Amélioration génétique des équidés / Haras nationaux

Public ISBD Titre : Amélioration génétique des équidés Type de document : texte imprimé Auteurs : Haras nationaux, Auteur ; Sophie Danvy, Directeur de publication, rédacteur en chef Mention d'édition : 2e éd. Année de publication : 2014 Importance : 1 vol. (303 p.) Présentation : ill. en noir et en coul., couv. ill. en coul. Format : 24 cm ISBN/ISSN/EAN : 978-2-915250-35-0 Note générale : Notes bibliogr. Glossaire Langues : Français (fre) Mots-clés : Cheval  Équidés -- Amélioration génétique -- France Index. décimale : 636.09 Médecine vétérinaire Note de contenu : SOMMAIRE Préface ................................................................................. 3 I. l es équidés en France ........................................................ 9 1. Effectifs et diversité génétique ............................................................. 10 1.1. Effectifs et répartition géographique .................................................. 11 1.2. Évolution de la production d’équidés avec origines nés en France ........... 15 1.3. Impact des étalons d’origine étrangère sur la diversité génétique française ..................................................... 18 1.4. L’utilisation des équidés en France ..................................................... 21 2. Organisation de la sélection en france ................................................. 22 2.1. Définir des objectifs de sélection ....................................................... 23 2.2. Utiliser le SIRE ............................................................................... 25 2.3. Enregistrer les performances ............................................................ 26 2.4. Faire circuler l’information ................................................................ 28 II. génétique moléculaire équine ........................................ 29 1. Rappels de génétique moléculaire ........................................................ 30 2. Typage Adn et ses applications dans le contrôle des filiations ............. 31 2.1. Bref historique ................................................................................ 31 2.2. Quelques définitions ........................................................................ 32 2.3. Analyse du génotype ....................................................................... 32 2.4. Utilisation des génotypes pour contrôler les filiations ............................ 35 2.5. Dans la pratique ............................................................................. 37 2.6. Conclusion ..................................................................................... 38 3. Approche moléculaire des gènes de coloration chez le cheval .............. 38 3.1. Importance de la diversité des robes en élevage ................................. 38 3.2. Mécanismes génétiques de la pigmentation des poils et de la peau ........ 40 3.3. Perspectives ................................................................................... 42 4. Méthodes de la génétique moléculaire ................................................. 44 4.1. Cartographie génomique et séquençage du génome équin .................... 44 4.2. Identifier des gènes d’intérêt ............................................................ 46 4.3. Développements et perspectives ....................................................... 48 4.4. Exemple d’application : le DMRT3 chez le Trotteur ............................... 50 4.5. Conclusion ..................................................................................... 52 9782915250350-Amelioration_genetique.indd 4 18/12/13 15:35 AmélIorA tIon génétIque des équIdés sommaire Institut français du cheval et de l’équitation 5 III. suivi et gestion de la variabilité génétique des populations équines .................................................... 55 1. Constitution des ressources génétiques et évolutions de la variabilité .. 56 1.1. De la domestication à la notion de race .............................................. 56 1.2. Facteurs d’évolution des composantes de la variabilité génétique ........... 57 2. Outils de mesure de la diversité ........................................................... 58 2.1. Phénotypes .................................................................................... 58 2.2. Marqueurs ..................................................................................... 59 2.3. Données généalogiques ................................................................... 60 3. Préservation de la diversité entre races ................................................ 60 3.1. Distances génétiques et arbres de classification (analyses phénétiques) . 60 3.2. Analyses multidimensionnelles .......................................................... 62 3.3. Affectation d’un individu à une population .......................................... 63 3.4. Composition raciale ......................................................................... 63 3.5. Maintien des races menacées et de la diversité entre populations .......... 64 4. Gestion de la variabilité intra race ........................................................ 64 4.1. Mesure de la consanguinité et son évolution dans le temps ................... 65 4.2. Les probabilités d’origine des gènes ................................................... 67 4.3. Les critères déduits des marqueurs moléculaires ................................. 68 4.4. Principes de la gestion génétique en vue de préserver la variabilité intra population .............................................................................. 69 4.5. Conclusion ..................................................................................... 70 IV. Hérédité et mesure ......................................................... 