Centre de Documentation Campus Montignies
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Etude de l’épigénétique d’un microARN cellulaire downrégulé dans un modèle d’oncogenèse viro-induite / MELANIE CAMBIER
Titre : Etude de l’épigénétique d’un microARN cellulaire downrégulé dans un modèle d’oncogenèse viro-induite Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : MELANIE CAMBIER, Auteur Année de publication : 2014 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : BIOLOGIE MÉDICALE UNIVERSITE DE NAMUR EPIGENETIQUE MICROARN ONCOGENESE VIRO-INDUITE HERPES VIRUS MALADIE DE MAREK PCR CLONAGE MOLECULAIRE MIR-126 EFGL-7 Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65374 Etude de l’épigénétique d’un microARN cellulaire downrégulé dans un modèle d’oncogenèse viro-induite [TFE / Mémoire] / MELANIE CAMBIER, Auteur . - 2014.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur
Langues : Français (fre)
Mots-clés : BIOLOGIE MÉDICALE UNIVERSITE DE NAMUR EPIGENETIQUE MICROARN ONCOGENESE VIRO-INDUITE HERPES VIRUS MALADIE DE MAREK PCR CLONAGE MOLECULAIRE MIR-126 EFGL-7 Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65374 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Etude par hybridation in situ de l’expression du microARN miR-210 dans les cancers du sein triple négatifs / SARA SOLLENNITA
Titre : Etude par hybridation in situ de l’expression du microARN miR-210 dans les cancers du sein triple négatifs Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : SARA SOLLENNITA, Auteur Année de publication : 2016 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale Institut de Pathologie et de Génétique IPG Gosselies microARN miR-210 cancer du sein hypoxie anticorps hybridation in situ immunomarquages Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Remerciements
Présentation du lieu de stage
Introduction générale ................................................................................................................. 13
PARTIE 1 : Introduction théorique ............................................................................................. 17
1. Le cancer du sein ............................................................................................................. 17
1.1. Description et impact du cancer du sein ................................................................. 17
1.2. Structure histologique du sein normal .................................................................... 18
1.3. Les différents types de cancers du sein ...................................................................... 19
1.3.1. Classification histologique ............................................................................... 19
1.3.2. Classification Scarff Bloom & Richardson SBR ................................................ 20
1.3.3. Classification moléculaire................................................................................ 20
1.3.3.1. Type luminal ................................................................................................ 20
1.3.3.2. Type HER2 ................................................................................................... 21
1.3.3.3. Les cancers de type « triple négatifs » ........................................................ 22
2. Problématique ................................................................................................................. 22
3. Les microARN .................................................................................................................. 23
3.1. Généralités .............................................................................................................. 23
3.2. Les microARN dans les cancers ............................................................................... 24
4. Contexte de la recherche ................................................................................................ 26
5. Le micro ARN miR-210 .................................................................................................... 27
5.1. Généralités .............................................................................................................. 27
5.2. Le miR-210 et l’hypoxie ........................................................................................... 28
5.2.1. Définition et mécanismes de l’hypoxie ........................................................... 28
5.2.2. Les marqueurs de l’hypoxie ............................................................................ 29
5.2.2.1. Hypoxia Inductible Factor 1 alpha .............................................................. 29
5.2.2.2. Carbonic Anhydrase IX ................................................................................ 30
5.2.2.3. Iron-Sulfur Cluster 1/2 ................................................................................ 30
5.2.2.4. Monocarboxylate Transporter 4 ................................................................. 30
5.2.3. L’effet Warburg et l’effet Warburg inverse ........................................................ 31
6. Technique de détection des microARN ........................................................................... 32
6.1. Principe général de l’hybridation in situ selon le kit Exiqon ................................... 32
6.2. Les conditions d’hybridation ................................................................................... 33
6.3. Les sondes LNA ........................................................................................................ 33
7. Technique de détection des protéines ........................................................................... 34
7.1. Principe général de l’immunohistochimie .............................................................. 34
7.2. Les anticorps ........................................................................................................... 35
7.3. Critères d’optimisation............................................................................................ 35
7.4. La détection du signal ............................................................................................. 36
8. Objectifs et stratégies ..................................................................................................... 39
PARTIE 2 : Matériel et méthode................................................................................................. 43
1. Préparation des échantillons .............................................................................................. 43
2. Mise au point des anticorps ................................................................................................ 43
2.1. Choix des anticorps ..................................................................................................... 44
2.2. Choix du tissu de mise au point .................................................................................. 45
2.3. Optimisation de l’immunohistochimie ....................................................................... 45
2.3.1. Le démasquage ................................................................................................... 45
2.3.2. La dilution de l’anticorps ..................................................................................... 46
2.4. Matériel ....................................................................................................................... 47
2.5. Procédure .................................................................................................................... 47
3. Optimisation de l’hybridation in situ .................................................................................. 49
3.1. Optimisation de la digestion enzymatique et de la concentration en sonde ............. 50
3.1.1. Digestion du tissu ................................................................................................ 50
3.1.2. Les sondes ........................................................................................................... 51
3.2. Matériel ....................................................................................................................... 52
3.3. Procédure .................................................................................................................... 53
4. Analyse des lames ............................................................................................................... 54
5. Echantillons tumoraux ........................................................................................................ 55
PARTIE 3 : Résultats .................................................................................................................... 59
1. Optimisation de l’hybridation in situ .............................................................................. 59
1.1. Traitement à la protéinase K ................................................................................... 59
1.2. La concentration des sondes ................................................................................... 61
1.3. Synthèse .................................................................................................................. 62
2. Etude de l’expression du miR-210 .................................................................................. 63
2.1. Comparaison aux données de qRT-PCR .................................................................. 64
2.2. Identification des cellules qui expriment miR-210.................................................. 64
3. Optimisation des immunomarquages ............................................................................. 68
3.1. Anti - Carbonic Anhydrase IX................................................................................... 68
3.2. Anti - Monocarboxylate Transporter 4 ................................................................... 70
3.3. Anti - Iron-Suflur Cluster 1/2 ................................................................................... 71
3.4. Anti - Hypoxia Inductible Factor 1α ........................................................................ 72
3.5. Synthèse .................................................................................................................. 72
4. Etude de l’expression des marqueurs de l’hypoxie ........................................................ 73
4.1. Carbonic Anhydrase IX ................................................................................................. 73
4.2. Monocarboxylate Transporter 4 .................................................................................. 75
4.3. Iron-Sulfur Cluster 1/2.................................................................................................. 77
4.4. Hypoxia inductible factor 1 alpha ................................................................................ 79
5. miR-210 et le métabolisme tumoral ............................................................................... 81
Conclusion ................................................................................................................................... 85
Liste des figures et abréviations.................................................................................................. 87
Bibliographie ............................................................................................................................... 92
AnnexesPermalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65694 Etude par hybridation in situ de l’expression du microARN miR-210 dans les cancers du sein triple négatifs [TFE / Mémoire] / SARA SOLLENNITA, Auteur . - 2016.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : biologie médicale Institut de Pathologie et de Génétique IPG Gosselies microARN miR-210 cancer du sein hypoxie anticorps hybridation in situ immunomarquages Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Remerciements
Présentation du lieu de stage
Introduction générale ................................................................................................................. 13
PARTIE 1 : Introduction théorique ............................................................................................. 17
1. Le cancer du sein ............................................................................................................. 17
1.1. Description et impact du cancer du sein ................................................................. 17
1.2. Structure histologique du sein normal .................................................................... 18
1.3. Les différents types de cancers du sein ...................................................................... 19
1.3.1. Classification histologique ............................................................................... 19
1.3.2. Classification Scarff Bloom & Richardson SBR ................................................ 20
1.3.3. Classification moléculaire................................................................................ 20
1.3.3.1. Type luminal ................................................................................................ 20
1.3.3.2. Type HER2 ................................................................................................... 21
1.3.3.3. Les cancers de type « triple négatifs » ........................................................ 22
2. Problématique ................................................................................................................. 22
3. Les microARN .................................................................................................................. 23
3.1. Généralités .............................................................................................................. 23
3.2. Les microARN dans les cancers ............................................................................... 24
4. Contexte de la recherche ................................................................................................ 26
5. Le micro ARN miR-210 .................................................................................................... 27
5.1. Généralités .............................................................................................................. 27
5.2. Le miR-210 et l’hypoxie ........................................................................................... 28
5.2.1. Définition et mécanismes de l’hypoxie ........................................................... 28
5.2.2. Les marqueurs de l’hypoxie ............................................................................ 29
5.2.2.1. Hypoxia Inductible Factor 1 alpha .............................................................. 29
5.2.2.2. Carbonic Anhydrase IX ................................................................................ 30
5.2.2.3. Iron-Sulfur Cluster 1/2 ................................................................................ 30
5.2.2.4. Monocarboxylate Transporter 4 ................................................................. 30
5.2.3. L’effet Warburg et l’effet Warburg inverse ........................................................ 31
6. Technique de détection des microARN ........................................................................... 32
6.1. Principe général de l’hybridation in situ selon le kit Exiqon ................................... 32
6.2. Les conditions d’hybridation ................................................................................... 33
6.3. Les sondes LNA ........................................................................................................ 33
7. Technique de détection des protéines ........................................................................... 34
7.1. Principe général de l’immunohistochimie .............................................................. 34
7.2. Les anticorps ........................................................................................................... 35
7.3. Critères d’optimisation............................................................................................ 35
7.4. La détection du signal ............................................................................................. 36
8. Objectifs et stratégies ..................................................................................................... 39
PARTIE 2 : Matériel et méthode................................................................................................. 43
1. Préparation des échantillons .............................................................................................. 43
2. Mise au point des anticorps ................................................................................................ 43
2.1. Choix des anticorps ..................................................................................................... 44
2.2. Choix du tissu de mise au point .................................................................................. 45
2.3. Optimisation de l’immunohistochimie ....................................................................... 45
2.3.1. Le démasquage ................................................................................................... 45
2.3.2. La dilution de l’anticorps ..................................................................................... 46
2.4. Matériel ....................................................................................................................... 47
2.5. Procédure .................................................................................................................... 47
3. Optimisation de l’hybridation in situ .................................................................................. 49
3.1. Optimisation de la digestion enzymatique et de la concentration en sonde ............. 50
3.1.1. Digestion du tissu ................................................................................................ 50
3.1.2. Les sondes ........................................................................................................... 51
3.2. Matériel ....................................................................................................................... 52
3.3. Procédure .................................................................................................................... 53
4. Analyse des lames ............................................................................................................... 54
5. Echantillons tumoraux ........................................................................................................ 55
PARTIE 3 : Résultats .................................................................................................................... 59
1. Optimisation de l’hybridation in situ .............................................................................. 59
1.1. Traitement à la protéinase K ................................................................................... 59
1.2. La concentration des sondes ................................................................................... 61
1.3. Synthèse .................................................................................................................. 62
2. Etude de l’expression du miR-210 .................................................................................. 63
2.1. Comparaison aux données de qRT-PCR .................................................................. 64
2.2. Identification des cellules qui expriment miR-210.................................................. 64
3. Optimisation des immunomarquages ............................................................................. 68
3.1. Anti - Carbonic Anhydrase IX................................................................................... 68
3.2. Anti - Monocarboxylate Transporter 4 ................................................................... 70
3.3. Anti - Iron-Suflur Cluster 1/2 ................................................................................... 71
3.4. Anti - Hypoxia Inductible Factor 1α ........................................................................ 72
3.5. Synthèse .................................................................................................................. 72
4. Etude de l’expression des marqueurs de l’hypoxie ........................................................ 73
4.1. Carbonic Anhydrase IX ................................................................................................. 73
4.2. Monocarboxylate Transporter 4 .................................................................................. 75
4.3. Iron-Sulfur Cluster 1/2.................................................................................................. 77
4.4. Hypoxia inductible factor 1 alpha ................................................................................ 79
5. miR-210 et le métabolisme tumoral ............................................................................... 81
Conclusion ................................................................................................................................... 85
Liste des figures et abréviations.................................................................................................. 87
Bibliographie ............................................................................................................................... 92
AnnexesPermalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65694 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Des vésicules à RISC pour les microARN in Biofutur, 304 (2009)
[article]
Titre : Des vésicules à RISC pour les microARN Type de document : texte imprimé Année de publication : 2009 Article en page(s) : 50 - 54 Mots-clés : ARN microARN EXPRESSION DES GENES REGULATION EPIGENETIQUE COMPLEXE PROTEIQUE RISC ENDOSOMES Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=72180
in Biofutur > 304 (2009) . - 50 - 54[article] Des vésicules à RISC pour les microARN [texte imprimé] . - 2009 . - 50 - 54.
in Biofutur > 304 (2009) . - 50 - 54
Mots-clés : ARN microARN EXPRESSION DES GENES REGULATION EPIGENETIQUE COMPLEXE PROTEIQUE RISC ENDOSOMES Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=72180 Exemplaires (1)
Cote Support Localisation Section Disponibilité Revue Revue Centre de Documentation HELHa Campus Montignies Réserve Consultable sur demande auprès des documentalistes
Exclu du prêtImpact de la méthylation sur le promoteur des LATs durant l'infection in vivo et in vitro du virus de la maladie de Marek / Oriana Laforgia
Titre : Impact de la méthylation sur le promoteur des LATs durant l'infection in vivo et in vitro du virus de la maladie de Marek Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Oriana Laforgia, Auteur Année de publication : 2016 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale Unité de Recherche Vétérinaire Intégrée URVI maladie de Malek microARN transcription expression phase de latence du MDV epigénétique culture cellulaire extraction ADN quantification ADN bisulfite nested PCR électrophorèse ADN purification acide nucléique ligation clonage LAT Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : SOMMAIRE
Remerciements
1 PrÉsentation du lieu de stage................................................................................................ 7
2 Introduction .......................................................................................................................... 9
3 Contexte général ................................................................................................................. 11
3.1 La maladie de Marek ................................................................................................... 11
3.1.1 Historique: ........................................................................................................... 11
3.1.2 Classification:....................................................................................................... 12
3.1.3 Formes cliniques.................................................................................................. 13
3.1.4 Structure du virus ................................................................................................ 14
3.1.5 Cycle de vie .......................................................................................................... 15
3.2 Les microARN .............................................................................................................. 17
3.2.1 Généralités .......................................................................................................... 17
3.2.2 Biogenèse des microARN .................................................................................... 18
3.2.3 Les microARN de GaHV-2 .................................................................................... 19
3.2.4 Initiation de la transcription et « core » promoteur ........................................... 20
3.3 Transcription et expression des gènes durant la phase de latence du MDV .............. 21
3.3.1 Le gène ICP4 ........................................................................................................ 21
3.3.3 LAT (Latency associated transcript) .................................................................... 22
3.4 Épigénétique ............................................................................................................... 24
3.4.1 Généralités .......................................................................................................... 24
3.4.2 Acétylation des histones ..................................................................................... 24
3.4.3 Phosphorylation des histones ............................................................................. 25
3.4.4 Méthylation des histones .................................................................................... 25
3.4.5 Méthylation de l'ADN .......................................................................................... 26
3.4.6 Méthylation de l'ADN dans le MDV .................................................................... 27
4 Objectifs et stratÉgie ........................................................................................................... 29
5 Matériel et méthodes ......................................................................................................... 31
5.1 Culture cellulaire ......................................................................................................... 31
5.1.1 Les cellules MSB-1 ............................................................................................... 31
5.1.2 Cellules embryonnaires de poulet infectées (CEFs) par la souche virale RB-1B . 31
5.1.3 Epithéliums de follicules plumeux (FFE) .............................................................. 31
5.2 Extraction d'ADN et quantification ............................................................................. 32
5.3 Traitement au bisulfite ................................................................................................ 32
5.4 Nested polymerase chain reaction (nested PCR) ........................................................ 34
5.5 Électrophorèse d'ADN ................................................................................................. 35
5.6 Purification des acides nucléiques .............................................................................. 36
5.7 Préparation des bactéries compétentes ..................................................................... 36
6
5.8 Ligation vecteur/insert ................................................................................................ 36
5.9 Clonage ........................................................................................................................ 37
5.10 Système blanc/bleu ..................................................................................................... 38
5.11 Screen PCR et séquençage .......................................................................................... 39
6 RÉsultats et discussion ........................................................................................................ 41
6.1 Construction de la région promotrice du LAT ............................................................. 41
6.2 Effet du traitement au bisulfite ................................................................................... 43
6.3 Amplification par PCR nichée des échantillons traités au bisulfite ............................. 45
6.4 Clonage des amplicons obtenus à partir d'échantillons biologiques .......................... 47
6.5 Analyse des profils de méthylation du promoteur LAT dans différents contextes biologiques .............................................................................................................................. 50
6.5.1 Distribution des répétitions in vivo et in vitro ..................................................... 50
6.5.2 Profils de méthylation in vivo et in vitro ............................................................. 52
6.5.3 Pourcentage de méthylation pour chaque site CpG ........................................... 54
7 Discussion et conclusion ..................................................................................................... 57
8 Liste des figures ................................................................................................................... 59
9 Liste des tableaux ................................................................................................................ 60
10 Glossaire .......................................................................................................................... 61
11 Bibliographie ................................................................................................................... 65Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65676 Impact de la méthylation sur le promoteur des LATs durant l'infection in vivo et in vitro du virus de la maladie de Marek [TFE / Mémoire] / Oriana Laforgia, Auteur . - 2016.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur
Langues : Français (fre)
Mots-clés : biologie médicale Unité de Recherche Vétérinaire Intégrée URVI maladie de Malek microARN transcription expression phase de latence du MDV epigénétique culture cellulaire extraction ADN quantification ADN bisulfite nested PCR électrophorèse ADN purification acide nucléique ligation clonage LAT Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : SOMMAIRE
Remerciements
1 PrÉsentation du lieu de stage................................................................................................ 7
2 Introduction .......................................................................................................................... 9
3 Contexte général ................................................................................................................. 11
3.1 La maladie de Marek ................................................................................................... 11
3.1.1 Historique: ........................................................................................................... 11
3.1.2 Classification:....................................................................................................... 12
3.1.3 Formes cliniques.................................................................................................. 13
3.1.4 Structure du virus ................................................................................................ 14
3.1.5 Cycle de vie .......................................................................................................... 15
3.2 Les microARN .............................................................................................................. 17
3.2.1 Généralités .......................................................................................................... 17
3.2.2 Biogenèse des microARN .................................................................................... 18
3.2.3 Les microARN de GaHV-2 .................................................................................... 19
3.2.4 Initiation de la transcription et « core » promoteur ........................................... 20
3.3 Transcription et expression des gènes durant la phase de latence du MDV .............. 21
3.3.1 Le gène ICP4 ........................................................................................................ 21
3.3.3 LAT (Latency associated transcript) .................................................................... 22
3.4 Épigénétique ............................................................................................................... 24
3.4.1 Généralités .......................................................................................................... 24
3.4.2 Acétylation des histones ..................................................................................... 24
3.4.3 Phosphorylation des histones ............................................................................. 25
3.4.4 Méthylation des histones .................................................................................... 25
3.4.5 Méthylation de l'ADN .......................................................................................... 26
3.4.6 Méthylation de l'ADN dans le MDV .................................................................... 27
4 Objectifs et stratÉgie ........................................................................................................... 29
5 Matériel et méthodes ......................................................................................................... 31
5.1 Culture cellulaire ......................................................................................................... 31
5.1.1 Les cellules MSB-1 ............................................................................................... 31
5.1.2 Cellules embryonnaires de poulet infectées (CEFs) par la souche virale RB-1B . 31
5.1.3 Epithéliums de follicules plumeux (FFE) .............................................................. 31
5.2 Extraction d'ADN et quantification ............................................................................. 32
5.3 Traitement au bisulfite ................................................................................................ 32
5.4 Nested polymerase chain reaction (nested PCR) ........................................................ 34
5.5 Électrophorèse d'ADN ................................................................................................. 35
5.6 Purification des acides nucléiques .............................................................................. 36
5.7 Préparation des bactéries compétentes ..................................................................... 36
6
5.8 Ligation vecteur/insert ................................................................................................ 36
5.9 Clonage ........................................................................................................................ 37
5.10 Système blanc/bleu ..................................................................................................... 38
5.11 Screen PCR et séquençage .......................................................................................... 39
6 RÉsultats et discussion ........................................................................................................ 41
6.1 Construction de la région promotrice du LAT ............................................................. 41
6.2 Effet du traitement au bisulfite ................................................................................... 43
6.3 Amplification par PCR nichée des échantillons traités au bisulfite ............................. 45
6.4 Clonage des amplicons obtenus à partir d'échantillons biologiques .......................... 47
6.5 Analyse des profils de méthylation du promoteur LAT dans différents contextes biologiques .............................................................................................................................. 50
6.5.1 Distribution des répétitions in vivo et in vitro ..................................................... 50
6.5.2 Profils de méthylation in vivo et in vitro ............................................................. 52
6.5.3 Pourcentage de méthylation pour chaque site CpG ........................................... 54
7 Discussion et conclusion ..................................................................................................... 57
8 Liste des figures ................................................................................................................... 59
9 Liste des tableaux ................................................................................................................ 60
10 Glossaire .......................................................................................................................... 61
11 Bibliographie ................................................................................................................... 65Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65676 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire 2001, l'odyssée des petits ARN in Biofutur, 317 (2011)
[article]
Titre : 2001, l'odyssée des petits ARN Type de document : texte imprimé Année de publication : 2011 Article en page(s) : 32 - 34 Mots-clés : MICROARN PETITS ARN REGULATEURS EXPRESSION DES GENES RNase ENZYME DICER PROTEINES AGO REPONSE ADAPTATIVE AU STRESS EPIMUTATIONS MODIFICATIONS EPIGENETIQUES Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=72692
in Biofutur > 317 (2011) . - 32 - 34[article] 2001, l'odyssée des petits ARN [texte imprimé] . - 2011 . - 32 - 34.
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