Centre de Documentation Campus Montignies
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Lundi : 8h-18h30
Mardi : 8h-18h30
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Jeudi : 8h-18h30
Vendredi : 8h-16h30
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Dès ce lundi 1er juillet jusqu'au mercredi 10 juillet l'horaire du centre de documentation sera adapté :
Lundi 1er juillet : de 8h à 12h et de 12h30 à 16h
Mardi 2 juillet : de 8h à 12h15
Mercredi 3 juillet : de 9h à 12h et de 12h30 à 15h15
Jeudi 4 juillet : de 8h à 12h30 et de 13h à 18h30
Lundi 8 juillet : de 8h à 12h et de 12h30 à 16h
Mardi 9 juillet : de 8h à 12h15
Réouverture dès ce lundi 19 août.
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Titre : |
PURIFICATIONS PAR BILLES MAGNÉTIQUES DANS LE FLUX DU SÉQUENÇAGE SANGER |
Type de document : |
TFE / Mémoire |
Auteurs : |
Ariane SAAN KEMEGNI, Auteur |
Année de publication : |
2016 |
Note générale : |
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. |
Langues : |
Français (fre) |
Mots-clés : |
biologie médicale UCL Saint-Luc Woluwe-Saint-Lambert PURIFICATION BILLES MAGNÉTIQUES SÉQUENÇAGE SANGER ADN |
Index. décimale : |
TFE Bio Med TFE Biologie médicale |
Note de contenu : |
TABLE DES MATIÈRES
INTRODUCTION ................................................................................................................... 15
1 NOTION THÉORIQUE ................................................................................................... 19
1.1 Définition de l’ADN.................................................................................................. 19
1.2 Structure .................................................................................................................... 19
1.3 Propriétés de l’ADN .................................................................................................. 21
2 Séquençage Sanger ........................................................................................................... 23
2.1 Extraction de l’ADN ................................................................................................. 23
2.1.1 Extraction d’ADN par phénol-chloroforme-alcool isoamylique ....................... 24
2.1.2 Extraction de l’ADN par salting out .................................................................. 24
2.1.3 Extraction sur l’extracteur automatique QIAsymphony .................................... 25
2.2 Quantification de l’ADN ........................................................................................... 26
2.3 PCR .......................................................................................................................... 26
2.4 Purification du produit PCR ...................................................................................... 32
2.4.1 Purification par méthode enzymatique : ............................................................ 33
2.4.2 Purification par les billes magnétiques : ............................................................ 33
2.5 Séquençage Sanger proprement dit ........................................................................... 34 2.5.1 Principe .............................................................................................................. 34
2.6 Purification après la réaction de séquence ................................................................ 37
2.6.1 Purification par précipitation acétate-éthanol .................................................... 37
2.6.2 Purification d’ADN par gel-filtration sur résine Sephadex® G-50 Super fine.. 38
2.6.3 Purification par les billes magnétiques : AGENCOURT ®CLEANSEQ® ...... 39
2.7 Électrophorèse capillaire ........................................................................................... 40
Objectifs et stratégies ............................................................................................................... 41
3 Matériels et méthodes ....................................................................................................... 45
3.1 Matériel de base ........................................................................................................ 45
3.2 Réaction de polymérisation en chaine (PCR). .......................................................... 45
3.2.1 Matériel .............................................................................................................. 45
3.2.2 Réactifs .............................................................................................................. 46
3.2.3 Mode opératoire ................................................................................................. 47
3.3 Électrophorèse en gel d’agarose ou polyacrylamide ................................................. 48
3.3.1 Principe .............................................................................................................. 49
3.3.2 Matériel : ............................................................................................................ 49
3.3.3 Réactifs : ............................................................................................................ 50
3.3.4 Description ......................................................................................................... 50
3.4 Purification du produit PCR ...................................................................................... 52
3.4.1 Purification par méthode enzymatique .............................................................. 52
3.4.1.1 Réactifs ........................................................................................................... 52
3.4.1.2 Mode opératoire ............................................................................................. 52
3.4.2 Purification par billes magnétiques : AMPure Agencourt ................................. 52
3.4.2.1 Matériel et réactif ........................................................................................... 52
3.4.2.2 Mode opératoire ............................................................................................. 53
3.5 Séquençage Sanger .................................................................................................... 54
3.5.1 Matériels et Réactifs .......................................................................................... 54
3.5.2 Mode opératoire ................................................................................................. 55
3.6 Purification de la réaction de séquence ..................................................................... 56
3.6.1 Purification d’ADN par gel-filtration sur résine Sephadex® G-50 Super fine.. 56