71 1. Comment réaliser une étude de l’hérédité d’un caractère ? ................... 72 1.1. Notions d’héritabilité et de répétabilité ............................................... 72 1.2. Estimer l’héritabilité et la répétabilité ................................................. 73 1.3. Corrélations phénotypique et génétique ............................................. 75 1.4. Effets maternels ............................................................................. 75 2. Aptitude à la performance sportive ...................................................... 76 2.1. Mesurer la performance ................................................................... 77 2.2. Facteurs influençant la performance .................................................. 84 2.3. Paramètres génétiques de l’aptitude au CSO, au dressage et au CCE ...... 88 2.4. Complexité des caractères ................................................................ 90 2.5. Ce qui se passe à l’étranger .............................................................. 93 9782915250350-Amelioration_genetique.indd 5 18/12/13 15:35 AmélIorA tIon génétIque des équIdés sommaire Institut français du cheval et de l’équitation 6 3. Aptitude à la course au trot .................................................................. 94 3.1. Données étudiées ........................................................................... 94 3.2. Choix d’un critère de sélection .......................................................... 94 3.3. Critères évalués à l’étranger ........................................................... 100 3.4. Conclusion ................................................................................... 103 4. Les anomalies ostéo-articulaires ........................................................ 103 4.1. Échantillons étudiés ....................................................................... 103 4.2. Vérifier l’origine génétique des anomalies ......................................... 104 4.3. Mesures de l’anomalie ................................................................... 105 4.4. Modèles d’analyse ......................................................................... 107 4.5. Analyse moléculaire ....................................................................... 116 4.6. Conclusion ................................................................................... 116 5. Les caractères de reproduction ........................................................... 117 5.1. Hérédité des caractéristiques de la semence mâle ............................. 118 5.2. Hérédité de la poly-ovulation .......................................................... 125 6. Longévité ........................................................................................... 128 6.1. Données ...................................................................................... 128 6.2. Modèle ........................................................................................ 128 6.3. Fonctions de base décrivant la longévité sportive ............................... 130 6.4. Facteurs du milieu influençant la longévité sportive ............................ 131 6.5. Facteurs génétiques ...................................................................... 134 6.6. Conclusion ................................................................................... 135 V. l es différents indices actuellement publiés .................... 137 1. Les deux types d’indices calculés chez les équidés ............................. 138 1.1. L’indice de performance ................................................................. 138 1.2. L’indice génétique ......................................................................... 138 2. Indices pour le CSO, le dressage et le CCE .......................................... 139 2.1. L’indice de performance ................................................................. 139 2.2. Les indices génétiques ................................................................... 148 3. Les indices « poney » ......................................................................... 154 3.1. Données utilisées .......................................................................... 154 3.2. Critères de mesure de la performance .............................................. 157 3.3. Effets de l’environnement ............................................................... 157 3.4. Présentation des indices ................................................................. 159 3.5. Points de repères .......................................................................... 159 3.6. Modifications envisageables des indices poneys ................................. 160 9782915250350-Amelioration_genetique.indd 6 18/12/13 15:35 AmélIorA tIon génétIque des équIdés sommaire Institut français du cheval et de l’équitation 7 4. Les indices pour l’endurance .............................................................. 160 4.1. Données ...................................................................................... 161 4.2. Les critères : vitesse, classement, distance ....................................... 161 4.3. Correction pour les effets d’environnement ....................................... 162 4.4. Calcul de l’indice ........................................................................... 163 4.5. Pondération des caractères pour former un indice global ..................... 163 4.6. Points de repère ............................................................................ 164 4.7. Conclusion ................................................................................... 165 5. Les indices en courses au trot ............................................................. 165 5.1. Les indices de performance ............................................................ 