[article]
| Titre : |
Séquençage du génome entier des entérobactéries productrices de bêtalactamases à spectre élargi au sein d’un établissement de santé : mise en place en routine et rôle dans le contrôle des transmissions croisées |
| Type de document : |
texte imprimé |
| Auteurs : |
Margo Fevre, Auteur ; Camille Jeanne-Leroyer, Auteur ; Paul Déquiré, Auteur ; François Gravey, Auteur ; Simon Le Hello, Auteur |
| Année de publication : |
2023 |
| Article en page(s) : |
p. 20-27 |
| Langues : |
Français (fre) |
| Catégories : |
Alpha
E:Entérobactérie ; E:Épidémie ; E:Etablissement de santé ; H:Hygiène hospitalière ; P:Prévention ; T:Transmission croisée
|
| Résumé : |
Introduction et objectif. Depuis 2019, le séquençage du génome entier est réalisé en routine pour toutes les entérobactéries productrices de bêtalactamases à spectre élargi (EBLSE) isolées chez les patients hospitalisés en réanimation au centre hospitalier universitaire de Caen. Cette étude évalue un algorithme d’alerte simple afin de détecter les transmissions croisées et les épidémies. Matériel et méthodes. L’alerte de transmission croisée est basée sur l’identification de deux EBLSE de même espèce en réanimation adulte sur une période d’un mois glissant. Les performances de ces alertes étaient calculées pour trois espèces d’EBLSE (Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli et Enterobacter cloacae complexe) en les comparant aux données issues du séquençage des souches isolées en 2019 et 2020 puis en prospectif en 2021. Résultats. L’algorithme a été créé à partir des 320 souches d’EBLSE identifiées et séquencées : 138 E. coli, 91 K. pneumoniae et 91 E. cloacae. Le taux global de transmission croisée était de 22% en 2019-2020 (respectivement 1,5%, 42% et 33% pour chaque espèce) et de 21,2% en 2021 (0%, 16,7% et 54,0%). La valeur prédictive positive de notre algorithme est de 14,3% pour E. coli, 92,7% pour K. pneumoniae et 51,8% pour E. cloacae. Conclusion. Par une approche génomique, nous pouvons détecter et alerter toute transmission croisée afin d’adapter les mesures de prévention ainsi que les enquêtes environnementales en cas d’épidémie. L’algorithme donne une orientation précoce des alertes mais peut et doit s’adapter selon les dynamiques de diffusion, qui semblent être différentes entre espèces. |
| Permalink : |
http://cdocs.helha.be/pmbtournai/opac_css/index.php?lvl=notice_display&id=51831 |
in Hygiènes > Vol. XXXI, n°1 (Mars 2023) . - p. 20-27
[article] Séquençage du génome entier des entérobactéries productrices de bêtalactamases à spectre élargi au sein d’un établissement de santé : mise en place en routine et rôle dans le contrôle des transmissions croisées [texte imprimé] / Margo Fevre, Auteur ; Camille Jeanne-Leroyer, Auteur ; Paul Déquiré, Auteur ; François Gravey, Auteur ; Simon Le Hello, Auteur . - 2023 . - p. 20-27. Langues : Français ( fre) in Hygiènes > Vol. XXXI, n°1 (Mars 2023) . - p. 20-27
| Catégories : |
Alpha
E:Entérobactérie ; E:Épidémie ; E:Etablissement de santé ; H:Hygiène hospitalière ; P:Prévention ; T:Transmission croisée
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| Résumé : |
Introduction et objectif. Depuis 2019, le séquençage du génome entier est réalisé en routine pour toutes les entérobactéries productrices de bêtalactamases à spectre élargi (EBLSE) isolées chez les patients hospitalisés en réanimation au centre hospitalier universitaire de Caen. Cette étude évalue un algorithme d’alerte simple afin de détecter les transmissions croisées et les épidémies. Matériel et méthodes. L’alerte de transmission croisée est basée sur l’identification de deux EBLSE de même espèce en réanimation adulte sur une période d’un mois glissant. Les performances de ces alertes étaient calculées pour trois espèces d’EBLSE (Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli et Enterobacter cloacae complexe) en les comparant aux données issues du séquençage des souches isolées en 2019 et 2020 puis en prospectif en 2021. Résultats. L’algorithme a été créé à partir des 320 souches d’EBLSE identifiées et séquencées : 138 E. coli, 91 K. pneumoniae et 91 E. cloacae. Le taux global de transmission croisée était de 22% en 2019-2020 (respectivement 1,5%, 42% et 33% pour chaque espèce) et de 21,2% en 2021 (0%, 16,7% et 54,0%). La valeur prédictive positive de notre algorithme est de 14,3% pour E. coli, 92,7% pour K. pneumoniae et 51,8% pour E. cloacae. Conclusion. Par une approche génomique, nous pouvons détecter et alerter toute transmission croisée afin d’adapter les mesures de prévention ainsi que les enquêtes environnementales en cas d’épidémie. L’algorithme donne une orientation précoce des alertes mais peut et doit s’adapter selon les dynamiques de diffusion, qui semblent être différentes entre espèces. |
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