Centre de Documentation Campus Montignies
Horaires :
Lundi : 8h-18h30
Mardi : 8h-18h30
Mercredi 9h-16h30
Jeudi : 8h-18h30
Vendredi : 8h-16h30
Attention, votre centre de documentation sera fermé du 27/04 au 12/05 inclus.
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Auteur Marie Hallin |
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Apport du séquençage du gène ftsI pour l’étude de la résistance aux bêta-lactamines de souches invasives et non-invasives d’Haemophilus influenzae en Belgique / Fatima El Askri
Titre : Apport du séquençage du gène ftsI pour l’étude de la résistance aux bêta-lactamines de souches invasives et non-invasives d’Haemophilus influenzae en Belgique Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Fatima El Askri, Auteur ; Marie Hallin, Directeur de la recherche Année de publication : 2017 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale Centre Hospitalier St Pierre Laboratoire de biologie clinique. Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : INTRODUCTION _________________________________________________________________ 8
1.1 Caractéristiques bactériologiques ____________________________________________________ 10
1.1.1 Taxonomie et caractéristiques phénotypiques et culturales _____________________________________ 10
1.1.2 Biotypes et sérotypes ___________________________________________________________________ 11
1.2 Pathogénie ______________________________________________________________________ 12
1.2.1 Habitat naturel _________________________________________________________________________ 12
1.2.2 Développement infectieux _______________________________________________________________ 12
1.2.3 Mode de transmission ___________________________________________________________________ 13
1.2.4 Pathologies générées ____________________________________________________________________ 13
1.5 Immunisation et prophylaxie _______________________________________________________ 14
1.6 Sensibilité aux antibiotiques ________________________________________________________ 16
1.6.1 Mode d’action des bêta-lactamines _________________________________________________ 16
1.6.2 Les principaux modes de résistance aux bêta-lactamines________________________________ 17
1.6.3 Résistance acquise à d’autres classes d’antibiotiques ___________________________________ 21
OBJECTIFS _____________________________________________________________________ 22
PARTIE PRATIQUE _______________________________________________________________ 23
1. Méthodes phénotypiques ____________________________________________________ 23
1.1 Collecte des souches de travail __________________________________________________ 23
1.2 Ensemencement des souches ___________________________________________________ 23
1.3 Indentification par maldi-tof ____________________________________________________ 24
1.4 Antibiogrammes ______________________________________________________________ 27
1.5 Recherche de bêta-lactamase ___________________________________________________ 29
2. Méthodes génotypiques _____________________________________________________ 30
2.1 Extraction de l’ADN ___________________________________________________________ 30
2.2 Amplification par réaction de polymérisation en chaine (pcr) __________________________ 32
2.3 Séquençage __________________________________________________________________ 35
2.3.1 PCR DE Séquençage __________________________________________________________________ 36
2.3.2 Purification des produits d’Extension : clean-up ___________________________________________ 38
2.3.3 Utilisation du séquenceur _____________________________________________________________ 40
Résultats ______________________________________________________________________ 42
1. Démographie et épidémiologie _______________________________________________________ 42
2. Sensibilité aux bêta-lactamines _______________________________________________________ 43
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65836 Apport du séquençage du gène ftsI pour l’étude de la résistance aux bêta-lactamines de souches invasives et non-invasives d’Haemophilus influenzae en Belgique [TFE / Mémoire] / Fatima El Askri, Auteur ; Marie Hallin, Directeur de la recherche . - 2017.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : biologie médicale Centre Hospitalier St Pierre Laboratoire de biologie clinique. Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : INTRODUCTION _________________________________________________________________ 8
1.1 Caractéristiques bactériologiques ____________________________________________________ 10
1.1.1 Taxonomie et caractéristiques phénotypiques et culturales _____________________________________ 10
1.1.2 Biotypes et sérotypes ___________________________________________________________________ 11
1.2 Pathogénie ______________________________________________________________________ 12
1.2.1 Habitat naturel _________________________________________________________________________ 12
1.2.2 Développement infectieux _______________________________________________________________ 12
1.2.3 Mode de transmission ___________________________________________________________________ 13
1.2.4 Pathologies générées ____________________________________________________________________ 13
1.5 Immunisation et prophylaxie _______________________________________________________ 14
1.6 Sensibilité aux antibiotiques ________________________________________________________ 16
1.6.1 Mode d’action des bêta-lactamines _________________________________________________ 16
1.6.2 Les principaux modes de résistance aux bêta-lactamines________________________________ 17
1.6.3 Résistance acquise à d’autres classes d’antibiotiques ___________________________________ 21
OBJECTIFS _____________________________________________________________________ 22
PARTIE PRATIQUE _______________________________________________________________ 23
1. Méthodes phénotypiques ____________________________________________________ 23
1.1 Collecte des souches de travail __________________________________________________ 23
1.2 Ensemencement des souches ___________________________________________________ 23
1.3 Indentification par maldi-tof ____________________________________________________ 24
1.4 Antibiogrammes ______________________________________________________________ 27
1.5 Recherche de bêta-lactamase ___________________________________________________ 29
2. Méthodes génotypiques _____________________________________________________ 30
2.1 Extraction de l’ADN ___________________________________________________________ 30
2.2 Amplification par réaction de polymérisation en chaine (pcr) __________________________ 32
2.3 Séquençage __________________________________________________________________ 35
2.3.1 PCR DE Séquençage __________________________________________________________________ 36
2.3.2 Purification des produits d’Extension : clean-up ___________________________________________ 38
2.3.3 Utilisation du séquenceur _____________________________________________________________ 40
Résultats ______________________________________________________________________ 42
1. Démographie et épidémiologie _______________________________________________________ 42
2. Sensibilité aux bêta-lactamines _______________________________________________________ 43
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65836 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire EPIDEMIOLOGIE MOLECULAIRE AUX INFECTIONS A HELICOBACTER PYLORI EN REGION BRUXELLOISE / PAULINE MANDERLIER
Titre : EPIDEMIOLOGIE MOLECULAIRE AUX INFECTIONS A HELICOBACTER PYLORI EN REGION BRUXELLOISE Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : PAULINE MANDERLIER, Auteur ; Marie Hallin, Auteur Année de publication : 2015 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale CHU Saint Pierre Infections Helicobacter pylori Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : L’infection à H. pylori touche plus de 50 % de la population mondiale. Tous les
patients porteurs ont au minimum une gastrite. La majorité de ces patients vont rester
asymptomatiques, certains vont évoluer vers un ulcère et d’autres vont évoluer vers un cancer.
On sait que l’évolution vers un état plus pathologique comme l’ulcère ou le cancer gastrique
est influencée notamment par le génotype tel que défini par Multi Locus Sequence Typing
(MLST) et par le génotype de virulence de la souche. En effet, la présence de certains gènes
ou de certains allèles de gènes codant pour des facteurs de virulence confèrent à la bactérie
des propriétés inflammatoires élevées et sont des marqueurs prédictifs de l’apparition de
cancers gastriques (gènes cagA et vacA). Il existe par ailleurs aussi une association encore
mal élucidée entre la présence du gène cagA, le type de gène cagA, le type de gène vacA,
certaines lignées génétiques telles que définies par le MLST et l’origine ethno-géographiques
des hôtes. Bruxelles est une ville où on observe un grand brassage de populations et une
immigration d’individus porteurs de l’infection à H. pylori, acquise pendant l’enfance pour la
plupart, possiblement dans leur pays d’origine. Ce travail, inscrit dans un projet portant sur
l’étude de l’épidémiologie moléculaire aux infections à H. pylori en région bruxelloise, s’est
attaché à appliquer la technique MLST à une sélection de 42 souches représentatives de la
diversité des ethnies et des génotypes cagA et vacA observées en région bruxelloise afin de
documenter la diversité génétique des souches d’H. pylori des patients bruxellois, d’étudier le
lien éventuel avec le génotype vacA et cagA de ces souches et d’investiguer une éventuelle
corrélation entre le profil génétique des souches, l’origine ethno-géographique de ces patients
et leur clinique ; l’objectif à long terme étant de développer les techniques moléculaires visant
à permettre l’optimisation de la prise en charge des patients infectés par H. pylori et de leurs
proches. Nous avons observé par MLST une grande diversité génétique au sein des souches
d’H. pylori étudiées, diversité qui respecte l’origine ethno-géographique des patients dont
elles sont isolées. Une concordance a également été trouvée entre génotype MLST et
génotype vacA. Nous avons également exploré les génotypes de résistance portés par les
souches d’H. pylori résistantes à la clarithromycine dans cette même population bruxelloise.
La majorité présentaient la mutation A2143G Nos résultats sont concordants avec ceux
rapportés par d’autres auteurs, et nous n’avons pas observé de résistances non expliquées par
au moins une des trois mutations les plus fréquentes.Note de contenu : TABLE DES MATIÈRES
Présentation des lieux de stage: CHU Saint-‐Pierre –Centre de diagnostic moléculaire et CHU Brugmann
–
Laboratoire
de
bactériologie……………………………...5
Liste des abréviations .......................................................................................................................................... 7
Introduction………………………………………………………………………………………………………….9
1.1 Pathologie, prévalence de l’infection et enjeux de santé publique .......................................................... 9
1.2 Historique ................................................................................................................................................... 10
1.3 Taxonomie, morphologie, caractères biochimiques et croissance ......................................................... 11
1.4 Pathogénèse ................................................................................................................................................ 12
A. La protéine CagA ................................................................................................................................ 12
B. La protéine VacA ................................................................................................................................ 12
1.5 Mode de transmission et épidémiologie ................................................................................................... 13
1.6 Traitement .................................................................................................................................................. 15
A. Les différents plans thérapeutiques .................................................................................................... 15
B. La clarithromycine .............................................................................................................................. 17
C. Epidémiologie de la résistance ........................................................................................................... 18
1.7 Structure de population et épidémiologie moléculaire ........................................................................... 19
Objectifs………………………………………………………………………………………………………………21
Partie
pratique……………………………………………………………………………………………………22
BIOLOGIE MOLECULAIRE ................................................................................................................................. 22
1. Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) ............................................................................. 22
1. A. Extraction de l’ADN ....................................................................................................................... 23
1. B. Amplification
par
Réaction
de
Polymérisation
en
Chaîne
(PCR)-‐Séquençage
cyclique .......... 25
1. C. Digestion
enzymatique .................................................................................................................. 28
1. D. Electrophorèse
sur
gel
d’agarose
2
% ......................................................................................... 30
2. Multi Locus Sequence Typing (MLST) .................................................................................................... 31
2. A. Extraction de l’ADN ....................................................................................................................... 32
2. B. Amplification
par
PCR ................................................................................................................... 33
2. C. PCR
de
séquençage ........................................................................................................................ 34
2. D.
Clean-‐up
:
purification
des
produits
d’extension ........................................................................ 36
2. E. Séquençage ..................................................................................................................................... 38
2. F. Analyse
des
données ...................................................................................................................... 42
MICROBIOLOGIE ............................................................................................................................................... 43
1. Investigation des discordances observées entre les différentes méthodes de détermination de la
résistance utilisées lors d’un travail préliminaire ......................................................................................... 43
1. A. 1ère étape : repiquage des souches ................................................................................................... 43
4
1. A. 1. Matériel ....................................................................................................................................... 43
1. A. 2. Mode opératoire .......................................................................................................................... 43
1. A. 3. Technique d’isolement des souches ............................................................................................ 43
1. B. Détermination des C.M.I. ................................................................................................................ 44
1. B. 1. Principe de la bandelette E-test ................................................................................................... 45
1. B. 2. Matériel ....................................................................................................................................... 46
1. B. 3. Mode opératoire .......................................................................................................................... 46
1. C. Détermination de la résistance aux différents antibiotiques par la technique de diffusion en
disques .............................................................................................................................................................. 46
1. C. 1. Principe ........................................................................................................................................ 46
1. C. 2. Mode opératoire .......................................................................................................................... 47
Résultats……………………………………………………………………………………………………………..48
1. La résistance aux antibiotiques .................................................................................................................. 49
1. A. Vérification des discordances ......................................................................................................... 49
1. B. Génotype de résistance .................................................................................................................... 49
2. Multi Locus Sequence Typing .................................................................................................................... 50
2. A. Corrélation entre le profil génétique des souches et l’origine ethno-géographique des patients .... 52
2. B. Corrélation entre le génotype cagA et vacA (génotype de virulence) et le génotype par la
technique MLST .............................................................................................................................................. 54
Discussion…………………………………………………………………………………………………………...57
Conclusions
et
perspectives………………………………………………………………………………...59
Bibliographie .................................................................................................................................................... 60
Annexes ............................................................................................................................................................. 63
Résumé………………………………………………………………………………………………………………..65Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=64374 EPIDEMIOLOGIE MOLECULAIRE AUX INFECTIONS A HELICOBACTER PYLORI EN REGION BRUXELLOISE [TFE / Mémoire] / PAULINE MANDERLIER, Auteur ; Marie Hallin, Auteur . - 2015.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : biologie médicale CHU Saint Pierre Infections Helicobacter pylori Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : L’infection à H. pylori touche plus de 50 % de la population mondiale. Tous les
patients porteurs ont au minimum une gastrite. La majorité de ces patients vont rester
asymptomatiques, certains vont évoluer vers un ulcère et d’autres vont évoluer vers un cancer.
On sait que l’évolution vers un état plus pathologique comme l’ulcère ou le cancer gastrique
est influencée notamment par le génotype tel que défini par Multi Locus Sequence Typing
(MLST) et par le génotype de virulence de la souche. En effet, la présence de certains gènes
ou de certains allèles de gènes codant pour des facteurs de virulence confèrent à la bactérie
des propriétés inflammatoires élevées et sont des marqueurs prédictifs de l’apparition de
cancers gastriques (gènes cagA et vacA). Il existe par ailleurs aussi une association encore
mal élucidée entre la présence du gène cagA, le type de gène cagA, le type de gène vacA,
certaines lignées génétiques telles que définies par le MLST et l’origine ethno-géographiques
des hôtes. Bruxelles est une ville où on observe un grand brassage de populations et une
immigration d’individus porteurs de l’infection à H. pylori, acquise pendant l’enfance pour la
plupart, possiblement dans leur pays d’origine. Ce travail, inscrit dans un projet portant sur
l’étude de l’épidémiologie moléculaire aux infections à H. pylori en région bruxelloise, s’est
attaché à appliquer la technique MLST à une sélection de 42 souches représentatives de la
diversité des ethnies et des génotypes cagA et vacA observées en région bruxelloise afin de
documenter la diversité génétique des souches d’H. pylori des patients bruxellois, d’étudier le
lien éventuel avec le génotype vacA et cagA de ces souches et d’investiguer une éventuelle
corrélation entre le profil génétique des souches, l’origine ethno-géographique de ces patients
et leur clinique ; l’objectif à long terme étant de développer les techniques moléculaires visant
à permettre l’optimisation de la prise en charge des patients infectés par H. pylori et de leurs
proches. Nous avons observé par MLST une grande diversité génétique au sein des souches
d’H. pylori étudiées, diversité qui respecte l’origine ethno-géographique des patients dont
elles sont isolées. Une concordance a également été trouvée entre génotype MLST et
génotype vacA. Nous avons également exploré les génotypes de résistance portés par les
souches d’H. pylori résistantes à la clarithromycine dans cette même population bruxelloise.
La majorité présentaient la mutation A2143G Nos résultats sont concordants avec ceux
rapportés par d’autres auteurs, et nous n’avons pas observé de résistances non expliquées par
au moins une des trois mutations les plus fréquentes.Note de contenu : TABLE DES MATIÈRES
Présentation des lieux de stage: CHU Saint-‐Pierre –Centre de diagnostic moléculaire et CHU Brugmann
–
Laboratoire
de
bactériologie……………………………...5
Liste des abréviations .......................................................................................................................................... 7
Introduction………………………………………………………………………………………………………….9
1.1 Pathologie, prévalence de l’infection et enjeux de santé publique .......................................................... 9
1.2 Historique ................................................................................................................................................... 10
1.3 Taxonomie, morphologie, caractères biochimiques et croissance ......................................................... 11
1.4 Pathogénèse ................................................................................................................................................ 12
A. La protéine CagA ................................................................................................................................ 12
B. La protéine VacA ................................................................................................................................ 12
1.5 Mode de transmission et épidémiologie ................................................................................................... 13
1.6 Traitement .................................................................................................................................................. 15
A. Les différents plans thérapeutiques .................................................................................................... 15
B. La clarithromycine .............................................................................................................................. 17
C. Epidémiologie de la résistance ........................................................................................................... 18
1.7 Structure de population et épidémiologie moléculaire ........................................................................... 19
Objectifs………………………………………………………………………………………………………………21
Partie
pratique……………………………………………………………………………………………………22
BIOLOGIE MOLECULAIRE ................................................................................................................................. 22
1. Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) ............................................................................. 22
1. A. Extraction de l’ADN ....................................................................................................................... 23
1. B. Amplification
par
Réaction
de
Polymérisation
en
Chaîne
(PCR)-‐Séquençage
cyclique .......... 25
1. C. Digestion
enzymatique .................................................................................................................. 28
1. D. Electrophorèse
sur
gel
d’agarose
2
% ......................................................................................... 30
2. Multi Locus Sequence Typing (MLST) .................................................................................................... 31
2. A. Extraction de l’ADN ....................................................................................................................... 32
2. B. Amplification
par
PCR ................................................................................................................... 33
2. C. PCR
de
séquençage ........................................................................................................................ 34
2. D.
Clean-‐up
:
purification
des
produits
d’extension ........................................................................ 36
2. E. Séquençage ..................................................................................................................................... 38
2. F. Analyse
des
données ...................................................................................................................... 42
MICROBIOLOGIE ............................................................................................................................................... 43
1. Investigation des discordances observées entre les différentes méthodes de détermination de la
résistance utilisées lors d’un travail préliminaire ......................................................................................... 43
1. A. 1ère étape : repiquage des souches ................................................................................................... 43
4
1. A. 1. Matériel ....................................................................................................................................... 43
1. A. 2. Mode opératoire .......................................................................................................................... 43
1. A. 3. Technique d’isolement des souches ............................................................................................ 43
1. B. Détermination des C.M.I. ................................................................................................................ 44
1. B. 1. Principe de la bandelette E-test ................................................................................................... 45
1. B. 2. Matériel ....................................................................................................................................... 46
1. B. 3. Mode opératoire .......................................................................................................................... 46
1. C. Détermination de la résistance aux différents antibiotiques par la technique de diffusion en
disques .............................................................................................................................................................. 46
1. C. 1. Principe ........................................................................................................................................ 46
1. C. 2. Mode opératoire .......................................................................................................................... 47
Résultats……………………………………………………………………………………………………………..48
1. La résistance aux antibiotiques .................................................................................................................. 49
1. A. Vérification des discordances ......................................................................................................... 49
1. B. Génotype de résistance .................................................................................................................... 49
2. Multi Locus Sequence Typing .................................................................................................................... 50
2. A. Corrélation entre le profil génétique des souches et l’origine ethno-géographique des patients .... 52
2. B. Corrélation entre le génotype cagA et vacA (génotype de virulence) et le génotype par la
technique MLST .............................................................................................................................................. 54
Discussion…………………………………………………………………………………………………………...57
Conclusions
et
perspectives………………………………………………………………………………...59
Bibliographie .................................................................................................................................................... 60
Annexes ............................................................................................................................................................. 63
Résumé………………………………………………………………………………………………………………..65Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=64374 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire