Authentification de produits dérivés d’insectes par PCR temps réel / Hamza Sedefoglu

Public ISBD Titre : Authentification de produits dérivés d’insectes par PCR temps réel Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Hamza Sedefoglu, Auteur ; Frédéric Debode, Directeur de publication, rédacteur en chef Année de publication : 2017 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : Agronomie  AIBT  Cra-w  insectes  alimentation  produits dérivés  PCR  microbiologie  biologie moléculaire  analyse bio-informatique Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65883 Authentification de produits dérivés d’insectes par PCR temps réel [TFE / Mémoire] / Hamza Sedefoglu, Auteur ; Frédéric Debode, Directeur de publication, rédacteur en chef . - 2017. Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : Agronomie  AIBT  Cra-w  insectes  alimentation  produits dérivés  PCR  microbiologie  biologie moléculaire  analyse bio-informatique Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65883

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Identification d’espèces animales dans des produits alimentaires par PCR en temps réel / Maxime GUADAGNIN

Public ISBD Titre : Identification d’espèces animales dans des produits alimentaires par PCR en temps réel Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Maxime GUADAGNIN, Auteur ; Frédéric Debode, Directeur de publication, rédacteur en chef Année de publication : 2017 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : Agronomie  AIBT  CRA-W Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : De par le monde, de nombreuses personnes consomment chaque jour de la viande. Celle-ci est une source de protéines essentielles pour l’homme et fait souvent l’objet de polémiques. En Belgique, une importante part des animaux consommés sont issus de l’élevage intensif (Cochon : 97% ; Poulet : 90% ; Veau : 70%). Différents comportements existent selon les consommateurs. Pour certains, la viande ne doit pas être consommée en de trop grande quantité pour des raisons de santé. D’autres estiment que l’on peut très bien s’en passer et deviennent végétariens voire végétaliens. Rappelons que la religion joue également un rôle, les personnes de confession juive ou musulmane ne peuvent pas consommer de viande porcine. Ces réticences à manger de la viande ainsi que le contexte économique défavorable impactent le secteur viandeux et mettent certains producteurs en mauvaise posture. Ces dernières années, des crises ont également frappées le secteur de la viande. Citons les exemples de la crise de la vache folle qui a marqué les esprits et la découverte de viande de cheval dans des lasagnes 100% pur boeuf. Ces crises ont été causées par l’adultération de produits alimentaires destinés, dans le premier cas, pour le bétail et dans le deuxième, pour l’homme. En effet, des producteurs en difficultés choisissent de remplacer leur matière première par une autre moins coûteuse. Suite à ces évènements, des mesures ont été prises et des lois ont été votées, tant du côté des instances Belges que du côté Européen. Afin de vérifier si le cadre légal est respecté, il faut pouvoir effectuer des analyses capables de déceler la présence d’espèces animales non désirées dans des produits alimentaires. Différentes méthodes d’analyses existent, celles-ci détectent notamment la présence de protéines ou d’ADN spécifiques à une espèce donnée. Suite aux recherches effectuées dans le cadre de ce travail de fin d’étude, l’ADN a été choisi comme source d’information. Différentes cibles se basant sur le gène cytochrome b ont été testées et évaluées. Tout d’abord par bioinformatique et ensuite par PCR en temps réel. Ainsi, un total de 17 cibles ont été sélectionnées dans la littérature ou conçues, dont 4 ont pu être testées. Ces dernières sont capables de détecter la présence de boeuf, de porc, de mouton et de poulet. La spécificité de ces cibles a été évaluée sur 34 espèces. Enfin, la sensibilité de la cible PCR en temps réel du boeuf a également pu être déterminée. Note de contenu : Table des matières Présentation du lieu de stage ..................................................................................................... 7 Introduction ................................................................................................................................ 9 1 État de l’art ....................................................................................................................... 12 La viande ................................................................................................................... 12 Pourquoi authentifier nos aliments ?....................................................................... 12 Législation ................................................................................................................. 13 Études menées ......................................................................................................... 13 L’ADN et l’ARN .......................................................................................................... 15 La PCR en temps réel ................................................................................................ 16 2 Objectifs de l’étude .......................................................................................................... 17 3 Matériel et méthodes ...................................................................................................... 18 Recherche de séquences d’intérêts ......................................................................... 18 Nettoyage et décontamination ................................................................................ 20 Préparation des échantillons .................................................................................... 20 Technique d’extraction ............................................................................................ 23 Quantité et qualité de l’ADN .................................................................................... 24 Analyse PCR .............................................................................................................. 25 Le clonage ................................................................................................................. 29 L’électrophorèse ....................................................................................................... 31 4 Synthèse ........................................................................................................................... 32 5 Résultats et discussion ..................................................................................................... 33 Recherche des amorces et sondes ........................................................................... 33 Homologie entre espèces animales ......................................................................... 37 Évaluation de la spécificité ....................................................................................... 38 Évaluation de la sensibilité des cibles PCR en temps réel ........................................ 41 Conclusion générale et perspectives ....................................................................................... 45 6 Glossaire ........................................................................................................................... 47 7 Illustrations ....................................................................................................................... 49 8 Tableaux ........................................................................................................................... 49 9 Bibliographie ....................................................................................................................... l Revues scientifiques .................................................................................................... l Pages web .................................................................................................................. lv Syllabi et TFE ............................................................................................................. lvii Autres ....................................................................................................................... lvii 10 Annexes ........................................................................................................................... lviii Protocole CTAB .......................................................................................................... lix Protocole clonage .................................................................................................... lxiv Publications ........................................................................................................... lxxv Alignement myosine ................................................................................................. cv Alignement actine ................................................................................................... cvi Alignement tubuline ............................................................................................... cvii Alignement facteur d’élongation 1 α .................................................................... cviii Séquences ................................................................................................................. cix Amorces et sondes ................................................................................................... cxi Homologie .......................................................................................................... cxiii Alignements entre espèces homologues ............................................................ cxv Alignements Clustal et Jalview ............................................................................ cxx Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65874 Identification d’espèces animales dans des produits alimentaires par PCR en temps réel [TFE / Mémoire] / Maxime GUADAGNIN, Auteur ; Frédéric Debode, Directeur de publication, rédacteur en chef . - 2017. Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : Agronomie  AIBT  CRA-W Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : De par le monde, de nombreuses personnes consomment chaque jour de la viande. Celle-ci est une source de protéines essentielles pour l’homme et fait souvent l’objet de polémiques. En Belgique, une importante part des animaux consommés sont issus de l’élevage intensif (Cochon : 97% ; Poulet : 90% ; Veau : 70%). Différents comportements existent selon les consommateurs. Pour certains, la viande ne doit pas être consommée en de trop grande quantité pour des raisons de santé. D’autres estiment que l’on peut très bien s’en passer et deviennent végétariens voire végétaliens. Rappelons que la religion joue également un rôle, les personnes de confession juive ou musulmane ne peuvent pas consommer de viande porcine. Ces réticences à manger de la viande ainsi que le contexte économique défavorable impactent le secteur viandeux et mettent certains producteurs en mauvaise posture. Ces dernières années, des crises ont également frappées le secteur de la viande. Citons les exemples de la crise de la vache folle qui a marqué les esprits et la découverte de viande de cheval dans des lasagnes 100% pur boeuf. Ces crises ont été causées par l’adultération de produits alimentaires destinés, dans le premier cas, pour le bétail et dans le deuxième, pour l’homme. En effet, des producteurs en difficultés choisissent de remplacer leur matière première par une autre moins coûteuse. Suite à ces évènements, des mesures ont été prises et des lois ont été votées, tant du côté des instances Belges que du côté Européen. Afin de vérifier si le cadre légal est respecté, il faut pouvoir effectuer des analyses capables de déceler la présence d’espèces animales non désirées dans des produits alimentaires. Différentes méthodes d’analyses existent, celles-ci détectent notamment la présence de protéines ou d’ADN spécifiques à une espèce donnée. Suite aux recherches effectuées dans le cadre de ce travail de fin d’étude, l’ADN a été choisi comme source d’information. Différentes cibles se basant sur le gène cytochrome b ont été testées et évaluées. Tout d’abord par bioinformatique et ensuite par PCR en temps réel. Ainsi, un total de 17 cibles ont été sélectionnées dans la littérature ou conçues, dont 4 ont pu être testées. Ces dernières sont capables de détecter la présence de boeuf, de porc, de mouton et de poulet. La spécificité de ces cibles a été évaluée sur 34 espèces. Enfin, la sensibilité de la cible PCR en temps réel du boeuf a également pu être déterminée. Note de contenu : Table des matières Présentation du lieu de stage ..................................................................................................... 7 Introduction ................................................................................................................................ 9 1 État de l’art ....................................................................................................................... 12 La viande ................................................................................................................... 12 Pourquoi authentifier nos aliments ?....................................................................... 12 Législation ................................................................................................................. 13 Études menées ......................................................................................................... 13 L’ADN et l’ARN .......................................................................................................... 15 La PCR en temps réel ................................................................................................ 16 2 Objectifs de l’étude .......................................................................................................... 17 3 Matériel et méthodes ...................................................................................................... 18 Recherche de séquences d’intérêts ......................................................................... 18 Nettoyage et décontamination ................................................................................ 20 Préparation des échantillons .................................................................................... 20 Technique d’extraction ............................................................................................ 23 Quantité et qualité de l’ADN .................................................................................... 24 Analyse PCR .............................................................................................................. 25 Le clonage ................................................................................................................. 29 L’électrophorèse ....................................................................................................... 31 4 Synthèse ........................................................................................................................... 32 5 Résultats et discussion ..................................................................................................... 33 Recherche des amorces et sondes ........................................................................... 33 Homologie entre espèces animales ......................................................................... 37 Évaluation de la spécificité ....................................................................................... 38 Évaluation de la sensibilité des cibles PCR en temps réel ........................................ 41 Conclusion générale et perspectives ....................................................................................... 45 6 Glossaire ........................................................................................................................... 47 7 Illustrations ....................................................................................................................... 49 8 Tableaux ........................................................................................................................... 49 9 Bibliographie ....................................................................................................................... l Revues scientifiques .................................................................................................... l Pages web .................................................................................................................. lv Syllabi et TFE ............................................................................................................. lvii Autres ....................................................................................................................... lvii 10 Annexes ........................................................................................................................... lviii Protocole CTAB .......................................................................................................... lix Protocole clonage .................................................................................................... lxiv Publications ........................................................................................................... lxxv Alignement myosine ................................................................................................. cv Alignement actine ................................................................................................... cvi Alignement tubuline ............................................................................................... cvii Alignement facteur d’élongation 1 α .................................................................... cviii Séquences ................................................................................................................. cix Amorces et sondes ................................................................................................... cxi Homologie .......................................................................................................... cxiii Alignements entre espèces homologues ............................................................ cxv Alignements Clustal et Jalview 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Projet Ra’o Puha : Mise en place d’un élevage pilote de Black Soldier Fly sur tourteau de coprah en Polynésie Française / Lucien MOSTADE

Public ISBD Titre : Projet Ra’o Puha : Mise en place d’un élevage pilote de Black Soldier Fly sur tourteau de coprah en Polynésie Française Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Lucien MOSTADE, Auteur ; Frédéric Debode, Directeur de publication, rédacteur en chef Année de publication : 2017 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : Agronomie  AIBT  Technival Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : Ce document décrit la mise en place d’un élevage pilote d’Hermetia illucens sur tourteau de coprah en Polynésie Française, dans le but de produire un aliment de qualité pour l’aquaculture locale. Hermetia illucens est un insecte Diptère de la famille des Stratiomyidae, aussi appelé Black Soldier Fly ou plus simplement BSF. Ce travail est réalisé dans le cadre d’un stage de fin d’étude de Bachelier en Agronomie, entre février et mai 2017 Pour commencer, les connaissances actuelles sur Hermetia illucens sont succinctement synthétisées. Principalement les différentes possibilités d’utilisation, qu’elle soit exploitée en tant que détritivore ou en tant que nourriture animale. Ensuite, une description du fonctionnement de la colonie est réalisée, avec une analyse des différentes étapes de l’élevage et les problèmes rencontrés. Il est ainsi expliqué comment les oeufs sont récoltés, avant d’être mis en éclosion, en croissance et finalement en pupaison. C’est le cycle de maintien de la colonie qui sera principalement décrit, car c’est celui qui est réalisé pour l’instant dans le but d’accroitre le nombre d’individus de la colonie. Les paramètres important à prendre en compte dans l’élevage seront également cités et décrits. Les résultats exposés sont ceux atteint à la fin du stage. L’élevage est destiné à s’agrandir et peut être modifié pour répondre au mieux aux contraintes du terrain. Les conformations actuelles sont empiriques et peuvent évoluer avec le temps et les besoins rencontrés. Note de contenu : TABLE DES MATIERES Remerciements .................................................................................................................................... Présentation de l’entreprise ................................................................................................................ Objet social ....................................................................................................................................... Description des activités .................................................................................................................. Introduction ........................................................................................................................................ 7 1 Contexte général ........................................................................................................................ 9 1.1 Tahiti, Polynésie Française .................................................................................................. 9 1.2 Hermetia illucens ............................................................................................................... 11 1.2.1 Classification ............................................................................................................... 11 1.2.2 Distribution ................................................................................................................. 12 1.2.3 Anatomie .................................................................................................................... 12 1.2.4 Cycle de vie ................................................................................................................. 13 1.2.5 Comportement ........................................................................................................... 14 1.2.6 Intérêts ....................................................................................................................... 15 1.3 Hermetia illucens dans le monde ...................................................................................... 16 1.3.1 Types d’élevages ........................................................................................................ 16 1.3.2 Produits dérivés et utilisation .................................................................................... 17 1.4 Présentation du pilote de production à Tahiti .................................................................. 18 2 Objectifs et stratégie ................................................................................................................ 20 2.1 Objectifs généraux de Technival ....................................................................................... 20 2.2 Objectif du stage ................................................................................................................ 20 2.3 Stratégie ............................................................................................................................. 21 3 Matériels et méthodes ............................................................................................................. 23 3.1 Etat des lieux à l’entame du stage ..................................................................................... 23 3.1.1 Infrastructures ............................................................................................................ 23 3.1.2 Colonie ........................................................................................................................ 24 3.2 Infrastructures actuelles et protocole d’élevage .............................................................. 24 3.2.1 Bâtiments ................................................................................................................... 25 3.2.1.1 Local de croissance ............................................................................................. 25 3.2.1.2 Hangar couvert.................................................................................................... 27 3.2.2 Bidon de réhydratation du coprah ............................................................................. 27 3.2.3 Collecteurs – collecte des pontes ............................................................................... 28 3.2.4 Eclosoir – éclosion des larves ..................................................................................... 29 3.2.5 Larvarium – croissance des larves .............................................................................. 29 3.2.6 Puparium – émergence .............................................................................................. 31 3.2.7 Volières – reproduction et pontes ............................................................................. 31 3.3 Mesure des paramètres .................................................................................................... 33 3.3.1 Température............................................................................................................... 33 3.3.2 Humidité ..................................................................................................................... 34 3.3.3 Luminosité .................................................................................................................. 34 3.3.4 Précipitations.............................................................................................................. 34 3.3.5 Acidité coprah ............................................................................................................ 34 3.4 Evaluation de la santé de la colonie (indicateurs) ............................................................. 34 3.4.1 Courbe de croissance ................................................................................................. 35 3.4.2 Taux d’émergence ...................................................................................................... 36 3.4.3 Autres indicateurs importants ................................................................................... 36 4 Résultats et discussion ............................................................................................................. 37 4.1 Infrastructures ................................................................................................................... 37 4.1.1 Local de croissance ..................................................................................................... 37 4.1.2 Volières ....................................................................................................................... 38 4.2 Elevage ............................................................................................................................... 39 4.2.1 Objectif de pontes ...................................................................................................... 39 4.2.2 Ajustement des rations .............................................................................................. 40 4.2.3 Emergences ................................................................................................................ 40 4.2.4 Pontes en captivité ..................................................................................................... 41 4.3 Paramètres ........................................................................................................................ 42 4.3.1 Analyse de la volière .................................................................................................. 42 4.3.2 Conditions de croissance ............................................................................................ 42 4.3.3 Conditions météorologiques ...................................................................................... 46 4.4 Viabilité du projet .............................................................................................................. 48 Conclusion ........................................................................................................................................ 50 Perspectives ..................................................................................................................................... 51 Glossaire, listes figures, abréviations ............................................................................................... 53 Cartes ........................................................................................................................................... 53 Figures .......................................................................................................................................... 53 Photographies .............................................................................................................................. 53 Tableaux ....................................................................................................................................... 54 Bibliographie .................................................................................................................................... 55 Annexes ................................................................................................................................................ Annexe 1 : Indicateurs santé de la colonie ...................................................................................... Résumé ................................................................................................................................................. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65878 Projet Ra’o Puha : Mise en place d’un élevage pilote de Black Soldier Fly sur tourteau de coprah en Polynésie Française [TFE / Mémoire] / Lucien MOSTADE, Auteur ; Frédéric Debode, Directeur de publication, rédacteur en chef . - 2017. Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : Agronomie  AIBT  Technival Index. décimale : TFE AIBT TFE Agro-industries et biotechnologies Résumé : Ce document décrit la mise en place d’un élevage pilote d’Hermetia illucens sur tourteau de coprah en Polynésie Française, dans le but de produire un aliment de qualité pour l’aquaculture locale. Hermetia illucens est un insecte Diptère de la famille des Stratiomyidae, aussi appelé Black Soldier Fly ou plus simplement BSF. Ce travail est réalisé dans le cadre d’un stage de fin d’étude de Bachelier en Agronomie, entre février et mai 2017 Pour commencer, les connaissances actuelles sur Hermetia illucens sont succinctement synthétisées. Principalement les différentes possibilités d’utilisation, qu’elle soit exploitée en tant que détritivore ou en tant que nourriture animale. Ensuite, une description du fonctionnement de la colonie est réalisée, avec une analyse des différentes étapes de l’élevage et les problèmes rencontrés. Il est ainsi expliqué comment les oeufs sont récoltés, avant d’être mis en éclosion, en croissance et finalement en pupaison. C’est le cycle de maintien de la colonie qui sera principalement décrit, car c’est celui qui est réalisé pour l’instant dans le but d’accroitre le nombre d’individus de la colonie. Les paramètres important à prendre en compte dans l’élevage seront également cités et décrits. Les résultats exposés sont ceux atteint à la fin du stage. L’élevage est destiné à s’agrandir et peut être modifié pour répondre au mieux aux contraintes du terrain. Les conformations actuelles sont empiriques et peuvent évoluer avec le temps et les besoins rencontrés. Note de contenu : TABLE DES MATIERES Remerciements .................................................................................................................................... Présentation de l’entreprise ................................................................................................................ Objet social ....................................................................................................................................... Description des activités .................................................................................................................. Introduction ........................................................................................................................................ 7 1 Contexte général ........................................................................................................................ 9 1.1 Tahiti, Polynésie Française .................................................................................................. 9 1.2 Hermetia illucens ............................................................................................................... 11 1.2.1 Classification ............................................................................................................... 11 1.2.2 Distribution ................................................................................................................. 12 1.2.3 Anatomie .................................................................................................................... 12 1.2.4 Cycle de vie ................................................................................................................. 13 1.2.5 Comportement ........................................................................................................... 14 1.2.6 Intérêts ....................................................................................................................... 15 1.3 Hermetia illucens dans le monde ...................................................................................... 16 1.3.1 Types d’élevages ........................................................................................................ 16 1.3.2 Produits dérivés et utilisation .................................................................................... 17 1.4 Présentation du pilote de production à Tahiti .................................................................. 18 2 Objectifs et stratégie ................................................................................................................ 20 2.1 Objectifs généraux de Technival ....................................................................................... 20 2.2 Objectif du stage ................................................................................................................ 20 2.3 Stratégie ............................................................................................................................. 21 3 Matériels et méthodes ............................................................................................................. 23 3.1 Etat des lieux à l’entame du stage ..................................................................................... 23 3.1.1 Infrastructures ............................................................................................................ 23 3.1.2 Colonie ........................................................................................................................ 24 3.2 Infrastructures actuelles et protocole d’élevage .............................................................. 24 3.2.1 Bâtiments ................................................................................................................... 25 3.2.1.1 Local de croissance ............................................................................................. 25 3.2.1.2 Hangar couvert.................................................................................................... 27 3.2.2 Bidon de réhydratation du coprah ............................................................................. 27 3.2.3 Collecteurs – collecte des pontes ............................................................................... 28 3.2.4 Eclosoir – éclosion des larves ..................................................................................... 29 3.2.5 Larvarium – croissance des larves .............................................................................. 29 3.2.6 Puparium – émergence .............................................................................................. 31 3.2.7 Volières – reproduction et pontes ............................................................................. 31 3.3 Mesure des paramètres .................................................................................................... 33 3.3.1 Température............................................................................................................... 33 3.3.2 Humidité ..................................................................................................................... 34 3.3.3 Luminosité .................................................................................................................. 34 3.3.4 Précipitations.............................................................................................................. 34 3.3.5 Acidité coprah ............................................................................................................ 34 3.4 Evaluation de la santé de la colonie (indicateurs) ............................................................. 34 3.4.1 Courbe de croissance ................................................................................................. 35 3.4.2 Taux d’émergence ...................................................................................................... 36 3.4.3 Autres indicateurs importants ................................................................................... 36 4 Résultats et discussion ............................................................................................................. 37 4.1 Infrastructures ................................................................................................................... 37 4.1.1 Local de croissance ..................................................................................................... 37 4.1.2 Volières ....................................................................................................................... 38 4.2 Elevage ............................................................................................................................... 39 4.2.1 Objectif de pontes ...................................................................................................... 39 4.2.2 Ajustement des rations .............................................................................................. 40 4.2.3 Emergences ................................................................................................................ 40 4.2.4 Pontes en captivité ..................................................................................................... 41 4.3 Paramètres ........................................................................................................................ 42 4.3.1 Analyse de la volière .................................................................................................. 42 4.3.2 Conditions de croissance ............................................................................................ 42 4.3.3 Conditions météorologiques ...................................................................................... 46 4.4 Viabilité du projet .............................................................................................................. 48 Conclusion ........................................................................................................................................ 50 Perspectives ..................................................................................................................................... 51 Glossaire, listes figures, abréviations ............................................................................................... 53 Cartes ........................................................................................................................................... 53 Figures .......................................................................................................................................... 53 Photographies .............................................................................................................................. 53 Tableaux ....................................................................................................................................... 54 Bibliographie .................................................................................................................................... 55 Annexes ................................................................................................................................................ Annexe 1 : Indicateurs santé de la colonie ...................................................................................... Résumé ................................................................................................................................................. Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65878

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