La QF-PCR et le SWGS comme alternative à la méthode de CGH+SNP pour les analyses de produits de fausse couche / Florian Chavée

Public ISBD Titre : La QF-PCR et le SWGS comme alternative à la méthode de CGH+SNP pour les analyses de produits de fausse couche Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Florian Chavée, Auteur ; Véronique Vallery, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale Année de publication : 2021 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : IPG  Institut de Pathologie et de Génétique Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Les anomalies chromosomiques (principalement l’aneuploïdie) sont mises en cause dans environ 50% des fausses couches du premier trimestre. Outre la monosomie X et la triploïdie, les aneuploïdies les plus couramment rencontrées dans les produits de conception sont les trisomies pour les chromosomes 13, 15, 16, 18, 21 et 22. La technique d’analyse actuellement utilisée en première intention sur les produits de fausse couche à l’IPG, est la CGH+SNP. Cette méthode utilise l’ADN du patient et un ADN de référence, chacun d’eux sont marqués par un fluorochrome spécifique et hybridés de façon compétitive sur une micropuce. Le signal fluorescent est mesuré et un rapport entre les deux fluorescences est calculé afin de déterminer les pertes ou les gains de matériels génétiques. Pour diverses raisons, l’IPG souhaite revoir l’entièreté de son flux d’analyse des produits de fausse couche avec la mise en place d’une technique de séquençage (shallow sequencing) ainsi qu’une technique de PCR quantitative (kit QSTR-PL). Le shallow sequencing est une technique déjà utilisée à l’IPG. L’ADN est fragmenté, amplifié, séquencé et aligné sur un génome de référence afin de déterminer les pertes ou les gains de matériels génétiques. Le kit QSTR-PL permet l’amplification de STR présents sur des chromosomes spécifiques, ceux-ci sont analysés quantitativement par un séquenceur capillaire. L’objectif de ce travail est de comparer les résultats obtenus avec l’ancien flux (CGH+SNP) et le nouveau flux (shallow sequencing et le kit QSTR-PL) dans le cadre des analyses de fausse couche. Pour ce faire, seize échantillons ont été sélectionnés et analysés par les différentes méthodes et comparés. Les résultats obtenus sont concluants, le nouveau flux apparaissant comme une alternative technique et financièrement intéressante à la technique du CGH+SNP. La totalité des résultats obtenus sont, en effet, identiques ou ont été améliorés pour un coût financier moindre. Les résultats étant validés, l'IPG pourra utiliser ce nouveau flux à l'avenir. Note de contenu : Table des matières Le lieu de stage............................................................................................................................... 6 Introduction générale .................................................................................................................... 7 Partie théorique ............................................................................................................................. 8 Historique de la cytogénétique.......................................................................................... 8 Notions de base.................................................................................................................. 9 2.1. Le cycle de vie d’une cellule............................................................................................ 9 2.2. La division cellulaire ...................................................................................................... 11 2.3. Le brassage génétique................................................................................................... 13 2.4. Les chromosomes.......................................................................................................... 15 2.5. Les anomalies chromosomiques ................................................................................... 16 Les fausses couches.......................................................................................................... 20 3.1. Les facteurs de risque et causes ................................................................................... 21 3.2. Le traitement de l’échantillon....................................................................................... 23 Les méthodes d’analyse en cytogénétique à l’IPG pour les fausses couches.................. 24 4.1. Le caryotype standard................................................................................................... 24 4.2. Le caryotype moléculaire .............................................................................................. 24 4.3. La PCR quantitative en fluorescence............................................................................. 31 Objectif et stratégie ......................................................................................................... 32 Partie pratique ............................................................................................................................. 34 Matériel et méthode........................................................................................................ 34 6.1. Kit QSTR-PL.................................................................................................................... 35 6.2. Shallow sequencing....................................................................................................... 36 Résultats et discussions.................................................................................................... 41 7.1. Démarche scientifique .................................................................................................. 41 7.2. En CGH+SNP .................................................................................................................. 43 7.3. Avec le kit QSTR-PL........................................................................................................ 48 7.4. Avec le shallow sequencing........................................................................................... 53 7.5. Discussions .................................................................................................................... 59 Conclusion générale et perspectives ........................................................................................... 61 Liste des abréviations................................................................................................................... 62 Liste des figures............................................................................................................................ 63 Liste des tableaux......................................................................................................................... 66 Bibliographie ................................................................................................................................ 67 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=100371 La QF-PCR et le SWGS comme alternative à la méthode de CGH+SNP pour les analyses de produits de fausse couche [TFE / Mémoire] / Florian Chavée, Auteur ; Véronique Vallery, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale, 2021. Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : IPG  Institut de Pathologie et de Génétique Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Les anomalies chromosomiques (principalement l’aneuploïdie) sont mises en cause dans environ 50% des fausses couches du premier trimestre. Outre la monosomie X et la triploïdie, les aneuploïdies les plus couramment rencontrées dans les produits de conception sont les trisomies pour les chromosomes 13, 15, 16, 18, 21 et 22. La technique d’analyse actuellement utilisée en première intention sur les produits de fausse couche à l’IPG, est la CGH+SNP. Cette méthode utilise l’ADN du patient et un ADN de référence, chacun d’eux sont marqués par un fluorochrome spécifique et hybridés de façon compétitive sur une micropuce. Le signal fluorescent est mesuré et un rapport entre les deux fluorescences est calculé afin de déterminer les pertes ou les gains de matériels génétiques. Pour diverses raisons, l’IPG souhaite revoir l’entièreté de son flux d’analyse des produits de fausse couche avec la mise en place d’une technique de séquençage (shallow sequencing) ainsi qu’une technique de PCR quantitative (kit QSTR-PL). Le shallow sequencing est une technique déjà utilisée à l’IPG. L’ADN est fragmenté, amplifié, séquencé et aligné sur un génome de référence afin de déterminer les pertes ou les gains de matériels génétiques. Le kit QSTR-PL permet l’amplification de STR présents sur des chromosomes spécifiques, ceux-ci sont analysés quantitativement par un séquenceur capillaire. L’objectif de ce travail est de comparer les résultats obtenus avec l’ancien flux (CGH+SNP) et le nouveau flux (shallow sequencing et le kit QSTR-PL) dans le cadre des analyses de fausse couche. Pour ce faire, seize échantillons ont été sélectionnés et analysés par les différentes méthodes et comparés. Les résultats obtenus sont concluants, le nouveau flux apparaissant comme une alternative technique et financièrement intéressante à la technique du CGH+SNP. La totalité des résultats obtenus sont, en effet, identiques ou ont été améliorés pour un coût financier moindre. Les résultats étant validés, l'IPG pourra utiliser ce nouveau flux à l'avenir. Note de contenu : Table des matières Le lieu de stage............................................................................................................................... 6 Introduction générale .................................................................................................................... 7 Partie théorique ............................................................................................................................. 8 Historique de la cytogénétique.......................................................................................... 8 Notions de base.................................................................................................................. 9 2.1. Le cycle de vie d’une cellule............................................................................................ 9 2.2. La division cellulaire ...................................................................................................... 11 2.3. Le brassage génétique................................................................................................... 13 2.4. Les chromosomes.......................................................................................................... 15 2.5. Les anomalies chromosomiques ................................................................................... 16 Les fausses couches.......................................................................................................... 20 3.1. Les facteurs de risque et causes ................................................................................... 21 3.2. Le traitement de l’échantillon....................................................................................... 23 Les méthodes d’analyse en cytogénétique à l’IPG pour les fausses couches.................. 24 4.1. Le caryotype standard................................................................................................... 24 4.2. Le caryotype moléculaire .............................................................................................. 24 4.3. La PCR quantitative en fluorescence............................................................................. 31 Objectif et stratégie ......................................................................................................... 32 Partie pratique ............................................................................................................................. 34 Matériel et méthode........................................................................................................ 34 6.1. Kit QSTR-PL.................................................................................................................... 35 6.2. Shallow sequencing....................................................................................................... 36 Résultats et discussions.................................................................................................... 41 7.1. Démarche scientifique .................................................................................................. 41 7.2. En CGH+SNP .................................................................................................................. 43 7.3. Avec le kit QSTR-PL........................................................................................................ 48 7.4. Avec le shallow sequencing........................................................................................... 53 7.5. Discussions .................................................................................................................... 59 Conclusion générale et perspectives ........................................................................................... 61 Liste des abréviations................................................................................................................... 62 Liste des figures............................................................................................................................ 63 Liste des tableaux......................................................................................................................... 66 Bibliographie ................................................................................................................................ 67 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=100371

Exemplaires

Cote	Support	Localisation	Section	Disponibilité
aucun exemplaire

---

1 (1 - 1 / 1)