Centre de Documentation Campus Montignies
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Attention, votre centre de documentation sera fermé du 27/04 au 12/05 inclus.
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Mécanismes de résistance aux aminoglycosides : le rôle du polyphosphate / Myriam Belmahi
Titre : Mécanismes de résistance aux aminoglycosides : le rôle du polyphosphate Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Myriam Belmahi, Auteur ; Nicolas Kesteman, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale Année de publication : 2021 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : aminoglycosides polyphosphate laboratoire génétique et physiologie bactérienne institut de biologie et médecine molécule IBMM Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Le développement et l’utilisation d’antibiotique à la moitié du 20e siècle constituèrent une réelle révolution, contribuant à l’augmentation de l’espérance de vie humaine. Cependant, alors la découverte d’antibiotique connu un déclin à partir des années 80, des souches de bactéries résistantes aux antibiotiques commencèrent à se répandre. Ces résistances ont rapidement constitué un problème de santé publique préoccupant la communauté scientifique et les pouvoirs publics qui investissent dans l’exploration de solutions. Cette recherche de solutions contre les bactéries résistantes est très diversifiée et comprend notamment la recherche de nouvelles cibles thérapeutiques, pour le traitement des maladies infectieuses, où l’étude du métabolisme du polyphosphate trouve tout son intérêt. Le polyphosphate est un polymère de phosphate inorganique dont l’étude débuta à la fin du 20e siècle. Il s’agit d’une molécule ubiquitaire liée aux origines de la vie qui a été retrouvée à la fois chez les procaryotes, les eucaryotes et les archées (bien qu’elle ait majoritairement été étudiée chez les procaryotes).
Ce polymère intervient dans un très grand nombre de mécanismes cellulaires mais a surtout souvent été associé aux mécanismes de résistance aux stress. Sa présence chez les bactéries a notamment été associée à une meilleure résistance aux antibiotiques. C’est la raison pour laquelle la synthèse du polyphosphate fait aujourd’hui l’objet d’un grand intérêt en tant que potentielle cible dans la lutte contre les infections bactériennes.
Ce projet de stage a pour but de découvrir le rôle que joue le polyphosphate dans la résistance aux aminoglycosides chez Escherichia coli. En effet, au cours de précédentes recherches, François Beaufay a découvert que l’absence de polyphosphate sensibilisait des souches d’E. coli (K-12 MG1655) à la présence de certains antibiotiques, dont les aminoglycosides (agissantcontre la fidélité de la traduction protéique) mais pas à l’exposition à d’autres antibiotiques agissant sur le blocage de la traduction (tel que le chloramphénicol). Ces observations ont alors suggéré que le polyphosphate pourrait être impliqué dans la fidélité de la traduction des
protéines. De plus, des résultats obtenus par Sarah Willems au cours de son stage à l’IBMM ont montré que les souches d’E. coli incapables de synthétiser le polyphosphate étaient plus sensibles à une exposition à la D-cyclosérine, alors qu’elles ne l’étaient pas à d’autres antibiotiques ciblant la paroi bactérienne (tels que les β-lactamines). Ces observations ont suggéré que la D-cyclosérine pourrait dès lors avoir une cible secondaire, autre que la paroi bactérienne, au niveau de laquelle le polyphosphate pourrait intervenir. Ainsi, le second objectif de ce projet est de tenter de déterminer si cette potentielle cible secondaire de la D-
cyclosérine serait la traduction protéique.Note de contenu : Table des matières
Remerciements...................................................................................................................................0
Table des matières..............................................................................................................................1
Présentation du lieu de stage..............................................................................................................4
Introduction générale .........................................................................................................................5
Partie théorique :................................................................................................................................7
Contexte général.............................................................................................................................7
1. Les antibiotiques : contexte historique ................................................................................7
2. Les antibiotiques : le revers de la médaille...........................................................................7
3. Le polyphosphate ................................................................................................................9
3.1. Origines du polyphosphate ..........................................................................................9
3.2. Rôles et fonctions biologiques du polyphosphate.......................................................10
3.2.1. Synthèse et dégradation du polyphosphate........................................................10
3.2.2. Chaperonne .......................................................................................................11
3.2.3. Rôle dans la réponse au stress............................................................................12
3.2.4. Rôle dans le manque en ressource nutritive .......................................................13
3.2.5. Rôle du polyphosphate dans la traduction bactérienne ......................................14
4. Le peptidoglycane .............................................................................................................14
4.1. Structure du peptidoglycane ......................................................................................15
4.2. Synthèse du peptidoglycane ......................................................................................16
4.2.1. Étapes cytoplasmiques de la synthèse du peptidoglycane ..................................16
4.2.2. Étapes membranaire de la synthèse du peptidoglycane .....................................16
4.2.3. Étapes périplasmique de la synthèse du peptidoglycane ....................................17
5. Antibiotiques agissant sur la synthèse de la paroi bactérienne...........................................18
5.1. Les β-lactamines ........................................................................................................18
5.2. La D-cyclosérine.........................................................................................................18
6. La synthèse protéique chez les bactéries ...........................................................................19
6.1. La traduction bactérienne ..........................................................................................19
6.2. Déroulement de la traduction bactérienne ................................................................19
6.2.1. L’initiation de la traduction chez les procaryotes ................................................19
6.2.2. L’élongation de la traduction chez les procaryotes .............................................20
6.2.3. La terminaison de la traduction chez les procaryotes..........................................21
6.3. Les principaux acteurs de la traduction bactérienne...................................................22
