Conversation entre un biologiste médical et une intelligence artificielle sur les biomarqueurs du cancer de la prostate / Pierre-Jean Lamy in Annales de Biologie Clinique, Vol.81 N°4 (juillet 2023)

Public ISBD [article]  inAnnales de Biologie Clinique > Vol.81 N°4 (juillet 2023) . - p. 395-402 Titre : Conversation entre un biologiste médical et une intelligence artificielle sur les biomarqueurs du cancer de la prostate : lecture critique Type de document : texte imprimé Auteurs : Pierre-Jean Lamy Année de publication : 2023 Article en page(s) : p. 395-402 Note générale : https://doi.org/10.1684/abc.2023.1829 Langues : Français (fre) Mots-clés : intelligence artificielle  biologie médicale  biomarqueurs  prostate  cancer Résumé : L’intelligence artificielle est de plus en plus utilisée dans le domaine de la médecine comme aide au diagnostic notamment dans l’analyse d’image et plus généralement dans le traitement des données. De nombreux outils sont développés en biologie médicale mais certains plus généralistes peuvent être une aide afin d’améliorer la diffusion de ‘information médicale. Afin de tester la capacité d’un outil de conversation automatisé à répondre à des questions sur un sujet de biologie médicale comme les biomarqueurs du cancer de la prostate nous avons interrogé ChatGPT une intelligence artificielle dédiée à l’optimisation des modèles de langage pour dialoguer et nous avons analysé ses réponses. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=113997 [article] Conversation entre un biologiste médical et une intelligence artificielle sur les biomarqueurs du cancer de la prostate : lecture critique [texte imprimé] / Pierre-Jean Lamy . - 2023 . - p. 395-402. https://doi.org/10.1684/abc.2023.1829 Langues : Français (fre) in Annales de Biologie Clinique > Vol.81 N°4 (juillet 2023) . - p. 395-402 Mots-clés : intelligence artificielle  biologie médicale  biomarqueurs  prostate  cancer Résumé : L’intelligence artificielle est de plus en plus utilisée dans le domaine de la médecine comme aide au diagnostic notamment dans l’analyse d’image et plus généralement dans le traitement des données. De nombreux outils sont développés en biologie médicale mais certains plus généralistes peuvent être une aide afin d’améliorer la diffusion de ‘information médicale. Afin de tester la capacité d’un outil de conversation automatisé à répondre à des questions sur un sujet de biologie médicale comme les biomarqueurs du cancer de la prostate nous avons interrogé ChatGPT une intelligence artificielle dédiée à l’optimisation des modèles de langage pour dialoguer et nous avons analysé ses réponses. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=113997

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Développement des analyses moléculaires par PCR digitale pour la pratique clinique : positionnement, applications actuelles et perspectives / Jérôme Alexandre Denis in Annales de Biologie Clinique, Vol. 77, n° 6 (Novembre-décembre 2019)

