Titre :	Validation technique de I’identification d’espèces de dermatophytes et autres champignons filamenteux par spectrométrie de masse (technique du Maldi-Tof)
Type de document :	TFE / Mémoire
Auteurs :	Aleandro Forgione, Auteur ; Julie Schmitz, Directeur de la recherche
Editeur :	Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale
Année de publication :	2021
Note générale :	Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur
Langues :	Français (fre)
Mots-clés :	dermatophytes  champignons filamenteux  spectrométrie de masse  technique du Maldi-Tof  laboratoire de bactériologie  Saint-Joseph Gilly
Index. décimale :	TFE Bio Med TFE Biologie médicale
Résumé :	Au vu des infections plus fréquentes causées par les mycètes plus précisément les dermatophytes et d’autres champignons filamenteux, le laboratoire de bactériologie de Saint-Joseph à Gilly a débuté une recherche sur une nouvelle méthode d’identification. Pour ce faire, l’objectif de ce travail est de valider un technique d’identification des dermatophytes et d’autres champignons filamenteux par spectrométrie de masse à l’aide du Maldi-Tof. Cette étude permettra de lancer cette technique en routine afin d’aider les laborantins dans l’identification des champignons et d’avoir un diagnostic plus rapidement par rapport à la méthode classique d’identification des mycètes. Cette méthode classique correspond à un examen microscopique et macroscopique. La stratégie de ce mémoire consiste à réaliser différents tests à partir de 31 souches de plusieurs genres de champignons reçues du CHU de Liège. Une vérification des noms des souches, des tests de croissance et d’extraction ont été effectués afin d’obtenir les conditions optimales pour une bonne identification. La répétabilité, la fiabilité et la reproductibilité de la méthode ont été également analysées dans le but que la validation soit acceptée. Les résultats de ces expériences ont montré que 27 souches sur les 28 souches testées ont été identifiées avec succès à l’aide de la méthode classique du dépôt avec et sans acide formique sur la plaque du Maldi-Tof. Une extraction longue a été mise au point dans le cas d’un mauvais résultat lors de la procédure classique. Celle-ci a démontré un pourcentage d’identification de 100%. Le test de répétabilité réalisé 20 fois sur la même souche a révélé que l’ajout d’acide formique lors du dépôt entraine des variations de scores sur l’automate et chaque identification a été correcte. Enfin, le test de fiabilité et de reproductibilité quant à lui a montré des résultats allant d’un pourcentage de 80% à 100% pour chaque identification de chaque souche. Toutes les manipulations qui ont été exécutées dans le but de valider la méthode d’identification à l’aide du Maldi-Tof ont fonctionné avec succès. Cette technique d’identification des dermatophytes et autres champignons filamenteux par spectrométrie de masse pourra donc être mise en routine au laboratoire de l’Hôpital Saint-Joseph.
Note de contenu :	Table des matières REMERCIEMENTS 4 PRÉSENTATION DU LIEU DE STAGE 9 INTRODUCTION GÉNÉRALE 10 PARTIE THÉORIQUE 12 1. LES MYCÈTES 12 1.1 GÉNÉRALITÉS 12 1.2 STRUCTURE 13 1.2.1 COMPOSITION DE LA PAROI 13 1.2.2 MYCÉLIUM 14 1.2.3 LES SPORES 14 1.3 MODE DE VIE 15 1.4 CLASSIFICATION 15 1.5 IMPORTANCE DES CHAMPIGNONS 15 1.6 PATHOLOGIE HUMAINE 16 1.6.1 MYCOSES SUPERFICIELLES 16 1.6.1.1 MYCOSES CUTANÉES 16 1.6.1.2 MYCOSES SOUS-CUTANÉES 16 1.6.2 MYCOSES SYSTÉMIQUES 16 1.6.3 MYCOSES OPPORTUNISTES 16 2 LES CHAMPIGNONS FILAMENTEUX 17 2.1 LES DERMATOPHYTES 17 2.1.1 GÉNÉRALITÉS 17 2.1.2 LES GENRES 17 2.1.2.1 TRICHOPHYTON 17 2.1.2.2 MICROSPORUM 17 2.1.2.3 EPIDERMOPHYTON 17 2.1.3 IDENTIFICATION 18 2.1.3.1 ASPECTS MORPHOLOGIQUES 18 2.1.3.1.1 MORPHOLOGIE DES CONIDIES 18 2.1.3.1.2 MORPHOLOGIE DES MYCÉLIUMS 19 2.1.4 ORIGINE 19 2.1.5 CARACTÉRISATION DES SOUCHES MANIPULÉES AU LABORATOIRE 19 3 AUTRES CHAMPIGNONS FILAMENTEUX 24 3.1 ORGANE DE CARACTÉRISATION 24 3.2 CARACTÉRISATION DES SOUCHES 24 4 LE MALDI TOF 30 4.1 GÉNÉRALITÉ 30 4.2 LA SPECTROMETRIE DE MASSE 30 4.3 PRINCIPE DU MALDI-TOF 31 4.3.1 MATRICE 33 4.3.2 ANALYSE DES DONNÉES 33 4.4 LES BIBLIOTHÈQUES 33 4.4.1 IVD 33 4.4.2 RUO 34 4.5 VALIDATION TECHNIQUE 34 PARTIE PRATIQUE 35 1 OBJECTIF 35 2 MATÉRIEL ET RÉACTIFS 35 2.1 MATÉRIEL 35 2.2 RÉACTIFS 36 2.3 ÉCHANTILLONS 36 3 ENSEMENCEMENT ET CULTURE DE DERMATOPHYTES 36 3.1 CULTURE 36 4 IDENTIFICATION PAR SPECTROSCOPIE DE MASSE 38 4.1 MODE OPÉRATOIRE 38 4.2 EXTRACTION 39 4.3 CROISSANCE : 40 5 RÉSULTATS ET DISCUSSION 41 5.1 IDENTIFICATION 41 5.2 CULTURE 44 5.3 EXTRACTION 46 5.4 CROISSANCE 47 5.5 LA RÉPÉTABILITÉ 49 5.6 REPRODUCTIBILITÉ ET FIABILITÉ 51 CONCLUSION 54 LISTE DES ABRÉVIATIONS 56 LISTE DES FIGURES ET DES TABLEAUX 57 LEXIQUE 58 BIBLIOGRAPHIE 62 TABLE DES ANNEXES 68 ANNEXES 69
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Validation technique de I’identification d’espèces de dermatophytes et autres champignons filamenteux par spectrométrie de masse (technique du Maldi-Tof) [TFE / Mémoire] / Aleandro Forgione, Auteur ; Julie Schmitz, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale, 2021.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur
Langues : Français (fre)

Mots-clés :	dermatophytes  champignons filamenteux  spectrométrie de masse  technique du Maldi-Tof  laboratoire de bactériologie  Saint-Joseph Gilly
Index. décimale :	TFE Bio Med TFE Biologie médicale
Résumé :	Au vu des infections plus fréquentes causées par les mycètes plus précisément les dermatophytes et d’autres champignons filamenteux, le laboratoire de bactériologie de Saint-Joseph à Gilly a débuté une recherche sur une nouvelle méthode d’identification. Pour ce faire, l’objectif de ce travail est de valider un technique d’identification des dermatophytes et d’autres champignons filamenteux par spectrométrie de masse à l’aide du Maldi-Tof. Cette étude permettra de lancer cette technique en routine afin d’aider les laborantins dans l’identification des champignons et d’avoir un diagnostic plus rapidement par rapport à la méthode classique d’identification des mycètes. Cette méthode classique correspond à un examen microscopique et macroscopique. La stratégie de ce mémoire consiste à réaliser différents tests à partir de 31 souches de plusieurs genres de champignons reçues du CHU de Liège. Une vérification des noms des souches, des tests de croissance et d’extraction ont été effectués afin d’obtenir les conditions optimales pour une bonne identification. La répétabilité, la fiabilité et la reproductibilité de la méthode ont été également analysées dans le but que la validation soit acceptée. Les résultats de ces expériences ont montré que 27 souches sur les 28 souches testées ont été identifiées avec succès à l’aide de la méthode classique du dépôt avec et sans acide formique sur la plaque du Maldi-Tof. Une extraction longue a été mise au point dans le cas d’un mauvais résultat lors de la procédure classique. Celle-ci a démontré un pourcentage d’identification de 100%. Le test de répétabilité réalisé 20 fois sur la même souche a révélé que l’ajout d’acide formique lors du dépôt entraine des variations de scores sur l’automate et chaque identification a été correcte. Enfin, le test de fiabilité et de reproductibilité quant à lui a montré des résultats allant d’un pourcentage de 80% à 100% pour chaque identification de chaque souche. Toutes les manipulations qui ont été exécutées dans le but de valider la méthode d’identification à l’aide du Maldi-Tof ont fonctionné avec succès. Cette technique d’identification des dermatophytes et autres champignons filamenteux par spectrométrie de masse pourra donc être mise en routine au laboratoire de l’Hôpital Saint-Joseph.
Note de contenu :	Table des matières REMERCIEMENTS 4 PRÉSENTATION DU LIEU DE STAGE 9 INTRODUCTION GÉNÉRALE 10 PARTIE THÉORIQUE 12 1. LES MYCÈTES 12 1.1 GÉNÉRALITÉS 12 1.2 STRUCTURE 13 1.2.1 COMPOSITION DE LA PAROI 13 1.2.2 MYCÉLIUM 14 1.2.3 LES SPORES 14 1.3 MODE DE VIE 15 1.4 CLASSIFICATION 15 1.5 IMPORTANCE DES CHAMPIGNONS 15 1.6 PATHOLOGIE HUMAINE 16 1.6.1 MYCOSES SUPERFICIELLES 16 1.6.1.1 MYCOSES CUTANÉES 16 1.6.1.2 MYCOSES SOUS-CUTANÉES 16 1.6.2 MYCOSES SYSTÉMIQUES 16 1.6.3 MYCOSES OPPORTUNISTES 16 2 LES CHAMPIGNONS FILAMENTEUX 17 2.1 LES DERMATOPHYTES 17 2.1.1 GÉNÉRALITÉS 17 2.1.2 LES GENRES 17 2.1.2.1 TRICHOPHYTON 17 2.1.2.2 MICROSPORUM 17 2.1.2.3 EPIDERMOPHYTON 17 2.1.3 IDENTIFICATION 18 2.1.3.1 ASPECTS MORPHOLOGIQUES 18 2.1.3.1.1 MORPHOLOGIE DES CONIDIES 18 2.1.3.1.2 MORPHOLOGIE DES MYCÉLIUMS 19 2.1.4 ORIGINE 19 2.1.5 CARACTÉRISATION DES SOUCHES MANIPULÉES AU LABORATOIRE 19 3 AUTRES CHAMPIGNONS FILAMENTEUX 24 3.1 ORGANE DE CARACTÉRISATION 24 3.2 CARACTÉRISATION DES SOUCHES 24 4 LE MALDI TOF 30 4.1 GÉNÉRALITÉ 30 4.2 LA SPECTROMETRIE DE MASSE 30 4.3 PRINCIPE DU MALDI-TOF 31 4.3.1 MATRICE 33 4.3.2 ANALYSE DES DONNÉES 33 4.4 LES BIBLIOTHÈQUES 33 4.4.1 IVD 33 4.4.2 RUO 34 4.5 VALIDATION TECHNIQUE 34 PARTIE PRATIQUE 35 1 OBJECTIF 35 2 MATÉRIEL ET RÉACTIFS 35 2.1 MATÉRIEL 35 2.2 RÉACTIFS 36 2.3 ÉCHANTILLONS 36 3 ENSEMENCEMENT ET CULTURE DE DERMATOPHYTES 36 3.1 CULTURE 36 4 IDENTIFICATION PAR SPECTROSCOPIE DE MASSE 38 4.1 MODE OPÉRATOIRE 38 4.2 EXTRACTION 39 4.3 CROISSANCE : 40 5 RÉSULTATS ET DISCUSSION 41 5.1 IDENTIFICATION 41 5.2 CULTURE 44 5.3 EXTRACTION 46 5.4 CROISSANCE 47 5.5 LA RÉPÉTABILITÉ 49 5.6 REPRODUCTIBILITÉ ET FIABILITÉ 51 CONCLUSION 54 LISTE DES ABRÉVIATIONS 56 LISTE DES FIGURES ET DES TABLEAUX 57 LEXIQUE 58 BIBLIOGRAPHIE 62 TABLE DES ANNEXES 68 ANNEXES 69
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