3.6.1.1 Matériel et réactif ........................................................................................... 56
3.6.1.2 Mode opératoire ............................................................................................. 56
3.6.2 Purification par précipitation acétate-éthanol .................................................... 57
3.6.2.1 Réactifs et consommables .............................................................................. 57
3.6.2.2 Mode opératoire ............................................................................................. 57
3.6.3 Purification par les billes magnétiques : CleanSEQ Agencourt ............................ 58
3.6.3.1 Réactifs ........................................................................................................... 58
3.6.3.2 Mode opératoire .............................................................................................. 58
3.7 Analyseur génétique (séquenceur) : 3500XLDX ET 3730XL de chez Applied Biosystems ........................................................................................................................... 60
3.8 Analyses des données ................................................................................................ 61
4 RÉSULTATS et discussion .............................................................................................. 63
4.1 Choix des échantillons .............................................................................................. 63
4.2 Comparaison de la purification PCR par AMPure et par EXOSAP. ........................ 64
4.2.1 Utilisation de l’AMPure pour éliminer les dimeres de primers ......................... 67
4.3 Comparaison de technique de purification post-séquençage par CleanSEQ, SEPHADEX et précipitation acétate-éthanol. ...................................................................... 71
4.3.1 Comparaison CleanSEQ et SEPHADEX ........................................................... 71
4.3.2 Comparaison CleanSEQ et précipitation acétate- éthanol. ................................ 73
4.4 Application de la purification par billes magnétique dans le secteur HLA. ............. 76
Conclusion et perspectives ....................................................................................................... 79
Liste des illustrations ............................................................................................................... 81
Bibliographie............................................................................................................................ 83
Annexes.................................................................................................................................... 85 |
Permalink : |
./index.php?lvl=notice_display&id=65691 |
PURIFICATIONS PAR BILLES MAGNÉTIQUES DANS LE FLUX DU SÉQUENÇAGE SANGER [TFE / Mémoire] / Ariane SAAN KEMEGNI, Auteur . - 2016. Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français ( fre)
Mots-clés : |
biologie médicale UCL Saint-Luc Woluwe-Saint-Lambert PURIFICATION BILLES MAGNÉTIQUES SÉQUENÇAGE SANGER ADN |
Index. décimale : |
TFE Bio Med TFE Biologie médicale |
Note de contenu : |
TABLE DES MATIÈRES
INTRODUCTION ................................................................................................................... 15
1 NOTION THÉORIQUE ................................................................................................... 19
1.1 Définition de l’ADN.................................................................................................. 19
1.2 Structure .................................................................................................................... 19
1.3 Propriétés de l’ADN .................................................................................................. 21
2 Séquençage Sanger ........................................................................................................... 23
2.1 Extraction de l’ADN ................................................................................................. 23
2.1.1 Extraction d’ADN par phénol-chloroforme-alcool isoamylique ....................... 24
2.1.2 Extraction de l’ADN par salting out .................................................................. 24
2.1.3 Extraction sur l’extracteur automatique QIAsymphony .................................... 25
2.2 Quantification de l’ADN ........................................................................................... 26
2.3 PCR .......................................................................................................................... 26
2.4 Purification du produit PCR ...................................................................................... 32
2.4.1 Purification par méthode enzymatique : ............................................................ 33
2.4.2 Purification par les billes magnétiques : ............................................................ 33
2.5 Séquençage Sanger proprement dit ........................................................................... 34 2.5.1 Principe .............................................................................................................. 34
2.6 Purification après la réaction de séquence ................................................................ 37
2.6.1 Purification par précipitation acétate-éthanol .................................................... 37
2.6.2 Purification d’ADN par gel-filtration sur résine Sephadex® G-50 Super fine.. 38
2.6.3 Purification par les billes magnétiques : AGENCOURT ®CLEANSEQ® ...... 39
2.7 Électrophorèse capillaire ........................................................................................... 40
Objectifs et stratégies ............................................................................................................... 41
3 Matériels et méthodes ....................................................................................................... 45
3.1 Matériel de base ........................................................................................................ 45
3.2 Réaction de polymérisation en chaine (PCR). .......................................................... 45
3.2.1 Matériel .............................................................................................................. 45
3.2.2 Réactifs .............................................................................................................. 46
3.2.3 Mode opératoire ................................................................................................. 47
3.3 Électrophorèse en gel d’agarose ou polyacrylamide ................................................. 48
