Caractérisation de la capacité des rhizobactéries à solubiliser des formes de phosphore peu biodisponibles pour les plantes à l’aide de tests in vitro / Quentin VANWEZEL

Public ISBD Titre : Caractérisation de la capacité des rhizobactéries à solubiliser des formes de phosphore peu biodisponibles pour les plantes à l’aide de tests in vitro Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Quentin VANWEZEL, Auteur ; Jonathan Scauflaire, Directeur de publication, rédacteur en chef Année de publication : 2017 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : Agronomie  AIBT  Gembloux Agro-Bio Tech Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : Le milieu agricole cherche des solutions pour endiguer l’épuisement progressif des sources fossiles de phosphates par apports d’engrais. En parallèle, il a été observé que certaines bactéries étaient capables de solubiliser le phosphate du sol pour le rendre accessible aux plantes. Ce travail de fin d’études aborde donc la solubilisation de sources de phosphore peu biodisponibles pour les plantes par des Bactéries qui aident à la croissance des plantes (PGPR). Cette étude est effectuée sur des souches bactériennes en culture in vitro. Chaque manipulation est effectuée sur un milieu riche contenant une source de phosphore inaccessible à la plante : le phosphate de calcium ou l’hydroxyapatite. Pour chaque souche, on suit sa croissance bactérienne, sa concentration de phosphate solubilisé, ainsi que son pH durant 72h. Les résultats observés permettent de conclure que la plupart des souches solubilisent les sources de phosphore, avec ou sans acidification du milieu. Il y a donc plusieurs mécanismes de solubilisation qui entrent en compte. Cette approche permettant une accessibilité du phosphate pour les plantes grâce aux rhizobactéries mérite donc d’être approfondie. Note de contenu : Table des matières Remerciements : ...................................................................................................... 2 Table des matières : ................................................................................................. 3 Présentation du lieu de stage ................................................................................... 5 Introduction générale .............................................................................................. 6 Partie Théorique ...................................................................................................... 7 Chapitre 1 : Vers une agriculture durable ................................................................. 7 Chapitre 2 : Le Phosphore ........................................................................................ 8 2.1 Cycle du phosphore ......................................................................................................... 8 2.2 Phosphore dans le sol ...................................................................................................... 9 2.3 Besoins de la plante en phosphore ............................................................................... 10 Chapitre 3 : Agriculture et phosphates ................................................................... 10 Chapitre 4 : Flore microbienne racinaire................................................................. 11 3.1 Rhizosphère et interactions ........................................................................................... 11 3.2 PGPR .............................................................................................................................. 12 3.3 PSB ................................................................................................................................ 14 3.3.1 Solubilisation du phosphate. .................................................................................. 14 3.3.2. Milieux utilisés pour étudier cette solubilisation. .................................................. 17 Chapitre 5 : Objectifs et stratégie ........................................................................... 18 Partie Pratique ....................................................................................................... 19 Matériel et méthode ........................................................................................................... 19 Résultats et discussion ........................................................................................................ 22 Facteur a ......................................................................................................................... 22 Phosphate de calcium comme source de phosphore ...................................................... 23 Manipulation 1 : première répétition avec le phosphate de Calcium ............................. 23 Manipulation 2 : deuxième répétition avec le phosphate de calcium ............................. 27 Conclusion intermédiaire et comparaison des 2 manipulations...................................... 30 Hydroxyapatite comme source de phosphore ................................................................ 30 Manipulation 3 : première répétition avec l’hydroxyapatite........................................... 31 Manipulation 4 : deuxième répétition avec l’hydroxyapatite.......................................... 34 Conclusion intermédiaire 2 et comparaison des résultats des 2 manipulations ............. 37 Tableau récapitulatif des résultats .................................................................................. 37 Conclusion et perspectives ..................................................................................... 39 Bibliographie : ........................................................................................................ 41 Annexes : ............................................................................................................... 42 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65888 Caractérisation de la capacité des rhizobactéries à solubiliser des formes de phosphore peu biodisponibles pour les plantes à l’aide de tests in vitro [TFE / Mémoire] / Quentin VANWEZEL, Auteur ; Jonathan Scauflaire, Directeur de publication, rédacteur en chef . - 2017. Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : Agronomie  AIBT  Gembloux Agro-Bio Tech Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : Le milieu agricole cherche des solutions pour endiguer l’épuisement progressif des sources fossiles de phosphates par apports d’engrais. En parallèle, il a été observé que certaines bactéries étaient capables de solubiliser le phosphate du sol pour le rendre accessible aux plantes. Ce travail de fin d’études aborde donc la solubilisation de sources de phosphore peu biodisponibles pour les plantes par des Bactéries qui aident à la croissance des plantes (PGPR). Cette étude est effectuée sur des souches bactériennes en culture in vitro. Chaque manipulation est effectuée sur un milieu riche contenant une source de phosphore inaccessible à la plante : le phosphate de calcium ou l’hydroxyapatite. Pour chaque souche, on suit sa croissance bactérienne, sa concentration de phosphate solubilisé, ainsi que son pH durant 72h. Les résultats observés permettent de conclure que la plupart des souches solubilisent les sources de phosphore, avec ou sans acidification du milieu. Il y a donc plusieurs mécanismes de solubilisation qui entrent en compte. Cette approche permettant une accessibilité du phosphate pour les plantes grâce aux rhizobactéries mérite donc d’être approfondie. Note de contenu : Table des matières Remerciements : ...................................................................................................... 2 Table des matières : ................................................................................................. 3 Présentation du lieu de stage ................................................................................... 5 Introduction générale .............................................................................................. 6 Partie Théorique ...................................................................................................... 7 Chapitre 1 : Vers une agriculture durable ................................................................. 7 Chapitre 2 : Le Phosphore ........................................................................................ 8 2.1 Cycle du phosphore ......................................................................................................... 8 2.2 Phosphore dans le sol ...................................................................................................... 9 2.3 Besoins de la plante en phosphore ............................................................................... 10 Chapitre 3 : Agriculture et phosphates ................................................................... 10 Chapitre 4 : Flore microbienne racinaire................................................................. 11 3.1 Rhizosphère et interactions ........................................................................................... 11 3.2 PGPR .............................................................................................................................. 12 3.3 PSB ................................................................................................................................ 14 3.3.1 Solubilisation du phosphate. .................................................................................. 14 3.3.2. Milieux utilisés pour étudier cette solubilisation. .................................................. 17 Chapitre 5 : Objectifs et stratégie ........................................................................... 18 Partie Pratique ....................................................................................................... 19 Matériel et méthode ........................................................................................................... 19 Résultats et discussion ........................................................................................................ 22 Facteur a ......................................................................................................................... 22 Phosphate de calcium comme source de phosphore ...................................................... 23 Manipulation 1 : première répétition avec le phosphate de Calcium ............................. 23 Manipulation 2 : deuxième répétition avec le phosphate de calcium ............................. 27 Conclusion intermédiaire et comparaison des 2 manipulations...................................... 30 Hydroxyapatite comme source de phosphore ................................................................ 30 Manipulation 3 : première répétition avec l’hydroxyapatite........................................... 31 Manipulation 4 : deuxième répétition avec l’hydroxyapatite.......................................... 34 Conclusion intermédiaire 2 et comparaison des résultats des 2 manipulations ............. 37 Tableau récapitulatif des résultats .................................................................................. 37 Conclusion et perspectives ..................................................................................... 39 Bibliographie : ........................................................................................................ 41 Annexes : ............................................................................................................... 42 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65888