165 5.2. Indice génétique ........................................................................... 167 VI. Choix des reproducteurs ............................................... 169 1. Les outils de la sélection équine ......................................................... 170 1.1. Le BLUP et son CD ........................................................................ 170 1.2. Intervalle de confiance et borne basse ............................................. 173 1.3. Les valeurs de pari ........................................................................ 176 2. Les principaux outils de caractérisation des équidés .......................... 179 2.1. Définition et objectifs ..................................................................... 180 2.2. Rappels morphologiques ................................................................ 181 2.3. Le pointage .................................................................................. 182 2.4. Le jugement ................................................................................. 184 2.5. La méthode d’analyse Equimétrix™ ................................................. 185 2.6. La morphométrie en 3D ................................................................. 193 2.7. Le tempérament du cheval ............................................................. 196 2.8. Le statut ostéo-articulaire .............................................................. 201 2.9. L’aptitude à la reproduction ............................................................ 202 3. Incidence des règlements de stud-book sur la sélection ..................... 204 3.1. Les critères de sélection des reproducteurs ....................................... 204 3.2. Les qualifications des reproducteurs ................................................ 205 4. Étude du cas particulier des Pur-sang ................................................. 206 4.1. Construction d’un indice sur performance IPerf .................................. 206 4.2. Construction d’un indice sur descendance Idesc ................................ 209 4.3. Le choix des reproducteurs ............................................................. 215 4.4. Raisonner les accouplements .......................................................... 217 4.5. Conclusion ................................................................................... 222 9782915250350-Amelioration_genetique.indd 7 18/12/13 15:35 AmélIorA tIon génétIque des équIdés sommaire Institut français du cheval et de l’équitation 8 VII. l e progrès génétique ................................................... 223 1. Définition du progrès génétique et de ses 3 facteurs .......................... 224 1.1. Définir un objectif de sélection ........................................................ 224 1.2. Obtenir un progrès génétique ......................................................... 224 2. Étude d’un schéma de sélection : exemple du Selle français (SF) ........ 225 2.1. Analyse du progrès génétique ......................................................... 226 2.2. Forces et faiblesses du schéma de sélection SF pour le CSO ................ 227 3. Maximiser le progrès génétique dans un plan de sélection : les règles de base .................................................................................. 231 3.1. Facteurs conditionnant le progrès génétique ..................................... 231 3.2. Grandes règles de l’efficacité d’une sélection chez le cheval : cas simplifié d’une sélection uni-caractère pour le CSO ...................... 234 3.3. Un objectif de sélection multi-caractères .......................................... 240 3.4. Ce qu’il faut retenir ....................................................................... 243 4. Optimisation d’un schéma de sélection complexe .............................. 244 4.1. Définir l’objectif de sélection ........................................................... 244 4.2. Les paramètres génétiques ............................................................. 245 4.3. Les paramètres démographiques ..................................................... 245 4.4. Le schéma de référence ................................................................. 245 4.5. Schéma avec une station ............................................................... 249 5. Conclusion ......................................................................................... 252 VIII. l es perspectives en génétique équine ......................... 253 1. Vers une évaluation internationale ..................................................... 254 1.1. Incidence des croisements avec des races étrangères sur l’indexation française ............................................................... 254 1.2. État des lieux des indexations des chevaux de sport en Europe ........... 255 1.3. Qu’est-ce qu’une évaluation internationale ? .................................... 258 1.4. Étude des connexions entre les populations de chevaux de CSO .......... 259 1.5. Étude des corrélations génétiques entre pays .................................... 262 1.6. Conclusion ................................................................................... 263 2. La sélection assistée par marqueur (SAM) .......................................... 263 2.1. Principe de la SAM ......................................................................... 263 2.2. La « révolution SNP » .................................................................... 265 2.3. GENEQUIN ................................................................................... 265 glossaire et abréviations courantes ....................................... 271 références bibliographiques ................................................. 