EVALUATION D'UNE METHODE D'ANTIBIOGRAMME RAPIDE A PARTIR DES FLACONS D'HEMOCULTURE POSITIVE SELON LES RECOMMANDATIONS DE L'EUCAST / Blandine Ngongang Nana

Public ISBD Titre : EVALUATION D'UNE METHODE D'ANTIBIOGRAMME RAPIDE A PARTIR DES FLACONS D'HEMOCULTURE POSITIVE SELON LES RECOMMANDATIONS DE L'EUCAST Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Blandine Ngongang Nana, Auteur ; Nicolas Kesteman, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale Année de publication : 2019 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale  CHU  Marie Curie Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : L’étude réalisée porte sur l’évaluation d’une méthode d’antibiogramme rapide à partir des flacons d’hémocultures selon les recommandations du comité européen de l’antibiogramme (EUCAST - European Committee on Antimicrobial Susceptibility). Cette méthode appelée RAST (Rapid Antimicrobial Susceptibilité Testing) a été expérimentée sur une population de 33 hémocultures monomicrobiennes. Cette population était constituée de 18 souches d'Escherichia coli, 9 souches de Staphylococcus aureus, 5 souches de Klebsiella pneumoniae et 1 souche de Pseudomonas aeruginosa. Pour chaque flacon d'hémoculture positive, un antibiogramme a été réalisé à partir du liquide contenu du flacon. Une lecture des zones d'inhibition a été faite après 4 heures d'incubation puis une autre après 6 heures. Le germe pouvait être soit résistant, sensible ou alors de sensibilité non interprétable. Trois types de résultats ont été distingués après la lecture des antibiogrammes. Les résultats se sont donc catégorisés en « sensible ou résistant », « non interprétables » ou « illisibles ». Par la suite, une comparaison entre la méthode RAST et la méthode de référence a permis d’évaluer la concordance des résultats qui étaient sensibles ou résistants ; les autres résultats étant exclus. Les résultats des antibiogrammes des Staphylococcus aureus ont présenté 100% de concordance entre les deux méthodes. Concernant les antibiogrammes des bacilles Gram négatif étudiés, les deux méthodes ont été plus concordantes à la 6e heure qu’à la 4e heure d’incubation de la méthode RAST. Quelques cas de discordances majeures ont cependant été observés pour les antibiotiques Piperacillin-Tazobactam, Cefotaxime, Ceftazidime, Ciprofloxacin, Gentamicin et Tobramycin. La source probable de cette discordance serait le raccourcissement de la durée d’incubation. Une prolongation de la durée d’incubation à 8 heures tel que recommandé par l’EUCAST pourrait peut-être contribuer à limiter les cas de discordances observés. Note de contenu : Table des matières Remerciements 1 Présentation du lieu de stage 6 Introduction 8 I. CONTEXTE GENERAL 9 I.1. Bactériémie 9 I.1.1. Définition 9 I.1.2. Physiopathologie 9 I.1.3. Signes cliniques 11 I.1.4. Germes rencontrés 11 I.1.5. Epidémiologie 12 I.2. Hémoculture 13 I.2.1. Principe 13 I.2.2. Incubation des flacons 14 I.2.3. Prise en charge actuelle des flacons positifs 16 I.2.3.1. Examen direct et ensemencement 16 I.2.3.2. Identification des germes 16 I.2.3.3. Réalisation de l’antibiogramme conventionnel 18 II. OBJECTIFS ET STRATEGIES 20 II.1. Objectif du travail 20 II.2. Stratégie Méthode RAST 20 II.3. Revue de la littérature 21 III. MATERIELS ET METHODES 23 III.1. Matériels et appareillages 23 III.1.1. Matériels 23 III.1.2. Appareillages 25 III.2. Aspects pré-analytiques 25 III.2.1. Vérification de la stérilité de la poche de sang 25 III.2.2. Délai de la positivité des Contrôles de Qualité (CQ) 26 III.2.3. Germes exclus de l’étude 27 III.2.4. Vérification de la conformité des flacons d’hémoculture 27 III.3. Mode opératoire 28 III.3.1. Gestion des flacons d’hémoculture des patients 28 III.3.1.1. Prise en charge des flacons positifs 28 III.3.1.2. Réalisation de l’antibiogramme selon la