Le séquençage à haut débit dans le diagnostic microbiologique / Maxime Pichon in RFL : Revue Francophone des Laboratoires, 541 (avril 2022)

Public ISBD [article]  inRFL : Revue Francophone des Laboratoires > 541 (avril 2022) . - p. 60-66 Titre : Le séquençage à haut débit dans le diagnostic microbiologique Type de document : texte imprimé Auteurs : Maxime Pichon ; Laurence Delhaes Année de publication : 2022 Article en page(s) : p. 60-66 Note générale : https://doi:10.1016/S1773-035X(22)00137-X Langues : Français (fre) Mots-clés : infectiologie  microbiologie  séquençage génome entier  séquençage à haut débit  séquençage nouvelle génération Résumé : Les applications du séquençage haut débit (NGS) en santé se sont récemment démocratisées, d’abord en recherche puis en microbiologie clinique. L’utilisation du NGS a surtout des applications en bactériologie et mycologie, principalement basées sur les marqueurs phylogénétiques documentés (régions hypervariables du 16S, 18S, ou 28S) permettant, par métataxonomie, de décrire les variations physiopathologiques des microbiotes. En métagénomique non ciblée, la comparaison des données de séquençage de génomes complets à des banques de données internationales permet de détecter une antibiorésistance génomique, souvent corrélée au phénotype de résistance. De même, différentes stratégies d’étude des facteurs de virulence ont été développées pour comparer les génomes des souches isolées en clinique à des souches de référence et ainsi analyser les îlots génomiques. Le NGS a aussi montré son efficacité à déterminer une chaîne de transmission interindividuelle, afin de remonter au patient source ou d’améliorer la prise en charge collective. L'approche métagénomique a permis de rechercher l'agent étiologique d'une infection. Malgré la prise en compte par des structures comme le Comité français d'accréditation, l’absence de standardisation limite le développement en routine de ces approches, en particulier du fait des besoins en bioinformatique. Note de contenu : Issu du dossier "Nouvelle approche de biologie moléculaire infectieuse" Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=102938 [article] Le séquençage à haut débit dans le diagnostic microbiologique [texte imprimé] / Maxime Pichon ; Laurence Delhaes . - 2022 . - p. 60-66. https://doi:10.1016/S1773-035X(22)00137-X Langues : Français (fre) in RFL : Revue Francophone des Laboratoires > 541 (avril 2022) . - p. 60-66 Mots-clés : infectiologie  microbiologie  séquençage génome entier  séquençage à haut débit  séquençage nouvelle génération Résumé : Les applications du séquençage haut débit (NGS) en santé se sont récemment démocratisées, d’abord en recherche puis en microbiologie clinique. L’utilisation du NGS a surtout des applications en bactériologie et mycologie, principalement basées sur les marqueurs phylogénétiques documentés (régions hypervariables du 16S, 18S, ou 28S) permettant, par métataxonomie, de décrire les variations physiopathologiques des microbiotes. En métagénomique non ciblée, la comparaison des données de séquençage de génomes complets à des banques de données internationales permet de détecter une antibiorésistance génomique, souvent corrélée au phénotype de résistance. De même, différentes stratégies d’étude des facteurs de virulence ont été développées pour comparer les génomes des souches isolées en clinique à des souches de référence et ainsi analyser les îlots génomiques. Le NGS a aussi montré son efficacité à déterminer une chaîne de transmission interindividuelle, afin de remonter au patient source ou d’améliorer la prise en charge collective. L'approche métagénomique a permis de rechercher l'agent étiologique d'une infection. Malgré la prise en compte par des structures comme le Comité français d'accréditation, l’absence de standardisation limite le développement en routine de ces approches, en particulier du fait des besoins en bioinformatique. Note de contenu : Issu du dossier "Nouvelle approche de biologie moléculaire infectieuse" Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=102938

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