Centre de Documentation Campus Montignies
Horaires :
Lundi : 8h-18h30
Mardi : 8h-17h30
Mercredi 9h-16h30
Jeudi : 8h-18h30
Vendredi : 8h30-12h30 et 13h-14h30
Attention,
Votre centre de documentation sera fermé ce lundi 26 août.
Également, ce mercredi 28 août il sera fermé de 12 à 13h.
Enfin, ce jeudi 29 août il ouvrira à 14h45.
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Auteur Julie Schmitz |
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LA CALPROTECTINE FECALE: BIOMARQUEUR COMMERCIAL OU INDISPENSABLE? : COMPARAISON DE DEUX METHODES DE DOSAGE DANS LES SELLES DE PATIENTS ATTEINTS DE MALADIES INFLAMMATOIRES DES INTESTINS / ZAHIA SALMI
Titre : LA CALPROTECTINE FECALE: BIOMARQUEUR COMMERCIAL OU INDISPENSABLE? : COMPARAISON DE DEUX METHODES DE DOSAGE DANS LES SELLES DE PATIENTS ATTEINTS DE MALADIES INFLAMMATOIRES DES INTESTINS Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : ZAHIA SALMI, Auteur ; Julie Schmitz, Directeur de la recherche ; P. Schatt, Directeur de la recherche ; Q. Delfortrie, Directeur de la recherche Année de publication : 2015 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale Clinique notre-Dame de Grâce Gosselies Calprotectine fécale Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : RESUME
OBJECTIF
Evaluer si l’utilisation d’une méthode de dosage sensible de la calprotectine (un bio-marqueur de l’inflammation intestinale) peut contribuer à confirmer ou infirmer l’endoscopie et la biopsie réalisées sur un patient, en comparant différents kits de dosage commerciaux.
MATERIEL ET METHODE
L’étude est réalisée sur base d’une population de 69 échantillons de selles. Les dosages sont réalisés via une méthode immuno-chromatographique (ALERE®) ainsi qu’une méthode immunologique par chimiluminescence.
La comparaison des méthodes de dosage est faite avec l’aide du logiciel statistique SPSS (Statistical Package for the Social Sciences), dans lequel nous entrons une base de données composée des valeurs de concentration de la calprotectine pour chacune des 3 méthodes.
RESULTATS
Après analyse des résultats obtenus via les 3 méthodes de dosage de la calprotectine contenue dans les échantillons récoltés, il ressort qu’il existe une différence significative entre les méthodes ALERE®, DIASORIN® par « pesée » et par « device ». Un bon accord entre les méthodes « pesée » et « device » a été établi. Pour un cut-off de 50 [μg/g] : Se (ALERE®) = 72,4 % et Sp (ALERE®) = 62,5 % ; Se (DIASORIN® « pesée ») = 55,2 % et Sp (DIASORIN® « pesée ») = 80 % ; Se (DIASORIN® « device ») = 69 % et Sp (DIASORIN® « device ») = 72,5 %.
CONCLUSION
La calprotectine se présente comme étant un bio-marqueur prometteur pour le diagnostic des MICI. Son utilisation dans certains cas adaptés pourrait éviter des examens invasifs pour le patient (endoscopie et biopsie).
Note de contenu : TABLE DES MATIERES
REMERCIEMENTS
HISTORIQUE
INTRODUCTION 9
PARTIE THEORIQUE
1. Origine de la calprotectine 10
2. Structure 10
2.1. Présentation générale 10
2.2. Affinité pour le calcium et le zinc 11
3. Caractéristiques physico-chimiques 12
4. Rôle de la calprotectine 12
4.1. Rôle physiologique 12
4.2. Variation pathologique 13
5. Synthèse de la calprotectine 13
6. Pathologies 16
6.1. Introduction 16
6.2. Epidémiologie 16
6.3. Ethiologie 16
6.4. Maladie de Crohn (MC) 17
6.5. Rectocolite ulcéro-hémorragique (RCUH) 19
6.6. Diagnostic de la maladie de Crohn et de la rectocolite hémorragique 21
6.6.1. Anamnèse 21
6.6.2. Examen biologique 21
6.6.3. Endoscopie 21
6.6.4. Biopsie 21
6.6.5. Examen sérologique 22
6.7. Syndrome du côlon irritable (SCI) 23
6.8. Autres pathologies intestinales 23
7. Intérêt du dosage de la calprotectine 24
7.1. Introduction 24
7.2. Intérêt du dosage 24
8. Dosage de la calprotectine 26
8.1. Introduction 26
8.2. Valeurs de références 26
8.3. Méthodes de dosage de la calprotectine 28
8.3.1. Dosage immunologique BÜHLMANN : Quantum Blue Calprotectin 28
8.3.2. Dosage de la calprotectine par un test immunologique par chimiluminescence : liaison® Diasorin 29
PARTIE PRATIQUE
1. Population étudiée 30
2. Description et principes généraux 30
2.1. Matériel 30
2.1.1. Appareil Bühlmann 30
2.1.2. Immuno-chromatographie avec appareil Bühlmann 31
2.1.3. Description de l’appareil 31
2.1.4. Méthode d’extraction et dosage de la calprotectine 32
2.1.4.1. Cas d’un dépistage 32
2.1.4.2. Cas d’un suivi 32
2.1.5. Interprétation des résultats 33
2.2. Matériel 33
2.2.1. Appareil Diasorin (LIAISON) 33
2.2.2. Principe 34
2.2.3. Les différentes étapes de dosage 34
2.2.4. Description du système et de la machine 35
2.2.4.1. Système 35
2.2.4.2. Unité d’analyse de lecture des résultats 35
2.2.5. Préparation des réactifs 36
2.2.5.1. Préparation du réactif intégral 36
2.2.5.2. Etalons 36
2.2.5.3. Contrôles 36
2.2.5.4. Tampon d’extraction 36
2.2.5.5. Substances interférentes 37
2.2.6. Méthodes d’extraction 37
2.2.6.1. Dispositif d’extraction de la calprotectine par device 37
2.2.6.2. Dispositif d’extraction de la calprotectine par pesée 38
2.2.7. Limites du procédé de dosage 39
2.2.8. Méthodologie actuelle 39
RESULTATS ET INTERPRETATIONS
3. Analyse de la population 40
4. Résultats 41
4.1. Comparaison des 2 méthodes d’extraction Diasorin – Statistique descriptive 42
4.1.1. Graphique de Bland-Altman 42
4.1.2. Diagramme à bâtonnets 43
4.1.3. Interprétation 44
