Centre de Documentation Campus Montignies
Horaires :
Lundi : 8h-18h30
Mardi : 8h-17h30
Mercredi 9h-16h30
Jeudi : 8h30-18h30
Vendredi : 8h30-12h30 et 13h-14h30
Votre centre de documentation sera exceptionnellement fermé de 12h30 à 13h ce lundi 18 novembre.
Egalement, il sera fermé de 12h30 à 13h30 ce mercredi 20 novembre.
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Auteur Carolane Van Caneghem |
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Titre : Évaluation de la nouvelle méthode d’antibiogramme rapide directe sur flacon d’hémoculture selon EUCAST Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Carolane Van Caneghem, Auteur ; Gaël Gilbert, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale Année de publication : 2022 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : RESUME
Ce travail est axé sur l’évaluation d’une nouvelle méthode d’antibiogramme rapide directe (méthode RAST : Rapid Antimicrobial Susceptibility Testing) à partir de flacons d’hémocultures positifs, selon les recommandations de l’EUCAST (European Committee on Antimicrobial Susceptibility). La population analysée dans ces pages est de quarante-sept flacons positifs, de sept types bactériens différents (dont 29 souches d’Escherichia coli et 11 souches de
Staphylococcus aureus). Pour chaque souche bactérienne acceptée après coloration de Gram, un antibiogramme sur gélose a directement été réalisé à partir de la flapule d’hémoculture. Ce même antibiogramme a été lu après quatre, six et huit heures d’incubation, le jour même. Le germe, suivant le diamètre de la zone d’inhibition mesurée, était classé comme sensible ou résistant à l’antibiotique. Mais il pouvait également se trouver dans la zone d’incertitude technique ATU.
Pour réaliser l'évaluation de cette méthode, trois objectifs ont dû être remplis. Le premier est la comparaison de cette nouvelle méthode à la méthode de l'antibiogramme classique utilisée en routine (méthode de Kirby Bauer) au laboratoire, afin de réaliser une validation interne de cette méthode. Cette comparaison a permis de mettre en évidence les avantages et inconvénients que présente cette méthode par rapport à celle utilisée en routine. Le deuxième objectif est l’évaluation de la mise en place de la méthode au sein du laboratoire. Pour terminer, le dernier objectif est d’évaluer l’impact clinique que pourrait avoir la mise en place de cette méthode.
Note de contenu : 4
TABLE DES MATIERES
Remerciements ...................................................................................................................... 3
Présentation du lieu de stage ................................................................................................. 7
Introduction générale ............................................................................................................ 8
1. CONTEXTE GENERAL ....................................................................................................... 9
1.1. Définitions .............................................................................................................. 9
1.2. Hémocultures ....................................................................................................... 11
1.2.1. Principe......................................................................................................... 11
1.2.2. Prélèvements ................................................................................................ 11
1.2.3. Incubation des flacons .................................................................................. 12
1.2.3.1. Fonctionnement de l’automate BD bactec FX ........................................ 12
1.2.4. Germes conventionnels ................................................................................ 13
1.2.5. Épidémiologie ............................................................................................... 14
1.3. Prise en charge des flacons d’hémocultures positifs, méthode actuelle ................ 14
1.3.1. Ensemencement ........................................................................................... 14
1.3.2. Examen direct ............................................................................................... 15
1.3.3. Identification ................................................................................................ 15
1.3.3.1. Identification classique .......................................................................... 15
1.3.3.2. Identification rapide .............................................................................. 16
1.3.4. Réalisation de l’antibiogramme..................................................................... 16
1.3.4.1. Méthode classique d’antibiogramme .................................................... 16
1.4. Contrôles .............................................................................................................. 17
1.5. Résistance aux antibiotiques................................................................................. 18
2. Objectifs et stratégie .................................................................................................... 19
2.1. Objectifs ............................................................................................................... 19
2.2. Stratégie ............................................................................................................... 19
3. Matériels et méthodes ................................................................................................. 22
3.1. Matériels .............................................................................................................. 22
3.2. Méthode de travail ............................................................................................... 23
3.2.1. Prise en charge des flacons d’hémoculture positifs du matin ........................ 24
3.2.1.1. Conditions d’acceptation et de rejet des flacons d’hémocultures .......... 24
3.2.1.2. Germes inclus dans l’étude.................................................................... 24
3.2.2. Identification rapide à partir des flacons d’hémocultures.............................. 24
3.2.3. Réalisation des antibiogrammes rapides selon la méthode EUCAST RAST ..... 25
5
3.2.3.1. Panels d’antibiotiques utilisés ............................................................... 25
3.2.4. Lecture des antibiogrammes rapides............................................................. 26
3.2.5. Lecture des subcultures ................................................................................ 26
3.2.6. Biotypage à partir des colonies bactériennes sur subcultures ....................... 26
3.2.7. Réalisation des antibiogrammes classiques selon la méthode Kirby-Bauer .... 27
3.2.7.1. Panels d’antibiotiques utilisés ............................................................... 27
3.2.8. Lecture des antibiogrammes classiques ........................................................ 27
3.2.9. Réalisation des contrôles de qualité internes de routine ............................... 27
3.2.9.1. Choix des souches contrôles et des panels d’antibiotiques utilisés ........ 27
3.2.9.2. Lecture et validation des contrôles de qualité ....................................... 27
3.2.10. Réalisation des contrôles de qualité internes recommandés par l’EUCAST pour
la méthode RAST .......................................................................................................... 28
3.2.10.1. Préparation des contrôles de qualité ..................................................... 28
3.2.10.2. Vérification de la stérilité du sang utilisé ............................................... 29
3.2.10.3. Introduction du sang et des germes ...................................................... 29
3.2.10.4. Prise en charge des flacons d’hémoculture contrôles positifs ................ 29
3.2.10.5. Validation des contrôles ........................................................................ 29
4. Résultats ...................................................................................................................... 30
4.1. Résultats des contrôles qualité recommandés par l’EUCAST ................................. 30
4.1.1. Vérification de la stérilité de la poche de sang humain.................................. 30
4.1.2. Lecture des contrôles qualité ........................................................................ 30
4.1.2.1. Lisibilité ................................................................................................. 30
4.1.2.2. Conformité ............................................................................................ 31
4.1.2.2.1. Souche ATCC Staphylococcus aureus 29213 ....................................... 31
4.1.2.2.2. Souche ATCC Enterococcus faecalis 29212 ......................................... 31
4.1.2.2.3. Souche ATCC Escherichia coli 25922 ................................................... 32
4.1.2.2.4. Souche ATCC Streptococcus pneumoniae 49619 ................................. 33
4.1.2.3. Répétabilité........................................................................................... 33
4.1.2.3.1. Souche ATCC Staphylococcus aureus 29213 ....................................... 34
4.1.2.3.2. Souche ATCC Enterococcus faecalis 29212 ......................................... 34
4.1.2.3.3. Souche ATCC Escherichia coli 25922 ................................................... 35
4.1.2.3.4. Souche ATCC Streptococcus pneumoniae 49619 ................................. 35
4.2. Résultats des antibiogrammes patients selon la méthode RAST ............................ 35
4.2.1. Flacons d’hémocultures pris en charge lors de ce travail ............................... 35
4.2.2. Lecture des antibiogrammes ......................................................................... 36
6
4.2.2.1. Lisibilité et interprétabilité .................................................................... 36
4.2.2.1.1. Escherichia coli ................................................................................... 37
4.2.2.1.2. Klebsiella pneumoniae........................................................................ 37
4.2.2.1.3. Staphylococcus aureus ....................................................................... 37
4.2.2.1.4. Enterococcus faecalis ......................................................................... 38
4.2.2.1.5. Enterococcus faecium......................................................................... 38
4.2.2.1.6. Pseudomonas aeruginosa................................................................... 38
4.2.2.1.7. Streptococcus pneumoniae................................................................. 38
4.2.2.2. Conformité ............................................................................................ 39
4.2.2.2.1. Escherichia coli ................................................................................... 39
4.2.2.2.2. Klebsiella pneumoniae........................................................................ 40
4.2.2.2.3. Pseudomonas aeruginosa................................................................... 40
4.2.2.2.4. Staphylococcus aureus ....................................................................... 41
4.2.2.2.5. Enterococcus faecalis ......................................................................... 41
4.2.2.2.6. Enterococcus faecium......................................................................... 41
4.2.2.2.7. Streptococcus pneumoniae................................................................. 41
4.3. Comparaison des méthodes ................................................................................. 42
5. Discussion .................................................................................................................... 44
Conclusions et perspectives ................................................................................................. 46
Listes des abréviations ......................................................................................................... 47
Liste des figures ................................................................................................................... 48
Liste des tableaux................................................................................................................. 48
Bibliographie ........................................................................................................................ 50
Liste des Annexes ................................................................................................................. 55
Annexes ............................................................................................................................... 55
Résumé ................................................................................................................................Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=105750 Évaluation de la nouvelle méthode d’antibiogramme rapide directe sur flacon d’hémoculture selon EUCAST [TFE / Mémoire] / Carolane Van Caneghem, Auteur ; Gaël Gilbert, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale, 2022.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur
Langues : Français (fre)
Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : RESUME
Ce travail est axé sur l’évaluation d’une nouvelle méthode d’antibiogramme rapide directe (méthode RAST : Rapid Antimicrobial Susceptibility Testing) à partir de flacons d’hémocultures positifs, selon les recommandations de l’EUCAST (European Committee on Antimicrobial Susceptibility). La population analysée dans ces pages est de quarante-sept flacons positifs, de sept types bactériens différents (dont 29 souches d’Escherichia coli et 11 souches de
Staphylococcus aureus). Pour chaque souche bactérienne acceptée après coloration de Gram, un antibiogramme sur gélose a directement été réalisé à partir de la flapule d’hémoculture. Ce même antibiogramme a été lu après quatre, six et huit heures d’incubation, le jour même. Le germe, suivant le diamètre de la zone d’inhibition mesurée, était classé comme sensible ou résistant à l’antibiotique. Mais il pouvait également se trouver dans la zone d’incertitude technique ATU.
Pour réaliser l'évaluation de cette méthode, trois objectifs ont dû être remplis. Le premier est la comparaison de cette nouvelle méthode à la méthode de l'antibiogramme classique utilisée en routine (méthode de Kirby Bauer) au laboratoire, afin de réaliser une validation interne de cette méthode. Cette comparaison a permis de mettre en évidence les avantages et inconvénients que présente cette méthode par rapport à celle utilisée en routine. Le deuxième objectif est l’évaluation de la mise en place de la méthode au sein du laboratoire. Pour terminer, le dernier objectif est d’évaluer l’impact clinique que pourrait avoir la mise en place de cette méthode.
Note de contenu : 4
TABLE DES MATIERES
Remerciements ...................................................................................................................... 3
Présentation du lieu de stage ................................................................................................. 7
Introduction générale ............................................................................................................ 8
1. CONTEXTE GENERAL ....................................................................................................... 9
1.1. Définitions .............................................................................................................. 9
1.2. Hémocultures ....................................................................................................... 11
1.2.1. Principe......................................................................................................... 11
1.2.2. Prélèvements ................................................................................................ 11
1.2.3. Incubation des flacons .................................................................................. 12
1.2.3.1. Fonctionnement de l’automate BD bactec FX ........................................ 12
1.2.4. Germes conventionnels ................................................................................ 13
1.2.5. Épidémiologie ............................................................................................... 14
1.3. Prise en charge des flacons d’hémocultures positifs, méthode actuelle ................ 14
1.3.1. Ensemencement ........................................................................................... 14
1.3.2. Examen direct ............................................................................................... 15
1.3.3. Identification ................................................................................................ 15
1.3.3.1. Identification classique .......................................................................... 15
1.3.3.2. Identification rapide .............................................................................. 16
1.3.4. Réalisation de l’antibiogramme..................................................................... 16
1.3.4.1. Méthode classique d’antibiogramme .................................................... 16
1.4. Contrôles .............................................................................................................. 17
1.5. Résistance aux antibiotiques................................................................................. 18
2. Objectifs et stratégie .................................................................................................... 19
2.1. Objectifs ............................................................................................................... 19
2.2. Stratégie ............................................................................................................... 19
3. Matériels et méthodes ................................................................................................. 22
3.1. Matériels .............................................................................................................. 22
3.2. Méthode de travail ............................................................................................... 23
3.2.1. Prise en charge des flacons d’hémoculture positifs du matin ........................ 24
3.2.1.1. Conditions d’acceptation et de rejet des flacons d’hémocultures .......... 24
3.2.1.2. Germes inclus dans l’étude.................................................................... 24
3.2.2. Identification rapide à partir des flacons d’hémocultures.............................. 24
3.2.3. Réalisation des antibiogrammes rapides selon la méthode EUCAST RAST ..... 25
5
3.2.3.1. Panels d’antibiotiques utilisés ............................................................... 25
3.2.4. Lecture des antibiogrammes rapides............................................................. 26
3.2.5. Lecture des subcultures ................................................................................ 26
3.2.6. Biotypage à partir des colonies bactériennes sur subcultures ....................... 26
3.2.7. Réalisation des antibiogrammes classiques selon la méthode Kirby-Bauer .... 27
3.2.7.1. Panels d’antibiotiques utilisés ............................................................... 27
3.2.8. Lecture des antibiogrammes classiques ........................................................ 27
3.2.9. Réalisation des contrôles de qualité internes de routine ............................... 27
3.2.9.1. Choix des souches contrôles et des panels d’antibiotiques utilisés ........ 27
3.2.9.2. Lecture et validation des contrôles de qualité ....................................... 27
3.2.10. Réalisation des contrôles de qualité internes recommandés par l’EUCAST pour
la méthode RAST .......................................................................................................... 28
3.2.10.1. Préparation des contrôles de qualité ..................................................... 28
3.2.10.2. Vérification de la stérilité du sang utilisé ............................................... 29
3.2.10.3. Introduction du sang et des germes ...................................................... 29
3.2.10.4. Prise en charge des flacons d’hémoculture contrôles positifs ................ 29
3.2.10.5. Validation des contrôles ........................................................................ 29
4. Résultats ...................................................................................................................... 30
4.1. Résultats des contrôles qualité recommandés par l’EUCAST ................................. 30
4.1.1. Vérification de la stérilité de la poche de sang humain.................................. 30
4.1.2. Lecture des contrôles qualité ........................................................................ 30
4.1.2.1. Lisibilité ................................................................................................. 30
4.1.2.2. Conformité ............................................................................................ 31
4.1.2.2.1. Souche ATCC Staphylococcus aureus 29213 ....................................... 31
4.1.2.2.2. Souche ATCC Enterococcus faecalis 29212 ......................................... 31
4.1.2.2.3. Souche ATCC Escherichia coli 25922 ................................................... 32
4.1.2.2.4. Souche ATCC Streptococcus pneumoniae 49619 ................................. 33
4.1.2.3. Répétabilité........................................................................................... 33
4.1.2.3.1. Souche ATCC Staphylococcus aureus 29213 ....................................... 34
4.1.2.3.2. Souche ATCC Enterococcus faecalis 29212 ......................................... 34
4.1.2.3.3. Souche ATCC Escherichia coli 25922 ................................................... 35
4.1.2.3.4. Souche ATCC Streptococcus pneumoniae 49619 ................................. 35
4.2. Résultats des antibiogrammes patients selon la méthode RAST ............................ 35
4.2.1. Flacons d’hémocultures pris en charge lors de ce travail ............................... 35
4.2.2. Lecture des antibiogrammes ......................................................................... 36
6
4.2.2.1. Lisibilité et interprétabilité .................................................................... 36
4.2.2.1.1. Escherichia coli ................................................................................... 37
4.2.2.1.2. Klebsiella pneumoniae........................................................................ 37
4.2.2.1.3. Staphylococcus aureus ....................................................................... 37
4.2.2.1.4. Enterococcus faecalis ......................................................................... 38
4.2.2.1.5. Enterococcus faecium......................................................................... 38
4.2.2.1.6. Pseudomonas aeruginosa................................................................... 38
4.2.2.1.7. Streptococcus pneumoniae................................................................. 38
4.2.2.2. Conformité ............................................................................................ 39
4.2.2.2.1. Escherichia coli ................................................................................... 39
4.2.2.2.2. Klebsiella pneumoniae........................................................................ 40
4.2.2.2.3. Pseudomonas aeruginosa................................................................... 40
4.2.2.2.4. Staphylococcus aureus ....................................................................... 41
4.2.2.2.5. Enterococcus faecalis ......................................................................... 41
4.2.2.2.6. Enterococcus faecium......................................................................... 41
4.2.2.2.7. Streptococcus pneumoniae................................................................. 41
4.3. Comparaison des méthodes ................................................................................. 42
5. Discussion .................................................................................................................... 44
Conclusions et perspectives ................................................................................................. 46
Listes des abréviations ......................................................................................................... 47
Liste des figures ................................................................................................................... 48
Liste des tableaux................................................................................................................. 48
Bibliographie ........................................................................................................................ 50
Liste des Annexes ................................................................................................................. 55
Annexes ............................................................................................................................... 55
Résumé ................................................................................................................................Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=105750 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire
