Centre de Documentation Campus Montignies
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Lundi : 8h-18h30
Mardi : 8h-18h30
Mercredi 9h-16h30
Jeudi : 8h-18h30
Vendredi : 8h-16h30
Attention, votre centre de documentation sera fermé du 27/04 au 12/05 inclus.
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Auteur Gaelle Benini |
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Le Shallow Sequencing comme alternative à la technique de CGH dans le cadre du diagnostic prénatal / Gaelle Benini
Titre : Le Shallow Sequencing comme alternative à la technique de CGH dans le cadre du diagnostic prénatal Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Gaelle Benini, Auteur ; Gaëtane Maernoudt, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale Année de publication : 2019 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Les variations du nombre de copies (CNVs) sont des modifications qui résultent en un nombre anormal de copie d’un ou plusieurs gènes par rapport à un génome de référence. Certains de ces CNVs sont connus pour être impliqués dans de nombreuses pathologies.
La technique de CGH est habituellement utilisée dans les laboratoires pour détecter ces variations génétiques. Cette méthode utilise deux ADN différents ; un test et un contrôle, marqués par deux fluorochromes différents et qui sont hybridés de façon compétitive sur une micropuce contenant un grand nombre de petites sondes oligonucléotidiques. L’intensité de la fluorescence de l’ADN patient et de l’ADN de référence est mesurée et un rapport entre les deux fluorescences est calculé pour identifier les gains et les pertes de matériel génétique.
Les nouvelles techniques de séquençage (NGS) et, plus particulièrement la technique de Shallow Sequencing, pourrait être une alternative prometteuse à la technique de CGH pour la détection des CNVs.
En effet, cette technique est actuellement utilisée en routine à l’IPG dans le cadre du diagnostic prénatal non invasif (NIPT) dans la recherche des trisomies 13, 18 et 21 à partir d’ADN foetal circulant.
Dans la technique de Shallow Sequencing, l’ADN est d’abord fragmenté en plus petit fragments pour ensuite être amplifiés et séquencés. Des millions de petites séquences, appelées “reads”, sont générées et rassemblées bioinformatiquement sur un génome de référence pour identifier les CNVs manquants ou amplifiés.
L’objectif de ce travail est de comparer les deux méthodes (CGH et Shallow Sequencing) dans la détection des CNVs dans le cadre du diagnostic prénatal.
Pour cette comparaison, 18 patientes dont les CNVs (duplication ou délétions) ont préalablement été identifiés par la technique de CGH sur micropuce, ont été sélectionnés et testés par la technique de Shallow Sequencing.Note de contenu : REMERCIEMENTS .......................................................................................................................................................................
PRESENTATION DU LIEU DE STAGE .......................................................................................................................................... 8
INTRODUCTION GENERALE ..................................................................................................................................................... 10
1. LES VARIATIONS DU NOMBRE DE COPIES (CNV) ............................................................................................................ 13
1.1 DEFINITION .......................................................................................................................................................................... 13
1.2 CLASSIFICATION DES CNVS ..................................................................................................................................................... 13
1.2.1 Les CNVs polymorphiques ou bénins ...................................................................................................................... 13
1.2.2 Les CNVs pathogènes .............................................................................................................................................. 13
1.2.3 Les CNVs pathogènes à pénétrance incomplète et expressivité variable ............................................................... 13
1.2.4 Les CNVs à signification clinique inconnue (Variant of Unknown Significance – VOUS) ......................................... 14
1.3 CORRELATION CNVS ET PHENOTYPE ......................................................................................................................................... 14
1.4 MECANISMES DE FORMATION DES CNVS ................................................................................................................................... 14
1.4.1 Recombinaisons homologues non alléliques (NAHR) ............................................................................................. 14
1.4.2 Réunion des extrémités non homologues (NHEJ) ................................................................................................... 15
1.4.3 Blocage de la fourche de réplication et changement de matrice (FoSTeS) ............................................................. 16
2. LE DIAGNOSTIC PRENATAL ET L’ANALYSE DES CNVS A L’ECHELLE DU GENOME ............................................................. 17
2.1 LE TEST PRENATAL NON INVASIF (NIPT) ................................................................................................................................... 17
2.2 COMPARATIVE GENOMIC HYBRIDIZATION (CGH) ........................................................................................................................ 18
2.3 LA TECHNIQUE DE SHALLOW SEQUENCING ................................................................................................................................. 20
3. LIGNES DIRECTRICES D’UN TEST PRENATAL ................................................................................................................... 24
4. OBJECTIF DU TFE ............................................................................................................................................................ 25
5. MATERIEL ET METHODES ............................................................................................................................................... 27
5.1 COMPARATIVE GENOMIC HYBRIDIZATION (CGH) ........................................................................................................................ 27
5.1.1 Généralités.............................................................................................................................................................. 27
5.1.2 Matériel .................................................................................................................................................................. 27
5.1.3 Mode opératoire ..................................................................................................................................................... 28
5.2 LE SHALLOW SEQUENCING ...................................................................................................................................................... 32
5.2.1 Généralités.............................................................................................................................................................. 32
5.2.2 Matériel .................................................................................................................................................................. 32
5.2.3 Mode opératoire ..................................................................................................................................................... 33
6. RESULTATS ET DISCUSSION ............................................................................................................................................ 42
6.1 DEMARCHE SCIENTIFIQUE ....................................................................................................................................................... 42
6.2 LECTURE DES DIFFERENTS PROFILS ............................................................................................................................................ 43
6.3 COMPARAISON DES RESULTATS OBTENUS PAR LES DEUX METHODES ................................................................................................ 45
6.4 DISCUSSION ......................................................................................................................................................................... 54
CONCLUSION GENERALE ......................................................................................................................................................... 58
PERSPECTIVES ......................................................................................................................................................................... 58
TABLE DES FIGURES................................................................................................................................................................. 60
TABLES DES TABLEAUX ............................................................................................................................................................ 62
LISTE DES ABREVIATIONS ........................................................................................................................................................ 63
BIBLIOGRAPHIE ....................................................................................................................................................................... 64
ANNEXES ................................................................................................................................................................................. 68
TABLE DES ANNEXES........................................................................................................................................................................ 68
7Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=79792 Le Shallow Sequencing comme alternative à la technique de CGH dans le cadre du diagnostic prénatal [TFE / Mémoire] / Gaelle Benini, Auteur ; Gaëtane Maernoudt, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale, 2019.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : biologie médicale Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Les variations du nombre de copies (CNVs) sont des modifications qui résultent en un nombre anormal de copie d’un ou plusieurs gènes par rapport à un génome de référence. Certains de ces CNVs sont connus pour être impliqués dans de nombreuses pathologies.
La technique de CGH est habituellement utilisée dans les laboratoires pour détecter ces variations génétiques. Cette méthode utilise deux ADN différents ; un test et un contrôle, marqués par deux fluorochromes différents et qui sont hybridés de façon compétitive sur une micropuce contenant un grand nombre de petites sondes oligonucléotidiques. L’intensité de la fluorescence de l’ADN patient et de l’ADN de référence est mesurée et un rapport entre les deux fluorescences est calculé pour identifier les gains et les pertes de matériel génétique.
Les nouvelles techniques de séquençage (NGS) et, plus particulièrement la technique de Shallow Sequencing, pourrait être une alternative prometteuse à la technique de CGH pour la détection des CNVs.
En effet, cette technique est actuellement utilisée en routine à l’IPG dans le cadre du diagnostic prénatal non invasif (NIPT) dans la recherche des trisomies 13, 18 et 21 à partir d’ADN foetal circulant.
Dans la technique de Shallow Sequencing, l’ADN est d’abord fragmenté en plus petit fragments pour ensuite être amplifiés et séquencés. Des millions de petites séquences, appelées “reads”, sont générées et rassemblées bioinformatiquement sur un génome de référence pour identifier les CNVs manquants ou amplifiés.
L’objectif de ce travail est de comparer les deux méthodes (CGH et Shallow Sequencing) dans la détection des CNVs dans le cadre du diagnostic prénatal.
Pour cette comparaison, 18 patientes dont les CNVs (duplication ou délétions) ont préalablement été identifiés par la technique de CGH sur micropuce, ont été sélectionnés et testés par la technique de Shallow Sequencing.Note de contenu : REMERCIEMENTS .......................................................................................................................................................................
PRESENTATION DU LIEU DE STAGE .......................................................................................................................................... 8
INTRODUCTION GENERALE ..................................................................................................................................................... 10
1. LES VARIATIONS DU NOMBRE DE COPIES (CNV) ............................................................................................................ 13
1.1 DEFINITION .......................................................................................................................................................................... 13
1.2 CLASSIFICATION DES CNVS ..................................................................................................................................................... 13
1.2.1 Les CNVs polymorphiques ou bénins ...................................................................................................................... 13
1.2.2 Les CNVs pathogènes .............................................................................................................................................. 13
1.2.3 Les CNVs pathogènes à pénétrance incomplète et expressivité variable ............................................................... 13
1.2.4 Les CNVs à signification clinique inconnue (Variant of Unknown Significance – VOUS) ......................................... 14
1.3 CORRELATION CNVS ET PHENOTYPE ......................................................................................................................................... 14
1.4 MECANISMES DE FORMATION DES CNVS ................................................................................................................................... 14
1.4.1 Recombinaisons homologues non alléliques (NAHR) ............................................................................................. 14
1.4.2 Réunion des extrémités non homologues (NHEJ) ................................................................................................... 15
1.4.3 Blocage de la fourche de réplication et changement de matrice (FoSTeS) ............................................................. 16
2. LE DIAGNOSTIC PRENATAL ET L’ANALYSE DES CNVS A L’ECHELLE DU GENOME ............................................................. 17
2.1 LE TEST PRENATAL NON INVASIF (NIPT) ................................................................................................................................... 17
2.2 COMPARATIVE GENOMIC HYBRIDIZATION (CGH) ........................................................................................................................ 18
2.3 LA TECHNIQUE DE SHALLOW SEQUENCING ................................................................................................................................. 20
3. LIGNES DIRECTRICES D’UN TEST PRENATAL ................................................................................................................... 24
4. OBJECTIF DU TFE ............................................................................................................................................................ 25
5. MATERIEL ET METHODES ............................................................................................................................................... 27
5.1 COMPARATIVE GENOMIC HYBRIDIZATION (CGH) ........................................................................................................................ 27
5.1.1 Généralités.............................................................................................................................................................. 27
5.1.2 Matériel .................................................................................................................................................................. 27
5.1.3 Mode opératoire ..................................................................................................................................................... 28
5.2 LE SHALLOW SEQUENCING ...................................................................................................................................................... 32
5.2.1 Généralités.............................................................................................................................................................. 32
5.2.2 Matériel .................................................................................................................................................................. 32
5.2.3 Mode opératoire ..................................................................................................................................................... 33
6. RESULTATS ET DISCUSSION ............................................................................................................................................ 42
6.1 DEMARCHE SCIENTIFIQUE ....................................................................................................................................................... 42
6.2 LECTURE DES DIFFERENTS PROFILS ............................................................................................................................................ 43
6.3 COMPARAISON DES RESULTATS OBTENUS PAR LES DEUX METHODES ................................................................................................ 45
6.4 DISCUSSION ......................................................................................................................................................................... 54
CONCLUSION GENERALE ......................................................................................................................................................... 58
PERSPECTIVES ......................................................................................................................................................................... 58
TABLE DES FIGURES................................................................................................................................................................. 60
TABLES DES TABLEAUX ............................................................................................................................................................ 62
LISTE DES ABREVIATIONS ........................................................................................................................................................ 63
BIBLIOGRAPHIE ....................................................................................................................................................................... 64
ANNEXES ................................................................................................................................................................................. 68
TABLE DES ANNEXES........................................................................................................................................................................ 68
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