Centre de Documentation Campus Montignies
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Mercredi 9h-16h30
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Comparaison de méthodes de détermination de sensibilité à la colistine chez les entérobactéries, les Pseudomonas et les Acinetobacter. / Yves Van Wijnsberghe
Titre : Comparaison de méthodes de détermination de sensibilité à la colistine chez les entérobactéries, les Pseudomonas et les Acinetobacter. Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Yves Van Wijnsberghe, Auteur ; Julie Schmitz, Directeur de la recherche Année de publication : 2017 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale CHU Dinant-Godinne UCL Namur CNR microbiologie Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Présentation du lieu de stage......................................................................................................... 4
Introduction théorique .................................................................................................................. 5
Notions générales ..................................................................................................................... 5
Qu’est-ce qu’un bacille Gram négatif ? ....................................................................................... 5
Les entérobactéries................................................................................................................ 6
Les bacilles Gram négatif non fermentants .............................................................................. 6
Les bactéries multi-résistantes ................................................................................................... 7
Définition d’un antibiotique.................................................................................................... 7
Historique ............................................................................................................................. 7
Les enjeux ............................................................................................................................. 8
Mécanismes d’actions des antibiotiques ..................................................................................... 9
Mécanismes de défense bactérienne.........................................................................................10
Acquisition de résistance ..........................................................................................................12
La séquence d’insertion (IS) ...................................................................................................12
Le transposon .......................................................................................................................12
Le système : intégrons - gènes casettes ..................................................................................14
Concentration Minimale Inhibitrice (CMI) ..................................................................................14
Concentration minimale bactéricide (CMB) ................................................................................14
Le rapport CMB/CMI ................................................................................................................14
La colistine ...............................................................................................................................15
Mécanismes d’actions de la colistine .........................................................................................16
Mécanismes de résistance à la colistine .....................................................................................17 Résistance à la colistine acquise par mutation ........................................................................17
Les gènes dépendant des deux composantes PmrA-PmrB et PhoP-PhoQ..................................18
Les gènes non liés aux composantes PhoPQ et PmrAB ............................................................21
Les résistances acquises par transmission de plasmide ...............................................................22
Les plasmides véhiculant les gènes de résistances...................................................................24
Méthodes de détermination des résistances et des sensibilités bactériennes à la colistine ...........24
Méthode du Sensititre™ (Thermo Scientific) ...........................................................................25
Méthode UMIC (Biocentric) ...................................................................................................25
Méthode MIC-Strip (Merlin) ..................................................................................................26
L’origine des souches................................................................................................................26
Détermination de l’espèce bactérienne (Maldi-TOF) ...............................................................27
Page | 2
Détermination de sensibilité à la colistine chez les bacilles Gram négatif pathogènes
Les souches American type culture collection (ATCC)..................................................................29
Que sont-elles ? ....................................................................................................................29
La souche de collection .............................................................................................................30
Validation technique .............................................................................................................30
Validation clinique ................................................................................................................32
But du stage ................................................................................................................................34
Matériel & méthodes ...................................................................................................................34
Les souches..............................................................................................................................34
Mise en culture des souches bactériennes d’intérêts ..............................................................36
Méthode Sensititre™ (Thermo Scientific) ...................................................................................36
Mode opératoire ..................................................................................................................36
Matériel & stockage ..............................................................................................................37
Méthode MIC-STRIP .................................................................................................................37
Mode opératoire ..................................................................................................................37
Matériel & stockage ..............................................................................................................38
Méthode UMIC ........................................................................................................................38
Mode opératoire ..................................................................................................................38
Matériel & stockage ..............................................................................................................38
Protocole généralisé .................................................................................................................39
Résultats .....................................................................................................................................40
Validation technique ................................................................................................................40
Validation clinique....................................................................................................................41
Méthode MIC-Strip (Merlin) ..................................................................................................41
Méthode UMIC (Biocentric) ...................................................................................................42
Comparaison de la méthode UMIC à la méthode MIC-Strip .....................................................44
Discussion....................................................................................................................................44
Validation technique ................................................................................................................44
Validation clinique....................................................................................................................44
Méthode MIC-Strip (Merlin) ..................................................................................................44
Méthode UMIC (Biocentric) ...................................................................................................47
Comparaison de la méthode UMIC à la méthode MIC-Strip .....................................................48
Conclusion ...................................................................................................................................49
Liste des tableaux.........................................................................................................................51
Liste des figures ...........................................................................................................................52
Page | 3
Détermination de sensibilité à la colistine chez les bacilles Gram négatif pathogènes
Liste des abréviations ...................................................................................................................53
Bibliographie ...............................................................................................................................54
Annexes ......................................................................................................................................58
Validation technique résultats bruts ..........................................................................................58
ATCC Escherichia coli ............................................................................................................58
ATCC Pseudomonas aeruginosa 27853 ...................................................................................59
Souche de collection S08-56 ..................................................................................................61Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65863 Comparaison de méthodes de détermination de sensibilité à la colistine chez les entérobactéries, les Pseudomonas et les Acinetobacter. [TFE / Mémoire] / Yves Van Wijnsberghe, Auteur ; Julie Schmitz, Directeur de la recherche . - 2017.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : biologie médicale CHU Dinant-Godinne UCL Namur CNR microbiologie Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Présentation du lieu de stage......................................................................................................... 4
Introduction théorique .................................................................................................................. 5
Notions générales ..................................................................................................................... 5
Qu’est-ce qu’un bacille Gram négatif ? ....................................................................................... 5
Les entérobactéries................................................................................................................ 6
Les bacilles Gram négatif non fermentants .............................................................................. 6
Les bactéries multi-résistantes ................................................................................................... 7
Définition d’un antibiotique.................................................................................................... 7
Historique ............................................................................................................................. 7
Les enjeux ............................................................................................................................. 8
Mécanismes d’actions des antibiotiques ..................................................................................... 9
Mécanismes de défense bactérienne.........................................................................................10
Acquisition de résistance ..........................................................................................................12
La séquence d’insertion (IS) ...................................................................................................12
Le transposon .......................................................................................................................12
Le système : intégrons - gènes casettes ..................................................................................14
Concentration Minimale Inhibitrice (CMI) ..................................................................................14
Concentration minimale bactéricide (CMB) ................................................................................14
Le rapport CMB/CMI ................................................................................................................14
La colistine ...............................................................................................................................15
Mécanismes d’actions de la colistine .........................................................................................16
Mécanismes de résistance à la colistine .....................................................................................17 Résistance à la colistine acquise par mutation ........................................................................17
Les gènes dépendant des deux composantes PmrA-PmrB et PhoP-PhoQ..................................18
Les gènes non liés aux composantes PhoPQ et PmrAB ............................................................21
Les résistances acquises par transmission de plasmide ...............................................................22
Les plasmides véhiculant les gènes de résistances...................................................................24
Méthodes de détermination des résistances et des sensibilités bactériennes à la colistine ...........24
Méthode du Sensititre™ (Thermo Scientific) ...........................................................................25
Méthode UMIC (Biocentric) ...................................................................................................25
Méthode MIC-Strip (Merlin) ..................................................................................................26
L’origine des souches................................................................................................................26
Détermination de l’espèce bactérienne (Maldi-TOF) ...............................................................27
Page | 2
Détermination de sensibilité à la colistine chez les bacilles Gram négatif pathogènes
Les souches American type culture collection (ATCC)..................................................................29
Que sont-elles ? ....................................................................................................................29
La souche de collection .............................................................................................................30
Validation technique .............................................................................................................30
Validation clinique ................................................................................................................32
But du stage ................................................................................................................................34
Matériel & méthodes ...................................................................................................................34
Les souches..............................................................................................................................34
Mise en culture des souches bactériennes d’intérêts ..............................................................36
Méthode Sensititre™ (Thermo Scientific) ...................................................................................36
Mode opératoire ..................................................................................................................36
Matériel & stockage ..............................................................................................................37
Méthode MIC-STRIP .................................................................................................................37
Mode opératoire ..................................................................................................................37
Matériel & stockage ..............................................................................................................38
Méthode UMIC ........................................................................................................................38
Mode opératoire ..................................................................................................................38
Matériel & stockage ..............................................................................................................38
Protocole généralisé .................................................................................................................39
Résultats .....................................................................................................................................40
Validation technique ................................................................................................................40
Validation clinique....................................................................................................................41
Méthode MIC-Strip (Merlin) ..................................................................................................41
Méthode UMIC (Biocentric) ...................................................................................................42
Comparaison de la méthode UMIC à la méthode MIC-Strip .....................................................44
Discussion....................................................................................................................................44
Validation technique ................................................................................................................44
Validation clinique....................................................................................................................44
Méthode MIC-Strip (Merlin) ..................................................................................................44
Méthode UMIC (Biocentric) ...................................................................................................47
Comparaison de la méthode UMIC à la méthode MIC-Strip .....................................................48
Conclusion ...................................................................................................................................49
Liste des tableaux.........................................................................................................................51
Liste des figures ...........................................................................................................................52
Page | 3
Détermination de sensibilité à la colistine chez les bacilles Gram négatif pathogènes
Liste des abréviations ...................................................................................................................53
Bibliographie ...............................................................................................................................54
Annexes ......................................................................................................................................58
Validation technique résultats bruts ..........................................................................................58
ATCC Escherichia coli ............................................................................................................58
ATCC Pseudomonas aeruginosa 27853 ...................................................................................59
Souche de collection S08-56 ..................................................................................................61Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65863 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Etude des modes de conservations de frottis sanguins pour la biobanque / Morgane EMMERECHTS
Titre : Etude des modes de conservations de frottis sanguins pour la biobanque Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Morgane EMMERECHTS, Auteur Année de publication : 2016 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : erythrocytes CHU UCL Namur Mont Godinne leucocytes granulocytes lymphocytes monocytes thrombocytes immunophénotypage sang anticorps cytométrie en flux Mau-Grünwald Giemsa myéloperoxydase double estérase congélation coloration coenzymatique immunomarquage Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Présentation du lieu du stage .................................................................................................. 13
Introduction .............................................................................................................................. 15
Partie théorique ....................................................................................................................... 17
1. Les acides nucléiques ....................................................................................................... 17
2. Le gène ............................................................................................................................. 18
3. Du proto-oncogène à l’oncogène ..................................................................................... 20
4. Les mutations ................................................................................................................... 20
5. Le gène Jak2 ..................................................................................................................... 23
6. Syndrome myéloprolifératif ............................................................................................. 23
7. Les cyclines ....................................................................................................................... 25
8. Myélome multiple ............................................................................................................ 26
9. Droplet Digital PCR ........................................................................................................... 27
9. a. Point de départ en pré-PCR : .................................................................................... 28
9. b. Étape 1 : création des gouttelettes grâce au générateur de gouttelettes : ............. 29
9. c. Étape 2 : amplification par PCR : .............................................................................. 30
