Démarche scientifique .................................................................................................. 41
7.2. En CGH+SNP .................................................................................................................. 43
7.3. Avec le kit QSTR-PL........................................................................................................ 48
7.4. Avec le shallow sequencing........................................................................................... 53
7.5. Discussions .................................................................................................................... 59
Conclusion générale et perspectives ........................................................................................... 61
Liste des abréviations................................................................................................................... 62
Liste des figures............................................................................................................................ 63
Liste des tableaux......................................................................................................................... 66
Bibliographie ................................................................................................................................ 67
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=100371 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Génération de contrôles pour valider la détection de mutations somatiques (gènes CARL, MPL, MYD88) / SOUMIA AITHASSOU SOUMIA
Titre : Génération de contrôles pour valider la détection de mutations somatiques (gènes CARL, MPL, MYD88) Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : SOUMIA AITHASSOU SOUMIA, Auteur Année de publication : 2014 Langues : Français (fre) Mots-clés : BIOLOGIE MÉDICALE INSTITUT DE PATHOLOGIE ET DE GENETIQUE IPG GOSSELIES MUTATIONS SOMATIQUES PRODUIT PCR : PURIFICATION, ANALYSE CALR MPL : VALIDATION Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65364 Génération de contrôles pour valider la détection de mutations somatiques (gènes CARL, MPL, MYD88) [TFE / Mémoire] / SOUMIA AITHASSOU SOUMIA, Auteur . - 2014.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : BIOLOGIE MÉDICALE INSTITUT DE PATHOLOGIE ET DE GENETIQUE IPG GOSSELIES MUTATIONS SOMATIQUES PRODUIT PCR : PURIFICATION, ANALYSE CALR MPL : VALIDATION Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65364 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Etude par hybridation in situ de l’expression du microARN miR-210 dans les cancers du sein triple négatifs / SARA SOLLENNITA
Titre : Etude par hybridation in situ de l’expression du microARN miR-210 dans les cancers du sein triple négatifs Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : SARA SOLLENNITA, Auteur Année de publication : 2016 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale Institut de Pathologie et de Génétique IPG Gosselies microARN miR-210 cancer du sein hypoxie anticorps hybridation in situ immunomarquages Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Remerciements
Présentation du lieu de stage
Introduction générale ................................................................................................................. 13
PARTIE 1 : Introduction théorique ............................................................................................. 17
1. Le cancer du sein ............................................................................................................. 17
1.1. Description et impact du cancer du sein ................................................................. 17
1.2. Structure histologique du sein normal .................................................................... 18
1.3. Les différents types de cancers du sein ...................................................................... 19
1.3.1. Classification histologique ............................................................................... 19
1.3.2. Classification Scarff Bloom & Richardson SBR ................................................ 20
1.3.3. Classification moléculaire................................................................................ 20
1.3.3.1. Type luminal ................................................................................................ 20
1.3.3.2. Type HER2 ................................................................................................... 21
1.3.3.3. Les cancers de type « triple négatifs » ........................................................ 22
2. Problématique ................................................................................................................. 22
3. Les microARN .................................................................................................................. 23
3.1. Généralités .............................................................................................................. 23
3.2. Les microARN dans les cancers ............................................................................... 24
4. Contexte de la recherche ................................................................................................ 26
5. Le micro ARN miR-210 .................................................................................................... 27
5.1. Généralités .............................................................................................................. 27
5.2. Le miR-210 et l’hypoxie ........................................................................................... 28
5.2.1. Définition et mécanismes de l’hypoxie ........................................................... 28
5.2.2. Les marqueurs de l’hypoxie ............................................................................ 29
5.2.2.1. Hypoxia Inductible Factor 1 alpha .............................................................. 29
5.2.2.2. Carbonic Anhydrase IX ................................................................................ 30
5.2.2.3. Iron-Sulfur Cluster 1/2 ................................................................................ 30
5.2.2.4. Monocarboxylate Transporter 4 ................................................................. 30
5.2.3. L’effet Warburg et l’effet Warburg inverse ........................................................ 31
6. Technique de détection des microARN ........................................................................... 32
6.1. Principe général de l’hybridation in situ selon le kit Exiqon ................................... 32
6.2. Les conditions d’hybridation ................................................................................... 33
6.3. Les sondes LNA ........................................................................................................ 33
7. Technique de détection des protéines ........................................................................... 34
7.1. Principe général de l’immunohistochimie .............................................................. 34
7.2. Les anticorps ........................................................................................................... 35
7.3. Critères d’optimisation............................................................................................ 35
7.4. La détection du signal ............................................................................................. 36
8. Objectifs et stratégies ..................................................................................................... 39
PARTIE 2 : Matériel et méthode................................................................................................. 43
1. Préparation des échantillons .............................................................................................. 43
2. Mise au point des anticorps ................................................................................................ 43
2.1. Choix des anticorps ..................................................................................................... 44
2.2. Choix du tissu de mise au point .................................................................................. 45
2.3. Optimisation de l’immunohistochimie ....................................................................... 45
2.3.1. Le démasquage ................................................................................................... 45
2.3.2. La dilution de l’anticorps ..................................................................................... 46
2.4. Matériel ....................................................................................................................... 47
2.5. Procédure .................................................................................................................... 47
3. Optimisation de l’hybridation in situ .................................................................................. 49
3.1. Optimisation de la digestion enzymatique et de la concentration en sonde ............. 50
3.1.1. Digestion du tissu ................................................................................................ 50
3.1.2. Les sondes ........................................................................................................... 51
3.2. Matériel ....................................................................................................................... 52
3.3. Procédure .................................................................................................................... 53
4. Analyse des lames ............................................................................................................... 54
5. Echantillons tumoraux ........................................................................................................ 55
PARTIE 3 : Résultats .................................................................................................................... 59
1. Optimisation de l’hybridation in situ .............................................................................. 59
1.1. Traitement à la protéinase K ................................................................................... 59
1.2. La concentration des sondes ................................................................................... 61
1.3. Synthèse .................................................................................................................. 62
2. Etude de l’expression du miR-210 .................................................................................. 63
2.1. Comparaison aux données de qRT-PCR .................................................................. 64
2.2. Identification des cellules qui expriment miR-210.................................................. 64
3. Optimisation des immunomarquages ............................................................................. 68
3.1. Anti - Carbonic Anhydrase IX................................................................................... 68
3.2. Anti - Monocarboxylate Transporter 4 ................................................................... 70
3.3. Anti - Iron-Suflur Cluster 1/2 ................................................................................... 71
3.4. Anti - Hypoxia Inductible Factor 1α ........................................................................ 72
3.5. Synthèse .................................................................................................................. 72
4. Etude de l’expression des marqueurs de l’hypoxie ........................................................ 73
4.1. Carbonic Anhydrase IX ................................................................................................. 73
4.2. Monocarboxylate Transporter 4 .................................................................................. 75
4.3. Iron-Sulfur Cluster 1/2.................................................................................................. 77
4.4. Hypoxia inductible factor 1 alpha ................................................................................ 79
5. miR-210 et le métabolisme tumoral ............................................................................... 81
Conclusion ................................................................................................................................... 85
Liste des figures et abréviations.................................................................................................. 87
Bibliographie ............................................................................................................................... 92
AnnexesPermalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65694 Etude par hybridation in situ de l’expression du microARN miR-210 dans les cancers du sein triple négatifs [TFE / Mémoire] / SARA SOLLENNITA, Auteur . - 2016.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : biologie médicale Institut de Pathologie et de Génétique IPG Gosselies microARN miR-210 cancer du sein hypoxie anticorps hybridation in situ immunomarquages Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Remerciements
Présentation du lieu de stage
Introduction générale ................................................................................................................. 13
PARTIE 1 : Introduction théorique ............................................................................................. 17
1. Le cancer du sein ............................................................................................................. 17
1.1. Description et impact du cancer du sein ................................................................. 17
1.2. Structure histologique du sein normal .................................................................... 18
1.3. Les différents types de cancers du sein ...................................................................... 19
1.3.1. Classification histologique ............................................................................... 19
1.3.2. Classification Scarff Bloom & Richardson SBR ................................................ 20
1.3.3. Classification moléculaire................................................................................ 20
1.3.3.1. Type luminal ................................................................................................ 20
1.3.3.2. Type HER2 ................................................................................................... 21
1.3.3.3. Les cancers de type « triple négatifs » ........................................................ 22
2. Problématique ................................................................................................................. 22
3. Les microARN .................................................................................................................. 23
3.1. Généralités .............................................................................................................. 23
3.2. Les microARN dans les cancers ............................................................................... 24
4. Contexte de la recherche ................................................................................................ 26
5. Le micro ARN miR-210 .................................................................................................... 27
5.1. Généralités .............................................................................................................. 27
5.2. Le miR-210 et l’hypoxie ........................................................................................... 28
5.2.1. Définition et mécanismes de l’hypoxie ........................................................... 28
5.2.2. Les marqueurs de l’hypoxie ............................................................................ 29
5.2.2.1. Hypoxia Inductible Factor 1 alpha .............................................................. 29
5.2.2.2. Carbonic Anhydrase IX ................................................................................ 30
5.2.2.3. Iron-Sulfur Cluster 1/2 ................................................................................ 30
5.2.2.4. Monocarboxylate Transporter 4 ................................................................. 30
5.2.3. L’effet Warburg et l’effet Warburg inverse ........................................................ 31
6. Technique de détection des microARN ........................................................................... 32
6.1. Principe général de l’hybridation in situ selon le kit Exiqon ................................... 32
6.2. Les conditions d’hybridation ................................................................................... 33
6.3. Les sondes LNA ........................................................................................................ 33
7. Technique de détection des protéines ........................................................................... 34
7.1. Principe général de l’immunohistochimie .............................................................. 34
7.2. Les anticorps ........................................................................................................... 35
7.3. Critères d’optimisation............................................................................................ 35
7.4. La détection du signal ............................................................................................. 36
8. Objectifs et stratégies ..................................................................................................... 39
PARTIE 2 : Matériel et méthode................................................................................................. 43
1. Préparation des échantillons .............................................................................................. 43
2. Mise au point des anticorps ................................................................................................ 43
2.1. Choix des anticorps ..................................................................................................... 44
2.2. Choix du tissu de mise au point .................................................................................. 45
2.3. Optimisation de l’immunohistochimie ....................................................................... 45
2.3.1. Le démasquage ................................................................................................... 45
2.3.2. La dilution de l’anticorps ..................................................................................... 46
2.4. Matériel ....................................................................................................................... 47
2.5. Procédure .................................................................................................................... 47
3. Optimisation de l’hybridation in situ .................................................................................. 49
3.1. Optimisation de la digestion enzymatique et de la concentration en sonde ............. 50
3.1.1. Digestion du tissu ................................................................................................ 50
3.1.2. Les sondes ........................................................................................................... 51
3.2. Matériel ....................................................................................................................... 52
3.3. Procédure .................................................................................................................... 53
4. Analyse des lames ............................................................................................................... 54
5. Echantillons tumoraux ........................................................................................................ 55
PARTIE 3 : Résultats .................................................................................................................... 59
1. Optimisation de l’hybridation in situ .............................................................................. 59
1.1. Traitement à la protéinase K ................................................................................... 59
1.2. La concentration des sondes ................................................................................... 61
1.3. Synthèse .................................................................................................................. 62
2. Etude de l’expression du miR-210 .................................................................................. 63
2.1. Comparaison aux données de qRT-PCR .................................................................. 64
2.2. Identification des cellules qui expriment miR-210.................................................. 64
3. Optimisation des immunomarquages ............................................................................. 68
3.1. Anti - Carbonic Anhydrase IX................................................................................... 68
3.2. Anti - Monocarboxylate Transporter 4 ................................................................... 70
3.3. Anti - Iron-Suflur Cluster 1/2 ................................................................................... 71
3.4. Anti - Hypoxia Inductible Factor 1α ........................................................................ 72
3.5. Synthèse .................................................................................................................. 72
4. Etude de l’expression des marqueurs de l’hypoxie ........................................................ 73
4.1. Carbonic Anhydrase IX ................................................................................................. 73
4.2. Monocarboxylate Transporter 4 .................................................................................. 75
4.3. Iron-Sulfur Cluster 1/2.................................................................................................. 77
4.4. Hypoxia inductible factor 1 alpha ................................................................................ 79
5. miR-210 et le métabolisme tumoral ............................................................................... 81
Conclusion ................................................................................................................................... 85
Liste des figures et abréviations.................................................................................................. 87
Bibliographie ............................................................................................................................... 92
AnnexesPermalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65694 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Utilisation de la droplet digital PCR (ddPCR) pour l’analyse des mutations composites de BCR-ABL1 dans les leucémies myéloïdes chroniques résistantes et la détection de gènes de fusion dans le cancer du poumon. / Esra ACIKGOZ
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