Centre de Documentation Campus Montignies
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Titre : |
Evaluation des performances analytiques de deux PCRs real-time détectant la présence de Campylobacter spp directement sur prélèvement de selles |
Type de document : |
TFE / Mémoire |
Auteurs : |
SALIMA AZAIZAOUI, |
Année de publication : |
2016 |
Note générale : |
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. |
Langues : |
Français (fre) |
Mots-clés : |
CHU Saint-Pierre Bruxelles LHUB-ULB Biologie médicale campylobacter bactérie taxonomie gastro entérite germes pathogènes traitement MALDI-TOF extraction ADN PCR |
Index. décimale : |
TFE Bio Med TFE Biologie médicale |
Note de contenu : |
TABLE DES MATIERES
REMERCIEMENTS
PRESENTATION DU LIEU DE STAGE ............................................................................................ 5
INTRODUCTION .......................................................................................................................... 6
1.1 Prévalence de l’infection à Campylobacter et enjeu de santé publique .................... 6
1.2 Historique de la découverte de la bactérie Campylobacter ........................................ 6
1.3 Taxonomie ................................................................................................................... 7
1.4 Morphologie et caractéristiques biochimiques ........................................................... 7
1.5 Croissance .................................................................................................................... 8
1.6 Mode de transmission ................................................................................................. 8
1.7 Pathologies .................................................................................................................. 9
1.7.1 Gastro – entérite: ................................................................................................. 9
1.7.2 Complications : ................................................................................................... 10
1.8 Pathogénèse .............................................................................................................. 11
1.8.1 Motilité : ............................................................................................................. 11
1.8.2 L’adhésion et invasion : ...................................................................................... 11
1.8.3 Production de toxines : ...................................................................................... 11
1.9 Diagnostic .................................................................................................................. 11
1.10 Traitement ............................................................................................................. 12
OBJECTIFS ET STRATEGIE .......................................................................................................... 14
MATERIEL ET METHODES ......................................................................................................... 16
3.1 Collecte des souches et des échantillons .................................................................. 16
3.2 Repiquage des souches ............................................................................................. 16
3.3 Identification des souches sur MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser Desorption/ionisation time-of-Flight) .................................................................................. 17
3.4 Extraction automatique de l’ADN .............................................................................. 19
3.5 Amplification par PCR en temps réel ......................................................................... 21
3.6 Interprétation des résultats ....................................................................................... 26
RESULTATS ................................................................................................................................ 28
4.1 Comparaison de la sensibilité et de la spécificité d’espèce de la PCR « home-made » et de la PCR commerciale ..................................................................................................... 28
4.2 Détermination et comparaison de la limite de détection de la PCR « home-made » et de la PCR commerciale ..................................................................................................... 30
4.3 Répétabilité ................................................................................................................ 32
4.4 Reproductibilité inter-PCR ......................................................................................... 33
4.5 Stabilité de l’échantillon ............................................................................................ 34
4.6 Comparaison de la méthode PCR avec la méthode de référence ............................. 35
DISCUSSION .............................................................................................................................. 38
CONCLUSION ET PERSPECTIVES ............................................................................................... 40
LISTE DES ABREVIATIONS ......................................................................................................... 41
BIBLIOGRAPHIE ......................................................................................................................... 42
ANNEXES ................................................................................................................................... 44 |
Permalink : |
./index.php?lvl=notice_display&id=65658 |
Evaluation des performances analytiques de deux PCRs real-time détectant la présence de Campylobacter spp directement sur prélèvement de selles [TFE / Mémoire] / SALIMA AZAIZAOUI, . - 2016. Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français ( fre)
Mots-clés : |
CHU Saint-Pierre Bruxelles LHUB-ULB Biologie médicale campylobacter bactérie taxonomie gastro entérite germes pathogènes traitement MALDI-TOF extraction ADN PCR |
Index. décimale : |
TFE Bio Med TFE Biologie médicale |
Note de contenu : |
TABLE DES MATIERES
REMERCIEMENTS
PRESENTATION DU LIEU DE STAGE ............................................................................................ 5
INTRODUCTION .......................................................................................................................... 6
1.1 Prévalence de l’infection à Campylobacter et enjeu de santé publique .................... 6
1.2 Historique de la découverte de la bactérie Campylobacter ........................................ 6
1.3 Taxonomie ................................................................................................................... 7
1.4 Morphologie et caractéristiques biochimiques ........................................................... 7
1.5 Croissance .................................................................................................................... 8
1.6 Mode de transmission ................................................................................................. 8
1.7 Pathologies .................................................................................................................. 9
1.7.1 Gastro – entérite: ................................................................................................. 9
1.7.2 Complications : ................................................................................................... 10
1.8 Pathogénèse .............................................................................................................. 11
1.8.1 Motilité : ............................................................................................................. 11
1.8.2 L’adhésion et invasion : ...................................................................................... 11
1.8.3 Production de toxines : ...................................................................................... 11
1.9 Diagnostic .................................................................................................................. 11
1.10 Traitement ............................................................................................................. 12
OBJECTIFS ET STRATEGIE .......................................................................................................... 14
MATERIEL ET METHODES ......................................................................................................... 16
3.1 Collecte des souches et des échantillons .................................................................. 16
3.2 Repiquage des souches ............................................................................................. 16
3.3 Identification des souches sur MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser Desorption/ionisation time-of-Flight) .................................................................................. 17
3.4 Extraction automatique de l’ADN .............................................................................. 19
3.5 Amplification par PCR en temps réel ......................................................................... 21
3.6 Interprétation des résultats ....................................................................................... 26
RESULTATS ................................................................................................................................ 28
4.1 Comparaison de la sensibilité et de la spécificité d’espèce de la PCR « home-made » et de la PCR commerciale ..................................................................................................... 28
4.2 Détermination et comparaison de la limite de détection de la PCR « home-made » et de la PCR commerciale ..................................................................................................... 30
4.3 Répétabilité ................................................................................................................ 32
4.4 Reproductibilité inter-PCR ......................................................................................... 33
4.5 Stabilité de l’échantillon ............................................................................................ 34
4.6 Comparaison de la méthode PCR avec la méthode de référence ............................. 35
DISCUSSION .............................................................................................................................. 38
CONCLUSION ET PERSPECTIVES ............................................................................................... 40
LISTE DES ABREVIATIONS ......................................................................................................... 41
BIBLIOGRAPHIE ......................................................................................................................... 42
ANNEXES ................................................................................................................................... 44 |
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|
Exemplaires
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[article]
Titre : |
Identification des moisissures au laboratoire de routine hospitalière |
Type de document : |
texte imprimé |
Auteurs : |
Marion Blaize ; Anne-Cécile Normand ; Arnaud Fekkar ; et al. |
Année de publication : |
2021 |
Article en page(s) : |
p. 58-65 |
Note générale : |
Issu du dossier : "Difficultés d'interprétation en biologie"
Doi : 10.1016/S1773-035X(21)00039-3 |
Langues : |
Français (fre) |
Mots-clés : |
banque de données identification Maldi-TOF moisissure séquençage |
Résumé : |
La présence de moisissures en culture au laboratoire n’est pas rare et leur identification participe au diagnostic et à la prise en charge des patients. Les techniques d’identification des champignons filamenteux ont considérablement évolué depuis les années 2000 : à l’identification morphologique nécessitant une expertise importante se sont ajoutées des approches de biologie moléculaire basées sur la comparaison de séquences d’ADN ou de type Maldi-TOF (Matrix Assisted Laser Desorption Ionization - Time of Flight) comparant des profils protéiques à des bases de données de plus en plus fournies. Ces nouvelles techniques bien que plus couteuses que l’identification morphologique, permettent des identifications robustes et même de décrire de nouvelles espèces ou complexes d’espèces. Toutefois des erreurs ne sont pas à exclure et le rôle des techniciens et biologistes au sein des laboratoires reste essentiel pour analyser, critiquer et interpréter les résultats obtenus par ces nouvelles technologies et les confronter au contexte clinique des patients. |
Note de contenu : |
Plan
Introduction
Identification morphologique
Analyse macroscopique
Analyse microscopique
Espèces cryptiques
Biologie moléculaire
Spectrométrie de masse type Maldi-TOF
Les méthodes d’extraction
Les banques de référence
Conclusion |
Permalink : |
./index.php?lvl=notice_display&id=91943 |
in RFL : Revue Francophone des Laboratoires > 529 (1er février 2021) . - p. 58-65
[article] Identification des moisissures au laboratoire de routine hospitalière [texte imprimé] / Marion Blaize ; Anne-Cécile Normand ; Arnaud Fekkar ; et al. . - 2021 . - p. 58-65. Issu du dossier : "Difficultés d'interprétation en biologie"
Doi : 10.1016/S1773-035X(21)00039-3 Langues : Français ( fre) in RFL : Revue Francophone des Laboratoires > 529 (1er février 2021) . - p. 58-65
Mots-clés : |
banque de données identification Maldi-TOF moisissure séquençage |
Résumé : |
La présence de moisissures en culture au laboratoire n’est pas rare et leur identification participe au diagnostic et à la prise en charge des patients. Les techniques d’identification des champignons filamenteux ont considérablement évolué depuis les années 2000 : à l’identification morphologique nécessitant une expertise importante se sont ajoutées des approches de biologie moléculaire basées sur la comparaison de séquences d’ADN ou de type Maldi-TOF (Matrix Assisted Laser Desorption Ionization - Time of Flight) comparant des profils protéiques à des bases de données de plus en plus fournies. Ces nouvelles techniques bien que plus couteuses que l’identification morphologique, permettent des identifications robustes et même de décrire de nouvelles espèces ou complexes d’espèces. Toutefois des erreurs ne sont pas à exclure et le rôle des techniciens et biologistes au sein des laboratoires reste essentiel pour analyser, critiquer et interpréter les résultats obtenus par ces nouvelles technologies et les confronter au contexte clinique des patients. |
Note de contenu : |
Plan
Introduction
Identification morphologique
Analyse macroscopique
Analyse microscopique
Espèces cryptiques
Biologie moléculaire
Spectrométrie de masse type Maldi-TOF
Les méthodes d’extraction
Les banques de référence
Conclusion |
Permalink : |
./index.php?lvl=notice_display&id=91943 |
|
Réservation
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Exemplaires (1)
|
Revue | Revue | Centre de Documentation HELHa Campus Montignies | Armoires à volets | Disponible Disponible |
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[article]
Titre : |
Spectrométrie de masse et protéomique clinique |
Type de document : |
texte imprimé |
Auteurs : |
Bruno Baudin, Auteur |
Année de publication : |
2015 |
Article en page(s) : |
39-48 |
Langues : |
Français (fre) |
Mots-clés : |
spectrométrie de masse protéomique électrophorèse bidimensionnelle Maldi-TOF ESI-MS/MS modifications post-traductionnelles |
Résumé : |
L’analyse protéomique a tenu ses promesses en proposant de nouveaux marqueurs des maladies et de nouvelles cibles thérapeutiques ; des progrès techniques constants la rendent de plus en plus performante. Ces progrès passent par le développement de spectromètres de masse plus précis sur la mesure de la masse, plus résolutifs sur la séparation des ions, plus sensibles sur leur détection, plus adaptés à la quantification des pics, ainsi que des appareils automatisés et conçus pour la protéomique à haut débit. Le Maldi-TOF garde une place importante en protéomique, tant pour les équipes à faible budget, que pour les laboratoires développant la quantification et le haut débit en mode TOF/TOF. La source ESI est facilement couplée à la nanoLC, méthode de choix pour le séquençage en stratégie « bottom up » avec des quadripôles (Q), des TOF ou encore des trappes d’ions en tandem. L’analyse des modifications post-traductionnelles devient possible sur la plupart des configurations de couplage MS/MS. Finalement, l’électrophorèse garde sa place comme méthode séparative performante, et la chromatographie est la source de développements constants. La protéomique a encore de beaux jours devant elle grâce aux progrès techniques multiples dont elle fait l’objet. |
Permalink : |
./index.php?lvl=notice_display&id=66370 |
in Annales de Biologie Clinique > 73/1 (Janvier - Février 2015) . - 39-48
[article] Spectrométrie de masse et protéomique clinique [texte imprimé] / Bruno Baudin, Auteur . - 2015 . - 39-48. Langues : Français ( fre) in Annales de Biologie Clinique > 73/1 (Janvier - Février 2015) . - 39-48
Mots-clés : |
spectrométrie de masse protéomique électrophorèse bidimensionnelle Maldi-TOF ESI-MS/MS modifications post-traductionnelles |
Résumé : |
L’analyse protéomique a tenu ses promesses en proposant de nouveaux marqueurs des maladies et de nouvelles cibles thérapeutiques ; des progrès techniques constants la rendent de plus en plus performante. Ces progrès passent par le développement de spectromètres de masse plus précis sur la mesure de la masse, plus résolutifs sur la séparation des ions, plus sensibles sur leur détection, plus adaptés à la quantification des pics, ainsi que des appareils automatisés et conçus pour la protéomique à haut débit. Le Maldi-TOF garde une place importante en protéomique, tant pour les équipes à faible budget, que pour les laboratoires développant la quantification et le haut débit en mode TOF/TOF. La source ESI est facilement couplée à la nanoLC, méthode de choix pour le séquençage en stratégie « bottom up » avec des quadripôles (Q), des TOF ou encore des trappes d’ions en tandem. L’analyse des modifications post-traductionnelles devient possible sur la plupart des configurations de couplage MS/MS. Finalement, l’électrophorèse garde sa place comme méthode séparative performante, et la chromatographie est la source de développements constants. La protéomique a encore de beaux jours devant elle grâce aux progrès techniques multiples dont elle fait l’objet. |
Permalink : |
./index.php?lvl=notice_display&id=66370 |
| ![Spectrométrie de masse et protéomique clinique vignette](./images/vide.png) |
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Exemplaires (1)
|
Revue | Revue | Centre de Documentation HELHa Campus Montignies | Armoires à volets | Disponible Disponible |
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Les Campylobacter : Test antigénétique ou Culture ? Le dilemme… [TFE / Mémoire] / Marius MEBOUPYEWO, Auteur . - 2014. Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français ( fre) |
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