4.2. Comparaison de 2 méthodes d’extraction Diasorin – Statistique inférentielle 45
4.2.1. Comparaison des résultats obtenus avec les deux méthodes d’extraction 45
4.2.2. Comparaison des résultats obtenus par la méthode d’extraction par pesée, entre les groupes « Crohn » et « contrôle » 46
4.2.3. Comparaison des résultats obtenus par la méthode d’extraction par device, entre les groupes « Crohn » et « contrôle » 46
4.3. Comparaison des 3 méthodes de dosage « device – pesée – Alere » 47
4.3.1. Comparaison des résultats des 3 méthodes de dosage 48
4.3.1.1. Comparaison des résultats des 2 méthodes de dosage « Alere » et« pesée » 48
4.3.1.2. Comparaison des résultats des 2 méthodes de dosage « Alere » et « device » 48
4.3.1.3. Comparaison des résultats des 2 méthodes de dosage « device » et « pesée » 49
4.3.2. Courbe ROC 49
4.4. Accord entre les méthodes prises deux par deux, pour cut-off pris à 50 µg/g 51
4.4.1. Accord entre les méthodes « device » et « Alere » 51
4.4.2. Accord entre les méthodes « device » et « pesée » 52
4.4.3. Accord entre les méthodes « pesée » et « Alere » 52
4.5. Avantages et inconvénients des différentes méthodes de dosage 54
CONCLUSION 55
LISTE DES FIGURES 56
LISTE DES TABLEAUX 57
LISTE DES ABREVIATIONS 58
BIBLIOGRAPHIE 59
LEXIQUE 64
ANNEXES
TABLE DES ANNEXES 66
RESUME
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65239 LA CALPROTECTINE FECALE: BIOMARQUEUR COMMERCIAL OU INDISPENSABLE? : COMPARAISON DE DEUX METHODES DE DOSAGE DANS LES SELLES DE PATIENTS ATTEINTS DE MALADIES INFLAMMATOIRES DES INTESTINS [TFE / Mémoire] / ZAHIA SALMI, Auteur ; Julie Schmitz, Directeur de la recherche ; P. Schatt, Directeur de la recherche ; Q. Delfortrie, Directeur de la recherche . - 2015.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : biologie médicale Clinique notre-Dame de Grâce Gosselies Calprotectine fécale Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : RESUME
OBJECTIF
Evaluer si l’utilisation d’une méthode de dosage sensible de la calprotectine (un bio-marqueur de l’inflammation intestinale) peut contribuer à confirmer ou infirmer l’endoscopie et la biopsie réalisées sur un patient, en comparant différents kits de dosage commerciaux.
MATERIEL ET METHODE
L’étude est réalisée sur base d’une population de 69 échantillons de selles. Les dosages sont réalisés via une méthode immuno-chromatographique (ALERE®) ainsi qu’une méthode immunologique par chimiluminescence.
La comparaison des méthodes de dosage est faite avec l’aide du logiciel statistique SPSS (Statistical Package for the Social Sciences), dans lequel nous entrons une base de données composée des valeurs de concentration de la calprotectine pour chacune des 3 méthodes.
RESULTATS
Après analyse des résultats obtenus via les 3 méthodes de dosage de la calprotectine contenue dans les échantillons récoltés, il ressort qu’il existe une différence significative entre les méthodes ALERE®, DIASORIN® par « pesée » et par « device ». Un bon accord entre les méthodes « pesée » et « device » a été établi. Pour un cut-off de 50 [μg/g] : Se (ALERE®) = 72,4 % et Sp (ALERE®) = 62,5 % ; Se (DIASORIN® « pesée ») = 55,2 % et Sp (DIASORIN® « pesée ») = 80 % ; Se (DIASORIN® « device ») = 69 % et Sp (DIASORIN® « device ») = 72,5 %.
CONCLUSION
La calprotectine se présente comme étant un bio-marqueur prometteur pour le diagnostic des MICI. Son utilisation dans certains cas adaptés pourrait éviter des examens invasifs pour le patient (endoscopie et biopsie).
Note de contenu : TABLE DES MATIERES
REMERCIEMENTS
HISTORIQUE
INTRODUCTION 9
PARTIE THEORIQUE
1. Origine de la calprotectine 10
2. Structure 10
2.1. Présentation générale 10
2.2. Affinité pour le calcium et le zinc 11
3. Caractéristiques physico-chimiques 12
4. Rôle de la calprotectine 12
4.1. Rôle physiologique 12
4.2. Variation pathologique 13
5. Synthèse de la calprotectine 13
6. Pathologies 16
6.1. Introduction 16
6.2. Epidémiologie 16
6.3. Ethiologie 16
6.4. Maladie de Crohn (MC) 17
6.5. Rectocolite ulcéro-hémorragique (RCUH) 19
6.6. Diagnostic de la maladie de Crohn et de la rectocolite hémorragique 21
6.6.1. Anamnèse 21
6.6.2. Examen biologique 21
6.6.3. Endoscopie 21
6.6.4. Biopsie 21
6.6.5. Examen sérologique 22
6.7. Syndrome du côlon irritable (SCI) 23
6.8. Autres pathologies intestinales 23
7. Intérêt du dosage de la calprotectine 24
7.1. Introduction 24
7.2. Intérêt du dosage 24
8. Dosage de la calprotectine 26
8.1. Introduction 26
8.2. Valeurs de références 26
8.3. Méthodes de dosage de la calprotectine 28
8.3.1. Dosage immunologique BÜHLMANN : Quantum Blue Calprotectin 28
8.3.2. Dosage de la calprotectine par un test immunologique par chimiluminescence : liaison® Diasorin 29
PARTIE PRATIQUE
1. Population étudiée 30
2. Description et principes généraux 30
2.1. Matériel 30
2.1.1. Appareil Bühlmann 30
2.1.2. Immuno-chromatographie avec appareil Bühlmann 31
2.1.3. Description de l’appareil 31
2.1.4. Méthode d’extraction et dosage de la calprotectine 32
2.1.4.1. Cas d’un dépistage 32
2.1.4.2. Cas d’un suivi 32
2.1.5. Interprétation des résultats 33
2.2. Matériel 33
2.2.1. Appareil Diasorin (LIAISON) 33
2.2.2. Principe 34
2.2.3. Les différentes étapes de dosage 34
2.2.4. Description du système et de la machine 35
2.2.4.1. Système 35
2.2.4.2. Unité d’analyse de lecture des résultats 35
2.2.5. Préparation des réactifs 36
2.2.5.1. Préparation du réactif intégral 36
2.2.5.2. Etalons 36
2.2.5.3. Contrôles 36
2.2.5.4. Tampon d’extraction 36
2.2.5.5. Substances interférentes 37
2.2.6. Méthodes d’extraction 37
2.2.6.1. Dispositif d’extraction de la calprotectine par device 37
2.2.6.2. Dispositif d’extraction de la calprotectine par pesée 38
2.2.7. Limites du procédé de dosage 39
2.2.8. Méthodologie actuelle 39
RESULTATS ET INTERPRETATIONS
3. Analyse de la population 40
4. Résultats 41
4.1. Comparaison des 2 méthodes d’extraction Diasorin – Statistique descriptive 42
4.1.1. Graphique de Bland-Altman 42
4.1.2. Diagramme à bâtonnets 43
4.1.3. Interprétation 44
4.2. Comparaison de 2 méthodes d’extraction Diasorin – Statistique inférentielle 45
4.2.1. Comparaison des résultats obtenus avec les deux méthodes d’extraction 45
4.2.2. Comparaison des résultats obtenus par la méthode d’extraction par pesée, entre les groupes « Crohn » et « contrôle » 46
4.2.3. Comparaison des résultats obtenus par la méthode d’extraction par device, entre les groupes « Crohn » et « contrôle » 46
4.3. Comparaison des 3 méthodes de dosage « device – pesée – Alere » 47
4.3.1. Comparaison des résultats des 3 méthodes de dosage 48
4.3.1.1. Comparaison des résultats des 2 méthodes de dosage « Alere » et« pesée » 48
4.3.1.2. Comparaison des résultats des 2 méthodes de dosage « Alere » et « device » 48
4.3.1.3. Comparaison des résultats des 2 méthodes de dosage « device » et « pesée » 49
4.3.2. Courbe ROC 49
4.4. Accord entre les méthodes prises deux par deux, pour cut-off pris à 50 µg/g 51
4.4.1. Accord entre les méthodes « device » et « Alere » 51
4.4.2. Accord entre les méthodes « device » et « pesée » 52
4.4.3. Accord entre les méthodes « pesée » et « Alere » 52
4.5. Avantages et inconvénients des différentes méthodes de dosage 54
CONCLUSION 55
LISTE DES FIGURES 56
LISTE DES TABLEAUX 57
LISTE DES ABREVIATIONS 58
BIBLIOGRAPHIE 59
LEXIQUE 64
ANNEXES
TABLE DES ANNEXES 66
RESUME
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65239 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Caractérisation de nouveaux outils moléculaires pour l’étude de différents virus de betteraves : Beet soil-borne virus, Beet virus Q et Beet black scorch virus / Gabriel Brennet
Titre : Caractérisation de nouveaux outils moléculaires pour l’étude de différents virus de betteraves : Beet soil-borne virus, Beet virus Q et Beet black scorch virus Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Gabriel Brennet, Auteur ; Julie Schmitz, Directeur de publication, rédacteur en chef Année de publication : 2017 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : Agronomie AIBT Earth & life institute Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : La betterave sucrière est principalement cultivée pour sa racine charnue utilisée pour la production de sucre. En effet, cette plante bisannuelle assure chaque année la production d’environ 100 millions de tonnes de sucre ce qui en fait une matière première non négligeable pour l’économie avec tous les emplois qu’elle offre et un produit indispensable pour l’industrie agro-alimentaire qui ne cesse d’augmenter la quantité de sucre dans ses produits.
Une chute brutale de rendement en sucre issu de la betterave causerait plus de dégâts qu’on ne pourrait l’imaginer.
Malheureusement, l’industrie betteravière est menacée depuis plus de 50 ans par la rhizomanie. Cette phytopathologie est causée par le Beet necrotic yellow vein virus (BNYVV), un agent pathogène transmis par le pseudo-champignon Polymyxa betae. Elle induit une constriction de la racine principale et une prolifération des radicelles latérales ainsi qu’un jaunissement des nervures foliaires.
À l’heure actuelle, le BNYVV s’est répandue dans le monde entier ce qui a poussé certains scientifiques à développer des variétés résistantes pour tenter de lutter contre cette maladie d’origine virale. Hélas, après quelques années de succès, une rupture de résistance causée par la protéine p25 a été mise en évidence, ce qui a provoqué une recrudescence de la rhizomanie.
Aussi, plusieurs virus à ARN de polarité positive ont été retrouvés en co-infection avec le BNYVV : le Beet soil-borne virus (BSBV) et le Beet virus Q (BVQ) sont deux Pomovirus fréquemment retrouvés dans les champs touchés par la rhizomanie tandis que le Beet black scorch virus (BBSV) fait partie des Necrovirus et est souvent retrouvé associé à un satellite à ARN.
Le projet décrit dans ce travail de fin d’étude à pour optique de comprendre les mécanismes qui relient ces différents phytovirus et leurs vecteurs ainsi que d’autres points important tels que le rôle de la protéine CP-RT et l’influence du sat sur BBSV. Pour cela, des clones infectieux ont été développés au laboratoire pour ensuite être inoculés via les feuilles ou les racines afin de voir l’impact que le BSBV, BVQ et BBSV ont sur la betterave. De plus, plusieurs techniques de biologie moléculaire ont été employées telles que l’extraction d’ARN, la RT-qPCR, le Western blot, ect.
Les résultats ont montrés l’efficacité des clones infectieux du BSBV et BVQ sur B. macrocarpa et Cadix par les symptômes apparus sur feuille et la confirmation de la présence du virus par électrophorèse sur gel d’agarose. Enfin, la protéine CP-RT a pu être détectée par optimisation du protocole de Western blot.
