Centre de Documentation Campus Montignies
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Lundi : 8h-18h30
Mardi : 8h-17h30
Mercredi 9h-16h30
Jeudi : 8h-18h30
Vendredi : 8h30-12h30 et 13h-14h30
Attention,
Votre centre de documentation sera fermé ce lundi 26 août.
Également, ce mercredi 28 août il sera fermé de 12 à 13h.
Enfin, ce jeudi 29 août il ouvrira à 14h45.
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Titre : Régulation distale de la compétence chez Streptococcus salivarius Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : François Caussin, Auteur ; Caroline Charlier, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale Année de publication : 2021 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : UCLouvain Unité de Biochimie et Génétique des Microorganismes BGM Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Dans des milieux aux paramètres fluctuants constamment, des mécanismes d’adaptation et d’évolution ont été mis en place par la plupart bactéries. Ces mécanismes favorisent entre autres les échanges génétiques qui leur permettent de survivre et croître. Un processus primordial dans l’évolution bactérienne est le transfert latéral de gènes, incluant la transformation, la transduction et la conjugaison. Les bactéries du genre streptococcus utilisent principalement la transformation naturelle. Streptococcus salivarius, l’organisme modèle de ce projet, est une bactérie à gram positif, saprophyte pour l’Homme. Ce micro-organisme est capable d’adapter son mode de vie en fonction du milieu dans lequel il croît. Primo-colonisatrice du système digestif, très présente au niveau de la cavité orale et de l’intestin grêle, elle est bénéfique pour l’Homme. Sa production de bactériocines (peptides antibactériens) couplée à la transformation naturelle fait d’elle une bactérie capable d’inhiber la croissance d’autres bactéries pathogènes ou de capturer l’ADN exogène présent dans le milieu extracellulaire lors d’un état physiologique transitoire appelé compétence. Chez certains streptocoques, l’état de compétence peut se déclencher grâce à des conditions environnementales et physiologiques spécifiques. Le premier niveau de contrôle de l’activation de la compétence est effectué par le système de régulation transcriptionnelle ComRS. Le second niveau de régulation de la compétence est régi par les systèmes à deux composants (TCS) dont celui au centre de ce projet, le système CovRS. Le lien entre ces deux systèmes de régulation se fait au niveau de l’expression du gène comR. Le système CovRS fonctionne comme suit : CovS, l’histidine kinase transmembranaire, détecte un signal extracellulaire provoquant l’autophosphorylation de son domaine cytoplasmique. Le groupement phosphate de CovS est ensuite transféré au régulateur de réponse (RR) associé (CovR~P). Cette phosphorylation provoque la dimérisation de CovR afin d’augmenter son affinité pour les séquences de reconnaissance en amont des gènes cibles. L’interaction directe du dimère avec le promoteur de comR réprime son expression. CovRS est donc capable d’adapter la quantité de ComR, l’acteur principal de l’activation de la compétence. Étant donné que le système CovRS n’a encore jamais été mis en lien avec l’induction spontanée de la compétence, ce travail sera consacré à l’identification de stimuli capables d’affecter l’expression de comR en relais avec CovR, l’un des acteurs principaux du système CovRS. Lorsque ces facteurs environnementaux auront été identifiés, ils seront analysés plus en détail afin d’affiner les paramètres physico-chimiques ou les concentrations en molécules activatrices pour un contrôle fin de l’induction spontanée de la compétence. Parmi les nombreux facteurs environnementaux proposés par les plaques phénotypiques (société Biolog), les résultats obtenus ont relevé qu’en présence de sels ou d’un pH basique, S. salivarius pourrait entrer en état de compétence. Ces deux conditions sont retrouvées dans la littérature pour d’autres streptocoques tels que S. pyogenes. D’autres facteurs candidats comme inducteurs de la compétence ont été identifiés. Parmi ceux-ci, on retrouve l’urée, le lactate de sodium et la présence de certains sucres comme le galactose, le glucose, le maltose et le sucrose. Contrairement à l’impact du sel et du pH, aucune donnée préalable concernant ces autres facteurs n’a été rapportée dans la littérature pour d’autres espèces du genre Streptococcus. Si ces données devront être confirmées, ce travail ouvre la porte au contrôle du mécanisme couplé de prédation/compétence chez S. salivarius à des fins biomédicales pour le contrôle des bactéries pathogènes. Note de contenu : Table des matières
Table des matières................................................................................................................................5
Présentation du lieu de stage................................................................................................................7
Université catholique de Louvain (UCLouvain)............................................................................................ 7
Unité de Biochimie et Génétique des Microorganismes (BGM) ................................................................. 7
Introduction générale ...........................................................................................................................9
Contexte général ................................................................................................................................ 11
1.1 Les streptocoques ................................................................................................................. 11
1.1.1 Les streptocoques oraux.......................................................................................................... 11
1.1.2 Streptoccocus salivarius........................................................................................................... 12
1.2 La compétence...................................................................................................................... 13
1.3 La régulation de la compétence ............................................................................................. 14
1.3.1 La régulation proximale ........................................................................................................... 16
1.3.2 La régulation distale................................................................................................................. 19
2 Objectifs et stratégie ................................................................................................................... 28
3 Matériels et méthodes ................................................................................................................ 30
3.1 Souches bactériennes et constructions génétiques ................................................................ 30
3.1.1 Souche Streptococcus salivarius HSISS4 .................................................................................. 30
3.1.2 Construction HSISS4 PcomR-luxAB ............................................................................................. 30
3.1.3 Construction HSISS4 PcomR-luxAB ; covST287A .................................................................................................................. 30
3.1.4 Construction HSISS4 PcomX-luxAB ; covST287A .................................................................................................................. 31
3.2 Conditions et Milieux de culture............................................................................................ 31
3.2.1 M17.......................................................................................................................................... 31
3.2.2 CDM ......................................................................................................................................... 32
3.3 Plaques phénotypiques et système rapporteur luciférase ...................................................... 33
3.3.1 Intérêt et composition des plaques phénotypiques BiologTM ................................................. 33
3.3.2 Mode opératoire...................................................................................................................... 33
3.4 Utilisation du système rapporteur luciférase ......................................................................... 34
3.5 Préparation de la construction géntique HSISS4 PcomX-luxAB ; covST287A ..................................................35
3.5.1 Transformation naturelle......................................................................................................... 35
