Mise en routine d’une nouvelle technique dans un laboratoire de biologie moléculaire : le dépistage prénatal non invasif (DPNI) / Tamara Ramlot

Public ISBD Titre : Mise en routine d’une nouvelle technique dans un laboratoire de biologie moléculaire : le dépistage prénatal non invasif (DPNI) Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Tamara Ramlot, Auteur ; Gaël Gilbert, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale Année de publication : 2021 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : laboratoire Luc Olivier Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Le test combiné pour le dépistage prénatal de la trisomie 21 a laissé place au dépistage prénatal non-invasif (DPNI). Ce dernier permet de détecter, grâce à l’ADN fœtal circulant dans le sang de la maman, les aneuploïdes des autosomes et des gonosomes. De plus, il permet de mettre en évidence les délétions et duplications partielles d’au moins 7 mégabases. Le laboratoire Luc Olivier utilise le kit DPNI VeriSEq v2 d’Illumina. Avant la mise en routine de ce kit, il doit être vérifié grâce à un dossier de validation. Ce dossier portera sur une vérification, et non une validation, de la méthode (tests de répétabilité, reproductibilité et de corrélation) étant donné que le laboratoire utilise le kit d’Illumina sans y apporter de modification. Dû à la crise sanitaire que nous traversons, la mise en routine de cette technique a pris énormément de retard. De ce fait, les tests se rapportant à ce dossier de vérification n’ont malheureusement pas pu être réalisés avant la fin de mon stage. Pour cette raison, ma partie pratique comportera uniquement les statistiques du nombre de DPNI sous-traités par le laboratoire en 2020 et un rapport final du DPNI. Le DPNI a une spécificité de 99,9%. De ce fait, le nombre de faux positifs est réduit par rapport au test combiné. Cela a permis de diminuer le nombre de tests diagnostiques invasifs et leurs risques notamment celui de fausses-couches. La mise en routine d’une technique n’est pas toujours aisée mais une fois que le personnel est formé et que le dossier de validation est complet et validé, la routine peut enfin commencer. Note de contenu : TABLE DES MATIERES Présentation du lieu de stage..................................................................................................... 6 Introduction générale................................................................................................................. 7 I. Contexte général ..................................................................................................................... 8 1 De l’ADN aux chromosomes........................................................................................... 8 2 Les anomalies chromosomiques .................................................................................. 10 2.1. Les aneuploïdies..................................................................................................... 11 2.1.1. Les aneuploïdies des chromosomes sexuels .................................................. 11 2.1.2. Les trisomies les plus fréquentes des autosomes (13, 18 et 21).................... 12 2.1.3. Les aneuploïdies autosomiques rares ............................................................ 13 2.2. Les délétions ou duplications partielles des autosomes ....................................... 14 3 Le dépistage prénatal avant le DPNI ............................................................................ 15 3.1. Historique............................................................................................................... 15 3.2. Les tests diagnostiques invasifs ............................................................................. 17 3.3. Les analyses chromosomiques............................................................................... 18 3.3.1. Le caryotype ................................................................................................... 18 3.3.2. L’hybridation in situ En fluorescence (FISH) ................................................... 19 3.3.3. Le caryotype moléculaire ............................................................................... 20 4 Le dépistage prénatal non invasif (DPNI) ..................................................................... 21 4.1. L’amplification........................................................................................................ 21 4.2. Le Next Generation Sequencing (NGS) .................................................................. 23 4.3. Le principe du DPNI................................................................................................ 26 4.3.1. Limites du test ................................................................................................ 31 5 Dossier de validation .................................................................................................... 32 5.1. La répétabilité ........................................................................................................ 33 5.2. La reproductibilité.................................................................................................. 33 5.3. la corrélation .......................................................................................................... 34 5.4. La sensibilité et la spécificité.................................................................................. 34 5.5. La limite de détection ............................................................................................ 36 5.6. Les interférences.................................................................................................... 36 II. Objectifs et stratégie ............................................................................................................ 37 III. Matériel et méthodes.......................................................................................................... 38 IV. Résultats et discussion ........................................................................................................ 48 Conclusion générale ................................................................................................................. 55 Liste des illustrations................................................................................................................ 57 Bibliographie ............................................................................................................................ 59 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=100364 Mise en routine d’une nouvelle technique dans un laboratoire de biologie moléculaire : le dépistage prénatal non invasif (DPNI) [TFE / Mémoire] / Tamara Ramlot, Auteur ; Gaël Gilbert, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale, 2021. Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : laboratoire Luc Olivier Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Le test combiné pour le dépistage prénatal de la trisomie 21 a laissé place au dépistage prénatal non-invasif (DPNI). Ce dernier permet de détecter, grâce à l’ADN fœtal circulant dans le sang de la maman, les aneuploïdes des autosomes et des gonosomes. De plus, il permet de mettre en évidence les délétions et duplications partielles d’au moins 7 mégabases. Le laboratoire Luc Olivier utilise le kit DPNI VeriSEq v2 d’Illumina. Avant la mise en routine de ce kit, il doit être vérifié grâce à un dossier de validation. Ce dossier portera sur une vérification, et non une validation, de la méthode (tests de répétabilité, reproductibilité et de corrélation) étant donné que le laboratoire utilise le kit d’Illumina sans y apporter de modification. Dû à la crise sanitaire que nous traversons, la mise en routine de cette technique a pris énormément de retard. De ce fait, les tests se rapportant à ce dossier de vérification n’ont malheureusement pas pu être réalisés avant la fin de mon stage. Pour cette raison, ma partie pratique comportera uniquement les statistiques du nombre de DPNI sous-traités par le laboratoire en 2020 et un rapport final du DPNI. Le DPNI a une spécificité de 99,9%. De ce fait, le nombre de faux positifs est réduit par rapport au test combiné. Cela a permis de diminuer le nombre de tests diagnostiques invasifs et leurs risques notamment celui de fausses-couches. La mise en routine d’une technique n’est pas toujours aisée mais une fois que le personnel est formé et que le dossier de validation est complet et validé, la routine peut enfin commencer. Note de contenu : TABLE DES MATIERES Présentation du lieu de stage..................................................................................................... 6 Introduction générale................................................................................................................. 7 I. Contexte général ..................................................................................................................... 8 1 De l’ADN aux chromosomes........................................................................................... 8 2 Les anomalies chromosomiques .................................................................................. 10 2.1. Les aneuploïdies..................................................................................................... 11 2.1.1. Les aneuploïdies des chromosomes sexuels .................................................. 11 2.1.2. Les trisomies les plus fréquentes des autosomes (13, 18 et 21).................... 12 2.1.3. Les aneuploïdies autosomiques rares ............................................................ 13 2.2. Les délétions ou duplications partielles des autosomes ....................................... 14 3 Le dépistage prénatal avant le DPNI ............................................................................ 15 3.1. Historique............................................................................................................... 15 3.2. Les tests diagnostiques invasifs ............................................................................. 17 3.3. Les analyses chromosomiques............................................................................... 18 3.3.1. Le caryotype ................................................................................................... 18 3.3.2. L’hybridation in situ En fluorescence (FISH) ................................................... 19 3.3.3. Le caryotype moléculaire ............................................................................... 20 4 Le dépistage prénatal non invasif (DPNI) ..................................................................... 21 4.1. L’amplification........................................................................................................ 21 4.2. Le Next Generation Sequencing (NGS) .................................................................. 23 4.3. Le principe du DPNI................................................................................................ 26 4.3.1. Limites du test ................................................................................................ 31 5 Dossier de validation .................................................................................................... 32 5.1. La répétabilité ........................................................................................................ 33 5.2. La reproductibilité.................................................................................................. 33 5.3. la corrélation .......................................................................................................... 34 5.4. La sensibilité et la spécificité.................................................................................. 34 5.5. La limite de détection ............................................................................................ 36 5.6. Les interférences.................................................................................................... 36 II. Objectifs et stratégie ............................................................................................................ 37 III. Matériel et méthodes.......................................................................................................... 38 IV. Résultats et discussion ........................................................................................................ 48 Conclusion générale ................................................................................................................. 55 Liste des illustrations................................................................................................................ 57 Bibliographie ............................................................................................................................ 59 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=100364

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