Contribution de l’analyse moléculaire à l’investigation d’un cluster de Covid-19 en long séjour gériatrique / Céline Sakr in Hygiènes, Vol. XXIX - N°4 (Septembre 2021)

Public ISBD [article]  inHygiènes > Vol. XXIX - N°4 (Septembre 2021) . - 261-268 Titre : Contribution de l’analyse moléculaire à l’investigation d’un cluster de Covid-19 en long séjour gériatrique Type de document : texte imprimé Auteurs : Céline Sakr, Auteur ; Audrey Maurand, Auteur ; Mélanie Mercier-Darty, Auteur Année de publication : 2021 Article en page(s) : 261-268 Langues : Français (fre) Catégories : Alpha C:Covid-19 ; E:Épidémie ; G:Gériatrie ; I:Investigation ; T:Transmission (d'une maladie) ; V:Virus Résumé : Contexte et objectif. La lutte contre la Covid-19 nécessite l’identification des événements et acteurs de transmission. L’objectif de cette étude est de montrer la complémentarité de l’approche épidémiologique classique et de l’approche moléculaire par séquençage et comparaison des souches de Sars-CoV-2. Les performances et limites de ces méthodes sont évaluées. Méthodes. L’investigation épidémiologique classique d’un cluster en long séjour gériatrique a été réalisée en se focalisant sur la disponibilité des données. En parallèle, les souches de Sars-CoV-2 retrouvées chez les patients ont été séquencées, caractérisées phylogénétiquement et comparées. Résultats. Le cluster a impliqué 29 patients et 6 soignants entre le 26/12/2020 et le 25/01/2021 dans un service de long séjour gériatrique composé de deux unités. L’étude épidémiologique a montré une contamination secondaire des soignants auprès des patients et l’indisponibilité de certaines informations nécessaires à la compréhension des transmissions (entraide des soignants entre unités, interventions des médecins de garde, plans de table des repas partagés…). Les 18 séquences analysables ont mis en évidence une souche dérivant de la souche ancestrale Wuhan, et 4 groupes de séquences identiques entre elles séparées par une à deux différences nucléotidiques. L’apparition de mutations a permis d’identifier et d’exclure des voies de transmission (deux voisins de chambre présentant deux souches différentes). Une souche très divergente (25 différences) a été identifiée en fin d’épidémie au sein du cluster, soulignant le risque de la multiplication des séries de dépistage. Conclusion. Une stratégie combinant une investigation épidémiologique basique et une comparaison moléculaire des souches permettrait d’économiser les forces des hygiénistes. Permalink : http://cdocs.helha.be/pmbtournai/opac_css/index.php?lvl=notice_display&id=48185 [article] Contribution de l’analyse moléculaire à l’investigation d’un cluster de Covid-19 en long séjour gériatrique [texte imprimé] / Céline Sakr, Auteur ; Audrey Maurand, Auteur ; Mélanie Mercier-Darty, Auteur . - 2021 . - 261-268. Langues : Français (fre) in Hygiènes > Vol. XXIX - N°4 (Septembre 2021) . - 261-268 Catégories : Alpha C:Covid-19 ; E:Épidémie ; G:Gériatrie ; I:Investigation ; T:Transmission (d'une maladie) ; V:Virus Résumé : Contexte et objectif. La lutte contre la Covid-19 nécessite l’identification des événements et acteurs de transmission. L’objectif de cette étude est de montrer la complémentarité de l’approche épidémiologique classique et de l’approche moléculaire par séquençage et comparaison des souches de Sars-CoV-2. Les performances et limites de ces méthodes sont évaluées. Méthodes. L’investigation épidémiologique classique d’un cluster en long séjour gériatrique a été réalisée en se focalisant sur la disponibilité des données. En parallèle, les souches de Sars-CoV-2 retrouvées chez les patients ont été séquencées, caractérisées phylogénétiquement et comparées. Résultats. Le cluster a impliqué 29 patients et 6 soignants entre le 26/12/2020 et le 25/01/2021 dans un service de long séjour gériatrique composé de deux unités. L’étude épidémiologique a montré une contamination secondaire des soignants auprès des patients et l’indisponibilité de certaines informations nécessaires à la compréhension des transmissions (entraide des soignants entre unités, interventions des médecins de garde, plans de table des repas partagés…). Les 18 séquences analysables ont mis en évidence une souche dérivant de la souche ancestrale Wuhan, et 4 groupes de séquences identiques entre elles séparées par une à deux différences nucléotidiques. L’apparition de mutations a permis d’identifier et d’exclure des voies de transmission (deux voisins de chambre présentant deux souches différentes). Une souche très divergente (25 différences) a été identifiée en fin d’épidémie au sein du cluster, soulignant le risque de la multiplication des séries de dépistage. Conclusion. Une stratégie combinant une investigation épidémiologique basique et une comparaison moléculaire des souches permettrait d’économiser les forces des hygiénistes. Permalink : http://cdocs.helha.be/pmbtournai/opac_css/index.php?lvl=notice_display&id=48185

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Code-barres	Cote	Support	Localisation	Section	Disponibilité
T009288	HYG	Revue	Tournai	Soins infirmiers (T)	Disponible

Transmissions d’entérobactéries productrices de carbapénèmases lors de cholangiopancréatographies rétrogrades endoscopiques / Mélanie Mercier-Darty in Hygiènes, Vol. XXVII, 3 (Juin 2019)

Public ISBD [article]  inHygiènes > Vol. XXVII, 3 (Juin 2019) . - p. 139-144 Titre : Transmissions d’entérobactéries productrices de carbapénèmases lors de cholangiopancréatographies rétrogrades endoscopiques : limite des prélèvements microbiologiques environnementaux et contribution du séquençage de nouvelle génération Type de document : texte imprimé Auteurs : Mélanie Mercier-Darty ; Florence Cizeau ; David Ducellier ; Bernadette Basse ; Céline Poulain ; Chloé Jansen ; Frédéric Fourreau ; Jean-Winoc Decousser Année de publication : 2019 Article en page(s) : p. 139-144 Langues : Français (fre) Catégories : Alpha D:Désinfection ; D:Dispositif médical ; E:Endoscope ; E:Entérobactérie ; I:infection associée aux soins Résumé : Nous rapportons une épidémie de contamination par une entérobactérie productrice de carbapénèmase (EPC) mise en évidence par la comparaison par séquençage complet des génomes des souches impliquées. Méthode. Nous avons investigué la découverte d’une bactériémie à Klebsiella pneumoniae OXA-48 chez une patiente sans facteur de risque. L’enquête a mis en évidence six cas ayant en commun l’utilisation d’un même duodénoscope pour une cholangiopancréatographie rétrograde endoscopique (CPRE). L’endoscope a été prélevé, expertisé à deux reprises puis séquestré et les souches comparées par séquençage de leur génome et utilisation d’une approche par core genome multilocus sequence typing (cgMLST). Des audits de pratiques ont été réalisés. Résultats. Les souches de K. pneumoniae étaient considérées comme reliées chez cinq patients ; le sixième était porteur d’une souche d’Escherichia coli dont le support plasmidique de la résistance était semblable à celui retrouvé chez K. pneumoniae. Les pratiques étaient conformes. Les prélèvements microbiologiques et les expertises n’ont pas permis d’identifier de non-conformité. L’analyse épidémiologique et les données de comparaison des souches ont été jugées suffisamment pertinentes pour retirer définitivement l’endoscope incriminé. Conclusions. La technique de prélèvement des duodénoscopes pour CPRE gagnerait à être améliorée conformément aux recommandations récentes. La comparaison de souches par séquençage complet est un outil utile et objectif pour prouver une transmission croisée. Permalink : http://cdocs.helha.be/pmbtournai/opac_css/index.php?lvl=notice_display&id=41429 [article] Transmissions d’entérobactéries productrices de carbapénèmases lors de cholangiopancréatographies rétrogrades endoscopiques : limite des prélèvements microbiologiques environnementaux et contribution du séquençage de nouvelle génération [texte imprimé] / Mélanie Mercier-Darty ; Florence Cizeau ; David Ducellier ; Bernadette Basse ; Céline Poulain ; Chloé Jansen ; Frédéric Fourreau ; Jean-Winoc Decousser . - 2019 . - p. 139-144. Langues : Français (fre) in Hygiènes > Vol. XXVII, 3 (Juin 2019) . - p. 139-144 Catégories : Alpha D:Désinfection ; D:Dispositif médical ; E:Endoscope ; E:Entérobactérie ; I:infection associée aux soins Résumé : Nous rapportons une épidémie de contamination par une entérobactérie productrice de carbapénèmase (EPC) mise en évidence par la comparaison par séquençage complet des génomes des souches impliquées. Méthode. Nous avons investigué la découverte d’une bactériémie à Klebsiella pneumoniae OXA-48 chez une patiente sans facteur de risque. L’enquête a mis en évidence six cas ayant en commun l’utilisation d’un même duodénoscope pour une cholangiopancréatographie rétrograde endoscopique (CPRE). L’endoscope a été prélevé, expertisé à deux reprises puis séquestré et les souches comparées par séquençage de leur génome et utilisation d’une approche par core genome multilocus sequence typing (cgMLST). Des audits de pratiques ont été réalisés. Résultats. Les souches de K. pneumoniae étaient considérées comme reliées chez cinq patients ; le sixième était porteur d’une souche d’Escherichia coli dont le support plasmidique de la résistance était semblable à celui retrouvé chez K. pneumoniae. Les pratiques étaient conformes. Les prélèvements microbiologiques et les expertises n’ont pas permis d’identifier de non-conformité. L’analyse épidémiologique et les données de comparaison des souches ont été jugées suffisamment pertinentes pour retirer définitivement l’endoscope incriminé. Conclusions. La technique de prélèvement des duodénoscopes pour CPRE gagnerait à être améliorée conformément aux recommandations récentes. La comparaison de souches par séquençage complet est un outil utile et objectif pour prouver une transmission croisée. Permalink : http://cdocs.helha.be/pmbtournai/opac_css/index.php?lvl=notice_display&id=41429

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