Centre de Documentation Campus Montignies
Horaires :
Lundi : 8h-18h30
Mardi : 8h-18h30
Mercredi 9h-16h30
Jeudi : 8h-18h30
Vendredi : 8h-16h30
Votre centre de documentation fermera à 17h30 ce mardi 4 juin.
Lundi : 8h-18h30
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Auteur Gaëtane Maernoudt |
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Potentiel d’utilisation de drêche, de fibre de coco et d’écorce de fève de cacao comme substrat pour la culture de champignons saprophytes destinés à l’alimentation / Maurine Raskin
Titre : Potentiel d’utilisation de drêche, de fibre de coco et d’écorce de fève de cacao comme substrat pour la culture de champignons saprophytes destinés à l’alimentation Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Maurine Raskin, Auteur ; Gaëtane Maernoudt, Directeur de publication, rédacteur en chef Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Agronomie Année de publication : 2019 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : Agronomie AIBT le champignon de Bruxelles champignons saprophytes Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : Ce travail de fin d’études s’inscrit dans la continuité de mon stage, qui s’est déroulé durant quatre mois, au sein de la champignonnière « le Champignon de Bruxelles ». Cette étude aborde la réutilisation de coproduits organiques d’origine urbaine comme ingrédients entrant dans la composition de substrats destinés à la culture de champignons saprophytes comestibles.
L’objectif poursuivi est d’évaluer le potentiel d’utilisation de drêches de bière, de fibres de coco et d’écorces de fèves de cacao comme matières premières entrant dans
l’élaboration de ces substrats. Les recherches ont été menées sur six espèces de champignons basidiomycètes (Lentinula edodes, Pholiota nameko, Grifola frondosa,
Pleurotus eryngii, Pleurotus ostreatus, Agrocybe aegerita) cultivées par la coopérative « le Champignon de Bruxelles ».
La stratégie menée consistait à déterminer les différents paramètres pouvant influer la croissance des champignons, de préparer et traiter les substrats avant de les mettre en culture, puis de mesurer les rendements des récoltes afin de mettre en évidence les paramètres les plus probants.
Ce travail a permis de confirmer le succès des substrats à base de drêches de bières et de pellets de bois, qui s’avèrent tout à fait adaptés à la culture de champignons saprophytes. En effet, leur emploi permet une efficience de culture qui dépasse généralement l’efficience obtenue par des substrats élaborés à partir de recettes « traditionnelles ». En ce qui concerne l’utilisation de fibres de coco et d’écorces de fèves de cacao, il est encore trop tôt pour se prononcer étant donné que les substrats concernés sont toujours à l’étude.Note de contenu : Table des matières
Remerciements
Table des matières
Présentation du lieu de stage ........................................................................................... 7
Le Champignon de Bruxelles ....................................................................................... 7
Evolution de la recherche depuis les débuts de la coopérative ..................................... 9
Introduction ................................................................................................................... 11
Contexte .................................................................................................................. 12
1.1 L’agronomie urbaine ou la pratique agricole en ville ............................... 12
1.2 L’économie circulaire ............................................................................... 14
1.3 La place des champignons dans un système alimentaire durable ............. 19
1.4 Les champignons ....................................................................................... 20
1.4.1 Le règne des Fungi ................................................................................... 20
1.4.1.1 Généralités ........................................................................................... 20
1.4.1.2 Reproduction ........................................................................................ 21
1.4.1.3 Ecologie ............................................................................................... 22
1.4.2 Les Basidiomycètes .................................................................................. 23
1.4.2.1 Généralités ........................................................................................... 23
1.4.2.2 Croissance ............................................................................................ 24
1.4.2.3 Reproduction ........................................................................................ 25
1.5 La culture des Fungi .................................................................................. 27
1.5.1 Les champignons à l’accent bruxellois .................................................... 31
1.5.1.1 Shiitake (Lentinula edodes) ................................................................. 32
1.5.1.2 Nameko (Pholiota nameko) ................................................................. 32
1.5.1.3 Maitake (Grifola frondosa) .................................................................. 32
1.5.1.4 Eryngii (Pleurotus eryngii) .................................................................. 33
1.5.1.5 Pioppino (Agrocybe aegerita) .............................................................. 33
1.5.1.6 Pleurote huître (Pleurotus ostreatus) .................................................... 33
Objectifs de la recherche ........................................................................................ 34
Matériel et méthode ................................................................................................ 35
3.1 Mode « TEST » ......................................................................................... 36
3.1.1 L’objectif du mode « TEST » .................................................................. 36
3.1.2 Préparation des sacs de substrats .............................................................. 36
3.1.3 Pasteurisation ........................................................................................... 37
