Centre de Documentation Campus Montignies
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Analyse rétrospective des performances du test de détection rapide antigénique du SARS-CoV-2 comparé au test de référence RT-PCR / Mathieu Bernard in Annales de Biologie Clinique, Vol. 79, n°2 (Mars-Avril 2021)
[article]
Titre : Analyse rétrospective des performances du test de détection rapide antigénique du SARS-CoV-2 comparé au test de référence RT-PCR Type de document : texte imprimé Auteurs : Mathieu Bernard ; Gina Cosentino ; Laura Pieri ; Pierre Zachary ; Michael Buser ; Laurent Kbaier ; Jean-Marc Giannoli Année de publication : 2021 Article en page(s) : p. 168-175 Note générale : DOI : 10.1684/abc.2021.1641 Langues : Français (fre) Mots-clés : SARS-CoV-2 RT-PCR diagnostic test de détection rapide antigénique sensibilité spécificité symptômes valeur de Cycles Treshold Résumé : ntroduction : Découvert en 2019 dans la région de Wuhan en Chine, le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) s’est rapidement imposé comme un agent pathogène majeur de morbi-mortalité. Aujourd’hui, la France a mis en place une stratégie de lutte contre ce virus. Elle repose essentiellement sur la réalisation massive de tests virologiques RT-PCR afin d’isoler les patients positifs. Récemment, des tests antigéniques ont été mis à disposition pour aider au diagnostic. Nous avons réalisé une étude rétrospective pour déterminer la sensibilité des tests antigéniques par rapport à la méthode de référence RT-PCR. Méthode : Entre le 7 décembre 2020 et le 31 janvier 2021, chaque patient venant dans nos laboratoires pour un test RT-PCR a été incorporé dans notre étude. Sur 271 649 patients, 4 881 avaient effectué un test antigénique (TDR) dans les 24 heures précédentes. En comparant les données des résultats des deux tests, nous avons déterminé la sensibilité et la spécificité des tests antigéniques. Pour notre analyse, nous avons inclus la durée des symptômes et/ou les valeurs de Cycles threshold (Ct) dans nos paramètres. Résultats : La sensibilité des TDRs comparée à toutes les RT-PCR positives est de 56 %. Nous montrons une corrélation positive entre la durée des symptômes et la diminution de la charge virale nasopharyngée. À partir de ces données, nous avons pu déterminer que la sensibilité des TDRs diminue très rapidement après l’apparition des symptômes contrairement à la charge virale estimée en RT-PCR. En effet, 24 heures après l’apparition des symptômes la sensibilité des TDRs passe de 74 % à 60 %. En incluant les valeurs de Ct dans nos paramètres, nous avons montré que malgré une charge virale élevée et des symptômes datant de moins de 7 jours, la sensibilité des TDRs est de 66 %. Malgré les difficultés inhérentes au taux élevé de patients asymptomatiques parmi les porteurs de SARS-CoV-2, nous avons estimé une spécificité des TDR de 93 %. Conclusions : Les performances en termes de sensibilité et de spécificité du TDR évaluées sur le terrain sont inférieures à celles rapportées par les fabricants, ce qui soulève plusieurs questions. Quel est l’impact de résultats rendus faussement négatifs pour les patients ayant une charge virale élevée ? Les mesures appliquées sont-elles suffisantes pour prévenir l’épidémie ? Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=95673
in Annales de Biologie Clinique > Vol. 79, n°2 (Mars-Avril 2021) . - p. 168-175[article] Analyse rétrospective des performances du test de détection rapide antigénique du SARS-CoV-2 comparé au test de référence RT-PCR [texte imprimé] / Mathieu Bernard ; Gina Cosentino ; Laura Pieri ; Pierre Zachary ; Michael Buser ; Laurent Kbaier ; Jean-Marc Giannoli . - 2021 . - p. 168-175.
DOI : 10.1684/abc.2021.1641
Langues : Français (fre)
in Annales de Biologie Clinique > Vol. 79, n°2 (Mars-Avril 2021) . - p. 168-175
Mots-clés : SARS-CoV-2 RT-PCR diagnostic test de détection rapide antigénique sensibilité spécificité symptômes valeur de Cycles Treshold Résumé : ntroduction : Découvert en 2019 dans la région de Wuhan en Chine, le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) s’est rapidement imposé comme un agent pathogène majeur de morbi-mortalité. Aujourd’hui, la France a mis en place une stratégie de lutte contre ce virus. Elle repose essentiellement sur la réalisation massive de tests virologiques RT-PCR afin d’isoler les patients positifs. Récemment, des tests antigéniques ont été mis à disposition pour aider au diagnostic. Nous avons réalisé une étude rétrospective pour déterminer la sensibilité des tests antigéniques par rapport à la méthode de référence RT-PCR. Méthode : Entre le 7 décembre 2020 et le 31 janvier 2021, chaque patient venant dans nos laboratoires pour un test RT-PCR a été incorporé dans notre étude. Sur 271 649 patients, 4 881 avaient effectué un test antigénique (TDR) dans les 24 heures précédentes. En comparant les données des résultats des deux tests, nous avons déterminé la sensibilité et la spécificité des tests antigéniques. Pour notre analyse, nous avons inclus la durée des symptômes et/ou les valeurs de Cycles threshold (Ct) dans nos paramètres. Résultats : La sensibilité des TDRs comparée à toutes les RT-PCR positives est de 56 %. Nous montrons une corrélation positive entre la durée des symptômes et la diminution de la charge virale nasopharyngée. À partir de ces données, nous avons pu déterminer que la sensibilité des TDRs diminue très rapidement après l’apparition des symptômes contrairement à la charge virale estimée en RT-PCR. En effet, 24 heures après l’apparition des symptômes la sensibilité des TDRs passe de 74 % à 60 %. En incluant les valeurs de Ct dans nos paramètres, nous avons montré que malgré une charge virale élevée et des symptômes datant de moins de 7 jours, la sensibilité des TDRs est de 66 %. Malgré les difficultés inhérentes au taux élevé de patients asymptomatiques parmi les porteurs de SARS-CoV-2, nous avons estimé une spécificité des TDR de 93 %. Conclusions : Les performances en termes de sensibilité et de spécificité du TDR évaluées sur le terrain sont inférieures à celles rapportées par les fabricants, ce qui soulève plusieurs questions. Quel est l’impact de résultats rendus faussement négatifs pour les patients ayant une charge virale élevée ? Les mesures appliquées sont-elles suffisantes pour prévenir l’épidémie ? Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=95673 Réservation
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Cote Support Localisation Section Disponibilité Revue Revue Centre de Documentation HELHa Campus Montignies Armoires à volets Disponible
DisponibleRevue Revue Centre de Documentation HELHa Campus Montignies Armoires à volets Disponible
DisponibleMise au point de la détection du mutant EGFRvIII par PCR quantitative (RT- qPCR) / Rabi ADAMOU YAROU
Titre : Mise au point de la détection du mutant EGFRvIII par PCR quantitative (RT- qPCR) Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Rabi ADAMOU YAROU, Auteur ; Pascal Vannuffel, Directeur de la recherche Année de publication : 2015 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale IPG Gosselies Cancer : dépistage Acides nucléiques : concept Mutations génétiques // cancer Gène EGFR Réaction de polymération en chaine PCR RT-PCR ARN : extraction, dosage Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Résumé
Le cancer est en augmentation dans le monde. Etant en partie provoqué par des mutations génétiques, il est important d'analyser ces mutations afin de garantir un bon suivi et un meilleur traitement des patients. La biologie moléculaire joue un rôle primordial dans la recherche de mutations et de marqueurs moléculaires pour assurer le suivi thérapeutique des malades.
Nos expériences ont pour but de détecter la mutation EGFRvIII due à une délétion de l'exon2 à l'exon7 suivi d'un réarrangement entre l'exon 1 et 8 pouvant entre autres provoquer une tumeur dans le cerveau. Avant d'arriver à notre objectif, nous avons d'abord, testé différents kits d'extraction d'ARN à partir de tissus fixés et de RT-PCR. Suite à une comparaison de nos résultats, nous avons choisi la technique la plus sensible et plus robuste. Pour confirmer notre choix, nous avons dressé un dossier de validation au moyen de tests supplémentaires tels que la répétabilité et la reproductibilité. Suite à ces analyses, nous avons pu intégrer ces techniques dans notre recherche du variant EGFRvIII.
Après l'extraction d'ARN à partir des échantillons fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE), nous avons réalisé une reverse transcription RT-PCR. L'ADNc obtenu est amplifié par PCR quantitative grâce à un Light Cycler 480. Une mise au point a été effectuée afin de choisir les amorces spécifiques, le programme de qRT-PCR et la concentration d'ARN minimale nécessaire. A ce stade, l'analyse finale "EGFRvIII" permettait uniquement un résultat qualitatif. Des courbes d'étalonnage à partir de nombre de copies connues de fragments d'ADN ont été réalisées afin d'obtenir un résultat quantitatif.
La détection du variant EGFRvIII s'est effectuée sur des échantillons cliniques. Les résultats obtenus ont montré que six patients sur vint et un testés sont porteurs de la mutation EGFRvIII . Ce résultat a été confirmé par séquençage. Toutes les séquences positives étaient identiques et portaient une délétion de l'exon2 à l'exon7.
Nos résultats étant satisfaisant, cette analyse peut être utilisée en routine au laboratoire de l'IPG.
Grâce à l'émergence des techniques et des recherches en biologie moléculaire, il est possible de développer des tests spécifiques et de plus en plus sensibles afin d'assurer le diagnostic et le suivi de patients atteint de cancer. En parallèle à ce développement, la recherche se spécialise dans la mise au point de thérapies ciblées spécifiques à certaines mutations.
Note de contenu : Table de matière
Remerciements
Introduction ..............................................................................................................9
Partie théorique......................................................................................................10
1. Les acides nucléiques .........................................................................................10
1.1 Définition......................................................................................................10
1.2 Structure.......................................................................................................10
1.3 ADN...............................................................................................................11
1.4 ARN...............................................................................................................12
1.5 Le gène..........................................................................................................13
2. Les mutations génétiques...................................................................................14
2.1 Les mutations chromosomiques...................................................................15
2.2 Les mutations ponctuelles............................................................................16
3. Le gène EGFR.......................................................................................................18
4. Dossier de validation..........................................................................................20
4.1 La précision...................................................................................................20
4.2 L'exactitude...................................................................................................21
4.3 La limite de détection...................................................................................21
4.4 La sensibilité..................................................................................................21
4.5 La spécificité..................................................................................................21
4.6 L a robustesse...............................................................................................21
5. Extraction d'ARN.................................................................................................21
6. La PCR..................................................................................................................22
7. La RT-PCR.............................................................................................................24
8. PCR en temps réel ou Réal time PCR..................................................................25
8.1 SYBR Green...................................................................................................25
8.2 La sonde Taqman..........................................................................................27
9. Le séquençage.....................................................................................................28
9.1 Séquençage Sanger.......................................................................................28
9.2 Séquençage automatique.............................................................................29
Partie pratique.........................................................................................................30
1. Préparation des lames........................................................................................30
1.1 Principe.........................................................................................................30
1.2 Découpe des blocs en paraffine et étalement sur des lames.......................30
1.2.1 Matériels et réactifs.................................................................................30
1.2.2 Mode opératoire.....................................................................................30
2. Extraction d'ARN à partir de FFPE......................................................................32
2.1 Kit QIAGEN : miRNeasy FFPE.........................................................................32
2.1.1 Matériels et réactifs.................................................................................32
2.1.2 Mode opératoire.....................................................................................32
2.2 Kit Life technologies : RecoverAll Total nucleic acid isolation.......................34
2.1.1 Matériels et réactifs.................................................................................34
2.1.2 Mode opératoire.....................................................................................34
3. Dosage fluorimétrique d'ARN sur le lecteur Qubit 2.0......................................38
3.1 Matériels et réactifs......................................................................................38
3.2 Mode opératoire...........................................................................................39
4. La transcription inverse......................................................................................40
4.1 RT-PCR M-MLV..............................................................................................40
4.1.1 Matériels et réactifs.................................................................................40
4.1.2 Mode opératoire.....................................................................................40
4.2 Super Script Vilo............................................................................................41
4.2.1 Matériels et réactifs.................................................................................41
4.2.2 Mode opératoire.....................................................................................42
5. PCR......................................................................................................................43
5.1 Matériels et réactifs......................................................................................43
5.2 Mode opératoire...........................................................................................43
6. qPCR sur LightCycler 480....................................................................................45
6.1 Matériels et réactifs......................................................................................45
6.2 Mode opératoire...........................................................................................45
7. Electrophorèse sur gel d'agarose.......................................................................46
7.1 Matériels et réactifs......................................................................................46
7.2 Mode opératoire...........................................................................................47
8. Séquençage.........................................................................................................48
8.1 Les étapes du séquençage............................................................................48
8.1.1 Purification du produit PCR par chimie AMPure.....................................48
8.1.2 Séquençage..............................................................................................48
8.1.3 Purification des séquences par chimie CleanSEQ....................................48
8.1.4 Injection sur séquenceur ABi Prism 3730................................................49
Résultats et interprétations.................................................................................50
1. Comparaison de kits d'extraction et de RT-PCR.................................................50
1.1 Kit d'extraction : miRNeasy FFPE kit Vs RecoverAll Total nucleic Acid isolation..........................................................................................................................50
1.2 RT-PCR Super Script Vilo Vs RT-PCR M-MLV.................................................52
1.2.1 Résultats RT-M-MLV................................................................................53
1.2.2 Résultats RT Vilo......................................................................................53
1.3 Validation.....................................................................................................55
1.3.1 Précision : répétabilité et reproductibilité de l'extraction d'ARN............55
1.3.2 Précision : reproductibilité de la RT-PCR.................................................56
1.3.3 Répétabilité.............................................................................................57
2. EGFRvIII...............................................................................................................58
2.1 Mise au point de la PCR................................................................................59
2.1.1 Choix des primers....................................................................................59
2.1.2 Mise au point de la qPCR.........................................................................60
2.1.2.1 Concentration en primers..................................................................60
2.1.2.2 Choix de température........................................................................61
2.1.2.3 qPCR à 56°C .......................................................................................61
2.1.2.4 Test de nouveau primers inférieur à 100 pb......................................62
2.1.3 Courbes d'étalonnage pour analyse "EGFRvIII".......................................62
2.1.4 Limite de détection en fonction de la quantité en ARN dans la RT.........64
2.1.5 Test sur des échantillons cliniques..........................................................65
2.1.6 PCR multiplex...........................................................................................66
2.1.7 Confirmation des cas cliniques positifs par séquençage.........................67
2.1.8 Autres cas cliniques.................................................................................69
Conclusion.................................................................................................................70
Liste des figures.......................................................................................................71
Bibliographie............................................................................................................73
Annexe
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65421 Mise au point de la détection du mutant EGFRvIII par PCR quantitative (RT- qPCR) [TFE / Mémoire] / Rabi ADAMOU YAROU, Auteur ; Pascal Vannuffel, Directeur de la recherche . - 2015.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : biologie médicale IPG Gosselies Cancer : dépistage Acides nucléiques : concept Mutations génétiques // cancer Gène EGFR Réaction de polymération en chaine PCR RT-PCR ARN : extraction, dosage Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Résumé
Le cancer est en augmentation dans le monde. Etant en partie provoqué par des mutations génétiques, il est important d'analyser ces mutations afin de garantir un bon suivi et un meilleur traitement des patients. La biologie moléculaire joue un rôle primordial dans la recherche de mutations et de marqueurs moléculaires pour assurer le suivi thérapeutique des malades.
Nos expériences ont pour but de détecter la mutation EGFRvIII due à une délétion de l'exon2 à l'exon7 suivi d'un réarrangement entre l'exon 1 et 8 pouvant entre autres provoquer une tumeur dans le cerveau. Avant d'arriver à notre objectif, nous avons d'abord, testé différents kits d'extraction d'ARN à partir de tissus fixés et de RT-PCR. Suite à une comparaison de nos résultats, nous avons choisi la technique la plus sensible et plus robuste. Pour confirmer notre choix, nous avons dressé un dossier de validation au moyen de tests supplémentaires tels que la répétabilité et la reproductibilité. Suite à ces analyses, nous avons pu intégrer ces techniques dans notre recherche du variant EGFRvIII.
Après l'extraction d'ARN à partir des échantillons fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE), nous avons réalisé une reverse transcription RT-PCR. L'ADNc obtenu est amplifié par PCR quantitative grâce à un Light Cycler 480. Une mise au point a été effectuée afin de choisir les amorces spécifiques, le programme de qRT-PCR et la concentration d'ARN minimale nécessaire. A ce stade, l'analyse finale "EGFRvIII" permettait uniquement un résultat qualitatif. Des courbes d'étalonnage à partir de nombre de copies connues de fragments d'ADN ont été réalisées afin d'obtenir un résultat quantitatif.
La détection du variant EGFRvIII s'est effectuée sur des échantillons cliniques. Les résultats obtenus ont montré que six patients sur vint et un testés sont porteurs de la mutation EGFRvIII . Ce résultat a été confirmé par séquençage. Toutes les séquences positives étaient identiques et portaient une délétion de l'exon2 à l'exon7.
Nos résultats étant satisfaisant, cette analyse peut être utilisée en routine au laboratoire de l'IPG.
Grâce à l'émergence des techniques et des recherches en biologie moléculaire, il est possible de développer des tests spécifiques et de plus en plus sensibles afin d'assurer le diagnostic et le suivi de patients atteint de cancer. En parallèle à ce développement, la recherche se spécialise dans la mise au point de thérapies ciblées spécifiques à certaines mutations.
Note de contenu : Table de matière
Remerciements
Introduction ..............................................................................................................9
Partie théorique......................................................................................................10
1. Les acides nucléiques .........................................................................................10
1.1 Définition......................................................................................................10
1.2 Structure.......................................................................................................10
1.3 ADN...............................................................................................................11
1.4 ARN...............................................................................................................12
1.5 Le gène..........................................................................................................13
2. Les mutations génétiques...................................................................................14
2.1 Les mutations chromosomiques...................................................................15
2.2 Les mutations ponctuelles............................................................................16
3. Le gène EGFR.......................................................................................................18
4. Dossier de validation..........................................................................................20
4.1 La précision...................................................................................................20
4.2 L'exactitude...................................................................................................21
4.3 La limite de détection...................................................................................21
4.4 La sensibilité..................................................................................................21
4.5 La spécificité..................................................................................................21
4.6 L a robustesse...............................................................................................21
5. Extraction d'ARN.................................................................................................21
6. La PCR..................................................................................................................22
7. La RT-PCR.............................................................................................................24
8. PCR en temps réel ou Réal time PCR..................................................................25
8.1 SYBR Green...................................................................................................25
8.2 La sonde Taqman..........................................................................................27
9. Le séquençage.....................................................................................................28
9.1 Séquençage Sanger.......................................................................................28
9.2 Séquençage automatique.............................................................................29
Partie pratique.........................................................................................................30
1. Préparation des lames........................................................................................30
1.1 Principe.........................................................................................................30
1.2 Découpe des blocs en paraffine et étalement sur des lames.......................30
1.2.1 Matériels et réactifs.................................................................................30
1.2.2 Mode opératoire.....................................................................................30
2. Extraction d'ARN à partir de FFPE......................................................................32
2.1 Kit QIAGEN : miRNeasy FFPE.........................................................................32
2.1.1 Matériels et réactifs.................................................................................32
2.1.2 Mode opératoire.....................................................................................32
2.2 Kit Life technologies : RecoverAll Total nucleic acid isolation.......................34
2.1.1 Matériels et réactifs.................................................................................34
2.1.2 Mode opératoire.....................................................................................34
3. Dosage fluorimétrique d'ARN sur le lecteur Qubit 2.0......................................38
3.1 Matériels et réactifs......................................................................................38
3.2 Mode opératoire...........................................................................................39
4. La transcription inverse......................................................................................40
4.1 RT-PCR M-MLV..............................................................................................40
4.1.1 Matériels et réactifs.................................................................................40
4.1.2 Mode opératoire.....................................................................................40
4.2 Super Script Vilo............................................................................................41
4.2.1 Matériels et réactifs.................................................................................41
4.2.2 Mode opératoire.....................................................................................42
5. PCR......................................................................................................................43
5.1 Matériels et réactifs......................................................................................43
5.2 Mode opératoire...........................................................................................43
6. qPCR sur LightCycler 480....................................................................................45
6.1 Matériels et réactifs......................................................................................45
6.2 Mode opératoire...........................................................................................45
7. Electrophorèse sur gel d'agarose.......................................................................46
7.1 Matériels et réactifs......................................................................................46
7.2 Mode opératoire...........................................................................................47
8. Séquençage.........................................................................................................48
8.1 Les étapes du séquençage............................................................................48
8.1.1 Purification du produit PCR par chimie AMPure.....................................48
8.1.2 Séquençage..............................................................................................48
8.1.3 Purification des séquences par chimie CleanSEQ....................................48
8.1.4 Injection sur séquenceur ABi Prism 3730................................................49
Résultats et interprétations.................................................................................50
1. Comparaison de kits d'extraction et de RT-PCR.................................................50
1.1 Kit d'extraction : miRNeasy FFPE kit Vs RecoverAll Total nucleic Acid isolation..........................................................................................................................50
1.2 RT-PCR Super Script Vilo Vs RT-PCR M-MLV.................................................52
1.2.1 Résultats RT-M-MLV................................................................................53
1.2.2 Résultats RT Vilo......................................................................................53
1.3 Validation.....................................................................................................55
1.3.1 Précision : répétabilité et reproductibilité de l'extraction d'ARN............55
1.3.2 Précision : reproductibilité de la RT-PCR.................................................56
1.3.3 Répétabilité.............................................................................................57
2. EGFRvIII...............................................................................................................58
2.1 Mise au point de la PCR................................................................................59
2.1.1 Choix des primers....................................................................................59
2.1.2 Mise au point de la qPCR.........................................................................60
2.1.2.1 Concentration en primers..................................................................60
2.1.2.2 Choix de température........................................................................61
2.1.2.3 qPCR à 56°C .......................................................................................61
2.1.2.4 Test de nouveau primers inférieur à 100 pb......................................62
2.1.3 Courbes d'étalonnage pour analyse "EGFRvIII".......................................62
2.1.4 Limite de détection en fonction de la quantité en ARN dans la RT.........64
2.1.5 Test sur des échantillons cliniques..........................................................65
2.1.6 PCR multiplex...........................................................................................66
2.1.7 Confirmation des cas cliniques positifs par séquençage.........................67
2.1.8 Autres cas cliniques.................................................................................69
Conclusion.................................................................................................................70
Liste des figures.......................................................................................................71
Bibliographie............................................................................................................73
Annexe
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65421 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire La RT-PCR dans les selles, alternative intéressante dans la recherche d'anguillulose in Option Bio, 435 (2010)
[article]
Titre : La RT-PCR dans les selles, alternative intéressante dans la recherche d'anguillulose Type de document : texte imprimé Année de publication : 2010 Article en page(s) : 14 - 15 Mots-clés : SELLES PARASITOSE ANGUILLULOSE ANGUILLULE RT-PCR DETECTION ADN PARASITAIRE DIAGNOSTIC TRAITEMENT Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=72416
in Option Bio > 435 (2010) . - 14 - 15[article] La RT-PCR dans les selles, alternative intéressante dans la recherche d'anguillulose [texte imprimé] . - 2010 . - 14 - 15.
in Option Bio > 435 (2010) . - 14 - 15
Mots-clés : SELLES PARASITOSE ANGUILLULOSE ANGUILLULE RT-PCR DETECTION ADN PARASITAIRE DIAGNOSTIC TRAITEMENT Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=72416 Exemplaires (1)
Cote Support Localisation Section Disponibilité Revue Revue Centre de Documentation HELHa Campus Montignies Réserve Consultable sur demande auprès des documentalistes
Exclu du prêtCaractérisation de pools de cellules souches dentaires en vue du développement de nouvelles procédures de régénération de la pulpe dentaire / SOPHIE LIGOT
Titre : Caractérisation de pools de cellules souches dentaires en vue du développement de nouvelles procédures de régénération de la pulpe dentaire Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : SOPHIE LIGOT, Auteur Année de publication : 2016 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale Louvain Drug Research Institute LDRI Woluwe-Saint-Lambert dent cellules souches émail dentine pulpe papille carie DPSCs SCAPs culture cellulaire pools FACS RT-PCR chondroblastes neurodifférenciation ostéoblastes Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Remerciements
Présentation du lieu de stage....................................................................................................8
Introduction.............................................................................................................................10
Contexte général......................................................................................................................12
1 La dent ............................................................................................................................... 12
1.1 Généralités ................................................................................................................. 12
1.1.1 Structure ............................................................................................................. 12
1.1.2 Développement .................................................................................................. 12
1.1.3 Eruption .............................................................................................................. 13
1.2 L'émail ........................................................................................................................ 15
1.3 La dentine .................................................................................................................. 16
1.4 La pulpe ...................................................................................................................... 17
1.5 La papille .................................................................................................................... 19
2 La carie .............................................................................................................................. 20
2.1 Généralités ................................................................................................................. 20
2.2 Pulpite et nécrose pulpaire ........................................................................................ 23
2.3 Traitement ................................................................................................................. 26
3 Les cellules souches ........................................................................................................... 27
3.1 Les cellules souches en général ................................................................................. 27
3.2 Les cellules souches dentaires ................................................................................... 29
3.2.1 DPSCs .................................................................................................................. 29
3.2.2 SCAPs .................................................................................................................. 30
3.2.3 Autres types de cellules souches dentaires ....................................................... 30
Objectifs...................................................................................................................................32
Matériels et méthodes.............................................................................................................34
1 Recueil et congélation des DPSCs et SCAPs ...................................................................... 34
2 Décongélation et culture cellulaire ................................................................................... 34
2.1 Matériels et réactifs ................................................................................................... 34
2.2 Méthode .................................................................................................................... 35
3 Comptage et passage des cellules..................................................................................... 35
3.1 Matériels et réactifs ................................................................................................... 35
3.2 Méthode .................................................................................................................... 36
4 Réalisation des pools de cellules ....................................................................................... 37
4.1 Matériels et réactifs ................................................................................................... 37
4.2 Méthode .................................................................................................................... 38
5 Congélation des pools ....................................................................................................... 38
5.1 Matériels et réactifs ................................................................................................... 38
5.2 Méthode .................................................................................................................... 38
6 FACS ................................................................................................................................... 39
6.1 Point théorique .......................................................................................................... 39
6.2 Matériels et réactifs ................................................................................................... 41
6.3 Méthode .................................................................................................................... 41
7 RT-PCR ............................................................................................................................... 42
7.1 Point théorique .......................................................................................................... 42
7.2 Matériels et réactifs ................................................................................................... 45
7.3 Méthode .................................................................................................................... 46
7.3.1 Extraction d'ARN ................................................................................................. 46
7.3.2 Préparation des cDNA : ...................................................................................... 47
7.3.3 RT-PCR : .............................................................................................................. 47
8 Différenciation en chondroblastes .................................................................................... 48
8.1 Matériels et réactifs ................................................................................................... 48
8.2 Méthode .................................................................................................................... 49
8.3 Enrobage, réalisation de coupes histologiques et colorations : ................................ 49
9 Neurodifférenciation ......................................................................................................... 50
9.1 Matériels et réactifs ................................................................................................... 50
9.2 Méthode .................................................................................................................... 51
9.3 Marquage panNeuroFilament : ................................................................................. 51
10 Différenciation en ostéoblastes ........................................................................................ 51
10.1 Matériels et réactifs ................................................................................................... 51
10.2 Méthode .................................................................................................................... 52
10.3 Marquage Alizarin Red : ............................................................................................. 52
Résultats..................................................................................................................................54
1 Recueil et congélation des DPSCs et SCAPs ...................................................................... 54
2 Réalisation des pools de cellules ....................................................................................... 54
2.1 DPSCs ......................................................................................................................... 54
2.2 SCAPs .......................................................................................................................... 54
3 Congélation des pools à P3 ............................................................................................... 55
3.1 DPSCs ......................................................................................................................... 55
3.2 SCAPs .......................................................................................................................... 55
4 FACS ................................................................................................................................... 56
4.1 DPSCs à P5 .................................................................................................................. 56
4.2 SCAPs à P5 .................................................................................................................. 56
4.3 DPSCs à P10 ................................................................................................................ 56
4.4 SCAPs à P10 ................................................................................................................ 56
4.5 Comparaison du pool DPSC à P5 et P10 .................................................................... 57
4.6 Comparaison du pool DPSC à P5 et P10 .................................................................... 57
5 RT-PCR ............................................................................................................................... 57
6 Différenciation en chondroblastes .................................................................................... 59
6.1 DPSCs à P5 .................................................................................................................. 59
6.2 SCAPs à P5 .................................................................................................................. 59
7 Neurodifférenciation des DPSCs et SCAPs à P5 ................................................................ 59
8 Différenciation en ostéoblastes ........................................................................................ 60
8.1 DPSCs à P5 .................................................................................................................. 60
8.2 SCAPs à P5 .................................................................................................................. 61
Discussion................................................................................................................................62
1 FACS ................................................................................................................................... 62
2 RT-PCR ............................................................................................................................... 62
3 Différenciation en chondroblastes .................................................................................... 63
4 Neurodifférenciation ......................................................................................................... 63
5 Différenciation en ostéoblastes ........................................................................................ 64
Conclusion................................................................................................................................66
Liste des abréviations...............................................................................................................68
Bibliographie............................................................................................................................70
AnnexesPermalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65680 Caractérisation de pools de cellules souches dentaires en vue du développement de nouvelles procédures de régénération de la pulpe dentaire [TFE / Mémoire] / SOPHIE LIGOT, Auteur . - 2016.
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Mots-clés : biologie médicale Louvain Drug Research Institute LDRI Woluwe-Saint-Lambert dent cellules souches émail dentine pulpe papille carie DPSCs SCAPs culture cellulaire pools FACS RT-PCR chondroblastes neurodifférenciation ostéoblastes Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Remerciements
Présentation du lieu de stage....................................................................................................8
Introduction.............................................................................................................................10
Contexte général......................................................................................................................12
1 La dent ............................................................................................................................... 12
1.1 Généralités ................................................................................................................. 12
1.1.1 Structure ............................................................................................................. 12
1.1.2 Développement .................................................................................................. 12
1.1.3 Eruption .............................................................................................................. 13
1.2 L'émail ........................................................................................................................ 15
1.3 La dentine .................................................................................................................. 16
1.4 La pulpe ...................................................................................................................... 17
1.5 La papille .................................................................................................................... 19
2 La carie .............................................................................................................................. 20
2.1 Généralités ................................................................................................................. 20
2.2 Pulpite et nécrose pulpaire ........................................................................................ 23
2.3 Traitement ................................................................................................................. 26
3 Les cellules souches ........................................................................................................... 27
3.1 Les cellules souches en général ................................................................................. 27
3.2 Les cellules souches dentaires ................................................................................... 29
3.2.1 DPSCs .................................................................................................................. 29
3.2.2 SCAPs .................................................................................................................. 30
3.2.3 Autres types de cellules souches dentaires ....................................................... 30
Objectifs...................................................................................................................................32
Matériels et méthodes.............................................................................................................34
1 Recueil et congélation des DPSCs et SCAPs ...................................................................... 34
2 Décongélation et culture cellulaire ................................................................................... 34
2.1 Matériels et réactifs ................................................................................................... 34
2.2 Méthode .................................................................................................................... 35
3 Comptage et passage des cellules..................................................................................... 35
3.1 Matériels et réactifs ................................................................................................... 35
3.2 Méthode .................................................................................................................... 36
4 Réalisation des pools de cellules ....................................................................................... 37
4.1 Matériels et réactifs ................................................................................................... 37
4.2 Méthode .................................................................................................................... 38
5 Congélation des pools ....................................................................................................... 38
5.1 Matériels et réactifs ................................................................................................... 38
5.2 Méthode .................................................................................................................... 38
6 FACS ................................................................................................................................... 39
6.1 Point théorique .......................................................................................................... 39
6.2 Matériels et réactifs ................................................................................................... 41
6.3 Méthode .................................................................................................................... 41
7 RT-PCR ............................................................................................................................... 42
7.1 Point théorique .......................................................................................................... 42
7.2 Matériels et réactifs ................................................................................................... 45
7.3 Méthode .................................................................................................................... 46
7.3.1 Extraction d'ARN ................................................................................................. 46
7.3.2 Préparation des cDNA : ...................................................................................... 47
7.3.3 RT-PCR : .............................................................................................................. 47
8 Différenciation en chondroblastes .................................................................................... 48
8.1 Matériels et réactifs ................................................................................................... 48
8.2 Méthode .................................................................................................................... 49
8.3 Enrobage, réalisation de coupes histologiques et colorations : ................................ 49
9 Neurodifférenciation ......................................................................................................... 50
9.1 Matériels et réactifs ................................................................................................... 50
9.2 Méthode .................................................................................................................... 51
9.3 Marquage panNeuroFilament : ................................................................................. 51
10 Différenciation en ostéoblastes ........................................................................................ 51
10.1 Matériels et réactifs ................................................................................................... 51
10.2 Méthode .................................................................................................................... 52
10.3 Marquage Alizarin Red : ............................................................................................. 52
Résultats..................................................................................................................................54
1 Recueil et congélation des DPSCs et SCAPs ...................................................................... 54
2 Réalisation des pools de cellules ....................................................................................... 54
2.1 DPSCs ......................................................................................................................... 54
2.2 SCAPs .......................................................................................................................... 54
3 Congélation des pools à P3 ............................................................................................... 55
3.1 DPSCs ......................................................................................................................... 55
3.2 SCAPs .......................................................................................................................... 55
4 FACS ................................................................................................................................... 56
4.1 DPSCs à P5 .................................................................................................................. 56
4.2 SCAPs à P5 .................................................................................................................. 56
4.3 DPSCs à P10 ................................................................................................................ 56
4.4 SCAPs à P10 ................................................................................................................ 56
4.5 Comparaison du pool DPSC à P5 et P10 .................................................................... 57
4.6 Comparaison du pool DPSC à P5 et P10 .................................................................... 57
5 RT-PCR ............................................................................................................................... 57
6 Différenciation en chondroblastes .................................................................................... 59
6.1 DPSCs à P5 .................................................................................................................. 59
6.2 SCAPs à P5 .................................................................................................................. 59
7 Neurodifférenciation des DPSCs et SCAPs à P5 ................................................................ 59
8 Différenciation en ostéoblastes ........................................................................................ 60
8.1 DPSCs à P5 .................................................................................................................. 60
8.2 SCAPs à P5 .................................................................................................................. 61
Discussion................................................................................................................................62
1 FACS ................................................................................................................................... 62
2 RT-PCR ............................................................................................................................... 62
3 Différenciation en chondroblastes .................................................................................... 63
4 Neurodifférenciation ......................................................................................................... 63
5 Différenciation en ostéoblastes ........................................................................................ 64
Conclusion................................................................................................................................66
Liste des abréviations...............................................................................................................68
Bibliographie............................................................................................................................70
AnnexesPermalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65680 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Diagnostic biologique de l’infection à Sars-CoV-2 : stratégies et interprétation des résultats / Sébastien Hantz in RFL : Revue Francophone des Laboratoires, 526 (Novembre 2020)
[article]
Titre : Diagnostic biologique de l’infection à Sars-CoV-2 : stratégies et interprétation des résultats Type de document : texte imprimé Auteurs : Sébastien Hantz Année de publication : 2020 Article en page(s) : p. 48-56 Note générale : Issu du dossier : "Covid-19 Nouvelle vague"
Doi : 10.1016/S1773-035X(20)30313-0
Langues : Français (fre) Mots-clés : Covid-19 Sars-CoV-2 RT-PCR sérologie tests rapides Résumé : Pour faire face à l’émergence du Sars-CoV-2 responsable d’une pandémie mondiale, de très nombreux tests diagnostiques ont été développés et mis sur le marché dans un délai très court. La RT-PCR sur prélèvement rhino-pharyngé est la méthode de référence pour le diagnostic et le dépistage de l’infection à Sars-CoV-2 mais les tests développés présentent de grande variabilité en termes de sensibilité et de délai de rendu des résultats. Les tests antigéniques présentent en général une sensibilité plus faible mais présentent l’avantage d’une mise en œuvre plus simple et plus rapide. Devant des tableaux évoca-teurs de Covid-19 avec un résultat de RT-PCR négatif, une sérologie peut être recommandée avec le dosage des IgM et des IgG. La sérologie est également un outil pertinent pour les études épidémiologiques. Néanmoins il est important de rappeler que le taux d’anticorps anti-Sars-Cov-2 décroit avec le temps et peut ainsi impacter les résultats d’études séro-épidémiologiques. Malgré la nécessité de répondre rapidement à un besoin diagnostique urgent, il demeure indispensable de valider les méthodes choisies sur un panel d’échantillons bien caractérisé, les performances de certains tests étant parfois insatisfaisantes pour assurer un diagnostic fiable. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=90383
in RFL : Revue Francophone des Laboratoires > 526 (Novembre 2020) . - p. 48-56[article] Diagnostic biologique de l’infection à Sars-CoV-2 : stratégies et interprétation des résultats [texte imprimé] / Sébastien Hantz . - 2020 . - p. 48-56.
Issu du dossier : "Covid-19 Nouvelle vague"
Doi : 10.1016/S1773-035X(20)30313-0
Langues : Français (fre)
in RFL : Revue Francophone des Laboratoires > 526 (Novembre 2020) . - p. 48-56
Mots-clés : Covid-19 Sars-CoV-2 RT-PCR sérologie tests rapides Résumé : Pour faire face à l’émergence du Sars-CoV-2 responsable d’une pandémie mondiale, de très nombreux tests diagnostiques ont été développés et mis sur le marché dans un délai très court. La RT-PCR sur prélèvement rhino-pharyngé est la méthode de référence pour le diagnostic et le dépistage de l’infection à Sars-CoV-2 mais les tests développés présentent de grande variabilité en termes de sensibilité et de délai de rendu des résultats. Les tests antigéniques présentent en général une sensibilité plus faible mais présentent l’avantage d’une mise en œuvre plus simple et plus rapide. Devant des tableaux évoca-teurs de Covid-19 avec un résultat de RT-PCR négatif, une sérologie peut être recommandée avec le dosage des IgM et des IgG. La sérologie est également un outil pertinent pour les études épidémiologiques. Néanmoins il est important de rappeler que le taux d’anticorps anti-Sars-Cov-2 décroit avec le temps et peut ainsi impacter les résultats d’études séro-épidémiologiques. Malgré la nécessité de répondre rapidement à un besoin diagnostique urgent, il demeure indispensable de valider les méthodes choisies sur un panel d’échantillons bien caractérisé, les performances de certains tests étant parfois insatisfaisantes pour assurer un diagnostic fiable. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=90383 Réservation
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Cote Support Localisation Section Disponibilité Revue Revue Centre de Documentation HELHa Campus Montignies Armoires à volets Disponible
DisponibleBiopsie tissulaire et biopsie liquide, une complémentarité devenue incontournable en oncologie thoracique / Véronique Hofman in RFL : Revue Francophone des Laboratoires, 548 (Janvier 2023)
PermalinkDiagnostic de la grippe A/H1N1 in Option Bio, 429 (2010)
PermalinkPermalinkInfluence de la déacétylase SIRT1 dans la production de l’interleukine-21 par les lymphocytes T helper / Florian VISEE
PermalinkMarqueurs biologiques actuels de progresssion du mélanome cutané in Annales de Biologie Clinique, 2 (2000)
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