9. d. Étape 3 : lecture des gouttelettes grâce au lecteur automatique : ......................... 32
9. e. Étape 4 : analyse des résultats par le logiciel QuantaSoft : ..................................... 33
Objectifs et stratégie ................................................................................................................ 37
Partie pratique.......................................................................................................................... 37
1. Dossier de validation ........................................................................................................ 37
2. Dossier de validation pour la recherche de la mutation V617F sur le gène Jak2 par ddPCR ................................................................................................................................... 38
2. a. Manipulation pour les différents paramètres .......................................................... 38
Matériel et méthode .................................................................................................... 38
Mode opératoire ......................................................................................................... 38
10
2. b. Détermination du seuil en ddPCR pour la mutation V617F du gène Jak2 ............... 41
Mise en pratique : Analyse d’une série d’échantillons négatifs et un positif .............. 41
2. c. Répétabilité ............................................................................................................... 43
Mise en pratique : échantillon répété .......................................................................... 43
2. d. Reproductibilité ........................................................................................................ 44
Mise en pratique 1 : jours différents ............................................................................ 44
Mise en pratique 2 : générateur de gouttelettes différents ........................................ 45
2. e. Robustesse ................................................................................................................ 46
Mise en pratique 1 : volumes différents ...................................................................... 46
Mise en pratique 2 : concentrations en ADN différentes ............................................ 48
Mise en pratique 3 : différents volumes avant émulsions ........................................... 49
Mise en pratique 4 : volumes après émulsions différents ........................................... 51
2. f. Sensibilité .................................................................................................................. 52
Mise en pratique : pourcentages différents ................................................................ 52
2. g. Limite de détection ................................................................................................... 53
Mise en pratique : à 0.5% ............................................................................................. 53
2. h. Linéarité .................................................................................................................... 54
Mise en pratique : proportionnalité de concentrations .............................................. 54
2. i. Comparaison de deux méthodes d’analyse : le pyroséquençage et la ddPCR ......... 56
Mode opératoire ......................................................................................................... 57
Mise en pratique 1 : JAK2 de 9.6 à 0.9% ...................................................................... 59
Mise en pratique 2 : vrais ou faux positifs ? ................................................................ 61
3. Dossier de validation pour la recherche de la surexpression en cycline D1 par ddPCR .. 63
3. a. Manipulation pour les différents paramètres .......................................................... 63
Matériel et méthode .................................................................................................... 63
Mode opératoire .......................................................................................................... 63
11
3. b. Linéarité .................................................................................................................... 64
Mise en pratique : dilutions de plasmides en CD1, CD3 et CD1/CD3 .......................... 64
3. c. Spécificité .................................................................................................................. 65
Mise en pratique : dilutions des plasmides en CD1 et CD3 avec des sondes non spécifiques .................................................................................................................... 65
3. d. Établissement d’un seuil de sensibilité .................................................................... 66
Mise en pratique : échantillons négatifs ...................................................................... 66
3. e. Série d’échantillons négatifs et positifs .................................................................... 70
Mise en pratique : comparaison qPCR avec ddPCR ..................................................... 70
3. f. Répétabilité ............................................................................................................... 71
Mise en pratique : positif fort, positif faible, négatif fort et négatif faible ................. 71
3. g. Reproductibilité ........................................................................................................ 72
Mise en pratique : K562 ............................................................................................... 72
Conclusion ................................................................................................................................ 73
Bibliographie ............................................................................................................................ 75
Annexes .................................................................................................................................... 77Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65672 Etude des modes de conservations de frottis sanguins pour la biobanque [TFE / Mémoire] / Morgane EMMERECHTS, Auteur . - 2016.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : erythrocytes CHU UCL Namur Mont Godinne leucocytes granulocytes lymphocytes monocytes thrombocytes immunophénotypage sang anticorps cytométrie en flux Mau-Grünwald Giemsa myéloperoxydase double estérase congélation coloration coenzymatique immunomarquage Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Présentation du lieu du stage .................................................................................................. 13
Introduction .............................................................................................................................. 15
Partie théorique ....................................................................................................................... 17
1. Les acides nucléiques ....................................................................................................... 17
2. Le gène ............................................................................................................................. 18
3. Du proto-oncogène à l’oncogène ..................................................................................... 20
4. Les mutations ................................................................................................................... 20
5. Le gène Jak2 ..................................................................................................................... 23
6. Syndrome myéloprolifératif ............................................................................................. 23
7. Les cyclines ....................................................................................................................... 25
8. Myélome multiple ............................................................................................................ 26
9. Droplet Digital PCR ........................................................................................................... 27
9. a. Point de départ en pré-PCR : .................................................................................... 28
9. b. Étape 1 : création des gouttelettes grâce au générateur de gouttelettes : ............. 29
9. c. Étape 2 : amplification par PCR : .............................................................................. 30
9. d. Étape 3 : lecture des gouttelettes grâce au lecteur automatique : ......................... 32
9. e. Étape 4 : analyse des résultats par le logiciel QuantaSoft : ..................................... 33
Objectifs et stratégie ................................................................................................................ 37
Partie pratique.......................................................................................................................... 37
1. Dossier de validation ........................................................................................................ 37
2. Dossier de validation pour la recherche de la mutation V617F sur le gène Jak2 par ddPCR ................................................................................................................................... 38
2. a. Manipulation pour les différents paramètres .......................................................... 38
Matériel et méthode .................................................................................................... 38
Mode opératoire ......................................................................................................... 38
10
2. b. Détermination du seuil en ddPCR pour la mutation V617F du gène Jak2 ............... 41
Mise en pratique : Analyse d’une série d’échantillons négatifs et un positif .............. 41
2. c. Répétabilité ............................................................................................................... 43
Mise en pratique : échantillon répété .......................................................................... 43
2. d. Reproductibilité ........................................................................................................ 44
Mise en pratique 1 : jours différents ............................................................................ 44
Mise en pratique 2 : générateur de gouttelettes différents ........................................ 45
2. e. Robustesse ................................................................................................................ 46
Mise en pratique 1 : volumes différents ...................................................................... 46
Mise en pratique 2 : concentrations en ADN différentes ............................................ 48
Mise en pratique 3 : différents volumes avant émulsions ........................................... 49
Mise en pratique 4 : volumes après émulsions différents ........................................... 51
2. f. Sensibilité .................................................................................................................. 52
Mise en pratique : pourcentages différents ................................................................ 52
2. g. Limite de détection ................................................................................................... 53
Mise en pratique : à 0.5% ............................................................................................. 53
2. h. Linéarité .................................................................................................................... 54
Mise en pratique : proportionnalité de concentrations .............................................. 54
2. i. Comparaison de deux méthodes d’analyse : le pyroséquençage et la ddPCR ......... 56
Mode opératoire ......................................................................................................... 57
Mise en pratique 1 : JAK2 de 9.6 à 0.9% ...................................................................... 59
Mise en pratique 2 : vrais ou faux positifs ? ................................................................ 61
3. Dossier de validation pour la recherche de la surexpression en cycline D1 par ddPCR .. 63
3. a. Manipulation pour les différents paramètres .......................................................... 63
Matériel et méthode .................................................................................................... 63
Mode opératoire .......................................................................................................... 63
11
3. b. Linéarité .................................................................................................................... 64
Mise en pratique : dilutions de plasmides en CD1, CD3 et CD1/CD3 .......................... 64
3. c. Spécificité .................................................................................................................. 65
Mise en pratique : dilutions des plasmides en CD1 et CD3 avec des sondes non spécifiques .................................................................................................................... 65
3. d. Établissement d’un seuil de sensibilité .................................................................... 66
Mise en pratique : échantillons négatifs ...................................................................... 66
3. e. Série d’échantillons négatifs et positifs .................................................................... 70
Mise en pratique : comparaison qPCR avec ddPCR ..................................................... 70
3. f. Répétabilité ............................................................................................................... 71
Mise en pratique : positif fort, positif faible, négatif fort et négatif faible ................. 71
3. g. Reproductibilité ........................................................................................................ 72
Mise en pratique : K562 ............................................................................................... 72
Conclusion ................................................................................................................................ 73
Bibliographie ............................................................................................................................ 75
Annexes .................................................................................................................................... 77Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65672 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Mise au point et suivi biologique d’un composé monoclonal : application clinique / GIUSEPPE BORDENGA
Titre : Mise au point et suivi biologique d’un composé monoclonal : application clinique Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : GIUSEPPE BORDENGA, Auteur Année de publication : 2014 Langues : Français (fre) Mots-clés : BIOLOGIE MÉDICALE CHU DINANT-GODINNE UCL NAMUR COMPOSE MONOCLONAL GAMMAPATHIE ELECTROPHORESE IMMUNOFIXATION NEPHELOMETRIE Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65370 Mise au point et suivi biologique d’un composé monoclonal : application clinique [TFE / Mémoire] / GIUSEPPE BORDENGA, Auteur . - 2014.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : BIOLOGIE MÉDICALE CHU DINANT-GODINNE UCL NAMUR COMPOSE MONOCLONAL GAMMAPATHIE ELECTROPHORESE IMMUNOFIXATION NEPHELOMETRIE Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65370 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire