Dépouillements

Covid long, identifier les facteurs pronostiques / Jean-Marie Manus in RFL : Revue Francophone des Laboratoires, 541 (avril 2022)

Public ISBD [article]  inRFL : Revue Francophone des Laboratoires > 541 (avril 2022) . - p. 8 Titre : Covid long, identifier les facteurs pronostiques Type de document : texte imprimé Auteurs : Jean-Marie Manus Année de publication : 2022 Article en page(s) : p. 8 Note générale : https://doi:10.1016/S1773-035X(22)00112-5 Langues : Français (fre) Mots-clés : covid  Infection  Lyme Résumé : Une part importante des patients ayant contracté le Sars-CoV-2, connaîtraient après rétablissement une situation de chronicité sous forme de séquelles-aiguës post-Covid-19, communément surnommées Covid long. Les symptômes décrits par les patients comportent notamment une asthénie, un brouillard cérébral, une agueusie, une anosmie, une dyspnée, etc. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=102932 [article] Covid long, identifier les facteurs pronostiques [texte imprimé] / Jean-Marie Manus . - 2022 . - p. 8. https://doi:10.1016/S1773-035X(22)00112-5 Langues : Français (fre) in RFL : Revue Francophone des Laboratoires > 541 (avril 2022) . - p. 8 Mots-clés : covid  Infection  Lyme Résumé : Une part importante des patients ayant contracté le Sars-CoV-2, connaîtraient après rétablissement une situation de chronicité sous forme de séquelles-aiguës post-Covid-19, communément surnommées Covid long. Les symptômes décrits par les patients comportent notamment une asthénie, un brouillard cérébral, une agueusie, une anosmie, une dyspnée, etc. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=102932

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Nouvelle approche de biologie moléculaire infectieuse [Dossier] / Sébastien Hanz in RFL : Revue Francophone des Laboratoires, 541 (avril 2022)

Public ISBD [article]  inRFL : Revue Francophone des Laboratoires > 541 (avril 2022) . - p. 27-72 Titre : Nouvelle approche de biologie moléculaire infectieuse [Dossier] Type de document : texte imprimé Auteurs : Sébastien Hanz ; Marie-Laure Dardé Année de publication : 2022 Article en page(s) : p. 27-72 Langues : Français (fre) Mots-clés : microbiologie Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=102934 [article] Nouvelle approche de biologie moléculaire infectieuse [Dossier] [texte imprimé] / Sébastien Hanz ; Marie-Laure Dardé . - 2022 . - p. 27-72. Langues : Français (fre) in RFL : Revue Francophone des Laboratoires > 541 (avril 2022) . - p. 27-72 Mots-clés : microbiologie Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=102934

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Principe et limites des nouveaux outils de biologie moléculaire dans le diagnostic microbiologique / Ludovic Lemée in RFL : Revue Francophone des Laboratoires, 541 (avril 2022)

Public ISBD [article]  inRFL : Revue Francophone des Laboratoires > 541 (avril 2022) . - p. 28-42 Titre : Principe et limites des nouveaux outils de biologie moléculaire dans le diagnostic microbiologique Type de document : texte imprimé Auteurs : Ludovic Lemée ; Marie Gueudin ; Sylvie Pillet Année de publication : 2022 Article en page(s) : p. 28-42 Note générale : https://doi:10.1016/S1773-035X(22)00134-4 Langues : Français (fre) Mots-clés : approche syndromique  PCR en temps réel  PCR multiplex  séquençage Résumé : Les principales nouveautés des outils de biologie moléculaire sont leur miniaturisation et leur facilité d’utilisation les rendant manipulables par le personnel non entraîné des laboratoires de garde, voire des services cliniques. Une autre avancée est le multiplexage rendant possible le diagnostic des principaux agents infectieux potentiellement responsables d’une présentation clinique par un test unique dont le résultat est disponible en moins de deux heures. La tendance est donc à l’amélioration de la prise en charge du patient par un diagnostic plus rapide et plus exhaustive, au moment de la consultation aux urgences notamment. Une étude médico-économique associée à une concertation clinico-biologique, ainsi qu’à la maîtrise de la réalisation technique sur site, sont indispensables à l’implémentation de ces nouveaux tests. Note de contenu : Issu du dossier "Nouvelle approche de biologie moléculaire infectieuse" Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=102935 [article] Principe et limites des nouveaux outils de biologie moléculaire dans le diagnostic microbiologique [texte imprimé] / Ludovic Lemée ; Marie Gueudin ; Sylvie Pillet . - 2022 . - p. 28-42. https://doi:10.1016/S1773-035X(22)00134-4 Langues : Français (fre) in RFL : Revue Francophone des Laboratoires > 541 (avril 2022) . - p. 28-42 Mots-clés : approche syndromique  PCR en temps réel  PCR multiplex  séquençage Résumé : Les principales nouveautés des outils de biologie moléculaire sont leur miniaturisation et leur facilité d’utilisation les rendant manipulables par le personnel non entraîné des laboratoires de garde, voire des services cliniques. Une autre avancée est le multiplexage rendant possible le diagnostic des principaux agents infectieux potentiellement responsables d’une présentation clinique par un test unique dont le résultat est disponible en moins de deux heures. La tendance est donc à l’amélioration de la prise en charge du patient par un diagnostic plus rapide et plus exhaustive, au moment de la consultation aux urgences notamment. Une étude médico-économique associée à une concertation clinico-biologique, ainsi qu’à la maîtrise de la réalisation technique sur site, sont indispensables à l’implémentation de ces nouveaux tests. Note de contenu : Issu du dossier "Nouvelle approche de biologie moléculaire infectieuse" Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=102935

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Place des tests syndromiques et des tests rapides moléculaires en infectiologie / Quentin Le Hingrat in RFL : Revue Francophone des Laboratoires, 541 (avril 2022)

Public ISBD [article]  inRFL : Revue Francophone des Laboratoires > 541 (avril 2022) . - p. 43-54 Titre : Place des tests syndromiques et des tests rapides moléculaires en infectiologie Type de document : texte imprimé Auteurs : Quentin Le Hingrat ; Xavier Iriart ; Benoit VISSEAUX ; Hervé Jacquier Année de publication : 2022 Article en page(s) : p. 43-54 Note générale : https://doi:10.1016/S1773-035X(22)00135-6 Langues : Français (fre) Mots-clés : microbiologie  PCR multiplexe  stratégie d’utilisation  syndromique Résumé : L’essor de la biologie moléculaire a permis le développement durant la dernière décennie de tests dits « syndromiques », détectant les principaux agents infectieux associés à différents syndromes cliniques comme les infections neuroméningées, les infections respiratoires hautes et basses, les infections gastro-intestinales, ou bien encore le sepsis. Ces tests, simples d’utilisation, permettent également un gain significatif dans le délai de rendu des résultats qui se traduit par une amélioration de la prise en charge des patients avec une prescription plus adaptée d’antibiotiques et d’antiviraux, ainsi qu’une diminution des examens complémentaires et de la durée d’hospitalisation. L’implémentation de ces panels est néanmoins limitée par leur coût substantiel. Il est ainsi nécessaire de réfléchir à leur positionnement parmi l’éventail des autres techniques du laboratoire, notamment pour éviter une surutilisation, qui augmenterait les coûts directs pour le laboratoire, sans cibler les patients qui peuvent bénéficier d’un vrai impact de prise en charge grâce à ces tests. Des critères de tri peuvent ainsi être mis en place afin de préserver leur intérêt et limiter les coûts. Un suivi de l’interprétation, de l’utilisation et des impacts de ces techniques en collaboration avec les prescripteurs est également important avant et après le déploiement des tests. Il doit vérifier les effets sur les pratiques et ajuster régulièrement les critères de réalisation de ces panels syndromiques. Note de contenu : Issu du dossier "Nouvelle approche de biologie moléculaire infectieuse" Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=102936 [article] Place des tests syndromiques et des tests rapides moléculaires en infectiologie [texte imprimé] / Quentin Le Hingrat ; Xavier Iriart ; Benoit VISSEAUX ; Hervé Jacquier . - 2022 . - p. 43-54. https://doi:10.1016/S1773-035X(22)00135-6 Langues : Français (fre) in RFL : Revue Francophone des Laboratoires > 541 (avril 2022) . - p. 43-54 Mots-clés : microbiologie  PCR multiplexe  stratégie d’utilisation  syndromique Résumé : L’essor de la biologie moléculaire a permis le développement durant la dernière décennie de tests dits « syndromiques », détectant les principaux agents infectieux associés à différents syndromes cliniques comme les infections neuroméningées, les infections respiratoires hautes et basses, les infections gastro-intestinales, ou bien encore le sepsis. Ces tests, simples d’utilisation, permettent également un gain significatif dans le délai de rendu des résultats qui se traduit par une amélioration de la prise en charge des patients avec une prescription plus adaptée d’antibiotiques et d’antiviraux, ainsi qu’une diminution des examens complémentaires et de la durée d’hospitalisation. L’implémentation de ces panels est néanmoins limitée par leur coût substantiel. Il est ainsi nécessaire de réfléchir à leur positionnement parmi l’éventail des autres techniques du laboratoire, notamment pour éviter une surutilisation, qui augmenterait les coûts directs pour le laboratoire, sans cibler les patients qui peuvent bénéficier d’un vrai impact de prise en charge grâce à ces tests. Des critères de tri peuvent ainsi être mis en place afin de préserver leur intérêt et limiter les coûts. Un suivi de l’interprétation, de l’utilisation et des impacts de ces techniques en collaboration avec les prescripteurs est également important avant et après le déploiement des tests. Il doit vérifier les effets sur les pratiques et ajuster régulièrement les critères de réalisation de ces panels syndromiques. Note de contenu : Issu du dossier "Nouvelle approche de biologie moléculaire infectieuse" Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=102936

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Aspects techniques du séquençage à haut débit / Christophe Rodriguez in RFL : Revue Francophone des Laboratoires, 541 (avril 2022)

Public ISBD [article]  inRFL : Revue Francophone des Laboratoires > 541 (avril 2022) . - p. 55-59 Titre : Aspects techniques du séquençage à haut débit Type de document : texte imprimé Auteurs : Christophe Rodriguez Année de publication : 2022 Article en page(s) : p. 55-59 Note générale : https://doi:10.1016/S1773-035X(22)00136-8 Langues : Français (fre) Mots-clés : microbiologie  qualité  séquençage haut débit  shotgun Résumé : Le séquençage à haut débit est une technologie qui présente un potentiel gigantesque pour révolutionner le monde du diagnostic en microbiologie. Cependant, les laboratoires qui se sont lancés en routine sont encore peu nombreux et il est vrai que les compétences nécessaires, l’absence de recommandations et les coûts très élevés pour s’équiper peuvent apparaître comme des freins importants. Bien sûr, il n’y a pas de recette miraculeuse pour assurer le succès, mais se poser les bonnes questions en est une des clés. Note de contenu : Issu du dossier "Nouvelle approche de biologie moléculaire infectieuse" Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=102937 [article] Aspects techniques du séquençage à haut débit [texte imprimé] / Christophe Rodriguez . - 2022 . - p. 55-59. https://doi:10.1016/S1773-035X(22)00136-8 Langues : Français (fre) in RFL : Revue Francophone des Laboratoires > 541 (avril 2022) . - p. 55-59 Mots-clés : microbiologie  qualité  séquençage haut débit  shotgun Résumé : Le séquençage à haut débit est une technologie qui présente un potentiel gigantesque pour révolutionner le monde du diagnostic en microbiologie. Cependant, les laboratoires qui se sont lancés en routine sont encore peu nombreux et il est vrai que les compétences nécessaires, l’absence de recommandations et les coûts très élevés pour s’équiper peuvent apparaître comme des freins importants. Bien sûr, il n’y a pas de recette miraculeuse pour assurer le succès, mais se poser les bonnes questions en est une des clés. Note de contenu : Issu du dossier "Nouvelle approche de biologie moléculaire infectieuse" Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=102937

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Le séquençage à haut débit dans le diagnostic microbiologique / Maxime Pichon in RFL : Revue Francophone des Laboratoires, 541 (avril 2022)

Public ISBD [article]  inRFL : Revue Francophone des Laboratoires > 541 (avril 2022) . - p. 60-66 Titre : Le séquençage à haut débit dans le diagnostic microbiologique Type de document : texte imprimé Auteurs : Maxime Pichon ; Laurence Delhaes Année de publication : 2022 Article en page(s) : p. 60-66 Note générale : https://doi:10.1016/S1773-035X(22)00137-X Langues : Français (fre) Mots-clés : infectiologie  microbiologie  séquençage génome entier  séquençage à haut débit  séquençage nouvelle génération Résumé : Les applications du séquençage haut débit (NGS) en santé se sont récemment démocratisées, d’abord en recherche puis en microbiologie clinique. L’utilisation du NGS a surtout des applications en bactériologie et mycologie, principalement basées sur les marqueurs phylogénétiques documentés (régions hypervariables du 16S, 18S, ou 28S) permettant, par métataxonomie, de décrire les variations physiopathologiques des microbiotes. En métagénomique non ciblée, la comparaison des données de séquençage de génomes complets à des banques de données internationales permet de détecter une antibiorésistance génomique, souvent corrélée au phénotype de résistance. De même, différentes stratégies d’étude des facteurs de virulence ont été développées pour comparer les génomes des souches isolées en clinique à des souches de référence et ainsi analyser les îlots génomiques. Le NGS a aussi montré son efficacité à déterminer une chaîne de transmission interindividuelle, afin de remonter au patient source ou d’améliorer la prise en charge collective. L'approche métagénomique a permis de rechercher l'agent étiologique d'une infection. Malgré la prise en compte par des structures comme le Comité français d'accréditation, l’absence de standardisation limite le développement en routine de ces approches, en particulier du fait des besoins en bioinformatique. Note de contenu : Issu du dossier "Nouvelle approche de biologie moléculaire infectieuse" Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=102938 [article] Le séquençage à haut débit dans le diagnostic microbiologique [texte imprimé] / Maxime Pichon ; Laurence Delhaes . - 2022 . - p. 60-66. https://doi:10.1016/S1773-035X(22)00137-X Langues : Français (fre) in RFL : Revue Francophone des Laboratoires > 541 (avril 2022) . - p. 60-66 Mots-clés : infectiologie  microbiologie  séquençage génome entier  séquençage à haut débit  séquençage nouvelle génération Résumé : Les applications du séquençage haut débit (NGS) en santé se sont récemment démocratisées, d’abord en recherche puis en microbiologie clinique. L’utilisation du NGS a surtout des applications en bactériologie et mycologie, principalement basées sur les marqueurs phylogénétiques documentés (régions hypervariables du 16S, 18S, ou 28S) permettant, par métataxonomie, de décrire les variations physiopathologiques des microbiotes. En métagénomique non ciblée, la comparaison des données de séquençage de génomes complets à des banques de données internationales permet de détecter une antibiorésistance génomique, souvent corrélée au phénotype de résistance. De même, différentes stratégies d’étude des facteurs de virulence ont été développées pour comparer les génomes des souches isolées en clinique à des souches de référence et ainsi analyser les îlots génomiques. Le NGS a aussi montré son efficacité à déterminer une chaîne de transmission interindividuelle, afin de remonter au patient source ou d’améliorer la prise en charge collective. L'approche métagénomique a permis de rechercher l'agent étiologique d'une infection. Malgré la prise en compte par des structures comme le Comité français d'accréditation, l’absence de standardisation limite le développement en routine de ces approches, en particulier du fait des besoins en bioinformatique. Note de contenu : Issu du dossier "Nouvelle approche de biologie moléculaire infectieuse" Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=102938

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Point de vue de l’infectiologue sur les nouvelles approches syndromiques de biologie moléculaire / Emmanuelle Gras in RFL : Revue Francophone des Laboratoires, 541 (avril 2022)

Public ISBD [article]  inRFL : Revue Francophone des Laboratoires > 541 (avril 2022) . - p. 67-73 Titre : Point de vue de l’infectiologue sur les nouvelles approches syndromiques de biologie moléculaire Type de document : texte imprimé Auteurs : Emmanuelle Gras ; Guillaume Cosson ; Laure Surgers Année de publication : 2022 Article en page(s) : p. 67-73 Note générale : https://doi:10.1016/S1773-035X(22)00138-1 Langues : Français (fre) Mots-clés : infection sexuellement transmissible  liquide cérébro-spinal  next generation sequencing  panel respiratoire  PCR multiplex Résumé : Le diagnostic microbiologique de certaines maladies infectieuses reste actuellement un défi. Les nouvelles approches en biologie moléculaire sont prometteuses pour nombre de situations. Si les réactions de polymérisation en chaîne (PCR) multiplex, que ce soit dans le liquide cérébro-spinal (LCS) ou sur prélèvements respiratoires, ont montré une réduction de la durée d’antibiothérapie et de la durée d’hospitalisation, elles n’ont pas montré d’impact sur la mortalité. De plus, ces PCR multiplex, tout comme le panel Infections sexuellement transmissibles (IST), recherchent tous les pathogènes ou presque pouvant être incriminés dans les méningites et méningo-encéphalites ou pneumonies ou IST, et ne tiennent pas compte de l’orientation clinique adaptée au patient. La métagénomique clinique, encore peu accessible à large échelle actuellement, apparaît intéressante pour le diagnostic microbiologique avec le potentiel d’intégrer des données de l’hôte dans l’équation diagnostic- traitement, permettant ainsi une prise en charge personnalisée du patient atteint de maladie infectieuse. Note de contenu : Issu du dossier "Nouvelle approche de biologie moléculaire infectieuse" Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=102940 [article] Point de vue de l’infectiologue sur les nouvelles approches syndromiques de biologie moléculaire [texte imprimé] / Emmanuelle Gras ; Guillaume Cosson ; Laure Surgers . - 2022 . - p. 67-73. https://doi:10.1016/S1773-035X(22)00138-1 Langues : Français (fre) in RFL : Revue Francophone des Laboratoires > 541 (avril 2022) . - p. 67-73 Mots-clés : infection sexuellement transmissible  liquide cérébro-spinal  next generation sequencing  panel respiratoire  PCR multiplex Résumé : Le diagnostic microbiologique de certaines maladies infectieuses reste actuellement un défi. Les nouvelles approches en biologie moléculaire sont prometteuses pour nombre de situations. Si les réactions de polymérisation en chaîne (PCR) multiplex, que ce soit dans le liquide cérébro-spinal (LCS) ou sur prélèvements respiratoires, ont montré une réduction de la durée d’antibiothérapie et de la durée d’hospitalisation, elles n’ont pas montré d’impact sur la mortalité. De plus, ces PCR multiplex, tout comme le panel Infections sexuellement transmissibles (IST), recherchent tous les pathogènes ou presque pouvant être incriminés dans les méningites et méningo-encéphalites ou pneumonies ou IST, et ne tiennent pas compte de l’orientation clinique adaptée au patient. La métagénomique clinique, encore peu accessible à large échelle actuellement, apparaît intéressante pour le diagnostic microbiologique avec le potentiel d’intégrer des données de l’hôte dans l’équation diagnostic- traitement, permettant ainsi une prise en charge personnalisée du patient atteint de maladie infectieuse. Note de contenu : Issu du dossier "Nouvelle approche de biologie moléculaire infectieuse" Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=102940

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