6.3.1. Le ribosome .......................................................................................................22
2
7. La fidélité de la traduction .................................................................................................23
8. Les erreurs de lecture ........................................................................................................24
9. Antibiotiques agissant sur la synthèse protéique ...............................................................24
9.1. Les aminoglycosides...................................................................................................25
9.2. Mutations liées à la résistance aux aminoglycosides ..................................................26
Objectifs et stratégies ...................................................................................................................27
1. Point de départ du stage....................................................................................................27
2. Objectifs du stage ..............................................................................................................28
3. Stratégies mises en place...................................................................................................28
Partie pratique..................................................................................................................................30
Matériels et méthodes..................................................................................................................30
1. Milieux et antibiotiques utilisés .........................................................................................30
1.1. Le milieu LB................................................................................................................30
1.2. Le milieu MOPS glucose .............................................................................................30
1.3. Antibiotiques .............................................................................................................30
2. Les conditions testées........................................................................................................30
3. Protocoles utilisés pour la construction des conditions testées ..........................................31
2.1. Protocole de miniprep ...............................................................................................31
2.2. Prépapration de bactéries compétentes ....................................................................32
2.3. Protocole d’électroporation .......................................................................................33
4. Le test β-galactosidase ......................................................................................................33
3.1. Protocole initial du test β-galactosidase (réalisé en tube de 2 ml) ..............................33
3.2. Protocole finale (utilisé pour les tests en plaques 96 puits) ........................................34
Résultats et discussion ..................................................................................................................35
1. Le test β-galactosidase ......................................................................................................35
1.1. Principe du test β-galactosidase.................................................................................35
1.2. Mise au point du test β-galactosidase ........................................................................35
1.2.1. Bruit de fond trop élevé .....................................................................................35
1.2.2. Problème de reproductibilité des résultats .........................................................37
2. Analyse des résultats des tests β-galactosidase..................................................................39
2.1. Démarche d’analyses des résultats : illustrée à l’aide du pSG 34-11 ...........................39
2.1.1. Calcul de l’activité β-galactosidase (en M.U.)......................................................39
2.1.2. Calcul du taux d’erreur commise lors de la traduction ........................................42
2.2. Analyse des taux d’erreur de lectures des deux autres conditions tests......................43
2.2.1. Taux d’erreur des souches contenant le pSG 627................................................43
2.2.2. Taux d’erreur de lecture des souches avec pSG 12-6 ..........................................44
3
3. Test de la D-cyclosérine .....................................................................................................45
3.1. Création du milieu isotonique ....................................................................................45
3.2. Test β-galactosidase sur les souches exposées à la D-cyclosérine ...............................48
4. Discussions des résultats obtenus......................................................................................50
Conclusions générales et perspectives ..............................................................................................51
Liste des figures ................................................................................................................................53
Bibliographie ....................................................................................................................................56
Annexes..............................................................................................................................................0
Annexe 1.........................................................................................................................................0
Annexe 2.........................................................................................................................................0
Résumé...............................................................................................................................................0
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=100295 Mécanismes de résistance aux aminoglycosides : le rôle du polyphosphate [TFE / Mémoire] / Myriam Belmahi, Auteur ; Nicolas Kesteman, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale, 2021.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur
Langues : Français (fre)
Mots-clés : aminoglycosides polyphosphate laboratoire génétique et physiologie bactérienne institut de biologie et médecine molécule IBMM Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Le développement et l’utilisation d’antibiotique à la moitié du 20e siècle constituèrent une réelle révolution, contribuant à l’augmentation de l’espérance de vie humaine. Cependant, alors la découverte d’antibiotique connu un déclin à partir des années 80, des souches de bactéries résistantes aux antibiotiques commencèrent à se répandre. Ces résistances ont rapidement constitué un problème de santé publique préoccupant la communauté scientifique et les pouvoirs publics qui investissent dans l’exploration de solutions. Cette recherche de solutions contre les bactéries résistantes est très diversifiée et comprend notamment la recherche de nouvelles cibles thérapeutiques, pour le traitement des maladies infectieuses, où l’étude du métabolisme du polyphosphate trouve tout son intérêt. Le polyphosphate est un polymère de phosphate inorganique dont l’étude débuta à la fin du 20e siècle. Il s’agit d’une molécule ubiquitaire liée aux origines de la vie qui a été retrouvée à la fois chez les procaryotes, les eucaryotes et les archées (bien qu’elle ait majoritairement été étudiée chez les procaryotes).