Public ISBD [article]  inAnnales de Biologie Clinique > Vol. 77, n° 6 (Novembre-décembre 2019) . - p.619-337 Titre : Développement des analyses moléculaires par PCR digitale pour la pratique clinique : positionnement, applications actuelles et perspectives Type de document : texte imprimé Auteurs : Jérôme Alexandre Denis ; Frederic Fina ; Nasrin Sarafan-Vasseur ; Anne-Sophie Alary ; Pierre-Jean Lamy ; Juliette Nectoux ; Alexandre Perrier Année de publication : 2019 Article en page(s) : p.619-337 Note générale : DOI : 10.1684/abc.2019.1502 Langues : Français (fre) Mots-clés : ADN tumoral circulant  Biopsie liquide  Hématologie  ONCOLOGIE  Réaction de polymérisation en chaîne  PCR digitale  ADN circulant fœtal  syndrome de McCune-Albright Résumé : Cet article propose la seconde partie du travail sur la PCR digitale (PCRd) mené par le groupe de travail “PCRd” de la Société française de biologie clinique. La première partie du document reprend les avantages et les limites de la PCRd pour la recherche de différentes anomalies moléculaires telles que les mutations ponctuelles, les variants du nombre de copie, la méthylation de l’ADN, l’analyse de l’ARN ou encore une application plus innovante, la PCRd en cellule unique. Cette synthèse permet de proposer un positionnement de la PCRd par rapport aux autres technologies disponibles dans un laboratoire de biologie médicale. Dans une seconde partie, les principales applications actuelles de la PCRd seront abordées incluant l’oncologie des tumeurs solides et les biopsies liquides, l’oncohématologie et le suivi des traitements des hémopathies par greffe de cellules souches hématopoïétiques. Nous détaillerons également le diagnostic prénatal non invasif et le diagnostic de maladie génétique en mosaïque, en prenant l’exemple du syndrome de McCune-Albright. Ces différents exemples d’applications ont été rédigés conjointement par plusieurs spécialistes français du domaine qui ont mis en œuvre ces techniques dans leur laboratoire. En résumé, cet article offre une vision actualisée du positionnement de la PCRd par rapport à d’autres technologies existantes, afin de répondre au mieux aux attentes de la médecine de précision. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=82927 [article] Développement des analyses moléculaires par PCR digitale pour la pratique clinique : positionnement, applications actuelles et perspectives [texte imprimé] / Jérôme Alexandre Denis ; Frederic Fina ; Nasrin Sarafan-Vasseur ; Anne-Sophie Alary ; Pierre-Jean Lamy ; Juliette Nectoux ; Alexandre Perrier . - 2019 . - p.619-337. DOI : 10.1684/abc.2019.1502 Langues : Français (fre) in Annales de Biologie Clinique > Vol. 77, n° 6 (Novembre-décembre 2019) . - p.619-337 Mots-clés : ADN tumoral circulant  Biopsie liquide  Hématologie  ONCOLOGIE  Réaction de polymérisation en chaîne  PCR digitale  ADN circulant fœtal  syndrome de McCune-Albright Résumé : Cet article propose la seconde partie du travail sur la PCR digitale (PCRd) mené par le groupe de travail “PCRd” de la Société française de biologie clinique. La première partie du document reprend les avantages et les limites de la PCRd pour la recherche de différentes anomalies moléculaires telles que les mutations ponctuelles, les variants du nombre de copie, la méthylation de l’ADN, l’analyse de l’ARN ou encore une application plus innovante, la PCRd en cellule unique. Cette synthèse permet de proposer un positionnement de la PCRd par rapport aux autres technologies disponibles dans un laboratoire de biologie médicale. Dans une seconde partie, les principales applications actuelles de la PCRd seront abordées incluant l’oncologie des tumeurs solides et les biopsies liquides, l’oncohématologie et le suivi des traitements des hémopathies par greffe de cellules souches hématopoïétiques. Nous détaillerons également le diagnostic prénatal non invasif et le diagnostic de maladie génétique en mosaïque, en prenant l’exemple du syndrome de McCune-Albright. Ces différents exemples d’applications ont été rédigés conjointement par plusieurs spécialistes français du domaine qui ont mis en œuvre ces techniques dans leur laboratoire. En résumé, cet article offre une vision actualisée du positionnement de la PCRd par rapport à d’autres technologies existantes, afin de répondre au mieux aux attentes de la médecine de précision. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=82927

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Développement des analyses moléculaires par PCR digitale pour la pratique clinique : principes, mise en œuvre pratique et recommandations / Jérôme Alexandre Denis in Annales de Biologie Clinique, 76/5 (septembre-octobre 2018)

Public ISBD [article]  inAnnales de Biologie Clinique > 76/5 (septembre-octobre 2018) . - p. 505-523 Titre : Développement des analyses moléculaires par PCR digitale pour la pratique clinique : principes, mise en œuvre pratique et recommandations Type de document : texte imprimé Auteurs : Jérôme Alexandre Denis ; Juliette Nectoux ; Pierre-Jean Lamy Année de publication : 2018 Article en page(s) : p. 505-523 Langues : Français (fre) Mots-clés : PCR digitale  recommandations  PCR quantitative  PCR en temps réel  microfluidique  gouttelette  micro-compartiments Résumé : La PCR digitale (PCRd) est une technologie de 3e génération qui complète la PCR classique en point final et la PCR en temps réel. Elle a été développée afin de combler certaines limites des techniques classiques d’amplification, en particulier la détection de faibles quantités d’acides nucléiques et/ou d’un variant en faible proportion par rapport à un autre. Cette technologie est actuellement en plein développement du fait de sa très grande sensibilité avec des applications majeures en biologie médicale. C’est tout particulièrement le cas pour des applications cliniques visant à détecter des altérations génétiques ou épigénétiques ou des variations de nombre de copies spécifiques d’acides nucléiques au sein d’échantillons contenant de faibles concentrations d’acides nucléiques d’intérêt. La PCRd trouve donc son utilité dans des domaines aussi variés que le diagnostic prénatal non invasif (DPNI), la transplantation d’organe ou l’oncologie, en particulier pour les biopsies liquides. Toutefois, cette technique nécessite une bonne formation des utilisateurs et la prise en compte de certaines précautions. Une mauvaise connaissance de cette technique peut en effet conduire à de nombreuses erreurs dans la réalisation de l’analyse et dans l’interprétation des résultats. Dans cette revue, nous présentons tout d’abord le contexte d’émergence de cette technologie, en décrivant en particulier son principe et les principaux facteurs pouvant influencer la qualité de l’analyse. Dans un second temps, nous proposerons un certain nombre de recommandations pratiques pour la mise en place d’un test basé sur la PCRd dans un laboratoire de biologie médicale au regard des exigences de qualité. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=77313 [article] Développement des analyses moléculaires par PCR digitale pour la pratique clinique : principes, mise en œuvre pratique et recommandations [texte imprimé] / Jérôme Alexandre Denis ; Juliette Nectoux ; Pierre-Jean Lamy . - 2018 . - p. 505-523. Langues : Français (fre) in Annales de Biologie Clinique > 76/5 (septembre-octobre 2018) . - p. 505-523 Mots-clés : PCR digitale  recommandations  PCR quantitative  PCR en temps réel  microfluidique  gouttelette  micro-compartiments Résumé : La PCR digitale (PCRd) est une technologie de 3e génération qui complète la PCR classique en point final et la PCR en temps réel. Elle a été développée afin de combler certaines limites des techniques classiques d’amplification, en particulier la détection de faibles quantités d’acides nucléiques et/ou d’un variant en faible proportion par rapport à un autre. Cette technologie est actuellement en plein développement du fait de sa très grande sensibilité avec des applications majeures en biologie médicale. C’est tout particulièrement le cas pour des applications cliniques visant à détecter des altérations génétiques ou épigénétiques ou des variations de nombre de copies spécifiques d’acides nucléiques au sein d’échantillons contenant de faibles concentrations d’acides nucléiques d’intérêt. La PCRd trouve donc son utilité dans des domaines aussi variés que le diagnostic prénatal non invasif (DPNI), la transplantation d’organe ou l’oncologie, en particulier pour les biopsies liquides. Toutefois, cette technique nécessite une bonne formation des utilisateurs et la prise en compte de certaines précautions. Une mauvaise connaissance de cette technique peut en effet conduire à de nombreuses erreurs dans la réalisation de l’analyse et dans l’interprétation des résultats. Dans cette revue, nous présentons tout d’abord le contexte d’émergence de cette technologie, en décrivant en particulier son principe et les principaux facteurs pouvant influencer la qualité de l’analyse. Dans un second temps, nous proposerons un certain nombre de recommandations pratiques pour la mise en place d’un test basé sur la PCRd dans un laboratoire de biologie médicale au regard des exigences de qualité. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=77313

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Une interférence dans le dosage de l’insuline révèle un syndrome auto-immun anti-insuline / Pierre-Jean Lamy in Annales de Biologie Clinique, 74/4 (Juillet-août 2016)

Public ISBD [article]  inAnnales de Biologie Clinique > 74/4 (Juillet-août 2016) . - p.490-494 Titre : Une interférence dans le dosage de l’insuline révèle un syndrome auto-immun anti-insuline Type de document : texte imprimé Auteurs : Pierre-Jean Lamy ; Corinne Sault ; Eric Renard ; et al., Auteur Année de publication : 2016 Article en page(s) : p.490-494 Langues : Français (fre) Mots-clés : interférences  anticorps anti-insuline  dosages immunologiques de de l’insuline  syndrome auto-immun anti-insuline  auto-immunité Résumé : Les anticorps anti-insuline représentent une cause de résultats erronés dans les dosages immunologiques de l’insuline. Ils peuvent également intervenir sur l’action de l’insuline et entraîner des variations délétères de la glycémie. Une de nos patientes présentait une fatigue excessive, des épisodes récurrents de sueurs, des étourdissements et des évanouissements. Un dosage sérique à jeun de l’insuline exécuté sur une plate-forme modulaire (Modular E170 analytique, Roche Diagnostic, Meylan, France) a montré une valeur très élevée de 194,7 mUI/L, tandis que sur le même échantillon la glycémie et les taux de peptide C étaient normaux. D’autres dosages immunométriques de l’insuline ont été effectués, ainsi que le dosage des Ac anti-insuline par radio-ligand et une chromatographie par filtration sur gel. Les dosages d’insuline complémentaires ont montré des niveaux proches de la normale à jeun, la concentration d’insuline libre évaluée après précipitation au PEG était de 14,0 mUI/L d’insuline et les Ac anti-insuline étaient positifs. La chromatographie par filtration sur gel a révélé que la plupart de l’insuline était complexée avec une molécule de 150 kDa, correspondant à une immunoglobuline G (IgG). Le taux d’insuline sérique à jeun élevé chez la patiente présentant des symptômes neurologiques d’hypoglycémie était lié à un niveau d’Ac anti-insuline élevé. Ce cas suggère donc un diagnostic de syndrome auto-immun anti-insuline. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=75275 [article] Une interférence dans le dosage de l’insuline révèle un syndrome auto-immun anti-insuline [texte imprimé] / Pierre-Jean Lamy ; Corinne Sault ; Eric Renard ; et al., Auteur . - 2016 . - p.490-494. Langues : Français (fre) in Annales de Biologie Clinique > 74/4 (Juillet-août 2016) . - p.490-494 Mots-clés : interférences  anticorps anti-insuline  dosages immunologiques de de l’insuline  syndrome auto-immun anti-insuline  auto-immunité Résumé : Les anticorps anti-insuline représentent une cause de résultats erronés dans les dosages immunologiques de l’insuline. Ils peuvent également intervenir sur l’action de l’insuline et entraîner des variations délétères de la glycémie. Une de nos patientes présentait une fatigue excessive, des épisodes récurrents de sueurs, des étourdissements et des évanouissements. Un dosage sérique à jeun de l’insuline exécuté sur une plate-forme modulaire (Modular E170 analytique, Roche Diagnostic, Meylan, France) a montré une valeur très élevée de 194,7 mUI/L, tandis que sur le même échantillon la glycémie et les taux de peptide C étaient normaux. D’autres dosages immunométriques de l’insuline ont été effectués, ainsi que le dosage des Ac anti-insuline par radio-ligand et une chromatographie par filtration sur gel. Les dosages d’insuline complémentaires ont montré des niveaux proches de la normale à jeun, la concentration d’insuline libre évaluée après précipitation au PEG était de 14,0 mUI/L d’insuline et les Ac anti-insuline étaient positifs. La chromatographie par filtration sur gel a révélé que la plupart de l’insuline était complexée avec une molécule de 150 kDa, correspondant à une immunoglobuline G (IgG). Le taux d’insuline sérique à jeun élevé chez la patiente présentant des symptômes neurologiques d’hypoglycémie était lié à un niveau d’Ac anti-insuline élevé. Ce cas suggère donc un diagnostic de syndrome auto-immun anti-insuline. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=75275

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Les niveaux de preuve des biomarqueurs utilisés pour la détection précoce des cancers de la prostate / Pierre-Jean Lamy in Annales de Biologie Clinique, 74/02 (Mars - Avril 2016)

Public ISBD [article]  inAnnales de Biologie Clinique > 74/02 (Mars - Avril 2016) . - 227-232 Titre : Les niveaux de preuve des biomarqueurs utilisés pour la détection précoce des cancers de la prostate Type de document : texte imprimé Auteurs : Pierre-Jean Lamy ; A. S. Gauchez ; L. Salomon ; et al. Année de publication : 2016 Article en page(s) : 227-232 Langues : Français (fre) Mots-clés : Marqueurs biologiques  Tumeurs de la prostate  Marqueurs biologiques tumoraux  Antigène spécifique de la prostate Résumé : Le groupe français de biologie de la prostate, a réalisé une revue de la littérature sur le PSA et les autres biomarqueurs utilisés pour la détection précoce du cancer de la prostate. Nous avons cherché les études évaluant les biomarqueurs pour la détection précoce du cancer de la prostate, publiées entre 2000 et mai 2013, qui comprenaient plus de 200 sujets ; 84 publications, correspondant à 70 essais et études ont été sélectionnés. Nous avons attribué un niveau de preuve (LOE) IA pour le PSA dans l’indication de détection précoce du cancer de la prostate. Toutefois, nous ne recommandons pas son utilisation dans le dépistage de masse. Les biomarqueurs émergents ont été évalués dans des études cas-témoins et de cohorte prospectives : PCA3 (n = 3) ; kallicréines (n = 3) ; [–2]ProPSA (n = 5) et gènes de fusion (n = 2). Le niveau de preuve attribué à ces biomarqueurs émergents est III-C. Une meilleure utilisation des tests disponibles est néanmoins possible afin de proposer aux hommes à risque une prise en charge adaptée optimisant le rapport bénéfice-risque de la détection précoce du cancer de la prostate. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=77414 [article] Les niveaux de preuve des biomarqueurs utilisés pour la détection précoce des cancers de la prostate [texte imprimé] / Pierre-Jean Lamy ; A. S. Gauchez ; L. Salomon ; et al. . - 2016 . - 227-232. Langues : Français (fre) in Annales de Biologie Clinique > 74/02 (Mars - Avril 2016) . - 227-232 Mots-clés : Marqueurs biologiques  Tumeurs de la prostate  Marqueurs biologiques tumoraux  Antigène spécifique de la prostate Résumé : Le groupe français de biologie de la prostate, a réalisé une revue de la littérature sur le PSA et les autres biomarqueurs utilisés pour la détection précoce du cancer de la prostate. Nous avons cherché les études évaluant les biomarqueurs pour la détection précoce du cancer de la prostate, publiées entre 2000 et mai 2013, qui comprenaient plus de 200 sujets ; 84 publications, correspondant à 70 essais et études ont été sélectionnés. Nous avons attribué un niveau de preuve (LOE) IA pour le PSA dans l’indication de détection précoce du cancer de la prostate. Toutefois, nous ne recommandons pas son utilisation dans le dépistage de masse. Les biomarqueurs émergents ont été évalués dans des études cas-témoins et de cohorte prospectives : PCA3 (n = 3) ; kallicréines (n = 3) ; [–2]ProPSA (n = 5) et gènes de fusion (n = 2). Le niveau de preuve attribué à ces biomarqueurs émergents est III-C. Une meilleure utilisation des tests disponibles est néanmoins possible afin de proposer aux hommes à risque une prise en charge adaptée optimisant le rapport bénéfice-risque de la détection précoce du cancer de la prostate. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=77414

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Pertinence des prescriptions de PSA total et de PSA libre / Pierre-Jean Lamy in Annales de Biologie Clinique, 76/6 (novembre-décembre 2018)

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Quels biomarqueurs utiliser pour la détection précoce des cancers de la prostate ? / Pierre-Jean Lamy in Annales de Biologie Clinique, 73/ SUPPL 1 (Novembre 2015)

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