Centre de Documentation Campus Montignies
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Auteur Delph Martiny |
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Validation d’une base de données MALDI-TOF MS pour l’identification des Mycobactéries / Aferdita UKSHINAJ
Titre : Validation d’une base de données MALDI-TOF MS pour l’identification des Mycobactéries Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Aferdita UKSHINAJ, Auteur ; Delph Martiny, Directeur de la recherche Année de publication : 2017 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale laboratoire hospitalier universitaire de Bruxelles département de microbiologie. Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : TABLES DES MATIERES
INTRODUCTION ...................................................................................................................... 8
PRESENTATION DU LIEU DE STAGE ............................................................................... 10
PARTIE THEORIQUE ......................................................................................................... 12
1. GENERALITES ............................................................................................................... 12
1.1 Historique des Mycobactéries ...................................................................................... 12
1.2 Le genre Mycobacterium .............................................................................................. 13
1.3 Propriétés bactériologiques .......................................................................................... 13
1.4 Le complexe Mycobacterium tuberculosis .................................................................. 14
1.5 Les Mycobactéries non tuberculeuses .......................................................................... 15
1.6 Mycobacterium leprae .................................................................................................. 15
1.7 Modes de transmission ................................................................................................. 16
1.8 Pathologies associées aux mycobactéries .................................................................... 18
1.8.1 Espèces du complexe M. tuberculosis et la tuberculose .................................... 18
1.8.2 Pathologies des Mycobactéries non tuberculeuses ............................................. 19
1.9 Diagnostic bactériologique de routine .......................................................................... 21
1.9.1 Biosécurité .......................................................................................................... 22
1.9.2 Types de prélèvements ....................................................................................... 22
1.9.3 Prétraitement de l’échantillon ............................................................................ 24
1.9.4 Examen microscopique ...................................................................................... 24
1.9.5 Mise en culture ................................................................................................... 25
1.9.6 Identification ...................................................................................................... 27
1.9.7 Biologie Moléculaire .......................................................................................... 28
1.9.8 Antibiogramme ................................................................................................... 28
1.10 Spectrométrie de masse Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Time Of Flight (MALDI-TOF) ...................................................................................................................... 29
1.10.1 Principe général .................................................................................................. 29
1.10.2 Les particularités de la spectrométrie de masse MALDI-TOF MS ................... 30
1.10.3 Bibliothèque de données .................................................................................... 31
1.10.4 Utilisation du MALDI-TOF MS en microbiologie clinique .............................. 32
1.10.5 Identification des Mycobactéries par MALDI-TOF MS .................................... 33
8
PARTIE EXPERIMENTALE .............................................................................................. 34
2. OBJECTIF ........................................................................................................................ 34
3. MATERIELS ET METHODE .......................................................................................... 34
3.1 Souches ......................................................................................................................... 34
3.2 Préparation des souches et contrôle de la pureté ......................................................... 35
3.3 Inactivation des souches ............................................................................................... 35
3.4 Protocole d’extraction protéique .................................................................................. 36
3.5 Préparation de la plaque MALDI-TOF MS ................................................................. 38
3.6 Spectromètre de masse Biotyper Microflex LT® ........................................................ 39
3.7 Validation de la procédure d’identification des Mycobactérie par MALDI-TOF MS. 40
3.8 Analyse Statistique ....................................................................................................... 41
4. RESULTATS .................................................................................................................... 42
4.1 Validation de la procédure d’inactivation .................................................................... 42
4.2 Performances de la Mycobacteria Library version 1.0 ................................................ 42
4.3 Performances de la Mycobacteria Library version 4.0 suivant les deux protocoles d’extraction protéique ........................................................................................................... 44
4.4 Comparaison des deux protocoles d’extraction............................................................ 46
4.5 Exemples de spectres obtenus par les deux protocoles d’extraction ............................ 47
5. DISCUSSION ................................................................................................................... 48
CONCLUSION ...................................................................................................50Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65859 Validation d’une base de données MALDI-TOF MS pour l’identification des Mycobactéries [TFE / Mémoire] / Aferdita UKSHINAJ, Auteur ; Delph Martiny, Directeur de la recherche . - 2017.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : biologie médicale laboratoire hospitalier universitaire de Bruxelles département de microbiologie. Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : TABLES DES MATIERES
INTRODUCTION ...................................................................................................................... 8
PRESENTATION DU LIEU DE STAGE ............................................................................... 10
PARTIE THEORIQUE ......................................................................................................... 12
1. GENERALITES ............................................................................................................... 12
1.1 Historique des Mycobactéries ...................................................................................... 12
1.2 Le genre Mycobacterium .............................................................................................. 13
1.3 Propriétés bactériologiques .......................................................................................... 13
1.4 Le complexe Mycobacterium tuberculosis .................................................................. 14
1.5 Les Mycobactéries non tuberculeuses .......................................................................... 15
1.6 Mycobacterium leprae .................................................................................................. 15
1.7 Modes de transmission ................................................................................................. 16
1.8 Pathologies associées aux mycobactéries .................................................................... 18
1.8.1 Espèces du complexe M. tuberculosis et la tuberculose .................................... 18
1.8.2 Pathologies des Mycobactéries non tuberculeuses ............................................. 19
1.9 Diagnostic bactériologique de routine .......................................................................... 21
1.9.1 Biosécurité .......................................................................................................... 22
1.9.2 Types de prélèvements ....................................................................................... 22
1.9.3 Prétraitement de l’échantillon ............................................................................ 24
1.9.4 Examen microscopique ...................................................................................... 24
1.9.5 Mise en culture ................................................................................................... 25
1.9.6 Identification ...................................................................................................... 27
1.9.7 Biologie Moléculaire .......................................................................................... 28
1.9.8 Antibiogramme ................................................................................................... 28
1.10 Spectrométrie de masse Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Time Of Flight (MALDI-TOF) ...................................................................................................................... 29
1.10.1 Principe général .................................................................................................. 29
1.10.2 Les particularités de la spectrométrie de masse MALDI-TOF MS ................... 30
1.10.3 Bibliothèque de données .................................................................................... 31
1.10.4 Utilisation du MALDI-TOF MS en microbiologie clinique .............................. 32
1.10.5 Identification des Mycobactéries par MALDI-TOF MS .................................... 33
8
PARTIE EXPERIMENTALE .............................................................................................. 34
2. OBJECTIF ........................................................................................................................ 34
3. MATERIELS ET METHODE .......................................................................................... 34
3.1 Souches ......................................................................................................................... 34
3.2 Préparation des souches et contrôle de la pureté ......................................................... 35
3.3 Inactivation des souches ............................................................................................... 35
3.4 Protocole d’extraction protéique .................................................................................. 36
3.5 Préparation de la plaque MALDI-TOF MS ................................................................. 38
3.6 Spectromètre de masse Biotyper Microflex LT® ........................................................ 39
3.7 Validation de la procédure d’identification des Mycobactérie par MALDI-TOF MS. 40
3.8 Analyse Statistique ....................................................................................................... 41
4. RESULTATS .................................................................................................................... 42
4.1 Validation de la procédure d’inactivation .................................................................... 42
4.2 Performances de la Mycobacteria Library version 1.0 ................................................ 42
4.3 Performances de la Mycobacteria Library version 4.0 suivant les deux protocoles d’extraction protéique ........................................................................................................... 44
4.4 Comparaison des deux protocoles d’extraction............................................................ 46
4.5 Exemples de spectres obtenus par les deux protocoles d’extraction ............................ 47
5. DISCUSSION ................................................................................................................... 48
CONCLUSION ...................................................................................................50Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65859 Exemplaires
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