Ce polymère intervient dans un très grand nombre de mécanismes cellulaires mais a surtout souvent été associé aux mécanismes de résistance aux stress. Sa présence chez les bactéries a notamment été associée à une meilleure résistance aux antibiotiques. C’est la raison pour laquelle la synthèse du polyphosphate fait aujourd’hui l’objet d’un grand intérêt en tant que potentielle cible dans la lutte contre les infections bactériennes.
Ce projet de stage a pour but de découvrir le rôle que joue le polyphosphate dans la résistance aux aminoglycosides chez Escherichia coli. En effet, au cours de précédentes recherches, François Beaufay a découvert que l’absence de polyphosphate sensibilisait des souches d’E. coli (K-12 MG1655) à la présence de certains antibiotiques, dont les aminoglycosides (agissantcontre la fidélité de la traduction protéique) mais pas à l’exposition à d’autres antibiotiques agissant sur le blocage de la traduction (tel que le chloramphénicol). Ces observations ont alors suggéré que le polyphosphate pourrait être impliqué dans la fidélité de la traduction des
protéines. De plus, des résultats obtenus par Sarah Willems au cours de son stage à l’IBMM ont montré que les souches d’E. coli incapables de synthétiser le polyphosphate étaient plus sensibles à une exposition à la D-cyclosérine, alors qu’elles ne l’étaient pas à d’autres antibiotiques ciblant la paroi bactérienne (tels que les β-lactamines). Ces observations ont suggéré que la D-cyclosérine pourrait dès lors avoir une cible secondaire, autre que la paroi bactérienne, au niveau de laquelle le polyphosphate pourrait intervenir. Ainsi, le second objectif de ce projet est de tenter de déterminer si cette potentielle cible secondaire de la D-
cyclosérine serait la traduction protéique.Note de contenu : Table des matières
Remerciements...................................................................................................................................0
Table des matières..............................................................................................................................1
Présentation du lieu de stage..............................................................................................................4
Introduction générale .........................................................................................................................5
Partie théorique :................................................................................................................................7
Contexte général.............................................................................................................................7
1. Les antibiotiques : contexte historique ................................................................................7
2. Les antibiotiques : le revers de la médaille...........................................................................7
3. Le polyphosphate ................................................................................................................9
3.1. Origines du polyphosphate ..........................................................................................9
3.2. Rôles et fonctions biologiques du polyphosphate.......................................................10
3.2.1. Synthèse et dégradation du polyphosphate........................................................10
3.2.2. Chaperonne .......................................................................................................11
3.2.3. Rôle dans la réponse au stress............................................................................12
3.2.4. Rôle dans le manque en ressource nutritive .......................................................13
3.2.5. Rôle du polyphosphate dans la traduction bactérienne ......................................14
4. Le peptidoglycane .............................................................................................................14
4.1. Structure du peptidoglycane ......................................................................................15
4.2. Synthèse du peptidoglycane ......................................................................................16
4.2.1. Étapes cytoplasmiques de la synthèse du peptidoglycane ..................................16
4.2.2. Étapes membranaire de la synthèse du peptidoglycane .....................................16
4.2.3. Étapes périplasmique de la synthèse du peptidoglycane ....................................17
5. Antibiotiques agissant sur la synthèse de la paroi bactérienne...........................................18
5.1. Les β-lactamines ........................................................................................................18
5.2. La D-cyclosérine.........................................................................................................18
6. La synthèse protéique chez les bactéries ...........................................................................19
6.1. La traduction bactérienne ..........................................................................................19
6.2. Déroulement de la traduction bactérienne ................................................................19
6.2.1. L’initiation de la traduction chez les procaryotes ................................................19
6.2.2. L’élongation de la traduction chez les procaryotes .............................................20
6.2.3. La terminaison de la traduction chez les procaryotes..........................................21
6.3. Les principaux acteurs de la traduction bactérienne...................................................22
6.3.1. Le ribosome .......................................................................................................22
2
7. La fidélité de la traduction .................................................................................................23
8. Les erreurs de lecture ........................................................................................................24
9. Antibiotiques agissant sur la synthèse protéique ...............................................................24
9.1. Les aminoglycosides...................................................................................................25
9.2. Mutations liées à la résistance aux aminoglycosides ..................................................26
Objectifs et stratégies ...................................................................................................................27
1. Point de départ du stage....................................................................................................27
2. Objectifs du stage ..............................................................................................................28
3. Stratégies mises en place...................................................................................................28
Partie pratique..................................................................................................................................30
Matériels et méthodes..................................................................................................................30
1. Milieux et antibiotiques utilisés .........................................................................................30
1.1. Le milieu LB................................................................................................................30
1.2. Le milieu MOPS glucose .............................................................................................30
1.3. Antibiotiques .............................................................................................................30
2. Les conditions testées........................................................................................................30
3. Protocoles utilisés pour la construction des conditions testées ..........................................31
2.1. Protocole de miniprep ...............................................................................................31
2.2. Prépapration de bactéries compétentes ....................................................................32
2.3. Protocole d’électroporation .......................................................................................33
4. Le test β-galactosidase ......................................................................................................33
3.1. Protocole initial du test β-galactosidase (réalisé en tube de 2 ml) ..............................33
3.2. Protocole finale (utilisé pour les tests en plaques 96 puits) ........................................34
Résultats et discussion ..................................................................................................................35
1. Le test β-galactosidase ......................................................................................................35
1.1. Principe du test β-galactosidase.................................................................................35
1.2. Mise au point du test β-galactosidase ........................................................................35
1.2.1. Bruit de fond trop élevé .....................................................................................35
1.2.2. Problème de reproductibilité des résultats .........................................................37
2. Analyse des résultats des tests β-galactosidase..................................................................39
2.1. Démarche d’analyses des résultats : illustrée à l’aide du pSG 34-11 ...........................39
2.1.1. Calcul de l’activité β-galactosidase (en M.U.)......................................................39
2.1.2. Calcul du taux d’erreur commise lors de la traduction ........................................42
2.2. Analyse des taux d’erreur de lectures des deux autres conditions tests......................43
2.2.1. Taux d’erreur des souches contenant le pSG 627................................................43
2.2.2. Taux d’erreur de lecture des souches avec pSG 12-6 ..........................................44
3
3. Test de la D-cyclosérine .....................................................................................................45
3.1. Création du milieu isotonique ....................................................................................45
3.2. Test β-galactosidase sur les souches exposées à la D-cyclosérine ...............................48
4. Discussions des résultats obtenus......................................................................................50
Conclusions générales et perspectives ..............................................................................................51
Liste des figures ................................................................................................................................53
Bibliographie ....................................................................................................................................56
Annexes..............................................................................................................................................0
Annexe 1.........................................................................................................................................0
Annexe 2.........................................................................................................................................0
Résumé...............................................................................................................................................0
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=100295 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Etude du rôle du facteur de transcription Dmrt4 dans le développement du cortex cérébral chez la souris / ÉMILIE POSSONI
Titre : Etude du rôle du facteur de transcription Dmrt4 dans le développement du cortex cérébral chez la souris Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : ÉMILIE POSSONI, Auteur Année de publication : 2016 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale Institut de Biologie et de Médecine Moléculaires IBMM Gosselies transcription Dmrt4 cortex cérébral souris Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
REMERCIEMENTS
PRESENTATION DU LIEU DE STAGE
INTRODUCTION GÉNÉRALE ................................................................................................................ 7
CONTEXTE THEORIQUE ...................................................................................................................... 8
1. Généralités sur le cortex cérébral .............................................................................................. 8
1.1 Origine embryonnaire du cortex cérébral ............................................................................ 9
1.2 Subdivisions du cortex cérébral ......................................................................................... 11
1.2.1 Le néocortex ................................................................................................................ 12
1.2.2 L’archicortex ................................................................................................................ 15
1.2.3 Le paléocortex ............................................................................................................. 15
2. Mécanismes impliqués dans la mise en place des aires du néocortex .................................... 15
2.1 Signaux provenant des centres organisateurs ................................................................... 15
2.1.1 L’hème cortical ............................................................................................................ 16
2.1.2 La plaque commissurale .............................................................................................. 17
2.1.3 L’anti-hème cortical..................................................................................................... 18
2.2 Facteurs de transcription impliqués dans la mise en place des aires ................................ 20
3. Corticogenèse ........................................................................................................................... 22
3.1 Déroulement de la corticogenèse ...................................................................................... 22
3.2 Les gènes proneuraux ........................................................................................................ 23
4. Famille des gènes Dmrt ............................................................................................................ 23
4.1 Sous famille A des gènes Dmrt ........................................................................................... 24
4.1.1 Dmrt3 et Dmrt5 ........................................................................................................... 25
4.1.2 Dmrt4 .......................................................................................................................... 26
5. Phénotype des souris Dmrt4 « knock-out » ............................................................................. 27
OBJECTIFS ET STRATEGIE .................................................................................................................. 29
MATERIEL ET METHODES ................................................................................................................. 31
1. Lignées de souris ...................................................................................................................... 31
1.1 Obtention des souris Dmrt4Δ/Δ ........................................................................................... 31
1.2 Génotypage ........................................................................................................................ 32
1.2.1 Extraction d’ADN ......................................................................................................... 32