282 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65774 Amélioration génétique des équidés [texte imprimé] / Haras nationaux, Auteur ; Sophie Danvy, Directeur de publication, rédacteur en chef  . -  2e éd. . - 2014 . - 1 vol. (303 p.) : ill. en noir et en coul., couv. ill. en coul. ; 24 cm. ISBN : 978-2-915250-35-0 Notes bibliogr. Glossaire Langues : Français (fre) Mots-clés : Cheval  Équidés -- Amélioration génétique -- France Index. décimale : 636.09 Médecine vétérinaire Note de contenu : SOMMAIRE Préface ................................................................................. 3 I. l es équidés en France ........................................................ 9 1. Effectifs et diversité génétique ............................................................. 10 1.1. Effectifs et répartition géographique .................................................. 11 1.2. Évolution de la production d’équidés avec origines nés en France ........... 15 1.3. Impact des étalons d’origine étrangère sur la diversité génétique française ..................................................... 18 1.4. L’utilisation des équidés en France ..................................................... 21 2. Organisation de la sélection en france ................................................. 22 2.1. Définir des objectifs de sélection ....................................................... 23 2.2. Utiliser le SIRE ............................................................................... 25 2.3. Enregistrer les performances ............................................................ 26 2.4. Faire circuler l’information ................................................................ 28 II. génétique moléculaire équine ........................................ 29 1. Rappels de génétique moléculaire ........................................................ 30 2. Typage Adn et ses applications dans le contrôle des filiations ............. 31 2.1. Bref historique ................................................................................ 31 2.2. Quelques définitions ........................................................................ 32 2.3. Analyse du génotype ....................................................................... 32 2.4. Utilisation des génotypes pour contrôler les filiations ............................ 35 2.5. Dans la pratique ............................................................................. 37 2.6. Conclusion ..................................................................................... 38 3. Approche moléculaire des gènes de coloration chez le cheval .............. 38 3.1. Importance de la diversité des robes en élevage ................................. 38 3.2. Mécanismes génétiques de la pigmentation des poils et de la peau ........ 40 3.3. Perspectives ................................................................................... 42 4. Méthodes de la génétique moléculaire ................................................. 44 4.1. Cartographie génomique et séquençage du génome équin .................... 44 4.2. Identifier des gènes d’intérêt ............................................................ 46 4.3. Développements et perspectives ....................................................... 48 4.4. Exemple d’application : le DMRT3 chez le Trotteur ............................... 50 4.5. Conclusion ..................................................................................... 52 9782915250350-Amelioration_genetique.indd 4 18/12/13 15:35 AmélIorA tIon génétIque des équIdés sommaire Institut français du cheval et de l’équitation 5 III. suivi et gestion de la variabilité génétique des populations équines .................................................... 55 1. Constitution des ressources génétiques et évolutions de la variabilité .. 56 1.1. De la domestication à la notion de race .............................................. 56 1.2. Facteurs d’évolution des composantes de la variabilité génétique ........... 57 2. Outils de mesure de la diversité ........................................................... 58 2.1. Phénotypes .................................................................................... 58 2.2. Marqueurs ..................................................................................... 59 2.3. Données généalogiques ................................................................... 60 3. Préservation de la diversité entre races ................................................ 60 3.1. Distances génétiques et arbres de classification (analyses phénétiques) . 60 3.2. Analyses multidimensionnelles .......................................................... 62 3.3. Affectation d’un individu à une population .......................................... 63 3.4. Composition raciale ......................................................................... 63 3.5. Maintien des races menacées et de la diversité entre populations .......... 64 4. Gestion de la variabilité intra race ........................................................ 64 4.1. Mesure de la consanguinité et son évolution dans le temps ................... 65 4.2. Les probabilités d’origine des gènes ................................................... 67 4.3. Les critères déduits des marqueurs moléculaires ................................. 68 4.4. Principes de la gestion génétique en vue de préserver la variabilité intra population .............................................................................. 69 4.5. Conclusion ..................................................................................... 70 IV. Hérédité et mesure ......................................................... 71 1. Comment réaliser une étude de l’hérédité d’un caractère ? ................... 