3.3.1 Principe .............................................................................................................. 49
3.3.2 Matériel : ............................................................................................................ 49
3.3.3 Réactifs : ............................................................................................................ 50
3.3.4 Description ......................................................................................................... 50
3.4 Purification du produit PCR ...................................................................................... 52
3.4.1 Purification par méthode enzymatique .............................................................. 52
3.4.1.1 Réactifs ........................................................................................................... 52
3.4.1.2 Mode opératoire ............................................................................................. 52
3.4.2 Purification par billes magnétiques : AMPure Agencourt ................................. 52
3.4.2.1 Matériel et réactif ........................................................................................... 52
3.4.2.2 Mode opératoire ............................................................................................. 53
3.5 Séquençage Sanger .................................................................................................... 54
3.5.1 Matériels et Réactifs .......................................................................................... 54
3.5.2 Mode opératoire ................................................................................................. 55
3.6 Purification de la réaction de séquence ..................................................................... 56
3.6.1 Purification d’ADN par gel-filtration sur résine Sephadex® G-50 Super fine.. 56
3.6.1.1 Matériel et réactif ........................................................................................... 56
3.6.1.2 Mode opératoire ............................................................................................. 56
3.6.2 Purification par précipitation acétate-éthanol .................................................... 57
3.6.2.1 Réactifs et consommables .............................................................................. 57
3.6.2.2 Mode opératoire ............................................................................................. 57
3.6.3 Purification par les billes magnétiques : CleanSEQ Agencourt ............................ 58
3.6.3.1 Réactifs ........................................................................................................... 58
3.6.3.2 Mode opératoire .............................................................................................. 58
3.7 Analyseur génétique (séquenceur) : 3500XLDX ET 3730XL de chez Applied Biosystems ........................................................................................................................... 60
3.8 Analyses des données ................................................................................................ 61
4 RÉSULTATS et discussion .............................................................................................. 63
4.1 Choix des échantillons .............................................................................................. 63
4.2 Comparaison de la purification PCR par AMPure et par EXOSAP. ........................ 64
4.2.1 Utilisation de l’AMPure pour éliminer les dimeres de primers ......................... 67
4.3 Comparaison de technique de purification post-séquençage par CleanSEQ, SEPHADEX et précipitation acétate-éthanol. ...................................................................... 71
4.3.1 Comparaison CleanSEQ et SEPHADEX ........................................................... 71
4.3.2 Comparaison CleanSEQ et précipitation acétate- éthanol. ................................ 73
4.4 Application de la purification par billes magnétique dans le secteur HLA. ............. 76
Conclusion et perspectives ....................................................................................................... 79
Liste des illustrations ............................................................................................................... 81
Bibliographie............................................................................................................................ 83
Annexes.................................................................................................................................... 85 |
Permalink : |
./index.php?lvl=notice_display&id=65691 |
|
Exemplaires
![détail détail](./getgif.php?nomgif=plus)
Expression, purification et repliement du variant D67H du lysosyme humain impliqué dans les maladies amyloïdes [TFE / Mémoire] / ORESTI Mélissa, . - 2010. Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur |
Exemplaires
![détail détail](./getgif.php?nomgif=plus)
[article] Identification of drugs in physiological fluids following on-line liquid chromatographic purification and analysis [texte imprimé] . - 1991 . - 291 - 297. in Annales de Biologie Clinique > 5 (1991) . - 291 - 297 | ![Identification of drugs in physiological fluids following on-line liquid chromatographic purification and analysis vignette](./images/vide.png) |
Exemplaires (1)
|
Revue | Revue | Centre de Documentation HELHa Campus Montignies | Réserve | Consultable sur demande auprès des documentalistes Exclu du prêt |
![détail détail](./getgif.php?nomgif=plus)
Biotechnologie enzymatique : mode d'emploi, industrie alimentaire, environnement, m?edical [texte imprimé] / Claude Burstein (19..-....), Auteur . - Paris : Polytechinica, DL 2000, cop. 2000 . - 1 vol. (VIII-110 p.) : ill., couv. ill. en coul. ; 24 cm. ISBN : 2-84054-062-2 : 149 FRF : 22,71 EUR Langues : Français ( fre) | ![Biotechnologie enzymatique vignette](./images/vide.png) |
Réservation
Réserver ce document
Exemplaires (1)
|
663/664 BUR B | Livre | Centre de Documentation HELHa Campus Montignies | Etagères livres | Disponible Disponible |
![détail détail](./getgif.php?nomgif=plus)
[article] Le cheveu : un efficace marqueur biologique d'exposition aux xénobiotiques [texte imprimé] . - 1999 . - 255 - 266. in ABTL BVLT > 4 (1999) . - 255 - 266 | ![Le cheveu : un efficace marqueur biologique d'exposition aux xénobiotiques vignette](./images/vide.png) |
Réservation
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Exemplaires (1)
|
Revue | Revue | Centre de Documentation HELHa Campus Montignies | Réserve | Empruntable sur demande auprès des documentalistes Disponible |
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