Note de contenu : Table des matières
Introduction générale 2
1 La betterave sucrière 2
2 La rhizomanie 2
2.1 BNYVV 2
2.1.1 Morphologie 2
2.1.2 Génome 2
2.2 Vecteur 2
2.3 Symptômes 2
2.4 Moyens de lutte 2
3 Virus associés au BNYVV 2
3.1 Beet Virus Q 2
3.2 Beet soil-borne virus 2
3.3 Beet black scorch virus et son satellite 2
Techniques de biologie moléculaire employées 2
1 Clonage : Passage de T7 à Agrobacterium tumefaciens 2
1.1 Méthode T7 2
1.2 Méthode A.tumefaciens 2
2 Extraction ARN 2
2.1 Séparation physico-chimique 2
2.2 Absorption sélective des acides nucléiques sur un support solide 2
3 RT-PCR et PCR quantitative 2
3.1 Généralités 2
3.2 Principe de la qPCR 2
3.3 Agent intercalant : SYBRGreen 2
4 Electrophorèse 2
4.1 Electrophorèse sur gel d'agarose 2
4.2 Electrophorèse sur gel de polyacrylamide 2
5 Western blot 2
Objectifs et mise en œuvre 2
Matériel et méthode 2
1 Développement des agro-clones infectieux 2
1.1 But 2
1.2 Technique 2
2 Développement du matériel végétal 2
2.1 Plantes cultivées en terre 2
2.2 Plantes cultivées en hydroponie 2
3 Inoculations des plantes 2
3.1 Agro-infiltration de feuilles 2
3.2 Inoculation mécanique 2
3.3 Agro-inoculation par racines 2
4 Détection de l'ARN viral 2
4.1 But 2
4.2 Technique 2
5 Transcription inverse et PCR quantitative 2
Technique 2
6 Optimisation du Western blot 2
6.1 Préparation des échantillons 2
6.2 Gel de polyacrylamide 2
6.3 Transfert 2
6.4 Détection 2
Résultats et discussions 2
1 Symptômes foliaires 2
1.1 Agro-infiltration et inoculation mécanique par feuille 2
1.2 Inoculation racinaire 2
2 Détection de la CP et CP-RT 2
2.1 Résultats 2
2.2 Perspectives 2
Conclusion générale 2
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65871 Caractérisation de nouveaux outils moléculaires pour l’étude de différents virus de betteraves : Beet soil-borne virus, Beet virus Q et Beet black scorch virus [TFE / Mémoire] / Gabriel Brennet, Auteur ; Julie Schmitz, Directeur de publication, rédacteur en chef . - 2017.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Agronomie AIBT Earth & life institute Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : La betterave sucrière est principalement cultivée pour sa racine charnue utilisée pour la production de sucre. En effet, cette plante bisannuelle assure chaque année la production d’environ 100 millions de tonnes de sucre ce qui en fait une matière première non négligeable pour l’économie avec tous les emplois qu’elle offre et un produit indispensable pour l’industrie agro-alimentaire qui ne cesse d’augmenter la quantité de sucre dans ses produits.
Une chute brutale de rendement en sucre issu de la betterave causerait plus de dégâts qu’on ne pourrait l’imaginer.
Malheureusement, l’industrie betteravière est menacée depuis plus de 50 ans par la rhizomanie. Cette phytopathologie est causée par le Beet necrotic yellow vein virus (BNYVV), un agent pathogène transmis par le pseudo-champignon Polymyxa betae. Elle induit une constriction de la racine principale et une prolifération des radicelles latérales ainsi qu’un jaunissement des nervures foliaires.
À l’heure actuelle, le BNYVV s’est répandue dans le monde entier ce qui a poussé certains scientifiques à développer des variétés résistantes pour tenter de lutter contre cette maladie d’origine virale. Hélas, après quelques années de succès, une rupture de résistance causée par la protéine p25 a été mise en évidence, ce qui a provoqué une recrudescence de la rhizomanie.
Aussi, plusieurs virus à ARN de polarité positive ont été retrouvés en co-infection avec le BNYVV : le Beet soil-borne virus (BSBV) et le Beet virus Q (BVQ) sont deux Pomovirus fréquemment retrouvés dans les champs touchés par la rhizomanie tandis que le Beet black scorch virus (BBSV) fait partie des Necrovirus et est souvent retrouvé associé à un satellite à ARN.
Le projet décrit dans ce travail de fin d’étude à pour optique de comprendre les mécanismes qui relient ces différents phytovirus et leurs vecteurs ainsi que d’autres points important tels que le rôle de la protéine CP-RT et l’influence du sat sur BBSV. Pour cela, des clones infectieux ont été développés au laboratoire pour ensuite être inoculés via les feuilles ou les racines afin de voir l’impact que le BSBV, BVQ et BBSV ont sur la betterave. De plus, plusieurs techniques de biologie moléculaire ont été employées telles que l’extraction d’ARN, la RT-qPCR, le Western blot, ect.
Les résultats ont montrés l’efficacité des clones infectieux du BSBV et BVQ sur B. macrocarpa et Cadix par les symptômes apparus sur feuille et la confirmation de la présence du virus par électrophorèse sur gel d’agarose. Enfin, la protéine CP-RT a pu être détectée par optimisation du protocole de Western blot.
Note de contenu : Table des matières
Introduction générale 2
1 La betterave sucrière 2
2 La rhizomanie 2
2.1 BNYVV 2
2.1.1 Morphologie 2
2.1.2 Génome 2
2.2 Vecteur 2
2.3 Symptômes 2
2.4 Moyens de lutte 2
3 Virus associés au BNYVV 2
3.1 Beet Virus Q 2
3.2 Beet soil-borne virus 2
3.3 Beet black scorch virus et son satellite 2
Techniques de biologie moléculaire employées 2
1 Clonage : Passage de T7 à Agrobacterium tumefaciens 2
1.1 Méthode T7 2
1.2 Méthode A.tumefaciens 2
2 Extraction ARN 2
2.1 Séparation physico-chimique 2
2.2 Absorption sélective des acides nucléiques sur un support solide 2
3 RT-PCR et PCR quantitative 2
3.1 Généralités 2
3.2 Principe de la qPCR 2
3.3 Agent intercalant : SYBRGreen 2
4 Electrophorèse 2
4.1 Electrophorèse sur gel d'agarose 2
4.2 Electrophorèse sur gel de polyacrylamide 2
5 Western blot 2
Objectifs et mise en œuvre 2
Matériel et méthode 2
1 Développement des agro-clones infectieux 2
1.1 But 2
1.2 Technique 2
2 Développement du matériel végétal 2
2.1 Plantes cultivées en terre 2
2.2 Plantes cultivées en hydroponie 2
3 Inoculations des plantes 2
3.1 Agro-infiltration de feuilles 2
3.2 Inoculation mécanique 2
3.3 Agro-inoculation par racines 2
4 Détection de l'ARN viral 2
4.1 But 2
4.2 Technique 2
5 Transcription inverse et PCR quantitative 2
Technique 2
6 Optimisation du Western blot 2
6.1 Préparation des échantillons 2
6.2 Gel de polyacrylamide 2
6.3 Transfert 2
6.4 Détection 2
Résultats et discussions 2
1 Symptômes foliaires 2
1.1 Agro-infiltration et inoculation mécanique par feuille 2
1.2 Inoculation racinaire 2
2 Détection de la CP et CP-RT 2
2.1 Résultats 2
2.2 Perspectives 2
Conclusion générale 2
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65871 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Comparaison de méthodes de détermination de sensibilité à la colistine chez les entérobactéries, les Pseudomonas et les Acinetobacter. / Yves Van Wijnsberghe
Titre : Comparaison de méthodes de détermination de sensibilité à la colistine chez les entérobactéries, les Pseudomonas et les Acinetobacter. Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Yves Van Wijnsberghe, Auteur ; Julie Schmitz, Directeur de la recherche Année de publication : 2017 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale CHU Dinant-Godinne UCL Namur CNR microbiologie Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Présentation du lieu de stage......................................................................................................... 4
Introduction théorique .................................................................................................................. 5
Notions générales ..................................................................................................................... 5
Qu’est-ce qu’un bacille Gram négatif ? ....................................................................................... 5
Les entérobactéries................................................................................................................ 6
Les bacilles Gram négatif non fermentants .............................................................................. 6
Les bactéries multi-résistantes ................................................................................................... 7
Définition d’un antibiotique.................................................................................................... 7
Historique ............................................................................................................................. 7
Les enjeux ............................................................................................................................. 8
Mécanismes d’actions des antibiotiques ..................................................................................... 9
Mécanismes de défense bactérienne.........................................................................................10
Acquisition de résistance ..........................................................................................................12
La séquence d’insertion (IS) ...................................................................................................12
Le transposon .......................................................................................................................12
Le système : intégrons - gènes casettes ..................................................................................14
Concentration Minimale Inhibitrice (CMI) ..................................................................................14
Concentration minimale bactéricide (CMB) ................................................................................14
Le rapport CMB/CMI ................................................................................................................14
La colistine ...............................................................................................................................15
Mécanismes d’actions de la colistine .........................................................................................16
Mécanismes de résistance à la colistine .....................................................................................17 Résistance à la colistine acquise par mutation ........................................................................17
Les gènes dépendant des deux composantes PmrA-PmrB et PhoP-PhoQ..................................18
Les gènes non liés aux composantes PhoPQ et PmrAB ............................................................21
Les résistances acquises par transmission de plasmide ...............................................................22
Les plasmides véhiculant les gènes de résistances...................................................................24
Méthodes de détermination des résistances et des sensibilités bactériennes à la colistine ...........24
Méthode du Sensititre™ (Thermo Scientific) ...........................................................................25
Méthode UMIC (Biocentric) ...................................................................................................25
Méthode MIC-Strip (Merlin) ..................................................................................................26
L’origine des souches................................................................................................................26
Détermination de l’espèce bactérienne (Maldi-TOF) ...............................................................27
Page | 2
Détermination de sensibilité à la colistine chez les bacilles Gram négatif pathogènes
Les souches American type culture collection (ATCC)..................................................................29
Que sont-elles ? ....................................................................................................................29
La souche de collection .............................................................................................................30
Validation technique .............................................................................................................30
Validation clinique ................................................................................................................32
But du stage ................................................................................................................................34
Matériel & méthodes ...................................................................................................................34
Les souches..............................................................................................................................34
Mise en culture des souches bactériennes d’intérêts ..............................................................36
Méthode Sensititre™ (Thermo Scientific) ...................................................................................36
Mode opératoire ..................................................................................................................36
Matériel & stockage ..............................................................................................................37
Méthode MIC-STRIP .................................................................................................................37
Mode opératoire ..................................................................................................................37
Matériel & stockage ..............................................................................................................38
Méthode UMIC ........................................................................................................................38
Mode opératoire ..................................................................................................................38
Matériel & stockage ..............................................................................................................38
Protocole généralisé .................................................................................................................39
Résultats .....................................................................................................................................40
Validation technique ................................................................................................................40
Validation clinique....................................................................................................................41
Méthode MIC-Strip (Merlin) ..................................................................................................41
Méthode UMIC (Biocentric) ...................................................................................................42
Comparaison de la méthode UMIC à la méthode MIC-Strip .....................................................44
Discussion....................................................................................................................................44
Validation technique ................................................................................................................44
Validation clinique....................................................................................................................44
Méthode MIC-Strip (Merlin) ..................................................................................................44
Méthode UMIC (Biocentric) ...................................................................................................47
Comparaison de la méthode UMIC à la méthode MIC-Strip .....................................................48
Conclusion ...................................................................................................................................49
Liste des tableaux.........................................................................................................................51
Liste des figures ...........................................................................................................................52
Page | 3
Détermination de sensibilité à la colistine chez les bacilles Gram négatif pathogènes
Liste des abréviations ...................................................................................................................53
Bibliographie ...............................................................................................................................54
Annexes ......................................................................................................................................58
Validation technique résultats bruts ..........................................................................................58
ATCC Escherichia coli ............................................................................................................58
ATCC Pseudomonas aeruginosa 27853 ...................................................................................59
Souche de collection S08-56 ..................................................................................................61Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65863 Comparaison de méthodes de détermination de sensibilité à la colistine chez les entérobactéries, les Pseudomonas et les Acinetobacter. [TFE / Mémoire] / Yves Van Wijnsberghe, Auteur ; Julie Schmitz, Directeur de la recherche . - 2017.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : biologie médicale CHU Dinant-Godinne UCL Namur CNR microbiologie Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Présentation du lieu de stage......................................................................................................... 4
Introduction théorique .................................................................................................................. 5