72 1.1. Notions d’héritabilité et de répétabilité ............................................... 72 1.2. Estimer l’héritabilité et la répétabilité ................................................. 73 1.3. Corrélations phénotypique et génétique ............................................. 75 1.4. Effets maternels ............................................................................. 75 2. Aptitude à la performance sportive ...................................................... 76 2.1. Mesurer la performance ................................................................... 77 2.2. Facteurs influençant la performance .................................................. 84 2.3. Paramètres génétiques de l’aptitude au CSO, au dressage et au CCE ...... 88 2.4. Complexité des caractères ................................................................ 90 2.5. Ce qui se passe à l’étranger .............................................................. 93 9782915250350-Amelioration_genetique.indd 5 18/12/13 15:35 AmélIorA tIon génétIque des équIdés sommaire Institut français du cheval et de l’équitation 6 3. Aptitude à la course au trot .................................................................. 94 3.1. Données étudiées ........................................................................... 94 3.2. Choix d’un critère de sélection .......................................................... 94 3.3. Critères évalués à l’étranger ........................................................... 100 3.4. Conclusion ................................................................................... 103 4. Les anomalies ostéo-articulaires ........................................................ 103 4.1. Échantillons étudiés ....................................................................... 103 4.2. Vérifier l’origine génétique des anomalies ......................................... 104 4.3. Mesures de l’anomalie ................................................................... 105 4.4. Modèles d’analyse ......................................................................... 107 4.5. Analyse moléculaire ....................................................................... 116 4.6. Conclusion ................................................................................... 116 5. Les caractères de reproduction ........................................................... 117 5.1. Hérédité des caractéristiques de la semence mâle ............................. 118 5.2. Hérédité de la poly-ovulation .......................................................... 125 6. Longévité ........................................................................................... 128 6.1. Données ...................................................................................... 128 6.2. Modèle ........................................................................................ 128 6.3. Fonctions de base décrivant la longévité sportive ............................... 130 6.4. Facteurs du milieu influençant la longévité sportive ............................ 131 6.5. Facteurs génétiques ...................................................................... 134 6.6. Conclusion ................................................................................... 135 V. l es différents indices actuellement publiés .................... 137 1. Les deux types d’indices calculés chez les équidés ............................. 138 1.1. L’indice de performance ................................................................. 138 1.2. L’indice génétique ......................................................................... 138 2. Indices pour le CSO, le dressage et le CCE .......................................... 139 2.1. L’indice de performance ................................................................. 139 2.2. Les indices génétiques ................................................................... 148 3. Les indices « poney » ......................................................................... 154 3.1. Données utilisées .......................................................................... 154 3.2. Critères de mesure de la performance .............................................. 157 3.3. Effets de l’environnement ............................................................... 157 3.4. Présentation des indices ................................................................. 159 3.5. Points de repères .......................................................................... 159 3.6. Modifications envisageables des indices poneys ................................. 160 9782915250350-Amelioration_genetique.indd 6 18/12/13 15:35 AmélIorA tIon génétIque des équIdés sommaire Institut français du cheval et de l’équitation 7 4. Les indices pour l’endurance .............................................................. 160 4.1. Données ...................................................................................... 161 4.2. Les critères : vitesse, classement, distance ....................................... 161 4.3. Correction pour les effets d’environnement ....................................... 162 4.4. Calcul de l’indice ........................................................................... 163 4.5. Pondération des caractères pour former un indice global ..................... 163 4.6. Points de repère ............................................................................ 164 4.7. Conclusion ................................................................................... 165 5. Les indices en courses au trot ............................................................. 165 5.1. Les indices de performance ............................................................ 165 5.2. Indice génétique ........................................................................... 