Centre de Documentation Campus Montignies
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Mercredi 9h-16h30
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Vendredi : 8h-16h30
Attention, votre centre de documentation sera fermé du 27/04 au 12/05 inclus.
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Validation technique de I’identification d’espèces de dermatophytes et autres champignons filamenteux par spectrométrie de masse (technique du Maldi-Tof) / Aleandro Forgione
Titre : Validation technique de I’identification d’espèces de dermatophytes et autres champignons filamenteux par spectrométrie de masse (technique du Maldi-Tof) Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Aleandro Forgione, Auteur ; Julie Schmitz, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale Année de publication : 2021 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : dermatophytes champignons filamenteux spectrométrie de masse technique du Maldi-Tof laboratoire de bactériologie Saint-Joseph Gilly Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Au vu des infections plus fréquentes causées par les mycètes plus précisément les dermatophytes et d’autres champignons filamenteux, le laboratoire de bactériologie de Saint-Joseph à Gilly a débuté une recherche sur une nouvelle méthode d’identification. Pour ce faire, l’objectif de ce travail est de valider un technique d’identification des dermatophytes et d’autres champignons filamenteux par spectrométrie de masse à l’aide du Maldi-Tof. Cette étude permettra de lancer cette technique en routine afin d’aider les laborantins dans l’identification des champignons et d’avoir un diagnostic plus rapidement par rapport à la méthode classique d’identification des mycètes. Cette méthode classique correspond à un examen microscopique et macroscopique. La stratégie de ce mémoire consiste à réaliser différents tests à partir de 31 souches de
plusieurs genres de champignons reçues du CHU de Liège. Une vérification des noms des souches, des tests de croissance et d’extraction ont été effectués afin d’obtenir les conditions optimales pour une bonne identification. La répétabilité, la fiabilité et la reproductibilité de la méthode ont été également analysées dans le but que la validation soit acceptée. Les résultats de ces expériences ont montré que 27 souches sur les 28 souches testées ont été identifiées avec succès à l’aide de la méthode classique du dépôt avec et sans acide formique sur la plaque du Maldi-Tof. Une extraction longue a été mise au point dans le cas d’un mauvais résultat lors de la procédure classique. Celle-ci a démontré un pourcentage d’identification de 100%. Le test de répétabilité réalisé 20 fois sur la même souche a révélé que l’ajout d’acide
formique lors du dépôt entraine des variations de scores sur l’automate et chaque identification a été correcte. Enfin, le test de fiabilité et de reproductibilité quant à lui a montré des résultats allant d’un pourcentage de 80% à 100% pour chaque identification de chaque souche. Toutes les manipulations qui ont été exécutées dans le but de valider la méthode d’identification à l’aide du Maldi-Tof ont fonctionné avec succès. Cette technique d’identification des dermatophytes et autres champignons filamenteux par spectrométrie de masse pourra donc être mise en routine au laboratoire de l’Hôpital Saint-Joseph.Note de contenu : Table des matières
