Centre de Documentation Campus Montignies
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Lundi : 8h-18h30
Mardi : 8h-18h30
Mercredi 9h-16h30
Jeudi : 8h-18h30
Vendredi : 8h-16h30
Attention, votre centre de documentation sera fermé du 27/04 au 12/05 inclus.
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Auteur Jérôme Cornil |
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Dosage de l’hémoglobine glyquée par électrophorèse capillaire : évaluation d’un automate et comparaison avec l’HPLC / Aurélie Van den Heuvel
Titre : Dosage de l’hémoglobine glyquée par électrophorèse capillaire : évaluation d’un automate et comparaison avec l’HPLC Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Aurélie Van den Heuvel, Auteur ; Jérôme Cornil, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale Année de publication : 2021 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : Notre-Dame de Grâce hémoglobine glyquée diabète : dosage Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Le diabète étant une maladie touchant de plus en plus de monde, il est important pour le milieu hospitalier d’assurer le suivi des patients touchés par cette maladie. Le paramètre dosé pour assurer le suivi de ces patients est l’hémoglobine glyquée. A la Clinique de Notre-Dâme [SIC] de Grâce, ce dosage s’effectue via une chromatographie à haute performance par le biais de l’automate Arkray 8180-V de Menarini. Cependant, l’installation du Capillarys 3 Octa par Sebia (pour effectuer l’électrophorèse des protéines sériques principalement) a soulevé un potentiel intérêt pour le dosage de l’hémoglobine glyquée (HbA1C) par l’électrophorèse capillaire. Une évaluation de cette automate a donc vu le jour, afin d’évaluer les performances du Capillarys 3 Octa et de comparer les résultats obtenus sur les deux automates.
Les performances évaluées sont la reproductibilité, la répétabilité et l’efficacité du cycle de nettoyage des capillaires.
Un intérêt sera également apporté sur la capacité du Capillarys 3 Octa a apporté des renseignements supplémentaires (comme la présence d’un variant de l’hémoglobine, un taux d’HbA2 important). Le dernier point sera consacré aux avantages et inconvénients rencontrés lors de l’utilisation de ces deux automates.
Les résultats de cette évaluation permettront d’effectuer un changement de méthode de manière sereine si tel serait le choix de la clinique.Note de contenu : Table des matières
Remerciements
Présentation du lieu de stage :................................................................................................... 7
Introduction................................................................................................................................ 9
Partie théorique : ..................................................................................................................... 10
1) Le diabète sucré ............................................................................................................... 11
1.1) Le diabète de type I .................................................................................................. 11
1.2) Le diabète de type II...................................................................................................... 12
1.3) Le diabète gestationnel ................................................................................................ 13
1.4) Causes et facteurs favorisants ...................................................................................... 13
1.5) Les complications dues au diabète ............................................................................... 15
1.6) Critères de l’Organisation Mondiale de la Santé de diagnostic du diabète ................. 15
2) L’hémoglobine glyquée ........................................................................................................ 16
2.1) L’hémoglobine............................................................................................................... 16
2.1.1) Structure................................................................................................................. 16
2.2) L’hémoglobine glyquée ................................................................................................. 18
2.2.2) L’HbA1c.................................................................................................................... 19
2.2.3) Intérêt du dosage de l’hémoglobine glyquée ........................................................ 20
3) Standardisation des résultats et valeurs de référence IFCC ................................................ 22
4) Méthodes de dosages .......................................................................................................... 22
4.1) HPLC : ............................................................................................................................ 24
4.1.1) Principe général ..................................................................................................... 24
4.2) Electrophorèse capillaire .............................................................................................. 26
4.2.1) Principe général ..................................................................................................... 26
7) Objectifs et stratégies .......................................................................................................... 29
Partie pratique :........................................................................................................................ 31
Matériel : Automates ............................................................................................................... 32
1)L’automate Arkray 8180-V Menarini ................................................................................ 32
2) L’automate Capillarys 3 Octa de Sebia............................................................................. 36
Evaluation des performances de la méthode capillaire........................................................... 40
1) Reproductibilité ............................................................................................................... 40
1.1) Contrôles du Capillarys 3 Octa............................................................................... 41
1.2) Contrôles de l’Arkray 8180-V ................................................................................. 43
2) Répétabilité ..................................................................................................................... 45
3) Contamination inter-échantillons ................................................................................... 48
4) Stabilité des échantillons au cours du temps .................................................................. 50
5) Comparaison de méthodes .............................................................................................. 52
6) Comparaison des tracés des deux automates pour les échantillons présentant un
variant de l’hémoglobine ou un taux d’hémoglobine glyquée supérieur à 1 % .................. 55
6.1) Discordances entre les alarmes des deux automates dû à un taux d’HbF supérieur à
1 % .................................................................................................................................... 55
6.2) Discordance pour échantillons possédant un variant de l’hémoglobine migrant au
même endroit que l‘Hb D :.............................................................................................. 56
6.3) Détection d’HbA2 supérieure à 3% ........................................................................... 58
6.4) Hb S/ Hb C ................................................................................................................. 58
7)Interférence analytique : Hb F ......................................................................................... 61
Evaluation pratique des automates ......................................................................................... 63
Automates et mises en route :............................................................................................. 63
Conclusion : .............................................................................................................................. 64
Bibliographie ............................................................................................................................ 70
Annexes : .................................................................................................................................. 73
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=100298 Dosage de l’hémoglobine glyquée par électrophorèse capillaire : évaluation d’un automate et comparaison avec l’HPLC [TFE / Mémoire] / Aurélie Van den Heuvel, Auteur ; Jérôme Cornil, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale, 2021.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Notre-Dame de Grâce hémoglobine glyquée diabète : dosage Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Le diabète étant une maladie touchant de plus en plus de monde, il est important pour le milieu hospitalier d’assurer le suivi des patients touchés par cette maladie. Le paramètre dosé pour assurer le suivi de ces patients est l’hémoglobine glyquée. A la Clinique de Notre-Dâme [SIC] de Grâce, ce dosage s’effectue via une chromatographie à haute performance par le biais de l’automate Arkray 8180-V de Menarini. Cependant, l’installation du Capillarys 3 Octa par Sebia (pour effectuer l’électrophorèse des protéines sériques principalement) a soulevé un potentiel intérêt pour le dosage de l’hémoglobine glyquée (HbA1C) par l’électrophorèse capillaire. Une évaluation de cette automate a donc vu le jour, afin d’évaluer les performances du Capillarys 3 Octa et de comparer les résultats obtenus sur les deux automates.
