Centre de Documentation Campus Montignies
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Titre : |
Evaluation des performances analytiques de deux PCRs real-time détectant la présence de Campylobacter spp directement sur prélèvement de selles |
Type de document : |
TFE / Mémoire |
Auteurs : |
SALIMA AZAIZAOUI, |
Année de publication : |
2016 |
Note générale : |
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. |
Langues : |
Français (fre) |
Mots-clés : |
CHU Saint-Pierre Bruxelles LHUB-ULB Biologie médicale campylobacter bactérie taxonomie gastro entérite germes pathogènes traitement MALDI-TOF extraction ADN PCR |
Index. décimale : |
TFE Bio Med TFE Biologie médicale |
Note de contenu : |
TABLE DES MATIERES
REMERCIEMENTS
PRESENTATION DU LIEU DE STAGE ............................................................................................ 5
INTRODUCTION .......................................................................................................................... 6
1.1 Prévalence de l’infection à Campylobacter et enjeu de santé publique .................... 6
1.2 Historique de la découverte de la bactérie Campylobacter ........................................ 6
1.3 Taxonomie ................................................................................................................... 7
1.4 Morphologie et caractéristiques biochimiques ........................................................... 7
1.5 Croissance .................................................................................................................... 8
1.6 Mode de transmission ................................................................................................. 8
1.7 Pathologies .................................................................................................................. 9
1.7.1 Gastro – entérite: ................................................................................................. 9
1.7.2 Complications : ................................................................................................... 10
1.8 Pathogénèse .............................................................................................................. 11
1.8.1 Motilité : ............................................................................................................. 11
1.8.2 L’adhésion et invasion : ...................................................................................... 11
1.8.3 Production de toxines : ...................................................................................... 11
1.9 Diagnostic .................................................................................................................. 11
1.10 Traitement ............................................................................................................. 12
OBJECTIFS ET STRATEGIE .......................................................................................................... 14
MATERIEL ET METHODES ......................................................................................................... 16
3.1 Collecte des souches et des échantillons .................................................................. 16
3.2 Repiquage des souches ............................................................................................. 16
3.3 Identification des souches sur MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser Desorption/ionisation time-of-Flight) .................................................................................. 17
3.4 Extraction automatique de l’ADN .............................................................................. 19
3.5 Amplification par PCR en temps réel ......................................................................... 21
3.6 Interprétation des résultats ....................................................................................... 26
RESULTATS ................................................................................................................................ 28
4.1 Comparaison de la sensibilité et de la spécificité d’espèce de la PCR « home-made » et de la PCR commerciale ..................................................................................................... 28
4.2 Détermination et comparaison de la limite de détection de la PCR « home-made » et de la PCR commerciale ..................................................................................................... 30
4.3 Répétabilité ................................................................................................................ 32
4.4 Reproductibilité inter-PCR ......................................................................................... 33
4.5 Stabilité de l’échantillon ............................................................................................ 34
4.6 Comparaison de la méthode PCR avec la méthode de référence ............................. 35
DISCUSSION .............................................................................................................................. 38
CONCLUSION ET PERSPECTIVES ............................................................................................... 40
LISTE DES ABREVIATIONS ......................................................................................................... 41
BIBLIOGRAPHIE ......................................................................................................................... 42
ANNEXES ................................................................................................................................... 44 |
Permalink : |
./index.php?lvl=notice_display&id=65658 |
Evaluation des performances analytiques de deux PCRs real-time détectant la présence de Campylobacter spp directement sur prélèvement de selles [TFE / Mémoire] / SALIMA AZAIZAOUI, . - 2016. Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français ( fre)
Mots-clés : |
CHU Saint-Pierre Bruxelles LHUB-ULB Biologie médicale campylobacter bactérie taxonomie gastro entérite germes pathogènes traitement MALDI-TOF extraction ADN PCR |
Index. décimale : |
TFE Bio Med TFE Biologie médicale |
Note de contenu : |
TABLE DES MATIERES
REMERCIEMENTS
PRESENTATION DU LIEU DE STAGE ............................................................................................ 5
INTRODUCTION .......................................................................................................................... 6
1.1 Prévalence de l’infection à Campylobacter et enjeu de santé publique .................... 6
1.2 Historique de la découverte de la bactérie Campylobacter ........................................ 6
1.3 Taxonomie ................................................................................................................... 7
1.4 Morphologie et caractéristiques biochimiques ........................................................... 7
1.5 Croissance .................................................................................................................... 8
1.6 Mode de transmission ................................................................................................. 8
1.7 Pathologies .................................................................................................................. 9
1.7.1 Gastro – entérite: ................................................................................................. 9
1.7.2 Complications : ................................................................................................... 10
1.8 Pathogénèse .............................................................................................................. 11
1.8.1 Motilité : ............................................................................................................. 11
1.8.2 L’adhésion et invasion : ...................................................................................... 11
1.8.3 Production de toxines : ...................................................................................... 11
1.9 Diagnostic .................................................................................................................. 11
1.10 Traitement ............................................................................................................. 12
OBJECTIFS ET STRATEGIE .......................................................................................................... 14
MATERIEL ET METHODES ......................................................................................................... 16
3.1 Collecte des souches et des échantillons .................................................................. 16
3.2 Repiquage des souches ............................................................................................. 16
3.3 Identification des souches sur MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser Desorption/ionisation time-of-Flight) .................................................................................. 17
3.4 Extraction automatique de l’ADN .............................................................................. 19
3.5 Amplification par PCR en temps réel ......................................................................... 21
3.6 Interprétation des résultats ....................................................................................... 26
RESULTATS ................................................................................................................................ 28
4.1 Comparaison de la sensibilité et de la spécificité d’espèce de la PCR « home-made » et de la PCR commerciale ..................................................................................................... 28
4.2 Détermination et comparaison de la limite de détection de la PCR « home-made » et de la PCR commerciale ..................................................................................................... 30
4.3 Répétabilité ................................................................................................................ 32
4.4 Reproductibilité inter-PCR ......................................................................................... 33
4.5 Stabilité de l’échantillon ............................................................................................ 34
4.6 Comparaison de la méthode PCR avec la méthode de référence ............................. 35
DISCUSSION .............................................................................................................................. 38
CONCLUSION ET PERSPECTIVES ............................................................................................... 40
LISTE DES ABREVIATIONS ......................................................................................................... 41
BIBLIOGRAPHIE ......................................................................................................................... 42
ANNEXES ................................................................................................................................... 44 |
Permalink : |
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|
Exemplaires
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Titre : |
Impact de la méthylation sur le promoteur des LATs durant l'infection in vivo et in vitro du virus de la maladie de Marek |
Type de document : |
TFE / Mémoire |
Auteurs : |
Oriana Laforgia, Auteur |
Année de publication : |
2016 |
Note générale : |
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur |
Langues : |
Français (fre) |
Mots-clés : |
biologie médicale Unité de Recherche Vétérinaire Intégrée URVI maladie de Malek microARN transcription expression phase de latence du MDV epigénétique culture cellulaire extraction ADN quantification ADN bisulfite nested PCR électrophorèse ADN purification acide nucléique ligation clonage LAT |
Index. décimale : |
TFE Bio Med TFE Biologie médicale |
Note de contenu : |
SOMMAIRE
Remerciements
1 PrÉsentation du lieu de stage................................................................................................ 7
2 Introduction .......................................................................................................................... 9
3 Contexte général ................................................................................................................. 11
3.1 La maladie de Marek ................................................................................................... 11
3.1.1 Historique: ........................................................................................................... 11
3.1.2 Classification:....................................................................................................... 12
3.1.3 Formes cliniques.................................................................................................. 13
3.1.4 Structure du virus ................................................................................................ 14
3.1.5 Cycle de vie .......................................................................................................... 15
3.2 Les microARN .............................................................................................................. 17
3.2.1 Généralités .......................................................................................................... 17
3.2.2 Biogenèse des microARN .................................................................................... 18
3.2.3 Les microARN de GaHV-2 .................................................................................... 19
3.2.4 Initiation de la transcription et « core » promoteur ........................................... 20
3.3 Transcription et expression des gènes durant la phase de latence du MDV .............. 21
3.3.1 Le gène ICP4 ........................................................................................................ 21
3.3.3 LAT (Latency associated transcript) .................................................................... 22
3.4 Épigénétique ............................................................................................................... 24
3.4.1 Généralités .......................................................................................................... 24
3.4.2 Acétylation des histones ..................................................................................... 24
3.4.3 Phosphorylation des histones ............................................................................. 25
3.4.4 Méthylation des histones .................................................................................... 25
3.4.5 Méthylation de l'ADN .......................................................................................... 26
3.4.6 Méthylation de l'ADN dans le MDV .................................................................... 27
4 Objectifs et stratÉgie ........................................................................................................... 29
5 Matériel et méthodes ......................................................................................................... 31
5.1 Culture cellulaire ......................................................................................................... 31
5.1.1 Les cellules MSB-1 ............................................................................................... 31
5.1.2 Cellules embryonnaires de poulet infectées (CEFs) par la souche virale RB-1B . 31
5.1.3 Epithéliums de follicules plumeux (FFE) .............................................................. 31
5.2 Extraction d'ADN et quantification ............................................................................. 32
5.3 Traitement au bisulfite ................................................................................................ 32
5.4 Nested polymerase chain reaction (nested PCR) ........................................................ 34
5.5 Électrophorèse d'ADN ................................................................................................. 35
5.6 Purification des acides nucléiques .............................................................................. 36
5.7 Préparation des bactéries compétentes ..................................................................... 36
6
5.8 Ligation vecteur/insert ................................................................................................ 36
5.9 Clonage ........................................................................................................................ 37
5.10 Système blanc/bleu ..................................................................................................... 38
5.11 Screen PCR et séquençage .......................................................................................... 39
6 RÉsultats et discussion ........................................................................................................ 41
6.1 Construction de la région promotrice du LAT ............................................................. 41
6.2 Effet du traitement au bisulfite ................................................................................... 43
6.3 Amplification par PCR nichée des échantillons traités au bisulfite ............................. 45
6.4 Clonage des amplicons obtenus à partir d'échantillons biologiques .......................... 47
6.5 Analyse des profils de méthylation du promoteur LAT dans différents contextes biologiques .............................................................................................................................. 50
6.5.1 Distribution des répétitions in vivo et in vitro ..................................................... 50
6.5.2 Profils de méthylation in vivo et in vitro ............................................................. 52
6.5.3 Pourcentage de méthylation pour chaque site CpG ........................................... 54
7 Discussion et conclusion ..................................................................................................... 57
8 Liste des figures ................................................................................................................... 59
9 Liste des tableaux ................................................................................................................ 60
10 Glossaire .......................................................................................................................... 61
11 Bibliographie ................................................................................................................... 65 |
Permalink : |
./index.php?lvl=notice_display&id=65676 |
Impact de la méthylation sur le promoteur des LATs durant l'infection in vivo et in vitro du virus de la maladie de Marek [TFE / Mémoire] / Oriana Laforgia, Auteur . - 2016. Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français ( fre)
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biologie médicale Unité de Recherche Vétérinaire Intégrée URVI maladie de Malek microARN transcription expression phase de latence du MDV epigénétique culture cellulaire extraction ADN quantification ADN bisulfite nested PCR électrophorèse ADN purification acide nucléique ligation clonage LAT |
Index. décimale : |
TFE Bio Med TFE Biologie médicale |
Note de contenu : |
SOMMAIRE
Remerciements
1 PrÉsentation du lieu de stage................................................................................................ 7
2 Introduction .......................................................................................................................... 9
3 Contexte général ................................................................................................................. 11
3.1 La maladie de Marek ................................................................................................... 11
3.1.1 Historique: ........................................................................................................... 11
3.1.2 Classification:....................................................................................................... 12
3.1.3 Formes cliniques.................................................................................................. 13
3.1.4 Structure du virus ................................................................................................ 14
3.1.5 Cycle de vie .......................................................................................................... 15
3.2 Les microARN .............................................................................................................. 17
3.2.1 Généralités .......................................................................................................... 17
3.2.2 Biogenèse des microARN .................................................................................... 18
3.2.3 Les microARN de GaHV-2 .................................................................................... 19
3.2.4 Initiation de la transcription et « core » promoteur ........................................... 20
3.3 Transcription et expression des gènes durant la phase de latence du MDV .............. 21
3.3.1 Le gène ICP4 ........................................................................................................ 21
3.3.3 LAT (Latency associated transcript) .................................................................... 22
3.4 Épigénétique ............................................................................................................... 24
3.4.1 Généralités .......................................................................................................... 24
3.4.2 Acétylation des histones ..................................................................................... 24
3.4.3 Phosphorylation des histones ............................................................................. 25
3.4.4 Méthylation des histones .................................................................................... 25
3.4.5 Méthylation de l'ADN .......................................................................................... 26
3.4.6 Méthylation de l'ADN dans le MDV .................................................................... 27
4 Objectifs et stratÉgie ........................................................................................................... 29
5 Matériel et méthodes ......................................................................................................... 31
5.1 Culture cellulaire ......................................................................................................... 31
5.1.1 Les cellules MSB-1 ............................................................................................... 31
5.1.2 Cellules embryonnaires de poulet infectées (CEFs) par la souche virale RB-1B . 31
5.1.3 Epithéliums de follicules plumeux (FFE) .............................................................. 31
5.2 Extraction d'ADN et quantification ............................................................................. 32
5.3 Traitement au bisulfite ................................................................................................ 32
5.4 Nested polymerase chain reaction (nested PCR) ........................................................ 34
5.5 Électrophorèse d'ADN ................................................................................................. 35
5.6 Purification des acides nucléiques .............................................................................. 36
5.7 Préparation des bactéries compétentes ..................................................................... 36
6
5.8 Ligation vecteur/insert ................................................................................................ 36
5.9 Clonage ........................................................................................................................ 37
5.10 Système blanc/bleu ..................................................................................................... 38
5.11 Screen PCR et séquençage .......................................................................................... 39
6 RÉsultats et discussion ........................................................................................................ 41
6.1 Construction de la région promotrice du LAT ............................................................. 41
6.2 Effet du traitement au bisulfite ................................................................................... 43
6.3 Amplification par PCR nichée des échantillons traités au bisulfite ............................. 45
6.4 Clonage des amplicons obtenus à partir d'échantillons biologiques .......................... 47
6.5 Analyse des profils de méthylation du promoteur LAT dans différents contextes biologiques .............................................................................................................................. 50
6.5.1 Distribution des répétitions in vivo et in vitro ..................................................... 50
6.5.2 Profils de méthylation in vivo et in vitro ............................................................. 52
6.5.3 Pourcentage de méthylation pour chaque site CpG ........................................... 54
7 Discussion et conclusion ..................................................................................................... 57
8 Liste des figures ................................................................................................................... 59
9 Liste des tableaux ................................................................................................................ 60
10 Glossaire .......................................................................................................................... 61
11 Bibliographie ................................................................................................................... 65 |
Permalink : |
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Exemplaires
![détail détail](./getgif.php?nomgif=plus)
Comparaison taxonomique et biochimique de souches de Fusarium sp. sim. NRRL 25622 avec Fusarium subglutinans [TFE / Mémoire] / BERGHMANS Marie-Pierre, . - 2008. |
Exemplaires
![détail détail](./getgif.php?nomgif=plus)
[article] Genotyping of urine samples [texte imprimé] . - 2001 . - 195 - 198. in ABTL BVLT > 3 (2001) . - 195 - 198 | ![Genotyping of urine samples vignette](./images/vide.png) |
Exemplaires (2)
|
Revue | Revue | Centre de Documentation HELHa Campus Montignies | Réserve | Consultable sur demande auprès des documentalistes Exclu du prêt |
Revue | Revue | Centre de Documentation HELHa Campus Montignies | Réserve | Consultable sur demande auprès des documentalistes Exclu du prêt |
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Mise en place d’une plateforme d’identification des lignées cellulaires par PCR Multiplex et DNA-barcoding [TFE / Mémoire] / ENOLA RICCI, Auteur . - 2013. Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français ( fre) |
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