3.5.2 PCR diagnostique ..................................................................................................................... 36
3.5.3 Migration sur gel d’agarose..................................................................................................... 37
3.5.4 Purification et mesure de la quantification d’ADN.................................................................. 37
3.5.5 Séquençage.............................................................................................................................. 38
4 Résultats..................................................................................................................................... 39
4.1 Identification des stimuli affectant l’expression de comR....................................................... 39
4.1.1 Impact du stress salin .............................................................................................................. 40
4.1.2 Impact de la variation du pH.................................................................................................... 41
4.1.3 Impact du lactate de sodium ................................................................................................... 43
4.1.4 Impact lié à la présence d’urée................................................................................................ 44
4.1.5 Impact des sucres .................................................................................................................... 46
4.2 Construction de la souche PcomX-luxAB ; covST287A .................................................................................................47
4.2.1 Transfert de la mutation covST287A ........................................................................................................................................ 47
4.2.2 PCR diagnostique et quantification de l’ADN .......................................................................... 48
4.2.3 Séquençage.............................................................................................................................. 49
4.3 Confirmation des stimuli ....................................................................................................... 49
4.3.1 Analyse des résultats ............................................................................................................... 50
5 Discussion ................................................................................................................................... 57
5.1 Le système CovRS de régulation distale chez S. salivarius....................................................... 57
5.2 Facteurs environnementaux capable d’induire la compétence ................................................... 57
Conclusion et perspectives.................................................................................................................. 60
Bibliographie ...................................................................................................................................... 62
Annexes ............................................................................................................................................. 69
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=100337 Régulation distale de la compétence chez Streptococcus salivarius [TFE / Mémoire] / François Caussin, Auteur ; Caroline Charlier, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale, 2021.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur
Langues : Français (fre)
Mots-clés : UCLouvain Unité de Biochimie et Génétique des Microorganismes BGM Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Dans des milieux aux paramètres fluctuants constamment, des mécanismes d’adaptation et d’évolution ont été mis en place par la plupart bactéries. Ces mécanismes favorisent entre autres les échanges génétiques qui leur permettent de survivre et croître. Un processus primordial dans l’évolution bactérienne est le transfert latéral de gènes, incluant la transformation, la transduction et la conjugaison. Les bactéries du genre streptococcus utilisent principalement la transformation naturelle. Streptococcus salivarius, l’organisme modèle de ce projet, est une bactérie à gram positif, saprophyte pour l’Homme. Ce micro-organisme est capable d’adapter son mode de vie en fonction du milieu dans lequel il croît. Primo-colonisatrice du système digestif, très présente au niveau de la cavité orale et de l’intestin grêle, elle est bénéfique pour l’Homme. Sa production de bactériocines (peptides antibactériens) couplée à la transformation naturelle fait d’elle une bactérie capable d’inhiber la croissance d’autres bactéries pathogènes ou de capturer l’ADN exogène présent dans le milieu extracellulaire lors d’un état physiologique transitoire appelé compétence. Chez certains streptocoques, l’état de compétence peut se déclencher grâce à des conditions environnementales et physiologiques spécifiques. Le premier niveau de contrôle de l’activation de la compétence est effectué par le système de régulation transcriptionnelle ComRS. Le second niveau de régulation de la compétence est régi par les systèmes à deux composants (TCS) dont celui au centre de ce projet, le système CovRS. Le lien entre ces deux systèmes de régulation se fait au niveau de l’expression du gène comR. Le système CovRS fonctionne comme suit : CovS, l’histidine kinase transmembranaire, détecte un signal extracellulaire provoquant l’autophosphorylation de son domaine cytoplasmique. Le groupement phosphate de CovS est ensuite transféré au régulateur de réponse (RR) associé (CovR~P). Cette phosphorylation provoque la dimérisation de CovR afin d’augmenter son affinité pour les séquences de reconnaissance en amont des gènes cibles. L’interaction directe du dimère avec le promoteur de comR réprime son expression. CovRS est donc capable d’adapter la quantité de ComR, l’acteur principal de l’activation de la compétence. Étant donné que le système CovRS n’a encore jamais été mis en lien avec l’induction spontanée de la compétence, ce travail sera consacré à l’identification de stimuli capables d’affecter l’expression de comR en relais avec CovR, l’un des acteurs principaux du système CovRS. Lorsque ces facteurs environnementaux auront été identifiés, ils seront analysés plus en détail afin d’affiner les paramètres physico-chimiques ou les concentrations en molécules activatrices pour un contrôle fin de l’induction spontanée de la compétence. Parmi les nombreux facteurs environnementaux proposés par les plaques phénotypiques (société Biolog), les résultats obtenus ont relevé qu’en présence de sels ou d’un pH basique, S. salivarius pourrait entrer en état de compétence. Ces deux conditions sont retrouvées dans la littérature pour d’autres streptocoques tels que S. pyogenes. D’autres facteurs candidats comme inducteurs de la compétence ont été identifiés. Parmi ceux-ci, on retrouve l’urée, le lactate de sodium et la présence de certains sucres comme le galactose, le glucose, le maltose et le sucrose. Contrairement à l’impact du sel et du pH, aucune donnée préalable concernant ces autres facteurs n’a été rapportée dans la littérature pour d’autres espèces du genre Streptococcus. Si ces données devront être confirmées, ce travail ouvre la porte au contrôle du mécanisme couplé de prédation/compétence chez S. salivarius à des fins biomédicales pour le contrôle des bactéries pathogènes. Note de contenu : Table des matières
Table des matières................................................................................................................................5
Présentation du lieu de stage................................................................................................................7
Université catholique de Louvain (UCLouvain)............................................................................................ 7
Unité de Biochimie et Génétique des Microorganismes (BGM) ................................................................. 7
Introduction générale ...........................................................................................................................9
Contexte général ................................................................................................................................ 11
1.1 Les streptocoques ................................................................................................................. 11
1.1.1 Les streptocoques oraux.......................................................................................................... 11
1.1.2 Streptoccocus salivarius........................................................................................................... 12
1.2 La compétence...................................................................................................................... 13
1.3 La régulation de la compétence ............................................................................................. 14
1.3.1 La régulation proximale ........................................................................................................... 16
1.3.2 La régulation distale................................................................................................................. 19
2 Objectifs et stratégie ................................................................................................................... 28
3 Matériels et méthodes ................................................................................................................ 30
3.1 Souches bactériennes et constructions génétiques ................................................................ 30
3.1.1 Souche Streptococcus salivarius HSISS4 .................................................................................. 30
3.1.2 Construction HSISS4 PcomR-luxAB ............................................................................................. 30
3.1.3 Construction HSISS4 PcomR-luxAB ; covST287A .................................................................................................................. 30
3.1.4 Construction HSISS4 PcomX-luxAB ; covST287A .................................................................................................................. 31
3.2 Conditions et Milieux de culture............................................................................................ 31
3.2.1 M17.......................................................................................................................................... 31
3.2.2 CDM ......................................................................................................................................... 32
3.3 Plaques phénotypiques et système rapporteur luciférase ...................................................... 33
3.3.1 Intérêt et composition des plaques phénotypiques BiologTM ................................................. 33
3.3.2 Mode opératoire...................................................................................................................... 33
3.4 Utilisation du système rapporteur luciférase ......................................................................... 34
3.5 Préparation de la construction géntique HSISS4 PcomX-luxAB ; covST287A ..................................................35
3.5.1 Transformation naturelle......................................................................................................... 35
3.5.2 PCR diagnostique ..................................................................................................................... 36
3.5.3 Migration sur gel d’agarose..................................................................................................... 37
3.5.4 Purification et mesure de la quantification d’ADN.................................................................. 37
3.5.5 Séquençage.............................................................................................................................. 38
4 Résultats..................................................................................................................................... 39
4.1 Identification des stimuli affectant l’expression de comR....................................................... 39
4.1.1 Impact du stress salin .............................................................................................................. 40
4.1.2 Impact de la variation du pH.................................................................................................... 41
4.1.3 Impact du lactate de sodium ................................................................................................... 43
4.1.4 Impact lié à la présence d’urée................................................................................................ 44
4.1.5 Impact des sucres .................................................................................................................... 46
4.2 Construction de la souche PcomX-luxAB ; covST287A .................................................................................................47
4.2.1 Transfert de la mutation covST287A ........................................................................................................................................ 47
4.2.2 PCR diagnostique et quantification de l’ADN .......................................................................... 48
4.2.3 Séquençage.............................................................................................................................. 49
4.3 Confirmation des stimuli ....................................................................................................... 49
4.3.1 Analyse des résultats ............................................................................................................... 50
5 Discussion ................................................................................................................................... 57
5.1 Le système CovRS de régulation distale chez S. salivarius....................................................... 57
5.2 Facteurs environnementaux capable d’induire la compétence ................................................... 57
Conclusion et perspectives.................................................................................................................. 60
Bibliographie ...................................................................................................................................... 62
Annexes ............................................................................................................................................. 69
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=100337 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Suivi et quantification de l’inoculum aérien de Phytophthora infestans à l’aide de capteurs de spores / Marie Goormans
Titre : Suivi et quantification de l’inoculum aérien de Phytophthora infestans à l’aide de capteurs de spores Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Marie Goormans, Auteur ; Olivier Janssens, Directeur de publication, rédacteur en chef Année de publication : 2019 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : Agronomie AIBT laboratoire de phytopathologie UCLouvain Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : Le mildiou est la maladie que redoutent le plus les producteurs de pomme de terre. En effet, dans des conditions optimales, la maladie peut détruire un champ entier en quelques jours seulement. Le mildiou entraîne donc des coûts importants, que ce soit au niveau préventif ou curatif.
Pour aider les producteurs à gérer le mildiou, le CRA-W, en association avec la FIWAP et l’UCLouvain, a lancé le projet Potato SMART. Ce projet consiste en l’élaboration d’un outil d’aide à la décision adapté aux parcelles des agriculteurs.
Dans le cadre de ce projet, Phytophthora infestans, l’oomycète responsable du mildiou, doit pouvoir être quantifié au niveau d’une parcelle de culture pour savoir si un traitement du champ est nécessaire ou non.
Un capteur passif, encore à l’état d’expérimentation, est étudié dans ce travail pour être comparé au capteur actif Burkard. Celui-ci est actuellement utilisé dans le domaine de l’aérobiologie depuis de nombreuses années.
L’objectif de ce travail de fin d’étude est d’analyser un nombre précis de sporanges à la qPCR et de déterminer une droite de calibration qui permettra de quantifier le nombre de sporanges présents dans l’inoculum aérien de la parcelle.
Pour cela, il a fallu mettre au point un protocole d’extraction d’ADN efficace. Après plusieurs tests, un protocole d’extraction au phénol-chloroforme a été choisi pour la suite des opérations.
Ensuite, les extraits d’ADN ont été analysés à la qPCR, ce qui a permis d’associer un nombre de sporanges à un Cq.
Ces essais ont été réalisés plusieurs fois afin de réaliser la droite de calibration.
Les résultats sont concluants car la méthode d’extraction d’ADN est efficace, et un sporange serait détectable à la qPCR avec cette méthode.
Malheureusement, la droite de calibration tracée est moins uniforme que celle obtenue pour le capteur Burkard.
En comparaison avec le Burkard, le capteur passif est moins efficace pour le captage de sporange mais comme il filtre plus d’air que le Burkard il pourrait tout de même être assez efficace pour répondre aux attentes de l’outil d’aide à la décision. Il permettrait donc d’aider les agriculteurs à mieux gérer leur parcelle vis-à-vis du mildiou de la pomme de terre.Note de contenu : Table des matières
Remerciements
Présentation du lieu de stage ............................................................................................ 7
Introduction ................................................................................................................... 9
1. La pomme de terre ................................................................................................. 11
1.1 Origine de la pomme de terre ....................................................................................................... 11
1.2 Implantation de la pomme de terre en Europe.............................................................................. 11
1.3 Importance de la culture de pomme de terre en Belgique et dans le monde ................................. 12
1.3.1 La pomme de terre dans le monde ...................................................................................... 12
1.3.2 Superficie de la culture de pomme de terre en Wallonie et en Belgique ............................... 13
1.3.3 Economie de la pomme de terre en Belgique ...................................................................... 15
1.4 La pomme de terre et son cycle de développement ...................................................................... 16
1.4.1 Description botanique ......................................................................................................... 16
1.4.2 Cycle de vie et culture ..........................................................................................................17
1.4.3 Reproduction de la pomme de terre .................................................................................... 19
1.5 Variétés de pomme de terre et type de culture ............................................................................. 20
1.6 Principales maladies touchant la pomme de terre ........................................................................ 21
2. Le mildiou .............................................................................................................. 22
2.1 La Grande Famine ........................................................................................................................ 22
2.2 Description Phytophtora infestans ................................................................................................ 23
2.3 Modes de reproduction ................................................................................................................ 25
2.4 Cycle épidémiologique ................................................................................................................. 27
2.5 Génétique .................................................................................................................................... 30
2.6 Moyen de lutte ............................................................................................................................. 31
3. Aérobiologie et capteurs ......................................................................................... 33
3.1 Description de l’aérobiologie et objectifs ...................................................................................... 33
3.2 Présentation des capteurs ............................................................................................................ 34
3.2.1 Burkard ............................................................................................................................... 34
3.2.2 Rotorod............................................................................................................................... 35
3.2.3 Capteur passif ..................................................................................................................... 36
Objectifs et stratégie ..................................................................................................... 38
1. Mise au point d’une méthode d’extraction d’ADN ..................................................... 39
2. Détermination d’une droite de calibration ................................................................ 39
3. Comparaison de l’efficacité des capteurs .................................................................. 39
Matériel et méthode ...................................................................................................... 40
1 Culture de Phytophthora infestans ........................................................................... 40
2 Préparation de solutions de sporanges ..................................................................... 40
4. Inoculation des tubes d’extraction ........................................................................... 41
5. Extraction ADN...................................................................................................... 41
5.1. Extraction au phénol-chloroforme ........................................................................................... 41
5.2. Extraction en kit : Nucléospin ................................................................................................... 42
6. qPCR..................................................................................................................... 42
6.1. Méthode .................................................................................................................................. 42
7. Entretien des capteurs ............................................................................................44
7.1. Burkard.................................................................................................................................... 44
7.2. Capteur passif .......................................................................................................................... 44
8. Découpe de la bande et du filtre ..............................................................................44
8.1. Burkard.................................................................................................................................... 44
8.2. Capteur passif .......................................................................................................................... 44
Résultats et discussion ................................................................................................... 45
1. Méthode d’extraction de l’ADN ............................................................................... 45
2. Détermination d’une droite de calibration ............................................................... 46
3. Comparaison de l’efficacité des capteurs .................................................................. 51
Conclusion ................................................................................................................... 54
Liste des figures ............................................................................................................ 55
Liste des tableaux ......................................................................................................... 56
Bibliographie ................................................................................................................ 57
Abréviations ................................................................................................................. 61
Table des annexesPermalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=79724 Suivi et quantification de l’inoculum aérien de Phytophthora infestans à l’aide de capteurs de spores [TFE / Mémoire] / Marie Goormans, Auteur ; Olivier Janssens, Directeur de publication, rédacteur en chef . - 2019.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Agronomie AIBT laboratoire de phytopathologie UCLouvain Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : Le mildiou est la maladie que redoutent le plus les producteurs de pomme de terre. En effet, dans des conditions optimales, la maladie peut détruire un champ entier en quelques jours seulement. Le mildiou entraîne donc des coûts importants, que ce soit au niveau préventif ou curatif.
Pour aider les producteurs à gérer le mildiou, le CRA-W, en association avec la FIWAP et l’UCLouvain, a lancé le projet Potato SMART. Ce projet consiste en l’élaboration d’un outil d’aide à la décision adapté aux parcelles des agriculteurs.
Dans le cadre de ce projet, Phytophthora infestans, l’oomycète responsable du mildiou, doit pouvoir être quantifié au niveau d’une parcelle de culture pour savoir si un traitement du champ est nécessaire ou non.
Un capteur passif, encore à l’état d’expérimentation, est étudié dans ce travail pour être comparé au capteur actif Burkard. Celui-ci est actuellement utilisé dans le domaine de l’aérobiologie depuis de nombreuses années.
L’objectif de ce travail de fin d’étude est d’analyser un nombre précis de sporanges à la qPCR et de déterminer une droite de calibration qui permettra de quantifier le nombre de sporanges présents dans l’inoculum aérien de la parcelle.
Pour cela, il a fallu mettre au point un protocole d’extraction d’ADN efficace. Après plusieurs tests, un protocole d’extraction au phénol-chloroforme a été choisi pour la suite des opérations.
Ensuite, les extraits d’ADN ont été analysés à la qPCR, ce qui a permis d’associer un nombre de sporanges à un Cq.
Ces essais ont été réalisés plusieurs fois afin de réaliser la droite de calibration.
Les résultats sont concluants car la méthode d’extraction d’ADN est efficace, et un sporange serait détectable à la qPCR avec cette méthode.
Malheureusement, la droite de calibration tracée est moins uniforme que celle obtenue pour le capteur Burkard.
En comparaison avec le Burkard, le capteur passif est moins efficace pour le captage de sporange mais comme il filtre plus d’air que le Burkard il pourrait tout de même être assez efficace pour répondre aux attentes de l’outil d’aide à la décision. Il permettrait donc d’aider les agriculteurs à mieux gérer leur parcelle vis-à-vis du mildiou de la pomme de terre.Note de contenu : Table des matières
Remerciements
Présentation du lieu de stage ............................................................................................ 7
Introduction ................................................................................................................... 9
1. La pomme de terre ................................................................................................. 11
1.1 Origine de la pomme de terre ....................................................................................................... 11
1.2 Implantation de la pomme de terre en Europe.............................................................................. 11
1.3 Importance de la culture de pomme de terre en Belgique et dans le monde ................................. 12
1.3.1 La pomme de terre dans le monde ...................................................................................... 12
1.3.2 Superficie de la culture de pomme de terre en Wallonie et en Belgique ............................... 13
1.3.3 Economie de la pomme de terre en Belgique ...................................................................... 15
1.4 La pomme de terre et son cycle de développement ...................................................................... 16
1.4.1 Description botanique ......................................................................................................... 16
1.4.2 Cycle de vie et culture ..........................................................................................................17
1.4.3 Reproduction de la pomme de terre .................................................................................... 19
1.5 Variétés de pomme de terre et type de culture ............................................................................. 20
1.6 Principales maladies touchant la pomme de terre ........................................................................ 21
2. Le mildiou .............................................................................................................. 22
2.1 La Grande Famine ........................................................................................................................ 22
2.2 Description Phytophtora infestans ................................................................................................ 23
2.3 Modes de reproduction ................................................................................................................ 25
2.4 Cycle épidémiologique ................................................................................................................. 27
2.5 Génétique .................................................................................................................................... 30
2.6 Moyen de lutte ............................................................................................................................. 31
3. Aérobiologie et capteurs ......................................................................................... 33
3.1 Description de l’aérobiologie et objectifs ...................................................................................... 33
3.2 Présentation des capteurs ............................................................................................................ 34
3.2.1 Burkard ............................................................................................................................... 34
3.2.2 Rotorod............................................................................................................................... 35
3.2.3 Capteur passif ..................................................................................................................... 36
Objectifs et stratégie ..................................................................................................... 38
1. Mise au point d’une méthode d’extraction d’ADN ..................................................... 39
2. Détermination d’une droite de calibration ................................................................ 39
3. Comparaison de l’efficacité des capteurs .................................................................. 39
Matériel et méthode ...................................................................................................... 40
1 Culture de Phytophthora infestans ........................................................................... 40
2 Préparation de solutions de sporanges ..................................................................... 40
4. Inoculation des tubes d’extraction ........................................................................... 41
5. Extraction ADN...................................................................................................... 41
5.1. Extraction au phénol-chloroforme ........................................................................................... 41
5.2. Extraction en kit : Nucléospin ................................................................................................... 42
6. qPCR..................................................................................................................... 42
6.1. Méthode .................................................................................................................................. 42
7. Entretien des capteurs ............................................................................................44
7.1. Burkard.................................................................................................................................... 44
7.2. Capteur passif .......................................................................................................................... 44
8. Découpe de la bande et du filtre ..............................................................................44
8.1. Burkard.................................................................................................................................... 44
8.2. Capteur passif .......................................................................................................................... 44
Résultats et discussion ................................................................................................... 45
1. Méthode d’extraction de l’ADN ............................................................................... 45
2. Détermination d’une droite de calibration ............................................................... 46
3. Comparaison de l’efficacité des capteurs .................................................................. 51
Conclusion ................................................................................................................... 54
Liste des figures ............................................................................................................ 55
Liste des tableaux ......................................................................................................... 56
Bibliographie ................................................................................................................ 57
Abréviations ................................................................................................................. 61
Table des annexesPermalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=79724 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire
Titre : Développement d’un modèle de sénescence induite par les rayons X Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Nicolas Lemaitre, Auteur ; Véronique Vallery, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale Année de publication : 2021 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : UCLouvain Unité de Biochimie et Génétique des Microorganismes BGM Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : La sénescence se définit comme l’arrêt irréversible de divisions cellulaires chez une cellule normale. La sénescence correspond au vieillissement cellulaire (sénescence réplicative), et peut être induite par un stress (SIPS) ou par un oncogène (OIS). L’un de nos objectifs est de mettre au point un modèle de sénescence induit par les rayons X. Pour ce faire, différentes doses absorbées en rayons X (10 Gy, 12,5 Gy et 15 Gy) ont été testées sur des fibroblastes (NHDF et FS). La sénescence a été étudiée à l’aide des différents biomarqueurs en comparant les résultats obtenus par ces irradiations à des contrôles positifs (traitement à la bléomycine et cellules en sénescence réplicative) et à des contrôles négatifs (fibroblastes jeunes et non irradiés). Les biomarqueurs utilisés sont la SA-β-gal, la présence de changements morphologiques,
l’arrêt de la prolifération, la présence de dommages à l’ADN (foci 53BP1), l’expression de la lamine B1, l’expression de gènes du SASP (IL-6, IL-8 et CCL2) et l’expression de gènes de la voie UPR (unfolded protein response). La SA-β-gal est un biomarqueur important dans la mise en évidence de cellules sénescences. La technique, actuellement utilisée en laboratoire (méthode cytochimique), consiste à rajouter un substrat chromogénique de la β-gal (x-gal) dans un tampon à pH 6,0. Mon autre objectif est la mise au point du test de l’activité de la SA-β-gal. Pour raffiner la méthode, déterminer le pH optimal à celle-ci serait intéressant. C’est pourquoi la coloration obtenue avec le tampon au pH actuel (6,0) a été comparé avec la coloration obtenue à partir de deux nouveaux pH (5,6 et 5,8). Mettre au point une autre méthode pour mettre en évidence la SA-β-gal (technique fluorescente) peut-être aussi intéressante.
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=100361 Développement d’un modèle de sénescence induite par les rayons X [TFE / Mémoire] / Nicolas Lemaitre, Auteur ; Véronique Vallery, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale, 2021.
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Langues : Français (fre)
Mots-clés : UCLouvain Unité de Biochimie et Génétique des Microorganismes BGM Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : La sénescence se définit comme l’arrêt irréversible de divisions cellulaires chez une cellule normale. La sénescence correspond au vieillissement cellulaire (sénescence réplicative), et peut être induite par un stress (SIPS) ou par un oncogène (OIS). L’un de nos objectifs est de mettre au point un modèle de sénescence induit par les rayons X. Pour ce faire, différentes doses absorbées en rayons X (10 Gy, 12,5 Gy et 15 Gy) ont été testées sur des fibroblastes (NHDF et FS). La sénescence a été étudiée à l’aide des différents biomarqueurs en comparant les résultats obtenus par ces irradiations à des contrôles positifs (traitement à la bléomycine et cellules en sénescence réplicative) et à des contrôles négatifs (fibroblastes jeunes et non irradiés). Les biomarqueurs utilisés sont la SA-β-gal, la présence de changements morphologiques,
l’arrêt de la prolifération, la présence de dommages à l’ADN (foci 53BP1), l’expression de la lamine B1, l’expression de gènes du SASP (IL-6, IL-8 et CCL2) et l’expression de gènes de la voie UPR (unfolded protein response). La SA-β-gal est un biomarqueur important dans la mise en évidence de cellules sénescences. La technique, actuellement utilisée en laboratoire (méthode cytochimique), consiste à rajouter un substrat chromogénique de la β-gal (x-gal) dans un tampon à pH 6,0. Mon autre objectif est la mise au point du test de l’activité de la SA-β-gal. Pour raffiner la méthode, déterminer le pH optimal à celle-ci serait intéressant. C’est pourquoi la coloration obtenue avec le tampon au pH actuel (6,0) a été comparé avec la coloration obtenue à partir de deux nouveaux pH (5,6 et 5,8). Mettre au point une autre méthode pour mettre en évidence la SA-β-gal (technique fluorescente) peut-être aussi intéressante.
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=100361 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire
Titre : Screening et caractérisation de virus de Fusarium spp. Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Bryan Stiens, Auteur ; Jonathan Scauflaire, Directeur de publication, rédacteur en chef Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Agronomie Année de publication : 2019 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : Agronomie AIBT UCLouvain Faculté des bioingénieurs Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : De nombreuses espèces du genre Fusarium spp. sont pathogènes de plantes. Celles-ci peuvent mener à des ravages importants dans les cultures et par conséquent à de lourdes pertes économiques. Ces champignons sont omniprésents dans l’environnement par l’intermédiaire de spores : les micro- et macroconidies et les chlamydospores. Ces spores vont être propagées par divers moyen, vont pouvoir germer et ensuite inoculer d’autres plantes. Il a été découvert dans les souches de Fusarium présentes dans la collection du laboratoire FYMY la présence de mycovirus. Ces derniers parasitent les champignons afin de pouvoir répliquer leur matériel génétique. Ces mycovirus en question sont, en fait, des virus à ARN double brin. Ils représentent un potentiel de biocontrôle pour les champignons phytopathogènes qu’ils infectent. En effet, certains possèdent une capacité d’hypovirulence, c’est-à-dire de virulence réduite de leur hôte, qui peut être utilisée pour diminuer l’impact des champignons.
L’objectif de ce stage est multiple. D’abord, il a été question d’arriver à séquencer les
extrémités d’un virus de F. culmorum dont une partie du génome avait déjà été séquencée
précédemment. En parallèle, il a fallu caractériser biologiquement un virus de F. redolens,
c’est-à-dire, savoir comment celui-ci se comporte une fois inséré dans son hôte fongique. Et
enfin, nous avons cherché la présence de mycovirus dans d’autres souches de la collection du
laboratoire FYMY.
En ce qui concerne les extrémités du virus de F. culmorum, il a pu être montré après une suite
d’essais et de manipulations (RT-PCR, PCR, ligation à la T4 RNA Ligase, clonage, restriction
et séquençage) que l’extrémité 5’ de son génome était très proche d’autres virus du même
genre.
Ensuite, il a été constaté qu’il y avait uniquement une différence de phénotype entre les
souches de F. redolens infectées par le virus et celles non infectées. Aucune différence en
terme de vitesse de croissance n’a pu être mise en évidence.
Finalement, aucun virus de champignons n’a été trouvé dans les autres souches de Fusarium
de la collection du laboratoire FYMY ayant été testées.Note de contenu : Table des matières
Table des tableaux ........................................................... 6
Table des Figures ............................................................. 7
Présentation du laboratoire ............................................ 9
tIntroduction générale ................................................... 10
1) Le genre Fusarium .............................................................................................. 12
A. Introduction .................................................................................................... 12
B. Classification ................................................................................................... 13
a) Cycle de vie ................................................................................................ 14
b) Reproduction sexuée et asexuée ................................................................. 15
C. Symptômes ..................................................................................................... 16
D. Point de vue économique ............................................................................... 17
E. Moyens de lutte ............................................................................................. 17
a) Lutte chimique ............................................................................................ 17
b) Lutte biologique ......................................................................................... 17
2) Virus en général .................................................................................................. 18
a) Classification en fonction du génome ......................................................... 18
b) Capside ....................................................................................................... 19
c) Cycle viral .................................................................................................. 19
3) Virus de champignon .......................................................................................... 20
a) Familles et genres ....................................................................................... 20
a) Impact sur les champignons ....................................................................... 21
b) Transmission .............................................................................................. 22
c) Exemple d’utilisation : Cryphonectria parasitica ...................................... 22
Objectif ............................................................................ 24
Matériel et méthodes ...................................................... 25
1) Matériel .............................................................................................................. 25
A. Analyse bio-informatique ............................................................................... 25
B. Milieux utilisés ................................................................................................ 25
2) Matériel biologique ............................................................................................ 26
A. Fusarium spp. ................................................................................................. 26
B. E. coli .............................................................................................................. 27
3) Méthodes ........................................................................................................... 28
A. Extraction d’ADN par la méthode au CTAB .................................................... 28
B. Extraction d’ARN simple brin (ARNsb) par la méthode au Trizol .................... 28
C. Extraction de l’ARN double brin (ARNdb) ....................................................... 29
D. Electrophorèse sur gel d’agarose ................................................................... 29
E. Transformation bactérienne .......................................................................... 29
F. Reverse-Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) ........................ 31
G. Polymerase Chain Reaction (PCR) .................................................................. 31
H. Culture de Fusarium ....................................................................................... 31
I. Séquençage .................................................................................................... 32
J. Isolement de conidies .................................................................................... 32
5
K. Ligation T4 RNA ligase .................................................................................... 33
L. Purification à la RNase et à la DNase .............................................................. 33
M. Purification de l’ADN sur colonne .............................................................. 33
N. Purification sur gel .......................................................................................... 34
O. Extraction de plasmides ................................................................................. 34
Résultats et discussions .................................................. 35
1) Séquençage EF1⍺ de Fusarium redolens A63-1 .................................................. 35
2) Séquençage des extrémités du virus de Fusarium culmorum A104-1 ................ 37
3) Transmission verticale du virus de Fusarium redolens A63-1 ............................ 46
4) Comparaison de différentes souches de Fusarium culmorum A104-1 ............... 51
5) Screening autres souches de Fusarium .............................................................. 52
Conclusion générale ....................................................... 53
Bibliographie .................................................................. 54
ANNEXES ........................................................................ I
Annexe A : Machines utilisées ....................................................................................... I
Annexe B : Composition des milieu utilisés ................................................................ IV
Annexe C : Protocoles utilisés ..................................................................................... V
Annexe D : Amorces utilisées ...................................................................................... XI
Annexe E : Résultats du séquençage des 8 produits de restrictions .......................... XII
Annexe F : Croissance de différentes souches de Fusarium A63-1 ......................... XIV
Annexe G : Cycle PCR Utilisés .................................................................................... XVPermalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=79730 Screening et caractérisation de virus de Fusarium spp. [TFE / Mémoire] / Bryan Stiens, Auteur ; Jonathan Scauflaire, Directeur de publication, rédacteur en chef . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Agronomie, 2019.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Agronomie AIBT UCLouvain Faculté des bioingénieurs Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : De nombreuses espèces du genre Fusarium spp. sont pathogènes de plantes. Celles-ci peuvent mener à des ravages importants dans les cultures et par conséquent à de lourdes pertes économiques. Ces champignons sont omniprésents dans l’environnement par l’intermédiaire de spores : les micro- et macroconidies et les chlamydospores. Ces spores vont être propagées par divers moyen, vont pouvoir germer et ensuite inoculer d’autres plantes. Il a été découvert dans les souches de Fusarium présentes dans la collection du laboratoire FYMY la présence de mycovirus. Ces derniers parasitent les champignons afin de pouvoir répliquer leur matériel génétique. Ces mycovirus en question sont, en fait, des virus à ARN double brin. Ils représentent un potentiel de biocontrôle pour les champignons phytopathogènes qu’ils infectent. En effet, certains possèdent une capacité d’hypovirulence, c’est-à-dire de virulence réduite de leur hôte, qui peut être utilisée pour diminuer l’impact des champignons.
L’objectif de ce stage est multiple. D’abord, il a été question d’arriver à séquencer les
extrémités d’un virus de F. culmorum dont une partie du génome avait déjà été séquencée
précédemment. En parallèle, il a fallu caractériser biologiquement un virus de F. redolens,
c’est-à-dire, savoir comment celui-ci se comporte une fois inséré dans son hôte fongique. Et
enfin, nous avons cherché la présence de mycovirus dans d’autres souches de la collection du
laboratoire FYMY.
En ce qui concerne les extrémités du virus de F. culmorum, il a pu être montré après une suite
d’essais et de manipulations (RT-PCR, PCR, ligation à la T4 RNA Ligase, clonage, restriction
et séquençage) que l’extrémité 5’ de son génome était très proche d’autres virus du même
genre.
Ensuite, il a été constaté qu’il y avait uniquement une différence de phénotype entre les
souches de F. redolens infectées par le virus et celles non infectées. Aucune différence en
terme de vitesse de croissance n’a pu être mise en évidence.
Finalement, aucun virus de champignons n’a été trouvé dans les autres souches de Fusarium
de la collection du laboratoire FYMY ayant été testées.Note de contenu : Table des matières
Table des tableaux ........................................................... 6
Table des Figures ............................................................. 7
Présentation du laboratoire ............................................ 9
tIntroduction générale ................................................... 10
1) Le genre Fusarium .............................................................................................. 12
A. Introduction .................................................................................................... 12
B. Classification ................................................................................................... 13
a) Cycle de vie ................................................................................................ 14
b) Reproduction sexuée et asexuée ................................................................. 15
C. Symptômes ..................................................................................................... 16
D. Point de vue économique ............................................................................... 17
E. Moyens de lutte ............................................................................................. 17
a) Lutte chimique ............................................................................................ 17
b) Lutte biologique ......................................................................................... 17
2) Virus en général .................................................................................................. 18
a) Classification en fonction du génome ......................................................... 18
b) Capside ....................................................................................................... 19
c) Cycle viral .................................................................................................. 19
3) Virus de champignon .......................................................................................... 20
a) Familles et genres ....................................................................................... 20
a) Impact sur les champignons ....................................................................... 21
b) Transmission .............................................................................................. 22
c) Exemple d’utilisation : Cryphonectria parasitica ...................................... 22
Objectif ............................................................................ 24
Matériel et méthodes ...................................................... 25
1) Matériel .............................................................................................................. 25
A. Analyse bio-informatique ............................................................................... 25
B. Milieux utilisés ................................................................................................ 25
2) Matériel biologique ............................................................................................ 26
A. Fusarium spp. ................................................................................................. 26
B. E. coli .............................................................................................................. 27
3) Méthodes ........................................................................................................... 28
A. Extraction d’ADN par la méthode au CTAB .................................................... 28
B. Extraction d’ARN simple brin (ARNsb) par la méthode au Trizol .................... 28
C. Extraction de l’ARN double brin (ARNdb) ....................................................... 29
D. Electrophorèse sur gel d’agarose ................................................................... 29
E. Transformation bactérienne .......................................................................... 29
F. Reverse-Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) ........................ 31
G. Polymerase Chain Reaction (PCR) .................................................................. 31
H. Culture de Fusarium ....................................................................................... 31
I. Séquençage .................................................................................................... 32
J. Isolement de conidies .................................................................................... 32
5
K. Ligation T4 RNA ligase .................................................................................... 33
L. Purification à la RNase et à la DNase .............................................................. 33
M. Purification de l’ADN sur colonne .............................................................. 33
N. Purification sur gel .......................................................................................... 34
O. Extraction de plasmides ................................................................................. 34
Résultats et discussions .................................................. 35
1) Séquençage EF1⍺ de Fusarium redolens A63-1 .................................................. 35
2) Séquençage des extrémités du virus de Fusarium culmorum A104-1 ................ 37
3) Transmission verticale du virus de Fusarium redolens A63-1 ............................ 46
4) Comparaison de différentes souches de Fusarium culmorum A104-1 ............... 51
5) Screening autres souches de Fusarium .............................................................. 52
Conclusion générale ....................................................... 53
Bibliographie .................................................................. 54
ANNEXES ........................................................................ I
Annexe A : Machines utilisées ....................................................................................... I
Annexe B : Composition des milieu utilisés ................................................................ IV
Annexe C : Protocoles utilisés ..................................................................................... V
Annexe D : Amorces utilisées ...................................................................................... XI
Annexe E : Résultats du séquençage des 8 produits de restrictions .......................... XII
Annexe F : Croissance de différentes souches de Fusarium A63-1 ......................... XIV
Annexe G : Cycle PCR Utilisés .................................................................................... XVPermalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=79730 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Sélection de bactéries à potentiel antagoniste pour le biocontrôle des maladies en froment / Corentin Laurent
Titre : Sélection de bactéries à potentiel antagoniste pour le biocontrôle des maladies en froment Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Corentin Laurent, Auteur ; Anne Tetelain, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Agronomie Année de publication : 2021 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : UCLouvain Université Catholique de Louvain-la-Neuve. Laboratoire de recherche de l’unité de phytopathologie FYMY Froment : maladies biocontrôle Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Note de contenu : Table des matières
1 Présentation du lieu de stage .............................................................................................. 6
2 Introduction générale .......................................................................................................... 6
2.1 Les origines du projet Antagonist ............................................................................... 6
2.2 Le projet Antagonist ................................................................................................... 7
3 Contexte général ................................................................................................................. 9
3.1 Biocontrôle ................................................................................................................. 9
3.2 Septoriose ................................................................................................................. 10
3.3 Fusariose ................................................................................................................... 12
3.4 Agents de biocontrôle ............................................................................................... 13
3.4.1 Pseudomonas ...................................................................................................... 13
3.4.2 Bacillus ............................................................................................................... 15
3.4.3 Paenibacillus ...................................................................................................... 16
4 Objectifs et stratégie ......................................................................................................... 17
5 Matériel et méthodes ........................................................................................................ 18
5.1 Protocoles pour la caractérisation des bactéries ....................................................... 18
5.1.1 PCR et PCR sur colonies .................................................................................... 18
5.1.1.1 Matériel ....................................................................................................... 18
5.1.1.2 Méthode ...................................................................................................... 18
5.1.2 Extraction et purification sur gel ........................................................................ 19
5.1.2.1 Matériel ....................................................................................................... 19
5.1.2.2 Méthode ...................................................................................................... 19
5.1.3 Purification de l’ADN ........................................................................................ 20
5.1.3.1 Matériel ....................................................................................................... 20
5.1.3.2 Méthode ...................................................................................................... 20
5.1.4 Tests enzymatiques ............................................................................................ 22
5.1.4.1 Préparation du milieu CMC (Cellulose Carboxymethyl) Agar .................. 22
5.1.4.2 Préparation du milieu Colloïdal Chitine (CC)-agar .................................... 23
5.1.4.3 Préparation du milieu Skim Milk Agar ....................................................... 24
5.1.5 Production de sidérophore .................................................................................. 24
5.2 Protocoles des tests in planta ................................................................................... 25
5.2.1 Inoculation de Zymoseptoria tritici sur des plantes de froment ......................... 25
5.2.1.1 Matériel ....................................................................................................... 25
5.2.1.2 Méthode ...................................................................................................... 25
5.2.1.3 Matériel ....................................................................................................... 25
5.2.1.4 Méthode ...................................................................................................... 26
5.2.2 Inoculation de bactéries ...................................................................................... 26
5.2.3 Test de germination ............................................................................................ 26
5.2.3.1 Matériel ....................................................................................................... 27
5.2.3.2 Méthode ...................................................................................................... 27
6 Résultats et discussion ...................................................................................................... 27
6.1 Pseudomonas ............................................................................................................ 28
6.2 Bacillus ..................................................................................................................... 30
6.3 Paenibacillus ............................................................................................................ 33
Conclusion générale (et perspectives) ...................................................................................... 34
7 Liste de figures ................................................................................................................. 35
8 Table des illustrations ....................................................................................................... 35
9 Bibliographie .................................................................................................................... 36Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=99939 Sélection de bactéries à potentiel antagoniste pour le biocontrôle des maladies en froment [TFE / Mémoire] / Corentin Laurent, Auteur ; Anne Tetelain, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Agronomie, 2021.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur
Langues : Français (fre)
Mots-clés : UCLouvain Université Catholique de Louvain-la-Neuve. Laboratoire de recherche de l’unité de phytopathologie FYMY Froment : maladies biocontrôle Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Note de contenu : Table des matières
1 Présentation du lieu de stage .............................................................................................. 6
2 Introduction générale .......................................................................................................... 6
2.1 Les origines du projet Antagonist ............................................................................... 6
2.2 Le projet Antagonist ................................................................................................... 7
3 Contexte général ................................................................................................................. 9
3.1 Biocontrôle ................................................................................................................. 9
3.2 Septoriose ................................................................................................................. 10
3.3 Fusariose ................................................................................................................... 12
3.4 Agents de biocontrôle ............................................................................................... 13
3.4.1 Pseudomonas ...................................................................................................... 13
3.4.2 Bacillus ............................................................................................................... 15
3.4.3 Paenibacillus ...................................................................................................... 16
4 Objectifs et stratégie ......................................................................................................... 17
5 Matériel et méthodes ........................................................................................................ 18
5.1 Protocoles pour la caractérisation des bactéries ....................................................... 18
5.1.1 PCR et PCR sur colonies .................................................................................... 18
5.1.1.1 Matériel ....................................................................................................... 18
5.1.1.2 Méthode ...................................................................................................... 18
5.1.2 Extraction et purification sur gel ........................................................................ 19
5.1.2.1 Matériel ....................................................................................................... 19
5.1.2.2 Méthode ...................................................................................................... 19
5.1.3 Purification de l’ADN ........................................................................................ 20
5.1.3.1 Matériel ....................................................................................................... 20
5.1.3.2 Méthode ...................................................................................................... 20
5.1.4 Tests enzymatiques ............................................................................................ 22
5.1.4.1 Préparation du milieu CMC (Cellulose Carboxymethyl) Agar .................. 22
5.1.4.2 Préparation du milieu Colloïdal Chitine (CC)-agar .................................... 23
5.1.4.3 Préparation du milieu Skim Milk Agar ....................................................... 24
5.1.5 Production de sidérophore .................................................................................. 24
5.2 Protocoles des tests in planta ................................................................................... 25
5.2.1 Inoculation de Zymoseptoria tritici sur des plantes de froment ......................... 25
5.2.1.1 Matériel ....................................................................................................... 25
5.2.1.2 Méthode ...................................................................................................... 25
5.2.1.3 Matériel ....................................................................................................... 25
5.2.1.4 Méthode ...................................................................................................... 26
5.2.2 Inoculation de bactéries ...................................................................................... 26
5.2.3 Test de germination ............................................................................................ 26
5.2.3.1 Matériel ....................................................................................................... 27
5.2.3.2 Méthode ...................................................................................................... 27
6 Résultats et discussion ...................................................................................................... 27
6.1 Pseudomonas ............................................................................................................ 28
6.2 Bacillus ..................................................................................................................... 30
6.3 Paenibacillus ............................................................................................................ 33
Conclusion générale (et perspectives) ...................................................................................... 34
7 Liste de figures ................................................................................................................. 35
8 Table des illustrations ....................................................................................................... 35
9 Bibliographie .................................................................................................................... 36Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=99939 Exemplaires
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