3.1.4 Inoculation ................................................................................................ 38
3.1.5 Incubation ................................................................................................. 38
3.1.6 Fructification ............................................................................................ 39
3.2 Mode PROD .............................................................................................. 40
3.2.1 L’objectif du mode « PROD » ................................................................. 40
3.2.2 Préparation des sacs de substrats .............................................................. 40
3.2.3 Pasteurisation ........................................................................................... 40
3.2.4 Inoculation ................................................................................................ 41
3.2.5 Incubation et fructification ....................................................................... 41
3.3 Stratégie poursuivie ................................................................................... 42
3.4 Paramètres étudiés ..................................................................................... 43
3.4.1 Facteur 1 – la proportion optimale de drêches de bière et de pellets dans le
substrat ..................................................................................................... 43
3.4.2 Facteur 2 – le taux de mycélium introduit dans le substrat ...................... 44
3.4.3 Facteur 3 – l’influence du sac .................................................................. 44
3.4.4 Facteur 4 – la proportion optimale de paille bio précoupée dans le substrat
pour un pourcentage de drêches fixé à 40% ............................................. 45
3.4.5 Facteur 5 – la proportion optimale d’écorce de fève de cacao dans le
substrat pour un pourcentage de drêches fixé à 40% ............................... 46
3.4.6 Facteur 6 – la proportion optimale de fibre de coco dans le substrat pour
un pourcentage de drêches fixé à 40% ..................................................... 47
3.4.7 Facteur 7 – l’équilibre optimal entre la fibre de coco et l’écorce de fève de
cacao dans le substrat pour un pourcentage de drêches fixée à 40% ....... 48
3.5 Méthode d’analyses ................................................................................... 49
3.5.1 Encodage des données d’expériences ...................................................... 49
3.5.2 Encodage des résultats ............................................................................. 51
3.6 Résultats obtenus ....................................................................................... 52
3.6.1 Shiitake ..................................................................................................... 52
3.6.1.1 La proportion optimale de drêches de bière et de sciure de bois dans le
substrat ................................................................................................. 52
3.6.1.2 La proportion optimale de drêches de bière et de pellets de bois dans le
substrat ................................................................................................. 54
3.6.1.3 Le pH optimal pour le substrat ............................................................ 56
3.6.1.4 Les 3 meilleures efficiences de cultures pour le Shiitake .................... 57
3.6.2 Nameko .................................................................................................... 58
3.6.2.1 La proportion optimale de drêches de bière et de sciure de bois dans le
substrat ................................................................................................. 58
3.6.2.2 L’humidité optimale du substrat .......................................................... 59
3.6.2.3 Les 3 meilleures efficiences de cultures pour le Nameko.................... 60
Discussion .............................................................................................................. 61
4.1 Shiitake ...................................................................................................... 61
4.1.1 La proportion optimale de drêches de bière et de pellets de bois dans le
substrat ..................................................................................................... 61
4.1.2 Le pH optimal pour le substrat ................................................................. 61
4.1.3 Les 3 meilleures efficiences de cultures pour le Shiitake ........................ 62
4.2 Nameko ..................................................................................................... 63
4.2.1 L’humidité optimale du substrat .............................................................. 63
4.2.2 Les 3 meilleures efficiences de cultures pour le Nameko ........................ 63
4.3 La proportion optimale de drêches de bière et de sciure de bois dans le
substrat pour la culture de Shiitake et de Nameko ...................................................... 64
Conclusions générales et perspectives ........................................................................... 65
Références bibliographiques.......................................................................................... 67
AnnexesPermalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=79739 Potentiel d’utilisation de drêche, de fibre de coco et d’écorce de fève de cacao comme substrat pour la culture de champignons saprophytes destinés à l’alimentation [TFE / Mémoire] / Maurine Raskin, Auteur ; Gaëtane Maernoudt, Directeur de publication, rédacteur en chef . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Agronomie, 2019.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Agronomie AIBT le champignon de Bruxelles champignons saprophytes Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : Ce travail de fin d’études s’inscrit dans la continuité de mon stage, qui s’est déroulé durant quatre mois, au sein de la champignonnière « le Champignon de Bruxelles ». Cette étude aborde la réutilisation de coproduits organiques d’origine urbaine comme ingrédients entrant dans la composition de substrats destinés à la culture de champignons saprophytes comestibles.
L’objectif poursuivi est d’évaluer le potentiel d’utilisation de drêches de bière, de fibres de coco et d’écorces de fèves de cacao comme matières premières entrant dans
l’élaboration de ces substrats. Les recherches ont été menées sur six espèces de champignons basidiomycètes (Lentinula edodes, Pholiota nameko, Grifola frondosa,
Pleurotus eryngii, Pleurotus ostreatus, Agrocybe aegerita) cultivées par la coopérative « le Champignon de Bruxelles ».
La stratégie menée consistait à déterminer les différents paramètres pouvant influer la croissance des champignons, de préparer et traiter les substrats avant de les mettre en culture, puis de mesurer les rendements des récoltes afin de mettre en évidence les paramètres les plus probants.
Ce travail a permis de confirmer le succès des substrats à base de drêches de bières et de pellets de bois, qui s’avèrent tout à fait adaptés à la culture de champignons saprophytes. En effet, leur emploi permet une efficience de culture qui dépasse généralement l’efficience obtenue par des substrats élaborés à partir de recettes « traditionnelles ». En ce qui concerne l’utilisation de fibres de coco et d’écorces de fèves de cacao, il est encore trop tôt pour se prononcer étant donné que les substrats concernés sont toujours à l’étude.Note de contenu : Table des matières
Remerciements
Table des matières
Présentation du lieu de stage ........................................................................................... 7
Le Champignon de Bruxelles ....................................................................................... 7
Evolution de la recherche depuis les débuts de la coopérative ..................................... 9
Introduction ................................................................................................................... 11
Contexte .................................................................................................................. 12
1.1 L’agronomie urbaine ou la pratique agricole en ville ............................... 12
1.2 L’économie circulaire ............................................................................... 14
1.3 La place des champignons dans un système alimentaire durable ............. 19
1.4 Les champignons ....................................................................................... 20
1.4.1 Le règne des Fungi ................................................................................... 20
1.4.1.1 Généralités ........................................................................................... 20
1.4.1.2 Reproduction ........................................................................................ 21
1.4.1.3 Ecologie ............................................................................................... 22
1.4.2 Les Basidiomycètes .................................................................................. 23
1.4.2.1 Généralités ........................................................................................... 23
1.4.2.2 Croissance ............................................................................................ 24
1.4.2.3 Reproduction ........................................................................................ 25
1.5 La culture des Fungi .................................................................................. 27
1.5.1 Les champignons à l’accent bruxellois .................................................... 31
1.5.1.1 Shiitake (Lentinula edodes) ................................................................. 32
1.5.1.2 Nameko (Pholiota nameko) ................................................................. 32
1.5.1.3 Maitake (Grifola frondosa) .................................................................. 32
1.5.1.4 Eryngii (Pleurotus eryngii) .................................................................. 33
1.5.1.5 Pioppino (Agrocybe aegerita) .............................................................. 33
1.5.1.6 Pleurote huître (Pleurotus ostreatus) .................................................... 33
Objectifs de la recherche ........................................................................................ 34
Matériel et méthode ................................................................................................ 35
3.1 Mode « TEST » ......................................................................................... 36
3.1.1 L’objectif du mode « TEST » .................................................................. 36
3.1.2 Préparation des sacs de substrats .............................................................. 36
3.1.3 Pasteurisation ........................................................................................... 37
3.1.4 Inoculation ................................................................................................ 38
3.1.5 Incubation ................................................................................................. 38
3.1.6 Fructification ............................................................................................ 39
3.2 Mode PROD .............................................................................................. 40
3.2.1 L’objectif du mode « PROD » ................................................................. 40
3.2.2 Préparation des sacs de substrats .............................................................. 40
3.2.3 Pasteurisation ........................................................................................... 40
3.2.4 Inoculation ................................................................................................ 41
3.2.5 Incubation et fructification ....................................................................... 41
3.3 Stratégie poursuivie ................................................................................... 42
3.4 Paramètres étudiés ..................................................................................... 43
3.4.1 Facteur 1 – la proportion optimale de drêches de bière et de pellets dans le
substrat ..................................................................................................... 43
3.4.2 Facteur 2 – le taux de mycélium introduit dans le substrat ...................... 44
3.4.3 Facteur 3 – l’influence du sac .................................................................. 44
3.4.4 Facteur 4 – la proportion optimale de paille bio précoupée dans le substrat
pour un pourcentage de drêches fixé à 40% ............................................. 45
3.4.5 Facteur 5 – la proportion optimale d’écorce de fève de cacao dans le
substrat pour un pourcentage de drêches fixé à 40% ............................... 46
3.4.6 Facteur 6 – la proportion optimale de fibre de coco dans le substrat pour
un pourcentage de drêches fixé à 40% ..................................................... 47
3.4.7 Facteur 7 – l’équilibre optimal entre la fibre de coco et l’écorce de fève de
cacao dans le substrat pour un pourcentage de drêches fixée à 40% ....... 48
3.5 Méthode d’analyses ................................................................................... 49
3.5.1 Encodage des données d’expériences ...................................................... 49
3.5.2 Encodage des résultats ............................................................................. 51
3.6 Résultats obtenus ....................................................................................... 52
3.6.1 Shiitake ..................................................................................................... 52
3.6.1.1 La proportion optimale de drêches de bière et de sciure de bois dans le
substrat ................................................................................................. 52
3.6.1.2 La proportion optimale de drêches de bière et de pellets de bois dans le
substrat ................................................................................................. 54
3.6.1.3 Le pH optimal pour le substrat ............................................................ 56
3.6.1.4 Les 3 meilleures efficiences de cultures pour le Shiitake .................... 57
3.6.2 Nameko .................................................................................................... 58
3.6.2.1 La proportion optimale de drêches de bière et de sciure de bois dans le
substrat ................................................................................................. 58
3.6.2.2 L’humidité optimale du substrat .......................................................... 59
3.6.2.3 Les 3 meilleures efficiences de cultures pour le Nameko.................... 60
Discussion .............................................................................................................. 61
4.1 Shiitake ...................................................................................................... 61
4.1.1 La proportion optimale de drêches de bière et de pellets de bois dans le
substrat ..................................................................................................... 61
4.1.2 Le pH optimal pour le substrat ................................................................. 61
4.1.3 Les 3 meilleures efficiences de cultures pour le Shiitake ........................ 62
4.2 Nameko ..................................................................................................... 63
4.2.1 L’humidité optimale du substrat .............................................................. 63
4.2.2 Les 3 meilleures efficiences de cultures pour le Nameko ........................ 63
4.3 La proportion optimale de drêches de bière et de sciure de bois dans le
substrat pour la culture de Shiitake et de Nameko ...................................................... 64
Conclusions générales et perspectives ........................................................................... 65
Références bibliographiques.......................................................................................... 67
AnnexesPermalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=79739 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Répercussions du maintien des zones ouvertes des terrils de la région de Charleroi sur le Machaon (Papilio machaon) / Eliott Leclercq
Titre : Répercussions du maintien des zones ouvertes des terrils de la région de Charleroi sur le Machaon (Papilio machaon) Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Eliott Leclercq, Auteur ; Gaëtane Maernoudt, Directeur de la recherche ; Laetitia Giordano, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Agronomie Année de publication : 2022 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : Charleroi Naturen (Chana) Index. décimale : TFE TA TFE Technologie animalière Note de contenu : Table des matières
Remerciements ........................................................................................................................
1. Introduction .......................................................................................................................... 6
2. Charleroi Nature.................................................................................................................... 7
3. Les terrils .............................................................................................................................. 8
3.1 Histoire des terrils .......................................................................................................... 8
3.2 Origine et construction ................................................................................................... 8
3.3 La réexploitation ............................................................................................................ 9
3.4 Composition géologique du terril ...................................................................................10
3.5 Transition de l’image du terril ........................................................................................11
3.6 Un milieu hostile à la vie ................................................................................................12
4. Le processus de végétalisation : la succession écologique sur les terrils ...................................14
4.1 La notion de succession écologique ................................................................................14
4.2 La succession écologique sur un terril .............................................................................15
4.2.1 Le stade pionnier : premiers signes de vie...............................................................15
4.2.2 Le stade pionnier végétal........................................................................................17
4.2.3 Pelouse sèche ........................................................................................................19
4.2.4 Stade prairie friche.................................................................................................20
4.2.5 Stade fourrés .........................................................................................................22
4.2.6 Stade climax : le boisement forestier.......................................................................23
4.2.7 Le stade forestier de la face Nord............................................................................26
4.2.8 Le cas des zones humides .......................................................................................27
4.3 Un avancement inévitable .............................................................................................29
4.4 La problématique du stade forestier ...............................................................................30
4.5 Préservation écologique de toute une série d’espèces.....................................................31
5. Les gestions..........................................................................................................................32
5.1 Les gestions de milieux ouverts ......................................................................................33
5.1.1 Principe matériel et déroulement global .................................................................34
5.2 Gestions des plantes invasives et problématiques ...........................................................35
5.2.1 But........................................................................................................................38
5.2.2 Principe de la gestion, matériel et déroulement global .............................................38
5.3 Autres méthodes de gestion existantes ..........................................................................39
6. Discussion et stratégie de ce TFE ...........................................................................................40
7. Présentation générale de l’espèce : le Machaon .....................................................................44
7.1 Taxonomie et répartition ...............................................................................................44
7.2 Description ...................................................................................................................45
7.3 Habitat et exigences écologiques ...................................................................................45
7.4 Comportement et reproduction .....................................................................................46
7.5 Cycle de vie...................................................................................................................47
7.6 Protection.....................................................................................................................49
7.7 Menaces.......................................................................................................................49
8. Protocole utilisé ...................................................................................................................51
9. Choix des zones à prospecter ................................................................................................52
10. Présentation des terrils choisis pour les inventaires et résultats ..............................................53
11. Analyse des résultats, discussion et hypothèses. ....................................................................56
12. Conclusion. ..........................................................................................................................59
13. Table des figures ..................................................................................................................61
14. Bibliographie ........................................................................................................................62
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=106157 Répercussions du maintien des zones ouvertes des terrils de la région de Charleroi sur le Machaon (Papilio machaon) [TFE / Mémoire] / Eliott Leclercq, Auteur ; Gaëtane Maernoudt, Directeur de la recherche ; Laetitia Giordano, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Agronomie, 2022.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Charleroi Naturen (Chana) Index. décimale : TFE TA TFE Technologie animalière Note de contenu : Table des matières
Remerciements ........................................................................................................................
1. Introduction .......................................................................................................................... 6
2. Charleroi Nature.................................................................................................................... 7
3. Les terrils .............................................................................................................................. 8
3.1 Histoire des terrils .......................................................................................................... 8
3.2 Origine et construction ................................................................................................... 8
3.3 La réexploitation ............................................................................................................ 9
3.4 Composition géologique du terril ...................................................................................10
3.5 Transition de l’image du terril ........................................................................................11
3.6 Un milieu hostile à la vie ................................................................................................12
4. Le processus de végétalisation : la succession écologique sur les terrils ...................................14
4.1 La notion de succession écologique ................................................................................14
4.2 La succession écologique sur un terril .............................................................................15
4.2.1 Le stade pionnier : premiers signes de vie...............................................................15
4.2.2 Le stade pionnier végétal........................................................................................17
4.2.3 Pelouse sèche ........................................................................................................19
4.2.4 Stade prairie friche.................................................................................................20
4.2.5 Stade fourrés .........................................................................................................22
4.2.6 Stade climax : le boisement forestier.......................................................................23
4.2.7 Le stade forestier de la face Nord............................................................................26
4.2.8 Le cas des zones humides .......................................................................................27
4.3 Un avancement inévitable .............................................................................................29
4.4 La problématique du stade forestier ...............................................................................30
4.5 Préservation écologique de toute une série d’espèces.....................................................31
5. Les gestions..........................................................................................................................32
5.1 Les gestions de milieux ouverts ......................................................................................33
5.1.1 Principe matériel et déroulement global .................................................................34
5.2 Gestions des plantes invasives et problématiques ...........................................................35
5.2.1 But........................................................................................................................38
5.2.2 Principe de la gestion, matériel et déroulement global .............................................38
5.3 Autres méthodes de gestion existantes ..........................................................................39
6. Discussion et stratégie de ce TFE ...........................................................................................40
7. Présentation générale de l’espèce : le Machaon .....................................................................44
7.1 Taxonomie et répartition ...............................................................................................44
7.2 Description ...................................................................................................................45
7.3 Habitat et exigences écologiques ...................................................................................45
7.4 Comportement et reproduction .....................................................................................46
7.5 Cycle de vie...................................................................................................................47
7.6 Protection.....................................................................................................................49
7.7 Menaces.......................................................................................................................49
8. Protocole utilisé ...................................................................................................................51
9. Choix des zones à prospecter ................................................................................................52
10. Présentation des terrils choisis pour les inventaires et résultats ..............................................53
11. Analyse des résultats, discussion et hypothèses. ....................................................................56
12. Conclusion. ..........................................................................................................................59
13. Table des figures ..................................................................................................................61
14. Bibliographie ........................................................................................................................62
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=106157 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Le Shallow Sequencing comme alternative à la technique de CGH dans le cadre du diagnostic prénatal / Gaelle Benini
Titre : Le Shallow Sequencing comme alternative à la technique de CGH dans le cadre du diagnostic prénatal Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Gaelle Benini, Auteur ; Gaëtane Maernoudt, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale Année de publication : 2019 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Les variations du nombre de copies (CNVs) sont des modifications qui résultent en un nombre anormal de copie d’un ou plusieurs gènes par rapport à un génome de référence. Certains de ces CNVs sont connus pour être impliqués dans de nombreuses pathologies.
La technique de CGH est habituellement utilisée dans les laboratoires pour détecter ces variations génétiques. Cette méthode utilise deux ADN différents ; un test et un contrôle, marqués par deux fluorochromes différents et qui sont hybridés de façon compétitive sur une micropuce contenant un grand nombre de petites sondes oligonucléotidiques. L’intensité de la fluorescence de l’ADN patient et de l’ADN de référence est mesurée et un rapport entre les deux fluorescences est calculé pour identifier les gains et les pertes de matériel génétique.
Les nouvelles techniques de séquençage (NGS) et, plus particulièrement la technique de Shallow Sequencing, pourrait être une alternative prometteuse à la technique de CGH pour la détection des CNVs.
En effet, cette technique est actuellement utilisée en routine à l’IPG dans le cadre du diagnostic prénatal non invasif (NIPT) dans la recherche des trisomies 13, 18 et 21 à partir d’ADN foetal circulant.
Dans la technique de Shallow Sequencing, l’ADN est d’abord fragmenté en plus petit fragments pour ensuite être amplifiés et séquencés. Des millions de petites séquences, appelées “reads”, sont générées et rassemblées bioinformatiquement sur un génome de référence pour identifier les CNVs manquants ou amplifiés.
L’objectif de ce travail est de comparer les deux méthodes (CGH et Shallow Sequencing) dans la détection des CNVs dans le cadre du diagnostic prénatal.
Pour cette comparaison, 18 patientes dont les CNVs (duplication ou délétions) ont préalablement été identifiés par la technique de CGH sur micropuce, ont été sélectionnés et testés par la technique de Shallow Sequencing.Note de contenu : REMERCIEMENTS .......................................................................................................................................................................
PRESENTATION DU LIEU DE STAGE .......................................................................................................................................... 8
INTRODUCTION GENERALE ..................................................................................................................................................... 10
1. LES VARIATIONS DU NOMBRE DE COPIES (CNV) ............................................................................................................ 13
1.1 DEFINITION .......................................................................................................................................................................... 13
1.2 CLASSIFICATION DES CNVS ..................................................................................................................................................... 13
1.2.1 Les CNVs polymorphiques ou bénins ...................................................................................................................... 13
1.2.2 Les CNVs pathogènes .............................................................................................................................................. 13
1.2.3 Les CNVs pathogènes à pénétrance incomplète et expressivité variable ............................................................... 13
1.2.4 Les CNVs à signification clinique inconnue (Variant of Unknown Significance – VOUS) ......................................... 14
1.3 CORRELATION CNVS ET PHENOTYPE ......................................................................................................................................... 14
1.4 MECANISMES DE FORMATION DES CNVS ................................................................................................................................... 14
1.4.1 Recombinaisons homologues non alléliques (NAHR) ............................................................................................. 14
1.4.2 Réunion des extrémités non homologues (NHEJ) ................................................................................................... 15
1.4.3 Blocage de la fourche de réplication et changement de matrice (FoSTeS) ............................................................. 16
2. LE DIAGNOSTIC PRENATAL ET L’ANALYSE DES CNVS A L’ECHELLE DU GENOME ............................................................. 17
2.1 LE TEST PRENATAL NON INVASIF (NIPT) ................................................................................................................................... 17
2.2 COMPARATIVE GENOMIC HYBRIDIZATION (CGH) ........................................................................................................................ 18
2.3 LA TECHNIQUE DE SHALLOW SEQUENCING ................................................................................................................................. 20
3. LIGNES DIRECTRICES D’UN TEST PRENATAL ................................................................................................................... 24
4. OBJECTIF DU TFE ............................................................................................................................................................ 25
5. MATERIEL ET METHODES ............................................................................................................................................... 27
5.1 COMPARATIVE GENOMIC HYBRIDIZATION (CGH) ........................................................................................................................ 27
5.1.1 Généralités.............................................................................................................................................................. 27
5.1.2 Matériel .................................................................................................................................................................. 27
5.1.3 Mode opératoire ..................................................................................................................................................... 28
5.2 LE SHALLOW SEQUENCING ...................................................................................................................................................... 32
5.2.1 Généralités.............................................................................................................................................................. 32
5.2.2 Matériel .................................................................................................................................................................. 32
5.2.3 Mode opératoire ..................................................................................................................................................... 33
6. RESULTATS ET DISCUSSION ............................................................................................................................................ 42
6.1 DEMARCHE SCIENTIFIQUE ....................................................................................................................................................... 42
6.2 LECTURE DES DIFFERENTS PROFILS ............................................................................................................................................ 43
6.3 COMPARAISON DES RESULTATS OBTENUS PAR LES DEUX METHODES ................................................................................................ 45
6.4 DISCUSSION ......................................................................................................................................................................... 54
CONCLUSION GENERALE ......................................................................................................................................................... 58
PERSPECTIVES ......................................................................................................................................................................... 58
TABLE DES FIGURES................................................................................................................................................................. 60
TABLES DES TABLEAUX ............................................................................................................................................................ 62
LISTE DES ABREVIATIONS ........................................................................................................................................................ 63
BIBLIOGRAPHIE ....................................................................................................................................................................... 64
ANNEXES ................................................................................................................................................................................. 68
TABLE DES ANNEXES........................................................................................................................................................................ 68
7Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=79792 Le Shallow Sequencing comme alternative à la technique de CGH dans le cadre du diagnostic prénatal [TFE / Mémoire] / Gaelle Benini, Auteur ; Gaëtane Maernoudt, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale, 2019.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : biologie médicale Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Les variations du nombre de copies (CNVs) sont des modifications qui résultent en un nombre anormal de copie d’un ou plusieurs gènes par rapport à un génome de référence. Certains de ces CNVs sont connus pour être impliqués dans de nombreuses pathologies.
La technique de CGH est habituellement utilisée dans les laboratoires pour détecter ces variations génétiques. Cette méthode utilise deux ADN différents ; un test et un contrôle, marqués par deux fluorochromes différents et qui sont hybridés de façon compétitive sur une micropuce contenant un grand nombre de petites sondes oligonucléotidiques. L’intensité de la fluorescence de l’ADN patient et de l’ADN de référence est mesurée et un rapport entre les deux fluorescences est calculé pour identifier les gains et les pertes de matériel génétique.
Les nouvelles techniques de séquençage (NGS) et, plus particulièrement la technique de Shallow Sequencing, pourrait être une alternative prometteuse à la technique de CGH pour la détection des CNVs.
En effet, cette technique est actuellement utilisée en routine à l’IPG dans le cadre du diagnostic prénatal non invasif (NIPT) dans la recherche des trisomies 13, 18 et 21 à partir d’ADN foetal circulant.
Dans la technique de Shallow Sequencing, l’ADN est d’abord fragmenté en plus petit fragments pour ensuite être amplifiés et séquencés. Des millions de petites séquences, appelées “reads”, sont générées et rassemblées bioinformatiquement sur un génome de référence pour identifier les CNVs manquants ou amplifiés.
L’objectif de ce travail est de comparer les deux méthodes (CGH et Shallow Sequencing) dans la détection des CNVs dans le cadre du diagnostic prénatal.
Pour cette comparaison, 18 patientes dont les CNVs (duplication ou délétions) ont préalablement été identifiés par la technique de CGH sur micropuce, ont été sélectionnés et testés par la technique de Shallow Sequencing.Note de contenu : REMERCIEMENTS .......................................................................................................................................................................
PRESENTATION DU LIEU DE STAGE .......................................................................................................................................... 8
INTRODUCTION GENERALE ..................................................................................................................................................... 10
1. LES VARIATIONS DU NOMBRE DE COPIES (CNV) ............................................................................................................ 13
1.1 DEFINITION .......................................................................................................................................................................... 13
1.2 CLASSIFICATION DES CNVS ..................................................................................................................................................... 13
1.2.1 Les CNVs polymorphiques ou bénins ...................................................................................................................... 13
1.2.2 Les CNVs pathogènes .............................................................................................................................................. 13
1.2.3 Les CNVs pathogènes à pénétrance incomplète et expressivité variable ............................................................... 13
1.2.4 Les CNVs à signification clinique inconnue (Variant of Unknown Significance – VOUS) ......................................... 14
1.3 CORRELATION CNVS ET PHENOTYPE ......................................................................................................................................... 14
1.4 MECANISMES DE FORMATION DES CNVS ................................................................................................................................... 14
1.4.1 Recombinaisons homologues non alléliques (NAHR) ............................................................................................. 14
1.4.2 Réunion des extrémités non homologues (NHEJ) ................................................................................................... 15
1.4.3 Blocage de la fourche de réplication et changement de matrice (FoSTeS) ............................................................. 16
2. LE DIAGNOSTIC PRENATAL ET L’ANALYSE DES CNVS A L’ECHELLE DU GENOME ............................................................. 17
2.1 LE TEST PRENATAL NON INVASIF (NIPT) ................................................................................................................................... 17
2.2 COMPARATIVE GENOMIC HYBRIDIZATION (CGH) ........................................................................................................................ 18
2.3 LA TECHNIQUE DE SHALLOW SEQUENCING ................................................................................................................................. 20
3. LIGNES DIRECTRICES D’UN TEST PRENATAL ................................................................................................................... 24
4. OBJECTIF DU TFE ............................................................................................................................................................ 25
5. MATERIEL ET METHODES ............................................................................................................................................... 27
5.1 COMPARATIVE GENOMIC HYBRIDIZATION (CGH) ........................................................................................................................ 27
5.1.1 Généralités.............................................................................................................................................................. 27
5.1.2 Matériel .................................................................................................................................................................. 27
5.1.3 Mode opératoire ..................................................................................................................................................... 28
5.2 LE SHALLOW SEQUENCING ...................................................................................................................................................... 32
5.2.1 Généralités.............................................................................................................................................................. 32
5.2.2 Matériel .................................................................................................................................................................. 32
5.2.3 Mode opératoire ..................................................................................................................................................... 33
6. RESULTATS ET DISCUSSION ............................................................................................................................................ 42
6.1 DEMARCHE SCIENTIFIQUE ....................................................................................................................................................... 42
6.2 LECTURE DES DIFFERENTS PROFILS ............................................................................................................................................ 43
6.3 COMPARAISON DES RESULTATS OBTENUS PAR LES DEUX METHODES ................................................................................................ 45
6.4 DISCUSSION ......................................................................................................................................................................... 54
CONCLUSION GENERALE ......................................................................................................................................................... 58
PERSPECTIVES ......................................................................................................................................................................... 58
TABLE DES FIGURES................................................................................................................................................................. 60
TABLES DES TABLEAUX ............................................................................................................................................................ 62
LISTE DES ABREVIATIONS ........................................................................................................................................................ 63
BIBLIOGRAPHIE ....................................................................................................................................................................... 64
ANNEXES ................................................................................................................................................................................. 68
TABLE DES ANNEXES........................................................................................................................................................................ 68
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