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Communication bactérienne inter-espèces : stimulation du potentiel antibiotique de Bacillus amyloliquefaciens par Pseudomonas sp. / Nicolas Berthaux

Public ISBD Titre : Communication bactérienne inter-espèces : stimulation du potentiel antibiotique de Bacillus amyloliquefaciens par Pseudomonas sp. Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Nicolas Berthaux, Auteur ; Jonathan Scauflaire, Directeur de publication, rédacteur en chef Année de publication : 2017 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : Agronomie  AIBT  Gembloux agro bio-tech Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : L’exploitation non durable des surfaces agricoles a des conséquences catastrophiques sur l’environnement et les êtres vivants malgré le fait qu’elle puisse cultiver des plantes dans des conditions favorables. L’utilisation abusive de pesticides et de produits phytosanitaires entraîne des lessivages et des ruissellements polluants considérablement l’eau et le sol. Heureusement, des scientifiques tentent d’apporter des solutions à ce type de problématique, par l’introduction de la lutte biologique dans la gestion des systèmes agricoles. Ceci permettant d’endiguer les maladies causées aux végétaux. Des organismes possédants de telles caractéristiques sont qualifiés d’agents de biocontrôle. Ce travail de fin d’études s’est intéressé sur le règne des Monères et plus particulièrement à Bacillus amyloliquefaciens. Il s’agit d’une espèce bactérienne aux propriétés étonnantes et particulièrement intéressantes, grâce à la production de métabolites secondaires permettant l’inhibition de certains agents pathogènes. Concernant la recherche proprement dite, les travaux réalisés se sont axés sur plusieurs souches couplées avec différents surnageants de Pseudomonas. En émettant l’hypothèse que certains d’entre eux pourraient stimuler positivement la production de métabolites secondaires chez Bacillus amyloliquefaciens. Ces expériences ont été réalisées en milieu liquide et solide sur base de l’élaboration, la mise en place et la standardisation d’un protocole. Le but étant de faire un screening avec la souche S499 de cette espèce bactérienne. Pour arriver à cela, quatre bactéries pathogènes ont été choisies et testées pour mettre en évidence ces interactions : Pseudomonas syringae DC3000, Erwinia carotovora, Clavibacter michiganensis ainsi que Xanthomonas campestris. La sélection de plusieurs surnageant de Pseudomonas sp a permis ensuite de tester diverses expériences sur plusieurs souches de Bacillus amyloliquefaciens : S499, QST713, 98S, FZB42 et GA1. Cette sélection ayant pour but de déterminer le surnageant qui possède le pouvoir de stimulation le plus intéressant et par après de trouver la ou les molécules inhibitrices surexprimées. Note de contenu : Table des matières Remerciements Présentation du lieu de stage Introduction Partie théorique 1. La rhizosphère ................................................................................................................................. 4 2. Les agents de biocontrôle ............................................................................................................... 5 3. PGPR ................................................................................................................................................ 6 4. Bacillus amyloliquefaciens ............................................................................................................... 7 4.1 Bacillus amyloliquefaciens S499 .............................................................................................. 8 5. Phytopathogène .............................................................................................................................. 9 5.1 Erwinia carotovora ................................................................................................................ 10 5.2 Clavibacter michiganensis ..................................................................................................... 11 5.3 Xanthomonas Campestris...................................................................................................... 11 5.4 Pseudomonas syringae DC3000 ............................................................................................ 12 6. Les métabolites secondaires ......................................................................................................... 13 6.1 Bactériocines ......................................................................................................................... 13 6.2 Les polykétides ...................................................................................................................... 14 6.3 Lipopeptides .......................................................................................................................... 15 6.3.1 La surfactine .................................................................................................................. 17 6.3.2 L’iturine .......................................................................................................................... 18 6.3.3 La fengycine ................................................................................................................... 18 Objectif et stratégie 1. Objectifs et stratégie ..................................................................................................................... 20 Matériel et méthode 1. Matériel ......................................................................................................................................... 22 Spectramax M2...................................................................................................................... 22 1.2 Spectrophotomètre VWR V-1200 .......................................................................................... 23 1.3 UPLC Acquity H waters .......................................................................................................... 24 2. Méthode ........................................................................................................................................ 27 Protocole de screening sur Bacillus amyloliquefaciens S499 ................................................ 27 2.1.1 J-3 .................................................................................................................................. 28 2.1.2 J0 .................................................................................................................................... 29 2.1.3 J+1 .................................................................................................................................. 33 2.1.4 J+2 .................................................................................................................................. 33 Résultats 1. Screening d’une banque de souches de Pseudomonas sp pour leur potentiel de stimulation de l’activité antibactérienne de Bacillus amyloliquefaciens ...................................................................... 37 1.1 Activité antibiotique produite par les colonies de S499 sur milieu gélosé ........................... 37 1.2 Activité antibiotique des molécules produites par S499 ....................................................... 38 1.2.1 Test antibactérien sur milieu gélosé RE ½ ..................................................................... 39 1.2.2 Inhibition de croissance en milieu liquide ..................................................................... 39 1.2.2.1 Densité optique finale en microplaque ..................................................................... 39 1.2.2.2 Cinétique de croissance au Spectramax avec sept surnageants de co-cultures ....... 42 2. Effet stimulant des extraits de Pseudomonas sp les plus actifs sur l’activité antibiotique de cinq souches de Bacillus amyloliquefaciens .................................................................................................. 45 2.1 Stimulation des trois extraits de Pseudomonas sp sur les cinq souches de Bacillus amyloliquefaciens .............................................................................................................................. 46 3. Stimulation de l’activité antibactérienne de la souche QST713 co-cultivée en présence de Pseudomonas sp A.214 .......................................................................................................................... 48 4. Identification des composés antibiotiques stimulés chez Bacillus amyloliquefaciens QST713 .... 53 4.1 Analyse des extraits bruts par UPLC-MS ............................................................................... 53 4.2 Fractionnement sur C18 et corrélation entre l’activité antibactérienne et leur contenu en oxy-difficidine ou autre ..................................................................................................................... 55 4.2.1 Test sur milieu gélosé RE ½ en puits des fractions éluées sur C18 ............................... 55 4.2.2 Test des fractions en microplaque vis-à-vis des 4 bactéries pathogènes ..................... 57 4.3 Cinétique d’accumulation des métabolites et RTqPCR sur les gènes oxy-difficidine et ercine S 59 Conclusion 1. Conclusion ..................................................................................................................................... 