REMERCIEMENTS 4
PRÉSENTATION DU LIEU DE STAGE 9
INTRODUCTION GÉNÉRALE 10
PARTIE THÉORIQUE 12
1. LES MYCÈTES 12
1.1 GÉNÉRALITÉS 12
1.2 STRUCTURE 13
1.2.1 COMPOSITION DE LA PAROI 13
1.2.2 MYCÉLIUM 14
1.2.3 LES SPORES 14
1.3 MODE DE VIE 15
1.4 CLASSIFICATION 15
1.5 IMPORTANCE DES CHAMPIGNONS 15
1.6 PATHOLOGIE HUMAINE 16
1.6.1 MYCOSES SUPERFICIELLES 16
1.6.1.1 MYCOSES CUTANÉES 16
1.6.1.2 MYCOSES SOUS-CUTANÉES 16
1.6.2 MYCOSES SYSTÉMIQUES 16
1.6.3 MYCOSES OPPORTUNISTES 16
2 LES CHAMPIGNONS FILAMENTEUX 17
2.1 LES DERMATOPHYTES 17
2.1.1 GÉNÉRALITÉS 17
2.1.2 LES GENRES 17
2.1.2.1 TRICHOPHYTON 17
2.1.2.2 MICROSPORUM 17
2.1.2.3 EPIDERMOPHYTON 17
2.1.3 IDENTIFICATION 18
2.1.3.1 ASPECTS MORPHOLOGIQUES 18
2.1.3.1.1 MORPHOLOGIE DES CONIDIES 18
2.1.3.1.2 MORPHOLOGIE DES MYCÉLIUMS 19
2.1.4 ORIGINE 19
2.1.5 CARACTÉRISATION DES SOUCHES MANIPULÉES AU LABORATOIRE 19
3 AUTRES CHAMPIGNONS FILAMENTEUX 24
3.1 ORGANE DE CARACTÉRISATION 24
3.2 CARACTÉRISATION DES SOUCHES 24
4 LE MALDI TOF 30
4.1 GÉNÉRALITÉ 30
4.2 LA SPECTROMETRIE DE MASSE 30
4.3 PRINCIPE DU MALDI-TOF 31
4.3.1 MATRICE 33
4.3.2 ANALYSE DES DONNÉES 33
4.4 LES BIBLIOTHÈQUES 33
4.4.1 IVD 33
4.4.2 RUO 34
4.5 VALIDATION TECHNIQUE 34
PARTIE PRATIQUE 35
1 OBJECTIF 35
2 MATÉRIEL ET RÉACTIFS 35
2.1 MATÉRIEL 35
2.2 RÉACTIFS 36
2.3 ÉCHANTILLONS 36
3 ENSEMENCEMENT ET CULTURE DE DERMATOPHYTES 36
3.1 CULTURE 36
4 IDENTIFICATION PAR SPECTROSCOPIE DE MASSE 38
4.1 MODE OPÉRATOIRE 38
4.2 EXTRACTION 39
4.3 CROISSANCE : 40
5 RÉSULTATS ET DISCUSSION 41
5.1 IDENTIFICATION 41
5.2 CULTURE 44
5.3 EXTRACTION 46
5.4 CROISSANCE 47
5.5 LA RÉPÉTABILITÉ 49
5.6 REPRODUCTIBILITÉ ET FIABILITÉ 51
CONCLUSION 54
LISTE DES ABRÉVIATIONS 56
LISTE DES FIGURES ET DES TABLEAUX 57
LEXIQUE 58
BIBLIOGRAPHIE 62
TABLE DES ANNEXES 68
ANNEXES 69Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=100297 Validation technique de I’identification d’espèces de dermatophytes et autres champignons filamenteux par spectrométrie de masse (technique du Maldi-Tof) [TFE / Mémoire] / Aleandro Forgione, Auteur ; Julie Schmitz, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale, 2021.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur
Langues : Français (fre)
Mots-clés : dermatophytes champignons filamenteux spectrométrie de masse technique du Maldi-Tof laboratoire de bactériologie Saint-Joseph Gilly Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Au vu des infections plus fréquentes causées par les mycètes plus précisément les dermatophytes et d’autres champignons filamenteux, le laboratoire de bactériologie de Saint-Joseph à Gilly a débuté une recherche sur une nouvelle méthode d’identification. Pour ce faire, l’objectif de ce travail est de valider un technique d’identification des dermatophytes et d’autres champignons filamenteux par spectrométrie de masse à l’aide du Maldi-Tof. Cette étude permettra de lancer cette technique en routine afin d’aider les laborantins dans l’identification des champignons et d’avoir un diagnostic plus rapidement par rapport à la méthode classique d’identification des mycètes. Cette méthode classique correspond à un examen microscopique et macroscopique. La stratégie de ce mémoire consiste à réaliser différents tests à partir de 31 souches de
plusieurs genres de champignons reçues du CHU de Liège. Une vérification des noms des souches, des tests de croissance et d’extraction ont été effectués afin d’obtenir les conditions optimales pour une bonne identification. La répétabilité, la fiabilité et la reproductibilité de la méthode ont été également analysées dans le but que la validation soit acceptée. Les résultats de ces expériences ont montré que 27 souches sur les 28 souches testées ont été identifiées avec succès à l’aide de la méthode classique du dépôt avec et sans acide formique sur la plaque du Maldi-Tof. Une extraction longue a été mise au point dans le cas d’un mauvais résultat lors de la procédure classique. Celle-ci a démontré un pourcentage d’identification de 100%. Le test de répétabilité réalisé 20 fois sur la même souche a révélé que l’ajout d’acide
formique lors du dépôt entraine des variations de scores sur l’automate et chaque identification a été correcte. Enfin, le test de fiabilité et de reproductibilité quant à lui a montré des résultats allant d’un pourcentage de 80% à 100% pour chaque identification de chaque souche. Toutes les manipulations qui ont été exécutées dans le but de valider la méthode d’identification à l’aide du Maldi-Tof ont fonctionné avec succès. Cette technique d’identification des dermatophytes et autres champignons filamenteux par spectrométrie de masse pourra donc être mise en routine au laboratoire de l’Hôpital Saint-Joseph.Note de contenu : Table des matières
REMERCIEMENTS 4
PRÉSENTATION DU LIEU DE STAGE 9
INTRODUCTION GÉNÉRALE 10
PARTIE THÉORIQUE 12
1. LES MYCÈTES 12
1.1 GÉNÉRALITÉS 12
1.2 STRUCTURE 13
1.2.1 COMPOSITION DE LA PAROI 13
1.2.2 MYCÉLIUM 14
1.2.3 LES SPORES 14
1.3 MODE DE VIE 15
1.4 CLASSIFICATION 15
1.5 IMPORTANCE DES CHAMPIGNONS 15
1.6 PATHOLOGIE HUMAINE 16
1.6.1 MYCOSES SUPERFICIELLES 16
1.6.1.1 MYCOSES CUTANÉES 16
1.6.1.2 MYCOSES SOUS-CUTANÉES 16
1.6.2 MYCOSES SYSTÉMIQUES 16
1.6.3 MYCOSES OPPORTUNISTES 16
2 LES CHAMPIGNONS FILAMENTEUX 17
2.1 LES DERMATOPHYTES 17
2.1.1 GÉNÉRALITÉS 17
2.1.2 LES GENRES 17
2.1.2.1 TRICHOPHYTON 17
2.1.2.2 MICROSPORUM 17
2.1.2.3 EPIDERMOPHYTON 17
2.1.3 IDENTIFICATION 18
2.1.3.1 ASPECTS MORPHOLOGIQUES 18
2.1.3.1.1 MORPHOLOGIE DES CONIDIES 18
2.1.3.1.2 MORPHOLOGIE DES MYCÉLIUMS 19
2.1.4 ORIGINE 19
2.1.5 CARACTÉRISATION DES SOUCHES MANIPULÉES AU LABORATOIRE 19
3 AUTRES CHAMPIGNONS FILAMENTEUX 24
3.1 ORGANE DE CARACTÉRISATION 24
3.2 CARACTÉRISATION DES SOUCHES 24
4 LE MALDI TOF 30
4.1 GÉNÉRALITÉ 30
4.2 LA SPECTROMETRIE DE MASSE 30
4.3 PRINCIPE DU MALDI-TOF 31
4.3.1 MATRICE 33
4.3.2 ANALYSE DES DONNÉES 33
4.4 LES BIBLIOTHÈQUES 33
4.4.1 IVD 33
4.4.2 RUO 34
4.5 VALIDATION TECHNIQUE 34
PARTIE PRATIQUE 35
1 OBJECTIF 35
2 MATÉRIEL ET RÉACTIFS 35
2.1 MATÉRIEL 35
2.2 RÉACTIFS 36
2.3 ÉCHANTILLONS 36
3 ENSEMENCEMENT ET CULTURE DE DERMATOPHYTES 36
3.1 CULTURE 36
4 IDENTIFICATION PAR SPECTROSCOPIE DE MASSE 38
4.1 MODE OPÉRATOIRE 38
4.2 EXTRACTION 39
4.3 CROISSANCE : 40
5 RÉSULTATS ET DISCUSSION 41
5.1 IDENTIFICATION 41
5.2 CULTURE 44
5.3 EXTRACTION 46
5.4 CROISSANCE 47
5.5 LA RÉPÉTABILITÉ 49
5.6 REPRODUCTIBILITÉ ET FIABILITÉ 51
CONCLUSION 54
LISTE DES ABRÉVIATIONS 56
LISTE DES FIGURES ET DES TABLEAUX 57
LEXIQUE 58
BIBLIOGRAPHIE 62
TABLE DES ANNEXES 68
