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[article]
| Titre : |
La comparaison et le typage microbien en 2022 |
| Type de document : |
texte imprimé |
| Auteurs : |
Jean-Winoc Decousser, Auteur |
| Année de publication : |
2022 |
| Article en page(s) : |
p. 369-373 |
| Langues : |
Français (fre) |
| Catégories : |
Alpha
M:Micro-organisme ; M:Microbiologie ; S:Séquençage du génome ; T:Technique de laboratoire ; T:Typage microbien
|
| Résumé : |
Pour ce second volet, nous allons aborder les techniques de typage et de comparaison de souches microbiennes disponibles et utilisées en 2022. Historiquement, la comparaison des souches ou isolats a concerné très majoritairement les bactéries : les techniques, nombreuses quoique le plus souvent artisanales (dites « maison »), étaient relativement faciles d’accès. Leur interprétation était néanmoins difficile et leurs résultats variables selon les laboratoires. Certaines approches étaient pourtant standardisées, certains fabricants de réactifs de laboratoire commercialisant des trousses prêtes à l’emploi voire des solutions complètement intégrées. Concernant les virus, la comparaison des isolats viraux a très longtemps été réservée aux centres de référence qui utilisaient la technique de séquençage d’un gène ou d’une partie précise du génome viral. La pandémie de SARS–CoV-21 a démocratisé le séquençage donc le typage des isolats et les comparaisons inter-échantillons des séquences d’intérêt. Pour les champignons et les parasites, les difficultés de réalisation et d’interprétation ont conduit à réserver cette activité aux centres hyperspécialisés et notamment aux centres nationaux de référence. Ce domaine de la microbiologie a connu sa révolution au début des années 2000 avec l’apparition, le développement puis la diffusion des techniques de séquençage de nouvelle génération (Next generation sequencing [NGS]) [1]. Ces techniques permettent de séquencer en même temps une grande quantité de matériel génétique pour ensuite reconstruire tout ou partie du génome des micro-organismes. La « déferlante » du NGS a tout emporté sur son passage et, au moins pour les bactéries, a remplacé la quasi-totalité des autres méthodes de comparaison des souches. Nous aurons l’occasion dans un prochain article de revenir sur la révolution technique apportée par le NGS.
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| Permalink : |
http://cdocs.helha.be/pmbtournai/opac_css/index.php?lvl=notice_display&id=51877 |
in Hygiènes > Vol. XXX, n°6 (Décembre 2022) . - p. 369-373
[article] La comparaison et le typage microbien en 2022 [texte imprimé] / Jean-Winoc Decousser, Auteur . - 2022 . - p. 369-373. Langues : Français ( fre) in Hygiènes > Vol. XXX, n°6 (Décembre 2022) . - p. 369-373
| Catégories : |
Alpha
M:Micro-organisme ; M:Microbiologie ; S:Séquençage du génome ; T:Technique de laboratoire ; T:Typage microbien
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| Résumé : |
Pour ce second volet, nous allons aborder les techniques de typage et de comparaison de souches microbiennes disponibles et utilisées en 2022. Historiquement, la comparaison des souches ou isolats a concerné très majoritairement les bactéries : les techniques, nombreuses quoique le plus souvent artisanales (dites « maison »), étaient relativement faciles d’accès. Leur interprétation était néanmoins difficile et leurs résultats variables selon les laboratoires. Certaines approches étaient pourtant standardisées, certains fabricants de réactifs de laboratoire commercialisant des trousses prêtes à l’emploi voire des solutions complètement intégrées. Concernant les virus, la comparaison des isolats viraux a très longtemps été réservée aux centres de référence qui utilisaient la technique de séquençage d’un gène ou d’une partie précise du génome viral. La pandémie de SARS–CoV-21 a démocratisé le séquençage donc le typage des isolats et les comparaisons inter-échantillons des séquences d’intérêt. Pour les champignons et les parasites, les difficultés de réalisation et d’interprétation ont conduit à réserver cette activité aux centres hyperspécialisés et notamment aux centres nationaux de référence. Ce domaine de la microbiologie a connu sa révolution au début des années 2000 avec l’apparition, le développement puis la diffusion des techniques de séquençage de nouvelle génération (Next generation sequencing [NGS]) [1]. Ces techniques permettent de séquencer en même temps une grande quantité de matériel génétique pour ensuite reconstruire tout ou partie du génome des micro-organismes. La « déferlante » du NGS a tout emporté sur son passage et, au moins pour les bactéries, a remplacé la quasi-totalité des autres méthodes de comparaison des souches. Nous aurons l’occasion dans un prochain article de revenir sur la révolution technique apportée par le NGS.
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| Permalink : |
http://cdocs.helha.be/pmbtournai/opac_css/index.php?lvl=notice_display&id=51877 |
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Exemplaires (1)
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| T009837 | HYG | Revue | Tournai | Soins infirmiers (T) | Exclu du prêt |
Exemplaires (1)
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| T008216 | ACT | Revue | Tournai | Soins infirmiers (T) | Disponible |
Exemplaires (2)
|
| M005495 | ETH | Revue | Mouscron | Soins infirmiers (T) | Disponible |
| T008651 | ETH | Revue | Tournai | Soins infirmiers (T) | Disponible |
[article]
| Titre : |
Épidémie de Klebsiella pneumoniae productrice de bêtalactamases à spectre étendu en réanimation chirurgicale mise en évidence par le séquençage : retour sur investigation et évaluation des pratiques |
| Type de document : |
texte imprimé |
| Auteurs : |
Carine Lehoussel, Auteur ; François Gravey, Auteur ; Camille Jeanne-Leroyer, Auteur ; Simon Le Hello, Auteur |
| Année de publication : |
2023 |
| Article en page(s) : |
p. 195-202 |
| Langues : |
Français (fre) |
| Catégories : |
Alpha
C:Chirurgie ; E:Entérobactérie ; E:Épidémie ; H:Hygiène hospitalière ; K:Klebsiella ; P:Pratique clinique ; R:Recherche clinique ; S:Séquençage du génome ; S:Service de réanimation - soins intensifs ; T:Transmission croisée
|
| Résumé : |
Introduction et objectif. Notre établissement assure une veille de toutes les souches d’entérobactéries productrices de bêtalactamases à spectre étendu (BLSE) isolées chez les patients de réanimation par séquençage complet du génome. L’analyse rétrospective pour K. pneumoniae (Kp) BLSE a révélé une épidémie de 23 patients entre mai et décembre 2019 dans 4 unités. L’équipe opérationnelle d’hygiène (EOH) a réalisé une investigation rétrospective. Matériel et méthodes. L’analyse des 23 dossiers a permis l’élaboration d’hypothèses. Une enquête environnementale et des observations des pratiques ont été réalisées. Les prélèvements d’environnement ont recherché un réservoir hydrique et un marqueur de transmission croisée sur des points critiques. Les professionnels pouvant intervenir dans les 4 unités dans une même journée ont été observés. Résultats. Les 51 prélèvements sont revenus négatifs ; 46 situations de soins ont été observées chez 24 médecins, 11 manipulateurs en radiologie, 9 brancardiers et 2 kinésithérapeutes. Les prérequis à l’hygiène des mains (HDM) étaient respectés dans 98% des cas et le taux d’observance de l’HDM était de 63%. La technique était conforme dans 16% des cas. Les indications du port de gants et du tablier étaient conformes à 29%. L’entretien des dispositifs médicaux partagés n’était pas systématique après utilisation, notamment pour les parties manipulées des échographes (37% hors sonde) ou de l’appareil de radiologie (9%). Les traçabilités de cet entretien étaient absentes les jours d’observation. Conclusion. Le séquençage a révélé une épidémie. Les observations ont conforté l’hypothèse d’une transmission par manuportage ou par le matériel partagé due à l’application non optimale des précautions standard. Aucun réservoir environnemental n’a été trouvé mais l’investigation environnementale a été effectuée plus d’un an après le dernier cas avéré. Un séquençage plus rapide pourrait permettre des investigations et interventions plus efficaces. |
| Permalink : |
http://cdocs.helha.be/pmbtournai/opac_css/index.php?lvl=notice_display&id=52929 |
in Hygiènes > Vol. 31, n°3 (Juin 2023) . - p. 195-202
[article] Épidémie de Klebsiella pneumoniae productrice de bêtalactamases à spectre étendu en réanimation chirurgicale mise en évidence par le séquençage : retour sur investigation et évaluation des pratiques [texte imprimé] / Carine Lehoussel, Auteur ; François Gravey, Auteur ; Camille Jeanne-Leroyer, Auteur ; Simon Le Hello, Auteur . - 2023 . - p. 195-202. Langues : Français ( fre) in Hygiènes > Vol. 31, n°3 (Juin 2023) . - p. 195-202
| Catégories : |
Alpha
C:Chirurgie ; E:Entérobactérie ; E:Épidémie ; H:Hygiène hospitalière ; K:Klebsiella ; P:Pratique clinique ; R:Recherche clinique ; S:Séquençage du génome ; S:Service de réanimation - soins intensifs ; T:Transmission croisée
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| Résumé : |
Introduction et objectif. Notre établissement assure une veille de toutes les souches d’entérobactéries productrices de bêtalactamases à spectre étendu (BLSE) isolées chez les patients de réanimation par séquençage complet du génome. L’analyse rétrospective pour K. pneumoniae (Kp) BLSE a révélé une épidémie de 23 patients entre mai et décembre 2019 dans 4 unités. L’équipe opérationnelle d’hygiène (EOH) a réalisé une investigation rétrospective. Matériel et méthodes. L’analyse des 23 dossiers a permis l’élaboration d’hypothèses. Une enquête environnementale et des observations des pratiques ont été réalisées. Les prélèvements d’environnement ont recherché un réservoir hydrique et un marqueur de transmission croisée sur des points critiques. Les professionnels pouvant intervenir dans les 4 unités dans une même journée ont été observés. Résultats. Les 51 prélèvements sont revenus négatifs ; 46 situations de soins ont été observées chez 24 médecins, 11 manipulateurs en radiologie, 9 brancardiers et 2 kinésithérapeutes. Les prérequis à l’hygiène des mains (HDM) étaient respectés dans 98% des cas et le taux d’observance de l’HDM était de 63%. La technique était conforme dans 16% des cas. Les indications du port de gants et du tablier étaient conformes à 29%. L’entretien des dispositifs médicaux partagés n’était pas systématique après utilisation, notamment pour les parties manipulées des échographes (37% hors sonde) ou de l’appareil de radiologie (9%). Les traçabilités de cet entretien étaient absentes les jours d’observation. Conclusion. Le séquençage a révélé une épidémie. Les observations ont conforté l’hypothèse d’une transmission par manuportage ou par le matériel partagé due à l’application non optimale des précautions standard. Aucun réservoir environnemental n’a été trouvé mais l’investigation environnementale a été effectuée plus d’un an après le dernier cas avéré. Un séquençage plus rapide pourrait permettre des investigations et interventions plus efficaces. |
| Permalink : |
http://cdocs.helha.be/pmbtournai/opac_css/index.php?lvl=notice_display&id=52929 |
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Exemplaires (1)
|
| T010026 | HYG | Revue | Tournai | Soins infirmiers (T) | Disponible |
Permalink
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(2018)
Permalink