1.2.2 PCR Dmrt4Δ .................................................................................................................. 33
1.2.3 PCR Dmrt4LoxP ............................................................................................................ 35
2. Prélèvements et conservations des échantillons ..................................................................... 36
2.1 Fécondation et prélèvement .............................................................................................. 36
2.2 Conservation des embryons ............................................................................................... 36
2.3 Coupes au cryostat ............................................................................................................. 37
2.4 Conservation des cerveaux entiers .................................................................................... 37
3. Hybridation in situ (HIS) ........................................................................................................... 37
3.1 Préparation des sondes ...................................................................................................... 38
3.2 HIS sur cryosections ........................................................................................................... 38
3.3 HIS sur cerveaux entiers (Whole-mount) ........................................................................... 40
4. RT-qPCR .................................................................................................................................... 42
4.1 Extraction D’ARNs .............................................................................................................. 42
4.2 Transcription inverse .......................................................................................................... 42
4.3 PCR quantitative (qPCR) ..................................................................................................... 42
RESULTATS ET DISCUSSION .............................................................................................................. 45
1. Dmrt4 et la formation des aires primaires du néocortex ......................................................... 45
1.1 L’absence de Dmrt4 n’affecte pas la formation des aires du néocortex ........................... 45
1.2 Aucune variation significative de la surface des hémisphères cérébraux à P7 chez les souris Dmrt4Δ/Δ ......................................................................................................................... 47
2. Dmrt4 et le centre organisateur correspondant à l’anti-hème................................................ 47
2.1 L’expression de Sfrp2 ne semble pas varier chez les souris Dmrt4Δ/Δ à E12.5. .................. 47
2.2 L’expression de Dbx1 semble légèrement diminuée chez les souris Dmrt4Δ/Δ à E12.5 ..... 48
3. Dmrt4 et son rôle dans la corticogenèse ................................................................................. 49
3.1 L’expression du gène proneural Ascl1 semble perturbée au cours du développement embryonnaire chez les embryons Dmrt4Δ/Δ ............................................................................. 49
3.2 L’expression de Ngn2 semble diminuée chez les embryons Dmrt4Δ/Δ au cours de la corticogenèse ........................................................................................................................... 51
4. Potentiel rôle de Dmrt4 dans les ganglions crâniaux ............................................................... 52
4.1 Différence de patron d’expression de Sfrp2 au niveau du ganglion trigeminal ................. 52
4.2 Défaut de génération des neurones au niveaux des ganglions crâniaux chez les souris Dmrt4Δ/Δ .................................................................................................................................... 53
5. RT-qPCR .................................................................................................................................... 54
CONCLUSION ET PERSPECTIVES ....................................................................................................... 57
ABREVIATIONS .................................................................................................................................. 59
GLOSSAIRE ........................................................................................................................................ 61
LISTE DES FIGURES ........................................................................................................................... 63
BIBLIOGRAPHIE ................................................................................................................................. 65Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65689 Etude du rôle du facteur de transcription Dmrt4 dans le développement du cortex cérébral chez la souris [TFE / Mémoire] / ÉMILIE POSSONI, Auteur . - 2016.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
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Mots-clés : biologie médicale Institut de Biologie et de Médecine Moléculaires IBMM Gosselies transcription Dmrt4 cortex cérébral souris Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
REMERCIEMENTS
PRESENTATION DU LIEU DE STAGE
INTRODUCTION GÉNÉRALE ................................................................................................................ 7
CONTEXTE THEORIQUE ...................................................................................................................... 8
1. Généralités sur le cortex cérébral .............................................................................................. 8
1.1 Origine embryonnaire du cortex cérébral ............................................................................ 9
1.2 Subdivisions du cortex cérébral ......................................................................................... 11
1.2.1 Le néocortex ................................................................................................................ 12
1.2.2 L’archicortex ................................................................................................................ 15
1.2.3 Le paléocortex ............................................................................................................. 15
2. Mécanismes impliqués dans la mise en place des aires du néocortex .................................... 15
2.1 Signaux provenant des centres organisateurs ................................................................... 15
2.1.1 L’hème cortical ............................................................................................................ 16
2.1.2 La plaque commissurale .............................................................................................. 17
2.1.3 L’anti-hème cortical..................................................................................................... 18
2.2 Facteurs de transcription impliqués dans la mise en place des aires ................................ 20
3. Corticogenèse ........................................................................................................................... 22
3.1 Déroulement de la corticogenèse ...................................................................................... 22
3.2 Les gènes proneuraux ........................................................................................................ 23
4. Famille des gènes Dmrt ............................................................................................................ 23
4.1 Sous famille A des gènes Dmrt ........................................................................................... 24
4.1.1 Dmrt3 et Dmrt5 ........................................................................................................... 25
4.1.2 Dmrt4 .......................................................................................................................... 26
5. Phénotype des souris Dmrt4 « knock-out » ............................................................................. 27
OBJECTIFS ET STRATEGIE .................................................................................................................. 29
MATERIEL ET METHODES ................................................................................................................. 31
1. Lignées de souris ...................................................................................................................... 31
1.1 Obtention des souris Dmrt4Δ/Δ ........................................................................................... 31
1.2 Génotypage ........................................................................................................................ 32
1.2.1 Extraction d’ADN ......................................................................................................... 32
1.2.2 PCR Dmrt4Δ .................................................................................................................. 33
1.2.3 PCR Dmrt4LoxP ............................................................................................................ 35
2. Prélèvements et conservations des échantillons ..................................................................... 36
2.1 Fécondation et prélèvement .............................................................................................. 36
2.2 Conservation des embryons ............................................................................................... 36
2.3 Coupes au cryostat ............................................................................................................. 37
2.4 Conservation des cerveaux entiers .................................................................................... 37
3. Hybridation in situ (HIS) ........................................................................................................... 37
3.1 Préparation des sondes ...................................................................................................... 38
3.2 HIS sur cryosections ........................................................................................................... 38
3.3 HIS sur cerveaux entiers (Whole-mount) ........................................................................... 40
4. RT-qPCR .................................................................................................................................... 42
4.1 Extraction D’ARNs .............................................................................................................. 42
4.2 Transcription inverse .......................................................................................................... 42
4.3 PCR quantitative (qPCR) ..................................................................................................... 42
RESULTATS ET DISCUSSION .............................................................................................................. 45
1. Dmrt4 et la formation des aires primaires du néocortex ......................................................... 45
1.1 L’absence de Dmrt4 n’affecte pas la formation des aires du néocortex ........................... 45
1.2 Aucune variation significative de la surface des hémisphères cérébraux à P7 chez les souris Dmrt4Δ/Δ ......................................................................................................................... 47
2. Dmrt4 et le centre organisateur correspondant à l’anti-hème................................................ 47
2.1 L’expression de Sfrp2 ne semble pas varier chez les souris Dmrt4Δ/Δ à E12.5. .................. 47
2.2 L’expression de Dbx1 semble légèrement diminuée chez les souris Dmrt4Δ/Δ à E12.5 ..... 48
3. Dmrt4 et son rôle dans la corticogenèse ................................................................................. 49
3.1 L’expression du gène proneural Ascl1 semble perturbée au cours du développement embryonnaire chez les embryons Dmrt4Δ/Δ ............................................................................. 49
3.2 L’expression de Ngn2 semble diminuée chez les embryons Dmrt4Δ/Δ au cours de la corticogenèse ........................................................................................................................... 51
4. Potentiel rôle de Dmrt4 dans les ganglions crâniaux ............................................................... 52
4.1 Différence de patron d’expression de Sfrp2 au niveau du ganglion trigeminal ................. 52
4.2 Défaut de génération des neurones au niveaux des ganglions crâniaux chez les souris Dmrt4Δ/Δ .................................................................................................................................... 53
5. RT-qPCR .................................................................................................................................... 54
CONCLUSION ET PERSPECTIVES ....................................................................................................... 57
ABREVIATIONS .................................................................................................................................. 59
GLOSSAIRE ........................................................................................................................................ 61
LISTE DES FIGURES ........................................................................................................................... 63
BIBLIOGRAPHIE ................................................................................................................................. 65Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65689 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Influence de la déacétylase SIRT1 dans la production de l’interleukine-21 par les lymphocytes T helper / Florian VISEE
Titre : Influence de la déacétylase SIRT1 dans la production de l’interleukine-21 par les lymphocytes T helper Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Florian VISEE, Auteur Année de publication : 2014 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : BIOLOGIE MÉDICALE IBMM CHARLEROI DEACETYLASE SIRT1 INTERLEUKINE INTERLEUKINE-21 LYMPOCYTES T LYMPHOCYTE T HELPER SYSTEME IMMUNITAIRE NAD STAT3 SIRTUINES SOURIS CYTOMETRIE EN FLUX MARQUAGE GENOTYPIQUE PCR RT-PCR IL-21 Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65415 Influence de la déacétylase SIRT1 dans la production de l’interleukine-21 par les lymphocytes T helper [TFE / Mémoire] / Florian VISEE, Auteur . - 2014.
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Mots-clés : BIOLOGIE MÉDICALE IBMM CHARLEROI DEACETYLASE SIRT1 INTERLEUKINE INTERLEUKINE-21 LYMPOCYTES T LYMPHOCYTE T HELPER SYSTEME IMMUNITAIRE NAD STAT3 SIRTUINES SOURIS CYTOMETRIE EN FLUX MARQUAGE GENOTYPIQUE PCR RT-PCR IL-21 Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65415 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Mise au point d’une stratégie de neutralisation de l’Apolipoprotéine L1 dans les cellules rénales / Olivier GASPARD
Titre : Mise au point d’une stratégie de neutralisation de l’Apolipoprotéine L1 dans les cellules rénales Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Olivier GASPARD, Auteur Année de publication : 2014 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : BIOLOGIE MÉDICALE LABORATOIRE DE PARASITOLOGIE MOLECULAIRE IBMM ULB APOLIPOPROTEINE L1 CELLULES RENALES TRYPANOSOME RESISTANCE T.B. RHODESIENSE REIN NEPHROPATHIE PODOCYTES INFECTION VIRALES CLONAGE PCR PURIFICATION DE PROTEINES SRA SRAPP IMMUNODETECTION IMMUNOFLUORESCENCE APOL1 PCDNA3 WESTERN BLOT CYTOMETRIE EN FLUX Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65386 Mise au point d’une stratégie de neutralisation de l’Apolipoprotéine L1 dans les cellules rénales [TFE / Mémoire] / Olivier GASPARD, Auteur . - 2014.
