Centre de Documentation Campus Montignies
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Lundi : 8h-18h30
Mardi : 8h-18h30
Mercredi 9h-16h30
Jeudi : 8h-18h30
Vendredi : 8h-16h30
Attention, votre centre de documentation sera fermé du 27/04 au 12/05 inclus.
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Auteur Vanessa Siani Yanken |
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Evaluation comparative de l’antibiogramme rapide de l’EUCAST (RAST) avec les méthodes standards / Vanessa Siani Yanken
Titre : Evaluation comparative de l’antibiogramme rapide de l’EUCAST (RAST) avec les méthodes standards Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Vanessa Siani Yanken, Auteur ; Julie Schmitz, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale Année de publication : 2022 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : Laboratoire Hospitalier Universitaire de Bruxelles-Universitair Laboratorium Brussel LHUB-ULB Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Introduction
Les bactériémies sont des infections associées à une morbidité et une mortalité importante. Elles sont diagnostiquées par la mise en évidence des bactéries dans les hémocultures. C’est une urgence médicale qui nécessite une prise en charge rapide du patient. Un antibiogramme rapide pourrait contribuer à l’instauration d’un traitement adéquat dans de brefs délais.
But du travail
L’objectif de ce travail consiste à comparer deux méthodes d’antibiogrammes à savoir l’antibiogramme rapide (RAST) et les antibiogrammes de routine du LHUB-ULB (Kirby-Bauer, VITEK). Si les résultats sont concluants, le but est d’implémenter le RAST en routine afin d’améliorer la prise en charge des
patients.
Matériels et méthodes
Une identification préalable des bactéries sera effectuée par MALDI-TOF afin de sélectionner les hémocultures contenant les bactéries validées pour le RAST. Les 2 méthodes seront mobilisées parallèlement, en fonction des méthodologies proposées par l’EUCAST. Les méthodes de routine (Kirby-Bauer et Vitek) consistent en un antibiogramme classique à partir des colonies sur un inoculum standardisé et une lecture après 24h d’incubation. Le RAST consiste à effectuer l’antibiogramme par diffusion de disques directement à partir du jus d’hémoculture. La lecture s’effectue après 4h d’incubation (RAST 4h) et 8h (RAST 8h). Un résultat Résistant (R) est considéré comme étant Positif. En cas de discordance de résultat entre la routine et le RAST 8h, un E-test ou un test PBP2a sera réalisé en fonction de la discordance observée. On obtiendra ainsi un Gold standard (concordants + résultats
des E-tests/PBP2a) qui permettra de calculer les performances analytiques de chacune des 2 méthodes comparées.
Résultats et discussion
Nous avons réalisé 37 antibiogrammes complets notamment pour 19 Escherichia coli, 5 Klebsiella pneumoniae, 4 Staphylococcus aureus, 5 Enterococcus faecium, 3 Enterococcus faecalis et 1 Streptococcus pneumoniae. Nous n’avons obtenu aucune souche de Pseudomonas aeruginosa ni de Acinetobacter baumannii, 2 germes également validés pour le RAST. En effet, cette distribution reflète la fréquence des ces différentes bactéries dans les septicémies. Tenant compte des molécules validées pour le RAST pour chacune des bactéries, un total de 231 molécules d’antibiotiques a été inclus dans
l’étude. Nous avons obtenu 71,9% de concordance entre la routine et le RAST4h. La concordance est de 93,6% pour le RAST 8h. Les résultats du RAST4h étaient décevants, y compris pour le contrôle de qualité. Quelques différences dans les taux de discordances entre les 2 méthodes ont été relevées pour
certaines molécules et certaines bactéries (un plus grand taux de discordances pour K. pneumoniae). Aucune discordance n’a été observée pour la céfoxitine de S. aureus, par conséquent le test PBP2A n’a pas été utilisé pour le Gold standard. Un total de 17 E-tests ont été réalisés (majoritairement en faveur des méthodes de routine avec une seule discordance : R et S pour l’E-test), contre 16 discordances pour le RAST (dont 4 S répondus R par l’E-test pouvant occasionner un mauvais traitement). La sensibilité et la spécificité des méthodes de routine sont respectivement de 100% et 99,5% comparés à 79% et 94% pour le RAST. La VPP et la VPN des méthodes de routine sont de 95% et 100 % contre 55% et 98% pour le RAST. Le faible VPP du RAST pourrait limiter la disponibilité des antibiotiques pour les patients.
Conclusion et perspectives
Au terme de ce travail, nous observons une concordance de 92,6% entre la méthode RAST 8h et les méthodes de routine. Les performances analytiques sont moins bonnes pour le RAST. Une nouvelle évaluation sur un plus grand nombre d’échantillons et avec une durée d’incubation allongée tel que proposé récemment par l’EUCAST serait nécessaire avant son implémentation au LHUB-ULB.Note de contenu : 4
Table de matières
Remerciements ........................................................................................................................................ 3
Table de matières..................................................................................................................................... 4
Présentation du lieu de stage ................................................................................................................... 6
Introduction ............................................................................................................................................. 7
1 Contexte générale ............................................................................................................................ 8
1.1 Bactériémies ............................................................................................................................ 8
1.2 Intérêt de l’examen rapide des hémocultures ........................................................................ 9
1.3 Prise en charge des flacons positifs au LHUB-ULB, CA Porte de Hal ..................................... 11
1.3.1 Schéma général.............................................................................................................. 11
1.3.2 Incubation des flacons ................................................................................................... 12
1.3.3 Examen direct et ensemencement.................................................................................. 13
1.3.4 Identification provisoire des germes : « MALDI rapide » ............................................ 13
1.3.5 Réalisation de l’antibiogramme ..................................................................................... 14
2 But du travail ................................................................................................................................. 15
3 Matériels et méthodes .................................................................................................................... 16
3.1 Flux du travail ........................................................................................................................ 16
3.2 Sélection des hémocultures à inclure dans l’évaluation ....................................................... 17
3.3 Détermination de la sensibilité des germes aux antibiotiques ............................................. 19
3.3.1 RAST ............................................................................................................................. 19
3.3.2 Méthodes de routine ...................................................................................................... 22
3.3.2.1 Réalisation de l’antibiogramme automatisé .............................................................. 22
3.3.2.2 Diffusion de disques (Kirby Bauer)........................................................................... 24
3.4 Traitement des discordants................................................................................................... 24
3.4.1 Détermination des CMI par la technique des E-tests .................................................... 25
3.4.2 Réalisation du test PBP2A............................................................................................. 26
3.6 Comparaison des résultats .................................................................................................... 27
3.7 Calcul des performances analytiques .................................................................................... 27
3.8 Contrôle de qualité ................................................................................................................ 28
4 Résultats ........................................................................................................................................ 31
4.1 Echantillonnage ..................................................................................................................... 31
4.2 Comparaison des résultats .................................................................................................... 31
4.2.1 Comparaison pour l’ensemble des molécules ............................................................... 31
4.2.2 Comparaison par types d’antibiotiques testés ............................................................... 32
5
4.3 Bactéries concernées par les discordances après 8h ............................................................ 32
4.4 Comparaison des concordances avec le Gold standard ........................................................ 33
4.5 Performances analytiques ..................................................................................................... 34
4.6 Contrôle de qualité ................................................................................................................ 34
5 Discussion ..................................................................................................................................... 35
6 Conclusion et perspectives ............................................................................................................ 39
Liste des abréviations ............................................................................................................................ 40
Liste des tableaux et figures .................................................................................................................. 42
Bibliographie ......................................................................................................................................... 44
Annexes ................................................................................................................................................. 47
Résumé .................................................................................................................................................. 51
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=105747 Evaluation comparative de l’antibiogramme rapide de l’EUCAST (RAST) avec les méthodes standards [TFE / Mémoire] / Vanessa Siani Yanken, Auteur ; Julie Schmitz, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale, 2022.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Laboratoire Hospitalier Universitaire de Bruxelles-Universitair Laboratorium Brussel LHUB-ULB Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Introduction
Les bactériémies sont des infections associées à une morbidité et une mortalité importante. Elles sont diagnostiquées par la mise en évidence des bactéries dans les hémocultures. C’est une urgence médicale qui nécessite une prise en charge rapide du patient. Un antibiogramme rapide pourrait contribuer à l’instauration d’un traitement adéquat dans de brefs délais.
But du travail
L’objectif de ce travail consiste à comparer deux méthodes d’antibiogrammes à savoir l’antibiogramme rapide (RAST) et les antibiogrammes de routine du LHUB-ULB (Kirby-Bauer, VITEK). Si les résultats sont concluants, le but est d’implémenter le RAST en routine afin d’améliorer la prise en charge des
patients.
Matériels et méthodes
Une identification préalable des bactéries sera effectuée par MALDI-TOF afin de sélectionner les hémocultures contenant les bactéries validées pour le RAST. Les 2 méthodes seront mobilisées parallèlement, en fonction des méthodologies proposées par l’EUCAST. Les méthodes de routine (Kirby-Bauer et Vitek) consistent en un antibiogramme classique à partir des colonies sur un inoculum standardisé et une lecture après 24h d’incubation. Le RAST consiste à effectuer l’antibiogramme par diffusion de disques directement à partir du jus d’hémoculture. La lecture s’effectue après 4h d’incubation (RAST 4h) et 8h (RAST 8h). Un résultat Résistant (R) est considéré comme étant Positif. En cas de discordance de résultat entre la routine et le RAST 8h, un E-test ou un test PBP2a sera réalisé en fonction de la discordance observée. On obtiendra ainsi un Gold standard (concordants + résultats
des E-tests/PBP2a) qui permettra de calculer les performances analytiques de chacune des 2 méthodes comparées.