Les performances évaluées sont la reproductibilité, la répétabilité et l’efficacité du cycle de nettoyage des capillaires.
Un intérêt sera également apporté sur la capacité du Capillarys 3 Octa a apporté des renseignements supplémentaires (comme la présence d’un variant de l’hémoglobine, un taux d’HbA2 important). Le dernier point sera consacré aux avantages et inconvénients rencontrés lors de l’utilisation de ces deux automates.
Les résultats de cette évaluation permettront d’effectuer un changement de méthode de manière sereine si tel serait le choix de la clinique.Note de contenu : Table des matières
Remerciements
Présentation du lieu de stage :................................................................................................... 7
Introduction................................................................................................................................ 9
Partie théorique : ..................................................................................................................... 10
1) Le diabète sucré ............................................................................................................... 11
1.1) Le diabète de type I .................................................................................................. 11
1.2) Le diabète de type II...................................................................................................... 12
1.3) Le diabète gestationnel ................................................................................................ 13
1.4) Causes et facteurs favorisants ...................................................................................... 13
1.5) Les complications dues au diabète ............................................................................... 15
1.6) Critères de l’Organisation Mondiale de la Santé de diagnostic du diabète ................. 15
2) L’hémoglobine glyquée ........................................................................................................ 16
2.1) L’hémoglobine............................................................................................................... 16
2.1.1) Structure................................................................................................................. 16
2.2) L’hémoglobine glyquée ................................................................................................. 18
2.2.2) L’HbA1c.................................................................................................................... 19
2.2.3) Intérêt du dosage de l’hémoglobine glyquée ........................................................ 20
3) Standardisation des résultats et valeurs de référence IFCC ................................................ 22
4) Méthodes de dosages .......................................................................................................... 22
4.1) HPLC : ............................................................................................................................ 24
4.1.1) Principe général ..................................................................................................... 24
4.2) Electrophorèse capillaire .............................................................................................. 26
4.2.1) Principe général ..................................................................................................... 26
7) Objectifs et stratégies .......................................................................................................... 29
Partie pratique :........................................................................................................................ 31
Matériel : Automates ............................................................................................................... 32
1)L’automate Arkray 8180-V Menarini ................................................................................ 32
2) L’automate Capillarys 3 Octa de Sebia............................................................................. 36
Evaluation des performances de la méthode capillaire........................................................... 40
1) Reproductibilité ............................................................................................................... 40
1.1) Contrôles du Capillarys 3 Octa............................................................................... 41
1.2) Contrôles de l’Arkray 8180-V ................................................................................. 43
2) Répétabilité ..................................................................................................................... 45
3) Contamination inter-échantillons ................................................................................... 48
4) Stabilité des échantillons au cours du temps .................................................................. 50
5) Comparaison de méthodes .............................................................................................. 52
6) Comparaison des tracés des deux automates pour les échantillons présentant un
variant de l’hémoglobine ou un taux d’hémoglobine glyquée supérieur à 1 % .................. 55
6.1) Discordances entre les alarmes des deux automates dû à un taux d’HbF supérieur à
1 % .................................................................................................................................... 55
6.2) Discordance pour échantillons possédant un variant de l’hémoglobine migrant au
même endroit que l‘Hb D :.............................................................................................. 56
6.3) Détection d’HbA2 supérieure à 3% ........................................................................... 58
6.4) Hb S/ Hb C ................................................................................................................. 58
7)Interférence analytique : Hb F ......................................................................................... 61
Evaluation pratique des automates ......................................................................................... 63
Automates et mises en route :............................................................................................. 63
Conclusion : .............................................................................................................................. 64
Bibliographie ............................................................................................................................ 70
Annexes : .................................................................................................................................. 73
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=100298 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Étude de l’effet de l’acide 2-amino-3- phosphonoproprionique et de l’acide 2-amino-4- phosphonobutyrique sur la phosphosérine phosphatase de Brucella melitensis / Laurine Boidequin
Titre : Étude de l’effet de l’acide 2-amino-3- phosphonoproprionique et de l’acide 2-amino-4- phosphonobutyrique sur la phosphosérine phosphatase de Brucella melitensis Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Laurine Boidequin ; Johan Wouters, Promoteur du mémoire ; Jérôme Cornil, Promoteur du mémoire ; Tanguy Scaillet, Promoteur du mémoire Editeur : Montignies-sur-Sambre : Haute Ecole Louvain en Hainaut Année de publication : 2023 Importance : 64p. Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur . Langues : Français (fre) Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Ce travail porte sur l’étude de deux molécules : l’acide 2-amino-3- phosphonoproprionique et l’acide 2-amino-4-phosphonobutyrique afin d’empêcher la synthèse de la L-sérine par la phosphosérine phosphatase de Brucella melitensis,
En effet, cette bactérie représente un problème de santé publique majeur dans les pays en voie de développement. Elle est responsable de la brucellose, communément appelée, la fièvre de Malte. Cette maladie atteint majoritairement les chèvres et les brebis mais peut être transmise à l’homme via des produits laitiers contaminées et non pasteurisés.