méthode Kirby Bauer 28 III.3.1.3. Choix des disques antibiotiques 28 III.3.1.4. Lecture des antibiogrammes rapides 29 III.3.1.5. Identification des germes sur culture jeune 29 III.3.1.6. Réalisation des antibiogrammes conventionnels 30 III.3.2. Mise au point de contrôles de qualité interne 31 III.3.2.1. Préparation des contrôles de qualité internes 31 III.3.2.2. Introduction du sang de la poche transfusionnelle dans les flacons d’hémoculture de chaque souche ATCC 32 III.3.2.3. Prise en charge des flacons positifs des contrôles qualité (CQ) 32 IV. RESULTATS ET DISCUSSION 32 IV.1. Résultats 32 IV.1.1. Aspects pré-analytiques 32 IV.1.1.1. Vérification de la stérilité de la poche de sang 32 IV.1.1.2. Délai de la positivité des contrôles de qualité 33 IV.1.1.3. Vérification de la conformité des flacons d’hémoculture 34 IV.1.2. Méthode RAST 34 IV.1.2.1. Prise en charge des flacons positifs 34 IV.1.2.2. Réalisation de l’antibiogramme par la méthode du Kirby Bauer 34 IV.1.2.3. Choix des disques antibiotiques 34 IV.1.2.4. Lecture des antibiogrammes des Contrôles de qualité interne 35 IV.1.2.4.1. Staphylococcus aureus ATCC 25213 35 IV.1.2.4.2. Escherichia coli ATCC 25922 37 IV.1.2.5. Identification des germes sur culture jeune 40 IV.1.2.6. Lecture des antibiogrammes rapides (RAST) des flacons d’hémoculture des patients et comparaison avec la méthode conventionnelle 42 IV.1.2.6.1. Cocci Gram Positif en amas 42 IV.1.2.6.1.1. Lecture des antibiogrammes rapides des Cocci Gram Positif en amas 42 IV.1.2.6.1.2. Comparaison des antibiogrammes RAST et les antibiogrammes conventionnels des Cocci Gram Positif en amas 44 IV.1.2.6.2. Bacilles Gram Négatif 45 IV.1.2.6.2.1. Lecture des antibiogrammes RAST des Bacilles Gram Négatif 45 IV.1.2.6.2.2. Comparaison des antibiogrammes RAST avec les antibiogrammes conventionnels des Bacilles Gram Négatif 47 IV.2. Discussion 48 Conclusion et perspectives 50 Liste des abréviations 51 Bibliographie 53 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=79996 EVALUATION D'UNE METHODE D'ANTIBIOGRAMME RAPIDE A PARTIR DES FLACONS D'HEMOCULTURE POSITIVE SELON LES RECOMMANDATIONS DE L'EUCAST [TFE / Mémoire] / Blandine Ngongang Nana, Auteur ; Nicolas Kesteman, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale, 2019. Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale  CHU  Marie Curie Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : L’étude réalisée porte sur l’évaluation d’une méthode d’antibiogramme rapide à partir des flacons d’hémocultures selon les recommandations du comité européen de l’antibiogramme (EUCAST - European Committee on Antimicrobial Susceptibility). Cette méthode appelée RAST (Rapid Antimicrobial Susceptibilité Testing) a été expérimentée sur une population de 33 hémocultures monomicrobiennes. Cette population était constituée de 18 souches d'Escherichia coli, 9 souches de Staphylococcus aureus, 5 souches de Klebsiella pneumoniae et 1 souche de Pseudomonas aeruginosa. Pour chaque flacon d'hémoculture positive, un antibiogramme a été réalisé à partir du liquide contenu du flacon. Une lecture des zones d'inhibition a été faite après 4 heures d'incubation puis une autre après 6 heures. Le germe pouvait être soit résistant, sensible ou alors de sensibilité non interprétable. Trois types de résultats ont été distingués après la lecture des antibiogrammes. Les résultats se sont donc catégorisés en « sensible ou résistant », « non interprétables » ou « illisibles ». Par la suite, une comparaison entre la méthode RAST et la méthode de référence a permis d’évaluer la concordance des résultats qui étaient sensibles ou résistants ; les autres résultats étant exclus. Les résultats des antibiogrammes des Staphylococcus aureus ont présenté 100% de concordance entre les deux méthodes. Concernant les antibiogrammes des bacilles Gram négatif étudiés, les deux méthodes ont été plus concordantes à la 6e heure qu’à la 4e heure d’incubation de la méthode RAST. Quelques cas de discordances majeures ont cependant été observés pour les antibiotiques Piperacillin-Tazobactam, Cefotaxime, Ceftazidime, Ciprofloxacin, Gentamicin et Tobramycin. La source probable de cette discordance serait le raccourcissement de la durée d’incubation. Une prolongation de la durée d’incubation à 8 heures tel que recommandé par l’EUCAST pourrait peut-être contribuer à limiter les cas de discordances observés. Note de contenu : Table des matières Remerciements 1 Présentation du lieu de stage 6 Introduction 8 I. CONTEXTE GENERAL 9 I.1. Bactériémie 9 I.1.1. Définition 9 I.1.2. Physiopathologie 9 I.1.3. Signes cliniques 11 I.1.4. Germes rencontrés 11 I.1.5. Epidémiologie 12 I.2. Hémoculture 13 I.2.1. Principe 13 I.2.2. Incubation des flacons 14 I.2.3. Prise en charge actuelle des flacons positifs 16 I.2.3.1. Examen direct et ensemencement 16 I.2.3.2. Identification des germes 16 I.2.3.3. Réalisation de l’antibiogramme conventionnel 18 II. OBJECTIFS ET STRATEGIES 20 II.1. Objectif du travail 20 II.2. Stratégie Méthode RAST 20 II.3. Revue de la littérature 21 III. MATERIELS ET METHODES 23 III.1. Matériels et appareillages 23 III.1.1. Matériels 23 III.1.2. Appareillages 25 III.2. Aspects pré-analytiques 25 III.2.1. Vérification de la stérilité de la poche de sang 25 III.2.2. Délai de la positivité des Contrôles de Qualité (CQ) 26 III.2.3. Germes exclus de l’étude 27 III.2.4. Vérification de la conformité des flacons d’hémoculture 27 III.3. Mode opératoire 28 III.3.1. Gestion des flacons d’hémoculture des patients 28 III.3.1.1. Prise en charge des flacons positifs 28 III.3.1.2. Réalisation de l’antibiogramme selon la méthode Kirby Bauer 28 III.3.1.3. Choix des disques antibiotiques 28 III.3.1.4. Lecture des antibiogrammes rapides 29 III.3.1.5. Identification des germes sur culture jeune 29 III.3.1.6. Réalisation des antibiogrammes conventionnels 30 III.3.2. Mise au point de contrôles de qualité interne 31 III.3.2.1. Préparation des contrôles de qualité internes 31 III.3.2.2. Introduction du sang de la poche transfusionnelle dans les flacons d’hémoculture de chaque souche ATCC 32 III.3.2.3. Prise en charge des flacons positifs des contrôles qualité (CQ) 32 IV. RESULTATS ET DISCUSSION 32 IV.1. Résultats 32 IV.1.1. Aspects pré-analytiques 32 IV.1.1.1. Vérification de la stérilité de la poche de sang 32 IV.1.1.2. Délai de la positivité des contrôles de qualité 33 IV.1.1.3. Vérification de la conformité des flacons d’hémoculture 34 IV.1.2. Méthode RAST 34 IV.1.2.1. Prise en charge des flacons positifs 34 IV.1.2.2. Réalisation de l’antibiogramme par la méthode du Kirby Bauer 34 IV.1.2.3. Choix des disques antibiotiques 34 IV.1.2.4. Lecture des antibiogrammes des Contrôles de qualité interne 35 IV.1.2.4.1. Staphylococcus aureus ATCC 25213 35 IV.1.2.4.2. Escherichia coli ATCC 25922 37 IV.1.2.5. Identification des germes sur culture jeune 40 IV.1.2.6. Lecture des antibiogrammes rapides (RAST) des flacons d’hémoculture des patients et comparaison avec la méthode conventionnelle 42 IV.1.2.6.1. Cocci Gram Positif en amas 42 IV.1.2.6.1.1. Lecture des antibiogrammes rapides des Cocci Gram Positif en amas 42 IV.1.2.6.1.2. Comparaison des antibiogrammes RAST et les antibiogrammes conventionnels des Cocci Gram Positif en amas 44 IV.1.2.6.2. Bacilles Gram Négatif 45 IV.1.2.6.2.1. Lecture des antibiogrammes RAST des Bacilles Gram Négatif 45 IV.1.2.6.2.2. Comparaison des antibiogrammes RAST avec les antibiogrammes conventionnels des Bacilles Gram Négatif 47 IV.2. Discussion 48 Conclusion et perspectives 50 Liste des abréviations 51 Bibliographie 53 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=79996

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