63 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65869 Communication bactérienne inter-espèces : stimulation du potentiel antibiotique de Bacillus amyloliquefaciens par Pseudomonas sp. [TFE / Mémoire] / Nicolas Berthaux, Auteur ; Jonathan Scauflaire, Directeur de publication, rédacteur en chef . - 2017. Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : Agronomie  AIBT  Gembloux agro bio-tech Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : L’exploitation non durable des surfaces agricoles a des conséquences catastrophiques sur l’environnement et les êtres vivants malgré le fait qu’elle puisse cultiver des plantes dans des conditions favorables. L’utilisation abusive de pesticides et de produits phytosanitaires entraîne des lessivages et des ruissellements polluants considérablement l’eau et le sol. Heureusement, des scientifiques tentent d’apporter des solutions à ce type de problématique, par l’introduction de la lutte biologique dans la gestion des systèmes agricoles. Ceci permettant d’endiguer les maladies causées aux végétaux. Des organismes possédants de telles caractéristiques sont qualifiés d’agents de biocontrôle. Ce travail de fin d’études s’est intéressé sur le règne des Monères et plus particulièrement à Bacillus amyloliquefaciens. Il s’agit d’une espèce bactérienne aux propriétés étonnantes et particulièrement intéressantes, grâce à la production de métabolites secondaires permettant l’inhibition de certains agents pathogènes. Concernant la recherche proprement dite, les travaux réalisés se sont axés sur plusieurs souches couplées avec différents surnageants de Pseudomonas. En émettant l’hypothèse que certains d’entre eux pourraient stimuler positivement la production de métabolites secondaires chez Bacillus amyloliquefaciens. Ces expériences ont été réalisées en milieu liquide et solide sur base de l’élaboration, la mise en place et la standardisation d’un protocole. Le but étant de faire un screening avec la souche S499 de cette espèce bactérienne. Pour arriver à cela, quatre bactéries pathogènes ont été choisies et testées pour mettre en évidence ces interactions : Pseudomonas syringae DC3000, Erwinia carotovora, Clavibacter michiganensis ainsi que Xanthomonas campestris. La sélection de plusieurs surnageant de Pseudomonas sp a permis ensuite de tester diverses expériences sur plusieurs souches de Bacillus amyloliquefaciens : S499, QST713, 98S, FZB42 et GA1. Cette sélection ayant pour but de déterminer le surnageant qui possède le pouvoir de stimulation le plus intéressant et par après de trouver la ou les molécules inhibitrices surexprimées. Note de contenu : Table des matières Remerciements Présentation du lieu de stage Introduction Partie théorique 1. La rhizosphère ................................................................................................................................. 4 2. Les agents de biocontrôle ............................................................................................................... 5 3. PGPR ................................................................................................................................................ 6 4. Bacillus amyloliquefaciens ............................................................................................................... 7 4.1 Bacillus amyloliquefaciens S499 .............................................................................................. 8 5. Phytopathogène .............................................................................................................................. 9 5.1 Erwinia carotovora ................................................................................................................ 10 5.2 Clavibacter michiganensis ..................................................................................................... 11 5.3 Xanthomonas Campestris...................................................................................................... 11 5.4 Pseudomonas syringae DC3000 ............................................................................................ 12 6. Les métabolites secondaires ......................................................................................................... 13 6.1 Bactériocines ......................................................................................................................... 13 6.2 Les polykétides ...................................................................................................................... 14 6.3 Lipopeptides .......................................................................................................................... 15 6.3.1 La surfactine .................................................................................................................. 17 6.3.2 L’iturine .......................................................................................................................... 18 6.3.3 La fengycine ................................................................................................................... 18 Objectif et stratégie 1. Objectifs et stratégie ..................................................................................................................... 20 Matériel et méthode 1. Matériel ......................................................................................................................................... 22 Spectramax M2...................................................................................................................... 22 1.2 Spectrophotomètre VWR V-1200 .......................................................................................... 23 1.3 UPLC Acquity H waters .......................................................................................................... 24 2. Méthode ........................................................................................................................................ 27 Protocole de screening sur Bacillus amyloliquefaciens S499 ................................................ 27 2.1.1 J-3 .................................................................................................................................. 28 2.1.2 J0 .................................................................................................................................... 29 2.1.3 J+1 .................................................................................................................................. 33 2.1.4 J+2 .................................................................................................................................. 33 Résultats 1. Screening d’une banque de souches de Pseudomonas sp pour leur potentiel de stimulation de l’activité antibactérienne de Bacillus amyloliquefaciens ...................................................................... 37 1.1 Activité antibiotique produite par les colonies de S499 sur milieu gélosé ........................... 37 1.2 Activité antibiotique des molécules produites par S499 ....................................................... 38 1.2.1 Test antibactérien sur milieu gélosé RE ½ ..................................................................... 39 1.2.2 Inhibition de croissance en milieu liquide ..................................................................... 39 1.2.2.1 Densité optique finale en microplaque ..................................................................... 39 1.2.2.2 Cinétique de croissance au Spectramax avec sept surnageants de co-cultures ....... 42 2. Effet stimulant des extraits de Pseudomonas sp les plus actifs sur l’activité antibiotique de cinq souches de Bacillus amyloliquefaciens .................................................................................................. 45 2.1 Stimulation des trois extraits de Pseudomonas sp sur les cinq souches de Bacillus amyloliquefaciens .............................................................................................................................. 46 3. Stimulation de l’activité antibactérienne de la souche QST713 co-cultivée en présence de Pseudomonas sp A.214 .......................................................................................................................... 48 4. Identification des composés antibiotiques stimulés chez Bacillus amyloliquefaciens QST713 .... 53 4.1 Analyse des extraits bruts par UPLC-MS ............................................................................... 53 4.2 Fractionnement sur C18 et corrélation entre l’activité antibactérienne et leur contenu en oxy-difficidine ou autre ..................................................................................................................... 55 4.2.1 Test sur milieu gélosé RE ½ en puits des fractions éluées sur C18 ............................... 55 4.2.2 Test des fractions en microplaque vis-à-vis des 4 bactéries pathogènes ..................... 57 4.3 Cinétique d’accumulation des métabolites et RTqPCR sur les gènes oxy-difficidine et ercine S 59 Conclusion 1. Conclusion ..................................................................................................................................... 63 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65869

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Contribution au développement de tests de PCR en temps réel pour l’authentification de produits dérivés d’insectes / Martin Dupont

Public ISBD Titre : Contribution au développement de tests de PCR en temps réel pour l’authentification de produits dérivés d’insectes Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Martin Dupont, Auteur ; Jonathan Scauflaire, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Agronomie Année de publication : 2021 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : L’utilisation d’insectes comestibles comme source de protéines est de plus en plus répandue en alimentation humaine et animale. En Europe, 7 espèces d’insectes sont autorisées dans l’alimentation animale en tant que protéines animales transformées (PAT) et 5 espèces d’insectes sont tolérées en Belgique en tant que « novel-food » pour la consommation humaine. C’est pourquoi, des méthodes d’authentification des produits sont requises. L’objectif de ce travail est de contribuer au développement de tests PCR en temps réel visant la détection d’insectes en général ou spécifique à une espèce. Les espèces ciblées étant Gryllodes sigillatus, Bombyx mori et Ephestia kuehniella. Différentes stratégies ont été utilisées au cours de ce travail. La première a été de rechercher des tests PCR dans la littérature et d’évaluer leur potentiel. C’est le cas pour les cibles visant la détection des insectes développées par Köppel (2019) dont l’évaluation sur base d’alignement de séquences et d’un test PCR en SYBR® Green 1 a montré des problèmes de détection pour certains insectes dont Hermetia illucens. L’utilisation de ces cibles et la possibilité de passer ces tests en PCR en temps réel avec sonde ont été abandonnées. Cette stratégie a également été utilisée pour le test PCR visant la détection spécifique de Gryllodes sigillatus qui provient également de la littérature. Le fragment d’ADN ciblé par les amorces développées par Daniso (2020) a permis le placement d’une sonde Taqman™ et donc de passer ce test en PCR en temps réel avec sonde. Les concentrations en amorces et sonde ont fait l’objet d’une optimisation. L’évaluation de la spécificité de la cible GS1 pour la détection spécifique de Gryllodes sigillatus a été concluante. Sur les 42 espèces d’insectes, 43 autres animaux et les 7 plantes testées, seules 2 espèces montrent des aspécificités mais avec des signaux tardifs. Ces aspécificités ne devraient donc pas poser de problème étant donné que ces valeurs de Ct sont obtenues avec une forte concentration en ADN dans la réaction. La seconde stratégie a été de développer un nouveau test de PCR en temps réel car aucun test n’était référencé dans la littérature. Un test de PCR en temps réel visant la détection spécifique d’Ephestia kuehniella a été développé à partir des séquences disponibles dans la base de données NCBI. Les concentrations en amorces et sonde ont fait l’objet d’une optimisation. L’évaluation de la spécificité de la cible dénommée FSTK-per a été concluante. Aucune aspécificité n’a été détectée sur les 91 autres espèces testées comprenant des insectes, d’autres animaux et des plantes. L’applicabilité de la méthode a pu être démontrée. Enfin, l’évaluation d’un test de PCR en temps réel pour la détection de Bombyx mori déjà développé au niveau du CRA-W a été réalisée. Avant de commencer l’évaluation de la cible, les concentrations en amorces et sonde ont fait l’objet d’une optimisation. Le test de spécificité réalisé sur 42 espèces d’insectes, 43 autres animaux et 7 plantes, a montré une aspécificité avec Phyrrocoris apterus. Cette aspécificité n’a pas pu être vérifiée « in silico » à cause du manque de séquences disponibles pour cette espèce. Afin de vérifier qu’il y a un réel manque de spécificité de la cible Bombyx-cad, d’autres échantillons de cette espèce devraient être analysés. Les critères de performance du test PCR ont été atteints au niveau de l’efficience, de la sensibilité et de la robustesse. L’applicabilité de la méthode a également pu être démontrée. Note de contenu : Table des matières Remerciements _____________________________________________________________ 4 Présentation du lieu de stage _________________________________________________ 7 Introduction _______________________________________________________________ 9 Contexte général_______________________________________________________ 10 Théorie à propos des insectes ________________________________________________ 10 1.1. Généralités _______________________________________________________________________ 10 1.2. Classification _____________________________________________________________________ 11 1.3. Consommation ____________________________________________________________________ 13 1.4. Législation _______________________________________________________________________ 14 1.5. Fabrication _______________________________________________________________________ 17 Biologie moléculaire _______________________________________________________ 18 Principe des techniques _____________________________________________________ 19 3.1. Techniques d’extraction de l’ADN _____________________________________________________ 19 3.2. Technique d’évaluation de l’ADN extrait : La spectrophotométrie ___________________________ 19 3.3. Techniques d’amplification de l’ADN __________________________________________________ 20 Objectif et stratégie ____________________________________________________ 27 Matériel et méthodes ___________________________________________________ 28 1. Visualisation de l’ensemble des étapes de travail ________________________________ 28 2. Procédure organisationnelle _________________________________________________ 29 2.1. Organisation des locaux_____________________________________________________________ 29 2.2. Précautions ______________________________________________________________________ 30 3. Analyse bioinformatique ____________________________________________________ 30 3.1. Collecte de séquences nucléotidiques _________________________________________________ 31 3.2. Alignement globaux des séquences ___________________________________________________ 31 3.3. Visualisation de la région cible pour les amorces et sondes ________________________________ 31 3.4. Design des amorces et sondes _______________________________________________________ 31 4. Analyse des échantillons ____________________________________________________ 32 4.1. Réception des échantillons __________________________________________________________ 32 4.2. Broyage des échantillons ____________________________________________________________ 33 4.3. Prises d’essai _____________________________________________________________________ 33 4.4. Extraction de l’ADN au CTAB _________________________________________________________ 34 4.5. Quantification des acides nucléiques __________________________________________________ 35 4.6. Analyse par PCR en temps réel _______________________________________________________ 36 4.7. Test d’optimisation ________________________________________________________________ 37 5. Analyse des performances __________________________________________________ 38 5.1. Evaluation de la spécificité __________________________________________________________ 38 5.2. Détermination du nombre de copies par PCR digitale _____________________________________ 38 5.3. Evaluation de l’efficience ____________________________________________________________ 39 5.4. Evaluation de la sensibilité __________________________________________________________ 40 5.5. Evaluation de la robustesse __________________________________________________________ 41 5.6. Test d’applicabilité _________________________________________________________________ 42 Résultats et discussion __________________________________________________ 43 1. Description des recherches bibliographiques____________________________________ 43 1.1. Cible visant la détection des insectes nommée Ins3 ______________________________________ 43 1.2. Cible visant la détection spécifique de Gryllodes sigillatus nommée GS1 ______________________ 48 1.3. Cible visant la détection spécifique d’Ephestia kuehniella nommée FSTK-per __________________ 49 2. Test d’optimisation ________________________________________________________ 50 2.1. Cible visant la détection spécifique de Gryllodes sigillatus nommée GS1 ______________________ 50 2.2. Cible visant la détection spécifique de Bombyx mori nommée Bombyx-cad ___________________ 51 2.3. Cible visant la détection spécifique d’Ephestia kuehniella nommée FSTK-per __________________ 52 2.4. Récapitulatif des concentrations finales utilisées_________________________________________ 53 3. Evaluation des performances ________________________________________________ 53 3.1. Évaluation de la spécificité des méthodes de PCR en temps réel ____________________________ 53 3.2. Détermination du nombre de copies par PCR digitale _____________________________________ 60 3.3. Efficience ________________________________________________________________________ 61 3.4. Evaluation de la sensibilité __________________________________________________________ 61 3.5. Robustesse _______________________________________________________________________ 63 4. Test d’applicabilité_________________________________________________________ 64 4.1. Cible visant la détection spécifique de Bombyx mori nommée Bombyx-cad ___________________ 64 4.2. Cible visant la détection spécifique d’Ephestia kuehniella nommée FSTK-per __________________ 65 Conclusion générale et perspectives ___________________________________________ 66 Liste des tableaux, des figures, des abréviations, des symboles _____________________ 68 Liste des tableaux _________________________________________________________ 68 2. Liste des figures ___________________________________________________________ 69 3. Liste des abréviations ______________________________________________________ 71 4. Liste des symboles _________________________________________________________ 72 Bibliographie ______________________________________________________________ 73 Annexe __________________________________________________________________ 78 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=105984 Contribution au développement de tests de PCR en temps réel pour l’authentification de produits dérivés d’insectes [TFE / Mémoire] / Martin Dupont, Auteur ; Jonathan Scauflaire, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Agronomie, 2021. Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : L’utilisation d’insectes comestibles comme source de protéines est de plus en plus répandue en alimentation humaine et animale. En Europe, 7 espèces d’insectes sont autorisées dans l’alimentation animale en tant que protéines animales transformées (PAT) et 5 espèces d’insectes sont tolérées en Belgique en tant que « novel-food » pour la consommation humaine. C’est pourquoi, des méthodes d’authentification des produits sont requises. L’objectif de ce travail est de contribuer au développement de tests PCR en temps réel visant la détection d’insectes en général ou spécifique à une espèce. Les espèces ciblées étant Gryllodes sigillatus, Bombyx mori et Ephestia kuehniella. Différentes stratégies ont été utilisées au cours de ce travail. La première a été de rechercher des tests PCR dans la littérature et d’évaluer leur potentiel. C’est le cas pour les cibles visant la détection des insectes développées par Köppel (2019) dont l’évaluation sur base d’alignement de séquences et d’un test PCR en SYBR® Green 1 a montré des problèmes de détection pour certains insectes dont Hermetia illucens. L’utilisation de ces cibles et la possibilité de passer ces tests en PCR en temps réel avec sonde ont été abandonnées. Cette stratégie a également été utilisée pour le test PCR visant la détection spécifique de Gryllodes sigillatus qui provient également de la littérature. Le fragment d’ADN ciblé par les amorces développées par Daniso (2020) a permis le placement d’une sonde Taqman™ et donc de passer ce test en PCR en temps réel avec sonde. Les concentrations en amorces et sonde ont fait l’objet d’une optimisation. L’évaluation de la spécificité de la cible GS1 pour la détection spécifique de Gryllodes sigillatus a été concluante. Sur les 42 espèces d’insectes, 43 autres animaux et les 7 plantes testées, seules 2 espèces montrent des aspécificités mais avec des signaux tardifs. Ces aspécificités ne devraient donc pas poser de problème étant donné que ces valeurs de Ct sont obtenues avec une forte concentration en ADN dans la réaction. La seconde stratégie a été de développer un nouveau test de PCR en temps réel car aucun test n’était référencé dans la littérature. Un test de PCR en temps réel visant la détection spécifique d’Ephestia kuehniella a été développé à partir des séquences disponibles dans la base de données NCBI. Les concentrations en amorces et sonde ont fait l’objet d’une optimisation. L’évaluation de la spécificité de la cible dénommée FSTK-per a été concluante. Aucune aspécificité n’a été détectée sur les 91 autres espèces testées comprenant des insectes, d’autres animaux et des plantes. L’applicabilité de la méthode a pu être démontrée. Enfin, l’évaluation d’un test de PCR en temps réel pour la détection de Bombyx mori déjà développé au niveau du CRA-W a été réalisée. Avant de commencer l’évaluation de la cible, les concentrations en amorces et sonde ont fait l’objet d’une optimisation. Le test de spécificité réalisé sur 42 espèces d’insectes, 43 autres animaux et 7 plantes, a montré une aspécificité avec Phyrrocoris apterus. Cette aspécificité n’a pas pu être vérifiée « in silico » à cause du manque de séquences disponibles pour cette espèce. Afin de vérifier qu’il y a un réel manque de spécificité de la cible Bombyx-cad, d’autres échantillons de cette espèce devraient être analysés. Les critères de performance du test PCR ont été atteints au niveau de l’efficience, de la sensibilité et de la robustesse. L’applicabilité de la méthode a également pu être démontrée. Note de contenu : Table des matières Remerciements _____________________________________________________________ 4 Présentation du lieu de stage _________________________________________________ 7 Introduction _______________________________________________________________ 9 Contexte général_______________________________________________________ 10 Théorie à propos des insectes ________________________________________________ 10 1.1. Généralités _______________________________________________________________________ 10 1.2. Classification _____________________________________________________________________ 11 1.3. Consommation ____________________________________________________________________ 13 1.4. Législation _______________________________________________________________________ 14 1.5. Fabrication _______________________________________________________________________ 17 Biologie moléculaire _______________________________________________________ 18 Principe des techniques _____________________________________________________ 19 3.1. Techniques d’extraction de l’ADN _____________________________________________________ 19 3.2. Technique d’évaluation de l’ADN extrait : La spectrophotométrie ___________________________ 19 3.3. Techniques d’amplification de l’ADN __________________________________________________ 20 Objectif et stratégie ____________________________________________________ 27 Matériel et méthodes ___________________________________________________ 28 1. Visualisation de l’ensemble des étapes de travail ________________________________ 28 2. Procédure organisationnelle _________________________________________________ 29 2.1. Organisation des locaux_____________________________________________________________ 29 2.2. Précautions ______________________________________________________________________ 30 3. Analyse bioinformatique ____________________________________________________ 30 3.1. Collecte de séquences nucléotidiques _________________________________________________ 31 3.2. Alignement globaux des séquences ___________________________________________________ 31 3.3. Visualisation de la région cible pour les amorces et sondes ________________________________ 31 3.4. Design des amorces et sondes _______________________________________________________ 31 4. Analyse des échantillons ____________________________________________________ 32 4.1. Réception des échantillons __________________________________________________________ 32 4.2. Broyage des échantillons ____________________________________________________________ 33 4.3. Prises d’essai _____________________________________________________________________ 33 4.4. Extraction de l’ADN au CTAB _________________________________________________________ 34 4.5. Quantification des acides nucléiques __________________________________________________ 35 4.6. Analyse par PCR en temps réel _______________________________________________________ 36 4.7. Test d’optimisation ________________________________________________________________ 37 5. Analyse des performances __________________________________________________ 38 5.1. Evaluation de la spécificité __________________________________________________________ 38 5.2. Détermination du nombre de copies par PCR digitale _____________________________________ 38 5.3. Evaluation de l’efficience ____________________________________________________________ 39 5.4. Evaluation de la sensibilité __________________________________________________________ 40 5.5. Evaluation de la robustesse __________________________________________________________ 41 5.6. Test d’applicabilité _________________________________________________________________ 42 Résultats et discussion __________________________________________________ 43 1. Description des recherches bibliographiques____________________________________ 43 1.1. Cible visant la détection des insectes nommée Ins3 ______________________________________ 43 1.2. Cible visant la détection spécifique de Gryllodes sigillatus nommée GS1 ______________________ 48 1.3. Cible visant la détection spécifique d’Ephestia kuehniella nommée FSTK-per __________________ 49 2. Test d’optimisation ________________________________________________________ 50 2.1. Cible visant la détection spécifique de Gryllodes sigillatus nommée GS1 ______________________ 50 2.2. Cible visant la détection spécifique de Bombyx mori nommée Bombyx-cad ___________________ 51 2.3. Cible visant la détection spécifique d’Ephestia kuehniella nommée FSTK-per __________________ 52 2.4. Récapitulatif des concentrations finales utilisées_________________________________________ 53 3. Evaluation des performances ________________________________________________ 53 3.1. Évaluation de la spécificité des méthodes de PCR en temps réel ____________________________ 53 3.2. Détermination du nombre de copies par PCR digitale _____________________________________ 60 3.3. Efficience ________________________________________________________________________ 61 3.4. Evaluation de la sensibilité __________________________________________________________ 61 3.5. Robustesse _______________________________________________________________________ 63 4. Test d’applicabilité_________________________________________________________ 64 4.1. Cible visant la détection spécifique de Bombyx mori nommée Bombyx-cad ___________________ 64 4.2. Cible visant la détection spécifique d’Ephestia kuehniella nommée FSTK-per __________________ 65 Conclusion générale et perspectives ___________________________________________ 66 Liste des tableaux, des figures, des abréviations, des symboles _____________________ 68 Liste des tableaux _________________________________________________________ 68 2. Liste des figures ___________________________________________________________ 69 3. Liste des abréviations ______________________________________________________ 71 4. Liste des symboles _________________________________________________________ 72 Bibliographie ______________________________________________________________ 73 Annexe __________________________________________________________________ 78 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=105984