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Mots-clés : BIOLOGIE MÉDICALE LABORATOIRE DE PARASITOLOGIE MOLECULAIRE IBMM ULB APOLIPOPROTEINE L1 CELLULES RENALES TRYPANOSOME RESISTANCE T.B. RHODESIENSE REIN NEPHROPATHIE PODOCYTES INFECTION VIRALES CLONAGE PCR PURIFICATION DE PROTEINES SRA SRAPP IMMUNODETECTION IMMUNOFLUORESCENCE APOL1 PCDNA3 WESTERN BLOT CYTOMETRIE EN FLUX Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65386 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Rôle de l’hypoxie sur la réponse anti-tumorale dans un modèle murin / ANAËLLE TAQUIN
Titre : Rôle de l’hypoxie sur la réponse anti-tumorale dans un modèle murin Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : ANAËLLE TAQUIN, Auteur Année de publication : 2016 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale biopark de Charleroi Gosselies IBMM laboratoire d’Immunologie cancer hypoxie réponse anti-tumorale modèle murin immunité Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : PRÉSENTATION DU LIEU DE STAGE ......................................................................................... 6
CONTEXTE THÉORIQUE .......................................................................................................... 8
1. LE SYSTÈME IMMUNITAIRE ........................................................................................................... 8
1.1. L’immunité innée .......................................................................................................... 9
1.1.1. Les cellules tueuses naturelles (NK) .......................................................................... 9
1.1.2. Les cellules présentatrices d’antigène .................................................................... 10
1.2. L’immunité adaptative ................................................................................................ 10
1.2.1. La réponse humorale .............................................................................................. 10
1.2.2. La réponse à médiation cellulaire ........................................................................... 11
1.2.2.1. Les lymphocytes T CD8+ ................................................................................... 12
1.2.2.2. Les lymphocytes T CD4+ ................................................................................... 12
a) Les lymphocytes TH1 ............................................................................................ 12
b) Les lymphocytes TH2 ............................................................................................ 13
c) Les lymphocytes TH17 .......................................................................................... 13
d) Les lymphocytes T régulateurs ............................................................................ 14
2. L’IMMUNITÉ ANTI-TUMORALE .................................................................................................... 14
2.1. Immunosurveillance.................................................................................................... 15
2.2. Hypoxie ....................................................................................................................... 17
BUT DU TRAVAIL .................................................................................................................. 22
MATÉRIELS ET MÉTHODES ................................................................................................... 24
1. LES SOURIS ............................................................................................................................. 24
2. LES CELLULES TUMORALES ......................................................................................................... 25
3. SOLUTIONS ET MILIEUX ............................................................................................................. 25
4. MÉTHODES ............................................................................................................................ 27
4.1. Traitement in vivo des souris ...................................................................................... 27
4.1.1. Croissance tumorale ................................................................................................ 27
4.1.2. Traitement avec l’anti-NK1.1 .................................................................................. 27
4.2. Cytométrie en flux ...................................................................................................... 27
4.2.1. Marquage extracellulaire ........................................................................................ 29
4.2.2. Marquage intracellulaire ......................................................................................... 29
4.2.3. Anticorps ................................................................................................................. 29
RÉSULTATS ET DISCUSSION .................................................................................................. 33
1. CROISSANCE TUMORALE DE PLUSIEURS LIGNÉES DE SOURIS ............................................................... 33
2. PHÉNOTYPE DES LYMPHOCYTES T ................................................................................................ 35
2.1. La proportion de lymphocytes T CD8+ est augmentée dans la tumeur EG7-OVA quand HIF-1α est stabilisé dans les lymphocytes T ............................................................... 35
2.2. Le taux de prolifération des lymphocytes T est similaire dans les tumeurs des souris où HIF-1α est stabilisé ............................................................................................................ 38
2.3. Les lymphocytes T ont le même phénotype dans les tumeurs des souris CD4 Cre+ PHD2fl/fl par rapport aux souris WT ....................................................................................... 39
2.4. Conclusion ................................................................................................................... 40
3. LE TAUX DE PROLIFÉRATION DES CELLULES NK ET LE POURCENTAGE DE CELLULES EFFECTRICES SONT AUGMENTÉS DANS LES TUMEURS DES SOURIS CD4 CRE+ PHD2FL/FL .......................................................... 41
3.1. Pourcentage de cellules NK ........................................................................................ 41
3.2. Le taux de prolifération des cellules NK ..................................................................... 42
3.3. Etat de maturité des cellules NK ................................................................................. 42
3.4. Conclusion ................................................................................................................... 44
4. LA DÉPLÉTION DES CELLULES NK DANS LES SOURIS CD4 CRE+ PHD2FL/FL NE PRÉVIENT PAS LE REJET DE LA TUMEUR EG7-OVA ........................................................................................................................ 44
CONCLUSION GÉNÉRALE ET PERSPECTIVES ........................................................................... 47
LISTE DES FIGURES - TABLEAUX ............................................................................................ 49
