Centre de Documentation Campus Montignies
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Vendredi : 8h-16h30
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Développement de techniques nécessaires à la transformation génétique du rotifère bdelloïde Adineta vaga / LUDOVIC HERTER
Titre : Développement de techniques nécessaires à la transformation génétique du rotifère bdelloïde Adineta vaga Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : LUDOVIC HERTER, Auteur Année de publication : 2016 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : Biologie médicale Unité de Recherche en Biologie Environnementale et Evolutive URBE rotifères adineta vaga écologie souches plasmides additifs culture ADN ARN électrophorèse sur gel agarose purification ADN feeding transformation bactérienne transfection DAPI Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Présentation du lieu de stage ................................................................................ 11
Introduction générale ............................................................................................ 13
1. Contexte général ........................................................................................... 15
1.1 Les rotifères… ........................................................................................ 15
1.2 …un embranchement très diversifié ..................................................... 15
1.3 Notre rotifère bdelloïde modèle, Adineta vaga .................................... 17
1.3.1 Ecologie .............................................................................................. 17
1.3.2 Anatomie/physiologie ........................................................................ 17
1.3.3 Un organisme eutélique ..................................................................... 21
1.4 « Un Scandale de l’évolution» ............................................................... 21
1.5 De nombreux gènes étrangers .............................................................. 23
1.6 Un organisme extraordinairement résistant ......................................... 23
1.7 Les transferts horizontaux, source de variabilité ? ............................... 25
2. Objectifs et stratégies ................................................................................... 27
3. Matériel et méthodes ................................................................................... 29
3.1 Souches et plasmides ............................................................................ 29
3.1.1 Rotifère bdelloïde .............................................................................. 29
3.1.2 Souche bactérienne ........................................................................... 29
3.1.3 Plasmides ........................................................................................... 29
3.2 Milieux, tampons et solutions ............................................................... 30
3.2.1 Milieux de culture .............................................................................. 30
3.2.2 Additifs aux milieux de culture .......................................................... 30
3.2.3 Tampons et solutions ......................................................................... 31
3.3 Maintien des cultures de rotifères ........................................................ 31
3.3.1 Conditions de culture ......................................................................... 31
3.3.2 Récolte d’un grand nombre d’individus ............................................ 32
3.4 Techniques relatives aux acides nucléiques .......................................... 32
3.4.1 Techniques relatives à l’ADN ............................................................. 32
3.4.2 Techniques relatives à l’ARN .............................................................. 38
3.4.3 Electrophorèse sur gel d’agarose ...................................................... 39
3.4.4 Purification d’ADN sur gel d’agarose ................................................. 39
3.5 Techniques relatives à l’utilisation de bactéries ................................... 40
3.5.1 Feeding des rotifères aux bactéries fluorescentes ............................ 40
3.5.2 Transformation de bactéries.............................................................. 40
3.6 Transfection de A. vaga ........................................................................ 42
3.7 Dessiccation du rotifère bdelloïde A.vaga ............................................ 42
3.8 Microscopie ........................................................................................... 43
3.8.1 Technique de fixation ........................................................................ 43
3.8.2 Marquage au DAPI et montage au Mowiol ....................................... 43
4. Résultats et discussion ................................................................................. 45
4.1 Processus d’internalisation d’acides nucléiques ................................... 45
4.1.1 Synthèse des acides nucléiques marqués ......................................... 45
4.1.2 Transfection des acides nucléiques marqués chez A.vaga ................ 52
4.1.3 Nourrissage d’A.vaga aux bactéries fluorescentes : est-ce que la
localisation du signal est identique ? ...................................................................... 54
4.1.4 La dessiccation, origine probable des transferts horizontaux .......... 55
4.2 La fluorescence est-elle altérée par la fixation ? .................................. 58
4.2.1 Fixation au paraformaldéhyde .......................................................... 58
4.2.2 « Le monde est stone » ..................................................................... 59
4.2.3 Observation d’A.vaga in vivo ............................................................. 60
4.2.4 Transfection sur des oeufs, plus efficace ? ........................................ 60
4.3 Transgenèse transitoire ........................................................................ 61
4.3.1 Purification et validation des plasmides pCS2+ et pCS2+eGFP ......... 61
4.3.2 Construction du plasmide mCherry ................................................... 62
4.4 Etude de la résistance/sensibilité d’A.vaga aux antibiotiques ............. 68
Conclusion générale et perspectives ..................................................................... 73
Liste des illustrations ............................................................................................. 77
Lexique .................................................................................................................. 78
Bibliographie .......................................................................................................... 79
Annexes ................................................................................................................. 81
Résumé .................................................................................................................. 94Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65674 Développement de techniques nécessaires à la transformation génétique du rotifère bdelloïde Adineta vaga [TFE / Mémoire] / LUDOVIC HERTER, Auteur . - 2016.
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Mots-clés : Biologie médicale Unité de Recherche en Biologie Environnementale et Evolutive URBE rotifères adineta vaga écologie souches plasmides additifs culture ADN ARN électrophorèse sur gel agarose purification ADN feeding transformation bactérienne transfection DAPI Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Présentation du lieu de stage ................................................................................ 11
Introduction générale ............................................................................................ 13
1. Contexte général ........................................................................................... 15
1.1 Les rotifères… ........................................................................................ 15
1.2 …un embranchement très diversifié ..................................................... 15
1.3 Notre rotifère bdelloïde modèle, Adineta vaga .................................... 17
1.3.1 Ecologie .............................................................................................. 17
1.3.2 Anatomie/physiologie ........................................................................ 17
1.3.3 Un organisme eutélique ..................................................................... 21
1.4 « Un Scandale de l’évolution» ............................................................... 21
1.5 De nombreux gènes étrangers .............................................................. 23
1.6 Un organisme extraordinairement résistant ......................................... 23
1.7 Les transferts horizontaux, source de variabilité ? ............................... 25
2. Objectifs et stratégies ................................................................................... 27
3. Matériel et méthodes ................................................................................... 29
3.1 Souches et plasmides ............................................................................ 29
3.1.1 Rotifère bdelloïde .............................................................................. 29
3.1.2 Souche bactérienne ........................................................................... 29
3.1.3 Plasmides ........................................................................................... 29
3.2 Milieux, tampons et solutions ............................................................... 30
3.2.1 Milieux de culture .............................................................................. 30
3.2.2 Additifs aux milieux de culture .......................................................... 30
3.2.3 Tampons et solutions ......................................................................... 31
3.3 Maintien des cultures de rotifères ........................................................ 31
3.3.1 Conditions de culture ......................................................................... 31
3.3.2 Récolte d’un grand nombre d’individus ............................................ 32
3.4 Techniques relatives aux acides nucléiques .......................................... 32
3.4.1 Techniques relatives à l’ADN ............................................................. 32
3.4.2 Techniques relatives à l’ARN .............................................................. 38
3.4.3 Electrophorèse sur gel d’agarose ...................................................... 39
3.4.4 Purification d’ADN sur gel d’agarose ................................................. 39
3.5 Techniques relatives à l’utilisation de bactéries ................................... 40
3.5.1 Feeding des rotifères aux bactéries fluorescentes ............................ 40
3.5.2 Transformation de bactéries.............................................................. 40
3.6 Transfection de A. vaga ........................................................................ 42
3.7 Dessiccation du rotifère bdelloïde A.vaga ............................................ 42
3.8 Microscopie ........................................................................................... 43
3.8.1 Technique de fixation ........................................................................ 43
3.8.2 Marquage au DAPI et montage au Mowiol ....................................... 43
4. Résultats et discussion ................................................................................. 45
4.1 Processus d’internalisation d’acides nucléiques ................................... 45
4.1.1 Synthèse des acides nucléiques marqués ......................................... 45
4.1.2 Transfection des acides nucléiques marqués chez A.vaga ................ 52
4.1.3 Nourrissage d’A.vaga aux bactéries fluorescentes : est-ce que la
localisation du signal est identique ? ...................................................................... 54
4.1.4 La dessiccation, origine probable des transferts horizontaux .......... 55
4.2 La fluorescence est-elle altérée par la fixation ? .................................. 58
4.2.1 Fixation au paraformaldéhyde .......................................................... 58
4.2.2 « Le monde est stone » ..................................................................... 59
4.2.3 Observation d’A.vaga in vivo ............................................................. 60
4.2.4 Transfection sur des oeufs, plus efficace ? ........................................ 60
4.3 Transgenèse transitoire ........................................................................ 61
4.3.1 Purification et validation des plasmides pCS2+ et pCS2+eGFP ......... 61
4.3.2 Construction du plasmide mCherry ................................................... 62
4.4 Etude de la résistance/sensibilité d’A.vaga aux antibiotiques ............. 68
Conclusion générale et perspectives ..................................................................... 73
Liste des illustrations ............................................................................................. 77
Lexique .................................................................................................................. 78
Bibliographie .......................................................................................................... 79
Annexes ................................................................................................................. 81
Résumé .................................................................................................................. 94Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65674 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire
Titre : Bactériologie médicale : techniques usuelles Type de document : texte imprimé Auteurs : François Denis, Auteur ; Marie-Cécile Ploy, Auteur ; Christian Martin (19..-....), Auteur ; Edouard Bingen (1946-2012), Auteur ; Roland Quentin (1946-....), Auteur Mention d'édition : 2e édition largement revue et actualisée Année de publication : DL 2011, cop. 2011 Importance : 1 vol. (XXII-631 p.) Présentation : ill. en noir et en coul., couv. ill. en coul. Format : 27 cm ISBN/ISSN/EAN : 978-2-294-09668-6 Mots-clés : BACTERIOLOGIE MEDICALE MANUEL PRELEVEMENT EXAMEN MICROSCOPIQUE CULTURE IDENTIFICATION SOUCHES RECHERCHE ANTIGENES BIOLOGIE MOLECULAIRE SECURITE STERILISATION INFORMATIQUE INTERNET QUALITE HEMOCULTURES ENDOCARDITES ECBU EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE URINES ANALYSE SELLES PUS SECRETIONS PONCTIONS PRELEVEMENTS GENITAUX NOUVEAU-NE INCIDENTS TRANSFUSION SYSTEMATIQUE BACTERIENNE GRAM + GRAM - MYCOPLASMES MYCOBACTERIES CYTOPARASITES SPIRALEES ANAEROBIES Index. décimale : 579 Microbiologie Résumé : Parmi les ouvrages de bactériologie, très peu ont l’ambition d’être pratiques, utilisables au quotidien, autrement dit d’être des ouvrages de paillasse. C’est le cas de cet ouvrage qui traite de la bactériologie « au quotidien ». Le succès de la 1re édition de l’ouvrage paru en 2007 et l’évolution des techniques justifient quatre ans plus tard une nouvelle édition. Plus qu’une simple réactualisation il s’agit également d’une véritable évolution avec de très nombreux nouveaux chapitres abordant des sujets jusqu’alors non traités.
Véritable synthèse de la spécialité, ce manuel est organisé en quatre parties : technologie générale, étude bactériologique des produits pathologiques, identification et systématique bactérienne, rôle du laboratoire dans l’instauration et la surveillance d’un traitement antibiotique. Au sein de ces parties, une quarantaine de chapitres abordent les germes sous l’angle taxonomique, mais aussi dans leur ensemble, dans le contexte des produits pathologiques. Les différents problèmes de gestion d’un laboratoire de bactériologie sont également abordés. Les chapitres sont facilement consultables et les informations recherchées très accessibles par un recours important aux encadrés, aux tableaux, ainsi qu’à des schémas et dessins originaux.
Cet ouvrage tout en couleur fait le point sur les techniques actuelles, mais aussi sur les démarches allant de l’approche pasteurienne à la biologie moléculaire, des techniques classiques de base aux automates et à l’informatique. On y trouve également toutes les informations pratiques concernant les centres nationaux de référence et une bibliographie de référence.
Il s’adresse à tous les biologistes, spécialisés ou non en bactériologie, mais aussi à tous les cliniciens concernés par les infections microbiennes.En ligne : https://books.google.be/books?id=ilMLVozEznkC&pg=PT70&hl=fr&source=gbs_selected_ [...] Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=63789 Bactériologie médicale : techniques usuelles [texte imprimé] / François Denis, Auteur ; Marie-Cécile Ploy, Auteur ; Christian Martin (19..-....), Auteur ; Edouard Bingen (1946-2012), Auteur ; Roland Quentin (1946-....), Auteur . - 2e édition largement revue et actualisée . - DL 2011, cop. 2011 . - 1 vol. (XXII-631 p.) : ill. en noir et en coul., couv. ill. en coul. ; 27 cm.
ISBN : 978-2-294-09668-6
Mots-clés : BACTERIOLOGIE MEDICALE MANUEL PRELEVEMENT EXAMEN MICROSCOPIQUE CULTURE IDENTIFICATION SOUCHES RECHERCHE ANTIGENES BIOLOGIE MOLECULAIRE SECURITE STERILISATION INFORMATIQUE INTERNET QUALITE HEMOCULTURES ENDOCARDITES ECBU EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE URINES ANALYSE SELLES PUS SECRETIONS PONCTIONS PRELEVEMENTS GENITAUX NOUVEAU-NE INCIDENTS TRANSFUSION SYSTEMATIQUE BACTERIENNE GRAM + GRAM - MYCOPLASMES MYCOBACTERIES CYTOPARASITES SPIRALEES ANAEROBIES Index. décimale : 579 Microbiologie Résumé : Parmi les ouvrages de bactériologie, très peu ont l’ambition d’être pratiques, utilisables au quotidien, autrement dit d’être des ouvrages de paillasse. C’est le cas de cet ouvrage qui traite de la bactériologie « au quotidien ». Le succès de la 1re édition de l’ouvrage paru en 2007 et l’évolution des techniques justifient quatre ans plus tard une nouvelle édition. Plus qu’une simple réactualisation il s’agit également d’une véritable évolution avec de très nombreux nouveaux chapitres abordant des sujets jusqu’alors non traités.
Véritable synthèse de la spécialité, ce manuel est organisé en quatre parties : technologie générale, étude bactériologique des produits pathologiques, identification et systématique bactérienne, rôle du laboratoire dans l’instauration et la surveillance d’un traitement antibiotique. Au sein de ces parties, une quarantaine de chapitres abordent les germes sous l’angle taxonomique, mais aussi dans leur ensemble, dans le contexte des produits pathologiques. Les différents problèmes de gestion d’un laboratoire de bactériologie sont également abordés. Les chapitres sont facilement consultables et les informations recherchées très accessibles par un recours important aux encadrés, aux tableaux, ainsi qu’à des schémas et dessins originaux.
Cet ouvrage tout en couleur fait le point sur les techniques actuelles, mais aussi sur les démarches allant de l’approche pasteurienne à la biologie moléculaire, des techniques classiques de base aux automates et à l’informatique. On y trouve également toutes les informations pratiques concernant les centres nationaux de référence et une bibliographie de référence.
Il s’adresse à tous les biologistes, spécialisés ou non en bactériologie, mais aussi à tous les cliniciens concernés par les infections microbiennes.En ligne : https://books.google.be/books?id=ilMLVozEznkC&pg=PT70&hl=fr&source=gbs_selected_ [...] Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=63789 Réservation
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Cote Support Localisation Section Disponibilité 579 DEN B Livre Centre de Documentation HELHa Campus Montignies Etagères livres Disponible
DisponibleEscherichia coli / Marie-Laure JOLY-GUILLOU in RFL : Revue Francophone des Laboratoires, 486 (Novembre 2016)
[article]
Titre : Escherichia coli Type de document : texte imprimé Auteurs : Marie-Laure JOLY-GUILLOU, Auteur Année de publication : 2016 Article en page(s) : 25-81 Langues : Français (fre) Mots-clés : E-coli escherichia coli BHEc diversité souches intestins escherichia coli enthgérohémorragique ECEH béta-lactamase à spectre élargi Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=75569
in RFL : Revue Francophone des Laboratoires > 486 (Novembre 2016) . - 25-81[article] Escherichia coli [texte imprimé] / Marie-Laure JOLY-GUILLOU, Auteur . - 2016 . - 25-81.
Langues : Français (fre)
in RFL : Revue Francophone des Laboratoires > 486 (Novembre 2016) . - 25-81
Mots-clés : E-coli escherichia coli BHEc diversité souches intestins escherichia coli enthgérohémorragique ECEH béta-lactamase à spectre élargi Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=75569 Réservation
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