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Détermination du sex-ratio en Wallonie (2014-2019) et des critères de sexage des pulli Grands-ducs d’Europe (Bubo bubo) en fonction des mensurations / Helene De Wouters De Bouchout

Public ISBD Titre : Détermination du sex-ratio en Wallonie (2014-2019) et des critères de sexage des pulli Grands-ducs d’Europe (Bubo bubo) en fonction des mensurations Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Helene De Wouters De Bouchout, Auteur ; Jonathan Scauflaire, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Agronomie Année de publication : 2020 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : Agronomie  TA  Museum – Institut royal des Sciences naturelle de Belgique Index. décimale : TFE TA TFE Technologie animalière Résumé : Roi de la nuit ou messager de la mort, le Grand-duc d’Europe est un symbole mythique depuis la nuit des temps. Ses premières traces dans nos régions est une illustration dans la grotte Chauvet en Auvergne. Représentant la sagesse dans l’Antiquité grecque, compagnon des sorcières au Moyen-Age, cloué sur les portes pour éloigner les mauvais sorts et chassé au fusil jusqu’au siècle passé, il a récupéré une réputation positive grâce à la saga d’Harry Potter, messager de bonnes nouvelles. La population des Grands-ducs est proportionnelle à l’image de sa réputation. Après avoir totalement disparu de la Belgique, ce hibou est actuellement bien installé en Wallonie. Malgré la croissance de cette espèce, celle-ci reste très peu connue. Le Grand-duc est un animal discret qui n’apprécie pas être trop proche de l’homme. En Belgique, le baguage des oiseaux a pour but le suivi des populations et migrations. Lors du baguage des pulli Grands-ducs, le bagueur prend un maximum d’informations sur le poussin afin de compléter une fiche conservée à l’Institut Royal des Sciences Naturelles de Belgique à Bruxelles. Sexer le pullus est impossible à ce jour car les jeunes n’ont pas de dimorphisme sexuel. Le but de ce travail est de déterminer le sex-ratio des pulli Grands-ducs en Wallonie entre 2014 et 2019 et d’essayer de définir le poids et les mensurations de l’aile moyens pour les mâles et les femelles afin de sexer le jeune. Pour l’analyse du travail, l’Institut a envoyé 189 échantillons de plumes. Note de contenu : Table des matières Remerciements............................................................................................................... 3 Introduction générale..................................................................................................... 6 1 Présentation du lieu de stage .................................................................................. 8 2 Présentation de l’espèce Bubo bubo ..................................................................... 10 2.1 Identification du Grand-duc d’Europe............................................................ 10 2.1.1 Classification.............................................................................................. 10 2.1.2 Aspects morphologiques........................................................................... 10 2.1.3 Plumes et plumage.................................................................................... 14 2.1.4 Mue ........................................................................................................... 17 2.1.5 Cris ............................................................................................................. 19 2.1.6 Vol.............................................................................................................. 20 2.2 Évolution......................................................................................................... 20 2.3 Répartition et effectif ..................................................................................... 21 2.4 Écologie et habitat.......................................................................................... 22 2.4.1 Territoire.................................................................................................... 23 2.4.2 Sites de nidification ................................................................................... 23 2.5 Biologie reproductive ..................................................................................... 25 2.5.1 Ponte et incubation ................................................................................... 25 2.5.2 Élevage des jeunes .................................................................................... 25 2.6 Régime alimentaire......................................................................................... 26 2.6.1 Mode de chasse......................................................................................... 26 2.6.2 Alimentation.............................................................................................. 27 2.7 Menaces.......................................................................................................... 27 2.7.1 Conservation et protection ....................................................................... 29 3 Identification du faucon pèlerin (Falco peregrinus) .............................................. 31 4 Identification du Tétras lyre (Tetrao tetrix) ........................................................... 32 5 Sexage ADN à partir d’une plume d’oiseau ........................................................... 33 6 Partie pratique ....................................................................................................... 35 6.1 Inventaire des spécimens de Grands-ducs, de faucons pèlerins et de tétras lyres ........................................................................................................................ 35 6.2 Tri de spécimens frais de Grands-ducs et de faucons pèlerins ...................... 35 6.3 Mensuration des Grands-ducs........................................................................ 36 6.4 Préparation et tri des échantillons de plumes de Grands-ducs ..................... 37 6.5 Recherche internet des firmes effectuant un sexage ADN ............................ 38 6.6 Commande des sexages ADN de plumes Grands-ducs et résultats............... 38 6.7 Analyse sex-ratio des pulli Grands-ducs en fonction du temps sur base du sexage ADN ........................................................................................................................ 39 6.8 Analyse des critères des déterminations du sexe des pulli Grands-ducs en fonction des mensurations des ailes et des poids................................................................ 43 Conclusion de l'étude ................................................................................................... 47 7 Glossaire................................................................................................................. 48 8 Bibliographie .......................................................................................................... 52 9 Liste des figures...................................................................................................... 55 10 Annexes .............................................................................................................. 57 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=89191 Détermination du sex-ratio en Wallonie (2014-2019) et des critères de sexage des pulli Grands-ducs d’Europe (Bubo bubo) en fonction des mensurations [TFE / Mémoire] / Helene De Wouters De Bouchout, Auteur ; Jonathan Scauflaire, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Agronomie, 2020. Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : Agronomie  TA  Museum – Institut royal des Sciences naturelle de Belgique Index. décimale : TFE TA TFE Technologie animalière Résumé : Roi de la nuit ou messager de la mort, le Grand-duc d’Europe est un symbole mythique depuis la nuit des temps. Ses premières traces dans nos régions est une illustration dans la grotte Chauvet en Auvergne. Représentant la sagesse dans l’Antiquité grecque, compagnon des sorcières au Moyen-Age, cloué sur les portes pour éloigner les mauvais sorts et chassé au fusil jusqu’au siècle passé, il a récupéré une réputation positive grâce à la saga d’Harry Potter, messager de bonnes nouvelles. La population des Grands-ducs est proportionnelle à l’image de sa réputation. Après avoir totalement disparu de la Belgique, ce hibou est actuellement bien installé en Wallonie. Malgré la croissance de cette espèce, celle-ci reste très peu connue. Le Grand-duc est un animal discret qui n’apprécie pas être trop proche de l’homme. En Belgique, le baguage des oiseaux a pour but le suivi des populations et migrations. Lors du baguage des pulli Grands-ducs, le bagueur prend un maximum d’informations sur le poussin afin de compléter une fiche conservée à l’Institut Royal des Sciences Naturelles de Belgique à Bruxelles. Sexer le pullus est impossible à ce jour car les jeunes n’ont pas de dimorphisme sexuel. Le but de ce travail est de déterminer le sex-ratio des pulli Grands-ducs en Wallonie entre 2014 et 2019 et d’essayer de définir le poids et les mensurations de l’aile moyens pour les mâles et les femelles afin de sexer le jeune. Pour l’analyse du travail, l’Institut a envoyé 189 échantillons de plumes. Note de contenu : Table des matières Remerciements............................................................................................................... 3 Introduction générale..................................................................................................... 6 1 Présentation du lieu de stage .................................................................................. 8 2 Présentation de l’espèce Bubo bubo ..................................................................... 10 2.1 Identification du Grand-duc d’Europe............................................................ 10 2.1.1 Classification.............................................................................................. 10 2.1.2 Aspects morphologiques........................................................................... 10 2.1.3 Plumes et plumage.................................................................................... 14 2.1.4 Mue ........................................................................................................... 17 2.1.5 Cris ............................................................................................................. 19 2.1.6 Vol.............................................................................................................. 20 2.2 Évolution......................................................................................................... 20 2.3 Répartition et effectif ..................................................................................... 21 2.4 Écologie et habitat.......................................................................................... 22 2.4.1 Territoire.................................................................................................... 23 2.4.2 Sites de nidification ................................................................................... 23 2.5 Biologie reproductive ..................................................................................... 25 2.5.1 Ponte et incubation ................................................................................... 25 2.5.2 Élevage des jeunes .................................................................................... 25 2.6 Régime alimentaire......................................................................................... 26 2.6.1 Mode de chasse......................................................................................... 26 2.6.2 Alimentation.............................................................................................. 27 2.7 Menaces.......................................................................................................... 27 2.7.1 Conservation et protection ....................................................................... 29 3 Identification du faucon pèlerin (Falco peregrinus) .............................................. 31 4 Identification du Tétras lyre (Tetrao tetrix) ........................................................... 32 5 Sexage ADN à partir d’une plume d’oiseau ........................................................... 33 6 Partie pratique ....................................................................................................... 35 6.1 Inventaire des spécimens de Grands-ducs, de faucons pèlerins et de tétras lyres ........................................................................................................................ 35 6.2 Tri de spécimens frais de Grands-ducs et de faucons pèlerins ...................... 35 6.3 Mensuration des Grands-ducs........................................................................ 36 6.4 Préparation et tri des échantillons de plumes de Grands-ducs ..................... 37 6.5 Recherche internet des firmes effectuant un sexage ADN ............................ 38 6.6 Commande des sexages ADN de plumes Grands-ducs et résultats............... 38 6.7 Analyse sex-ratio des pulli Grands-ducs en fonction du temps sur base du sexage ADN ........................................................................................................................ 39 6.8 Analyse des critères des déterminations du sexe des pulli Grands-ducs en fonction des mensurations des ailes et des poids................................................................ 43 Conclusion de l'étude ................................................................................................... 47 7 Glossaire................................................................................................................. 48 8 Bibliographie .......................................................................................................... 52 9 Liste des figures...................................................................................................... 55 10 Annexes .............................................................................................................. 57 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=89191

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Développement d'une méthode in vitro d'isolation et de sélection de Bacillus actifs contre Z. tritici et F. graminearum / Florent Beaucaire

Public ISBD Titre : Développement d'une méthode in vitro d'isolation et de sélection de Bacillus actifs contre Z. tritici et F. graminearum Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Florent Beaucaire, Auteur ; Jonathan Scauflaire, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Agronomie Année de publication : 2021 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : blé tendre  UCL  Institut de recherche ELI  Earth and Life Institute Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : La culture du Blé tendre (Triticum aestivum ) est la plus importante de Wallonie avec près de 18% des surface agricole utilisable qui lui étaient destiné en 2015 (ULiège, 2020). Malheureusement, dans nos régions cette culture est fortement touchée par de nombreuses maladies. On retrouve notamment le piétin-échaudage (Gaeumannomyces graminis var. tritici) et le piétin-verse (Oculimacula yallundae, Oculimacula acuformis) qui s’attaquent aux racines et aux tiges, mais aussi des maladies foliaires comme la septoriose (Zymoseptoria tritici), différentes rouilles (Puccinia recondita, Puccinia striiformis), l’oidium (Blumeria graminis), l’helminthosporiose (Pyrenophora tritici-repentis) ou encore des maladies de l’épi comme la fusariose (Fusarium sp. et Microdochium sp.) (Livre blanc, 2020). Parmi ces maladies, la fusariose et la septoriose sont les deux plus problématiques dans nos régions. Elles peuvent provoquer à elles seules des pertes de rendement allant de 8 à 19% en fonction des conditions climatiques de la saison culturale (Livre blanc, 2021). A l’heure actuelle, le principal moyen de lutte contre ces maladies est l’utilisation de produits phytopharmaceutiques de synthèse (PPS). Cependant, ils ont déjà montré leurs limites tant en termes d’apparition de résistance qu’en termes d’impact négatif pour la santé et l’environnement. C’est dans l’optique de trouver une alternative à ces produits que le projet ANTAGINIST a vu le jour. En effet, Il a pour but d’étudier les microorganismes associés aux cultures de céréales afin d’utiliser leur potentiel en vue de développer de nouvelles stratégies écologiques et durables de protection de ces cultures. La réalisation de ce TFE s’inscrit dans ce projet et a pour objectif de développer une méthodologie permettant une identification rapide in vitro de Bacillus actif contre les 2 pathogènes principaux du blé cité plus haut. Une fois la méthodologie développée, elle pourrait être ajustée à d’autres microorganismes (comme les pseudomonas) ou encore à d’autres pathogènes (comme la tavelure des pommiers) et ainsi permettre d’accélérer les recherches de luttes écologiques contre ces derniers. Note de contenu : Table des matières Liste d’abréviations........................................................................................................... 3 Remerciements.................................................................................................................. 5 Table des matières ............................................................................................................ 6 Description du lieu de stage :............................................................................................ 9 Introduction....................................................................................................................... 9 1 La culture des céréales en Wallonie....................................................................... 11 2 Les maladies du blé................................................................................................ 13 3 La septoriose .......................................................................................................... 14 3.1 Description de la maladie ............................................................................... 14 3.2 Résistance aux fongicides............................................................................... 17 4 La Fusariose ........................................................................................................... 18 4.1 Description de la maladie ............................................................................... 18 4.2 Mycotoxines ................................................................................................... 19 5 Stratégies actuelles de contrôle des maladies ........................................................ 22 5.1 Lutte chimique ................................................................................................ 22 5.2 Avantages et inconvénients des produits phytopharmaceutiques de synthèse23 6 La lutte intégrée dans l’union européenne ............................................................. 24 6.1 Leviers agronomiques..................................................................................... 25 6.2 Le biocontrôle................................................................................................. 25 7 Le groupe Bacillus ................................................................................................. 28 7.1 Présentation du groupe Bacillus ..................................................................... 28 7.2 Le groupe B. Cereus ....................................................................................... 29 7.3 Le groupe B. Subtilis ...................................................................................... 31 7.4 Les composés antimicrobiens des Bacillus spp. ............................................. 32 8 Le projet ANTAGONIST ...................................................................................... 41 9 Objectifs du TFE :.................................................................................................. 42 10 Matériel et méthodes.............................................................................................. 43 10.1 Microorganismes utilisés. ............................................................................... 43 10.2 Méthodes ........................................................................................................ 44 11 Manipulation .......................................................................................................... 45 11.1 Evaluation de la croissance de ZT et Fgr en fonction de différents paramètres . ........................................................................................................................ 46 11.2 Détermination des conditions de cultures de Bacillus spp. et des champignons phytopathogènes pour la méthode d’isolement et de détection de souches antagonistes ........ 48 12 Résultats ................................................................................................................. 51 12.1 Evaluation de la croissance de ZT et Fgr en fonction de différents paramètres. ........................................................................................................................ 51 12.2 Détermination des conditions de cultures de Bacillus spp. et des champignons phytopathogènes pour la méthode d’isolement et de détection de souches antagonistes ........ 55 Perspectives .................................................................................................................... 63 Conclusion ...................................................................................................................... 65 Annexes .......................................................................................................................... 68 Annexe 1 : Composition des milieux de culture utilisés : ............................................ 68 Annexe 2 : Protocole de l’attribution d’un nom des colonie restrillées ....................... 69 Annexe 3 : scan des boites de la manipulation vérifiant l’activité de 17AB4 et 30BB6 . ........................................................................................................................ 71 Liste des figures .............................................................................................................. 74 Liste des Tableaux .......................................................................................................... 76 Bibliographie .................................................................................................................. 77 Abstract ........................................................................................................................... 86 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=101605 Développement d'une méthode in vitro d'isolation et de sélection de Bacillus actifs contre Z. tritici et F. graminearum [TFE / Mémoire] / Florent Beaucaire, Auteur ; Jonathan Scauflaire, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Agronomie, 2021. Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : blé tendre  UCL  Institut de recherche ELI  Earth and Life Institute Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : La culture du Blé tendre (Triticum aestivum ) est la plus importante de Wallonie avec près de 18% des surface agricole utilisable qui lui étaient destiné en 2015 (ULiège, 2020). Malheureusement, dans nos régions cette culture est fortement touchée par de nombreuses maladies. On retrouve notamment le piétin-échaudage (Gaeumannomyces graminis var. tritici) et le piétin-verse (Oculimacula yallundae, Oculimacula acuformis) qui s’attaquent aux racines et aux tiges, mais aussi des maladies foliaires comme la septoriose (Zymoseptoria tritici), différentes rouilles (Puccinia recondita, Puccinia striiformis), l’oidium (Blumeria graminis), l’helminthosporiose (Pyrenophora tritici-repentis) ou encore des maladies de l’épi comme la fusariose (Fusarium sp. et Microdochium sp.) (Livre blanc, 2020). Parmi ces maladies, la fusariose et la septoriose sont les deux plus problématiques dans nos régions. Elles peuvent provoquer à elles seules des pertes de rendement allant de 8 à 19% en fonction des conditions climatiques de la saison culturale (Livre blanc, 2021). A l’heure actuelle, le principal moyen de lutte contre ces maladies est l’utilisation de produits phytopharmaceutiques de synthèse (PPS). Cependant, ils ont déjà montré leurs limites tant en termes d’apparition de résistance qu’en termes d’impact négatif pour la santé et l’environnement. C’est dans l’optique de trouver une alternative à ces produits que le projet ANTAGINIST a vu le jour. En effet, Il a pour but d’étudier les microorganismes associés aux cultures de céréales afin d’utiliser leur potentiel en vue de développer de nouvelles stratégies écologiques et durables de protection de ces cultures. La réalisation de ce TFE s’inscrit dans ce projet et a pour objectif de développer une méthodologie permettant une identification rapide in vitro de Bacillus actif contre les 2 pathogènes principaux du blé cité plus haut. Une fois la méthodologie développée, elle pourrait être ajustée à d’autres microorganismes (comme les pseudomonas) ou encore à d’autres pathogènes (comme la tavelure des pommiers) et ainsi permettre d’accélérer les recherches de luttes écologiques contre ces derniers. Note de contenu : Table des matières Liste d’abréviations........................................................................................................... 3 Remerciements.................................................................................................................. 5 Table des matières ............................................................................................................ 6 Description du lieu de stage :............................................................................................ 9 Introduction....................................................................................................................... 9 1 La culture des céréales en Wallonie....................................................................... 11 2 Les maladies du blé................................................................................................ 13 3 La septoriose .......................................................................................................... 14 3.1 Description de la maladie ............................................................................... 14 3.2 Résistance aux fongicides............................................................................... 17 4 La Fusariose ........................................................................................................... 18 4.1 Description de la maladie ............................................................................... 18 4.2 Mycotoxines ................................................................................................... 19 5 Stratégies actuelles de contrôle des maladies ........................................................ 22 5.1 Lutte chimique ................................................................................................ 22 5.2 Avantages et inconvénients des produits phytopharmaceutiques de synthèse23 6 La lutte intégrée dans l’union européenne ............................................................. 24 6.1 Leviers agronomiques..................................................................................... 25 6.2 Le biocontrôle................................................................................................. 25 7 Le groupe Bacillus ................................................................................................. 28 7.1 Présentation du groupe Bacillus ..................................................................... 28 7.2 Le groupe B. Cereus ....................................................................................... 29 7.3 Le groupe B. Subtilis ...................................................................................... 31 7.4 Les composés antimicrobiens des Bacillus spp. ............................................. 32 8 Le projet ANTAGONIST ...................................................................................... 41 9 Objectifs du TFE :.................................................................................................. 42 10 Matériel et méthodes.............................................................................................. 43 10.1 Microorganismes utilisés. ............................................................................... 43 10.2 Méthodes ........................................................................................................ 44 11 Manipulation .......................................................................................................... 45 11.1 Evaluation de la croissance de ZT et Fgr en fonction de différents paramètres . ........................................................................................................................ 46 11.2 Détermination des conditions de cultures de Bacillus spp. et des champignons phytopathogènes pour la méthode d’isolement et de détection de souches antagonistes ........ 48 12 Résultats ................................................................................................................. 51 12.1 Evaluation de la croissance de ZT et Fgr en fonction de différents paramètres. ........................................................................................................................ 51 12.2 Détermination des conditions de cultures de Bacillus spp. et des champignons phytopathogènes pour la méthode d’isolement et de détection de souches antagonistes ........ 55 Perspectives .................................................................................................................... 63 Conclusion ...................................................................................................................... 65 Annexes .......................................................................................................................... 68 Annexe 1 : Composition des milieux de culture utilisés : ............................................ 68 Annexe 2 : Protocole de l’attribution d’un nom des colonie restrillées ....................... 69 Annexe 3 : scan des boites de la manipulation vérifiant l’activité de 17AB4 et 30BB6 . ........................................................................................................................ 71 Liste des figures .............................................................................................................. 74 Liste des Tableaux .......................................................................................................... 76 Bibliographie .................................................................................................................. 77 Abstract ........................................................................................................................... 86 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=101605

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aucun exemplaire

Etude de la clarification et de la filtration de la bière / Quentin Hairson

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Evaluation de méthodes pour la détection d’organismes génétiquement modifiés / Nawal Agag

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Évaluation de méthodes pour la détection d’organismes modifiés par les nouvelles techniques d’édition de génome / Ludovic Nicolay

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Gestion des émeus en parc (Dromaius novaehollandiae) / Loïc Simon

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Gestion du sanctuaire pour éléphants secourus de Barumun Nagari / Nina Szymutko

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Optimisation expérimentale des pratiques industrielles liées à l’aromatisation de bière en garde par infusion et extraits / Jason Gangi

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Optimisation of transfor mation method of E ragrostis tef and Eragrostis curvula orphan crops / Ewa Bachul

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A review of the role of omics-based techniques in identifying and understanding microbial successions in urine patches in New Zealand grasslands and their impact on N2O emissions / Vanessa Gelhay

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Screening et caractérisation de virus de Fusarium spp. / Bryan Stiens

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Sélection de bactéries antagonistes à certains pathogènes du blé / Emilie Quertinmont

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