Diagnostic de Neisseria gonorrhoeae et Chlamydia trachomatis en routine : étude comparative de trois techniques de biologie moléculaire / Yseure Lucas

Public ISBD Titre : Diagnostic de Neisseria gonorrhoeae et Chlamydia trachomatis en routine : étude comparative de trois techniques de biologie moléculaire Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Yseure Lucas, Auteur ; Gaëtane Maernoudt, Directeur de la recherche Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale Année de publication : 2021 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Ce travail de fin d’études a été effectué au sein du laboratoire de bactériologie de la Clinique Notre-Dame de Grâce (CNDG) de Gosselies et, plus précisément, dans le secteur de la biologie moléculaire. Il porte sur une comparaison de trois automates permettant la détection de Chlamydia trachomatis et Neisseria gonorrhoeae dans des échantillons d’urines et des frottis génitaux. Ces deux germes sont principalement pathogènes au niveau génital et sont à l’origine d’infections sexuellement transmissibles. Ils touchent généralement les jeunes adultes âgés de 15 à 25 ans. Ces bactéries peuvent être asymptomatiques mais elles peuvent également être la cause d’infertilité et de stérilité. Suite à la pandémie causée par le SARS-COV2, l’automate BD MAX System utilisé normalement en routine pour la détection de ces bactéries responsables d’IST a été réquisitionné pour la détection du Coronavirus. Suite à cela, la firme a décidé de se focaliser sur la production des kits concernant la détection du virus et non plus des bactéries, ce qui est à l’origine de la diminution des stocks. Le laboratoire a dû trouver une autre solution afin de maintenir la mise en évidence de Chlamydia trachomatis et Neisseria gonorrhoeae. De ce fait, le laboratoire avait également le Genolution Nextractor® NX48 qui était, lui aussi, utilisé pour la détection du SARS-COV2 mais dont les kits pour la détection des bactéries étaient toujours en fabrication. Et ils ont également pu tester le Cobas® 4800 System. L’intérêt majeur de cette étude était de voir si un de ces deux automates pouvait remplacer le BD MAX System et si oui, lequel. A la fin de cette étude, bien que le BD MAX System reste la machine de référence, les résultats aboutissent en faveur du Cobas® 4800 System. En revanche, le Genolution Nextractor® NX48 montre un coût largement plus élevé et des manipulations fastidieuses qui sont à l’origine de gros risques d’erreurs et de contaminations tout au long de l’analyse. Note de contenu : Table des matières REMERCIEMENTS PRESENTATION DU LIEU DE STAGE..................................................................................................................6 INTRODUCTION GENERALE .............................................................................................................................8 CHAPITRE 1 : CONTEXTE GENERAL ................................................................................................................10 1. LES INFECTIONS SEXUELLEMENT TRANSMISSIBLES (IST) ........................................................................................10 2. LA FLORE VAGINALE NORMALE ........................................................................................................................10 3. LE SCORE DE NUGENT ...................................................................................................................................12 4. LA FLORE VAGINALE PATHOGENE .....................................................................................................................13 4.1. Levures...........................................................................................................................................13 4.2. Trichomonas vaginalis ...................................................................................................................13 4.3. Gardnerella vaginalis.....................................................................................................................14 4.4. Bactéries de la flore potentiellement pathogènes.........................................................................15 4.5. Chlamydia trachomatis..................................................................................................................15 4.6. Neisseria gonorrhoeae...................................................................................................................18 5. LE DEPISTAGE DES IST ...................................................................................................................................20 CHAPITRE 2 : DETECTION PAR POLYMERASE CHAIN REACTION .....................................................................23 1. PRINCIPE DE LA PCR .....................................................................................................................................23 2. PRINCIPE DE LA PCR EN TEMPS REEL ................................................................................................................24 CHAPITRE 3 : OBJECTIFS ET STRATEGIE..........................................................................................................27 1. OBJECTIFS ..................................................................................................................................................27 2. STRATEGIE ..................................................................................................................................................28 2.1. Collecte des échantillons................................................................................................................28 2.2. Prise en charge des échantillons....................................................................................................28 CHAPITRE 4 : MATERIEL ET METHODE ...........................................................................................................29 1. MATERIEL...................................................................................................................................................29 2. MÉTHODE : APPLICATION SUR LES AUTOMATES DE BIOLOGIE MOLÉCULAIRE .............................................................30 2.3. Becton Dickinson Max ...................................................................................................................30 2.4. Cobas® 4800 System......................................................................................................................34 2.5. The Genolution Nextraction ® NX48 ..............................................................................................37 CHAPITRE 5 : RESULTATS ET DISCUSSION ......................................................................................................40 1. LA POPULATION ...........................................................................................................................................40 1.1. Nombre d’échantillons demandés et positifs à la CNDG en 2019 et 2020.....................................41 2. INTERPRETATION DES RESULTATS.....................................................................................................................42 2.1. L’impact du sexe ............................................................................................................................43 2.2. L’impact de l’âge ...........................................................................................................................44 2.3. Comparaison entre le BD MAX System et le Cobas® 4800 System ................................................45 2.4. Comparaison entre le BD MAX System et le Genolution Nextractor ® NX48 .................................52 2.5. Comparaison entre le BD MAX System, le Cobas® 4800 System et le Genolution Nextractor ® NX48 55 3. PERFORMANCES DES AUTOMATES : SENSIBILITE, SPECIFICITE, VPP ET VPN..............................................................55 3.1. Le Cobas® 4800 System .................................................................................................................56 3.2. Le Genolution Nextractor ® NX48 ..................................................................................................57 3.3. Comparaison entre le Cobas® 4800 System et le Genolution Nextractor ® NX48..........................57 CONCLUSION GENERALE ...............................................................................................................................61 ABREVIATIONS..............................................................................................................................................63 LISTE DES FIGURES ........................................................................................................................................64 LISTE DES TABLEAUX.....................................................................................................................................65 LISTE DES GRAPHIQUES.................................................................................................................................66 BIBLIOGRAPHIE.............................................................................................................................................67 TABLE DES ANNEXES .....................................................................................................................................71 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=100313 Diagnostic de Neisseria gonorrhoeae et Chlamydia trachomatis en routine : étude comparative de trois techniques de biologie moléculaire [TFE / Mémoire] / Yseure Lucas, Auteur ; Gaëtane Maernoudt, Directeur de la recherche . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale, 2021. Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Ce travail de fin d’études a été effectué au sein du laboratoire de bactériologie de la Clinique Notre-Dame de Grâce (CNDG) de Gosselies et, plus précisément, dans le secteur de la biologie moléculaire. Il porte sur une comparaison de trois automates permettant la détection de Chlamydia trachomatis et Neisseria gonorrhoeae dans des échantillons d’urines et des frottis génitaux. Ces deux germes sont principalement pathogènes au niveau génital et sont à l’origine d’infections sexuellement transmissibles. Ils touchent généralement les jeunes adultes âgés de 15 à 25 ans. Ces bactéries peuvent être asymptomatiques mais elles peuvent également être la cause d’infertilité et de stérilité. Suite à la pandémie causée par le SARS-COV2, l’automate BD MAX System utilisé normalement en routine pour la détection de ces bactéries responsables d’IST a été réquisitionné pour la détection du Coronavirus. Suite à cela, la firme a décidé de se focaliser sur la production des kits concernant la détection du virus et non plus des bactéries, ce qui est à l’origine de la diminution des stocks. Le laboratoire a dû trouver une autre solution afin de maintenir la mise en évidence de Chlamydia trachomatis et Neisseria gonorrhoeae. De ce fait, le laboratoire avait également le Genolution Nextractor® NX48 qui était, lui aussi, utilisé pour la détection du SARS-COV2 mais dont les kits pour la détection des bactéries étaient toujours en fabrication. Et ils ont également pu tester le Cobas® 4800 System. L’intérêt majeur de cette étude était de voir si un de ces deux automates pouvait remplacer le BD MAX System et si oui, lequel. A la fin de cette étude, bien que le BD MAX System reste la machine de référence, les résultats aboutissent en faveur du Cobas® 4800 System. En revanche, le Genolution Nextractor® NX48 montre un coût largement plus élevé et des manipulations fastidieuses qui sont à l’origine de gros risques d’erreurs et de contaminations tout au long de l’analyse. Note de contenu : Table des matières REMERCIEMENTS PRESENTATION DU LIEU DE STAGE..................................................................................................................6 INTRODUCTION GENERALE .............................................................................................................................8 CHAPITRE 1 : CONTEXTE GENERAL ................................................................................................................10 1. LES INFECTIONS SEXUELLEMENT TRANSMISSIBLES (IST) ........................................................................................10 2. LA FLORE VAGINALE NORMALE ........................................................................................................................10 3. LE SCORE DE NUGENT ...................................................................................................................................12 4. LA FLORE VAGINALE PATHOGENE .....................................................................................................................13 4.1. Levures...........................................................................................................................................13 4.2. Trichomonas vaginalis ...................................................................................................................13 4.3. Gardnerella vaginalis.....................................................................................................................14 4.4. Bactéries de la flore potentiellement pathogènes.........................................................................15 4.5. Chlamydia trachomatis..................................................................................................................15 4.6. Neisseria gonorrhoeae...................................................................................................................18 5. LE DEPISTAGE DES IST ...................................................................................................................................20 CHAPITRE 2 : DETECTION PAR POLYMERASE CHAIN REACTION .....................................................................23 1. PRINCIPE DE LA PCR .....................................................................................................................................23 2. PRINCIPE DE LA PCR EN TEMPS REEL ................................................................................................................24 CHAPITRE 3 : OBJECTIFS ET STRATEGIE..........................................................................................................27 1. OBJECTIFS ..................................................................................................................................................27 2. STRATEGIE ..................................................................................................................................................28 2.1. Collecte des échantillons................................................................................................................28 2.2. Prise en charge des échantillons....................................................................................................28 CHAPITRE 4 : MATERIEL ET METHODE ...........................................................................................................29 1. MATERIEL...................................................................................................................................................29 2. MÉTHODE : APPLICATION SUR LES AUTOMATES DE BIOLOGIE MOLÉCULAIRE .............................................................30 2.3. Becton Dickinson Max ...................................................................................................................30 2.4. Cobas® 4800 System......................................................................................................................34 2.5. The Genolution Nextraction ® NX48 ..............................................................................................37 CHAPITRE 5 : RESULTATS ET DISCUSSION ......................................................................................................40 1. LA POPULATION ...........................................................................................................................................40 1.1. Nombre d’échantillons demandés et positifs à la CNDG en 2019 et 2020.....................................41 2. INTERPRETATION DES RESULTATS.....................................................................................................................42 2.1. L’impact du sexe ............................................................................................................................43 2.2. L’impact de l’âge ...........................................................................................................................44 2.3. Comparaison entre le BD MAX System et le Cobas® 4800 System ................................................45 2.4. Comparaison entre le BD MAX System et le Genolution Nextractor ® NX48 .................................52 2.5. Comparaison entre le BD MAX System, le Cobas® 4800 System et le Genolution Nextractor ® NX48 55 3. PERFORMANCES DES AUTOMATES : SENSIBILITE, SPECIFICITE, VPP ET VPN..............................................................55 3.1. Le Cobas® 4800 System .................................................................................................................56 3.2. Le Genolution Nextractor ® NX48 ..................................................................................................57 3.3. Comparaison entre le Cobas® 4800 System et le Genolution Nextractor ® NX48..........................57 CONCLUSION GENERALE ...............................................................................................................................61 ABREVIATIONS..............................................................................................................................................63 LISTE DES FIGURES ........................................................................................................................................64 LISTE DES TABLEAUX.....................................................................................................................................65 LISTE DES GRAPHIQUES.................................................................................................................................66 BIBLIOGRAPHIE.............................................................................................................................................67 TABLE DES ANNEXES .....................................................................................................................................71 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=100313

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