ANNEXES 69Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=100297 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Diagnostic biologique des onychomycoses : prééminence de l'examen direct in RFL : Revue Francophone des Laboratoires, 432 (2011)
Exemplaires (1)
Cote Support Localisation Section Disponibilité Revue Revue Centre de Documentation HELHa Campus Montignies Réserve Consultable sur demande auprès des documentalistes
Exclu du prêtLes infections fongiques de l'ongle in Option Bio, 455 (2011)
[article]
Titre : Les infections fongiques de l'ongle Type de document : texte imprimé Année de publication : 2011 Article en page(s) : 20 - 21 Mots-clés : BIOLOGIE CLINIQUE INFECTIONS FONGIQUES ONGLE DERMATOPHYTES Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=72937
in Option Bio > 455 (2011) . - 20 - 21[article] Les infections fongiques de l'ongle [texte imprimé] . - 2011 . - 20 - 21.
in Option Bio > 455 (2011) . - 20 - 21
Mots-clés : BIOLOGIE CLINIQUE INFECTIONS FONGIQUES ONGLE DERMATOPHYTES Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=72937 Exemplaires (1)
Cote Support Localisation Section Disponibilité Revue Revue Centre de Documentation HELHa Campus Montignies Réserve Consultable sur demande auprès des documentalistes
Exclu du prêtParasitoses et mycoses des régions tempérées et tropicales / Association française des enseignants de parasitologie et mycologie
Titre : Parasitoses et mycoses des régions tempérées et tropicales Type de document : texte imprimé Auteurs : Association française des enseignants de parasitologie et mycologie, Auteur ; Dominique Chabasse ; Martin Danis ; Claude Guiguen Editeur : Paris : Elsevier-Masson Année de publication : impr. 2007 Collection : Abrégés. Connaissances et pratique Sous-collection : Connaissances et pratique Importance : 1 vol. (XX-321 p.-[23] p. de pl.) Présentation : ill. en noir et en coul., couv. ill. en coul. Format : 25 cm ISBN/ISSN/EAN : 978-2-294-07712-8 Prix : 33,50 EUR Note générale : La couv. porte en plus : "réussir les épreuves classantes nationales...". ANOFEL = Association française des enseignants et praticiens hospitaliers titulaires de parasitologie et mycologie médicale
Glossaire. IndexLangues : Français (fre) Mots-clés : INFECTIONS PARASITOLOGIE MIBIASE GIRDIA TRICHOMONAS PALUDISME PLASMODIUM TOXOPLASMOSE LEISHMANIOSE TRYPANOSOME MALADIE DU SOMMEIL OXYURES ASCARIS ANKYLOSTOMES ANGUILLULE TRICHINELLA LARVA MIGRANS FILARIOSE BILHARZIOSE TAENIA ECHINOCOCCOSE POUX PUCES PUNAISES TIQUES GALE MALADIES TROPICALES MYCOSES CHAMPIGNONS LEVURES DERMATOPHYTES ASPERGILLOSE CANDIDA PNEUMOCYSTOSE HYSTOPLASMA ANTIBIOTIQUES ANTIPARASITAIRES ANTIFONGIQUES Parasitologie médicale -- Manuels d'enseignement Parasitoses Mycologie médicale -- Manuels d'enseignement Mycoses Mycologie ParasitologieMaladies parasitaires Index. décimale : 576.8 Parasitologie Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=86582 Parasitoses et mycoses des régions tempérées et tropicales [texte imprimé] / Association française des enseignants de parasitologie et mycologie, Auteur ; Dominique Chabasse ; Martin Danis ; Claude Guiguen . - Paris : Elsevier-Masson, impr. 2007 . - 1 vol. (XX-321 p.-[23] p. de pl.) : ill. en noir et en coul., couv. ill. en coul. ; 25 cm. - (Abrégés. Connaissances et pratique. Connaissances et pratique) .
ISBN : 978-2-294-07712-8 : 33,50 EUR
La couv. porte en plus : "réussir les épreuves classantes nationales...". ANOFEL = Association française des enseignants et praticiens hospitaliers titulaires de parasitologie et mycologie médicale
Glossaire. Index
Langues : Français (fre)
Mots-clés : INFECTIONS PARASITOLOGIE MIBIASE GIRDIA TRICHOMONAS PALUDISME PLASMODIUM TOXOPLASMOSE LEISHMANIOSE TRYPANOSOME MALADIE DU SOMMEIL OXYURES ASCARIS ANKYLOSTOMES ANGUILLULE TRICHINELLA LARVA MIGRANS FILARIOSE BILHARZIOSE TAENIA ECHINOCOCCOSE POUX PUCES PUNAISES TIQUES GALE MALADIES TROPICALES MYCOSES CHAMPIGNONS LEVURES DERMATOPHYTES ASPERGILLOSE CANDIDA PNEUMOCYSTOSE HYSTOPLASMA ANTIBIOTIQUES ANTIPARASITAIRES ANTIFONGIQUES Parasitologie médicale -- Manuels d'enseignement Parasitoses Mycologie médicale -- Manuels d'enseignement Mycoses Mycologie ParasitologieMaladies parasitaires Index. décimale : 576.8 Parasitologie Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=86582 Réservation
Réserver ce document
Exemplaires (1)
Cote Support Localisation Section Disponibilité 576.8 CHA P Livre Centre de Documentation HELHa Campus Montignies Etagères livres Disponible
DisponiblePlace du laboratoire dans le diagnostic mycologique d'une onychomycose in RFL : Revue Francophone des Laboratoires, 432 (2011)
[article]
Titre : Place du laboratoire dans le diagnostic mycologique d'une onychomycose Type de document : texte imprimé Année de publication : 2011 Article en page(s) : 43 - 50 Langues : Français (fre) Mots-clés : BIOLOGIE CLINIQUE ONYCHOMYCOSES DERMATOPHYTES PSEUDODERMATOPHYTES LEVURES MOISISSURES DIAGNOSTIC MYCOLOGIQUE En ligne : http://www.em-consulte.com/article/291064/article/place-du-laboratoire-dans-le-d [...] Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=72921
in RFL : Revue Francophone des Laboratoires > 432 (2011) . - 43 - 50[article] Place du laboratoire dans le diagnostic mycologique d'une onychomycose [texte imprimé] . - 2011 . - 43 - 50.
Langues : Français (fre)
in RFL : Revue Francophone des Laboratoires > 432 (2011) . - 43 - 50
Mots-clés : BIOLOGIE CLINIQUE ONYCHOMYCOSES DERMATOPHYTES PSEUDODERMATOPHYTES LEVURES MOISISSURES DIAGNOSTIC MYCOLOGIQUE En ligne : http://www.em-consulte.com/article/291064/article/place-du-laboratoire-dans-le-d [...] Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=72921 Exemplaires (1)
Cote Support Localisation Section Disponibilité Revue Revue Centre de Documentation HELHa Campus Montignies Réserve Consultable sur demande auprès des documentalistes
Exclu du prêtPrévalence et aspects cliniques des mycoses superficielles chez le diabétique tunisien en milieu hospitalier in MMI / Médecine et Maladies Infectieuses, 5 (2004)
PermalinkSynopsis des dermatomycoses invasives chez l'immunodéprimé in ABTL BVLT, 31/2 (2004)
Permalink