LISTE DES ABRÉVIATIONS ..................................................................................................... 51
BIBLIOGRAPHIE .................................................................................................................... 53Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65696 Rôle de l’hypoxie sur la réponse anti-tumorale dans un modèle murin [TFE / Mémoire] / ANAËLLE TAQUIN, Auteur . - 2016.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : biologie médicale biopark de Charleroi Gosselies IBMM laboratoire d’Immunologie cancer hypoxie réponse anti-tumorale modèle murin immunité Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : PRÉSENTATION DU LIEU DE STAGE ......................................................................................... 6
CONTEXTE THÉORIQUE .......................................................................................................... 8
1. LE SYSTÈME IMMUNITAIRE ........................................................................................................... 8
1.1. L’immunité innée .......................................................................................................... 9
1.1.1. Les cellules tueuses naturelles (NK) .......................................................................... 9
1.1.2. Les cellules présentatrices d’antigène .................................................................... 10
1.2. L’immunité adaptative ................................................................................................ 10
1.2.1. La réponse humorale .............................................................................................. 10
1.2.2. La réponse à médiation cellulaire ........................................................................... 11
1.2.2.1. Les lymphocytes T CD8+ ................................................................................... 12
1.2.2.2. Les lymphocytes T CD4+ ................................................................................... 12
a) Les lymphocytes TH1 ............................................................................................ 12
b) Les lymphocytes TH2 ............................................................................................ 13
c) Les lymphocytes TH17 .......................................................................................... 13
d) Les lymphocytes T régulateurs ............................................................................ 14
2. L’IMMUNITÉ ANTI-TUMORALE .................................................................................................... 14
2.1. Immunosurveillance.................................................................................................... 15
2.2. Hypoxie ....................................................................................................................... 17
BUT DU TRAVAIL .................................................................................................................. 22
MATÉRIELS ET MÉTHODES ................................................................................................... 24
1. LES SOURIS ............................................................................................................................. 24
2. LES CELLULES TUMORALES ......................................................................................................... 25
3. SOLUTIONS ET MILIEUX ............................................................................................................. 25
4. MÉTHODES ............................................................................................................................ 27
4.1. Traitement in vivo des souris ...................................................................................... 27
4.1.1. Croissance tumorale ................................................................................................ 27
4.1.2. Traitement avec l’anti-NK1.1 .................................................................................. 27
4.2. Cytométrie en flux ...................................................................................................... 27
4.2.1. Marquage extracellulaire ........................................................................................ 29
4.2.2. Marquage intracellulaire ......................................................................................... 29
4.2.3. Anticorps ................................................................................................................. 29
RÉSULTATS ET DISCUSSION .................................................................................................. 33
1. CROISSANCE TUMORALE DE PLUSIEURS LIGNÉES DE SOURIS ............................................................... 33
2. PHÉNOTYPE DES LYMPHOCYTES T ................................................................................................ 35
2.1. La proportion de lymphocytes T CD8+ est augmentée dans la tumeur EG7-OVA quand HIF-1α est stabilisé dans les lymphocytes T ............................................................... 35
2.2. Le taux de prolifération des lymphocytes T est similaire dans les tumeurs des souris où HIF-1α est stabilisé ............................................................................................................ 38
2.3. Les lymphocytes T ont le même phénotype dans les tumeurs des souris CD4 Cre+ PHD2fl/fl par rapport aux souris WT ....................................................................................... 39
2.4. Conclusion ................................................................................................................... 40
3. LE TAUX DE PROLIFÉRATION DES CELLULES NK ET LE POURCENTAGE DE CELLULES EFFECTRICES SONT AUGMENTÉS DANS LES TUMEURS DES SOURIS CD4 CRE+ PHD2FL/FL .......................................................... 41
3.1. Pourcentage de cellules NK ........................................................................................ 41
3.2. Le taux de prolifération des cellules NK ..................................................................... 42
3.3. Etat de maturité des cellules NK ................................................................................. 42
3.4. Conclusion ................................................................................................................... 44
4. LA DÉPLÉTION DES CELLULES NK DANS LES SOURIS CD4 CRE+ PHD2FL/FL NE PRÉVIENT PAS LE REJET DE LA TUMEUR EG7-OVA ........................................................................................................................ 44
CONCLUSION GÉNÉRALE ET PERSPECTIVES ........................................................................... 47
LISTE DES FIGURES - TABLEAUX ............................................................................................ 49
LISTE DES ABRÉVIATIONS ..................................................................................................... 51
BIBLIOGRAPHIE .................................................................................................................... 53Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65696 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire