Centre de Documentation Campus Montignies
Horaires :
Lundi : 8h-18h30
Mardi : 8h-18h30
Mercredi 9h-16h30
Jeudi : 8h-18h30
Vendredi : 8h-16h30
Attention, votre centre de documentation sera fermé du 27/04 au 12/05 inclus.
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Auteur Alexia VERROKEN |
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Evaluation des performances du MALDI-TOF MS pour le typage de souches bactériennes dans un contexte d’épidémie hospitalière / Karim PEETERS
Titre : Evaluation des performances du MALDI-TOF MS pour le typage de souches bactériennes dans un contexte d’épidémie hospitalière Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Karim PEETERS, Auteur ; Alexia VERROKEN, Directeur de la recherche Année de publication : 2017 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale Cliniques Universitaires St Luc Laboratoire de microbiologie. Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
REMERCIEMENTS ..................................................................................................................................
PRÉSENTATION DU LIEU DE STAGE ........................................................................................................
INTRODUCTION ................................................................................................................................... 8
A. PARTIE THÉORIQUE .................................................................................................................. 13
1. SPECTROMÉTRIE DE MASSE ................................................................................................................ 13
2. MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION IONIZATION – TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY (MALDI-TOF MS) 15
2.1. MALDI (Matrix Assisted Laser Desorption Ionization) ...................................................... 15
2.2. TOF (Time Of Flight) .......................................................................................................... 16
2.3. Détecteur .......................................................................................................................... 17
2.4. Applications en microbiologie ........................................................................................... 18
2.4.1. En routine ...................................................................................................................................18
2.4.2. Typage ........................................................................................................................................19
3. LES ENTÉROBACTÉRIES PRODUCTRICES DE CARBAPÉNÉMASES (CPE) .......................................................... 21
3.1. Entérobactéries ................................................................................................................. 21
3.2. β-lactamines et carbapénèmes ......................................................................................... 22
3.3. β-lactamases et carbapénémases .................................................................................... 22
4. PSEUDOMONAS AERUGINOSA VIM ..................................................................................................... 25
4.1. Pseudomonas aeruginosa ................................................................................................. 25
4.2. VIM ................................................................................................................................... 26
B. PARTIE PRATIQUE .................................................................................................................... 29
1. BUT ET PRINCIPE ............................................................................................................................. 29
2. MATÉRIEL ...................................................................................................................................... 29
2.1. Réactifs ............................................................................................................................. 29
2.2. Logistique .......................................................................................................................... 30
3. MÉTHODE...................................................................................................................................... 31
4. RÉSULTATS ET INTERPRÉTATION .......................................................................................................... 33
4.1. Projets CPE ........................................................................................................................ 33
4.1.1. Sélection des spectres ................................................................................................................34
4.1.1.1. Projet CPE 1 ......................................................................................................................34
4.1.1.2. Projet CPE 2 ......................................................................................................................36
4.1.1.3. Projet CPE 3 ......................................................................................................................38
4.1.2. Calibration interne et comparaison des souches ........................................................................39
6
4.1.3. Confirmation ...............................................................................................................................42
4.1.4. Dendrogrammes .........................................................................................................................43
4.1.4.1. Projet CPE 1 ......................................................................................................................44
4.1.4.2. Projet CPE 2 ......................................................................................................................45
4.1.4.3. Projet CPE 3 ......................................................................................................................46
4.2. Projets VIM ....................................................................................................................... 47
4.2.1. Sélection des spectres ................................................................................................................47
4.2.1.1. Projet VIM 1 .....................................................................................................................48
4.2.1.2. Projet VIM 2 .....................................................................................................................50
4.2.1.3. Projet VIM 3 .....................................................................................................................52
4.2.2. Calibration interne et comparaison des spectres .......................................................................53
4.2.3. Dendrogrammes .........................................................................................................................57
4.2.3.1. Projet VIM 1 .....................................................................................................................58
4.2.3.2. Projet VIM 2 .....................................................................................................................60
4.2.3.3. Projet VIM 3 .....................................................................................................................62
5. DISCUSSION ................................................................................................................................... 65
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65847 Evaluation des performances du MALDI-TOF MS pour le typage de souches bactériennes dans un contexte d’épidémie hospitalière [TFE / Mémoire] / Karim PEETERS, Auteur ; Alexia VERROKEN, Directeur de la recherche . - 2017.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : biologie médicale Cliniques Universitaires St Luc Laboratoire de microbiologie. Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
REMERCIEMENTS ..................................................................................................................................
PRÉSENTATION DU LIEU DE STAGE ........................................................................................................
INTRODUCTION ................................................................................................................................... 8
A. PARTIE THÉORIQUE .................................................................................................................. 13
1. SPECTROMÉTRIE DE MASSE ................................................................................................................ 13
2. MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION IONIZATION – TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY (MALDI-TOF MS) 15
2.1. MALDI (Matrix Assisted Laser Desorption Ionization) ...................................................... 15
2.2. TOF (Time Of Flight) .......................................................................................................... 16
2.3. Détecteur .......................................................................................................................... 17
2.4. Applications en microbiologie ........................................................................................... 18
2.4.1. En routine ...................................................................................................................................18
2.4.2. Typage ........................................................................................................................................19
3. LES ENTÉROBACTÉRIES PRODUCTRICES DE CARBAPÉNÉMASES (CPE) .......................................................... 21
3.1. Entérobactéries ................................................................................................................. 21
3.2. β-lactamines et carbapénèmes ......................................................................................... 22
3.3. β-lactamases et carbapénémases .................................................................................... 22
4. PSEUDOMONAS AERUGINOSA VIM ..................................................................................................... 25
4.1. Pseudomonas aeruginosa ................................................................................................. 25
4.2. VIM ................................................................................................................................... 26
B. PARTIE PRATIQUE .................................................................................................................... 29
1. BUT ET PRINCIPE ............................................................................................................................. 29
2. MATÉRIEL ...................................................................................................................................... 29
2.1. Réactifs ............................................................................................................................. 29
2.2. Logistique .......................................................................................................................... 30
3. MÉTHODE...................................................................................................................................... 31
4. RÉSULTATS ET INTERPRÉTATION .......................................................................................................... 33
4.1. Projets CPE ........................................................................................................................ 33
4.1.1. Sélection des spectres ................................................................................................................34
4.1.1.1. Projet CPE 1 ......................................................................................................................34
4.1.1.2. Projet CPE 2 ......................................................................................................................36
4.1.1.3. Projet CPE 3 ......................................................................................................................38
4.1.2. Calibration interne et comparaison des souches ........................................................................39
6
4.1.3. Confirmation ...............................................................................................................................42
4.1.4. Dendrogrammes .........................................................................................................................43
4.1.4.1. Projet CPE 1 ......................................................................................................................44
4.1.4.2. Projet CPE 2 ......................................................................................................................45
4.1.4.3. Projet CPE 3 ......................................................................................................................46
4.2. Projets VIM ....................................................................................................................... 47
4.2.1. Sélection des spectres ................................................................................................................47
4.2.1.1. Projet VIM 1 .....................................................................................................................48
4.2.1.2. Projet VIM 2 .....................................................................................................................50
4.2.1.3. Projet VIM 3 .....................................................................................................................52
4.2.2. Calibration interne et comparaison des spectres .......................................................................53
4.2.3. Dendrogrammes .........................................................................................................................57
4.2.3.1. Projet VIM 1 .....................................................................................................................58
4.2.3.2. Projet VIM 2 .....................................................................................................................60
4.2.3.3. Projet VIM 3 .....................................................................................................................62
5. DISCUSSION ................................................................................................................................... 65
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