Apports et perspectives d’évolution des indicateurs qualité de l’hémoculture / Emilie Cardot Martin in Annales de Biologie Clinique, Vol. 77, n° 3 (Mai-juin 2019)

Public ISBD [article]  inAnnales de Biologie Clinique > Vol. 77, n° 3 (Mai-juin 2019) . - p.331-338 Titre : Apports et perspectives d’évolution des indicateurs qualité de l’hémoculture Type de document : texte imprimé Auteurs : Emilie Cardot Martin ; Pierre Martinucci ; Lucie Limousin ; Pierre Cahen ; Eric Farfour ; Marc Vasse ; Damien Mathonnet Année de publication : 2019 Article en page(s) : p.331-338 Langues : Français (fre) Mots-clés : Hemoculture  Qualité Résumé : Le suivi d’indicateurs qualité, associé à une analyse de risque détaillée, permet de valider le processus de l’hémoculture automatisée. Nous rapportons la méthodologie du suivi pendant 5 ans de 5 indicateurs au laboratoire de biologie médicale de l’hôpital Foch : volume de remplissage des flacons d’hémoculture, proportion de contamination, proportion de flacons positifs par automate et étuve, proportion des espèces bactériennes retrouvées et proportion de faux positifs analytiques. Les objectifs que nous nous sommes fixés pour chaque indicateur sont atteints à l’exception des volumes de remplissage des flacons d’hémocultures. L’analyse de ces résultats nous amène à discuter de l’évolution des indicateurs qualité et plus particulièrement la gestion de leur non-conformité, leur périodicité, leur pertinence ainsi que la nécessité d’affiner leurs résultats pour mener des actions ciblées. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=80023 [article] Apports et perspectives d’évolution des indicateurs qualité de l’hémoculture [texte imprimé] / Emilie Cardot Martin ; Pierre Martinucci ; Lucie Limousin ; Pierre Cahen ; Eric Farfour ; Marc Vasse ; Damien Mathonnet . - 2019 . - p.331-338. Langues : Français (fre) in Annales de Biologie Clinique > Vol. 77, n° 3 (Mai-juin 2019) . - p.331-338 Mots-clés : Hemoculture  Qualité Résumé : Le suivi d’indicateurs qualité, associé à une analyse de risque détaillée, permet de valider le processus de l’hémoculture automatisée. Nous rapportons la méthodologie du suivi pendant 5 ans de 5 indicateurs au laboratoire de biologie médicale de l’hôpital Foch : volume de remplissage des flacons d’hémoculture, proportion de contamination, proportion de flacons positifs par automate et étuve, proportion des espèces bactériennes retrouvées et proportion de faux positifs analytiques. Les objectifs que nous nous sommes fixés pour chaque indicateur sont atteints à l’exception des volumes de remplissage des flacons d’hémocultures. L’analyse de ces résultats nous amène à discuter de l’évolution des indicateurs qualité et plus particulièrement la gestion de leur non-conformité, leur périodicité, leur pertinence ainsi que la nécessité d’affiner leurs résultats pour mener des actions ciblées. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=80023

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Dépistage du SARS-CoV-2 chez les personnels soignants asymptomatiques : expérience d’un ESPIC (établissement de santé privé d’intérêt collectif) / Eric Farfour in Annales de Biologie Clinique, Vol. 79, n°4 (Juillet-août 2021)

Public ISBD [article]  inAnnales de Biologie Clinique > Vol. 79, n°4 (Juillet-août 2021) . - p. 325-330 Titre : Dépistage du SARS-CoV-2 chez les personnels soignants asymptomatiques : expérience d’un ESPIC (établissement de santé privé d’intérêt collectif) Type de document : texte imprimé Auteurs : Eric Farfour ; Carline Amiel ; Marion Lecuru ; Sara Zia-Chahabi ; Emilie Jolly ; Laurence Mazaux ; Pauline Simonin ; Martine Cornily ; Adeline Catherineau ; Tiffany Pascreau ; Marc Vasse Année de publication : 2021 Article en page(s) : p. 325-330 Note générale : https://DOI : 10.1684/abc.2021.1664 Langues : Français (fre) Mots-clés : Covid-19  SARS-CoV-2  asymptomatique  dépistage  professionnels de la santé  voyage Résumé : Objectif Les personnels soignants (PS) présentent un risque élevé d’être infecté et de transmettre le SARS-CoV-2. De plus, les voyages sont un facteur majeur de diffusion du virus. Nous rapportons notre expérience d’un dépistage des PS asymptomatiques au retour de congés suite à l’application d’une recommandation nationale le 20 août 2020. Méthodes L’organisation du service santé au travail et du laboratoire a été adapté et le dépistage mis en place le 24/08/2020. Tous les PS testés une semaine avant et 4 semaines après la mise en place du dépistage ont été inclus. Le nombre moyen de tests réalisés par jour ouvré et semaine de travail a été calculé et comparé. Résultats 502 PS (31,4 % de l’effectif) ont été testés. Le nombre moyen de PS testés par jour ouvré était de 27,1. Les PS représentaient 36,9 % (n = 167) et 11,2 % (n = 84) des personnes testées au cours de la 1re et de la 4e semaine suivant la mise en place du dépistage. Le nombre PS testé chaque semaine a été multiplié par au moins 20 après la mise en place du dépistage. Aucun PS asymptomatique au retour de congés n’a été testé positif. Conclusion Le rapport bénéfice/limite du dépistage des PS asymptomatiques semble faible en période de faible circulation du virus. Nous suggérons de donner la priorité aux gestes barrières et à tester les sujets symptomatiques et les contacts asymptomatiques. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=95869 [article] Dépistage du SARS-CoV-2 chez les personnels soignants asymptomatiques : expérience d’un ESPIC (établissement de santé privé d’intérêt collectif) [texte imprimé] / Eric Farfour ; Carline Amiel ; Marion Lecuru ; Sara Zia-Chahabi ; Emilie Jolly ; Laurence Mazaux ; Pauline Simonin ; Martine Cornily ; Adeline Catherineau ; Tiffany Pascreau ; Marc Vasse . - 2021 . - p. 325-330. https://DOI : 10.1684/abc.2021.1664 Langues : Français (fre) in Annales de Biologie Clinique > Vol. 79, n°4 (Juillet-août 2021) . - p. 325-330 Mots-clés : Covid-19  SARS-CoV-2  asymptomatique  dépistage  professionnels de la santé  voyage Résumé : Objectif Les personnels soignants (PS) présentent un risque élevé d’être infecté et de transmettre le SARS-CoV-2. De plus, les voyages sont un facteur majeur de diffusion du virus. Nous rapportons notre expérience d’un dépistage des PS asymptomatiques au retour de congés suite à l’application d’une recommandation nationale le 20 août 2020. Méthodes L’organisation du service santé au travail et du laboratoire a été adapté et le dépistage mis en place le 24/08/2020. Tous les PS testés une semaine avant et 4 semaines après la mise en place du dépistage ont été inclus. Le nombre moyen de tests réalisés par jour ouvré et semaine de travail a été calculé et comparé. Résultats 502 PS (31,4 % de l’effectif) ont été testés. Le nombre moyen de PS testés par jour ouvré était de 27,1. Les PS représentaient 36,9 % (n = 167) et 11,2 % (n = 84) des personnes testées au cours de la 1re et de la 4e semaine suivant la mise en place du dépistage. Le nombre PS testé chaque semaine a été multiplié par au moins 20 après la mise en place du dépistage. Aucun PS asymptomatique au retour de congés n’a été testé positif. Conclusion Le rapport bénéfice/limite du dépistage des PS asymptomatiques semble faible en période de faible circulation du virus. Nous suggérons de donner la priorité aux gestes barrières et à tester les sujets symptomatiques et les contacts asymptomatiques. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=95869

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Faux positifs des incubateurs automatisés d’hémoculture : hyperleucocytose, flacons trop remplis ou alvéole défectueuse ? / Aurélia Pitsch in Annales de Biologie Clinique, Vol. 77, n° 6 (Novembre-décembre 2019)

Public ISBD [article]  inAnnales de Biologie Clinique > Vol. 77, n° 6 (Novembre-décembre 2019) . - p. 665-667 Titre : Faux positifs des incubateurs automatisés d’hémoculture : hyperleucocytose, flacons trop remplis ou alvéole défectueuse ? Type de document : texte imprimé Auteurs : Aurélia Pitsch ; Eric Farfour ; Marc Vasse ; Ayla Ergani Année de publication : 2019 Article en page(s) : p. 665-667 Note générale : DOI : 10.1684/abc.2019.1500 Langues : Français (fre) Mots-clés : Hemoculture  flacon faux positif  alvéole défectueuse  Bactec Résumé : Le suivi des performances en continu des incubateurs automatisés d’hémoculture peut s’appuyer sur les indicateurs proposés par le QUAMIC. Parmi ceux-ci, l’indicateur de performance analytique est basé sur le taux de faux positif de l’automate. Les faux positifs sont généralement dus à une hyperleucocytose majeure ou si les flacons sont trop remplis. Pour le suivi de cet indicateur, nous traçons prospectivement dans notre logiciel de laboratoire tous les flacons faux positifs ainsi que le numéro de l’alvéole dans laquelle le flacon était incubé. Ces données sont analysées à fréquence biannuelle a minima. En 2016, ce recueil nous a permis d’identifier une alvéole défectueuse. Une analyse de cette anomalie nous a permis d’écarter tout impact sur les résultats précédemment rendus. Le suivi à 1 an de la réparation de l’alvéole a montré une correction du problème. Ainsi, la traçabilité des alvéoles à l’origine du signalement d’un flacon faux positif inexpliqué (flacon correctement rempli en dehors de toute hyperleucocytose majeure) peut être mise à profit pour identifier une alvéole défectueuse. Cette traçabilité est simple à réaliser au quotidien. Elle pourrait compléter l’indicateur de performance analytique reposant sur le taux de faux positifs. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=82929 [article] Faux positifs des incubateurs automatisés d’hémoculture : hyperleucocytose, flacons trop remplis ou alvéole défectueuse ? [texte imprimé] / Aurélia Pitsch ; Eric Farfour ; Marc Vasse ; Ayla Ergani . - 2019 . - p. 665-667. DOI : 10.1684/abc.2019.1500 Langues : Français (fre) in Annales de Biologie Clinique > Vol. 77, n° 6 (Novembre-décembre 2019) . - p. 665-667 Mots-clés : Hemoculture  flacon faux positif  alvéole défectueuse  Bactec Résumé : Le suivi des performances en continu des incubateurs automatisés d’hémoculture peut s’appuyer sur les indicateurs proposés par le QUAMIC. Parmi ceux-ci, l’indicateur de performance analytique est basé sur le taux de faux positif de l’automate. Les faux positifs sont généralement dus à une hyperleucocytose majeure ou si les flacons sont trop remplis. Pour le suivi de cet indicateur, nous traçons prospectivement dans notre logiciel de laboratoire tous les flacons faux positifs ainsi que le numéro de l’alvéole dans laquelle le flacon était incubé. Ces données sont analysées à fréquence biannuelle a minima. En 2016, ce recueil nous a permis d’identifier une alvéole défectueuse. Une analyse de cette anomalie nous a permis d’écarter tout impact sur les résultats précédemment rendus. Le suivi à 1 an de la réparation de l’alvéole a montré une correction du problème. Ainsi, la traçabilité des alvéoles à l’origine du signalement d’un flacon faux positif inexpliqué (flacon correctement rempli en dehors de toute hyperleucocytose majeure) peut être mise à profit pour identifier une alvéole défectueuse. Cette traçabilité est simple à réaliser au quotidien. Elle pourrait compléter l’indicateur de performance analytique reposant sur le taux de faux positifs. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=82929

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Impact des premiers mois de la pandémie de Covid-19 sur la circulation des virus respiratoires / Eric Farfour in Annales de Biologie Clinique, Vol.81 N°4 (juillet 2023)

Public ISBD [article]  inAnnales de Biologie Clinique > Vol.81 N°4 (juillet 2023) . - p. 403-409 Titre : Impact des premiers mois de la pandémie de Covid-19 sur la circulation des virus respiratoires Type de document : texte imprimé Auteurs : Eric Farfour ; Lamia Rouabah ; Pauline Bargain ; Marion Lecuru ; Colas Tcherakian ; Benjamin Maneglier Année de publication : 2023 Article en page(s) : p. 403-409 Note générale : https://doi.org/10.1684/abc.2023.1827 Langues : Français (fre) Mots-clés : influenza  grippe  rhinovirus  VRS  parainfluenza  coronavirus  metapneumovirus  enterovirus  adenovirus  bocavirus  SARS-CoV-2 Résumé : Objectifs : La pandémie de SARS-CoV-2 a eu un impact sur la détection des virus respiratoires saisonniers. Nous avons évalué rétrospectivement l’évolution de la détection de dix virus dans deux hôpitaux situés en région parisienne. Méthodes : Tous les patients positifs pour un virus respiratoire dans deux hôpitaux de septembre 2016 à août 2021 ont été rétrospectivement inclus. Le taux de RT-PCR positifs pour chaque virus a été calculé pour la saison 2020-2021 et la saison 2019-2020 par rapport à une ligne de base de trois saisons, soit 2016-2017, 2017-2018 et 2018-2019. Résultats : Au total, 7 835 patients ont été testés positifs pour au moins 1 virus respiratoire de septembre 2016 à août 2021. La détection du virus respiratoire chute considérablement en semaine 11 de 2020, tout comme le nombre de RT-PCR effectuées. Ensuite, trois tendances ont été identifiées : a) une quasi-disparition pour la grippe ; b) un retard de dix semaines dans l’épidémie saisonnière de VRS ; c) une persistance de la circulation avec une activité variable pour les autres virus. Par rapport à une ligne de base de trois saisons (2016-2019), le taux de patients positifs a été plus faible au cours de la saison 2020-2021 pour le coronavirus (4,51 % vs. 1,26 %, P < 0,0001), l’adénovirus (1,93 % vs. 1,34 %, P = 0,14), le bocavirus (0,58 % contre 0,11 %, P = 0,08) et l’entérovirus (0,28 % contre 0,0 %, P = 0,12). En revanche, le taux de patients positifs pour le métapneumovirus (1,92 % vs. 2,83 %, P = 0,03) et les virus parainfluenza (2,17 % vs. 2,99 %, P = 0,06) a augmenté. Conclusions : La baisse de détection de virus respiratoires détectés pourrait être liée à la baisse du nombre de tests effectués et à la mise en place des mesures barrières. Ensuite, tous les virus, à l’exception de la grippe, sont détectés, ce qui suggère un impact de la forte adhésion à la vaccination antigrippale. Malgré la baisse du nombre de tests effectués, le taux de patients positifs pour les virus parainfluenza et métapneumovirus a augmenté, suggérant une circulation active de ces virus. Dans l’ensemble, ces résultats suggèrent une circulation persistante des virus respiratoires saisonnier. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=113998 [article] Impact des premiers mois de la pandémie de Covid-19 sur la circulation des virus respiratoires [texte imprimé] / Eric Farfour ; Lamia Rouabah ; Pauline Bargain ; Marion Lecuru ; Colas Tcherakian ; Benjamin Maneglier . - 2023 . - p. 403-409. https://doi.org/10.1684/abc.2023.1827 Langues : Français (fre) in Annales de Biologie Clinique > Vol.81 N°4 (juillet 2023) . - p. 403-409 Mots-clés : influenza  grippe  rhinovirus  VRS  parainfluenza  coronavirus  metapneumovirus  enterovirus  adenovirus  bocavirus  SARS-CoV-2 Résumé : Objectifs : La pandémie de SARS-CoV-2 a eu un impact sur la détection des virus respiratoires saisonniers. Nous avons évalué rétrospectivement l’évolution de la détection de dix virus dans deux hôpitaux situés en région parisienne. Méthodes : Tous les patients positifs pour un virus respiratoire dans deux hôpitaux de septembre 2016 à août 2021 ont été rétrospectivement inclus. Le taux de RT-PCR positifs pour chaque virus a été calculé pour la saison 2020-2021 et la saison 2019-2020 par rapport à une ligne de base de trois saisons, soit 2016-2017, 2017-2018 et 2018-2019. Résultats : Au total, 7 835 patients ont été testés positifs pour au moins 1 virus respiratoire de septembre 2016 à août 2021. La détection du virus respiratoire chute considérablement en semaine 11 de 2020, tout comme le nombre de RT-PCR effectuées. Ensuite, trois tendances ont été identifiées : a) une quasi-disparition pour la grippe ; b) un retard de dix semaines dans l’épidémie saisonnière de VRS ; c) une persistance de la circulation avec une activité variable pour les autres virus. Par rapport à une ligne de base de trois saisons (2016-2019), le taux de patients positifs a été plus faible au cours de la saison 2020-2021 pour le coronavirus (4,51 % vs. 1,26 %, P < 0,0001), l’adénovirus (1,93 % vs. 1,34 %, P = 0,14), le bocavirus (0,58 % contre 0,11 %, P = 0,08) et l’entérovirus (0,28 % contre 0,0 %, P = 0,12). En revanche, le taux de patients positifs pour le métapneumovirus (1,92 % vs. 2,83 %, P = 0,03) et les virus parainfluenza (2,17 % vs. 2,99 %, P = 0,06) a augmenté. Conclusions : La baisse de détection de virus respiratoires détectés pourrait être liée à la baisse du nombre de tests effectués et à la mise en place des mesures barrières. Ensuite, tous les virus, à l’exception de la grippe, sont détectés, ce qui suggère un impact de la forte adhésion à la vaccination antigrippale. Malgré la baisse du nombre de tests effectués, le taux de patients positifs pour les virus parainfluenza et métapneumovirus a augmenté, suggérant une circulation active de ces virus. Dans l’ensemble, ces résultats suggèrent une circulation persistante des virus respiratoires saisonnier. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=113998

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Optimisation des durées d’incubation des milieux de culture en microbiologie / Eric Farfour in Annales de Biologie Clinique, Vol. 77, n° 5 (Septembre-octobre 2019)

Public ISBD [article]  inAnnales de Biologie Clinique > Vol. 77, n° 5 (Septembre-octobre 2019) . - p. 525-531 Titre : Optimisation des durées d’incubation des milieux de culture en microbiologie Type de document : texte imprimé Auteurs : Eric Farfour ; Didier Lecointe ; Pierre Cahen ; Emilie Cardot ; Amandine Henry ; Lucie Limousin ; Damien Mathonnet ; Marc Vasse ; Emilie Jolly Année de publication : 2019 Article en page(s) : p. 525-531 Note générale : https://www.jle.com/10.1684/abc.2019.1474 Langues : Français (fre) Mots-clés : Agrément  Hemoculture Résumé : Afin de réaliser les examens de biologie médicale, les laboratoires appliquent les instructions des fournisseurs de réactifs. Pour les milieux de cultures, celles-ci sont souvent incomplètes et peu adaptées à la diversité des prélèvements et des micro-organismes recherchés. Les préconisations du REMIC permettent de pallier ces lacunes. Des délais d’incubations établis en fonction de la nature du prélèvement et du type de micro-organisme recherché sont ainsi proposés. Néanmoins, ils sont le plus souvent exprimés en multiple de 24 heures et sont souvent considérés comme des durées minimales par les laboratoires. Les échantillons étant ensemencés « en continu », alors que les lectures sont effectuées le plus souvent à un moment unique défini de la journée, nous proposons une stratégie visant à optimiser les durées d’incubation des milieux. Une heure de mise en incubation dans la journée dite heure “limite” est définie. À partir de celle-ci les incubations sont arrêtées ou prolongées en fonction des résultats de la culture et de l’examen microscopique notamment. Les instructions des fournisseurs de milieux de culture étant peu adaptées, il apparaît nécessaire que ces fournisseurs s’appuient sur les référentiels des sociétés savantes comme c’est le cas pour les géloses utilisées dans le cadre de la réalisation de l’antibiogramme. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=81908 [article] Optimisation des durées d’incubation des milieux de culture en microbiologie [texte imprimé] / Eric Farfour ; Didier Lecointe ; Pierre Cahen ; Emilie Cardot ; Amandine Henry ; Lucie Limousin ; Damien Mathonnet ; Marc Vasse ; Emilie Jolly . - 2019 . - p. 525-531. https://www.jle.com/10.1684/abc.2019.1474 Langues : Français (fre) in Annales de Biologie Clinique > Vol. 77, n° 5 (Septembre-octobre 2019) . - p. 525-531 Mots-clés : Agrément  Hemoculture Résumé : Afin de réaliser les examens de biologie médicale, les laboratoires appliquent les instructions des fournisseurs de réactifs. Pour les milieux de cultures, celles-ci sont souvent incomplètes et peu adaptées à la diversité des prélèvements et des micro-organismes recherchés. Les préconisations du REMIC permettent de pallier ces lacunes. Des délais d’incubations établis en fonction de la nature du prélèvement et du type de micro-organisme recherché sont ainsi proposés. Néanmoins, ils sont le plus souvent exprimés en multiple de 24 heures et sont souvent considérés comme des durées minimales par les laboratoires. Les échantillons étant ensemencés « en continu », alors que les lectures sont effectuées le plus souvent à un moment unique défini de la journée, nous proposons une stratégie visant à optimiser les durées d’incubation des milieux. Une heure de mise en incubation dans la journée dite heure “limite” est définie. À partir de celle-ci les incubations sont arrêtées ou prolongées en fonction des résultats de la culture et de l’examen microscopique notamment. Les instructions des fournisseurs de milieux de culture étant peu adaptées, il apparaît nécessaire que ces fournisseurs s’appuient sur les référentiels des sociétés savantes comme c’est le cas pour les géloses utilisées dans le cadre de la réalisation de l’antibiogramme. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=81908

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