Détection de Clostridioides difficile dans les selles : réflexion sur l’organigramme décisionnel actuel / Laurane Chavée

Public ISBD Titre : Détection de Clostridioides difficile dans les selles : réflexion sur l’organigramme décisionnel actuel Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Laurane Chavée, Auteur ; Gaëtane Maernoudt, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale Année de publication : 2022 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Le Clostridioides difficile est la principale cause de diarrhées nosocomiales chez l’adulte. En outre, 10 à 25% des diarrhées post antibiothérapies sont causées par cette bactérie, de même que la majorité des colites pseudo-membraneuses. Un diagnostic rapide de ce type d’infection est essentiel d’un point de vue de l’hygiène hospitalière. En effet, La production de spores résistantes par la bactérie associée à la promiscuité entre les patients en milieu hospitalier peut rapidement être à l’origine d’épidémie à Clostridioides difficile. L’organigramme décisionnel actuellement en place au laboratoire de la CNDG pour la recherche de Clostridioides difficile dans les selles associe de multiples techniques permettant la détection de la Glutamate Déshydrogénase, enzyme spécifique de la bactérie, puis des toxines produites par celle-ci. Le laboratoire souhaite revoir l’entièreté de cet organigramme pour diverses raisons. Tout d’abord, cet algorithme est complexe au vu de la multitude de tests à réaliser avant de déterminer si la souche est toxinogène ou non. Ensuite, un test faisant partie intégrante de l’organigramme actuel va être prochainement supprimé, en raison des temps de préchauffage et d’analyse très longs et du coût en constante augmentation. L’objectif de ce travail est de déterminer la combinaison de méthodes qui associe la meilleure sensibilité avec la meilleure spécificité dans un temps relativement court. Pour ce faire, 47 échantillons de selles ont été récoltés. Diverses méthodes de détection de la glutamate déshydrogénase et des toxines produites par la bactérie ont été testées sur ces échantillons en comparaison avec les méthodes de détection actuelles. Les résultats obtenus sont concluants, le nouvel organigramme proposé apparaissant comme une alternative aussi bien d’un point de vue technique que financier (diminution du coût de 41% par rapport à la méthode actuelle). La totalité des résultats obtenus sont, en effet, identiques où ont été améliorés pour un temps d’analyse inférieur. Les résultats étant validés, ce nouvel organigramme décisionnel pour la recherche de Clostridioides difficile dans les selles pourrait être utilisé à l’avenir au laboratoire de la CNDG. Une étude complémentaire pour déterminer le seuil de positivité du Liaison® devra cependant être réalisée afin de valider l’entièreté de l’organigramme proposé. Note de contenu : Table des matières Présentation du lieu de stage ................................................................................................ 6 Introduction générale ............................................................................................................ 8 Chapitre 1 : Contexte général, Clostridioides difficile ............................................................. 9 1. Aspects microbiologiques ........................................................................................... 9 1.1. Historique ............................................................................................................ 9 1.2. Caractères généraux .......................................................................................... 10 2. Infection à Clostridioides difficile ............................................................................... 13 2.1. Physiopathologie ............................................................................................... 13 2.2. Colite pseudo-membraneuse ............................................................................. 15 2.3. Traitements ....................................................................................................... 17 3. Suivi des infections à Clostridioides difficile ............................................................... 18 4. Diagnostic de Clostridioides difficile au laboratoire ................................................... 20 4.1. Méthodes de référence ..................................................................................... 22 4.2. Tests rapides ...................................................................................................... 22 4.3. Echelle de Bristol ............................................................................................... 28 4.4. Notions statistiques ........................................................................................... 28 Chapitre 2 : Objectifs et stratégie ........................................................................................ 30 Chapitre 3 : Matériel et méthodes ....................................................................................... 33 1. Méthodes ................................................................................................................. 33 1.1. Méthodes utilisées dans le cadre de cette étude ............................................... 33 1.2. Collecte des échantillons.................................................................................... 37 1.3. Utilisation de l’échelle de Bristol ........................................................................ 38 1.4. Statistiques utilisées .......................................................................................... 38 7 2. Matériel .................................................................................................................... 39 Chapitre 4 : Résultats et discussion ...................................................................................... 40 1. Statistiques descriptives............................................................................................ 40 1.1. Influence de l’âge ............................................................................................... 40 1.2. Influence du sexe ............................................................................................... 41 1.3. Répartition selon la provenance ........................................................................ 42 2. Echelle de Bristol : résultats ...................................................................................... 43 3. Comparaison des différents tests .............................................................................. 44 3.1. Mise en évidence de la GDH .............................................................................. 47 3.2. Mise en évidence de la toxine ............................................................................ 50 4. Evaluation rétrospective du seuil de positivité de la GDH sur le Liaison® ................... 54 4.1. Prévalence des infections à Clostridioides difficile .............................................. 55 5. Avantages et inconvénients des différentes méthodes utilisées ................................ 56 6. Proposition d’un nouvel organigramme .................................................................... 57 6.1. Comparaison des coûts ...................................................................................... 60 Conclusion générale ............................................................................................................ 61 Liste des abréviations .......................................................................................................... 63 Tests utilisés ........................................................................................................................ 63 Liste des figures ................................................................................................................... 64 Liste des tableaux ................................................................................................................ 66 Bibliographie ....................................................................................................................... 67 Table des annexes ............................................................................................................... 73 Annexes............................................................................................................................... 74 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=105764 Détection de Clostridioides difficile dans les selles : réflexion sur l’organigramme décisionnel actuel [TFE / Mémoire] / Laurane Chavée, Auteur ; Gaëtane Maernoudt, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale, 2022. Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Le Clostridioides difficile est la principale cause de diarrhées nosocomiales chez l’adulte. En outre, 10 à 25% des diarrhées post antibiothérapies sont causées par cette bactérie, de même que la majorité des colites pseudo-membraneuses. Un diagnostic rapide de ce type d’infection est essentiel d’un point de vue de l’hygiène hospitalière. En effet, La production de spores résistantes par la bactérie associée à la promiscuité entre les patients en milieu hospitalier peut rapidement être à l’origine d’épidémie à Clostridioides difficile. L’organigramme décisionnel actuellement en place au laboratoire de la CNDG pour la recherche de Clostridioides difficile dans les selles associe de multiples techniques permettant la détection de la Glutamate Déshydrogénase, enzyme spécifique de la bactérie, puis des toxines produites par celle-ci. Le laboratoire souhaite revoir l’entièreté de cet organigramme pour diverses raisons. Tout d’abord, cet algorithme est complexe au vu de la multitude de tests à réaliser avant de déterminer si la souche est toxinogène ou non. Ensuite, un test faisant partie intégrante de l’organigramme actuel va être prochainement supprimé, en raison des temps de préchauffage et d’analyse très longs et du coût en constante augmentation. L’objectif de ce travail est de déterminer la combinaison de méthodes qui associe la meilleure sensibilité avec la meilleure spécificité dans un temps relativement court. Pour ce faire, 47 échantillons de selles ont été récoltés. Diverses méthodes de détection de la glutamate déshydrogénase et des toxines produites par la bactérie ont été testées sur ces échantillons en comparaison avec les méthodes de détection actuelles. Les résultats obtenus sont concluants, le nouvel organigramme proposé apparaissant comme une alternative aussi bien d’un point de vue technique que financier (diminution du coût de 41% par rapport à la méthode actuelle). La totalité des résultats obtenus sont, en effet, identiques où ont été améliorés pour un temps d’analyse inférieur. Les résultats étant validés, ce nouvel organigramme décisionnel pour la recherche de Clostridioides difficile dans les selles pourrait être utilisé à l’avenir au laboratoire de la CNDG. Une étude complémentaire pour déterminer le seuil de positivité du Liaison® devra cependant être réalisée afin de valider l’entièreté de l’organigramme proposé. Note de contenu : Table des matières Présentation du lieu de stage ................................................................................................ 6 Introduction générale ............................................................................................................ 8 Chapitre 1 : Contexte général, Clostridioides difficile ............................................................. 9 1. Aspects microbiologiques ........................................................................................... 9 1.1. Historique ............................................................................................................ 9 1.2. Caractères généraux .......................................................................................... 10 2. Infection à Clostridioides difficile ............................................................................... 13 2.1. Physiopathologie ............................................................................................... 13 2.2. Colite pseudo-membraneuse ............................................................................. 15 2.3. Traitements ....................................................................................................... 17 3. Suivi des infections à Clostridioides difficile ............................................................... 18 4. Diagnostic de Clostridioides difficile au laboratoire ................................................... 20 4.1. Méthodes de référence ..................................................................................... 22 4.2. Tests rapides ...................................................................................................... 22 4.3. Echelle de Bristol ............................................................................................... 28 4.4. Notions statistiques ........................................................................................... 28 Chapitre 2 : Objectifs et stratégie ........................................................................................ 30 Chapitre 3 : Matériel et méthodes ....................................................................................... 33 1. Méthodes ................................................................................................................. 33 1.1. Méthodes utilisées dans le cadre de cette étude ............................................... 33 1.2. Collecte des échantillons.................................................................................... 37 1.3. Utilisation de l’échelle de Bristol ........................................................................ 38 1.4. Statistiques utilisées .......................................................................................... 38 7 2. Matériel .................................................................................................................... 39 Chapitre 4 : Résultats et discussion ...................................................................................... 40 1. Statistiques descriptives............................................................................................ 40 1.1. Influence de l’âge ............................................................................................... 40 1.2. Influence du sexe ............................................................................................... 41 1.3. Répartition selon la provenance ........................................................................ 42 2. Echelle de Bristol : résultats ...................................................................................... 43 3. Comparaison des différents tests .............................................................................. 44 3.1. Mise en évidence de la GDH .............................................................................. 47 3.2. Mise en évidence de la toxine ............................................................................ 50 4. Evaluation rétrospective du seuil de positivité de la GDH sur le Liaison® ................... 54 4.1. Prévalence des infections à Clostridioides difficile .............................................. 55 5. Avantages et inconvénients des différentes méthodes utilisées ................................ 56 6. Proposition d’un nouvel organigramme .................................................................... 57 6.1. Comparaison des coûts ...................................................................................... 60 Conclusion générale ............................................................................................................ 61 Liste des abréviations .......................................................................................................... 63 Tests utilisés ........................................................................................................................ 63 Liste des figures ................................................................................................................... 64 Liste des tableaux ................................................................................................................ 66 Bibliographie ....................................................................................................................... 67 Table des annexes ............................................................................................................... 73 Annexes............................................................................................................................... 74 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=105764

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