Lors de précédents travaux, il a été démontré que la L-sérine est indispensable à la prolifération de la bactérie dans les cellules de son hôte, et c’est la raison pour laquelle la phosphosérine phosphatase a été définie comme cible afin de trouver une molécule capable de l’empêcher de remplir son rôle, et ainsi de trouver un traitement contre cette maladie.Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=114739 Étude de l’effet de l’acide 2-amino-3- phosphonoproprionique et de l’acide 2-amino-4- phosphonobutyrique sur la phosphosérine phosphatase de Brucella melitensis [TFE / Mémoire] / Laurine Boidequin ; Johan Wouters, Promoteur du mémoire ; Jérôme Cornil, Promoteur du mémoire ; Tanguy Scaillet, Promoteur du mémoire . - Montignies-sur-Sambre : Haute Ecole Louvain en Hainaut, 2023 . - 64p.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur .
Langues : Français (fre)
Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Ce travail porte sur l’étude de deux molécules : l’acide 2-amino-3- phosphonoproprionique et l’acide 2-amino-4-phosphonobutyrique afin d’empêcher la synthèse de la L-sérine par la phosphosérine phosphatase de Brucella melitensis,
En effet, cette bactérie représente un problème de santé publique majeur dans les pays en voie de développement. Elle est responsable de la brucellose, communément appelée, la fièvre de Malte. Cette maladie atteint majoritairement les chèvres et les brebis mais peut être transmise à l’homme via des produits laitiers contaminées et non pasteurisés.
Lors de précédents travaux, il a été démontré que la L-sérine est indispensable à la prolifération de la bactérie dans les cellules de son hôte, et c’est la raison pour laquelle la phosphosérine phosphatase a été définie comme cible afin de trouver une molécule capable de l’empêcher de remplir son rôle, et ainsi de trouver un traitement contre cette maladie.Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=114739 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire L’implémentation du dosage de la CDT par l’électrophorèse capillaire / Samia Oulhaj
Titre : L’implémentation du dosage de la CDT par l’électrophorèse capillaire Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Samia Oulhaj, Auteur ; Jérôme Cornil, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale Année de publication : 2022 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : CDT IFCC transferrine standardisation implémentation électrophorèse capillaire Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : L’intérêt principal de ce travail de fin d’étude est l’implémentation du dosage de la CDT par électrophorèse capillaire dans le laboratoire su CHRSM du site de la Sambre. La CDT ( carbohydrate-deficient transferrine) est un marqueur d’éthylisme chronique, avec une meilleur sensibilité et spécificité que les autre marqueurs biologiques historiques citée dans ce travail. La consommation d’alcool altère la métabolisation de la transferrine, en altérant des enzymes hépatique, le pourcentage en CDT se voit alors augmenté. Le dosage de la CDT est prescrit pour détecter une consommation précoce d’un éthylisme chronique pour prévenir des complication hépatique par exemple, le suivi de sevrage à l’alcool, dans la médecine de travail, comme pour l’obtention d’un certificat de pilote d’avion, ou encore la réattribution ou suspension du permis de conduite. La standardisation mis en place par l’IFCC, ne contribue pas qu’à l’étalonnage du dosage, mais aussi à la redéfinition de CDT, seul la disialotransferrine sera dosée, l’asialotransferrine ne sera plus compris dans la valeurs de CDT due à son instabilité. La standardisation du dosage de la CDT montre d’excellent résultats de répétabilité et de reproductibilité par rapport aux résultats du dosage non calibrée. Les limites de dosage manipulations ont mis en évidence l’interférence par le pics monoclonaux ou polyclonaux rencontrés lors de électrophorèses des protéines sériques. Note de contenu : Présentation du lieu de stage ............................................................................................. 4
Introduction générale......................................................................................................... 5
Contexte général ................................................................................................................ 6
1. Chapitre 1 : La CDT .............................................................................................................. 6
1.1. Consommation d’alcool .................................................................................................................. 6
1.2. L’alcool ............................................................................................................................................ 7
1.3. Marqueurs biologiques d’éthylisme ............................................................................................... 8
1.4. La Transferrine et ses isoformes ................................................................................................... 10
1.5. L’alcool et la transferrine .............................................................................................................. 12
1.6. La CDT ........................................................................................................................................... 13
2. Chapitre 2 : L’électrophorèse capillaire ............................................................................. 25
2.1. Principe ......................................................................................................................................... 25
2.2. Composition .................................................................................................................................. 26
2.3. Exemples de dosage ...................................................................................................................... 27
Objectifs et stratégie ........................................................................................................ 31
Matériels et méthodes ..................................................................................................... 32
1. Réactifs ............................................................................................................................. 32
1.1. Kit capillarys® CDT ......................................................................................................................... 32
1.2. Autres réactifs, contrôles et calibreur........................................................................................... 33
2. Matériels et appareils ....................................................................................................... 33
2.1. Matériels ....................................................................................................................................... 33
2.2. Appareil ......................................................................................................................................... 34
3. Échantillons ...................................................................................................................... 35
4. Implémentation du dosage ............................................................................................... 35
5. Calibration ........................................................................................................................ 36
6. Contrôle normal et pathologique ...................................................................................... 37
7. La fidélité .......................................................................................................................... 37
8. La répétabilité ................................................................................................................... 38
9. La reproductibilité ............................................................................................................. 38
10. La stabilité .................................................................................................................... 38
11. Interférences du dosage ................................................................................................ 39
11.1. L’hémolyse .................................................................................................................................... 39
11.2. Variantes génétiques de la transferrine ........................................................................................ 39
11.3. Lésions hépatiques (maladie grave en phase terminale). ............................................................. 39
11.4. Les composants monoclonaux ou fraction polyclonale élevée ..................................................... 40
Résultats .......................................................................................................................... 41
1. Calibration ........................................................................................................................ 41
1.1. Calibration à l’installation ............................................................................................................. 41
1.2. Calibration changement de lot...................................................................................................... 41
3
2. Évaluation de la répétabilité ............................................................................................. 42
2.1. Répétabilité .................................................................................................................. 42
2.2. Répétabilité du POOL bas ............................................................................................................. 43
2.3. Répétabilité du POOL intermédiaire ............................................................................................ 44
2.4. Répétabilité du POOL intermédiaire ............................................................................................ 45
2.5. Répétabilité du POOL haut ........................................................................................................... 46
2.6. Répétabilité du POOL haut ........................................................................................................... 47
3. Évaluation de la reproductibilité ....................................................................................... 48
3.1. Reproductibilité « Contrôle normal » ........................................................................................... 48
3.2. Reproductibilité « Contrôle pathologique » ................................................................................. 49
3.3. Reproductibilité « contrôle normal » inter lot .............................................................................. 50
4. Stabilité du sérum pour le dosage de la CDT ...................................................................... 51
5. Interférences .................................................................................................................... 54
5.1. Variants transferrines ................................................................................................................... 54
5.2. L’hémolyse .................................................................................................................................... 55
5.3. Analyse d’interférences apporté par les blocs beta- gamma des électrogrammes des protéines
sérique 56
5.4. Analyse d’interférences apporté par des pics monoclonaux ou polyclonaux des électrogrammes
des protéines sérique .................................................................................................................................. 57
6. Comparaison des résultats avec le laboratoire sous-traitant. ............................................ 60
7. Résultats d’échantillon du laboratoire partenaire ............................................................. 62
8. Exemples de dosage de CDT de patients en urgence .......................................................... 62
9. Suivi de patient éthylique lors d’une hospitalisation ......................................................... 63
Discussion ........................................................................................................................ 64
1. La calibration (Point 1 page 40) ......................................................................................... 64
2. Évaluation de la répétabilité et la reproductivité de la CDT et CDT-IFCC (Point 2 et 3 pages
41-46 et 47-49) .......................................................................................................................... 65
4.1. Variants transferrine (Point 5.1 pages 53) .................................................................................... 67
4.2. L’hémolyse. (Point 5.2 pages 54) .................................................................................................. 67
4.3. Analyse d’interférences apporté par des blocs beta-gamma des électrogrammes des protéines
sérique (Point 5.3 page 55) ......................................................................................................................... 69
5. Comparaison des résultats avec le laboratoire sous-traitant. (Point 6 pages 59-60) ........... 70
6. Comparaison des résultats avec le laboratoire partenaire. (Point 7 des résultats à la page
61) 71
7. Dosage de la CDT de patients en urgences. (Point 8 des résultats à la page 61) ................. 71
8. Suivi de patient éthylique lors d’une hospitalisation (Point 9 des résultats de la page 62) . 71
Conclusion........................................................................................................................ 73
Liste des figures ............................................................................................................... 74
Liste des tables ................................................................................................................. 76
Bibliographie ................................................................................................................... 77
Annexes ........................................................................................................................... 80
Résumé ............................................................................................................................ 83Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=105748 L’implémentation du dosage de la CDT par l’électrophorèse capillaire [TFE / Mémoire] / Samia Oulhaj, Auteur ; Jérôme Cornil, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale, 2022.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur
Langues : Français (fre)
Mots-clés : CDT IFCC transferrine standardisation implémentation électrophorèse capillaire Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : L’intérêt principal de ce travail de fin d’étude est l’implémentation du dosage de la CDT par électrophorèse capillaire dans le laboratoire su CHRSM du site de la Sambre. La CDT ( carbohydrate-deficient transferrine) est un marqueur d’éthylisme chronique, avec une meilleur sensibilité et spécificité que les autre marqueurs biologiques historiques citée dans ce travail. La consommation d’alcool altère la métabolisation de la transferrine, en altérant des enzymes hépatique, le pourcentage en CDT se voit alors augmenté. Le dosage de la CDT est prescrit pour détecter une consommation précoce d’un éthylisme chronique pour prévenir des complication hépatique par exemple, le suivi de sevrage à l’alcool, dans la médecine de travail, comme pour l’obtention d’un certificat de pilote d’avion, ou encore la réattribution ou suspension du permis de conduite. La standardisation mis en place par l’IFCC, ne contribue pas qu’à l’étalonnage du dosage, mais aussi à la redéfinition de CDT, seul la disialotransferrine sera dosée, l’asialotransferrine ne sera plus compris dans la valeurs de CDT due à son instabilité. La standardisation du dosage de la CDT montre d’excellent résultats de répétabilité et de reproductibilité par rapport aux résultats du dosage non calibrée. Les limites de dosage manipulations ont mis en évidence l’interférence par le pics monoclonaux ou polyclonaux rencontrés lors de électrophorèses des protéines sériques. Note de contenu : Présentation du lieu de stage ............................................................................................. 4
Introduction générale......................................................................................................... 5
Contexte général ................................................................................................................ 6
1. Chapitre 1 : La CDT .............................................................................................................. 6
1.1. Consommation d’alcool .................................................................................................................. 6
1.2. L’alcool ............................................................................................................................................ 7
1.3. Marqueurs biologiques d’éthylisme ............................................................................................... 8
1.4. La Transferrine et ses isoformes ................................................................................................... 10
1.5. L’alcool et la transferrine .............................................................................................................. 12
1.6. La CDT ........................................................................................................................................... 13
2. Chapitre 2 : L’électrophorèse capillaire ............................................................................. 25
2.1. Principe ......................................................................................................................................... 25
2.2. Composition .................................................................................................................................. 26
2.3. Exemples de dosage ...................................................................................................................... 27
Objectifs et stratégie ........................................................................................................ 31
Matériels et méthodes ..................................................................................................... 32
1. Réactifs ............................................................................................................................. 32
1.1. Kit capillarys® CDT ......................................................................................................................... 32
1.2. Autres réactifs, contrôles et calibreur........................................................................................... 33
2. Matériels et appareils ....................................................................................................... 33
2.1. Matériels ....................................................................................................................................... 33
2.2. Appareil ......................................................................................................................................... 34
3. Échantillons ...................................................................................................................... 35
4. Implémentation du dosage ............................................................................................... 35
5. Calibration ........................................................................................................................ 36
6. Contrôle normal et pathologique ...................................................................................... 37
7. La fidélité .......................................................................................................................... 37
8. La répétabilité ................................................................................................................... 38
9. La reproductibilité ............................................................................................................. 38
10. La stabilité .................................................................................................................... 38
11. Interférences du dosage ................................................................................................ 39
11.1. L’hémolyse .................................................................................................................................... 39
11.2. Variantes génétiques de la transferrine ........................................................................................ 39
11.3. Lésions hépatiques (maladie grave en phase terminale). ............................................................. 39
11.4. Les composants monoclonaux ou fraction polyclonale élevée ..................................................... 40
Résultats .......................................................................................................................... 41
1. Calibration ........................................................................................................................ 41
1.1. Calibration à l’installation ............................................................................................................. 41
1.2. Calibration changement de lot...................................................................................................... 41
3
2. Évaluation de la répétabilité ............................................................................................. 42
2.1. Répétabilité .................................................................................................................. 42
2.2. Répétabilité du POOL bas ............................................................................................................. 43
2.3. Répétabilité du POOL intermédiaire ............................................................................................ 44