167 VI. Choix des reproducteurs ............................................... 169 1. Les outils de la sélection équine ......................................................... 170 1.1. Le BLUP et son CD ........................................................................ 170 1.2. Intervalle de confiance et borne basse ............................................. 173 1.3. Les valeurs de pari ........................................................................ 176 2. Les principaux outils de caractérisation des équidés .......................... 179 2.1. Définition et objectifs ..................................................................... 180 2.2. Rappels morphologiques ................................................................ 181 2.3. Le pointage .................................................................................. 182 2.4. Le jugement ................................................................................. 184 2.5. La méthode d’analyse Equimétrix™ ................................................. 185 2.6. La morphométrie en 3D ................................................................. 193 2.7. Le tempérament du cheval ............................................................. 196 2.8. Le statut ostéo-articulaire .............................................................. 201 2.9. L’aptitude à la reproduction ............................................................ 202 3. Incidence des règlements de stud-book sur la sélection ..................... 204 3.1. Les critères de sélection des reproducteurs ....................................... 204 3.2. Les qualifications des reproducteurs ................................................ 205 4. Étude du cas particulier des Pur-sang ................................................. 206 4.1. Construction d’un indice sur performance IPerf .................................. 206 4.2. Construction d’un indice sur descendance Idesc ................................ 209 4.3. Le choix des reproducteurs ............................................................. 215 4.4. Raisonner les accouplements .......................................................... 217 4.5. Conclusion ................................................................................... 222 9782915250350-Amelioration_genetique.indd 7 18/12/13 15:35 AmélIorA tIon génétIque des équIdés sommaire Institut français du cheval et de l’équitation 8 VII. l e progrès génétique ................................................... 223 1. Définition du progrès génétique et de ses 3 facteurs .......................... 224 1.1. Définir un objectif de sélection ........................................................ 224 1.2. Obtenir un progrès génétique ......................................................... 224 2. Étude d’un schéma de sélection : exemple du Selle français (SF) ........ 225 2.1. Analyse du progrès génétique ......................................................... 226 2.2. Forces et faiblesses du schéma de sélection SF pour le CSO ................ 227 3. Maximiser le progrès génétique dans un plan de sélection : les règles de base .................................................................................. 231 3.1. Facteurs conditionnant le progrès génétique ..................................... 231 3.2. Grandes règles de l’efficacité d’une sélection chez le cheval : cas simplifié d’une sélection uni-caractère pour le CSO ...................... 234 3.3. Un objectif de sélection multi-caractères .......................................... 240 3.4. Ce qu’il faut retenir ....................................................................... 243 4. Optimisation d’un schéma de sélection complexe .............................. 244 4.1. Définir l’objectif de sélection ........................................................... 244 4.2. Les paramètres génétiques ............................................................. 245 4.3. Les paramètres démographiques ..................................................... 245 4.4. Le schéma de référence ................................................................. 245 4.5. Schéma avec une station ............................................................... 249 5. Conclusion ......................................................................................... 252 VIII. l es perspectives en génétique équine ......................... 253 1. Vers une évaluation internationale ..................................................... 254 1.1. Incidence des croisements avec des races étrangères sur l’indexation française ............................................................... 254 1.2. État des lieux des indexations des chevaux de sport en Europe ........... 255 1.3. Qu’est-ce qu’une évaluation internationale ? .................................... 258 1.4. Étude des connexions entre les populations de chevaux de CSO .......... 259 1.5. Étude des corrélations génétiques entre pays .................................... 262 1.6. Conclusion ................................................................................... 263 2. La sélection assistée par marqueur (SAM) .......................................... 263 2.1. Principe de la SAM ......................................................................... 263 2.2. La « révolution SNP » .................................................................... 265 2.3. GENEQUIN ................................................................................... 265 glossaire et abréviations courantes ....................................... 271 références bibliographiques ................................................. 282 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65774

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