Caractérisation de souches d'Escherichia coli productrices de bêta-lactamases provenant d'animaux de zoo / Julie HAGER

Public ISBD Titre : Caractérisation de souches d'Escherichia coli productrices de bêta-lactamases provenant d'animaux de zoo Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Julie HAGER, Auteur Année de publication : 2015 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale  CHU Mont-Godinne  Antibiotiques : types  B-LACTAMASES  Escherichia Coli Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Résumé L’usage intempestif des antibiotiques, conduit à l’apparition de mécanismes de résistances développés par les bactéries. Les BLSE (β-lactamases à spectre étendu) sont un de ces mécanismes. Les BLSE sont des enzymes capables d’hydrolyser les céphalosporines à spectre étendu, elles sont souvent retrouvées chez les entérobactéries que ce soit chez l’homme ou chez les animaux. L’objectif de ce travail était la caractérisation de souches productrices de β-lactamases provenant d’animaux du zoo. Ce sont 24 souches bactériennes de type Escherichia coli provenant de divers animaux qui ont été caractérisées grâce à différentes techniques. Sur ces souches ont été réalisées : une identification par technique de spectrométrie de masse (Maldi-tof), l’établissement d’un profil de résistance par la méthode de l’antibiogramme et par PCR multiplex, un séquençage des gènes de résistance découvert par PCR, un classement en groupe phylogénétique, une caractérisation épidémiologique et une extraction plasmidique. Les résultats obtenus par ces techniques nous ont permis d’affirmer la présence de BLSE chez les souches provenant d’animaux et de déterminer si celles-ci étaient de type commensal ou pouvant causer des infections extra-intestinales. Mais également de voir des profils similaires entre les souches en fonction des plasmides portés et de caractériser la souche au niveau épidémiologique afin de connaitre les différents clones déjà rencontrés dans le monde. Note de contenu : Table des matières Introduction 1.1 Présentation du lieu de stage ................................................................................................. 8 1.2 Les antibiotiques ....................................................................................................................... 8 1.3 Les antibiotiques agissant au niveau de la synthèse de la paroi des bactéries ........................ 10 1.3.1 β-lactamines ......................................................................................................................... 10 1.3.1.1 Pénicillines ...................................................................................................................... 11 1.3.1.2 Les céphalosporines ou Céphènes ............................................................................ 12 1.3.1.3 Les pénèmes .................................................................................................................. 12 1.3.1.4 Les monobactames ....................................................................................................... 13 1.3.2 Les glycopeptides ................................................................................................................. 13 1.3.3 La fosfomycine ...................................................................................................................... 13 1.4 Antibiotiques agissant au niveau de la synthèse de l’ADN bactérien ............................................. 13 1.4.1 Les fluoroquinolones ....................................................................................................... 13 1.4.2 Les sulfamides .................................................................................................................. 14 1.4.3 La rifampicine .................................................................................................................... 14 1.4.4 Les nitrofuranes ................................................................................................................ 14 1.4.5 Les 5-nitroimidazolés ....................................................................................................... 14 1.5 Antibiotiques agissant au niveau de la synthèse protéique ...................................................... 14 1.6 Résistance aux antibiotiques : ......................................................................................................... 15 1.6.1 Inactivation enzymatique des antibiotiques : .......................................................................... 16 1.6.2 Défaut de perméabilité de la membrane bactérienne : ........................................................... 16 1.6.2.1 Pompe à efflux : ................................................................................................................. 16 1.6.3 Modification de la cible : .......................................................................................................... 16 1.7 β-lactamases .................................................................................................................................... 17 1.7.1 Les β-lactamases à spectre étendu ............................................................................... 20 1.7.2 β-lactamases résistantes au inhibiteurs ........................................................................ 20 1.7.3 β-lactamases AmpC ......................................................................................................... 21 1.7.4 Les carbapénèmases ....................................................................................................... 21 1. IMP ............................................................................................................................................ 21 2. VIM ............................................................................................................................................ 21 3. NDM .......................................................................................................................................... 22 4. KPC ............................................................................................................................................. 23 5. OXA-48 ....................................................................................................................................... 23 1.7.5 Les types de β-lactamases ....................................................................................... 24 1. TEM β-lactamases (Temoneira – Nom du patient) ................................................................... 24 2. SHV β-lactamases (SulfHydryl Variable) .................................................................................... 24 3. CTX-M β-lactamases (CéfoTaXimase-Munich) .......................................................................... 24 4. OXA β-lactamases (Oxacillinase) ............................................................................................... 25 1.7.6 Détection des β-lactamases ............................................................................................ 26 1.7.6.1 Techniques « microbiologiques » ...................................................................................... 26 1.7.6.2 Détection par biologie moléculaire ................................................................................... 28 Matériel et Méthode 2.1 Matériel ........................................................................................................................................... 30 2.2 Méthodes ........................................................................................................................................ 30 2.2.1 Identification de l’espèce bactérienne ..................................................................................... 31 2.2.2 Test de sensibilité aux antibiotiques ........................................................................................ 32 2.2.3 Recherche de mécanismes de résistance par PCR end-point .................................................. 33 2.2.4 Réalisation d’amplification PCR en vue d’un séquençage des gènes de résistance détectés lors des multiplex. .................................................................................................................................... 34 2.2.5 Détermination des groupes phylogénétiques des souches d’Escherichia coli ......................... 35 2.2.6 MLST (Multilocus sequence typing) ......................................................................................... 36 2.2.7 Protocole d’extraction de plasmide par la méthode de Kieser ................................................ 36 Résultats et discussion 3.1 Résultats .......................................................................................................................................... 39 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65533 Caractérisation de souches d'Escherichia coli productrices de bêta-lactamases provenant d'animaux de zoo [TFE / Mémoire] / Julie HAGER, Auteur . - 2015. Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale  CHU Mont-Godinne  Antibiotiques : types  B-LACTAMASES  Escherichia Coli Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Résumé L’usage intempestif des antibiotiques, conduit à l’apparition de mécanismes de résistances développés par les bactéries. Les BLSE (β-lactamases à spectre étendu) sont un de ces mécanismes. Les BLSE sont des enzymes capables d’hydrolyser les céphalosporines à spectre étendu, elles sont souvent retrouvées chez les entérobactéries que ce soit chez l’homme ou chez les animaux. L’objectif de ce travail était la caractérisation de souches productrices de β-lactamases provenant d’animaux du zoo. Ce sont 24 souches bactériennes de type Escherichia coli provenant de divers animaux qui ont été caractérisées grâce à différentes techniques. Sur ces souches ont été réalisées : une identification par technique de spectrométrie de masse (Maldi-tof), l’établissement d’un profil de résistance par la méthode de l’antibiogramme et par PCR multiplex, un séquençage des gènes de résistance découvert par PCR, un classement en groupe phylogénétique, une caractérisation épidémiologique et une extraction plasmidique. Les résultats obtenus par ces techniques nous ont permis d’affirmer la présence de BLSE chez les souches provenant d’animaux et de déterminer si celles-ci étaient de type commensal ou pouvant causer des infections extra-intestinales. Mais également de voir des profils similaires entre les souches en fonction des plasmides portés et de caractériser la souche au niveau épidémiologique afin de connaitre les différents clones déjà rencontrés dans le monde. Note de contenu : Table des matières Introduction 1.1 Présentation du lieu de stage ................................................................................................. 8 1.2 Les antibiotiques ....................................................................................................................... 8 1.3 Les antibiotiques agissant au niveau de la synthèse de la paroi des bactéries ........................ 10 1.3.1 β-lactamines ......................................................................................................................... 10 1.3.1.1 Pénicillines ...................................................................................................................... 11 1.3.1.2 Les céphalosporines ou Céphènes ............................................................................ 12 1.3.1.3 Les pénèmes .................................................................................................................. 12 1.3.1.4 Les monobactames ....................................................................................................... 13 1.3.2 Les glycopeptides ................................................................................................................. 13 1.3.3 La fosfomycine ...................................................................................................................... 13 1.4 Antibiotiques agissant au niveau de la synthèse de l’ADN bactérien ............................................. 13 1.4.1 Les fluoroquinolones ....................................................................................................... 13 1.4.2 Les sulfamides .................................................................................................................. 14 1.4.3 La rifampicine .................................................................................................................... 14 1.4.4 Les nitrofuranes ................................................................................................................ 14 1.4.5 Les 5-nitroimidazolés ....................................................................................................... 14 1.5 Antibiotiques agissant au niveau de la synthèse protéique ...................................................... 14 1.6 Résistance aux antibiotiques : ......................................................................................................... 15 1.6.1 Inactivation enzymatique des antibiotiques : .......................................................................... 16 1.6.2 Défaut de perméabilité de la membrane bactérienne : ........................................................... 16 1.6.2.1 Pompe à efflux : ................................................................................................................. 16 1.6.3 Modification de la cible : .......................................................................................................... 16 1.7 β-lactamases .................................................................................................................................... 17 1.7.1 Les β-lactamases à spectre étendu ............................................................................... 20 1.7.2 β-lactamases résistantes au inhibiteurs ........................................................................ 20 1.7.3 β-lactamases AmpC ......................................................................................................... 21 1.7.4 Les carbapénèmases ....................................................................................................... 21 1. IMP ............................................................................................................................................ 21 2. VIM ............................................................................................................................................ 21 3. NDM .......................................................................................................................................... 22 4. KPC ............................................................................................................................................. 23 5. OXA-48 ....................................................................................................................................... 23 1.7.5 Les types de β-lactamases ....................................................................................... 24 1. TEM β-lactamases (Temoneira – Nom du patient) ................................................................... 24 2. SHV β-lactamases (SulfHydryl Variable) .................................................................................... 24 3. CTX-M β-lactamases (CéfoTaXimase-Munich) .......................................................................... 24 4. OXA β-lactamases (Oxacillinase) ............................................................................................... 25 1.7.6 Détection des β-lactamases ............................................................................................ 26 1.7.6.1 Techniques « microbiologiques » ...................................................................................... 26 1.7.6.2 Détection par biologie moléculaire ................................................................................... 28 Matériel et Méthode 2.1 Matériel ........................................................................................................................................... 30 2.2 Méthodes ........................................................................................................................................ 30 2.2.1 Identification de l’espèce bactérienne ..................................................................................... 31 2.2.2 Test de sensibilité aux antibiotiques ........................................................................................ 32 2.2.3 Recherche de mécanismes de résistance par PCR end-point .................................................. 33 2.2.4 Réalisation d’amplification PCR en vue d’un séquençage des gènes de résistance détectés lors des multiplex. .................................................................................................................................... 34 2.2.5 Détermination des groupes phylogénétiques des souches d’Escherichia coli ......................... 35 2.2.6 MLST (Multilocus sequence typing) ......................................................................................... 36 2.2.7 Protocole d’extraction de plasmide par la méthode de Kieser ................................................ 36 Résultats et discussion 3.1 Résultats .......................................................................................................................................... 39 Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65533

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