2.4. Répétabilité du POOL intermédiaire ............................................................................................ 45
2.5. Répétabilité du POOL haut ........................................................................................................... 46
2.6. Répétabilité du POOL haut ........................................................................................................... 47
3. Évaluation de la reproductibilité ....................................................................................... 48
3.1. Reproductibilité « Contrôle normal » ........................................................................................... 48
3.2. Reproductibilité « Contrôle pathologique » ................................................................................. 49
3.3. Reproductibilité « contrôle normal » inter lot .............................................................................. 50
4. Stabilité du sérum pour le dosage de la CDT ...................................................................... 51
5. Interférences .................................................................................................................... 54
5.1. Variants transferrines ................................................................................................................... 54
5.2. L’hémolyse .................................................................................................................................... 55
5.3. Analyse d’interférences apporté par les blocs beta- gamma des électrogrammes des protéines
sérique 56
5.4. Analyse d’interférences apporté par des pics monoclonaux ou polyclonaux des électrogrammes
des protéines sérique .................................................................................................................................. 57
6. Comparaison des résultats avec le laboratoire sous-traitant. ............................................ 60
7. Résultats d’échantillon du laboratoire partenaire ............................................................. 62
8. Exemples de dosage de CDT de patients en urgence .......................................................... 62
9. Suivi de patient éthylique lors d’une hospitalisation ......................................................... 63
Discussion ........................................................................................................................ 64
1. La calibration (Point 1 page 40) ......................................................................................... 64
2. Évaluation de la répétabilité et la reproductivité de la CDT et CDT-IFCC (Point 2 et 3 pages
41-46 et 47-49) .......................................................................................................................... 65
4.1. Variants transferrine (Point 5.1 pages 53) .................................................................................... 67
4.2. L’hémolyse. (Point 5.2 pages 54) .................................................................................................. 67
4.3. Analyse d’interférences apporté par des blocs beta-gamma des électrogrammes des protéines
sérique (Point 5.3 page 55) ......................................................................................................................... 69
5. Comparaison des résultats avec le laboratoire sous-traitant. (Point 6 pages 59-60) ........... 70
6. Comparaison des résultats avec le laboratoire partenaire. (Point 7 des résultats à la page
61) 71
7. Dosage de la CDT de patients en urgences. (Point 8 des résultats à la page 61) ................. 71
8. Suivi de patient éthylique lors d’une hospitalisation (Point 9 des résultats de la page 62) . 71
Conclusion........................................................................................................................ 73
Liste des figures ............................................................................................................... 74
Liste des tables ................................................................................................................. 76
Bibliographie ................................................................................................................... 77
Annexes ........................................................................................................................... 80
Résumé ............................................................................................................................ 83Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=105748 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Recherche de nouveaux inhibiteurs de la phosphosérine phosphatase (SerB2) - étude des interactions de petites molécules sur l’activité et l’inhibition de SerB2 par DSF et tests enzymatiques / Simon Cheval
Titre : Recherche de nouveaux inhibiteurs de la phosphosérine phosphatase (SerB2) - étude des interactions de petites molécules sur l’activité et l’inhibition de SerB2 par DSF et tests enzymatiques Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Simon Cheval, Auteur ; Jérôme Cornil, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale Année de publication : 2021 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : Unamur laboratoire de Chimie Biologique Structurale CBS Tuberculose SerB2 Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : La tuberculose, une maladie infectieuse causée par une bactérie, Mycobacterium tuberculosis, est devenue un problème de santé mondiale, notamment suite à l’apparition de souches résistantes aux traitements actuels. Afin de lutter contre cette maladie, le développement de nouveaux antibiotiques et donc la recherche de nouvelles cibles thérapeutiques sont fortement encouragés. Une de ces cibles thérapeutiques déjà identifiée est la voie de la sérine, une voie essentielle à la survie du pathogène.
Ce travail s’intègre dans ces recherches pour lutter contre la tuberculose en s’intéressant plus particulièrement à une enzyme de la voie de la sérine, SerB2. Selon des études précédentes, cette enzyme s’avère non seulement essentielle à la survie de la bactérie mais aussi à sa virulence dans l’organisme de son hôte. Une de ces recherches étudiant la structure de SerB2 montre la présence d’un site actif liés à deux domaines ACT régulateurs. Cette observation laisse espérer la possibilité d’inhiber cette enzyme via ces deux domaines dans le but de développer un nouveau pharmacophore (modèle de conception d’un médicament). L’objectif principal de ce TFE est donc la recherche d’inhibiteurs potentiels de SerB2 en ciblant les deux domaines ACT de l’enzyme. Cette recherche se fera à partir d’un panel d’acides aminés
et par l’intermédiaire de test DSF et enzymatiques. Il faudra produire l’enzyme, optimiser les conditions des différents tests et réaliser des screening de l’enzyme avec les acides aminés. Les domaines ciblés permettront-ils de mettre en évidence des acides aminés avec une haute interaction/inhibition de l’enzyme ? Est-ce que l’inhibition de SerB2 par des acides aminés est une piste exploitable dans la lutte contre la tuberculose ? De nombreuses perspectives sont
encore à envisager ...Note de contenu : TABLE DES MATIÈRES
Remerciements.............................................................................................................................
Présentation du lieu de stage ...................................................................................................... 9
Chapitre I. L’université de Namur – l’Unamur .................................................................. 9
Chapitre II. Le laboratoire de Chimie Biologique Structurale – le CBS.......................... 9
I. Contexte général............................................................................................................... 10
Chapitre I. La tuberculose................................................................................................. 10
Introduction ............................................................................................................... 10
La pathologie ............................................................................................................. 10
L’agent infectieux - M. tuberculosis.......................................................................... 11
Problématique actuelle – traitement de la tuberculose et apparition de souches
résistantes ......................................................................................................................... 12
Chapitre II. Nouvelles pistes de lutte thérapeutique – la voie de la sérine..................... 13
Identification de la voie de la sérine en tant que cible thérapeutique ........................ 13
Description de la voie de la sérine............................................................................. 13
Chapitre III. Recherches préliminaires sur SerB2, une bonne cible thérapeuthique ? .... 14
SerB2, un facteur de virulence .................................................................................. 14
Structure et fonction de SerB2................................................................................... 15
Inhibiteurs connus de SerB2...................................................................................... 16
II. Objectifs et stratégie......................................................................................................... 18
III. Matériel et méthodes ..................................................................................................... 20
Chapitre I. Production, purification et caractérisation de SerB2 ...................................... 20
Etape préliminaire – préparation de différents tampons............................................ 20
Production (surexpression) de SerB2 His6 ................................................................ 20
Purification par chromatographie d’affinité IMAC, dialyse et clivage du His-tag ... 23
Caractérisation de la purification par électrophorèse SDS-PAGE et dosage au nano
drop................................................................................................................................... 24
Stockage et passage sur colonne PD10...................................................................... 26
Chapitre II. Mise au point des conditions pour test DSF et screening de 30 acides aminés
..................................................................................................................... 27
Mise au point du test DSF de SerB2 avec 10 acides aminés ..................................... 28
Screening des 30 acides aminés................................................................................. 29
Chapitre III. Mise au point des conditions pour test phosphatase et screening des ligands
sélectionnés avec SerB2 ....................................................................................................... 29
Détermination de la concentration en acide aminé.................................................... 30
Screening des acides aminés...................................................................................... 30
Chapitre IV. essais de cristallogenèse sur SerB2............................................................. 31
Recherche des conditions de cristallisation ............................................................... 32
Reproduction et optimisation des cristaux................................................................. 32
Analyse cristallographique ........................................................................................ 32
IV. Résultats et discussion................................................................................................... 33
Chapitre I. Surexpression et purification de SerB2 .......................................................... 33
Conclusion intermédiaire........................................................................................... 36
Chapitre II. DSF – optimisation et résultats du screening.............................................. 37
Condition 1 : choix du tampon et du colorant ........................................................... 38
Condition 2 : optimisation de la concentration en enzyme ....................................... 40
Condition 3 : optimisation de la concentration du colorant Syp Orange................... 41
Condition 4 : optimisation de la concentration en acide aminé................................. 42
Conclusion intermédiaire et résumé des conditions sélectionnées ............................ 43
Screening des acides aminés par DSF ....................................................................... 44
Chapitre III. Test phosphatase – optimisation et screening ............................................. 45
Optimisation du test phosphatase .............................................................................. 45
Screening des 30 acides aminés par test phosphatase ............................................... 46
Conclusions intermédiaires........................................................................................ 47
Chapitre IV. Cristallogenèse ............................................................................................ 48
1ère tentative d’obtention de cristaux ......................................................................... 48
Optimisation des conditions de cristallisation ........................................................... 49
Analyse cristallographique ........................................................................................ 49
Conclusions générales et perspectives ..................................................................................... 50
Bibliographie............................................................................................................................ 52
Annexes ........................................................................................................................................
Annexe 1 – kit cbs screen md1-104 .........................................................................................
Annexe 2 – protocole du test phosphatase ...............................................................................
Annexe 3 – Screening DSF des différents acides aminés à une concentration de 100 μM .....
Annexe 4 – conditions d’optimisation de cristallisation ..........................................................
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=100296 Recherche de nouveaux inhibiteurs de la phosphosérine phosphatase (SerB2) - étude des interactions de petites molécules sur l’activité et l’inhibition de SerB2 par DSF et tests enzymatiques [TFE / Mémoire] / Simon Cheval, Auteur ; Jérôme Cornil, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale, 2021.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Unamur laboratoire de Chimie Biologique Structurale CBS Tuberculose SerB2 Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : La tuberculose, une maladie infectieuse causée par une bactérie, Mycobacterium tuberculosis, est devenue un problème de santé mondiale, notamment suite à l’apparition de souches résistantes aux traitements actuels. Afin de lutter contre cette maladie, le développement de nouveaux antibiotiques et donc la recherche de nouvelles cibles thérapeutiques sont fortement encouragés. Une de ces cibles thérapeutiques déjà identifiée est la voie de la sérine, une voie essentielle à la survie du pathogène.
Ce travail s’intègre dans ces recherches pour lutter contre la tuberculose en s’intéressant plus particulièrement à une enzyme de la voie de la sérine, SerB2. Selon des études précédentes, cette enzyme s’avère non seulement essentielle à la survie de la bactérie mais aussi à sa virulence dans l’organisme de son hôte. Une de ces recherches étudiant la structure de SerB2 montre la présence d’un site actif liés à deux domaines ACT régulateurs. Cette observation laisse espérer la possibilité d’inhiber cette enzyme via ces deux domaines dans le but de développer un nouveau pharmacophore (modèle de conception d’un médicament). L’objectif principal de ce TFE est donc la recherche d’inhibiteurs potentiels de SerB2 en ciblant les deux domaines ACT de l’enzyme. Cette recherche se fera à partir d’un panel d’acides aminés
et par l’intermédiaire de test DSF et enzymatiques. Il faudra produire l’enzyme, optimiser les conditions des différents tests et réaliser des screening de l’enzyme avec les acides aminés. Les domaines ciblés permettront-ils de mettre en évidence des acides aminés avec une haute interaction/inhibition de l’enzyme ? Est-ce que l’inhibition de SerB2 par des acides aminés est une piste exploitable dans la lutte contre la tuberculose ? De nombreuses perspectives sont
encore à envisager ...Note de contenu : TABLE DES MATIÈRES
Remerciements.............................................................................................................................
Présentation du lieu de stage ...................................................................................................... 9
Chapitre I. L’université de Namur – l’Unamur .................................................................. 9
Chapitre II. Le laboratoire de Chimie Biologique Structurale – le CBS.......................... 9
I. Contexte général............................................................................................................... 10
Chapitre I. La tuberculose................................................................................................. 10
Introduction ............................................................................................................... 10
La pathologie ............................................................................................................. 10
L’agent infectieux - M. tuberculosis.......................................................................... 11
Problématique actuelle – traitement de la tuberculose et apparition de souches
résistantes ......................................................................................................................... 12
Chapitre II. Nouvelles pistes de lutte thérapeutique – la voie de la sérine..................... 13
Identification de la voie de la sérine en tant que cible thérapeutique ........................ 13
Description de la voie de la sérine............................................................................. 13
Chapitre III. Recherches préliminaires sur SerB2, une bonne cible thérapeuthique ? .... 14
SerB2, un facteur de virulence .................................................................................. 14
Structure et fonction de SerB2................................................................................... 15
Inhibiteurs connus de SerB2...................................................................................... 16
II. Objectifs et stratégie......................................................................................................... 18
III. Matériel et méthodes ..................................................................................................... 20
Chapitre I. Production, purification et caractérisation de SerB2 ...................................... 20
Etape préliminaire – préparation de différents tampons............................................ 20
Production (surexpression) de SerB2 His6 ................................................................ 20
Purification par chromatographie d’affinité IMAC, dialyse et clivage du His-tag ... 23
Caractérisation de la purification par électrophorèse SDS-PAGE et dosage au nano
drop................................................................................................................................... 24
Stockage et passage sur colonne PD10...................................................................... 26
Chapitre II. Mise au point des conditions pour test DSF et screening de 30 acides aminés
..................................................................................................................... 27
Mise au point du test DSF de SerB2 avec 10 acides aminés ..................................... 28
Screening des 30 acides aminés................................................................................. 29
Chapitre III. Mise au point des conditions pour test phosphatase et screening des ligands
sélectionnés avec SerB2 ....................................................................................................... 29
Détermination de la concentration en acide aminé.................................................... 30
Screening des acides aminés...................................................................................... 30
Chapitre IV. essais de cristallogenèse sur SerB2............................................................. 31
Recherche des conditions de cristallisation ............................................................... 32
Reproduction et optimisation des cristaux................................................................. 32
Analyse cristallographique ........................................................................................ 32
IV. Résultats et discussion................................................................................................... 33
Chapitre I. Surexpression et purification de SerB2 .......................................................... 33
Conclusion intermédiaire........................................................................................... 36
Chapitre II. DSF – optimisation et résultats du screening.............................................. 37
Condition 1 : choix du tampon et du colorant ........................................................... 38
Condition 2 : optimisation de la concentration en enzyme ....................................... 40
Condition 3 : optimisation de la concentration du colorant Syp Orange................... 41
Condition 4 : optimisation de la concentration en acide aminé................................. 42
Conclusion intermédiaire et résumé des conditions sélectionnées ............................ 43
Screening des acides aminés par DSF ....................................................................... 44
Chapitre III. Test phosphatase – optimisation et screening ............................................. 45
Optimisation du test phosphatase .............................................................................. 45
Screening des 30 acides aminés par test phosphatase ............................................... 46
Conclusions intermédiaires........................................................................................ 47
Chapitre IV. Cristallogenèse ............................................................................................ 48
1ère tentative d’obtention de cristaux ......................................................................... 48
Optimisation des conditions de cristallisation ........................................................... 49
Analyse cristallographique ........................................................................................ 49
Conclusions générales et perspectives ..................................................................................... 50
Bibliographie............................................................................................................................ 52
Annexes ........................................................................................................................................
Annexe 1 – kit cbs screen md1-104 .........................................................................................
Annexe 2 – protocole du test phosphatase ...............................................................................
Annexe 3 – Screening DSF des différents acides aminés à une concentration de 100 μM .....
Annexe 4 – conditions d’optimisation de cristallisation ..........................................................
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=100296 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire