Détection moléculaire d’Aspergillus spp. et de Pneumocystis jirovecii à l’aide de l’ELITe InGenius / Bérénice Veraghen

Public ISBD Titre : Détection moléculaire d’Aspergillus spp. et de Pneumocystis jirovecii à l’aide de l’ELITe InGenius Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Bérénice Veraghen, Auteur ; Nicolas Kesteman, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale Année de publication : 2022 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Aspergillus spp. et Pneumocystis jirovecii sont deux champignons capables de causer de graves pathologies chez l’homme. De la pneumopathie à l’infection invasive, ces agents pathogènes sont insidieux, difficilement détectables et le diagnostic est souvent très complexe. Afin de gagner le plus de temps possible et d’améliorer les chances de survie du patient face à ces infections souvent fatales, il est impératif d’améliorer la vitesse et la qualité des diagnostics. Pour cela, un outil s’impose facilement : la biologie moléculaire. Dans le cadre de ce travail, deux kits de QPCR de la société ELITech (Aspergillus et Pneumocystis) sont vérifiés intégralement : exactitude, reproductibilité, sensibilité, spécificité ainsi que la linéarité (pour le kit Aspergillus) sont étudiées. Cette vérification est réalisée grâce à de nombreux échantillons provenant du CHU UCL Mont-Godinne et d’ailleurs. Ces échantillons sont principalement des lavages broncho-alvéolaires. L’apport de ces kits au diagnostic est également étudié. La vérification s’effectue sur l’automate ELITe InGenius de la société ELITech et les échantillons y sont traités de la manière standard. Des calibrations et des contrôles sont également réalisés à l’aide de l’automate. Les résultats ont permis de révéler que le kit Pneumocystis possède une grande exactitude, reproductibilité et spécificité mais une sensibilité moins bonne. Le kit Aspergillus possède une exactitude moyenne, une mauvaise spécificité, une très bonne linéarité, sensibilité et une bonne reproductibilité à haute concentration de matériel génétique. Concernant le kit Aspergillus, il s’est avéré qu’il existe une possibilité de discriminer les différentes classifications de pathologies fongiques invasives sur base des résultats donnés par l’InGenius. En effet, il est possible de différencier les aspergilloses prouvées, probables, possibles et les cas négatifs ou les cas de portage sain. Il est indéniable que ces outils de biologie moléculaire représentent un grand atout pour aider au diagnostic des maladies fongiques et que leur utilisation devrait être de plus en plus répandue durant les années à venir. Leur utilisation ne peut être qu’encouragée. Note de contenu : Table des matières Présentation de l’établissement ...............................................................................................5 Introduction générale ..............................................................................................................6 Contexte général .....................................................................................................................8 1. Qu’est-ce qu’une mycose ? ..................................................................................................... 8 2. Aspergillus spp. ...................................................................................................................... 9 2.1. Epidémiologie................................................................................................................. 9 2.2. Pathologies....................................................................................................................11 2.3. Diagnostic biologique ....................................................................................................13 2.4. Traitement .....................................................................................................................15 3. Pneumocystis jirovecii ...........................................................................................................15 3.1. Epidémiologie................................................................................................................15 3.2. Pathologies....................................................................................................................17 3.3. Diagnostic biologique ....................................................................................................19 3.4. Traitement .....................................................................................................................21 4. Classification des maladies fongiques invasives .....................................................................22 5. Real time Q-PCR...................................................................................................................24 Objectifs et stratégie .............................................................................................................28 Matériel et méthodes ............................................................................................................29 Résultats et discussion ..........................................................................................................44 Conclusion générale .............................................................................................................55 Lexique ................................................................................................................................57 Liste des figures ...................................................................................................................58 Liste des tableaux .................................................................................................................60 Bibliographie ........................................................................................................................61 Annexes ...............................................................................................................................64 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=105769 Détection moléculaire d’Aspergillus spp. et de Pneumocystis jirovecii à l’aide de l’ELITe InGenius [TFE / Mémoire] / Bérénice Veraghen, Auteur ; Nicolas Kesteman, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale, 2022. Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Aspergillus spp. et Pneumocystis jirovecii sont deux champignons capables de causer de graves pathologies chez l’homme. De la pneumopathie à l’infection invasive, ces agents pathogènes sont insidieux, difficilement détectables et le diagnostic est souvent très complexe. Afin de gagner le plus de temps possible et d’améliorer les chances de survie du patient face à ces infections souvent fatales, il est impératif d’améliorer la vitesse et la qualité des diagnostics. Pour cela, un outil s’impose facilement : la biologie moléculaire. Dans le cadre de ce travail, deux kits de QPCR de la société ELITech (Aspergillus et Pneumocystis) sont vérifiés intégralement : exactitude, reproductibilité, sensibilité, spécificité ainsi que la linéarité (pour le kit Aspergillus) sont étudiées. Cette vérification est réalisée grâce à de nombreux échantillons provenant du CHU UCL Mont-Godinne et d’ailleurs. Ces échantillons sont principalement des lavages broncho-alvéolaires. L’apport de ces kits au diagnostic est également étudié. La vérification s’effectue sur l’automate ELITe InGenius de la société ELITech et les échantillons y sont traités de la manière standard. Des calibrations et des contrôles sont également réalisés à l’aide de l’automate. Les résultats ont permis de révéler que le kit Pneumocystis possède une grande exactitude, reproductibilité et spécificité mais une sensibilité moins bonne. Le kit Aspergillus possède une exactitude moyenne, une mauvaise spécificité, une très bonne linéarité, sensibilité et une bonne reproductibilité à haute concentration de matériel génétique. Concernant le kit Aspergillus, il s’est avéré qu’il existe une possibilité de discriminer les différentes classifications de pathologies fongiques invasives sur base des résultats donnés par l’InGenius. En effet, il est possible de différencier les aspergilloses prouvées, probables, possibles et les cas négatifs ou les cas de portage sain. Il est indéniable que ces outils de biologie moléculaire représentent un grand atout pour aider au diagnostic des maladies fongiques et que leur utilisation devrait être de plus en plus répandue durant les années à venir. Leur utilisation ne peut être qu’encouragée. Note de contenu : Table des matières Présentation de l’établissement ...............................................................................................5 Introduction générale ..............................................................................................................6 Contexte général .....................................................................................................................8 1. Qu’est-ce qu’une mycose ? ..................................................................................................... 8 2. Aspergillus spp. ...................................................................................................................... 9 2.1. Epidémiologie................................................................................................................. 9 2.2. Pathologies....................................................................................................................11 2.3. Diagnostic biologique ....................................................................................................13 2.4. Traitement .....................................................................................................................15 3. Pneumocystis jirovecii ...........................................................................................................15 3.1. Epidémiologie................................................................................................................15 3.2. Pathologies....................................................................................................................17 3.3. Diagnostic biologique ....................................................................................................19 3.4. Traitement .....................................................................................................................21 4. Classification des maladies fongiques invasives .....................................................................22 5. Real time Q-PCR...................................................................................................................24 Objectifs et stratégie .............................................................................................................28 Matériel et méthodes ............................................................................................................29 Résultats et discussion ..........................................................................................................44 Conclusion générale .............................................................................................................55 Lexique ................................................................................................................................57 Liste des figures ...................................................................................................................58 Liste des tableaux .................................................................................................................60 Bibliographie ........................................................................................................................61 Annexes ...............................................................................................................................64 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=105769

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