Résultats et discussion
Nous avons réalisé 37 antibiogrammes complets notamment pour 19 Escherichia coli, 5 Klebsiella pneumoniae, 4 Staphylococcus aureus, 5 Enterococcus faecium, 3 Enterococcus faecalis et 1 Streptococcus pneumoniae. Nous n’avons obtenu aucune souche de Pseudomonas aeruginosa ni de Acinetobacter baumannii, 2 germes également validés pour le RAST. En effet, cette distribution reflète la fréquence des ces différentes bactéries dans les septicémies. Tenant compte des molécules validées pour le RAST pour chacune des bactéries, un total de 231 molécules d’antibiotiques a été inclus dans
l’étude. Nous avons obtenu 71,9% de concordance entre la routine et le RAST4h. La concordance est de 93,6% pour le RAST 8h. Les résultats du RAST4h étaient décevants, y compris pour le contrôle de qualité. Quelques différences dans les taux de discordances entre les 2 méthodes ont été relevées pour
certaines molécules et certaines bactéries (un plus grand taux de discordances pour K. pneumoniae). Aucune discordance n’a été observée pour la céfoxitine de S. aureus, par conséquent le test PBP2A n’a pas été utilisé pour le Gold standard. Un total de 17 E-tests ont été réalisés (majoritairement en faveur des méthodes de routine avec une seule discordance : R et S pour l’E-test), contre 16 discordances pour le RAST (dont 4 S répondus R par l’E-test pouvant occasionner un mauvais traitement). La sensibilité et la spécificité des méthodes de routine sont respectivement de 100% et 99,5% comparés à 79% et 94% pour le RAST. La VPP et la VPN des méthodes de routine sont de 95% et 100 % contre 55% et 98% pour le RAST. Le faible VPP du RAST pourrait limiter la disponibilité des antibiotiques pour les patients.
Conclusion et perspectives
Au terme de ce travail, nous observons une concordance de 92,6% entre la méthode RAST 8h et les méthodes de routine. Les performances analytiques sont moins bonnes pour le RAST. Une nouvelle évaluation sur un plus grand nombre d’échantillons et avec une durée d’incubation allongée tel que proposé récemment par l’EUCAST serait nécessaire avant son implémentation au LHUB-ULB.Note de contenu : 4
Table de matières
Remerciements ........................................................................................................................................ 3
Table de matières..................................................................................................................................... 4
Présentation du lieu de stage ................................................................................................................... 6
Introduction ............................................................................................................................................. 7
1 Contexte générale ............................................................................................................................ 8
1.1 Bactériémies ............................................................................................................................ 8
1.2 Intérêt de l’examen rapide des hémocultures ........................................................................ 9
1.3 Prise en charge des flacons positifs au LHUB-ULB, CA Porte de Hal ..................................... 11
1.3.1 Schéma général.............................................................................................................. 11
1.3.2 Incubation des flacons ................................................................................................... 12
1.3.3 Examen direct et ensemencement.................................................................................. 13
1.3.4 Identification provisoire des germes : « MALDI rapide » ............................................ 13
1.3.5 Réalisation de l’antibiogramme ..................................................................................... 14
2 But du travail ................................................................................................................................. 15
3 Matériels et méthodes .................................................................................................................... 16
3.1 Flux du travail ........................................................................................................................ 16
3.2 Sélection des hémocultures à inclure dans l’évaluation ....................................................... 17
3.3 Détermination de la sensibilité des germes aux antibiotiques ............................................. 19
3.3.1 RAST ............................................................................................................................. 19
3.3.2 Méthodes de routine ...................................................................................................... 22
3.3.2.1 Réalisation de l’antibiogramme automatisé .............................................................. 22
3.3.2.2 Diffusion de disques (Kirby Bauer)........................................................................... 24
3.4 Traitement des discordants................................................................................................... 24
3.4.1 Détermination des CMI par la technique des E-tests .................................................... 25
3.4.2 Réalisation du test PBP2A............................................................................................. 26
3.6 Comparaison des résultats .................................................................................................... 27
3.7 Calcul des performances analytiques .................................................................................... 27
3.8 Contrôle de qualité ................................................................................................................ 28
4 Résultats ........................................................................................................................................ 31
4.1 Echantillonnage ..................................................................................................................... 31
4.2 Comparaison des résultats .................................................................................................... 31
4.2.1 Comparaison pour l’ensemble des molécules ............................................................... 31
4.2.2 Comparaison par types d’antibiotiques testés ............................................................... 32
5
4.3 Bactéries concernées par les discordances après 8h ............................................................ 32
4.4 Comparaison des concordances avec le Gold standard ........................................................ 33
4.5 Performances analytiques ..................................................................................................... 34
4.6 Contrôle de qualité ................................................................................................................ 34
5 Discussion ..................................................................................................................................... 35
6 Conclusion et perspectives ............................................................................................................ 39
Liste des abréviations ............................................................................................................................ 40
Liste des tableaux et figures .................................................................................................................. 42
Bibliographie ......................................................................................................................................... 44
Annexes ................................................................................................................................................. 47
Résumé .................................................................................................................................................. 51
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