Centre de Documentation Campus Montignies
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Lundi : 8h-18h30
Mardi : 8h-18h30
Mercredi 9h-16h30
Jeudi : 8h-18h30
Vendredi : 8h-16h30
Attention, votre centre de documentation sera fermé du 27/04 au 12/05 inclus.
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Auteur ALEXANDRE PIRAUX |
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Recherche des mécanismes de résistance à la colistine dans des isolats cliniques chez les entérobactéries / ALEXANDRE PIRAUX
Titre : Recherche des mécanismes de résistance à la colistine dans des isolats cliniques chez les entérobactéries Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : ALEXANDRE PIRAUX, Auteur Année de publication : 2016 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale CHU UCL Namur Mont Godine résistance antibiotiques PCR Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Présentation du lieu de stage ................................................................................................. 9
Introduction générale ........................................................................................................... 11
Contexte théorique ............................................................................................................... 13
1. La résistance aux antibiotiques .................................................................................... 13
1.1. La résistance naturelle .......................................................................................... 14
1.2. La résistance acquise ............................................................................................ 14
1.2.1. L’acquisition de mutations ou de gènes de résistance ............................... 15
1.2.1.1. Résistance par mutation chromosomique ............................................... 15 1.2.1.2. Résistance par acquisition de gènes ....................................................... 15 2. Identification de l’espèce bactérienne par spectrométrie de masse MALDI-TOF ...... 16
3. Détermination de la concentration minimale inhibitrice (CMI) .................................. 17
3.1. Définition .............................................................................................................. 17
3.2. Technique de détermination de la CMI : la micro-dilution miniaturisée.............. 17
4. La colistine .................................................................................................................. 18
4.1. Composition chimique et structure .................................................................. 19
4.2. Mécanisme d’action ......................................................................................... 20
4.3. Toxicité ............................................................................................................ 20
4.4. Utilisation vétérinaire ...................................................................................... 21
4.5. Résistance à la colistine ................................................................................... 22
4.5.1. Mécanismes de résistance .......................................................................... 22
4.5.1.1. Résistances chromosomiques ................................................................. 23
4.5.1.2. Mécanismes de résistance chromosomique à la colistine ...................... 24
4.5.2. Résistance plasmidique : gène mcr-1 ......................................................... 25
5. La PCR classique ......................................................................................................... 26
6
Les différentes étapes de la PCR ..................................................................................... 27
6. Loop mediated isothermal amplification (LAMP) ...................................................... 28
6.1. Principe (cf. Figure n°4) ....................................................................................... 28
6.2. Détection du produit d’amplification .................................................................... 30
7. Séquençage de gènes par la méthode Sanger .............................................................. 31
7.1. Principe ................................................................................................................. 31
7.2. Méthodologie ........................................................................................................ 32
Objectifs et stratégies........................................................................................................... 35
Matériels et méthodes .......................................................................................................... 37
1. Matériels ...................................................................................................................... 37
2. Méthodes ..................................................................................................................... 37
2.1. Identification de l’espèce bactérienne ................................................................... 38
2.2. Détermination de la CMI par micro-dilution Sensititre® ...................................... 38
2.3. PCR end-point ....................................................................................................... 39
2.3.1. PCR mcr-1 ................................................................................................. 39
2.3.2. PCR mgrB externe pour Klebsiella pneumoniae ....................................... 40
2.3.3. PCR mgrB interne pour Klebsiella pneumoniae ........................................ 41
2.3.4. PCR mgrB pour Escherichia coli ............................................................... 41
2.3.5. PCR pmrAB pour Klebsiella pneumoniae ................................................. 42
2.3.6. PCR pmrB pour Escherichia coli ............................................................... 43
2.3.7. PCR pmrA pour Escherichia coli ............................................................... 43
2.3.8. PCR phoQ pour Escherichia coli ............................................................... 44
2.3.9. PCR phoP pour Escherichia coli ................................................................ 44
2.4. PCR Eazyplex MCR-1 .......................................................................................... 45
2.5. Séquençage par méthode Sanger .......................................................................... 46
Résultats et discussion ......................................................................................................... 47
1. Résultats ...................................................................................................................... 47
7
1.1. mgrB chez Klebsiella pneumoniae ....................................................................... 48
1.1.1. Les amplicons de type 1 (n=16) (cf. Tableau n°1) .................................... 48
1.1.2. Les amplicons de type 2 (n=19) (cf. Tableau n°2) .................................... 49
1.1.3. Les amplicons de type 3 (n=9) (cf Tableau n°3) ....................................... 50
1.2. mgrB chez Escherichia coli .................................................................................. 51
2. Discussion .................................................................................................................... 52
Conclusion générale ............................................................................................................ 55
Bibliographie ....................................................................................................................... 57
Annexes ............................................................................................................................... 61Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65688 Recherche des mécanismes de résistance à la colistine dans des isolats cliniques chez les entérobactéries [TFE / Mémoire] / ALEXANDRE PIRAUX, Auteur . - 2016.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : biologie médicale CHU UCL Namur Mont Godine résistance antibiotiques PCR Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Présentation du lieu de stage ................................................................................................. 9
Introduction générale ........................................................................................................... 11
Contexte théorique ............................................................................................................... 13
1. La résistance aux antibiotiques .................................................................................... 13
1.1. La résistance naturelle .......................................................................................... 14
1.2. La résistance acquise ............................................................................................ 14
1.2.1. L’acquisition de mutations ou de gènes de résistance ............................... 15
1.2.1.1. Résistance par mutation chromosomique ............................................... 15 1.2.1.2. Résistance par acquisition de gènes ....................................................... 15 2. Identification de l’espèce bactérienne par spectrométrie de masse MALDI-TOF ...... 16
3. Détermination de la concentration minimale inhibitrice (CMI) .................................. 17
3.1. Définition .............................................................................................................. 17
3.2. Technique de détermination de la CMI : la micro-dilution miniaturisée.............. 17
4. La colistine .................................................................................................................. 18
4.1. Composition chimique et structure .................................................................. 19
4.2. Mécanisme d’action ......................................................................................... 20
4.3. Toxicité ............................................................................................................ 20
4.4. Utilisation vétérinaire ...................................................................................... 21
4.5. Résistance à la colistine ................................................................................... 22
4.5.1. Mécanismes de résistance .......................................................................... 22
4.5.1.1. Résistances chromosomiques ................................................................. 23
4.5.1.2. Mécanismes de résistance chromosomique à la colistine ...................... 24
4.5.2. Résistance plasmidique : gène mcr-1 ......................................................... 25
5. La PCR classique ......................................................................................................... 26
6
Les différentes étapes de la PCR ..................................................................................... 27
6. Loop mediated isothermal amplification (LAMP) ...................................................... 28
6.1. Principe (cf. Figure n°4) ....................................................................................... 28
6.2. Détection du produit d’amplification .................................................................... 30
7. Séquençage de gènes par la méthode Sanger .............................................................. 31
7.1. Principe ................................................................................................................. 31
7.2. Méthodologie ........................................................................................................ 32
Objectifs et stratégies........................................................................................................... 35
Matériels et méthodes .......................................................................................................... 37
1. Matériels ...................................................................................................................... 37
2. Méthodes ..................................................................................................................... 37
2.1. Identification de l’espèce bactérienne ................................................................... 38
2.2. Détermination de la CMI par micro-dilution Sensititre® ...................................... 38
2.3. PCR end-point ....................................................................................................... 39
2.3.1. PCR mcr-1 ................................................................................................. 39
2.3.2. PCR mgrB externe pour Klebsiella pneumoniae ....................................... 40
2.3.3. PCR mgrB interne pour Klebsiella pneumoniae ........................................ 41
2.3.4. PCR mgrB pour Escherichia coli ............................................................... 41
2.3.5. PCR pmrAB pour Klebsiella pneumoniae ................................................. 42
2.3.6. PCR pmrB pour Escherichia coli ............................................................... 43
2.3.7. PCR pmrA pour Escherichia coli ............................................................... 43
2.3.8. PCR phoQ pour Escherichia coli ............................................................... 44
2.3.9. PCR phoP pour Escherichia coli ................................................................ 44
2.4. PCR Eazyplex MCR-1 .......................................................................................... 45
2.5. Séquençage par méthode Sanger .......................................................................... 46
Résultats et discussion ......................................................................................................... 47
1. Résultats ...................................................................................................................... 47
7
1.1. mgrB chez Klebsiella pneumoniae ....................................................................... 48
1.1.1. Les amplicons de type 1 (n=16) (cf. Tableau n°1) .................................... 48
1.1.2. Les amplicons de type 2 (n=19) (cf. Tableau n°2) .................................... 49
1.1.3. Les amplicons de type 3 (n=9) (cf Tableau n°3) ....................................... 50
1.2. mgrB chez Escherichia coli .................................................................................. 51
2. Discussion .................................................................................................................... 52
Conclusion générale ............................................................................................................ 55
Bibliographie ....................................................................................................................... 57
Annexes ............................................................................................................................... 61Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65688 Exemplaires
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