Notions générales ..................................................................................................................... 5
Qu’est-ce qu’un bacille Gram négatif ? ....................................................................................... 5
Les entérobactéries................................................................................................................ 6
Les bacilles Gram négatif non fermentants .............................................................................. 6
Les bactéries multi-résistantes ................................................................................................... 7
Définition d’un antibiotique.................................................................................................... 7
Historique ............................................................................................................................. 7
Les enjeux ............................................................................................................................. 8
Mécanismes d’actions des antibiotiques ..................................................................................... 9
Mécanismes de défense bactérienne.........................................................................................10
Acquisition de résistance ..........................................................................................................12
La séquence d’insertion (IS) ...................................................................................................12
Le transposon .......................................................................................................................12
Le système : intégrons - gènes casettes ..................................................................................14
Concentration Minimale Inhibitrice (CMI) ..................................................................................14
Concentration minimale bactéricide (CMB) ................................................................................14
Le rapport CMB/CMI ................................................................................................................14
La colistine ...............................................................................................................................15
Mécanismes d’actions de la colistine .........................................................................................16
Mécanismes de résistance à la colistine .....................................................................................17 Résistance à la colistine acquise par mutation ........................................................................17
Les gènes dépendant des deux composantes PmrA-PmrB et PhoP-PhoQ..................................18
Les gènes non liés aux composantes PhoPQ et PmrAB ............................................................21
Les résistances acquises par transmission de plasmide ...............................................................22
Les plasmides véhiculant les gènes de résistances...................................................................24
Méthodes de détermination des résistances et des sensibilités bactériennes à la colistine ...........24
Méthode du Sensititre™ (Thermo Scientific) ...........................................................................25
Méthode UMIC (Biocentric) ...................................................................................................25
Méthode MIC-Strip (Merlin) ..................................................................................................26
L’origine des souches................................................................................................................26
Détermination de l’espèce bactérienne (Maldi-TOF) ...............................................................27
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Détermination de sensibilité à la colistine chez les bacilles Gram négatif pathogènes
Les souches American type culture collection (ATCC)..................................................................29
Que sont-elles ? ....................................................................................................................29
La souche de collection .............................................................................................................30
Validation technique .............................................................................................................30
Validation clinique ................................................................................................................32
But du stage ................................................................................................................................34
Matériel & méthodes ...................................................................................................................34
Les souches..............................................................................................................................34
Mise en culture des souches bactériennes d’intérêts ..............................................................36
Méthode Sensititre™ (Thermo Scientific) ...................................................................................36
Mode opératoire ..................................................................................................................36
Matériel & stockage ..............................................................................................................37
Méthode MIC-STRIP .................................................................................................................37
Mode opératoire ..................................................................................................................37
Matériel & stockage ..............................................................................................................38
Méthode UMIC ........................................................................................................................38
Mode opératoire ..................................................................................................................38
Matériel & stockage ..............................................................................................................38
Protocole généralisé .................................................................................................................39
Résultats .....................................................................................................................................40
Validation technique ................................................................................................................40
Validation clinique....................................................................................................................41
Méthode MIC-Strip (Merlin) ..................................................................................................41
Méthode UMIC (Biocentric) ...................................................................................................42
Comparaison de la méthode UMIC à la méthode MIC-Strip .....................................................44
Discussion....................................................................................................................................44
Validation technique ................................................................................................................44
Validation clinique....................................................................................................................44
Méthode MIC-Strip (Merlin) ..................................................................................................44
Méthode UMIC (Biocentric) ...................................................................................................47
Comparaison de la méthode UMIC à la méthode MIC-Strip .....................................................48
Conclusion ...................................................................................................................................49
Liste des tableaux.........................................................................................................................51
Liste des figures ...........................................................................................................................52
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Détermination de sensibilité à la colistine chez les bacilles Gram négatif pathogènes
Liste des abréviations ...................................................................................................................53
Bibliographie ...............................................................................................................................54
Annexes ......................................................................................................................................58
Validation technique résultats bruts ..........................................................................................58
ATCC Escherichia coli ............................................................................................................58
ATCC Pseudomonas aeruginosa 27853 ...................................................................................59
Souche de collection S08-56 ..................................................................................................61Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65863 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Comparaison de trois kits immuno-chromatographiques pour la recherche de sang occulte dans les selles par rapport à la technique Gaïac / Gwendoline Vassalo
Titre : Comparaison de trois kits immuno-chromatographiques pour la recherche de sang occulte dans les selles par rapport à la technique Gaïac Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Gwendoline Vassalo, Auteur ; Julie Schmitz, Directeur de la recherche Année de publication : 2018 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=66093 Comparaison de trois kits immuno-chromatographiques pour la recherche de sang occulte dans les selles par rapport à la technique Gaïac [TFE / Mémoire] / Gwendoline Vassalo, Auteur ; Julie Schmitz, Directeur de la recherche . - 2018.
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Langues : Français (fre)
Mots-clés : biologie médicale Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=66093 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Evaluation comparative de l’antibiogramme rapide de l’EUCAST (RAST) avec les méthodes standards / Vanessa Siani Yanken
Titre : Evaluation comparative de l’antibiogramme rapide de l’EUCAST (RAST) avec les méthodes standards Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Vanessa Siani Yanken, Auteur ; Julie Schmitz, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale Année de publication : 2022 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : Laboratoire Hospitalier Universitaire de Bruxelles-Universitair Laboratorium Brussel LHUB-ULB Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Introduction
Les bactériémies sont des infections associées à une morbidité et une mortalité importante. Elles sont diagnostiquées par la mise en évidence des bactéries dans les hémocultures. C’est une urgence médicale qui nécessite une prise en charge rapide du patient. Un antibiogramme rapide pourrait contribuer à l’instauration d’un traitement adéquat dans de brefs délais.
But du travail
L’objectif de ce travail consiste à comparer deux méthodes d’antibiogrammes à savoir l’antibiogramme rapide (RAST) et les antibiogrammes de routine du LHUB-ULB (Kirby-Bauer, VITEK). Si les résultats sont concluants, le but est d’implémenter le RAST en routine afin d’améliorer la prise en charge des
patients.
Matériels et méthodes
Une identification préalable des bactéries sera effectuée par MALDI-TOF afin de sélectionner les hémocultures contenant les bactéries validées pour le RAST. Les 2 méthodes seront mobilisées parallèlement, en fonction des méthodologies proposées par l’EUCAST. Les méthodes de routine (Kirby-Bauer et Vitek) consistent en un antibiogramme classique à partir des colonies sur un inoculum standardisé et une lecture après 24h d’incubation. Le RAST consiste à effectuer l’antibiogramme par diffusion de disques directement à partir du jus d’hémoculture. La lecture s’effectue après 4h d’incubation (RAST 4h) et 8h (RAST 8h). Un résultat Résistant (R) est considéré comme étant Positif. En cas de discordance de résultat entre la routine et le RAST 8h, un E-test ou un test PBP2a sera réalisé en fonction de la discordance observée. On obtiendra ainsi un Gold standard (concordants + résultats
des E-tests/PBP2a) qui permettra de calculer les performances analytiques de chacune des 2 méthodes comparées.
Résultats et discussion
Nous avons réalisé 37 antibiogrammes complets notamment pour 19 Escherichia coli, 5 Klebsiella pneumoniae, 4 Staphylococcus aureus, 5 Enterococcus faecium, 3 Enterococcus faecalis et 1 Streptococcus pneumoniae. Nous n’avons obtenu aucune souche de Pseudomonas aeruginosa ni de Acinetobacter baumannii, 2 germes également validés pour le RAST. En effet, cette distribution reflète la fréquence des ces différentes bactéries dans les septicémies. Tenant compte des molécules validées pour le RAST pour chacune des bactéries, un total de 231 molécules d’antibiotiques a été inclus dans
l’étude. Nous avons obtenu 71,9% de concordance entre la routine et le RAST4h. La concordance est de 93,6% pour le RAST 8h. Les résultats du RAST4h étaient décevants, y compris pour le contrôle de qualité. Quelques différences dans les taux de discordances entre les 2 méthodes ont été relevées pour
certaines molécules et certaines bactéries (un plus grand taux de discordances pour K. pneumoniae). Aucune discordance n’a été observée pour la céfoxitine de S. aureus, par conséquent le test PBP2A n’a pas été utilisé pour le Gold standard. Un total de 17 E-tests ont été réalisés (majoritairement en faveur des méthodes de routine avec une seule discordance : R et S pour l’E-test), contre 16 discordances pour le RAST (dont 4 S répondus R par l’E-test pouvant occasionner un mauvais traitement). La sensibilité et la spécificité des méthodes de routine sont respectivement de 100% et 99,5% comparés à 79% et 94% pour le RAST. La VPP et la VPN des méthodes de routine sont de 95% et 100 % contre 55% et 98% pour le RAST. Le faible VPP du RAST pourrait limiter la disponibilité des antibiotiques pour les patients.
Conclusion et perspectives
Au terme de ce travail, nous observons une concordance de 92,6% entre la méthode RAST 8h et les méthodes de routine. Les performances analytiques sont moins bonnes pour le RAST. Une nouvelle évaluation sur un plus grand nombre d’échantillons et avec une durée d’incubation allongée tel que proposé récemment par l’EUCAST serait nécessaire avant son implémentation au LHUB-ULB.Note de contenu : 4
Table de matières
Remerciements ........................................................................................................................................ 3
Table de matières..................................................................................................................................... 4
Présentation du lieu de stage ................................................................................................................... 6
Introduction ............................................................................................................................................. 7
1 Contexte générale ............................................................................................................................ 8
1.1 Bactériémies ............................................................................................................................ 8
1.2 Intérêt de l’examen rapide des hémocultures ........................................................................ 9
1.3 Prise en charge des flacons positifs au LHUB-ULB, CA Porte de Hal ..................................... 11
1.3.1 Schéma général.............................................................................................................. 11
1.3.2 Incubation des flacons ................................................................................................... 12
1.3.3 Examen direct et ensemencement.................................................................................. 13
1.3.4 Identification provisoire des germes : « MALDI rapide » ............................................ 13
1.3.5 Réalisation de l’antibiogramme ..................................................................................... 14
2 But du travail ................................................................................................................................. 15
3 Matériels et méthodes .................................................................................................................... 16
3.1 Flux du travail ........................................................................................................................ 16
3.2 Sélection des hémocultures à inclure dans l’évaluation ....................................................... 17
3.3 Détermination de la sensibilité des germes aux antibiotiques ............................................. 19
3.3.1 RAST ............................................................................................................................. 19
3.3.2 Méthodes de routine ...................................................................................................... 22
3.3.2.1 Réalisation de l’antibiogramme automatisé .............................................................. 22
3.3.2.2 Diffusion de disques (Kirby Bauer)........................................................................... 24
3.4 Traitement des discordants................................................................................................... 24
3.4.1 Détermination des CMI par la technique des E-tests .................................................... 25
3.4.2 Réalisation du test PBP2A............................................................................................. 26
3.6 Comparaison des résultats .................................................................................................... 27
3.7 Calcul des performances analytiques .................................................................................... 27
3.8 Contrôle de qualité ................................................................................................................ 28
4 Résultats ........................................................................................................................................ 31
4.1 Echantillonnage ..................................................................................................................... 31
4.2 Comparaison des résultats .................................................................................................... 31
4.2.1 Comparaison pour l’ensemble des molécules ............................................................... 31
4.2.2 Comparaison par types d’antibiotiques testés ............................................................... 32
5
4.3 Bactéries concernées par les discordances après 8h ............................................................ 32
4.4 Comparaison des concordances avec le Gold standard ........................................................ 33
4.5 Performances analytiques ..................................................................................................... 34
4.6 Contrôle de qualité ................................................................................................................ 34
5 Discussion ..................................................................................................................................... 35
6 Conclusion et perspectives ............................................................................................................ 39
Liste des abréviations ............................................................................................................................ 40
Liste des tableaux et figures .................................................................................................................. 42
Bibliographie ......................................................................................................................................... 44
Annexes ................................................................................................................................................. 47
Résumé .................................................................................................................................................. 51
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=105747 Evaluation comparative de l’antibiogramme rapide de l’EUCAST (RAST) avec les méthodes standards [TFE / Mémoire] / Vanessa Siani Yanken, Auteur ; Julie Schmitz, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale, 2022.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Laboratoire Hospitalier Universitaire de Bruxelles-Universitair Laboratorium Brussel LHUB-ULB Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Introduction
Les bactériémies sont des infections associées à une morbidité et une mortalité importante. Elles sont diagnostiquées par la mise en évidence des bactéries dans les hémocultures. C’est une urgence médicale qui nécessite une prise en charge rapide du patient. Un antibiogramme rapide pourrait contribuer à l’instauration d’un traitement adéquat dans de brefs délais.
But du travail
L’objectif de ce travail consiste à comparer deux méthodes d’antibiogrammes à savoir l’antibiogramme rapide (RAST) et les antibiogrammes de routine du LHUB-ULB (Kirby-Bauer, VITEK). Si les résultats sont concluants, le but est d’implémenter le RAST en routine afin d’améliorer la prise en charge des
patients.
Matériels et méthodes
Une identification préalable des bactéries sera effectuée par MALDI-TOF afin de sélectionner les hémocultures contenant les bactéries validées pour le RAST. Les 2 méthodes seront mobilisées parallèlement, en fonction des méthodologies proposées par l’EUCAST. Les méthodes de routine (Kirby-Bauer et Vitek) consistent en un antibiogramme classique à partir des colonies sur un inoculum standardisé et une lecture après 24h d’incubation. Le RAST consiste à effectuer l’antibiogramme par diffusion de disques directement à partir du jus d’hémoculture. La lecture s’effectue après 4h d’incubation (RAST 4h) et 8h (RAST 8h). Un résultat Résistant (R) est considéré comme étant Positif. En cas de discordance de résultat entre la routine et le RAST 8h, un E-test ou un test PBP2a sera réalisé en fonction de la discordance observée. On obtiendra ainsi un Gold standard (concordants + résultats
des E-tests/PBP2a) qui permettra de calculer les performances analytiques de chacune des 2 méthodes comparées.
Résultats et discussion
Nous avons réalisé 37 antibiogrammes complets notamment pour 19 Escherichia coli, 5 Klebsiella pneumoniae, 4 Staphylococcus aureus, 5 Enterococcus faecium, 3 Enterococcus faecalis et 1 Streptococcus pneumoniae. Nous n’avons obtenu aucune souche de Pseudomonas aeruginosa ni de Acinetobacter baumannii, 2 germes également validés pour le RAST. En effet, cette distribution reflète la fréquence des ces différentes bactéries dans les septicémies. Tenant compte des molécules validées pour le RAST pour chacune des bactéries, un total de 231 molécules d’antibiotiques a été inclus dans
l’étude. Nous avons obtenu 71,9% de concordance entre la routine et le RAST4h. La concordance est de 93,6% pour le RAST 8h. Les résultats du RAST4h étaient décevants, y compris pour le contrôle de qualité. Quelques différences dans les taux de discordances entre les 2 méthodes ont été relevées pour
certaines molécules et certaines bactéries (un plus grand taux de discordances pour K. pneumoniae). Aucune discordance n’a été observée pour la céfoxitine de S. aureus, par conséquent le test PBP2A n’a pas été utilisé pour le Gold standard. Un total de 17 E-tests ont été réalisés (majoritairement en faveur des méthodes de routine avec une seule discordance : R et S pour l’E-test), contre 16 discordances pour le RAST (dont 4 S répondus R par l’E-test pouvant occasionner un mauvais traitement). La sensibilité et la spécificité des méthodes de routine sont respectivement de 100% et 99,5% comparés à 79% et 94% pour le RAST. La VPP et la VPN des méthodes de routine sont de 95% et 100 % contre 55% et 98% pour le RAST. Le faible VPP du RAST pourrait limiter la disponibilité des antibiotiques pour les patients.
Conclusion et perspectives
Au terme de ce travail, nous observons une concordance de 92,6% entre la méthode RAST 8h et les méthodes de routine. Les performances analytiques sont moins bonnes pour le RAST. Une nouvelle évaluation sur un plus grand nombre d’échantillons et avec une durée d’incubation allongée tel que proposé récemment par l’EUCAST serait nécessaire avant son implémentation au LHUB-ULB.Note de contenu : 4
Table de matières
Remerciements ........................................................................................................................................ 3
Table de matières..................................................................................................................................... 4
Présentation du lieu de stage ................................................................................................................... 6
Introduction ............................................................................................................................................. 7
1 Contexte générale ............................................................................................................................ 8
1.1 Bactériémies ............................................................................................................................ 8
1.2 Intérêt de l’examen rapide des hémocultures ........................................................................ 9
1.3 Prise en charge des flacons positifs au LHUB-ULB, CA Porte de Hal ..................................... 11
1.3.1 Schéma général.............................................................................................................. 11
1.3.2 Incubation des flacons ................................................................................................... 12
1.3.3 Examen direct et ensemencement.................................................................................. 13
1.3.4 Identification provisoire des germes : « MALDI rapide » ............................................ 13
1.3.5 Réalisation de l’antibiogramme ..................................................................................... 14
2 But du travail ................................................................................................................................. 15
3 Matériels et méthodes .................................................................................................................... 16
3.1 Flux du travail ........................................................................................................................ 16
3.2 Sélection des hémocultures à inclure dans l’évaluation ....................................................... 17
3.3 Détermination de la sensibilité des germes aux antibiotiques ............................................. 19
3.3.1 RAST ............................................................................................................................. 19
3.3.2 Méthodes de routine ...................................................................................................... 22
3.3.2.1 Réalisation de l’antibiogramme automatisé .............................................................. 22
3.3.2.2 Diffusion de disques (Kirby Bauer)........................................................................... 24
3.4 Traitement des discordants................................................................................................... 24
3.4.1 Détermination des CMI par la technique des E-tests .................................................... 25
3.4.2 Réalisation du test PBP2A............................................................................................. 26
3.6 Comparaison des résultats .................................................................................................... 27
3.7 Calcul des performances analytiques .................................................................................... 27
3.8 Contrôle de qualité ................................................................................................................ 28
4 Résultats ........................................................................................................................................ 31
4.1 Echantillonnage ..................................................................................................................... 31
4.2 Comparaison des résultats .................................................................................................... 31
4.2.1 Comparaison pour l’ensemble des molécules ............................................................... 31
4.2.2 Comparaison par types d’antibiotiques testés ............................................................... 32
5
4.3 Bactéries concernées par les discordances après 8h ............................................................ 32
4.4 Comparaison des concordances avec le Gold standard ........................................................ 33
4.5 Performances analytiques ..................................................................................................... 34
4.6 Contrôle de qualité ................................................................................................................ 34
5 Discussion ..................................................................................................................................... 35
6 Conclusion et perspectives ............................................................................................................ 39
Liste des abréviations ............................................................................................................................ 40
Liste des tableaux et figures .................................................................................................................. 42
Bibliographie ......................................................................................................................................... 44
Annexes ................................................................................................................................................. 47
Résumé .................................................................................................................................................. 51
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