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2 résultat(s) recherche sur le mot-clé 'laboratoire hospitalier universitaire de Bruxelles'
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Mise au point d’une méthode de confirmation des drogues urinaires par LC-MS/MS / Hermann Wouantou Djoumatchou
Titre : Mise au point d’une méthode de confirmation des drogues urinaires par LC-MS/MS Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Hermann Wouantou Djoumatchou, Auteur Editeur : Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale Année de publication : 2021 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur Langues : Français (fre) Mots-clés : aboratoire LHUB-ULB Laboratoire Hospitalier Universitaire de Bruxelles Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Les intoxications aux abus de drogues deviennent de plus en plus un problème réel dans notre quotidien dans la mesure où ces substances ont des effets indésirables pouvant nuire à notre société. Ces substances sont également capables de dégrader la santé des individus qui en consomme. Les procédures d’accompagnements, d’urgences et de justices font recourt aux laboratoires de toxicologie pour faire diminuer les cas d’intoxications aux abus de drogues. Au laboratoire, plusieurs échantillons peuvent être recueillit. Cependant, l’urine reste le milieu le plus usuel dans le dépistage de drogues car elle offre un grand volume. Les méthodes d’analyses sont généralement, dans un premier temps, de type immunologique c’est-à-dire basée sur la reconnaissance d’un anticorps et d’un antigène. Dans second temps, et surtout dans le but de confirmer les résultats, ces méthodes sont de type chromatographique. Les méthodes chromatographiques sont basées sur la séparation de composés entre deux phases non miscibles. Couplée à un spectromètre de masse, ces méthodes offrent une meilleure spécificité comparée aux méthodes immunologiques. Nous avons travaillé sur un système de type HPLC 1260, modèle « Infinity » couplé à unsystème LCMS-MS 6490 de la firme Agilent Technologies.
L’utilisation d’une librairie « forensic drugs » du logiciel Masshunter (Agilent Technologies) a permis de créer cinq méthodes en mode MRM (méthode AMPHE, méthode BARBI/THC, méthode BENZO, méthode MTD/COCA, Méthode OPI) pour chaque famille de drogues. La préparation des échantillons se résume en une simple dilution de l’urine. Nous avons utilisé un ‘Mix’ de la firme Chromsysems nommé: MassTox® Drugs of abuse testing urine Screening Standard Set (référence ; 96033) afin de créer et de tester les méthodes. Une fois les méthodes optimisées, celles-ci ont été évaluées à partir d’échantillons urinaires issus de la routine du laboratoire.Note de contenu : TABLE DES MATIERES
REMERCIEMENTS .................................................................................................................. 4
PRÉSENTATION DU LIEU DE STAGE. ................................................................................ 5
INTRODUCTION...................................................................................................................... 8
1 CONTEXTE THEORIQUE................................................................................................ 9
1.1 Définition..................................................................................................................... 9
1.2 Mécanisme d’action................................................................................................... 10
1.3 Classification ............................................................................................................. 12
1.4 Milieux d’analyse des drogues .................................................................................. 14
1.4.1 L’urine ................................................................................................................ 14
1.4.2 Le sang ............................................................................................................... 14
1.4.3 La salive ............................................................................................................. 14
1.4.4 Autres milieux (cheveux) ................................................................................... 15
1.5 Méthodes analytiques ................................................................................................ 15
1.5.1 Méthodes immunochimiques ............................................................................. 15
1.5.2 Méthodes chromatographiques .......................................................................... 16
2 OBJECTIF ........................................................................................................................ 18
3 MATERIEL ET METHODES.......................................................................................... 19
3.1 Matériel commercial de référence ............................................................................. 19
3.1.1 Kit commercial pour l’analyse des drogues urinaires sur Cobas ....................... 19
3.1.2 Mix pour l’analyse des drogues urinaires par LC-MS/MS ................................ 19
3.1.3 Librairie de transitions pour la détection des drogues par LC-MS-MS ............. 19
3.2 Appareillages ............................................................................................................. 20
3.2.1 Cobas .................................................................................................................. 20
3.2.2 HPLC.................................................................................................................. 20
3.2.3 Spectromètre de masse ....................................................................................... 21
3.3 Paramètres analytiques .............................................................................................. 24
3.3.1 Chromatographie liquide (pour l’ensemble des méthodes)................................ 24
3.3.2 Spectrométrie de masse ...................................................................................... 25
3.4 Echantillon................................................................................................................. 26
4 RESULTATS ET DISCUSSION ..................................................................................... 27
4.1 Méthode de confirmation de la firme Agilent Technologies..................................... 27
4.1.1 Test de la méthode unitaire avec le mix de la firme Chromsystems.................. 27
4.2 Création de 5 méthodes de confirmation en mode MRM ......................................... 28
4.2.1 But ...................................................................................................................... 28
4.2.2 Méthodologie : utilisation de la bibliothèque « forensic drugs »....................... 28
4.2.3 Méthode AMPHE............................................................................................... 29
4.2.4 Méthode BARBI/THC ....................................................................................... 30
4.2.5 Méthode BENZO ............................................................................................... 30
4.2.6 Méthode MTD/COCA........................................................................................ 31
4.2.7 Méthode OPI ...................................................................................................... 32
4.3 Optimisation des méthodes........................................................................................ 32
4.3.1 Dwell Time......................................................................................................... 32
4.3.2 Volume d’injection et dilution de l’échantillon ................................................. 35
4.3.3 Mode « Time Segment » .................................................................................... 37
4.4 Évaluation des différentes méthodes à partir d’échantillons urinaires issus de la
routine du laboratoire............................................................................................................ 38
4.4.1 Méthode AMPHE............................................................................................... 38
4.4.2 Méthode BARBI/THC ....................................................................................... 40
4.4.3 Méthode BENZO ............................................................................................... 40
4.4.4 Méthode MTD/COCA........................................................................................ 43
4.4.5 Méthode OPI ...................................................................................................... 44
CONCLUSION ET PERSPECTIVES ..................................................................................... 46
Table d’abréviations ................................................................................................................. 47
TABLE DES FIGURES.......................................................................................................... 49
BIBLIOGRAPHIE ................................................................................................................... 51
ANNEXES ............................................................................................................................... 54
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=100373 Mise au point d’une méthode de confirmation des drogues urinaires par LC-MS/MS [TFE / Mémoire] / Hermann Wouantou Djoumatchou, Auteur . - Montignies-sur-Sambre : Helha. Paramédical - Biologie médicale, 2021.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez-vous connecter pour accéder à votre compte lecteur
Langues : Français (fre)
Mots-clés : aboratoire LHUB-ULB Laboratoire Hospitalier Universitaire de Bruxelles Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Résumé : Les intoxications aux abus de drogues deviennent de plus en plus un problème réel dans notre quotidien dans la mesure où ces substances ont des effets indésirables pouvant nuire à notre société. Ces substances sont également capables de dégrader la santé des individus qui en consomme. Les procédures d’accompagnements, d’urgences et de justices font recourt aux laboratoires de toxicologie pour faire diminuer les cas d’intoxications aux abus de drogues. Au laboratoire, plusieurs échantillons peuvent être recueillit. Cependant, l’urine reste le milieu le plus usuel dans le dépistage de drogues car elle offre un grand volume. Les méthodes d’analyses sont généralement, dans un premier temps, de type immunologique c’est-à-dire basée sur la reconnaissance d’un anticorps et d’un antigène. Dans second temps, et surtout dans le but de confirmer les résultats, ces méthodes sont de type chromatographique. Les méthodes chromatographiques sont basées sur la séparation de composés entre deux phases non miscibles. Couplée à un spectromètre de masse, ces méthodes offrent une meilleure spécificité comparée aux méthodes immunologiques. Nous avons travaillé sur un système de type HPLC 1260, modèle « Infinity » couplé à unsystème LCMS-MS 6490 de la firme Agilent Technologies.
L’utilisation d’une librairie « forensic drugs » du logiciel Masshunter (Agilent Technologies) a permis de créer cinq méthodes en mode MRM (méthode AMPHE, méthode BARBI/THC, méthode BENZO, méthode MTD/COCA, Méthode OPI) pour chaque famille de drogues. La préparation des échantillons se résume en une simple dilution de l’urine. Nous avons utilisé un ‘Mix’ de la firme Chromsysems nommé: MassTox® Drugs of abuse testing urine Screening Standard Set (référence ; 96033) afin de créer et de tester les méthodes. Une fois les méthodes optimisées, celles-ci ont été évaluées à partir d’échantillons urinaires issus de la routine du laboratoire.Note de contenu : TABLE DES MATIERES
REMERCIEMENTS .................................................................................................................. 4
PRÉSENTATION DU LIEU DE STAGE. ................................................................................ 5
INTRODUCTION...................................................................................................................... 8
1 CONTEXTE THEORIQUE................................................................................................ 9
1.1 Définition..................................................................................................................... 9
1.2 Mécanisme d’action................................................................................................... 10
1.3 Classification ............................................................................................................. 12
1.4 Milieux d’analyse des drogues .................................................................................. 14
1.4.1 L’urine ................................................................................................................ 14
1.4.2 Le sang ............................................................................................................... 14
1.4.3 La salive ............................................................................................................. 14
1.4.4 Autres milieux (cheveux) ................................................................................... 15
1.5 Méthodes analytiques ................................................................................................ 15
1.5.1 Méthodes immunochimiques ............................................................................. 15
1.5.2 Méthodes chromatographiques .......................................................................... 16
2 OBJECTIF ........................................................................................................................ 18
3 MATERIEL ET METHODES.......................................................................................... 19
3.1 Matériel commercial de référence ............................................................................. 19
3.1.1 Kit commercial pour l’analyse des drogues urinaires sur Cobas ....................... 19
3.1.2 Mix pour l’analyse des drogues urinaires par LC-MS/MS ................................ 19
3.1.3 Librairie de transitions pour la détection des drogues par LC-MS-MS ............. 19
3.2 Appareillages ............................................................................................................. 20
3.2.1 Cobas .................................................................................................................. 20
3.2.2 HPLC.................................................................................................................. 20
3.2.3 Spectromètre de masse ....................................................................................... 21
3.3 Paramètres analytiques .............................................................................................. 24
3.3.1 Chromatographie liquide (pour l’ensemble des méthodes)................................ 24
3.3.2 Spectrométrie de masse ...................................................................................... 25
3.4 Echantillon................................................................................................................. 26
4 RESULTATS ET DISCUSSION ..................................................................................... 27
4.1 Méthode de confirmation de la firme Agilent Technologies..................................... 27
4.1.1 Test de la méthode unitaire avec le mix de la firme Chromsystems.................. 27
4.2 Création de 5 méthodes de confirmation en mode MRM ......................................... 28
4.2.1 But ...................................................................................................................... 28
4.2.2 Méthodologie : utilisation de la bibliothèque « forensic drugs »....................... 28
4.2.3 Méthode AMPHE............................................................................................... 29
4.2.4 Méthode BARBI/THC ....................................................................................... 30
4.2.5 Méthode BENZO ............................................................................................... 30
4.2.6 Méthode MTD/COCA........................................................................................ 31
4.2.7 Méthode OPI ...................................................................................................... 32
4.3 Optimisation des méthodes........................................................................................ 32
4.3.1 Dwell Time......................................................................................................... 32
4.3.2 Volume d’injection et dilution de l’échantillon ................................................. 35
4.3.3 Mode « Time Segment » .................................................................................... 37
4.4 Évaluation des différentes méthodes à partir d’échantillons urinaires issus de la
routine du laboratoire............................................................................................................ 38
4.4.1 Méthode AMPHE............................................................................................... 38
4.4.2 Méthode BARBI/THC ....................................................................................... 40
4.4.3 Méthode BENZO ............................................................................................... 40
4.4.4 Méthode MTD/COCA........................................................................................ 43
4.4.5 Méthode OPI ...................................................................................................... 44
CONCLUSION ET PERSPECTIVES ..................................................................................... 46
Table d’abréviations ................................................................................................................. 47
TABLE DES FIGURES.......................................................................................................... 49
BIBLIOGRAPHIE ................................................................................................................... 51
ANNEXES ............................................................................................................................... 54
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=100373 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire Validation d’une base de données MALDI-TOF MS pour l’identification des Mycobactéries / Aferdita UKSHINAJ
Titre : Validation d’une base de données MALDI-TOF MS pour l’identification des Mycobactéries Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Aferdita UKSHINAJ, Auteur ; Delph Martiny, Directeur de la recherche Année de publication : 2017 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale laboratoire hospitalier universitaire de Bruxelles département de microbiologie. Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : TABLES DES MATIERES
INTRODUCTION ...................................................................................................................... 8
PRESENTATION DU LIEU DE STAGE ............................................................................... 10
PARTIE THEORIQUE ......................................................................................................... 12
1. GENERALITES ............................................................................................................... 12
1.1 Historique des Mycobactéries ...................................................................................... 12
1.2 Le genre Mycobacterium .............................................................................................. 13
1.3 Propriétés bactériologiques .......................................................................................... 13
1.4 Le complexe Mycobacterium tuberculosis .................................................................. 14
1.5 Les Mycobactéries non tuberculeuses .......................................................................... 15
1.6 Mycobacterium leprae .................................................................................................. 15
1.7 Modes de transmission ................................................................................................. 16
1.8 Pathologies associées aux mycobactéries .................................................................... 18
1.8.1 Espèces du complexe M. tuberculosis et la tuberculose .................................... 18
1.8.2 Pathologies des Mycobactéries non tuberculeuses ............................................. 19
1.9 Diagnostic bactériologique de routine .......................................................................... 21
1.9.1 Biosécurité .......................................................................................................... 22
1.9.2 Types de prélèvements ....................................................................................... 22
1.9.3 Prétraitement de l’échantillon ............................................................................ 24
1.9.4 Examen microscopique ...................................................................................... 24
1.9.5 Mise en culture ................................................................................................... 25
1.9.6 Identification ...................................................................................................... 27
1.9.7 Biologie Moléculaire .......................................................................................... 28
1.9.8 Antibiogramme ................................................................................................... 28
1.10 Spectrométrie de masse Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Time Of Flight (MALDI-TOF) ...................................................................................................................... 29
1.10.1 Principe général .................................................................................................. 29
1.10.2 Les particularités de la spectrométrie de masse MALDI-TOF MS ................... 30
1.10.3 Bibliothèque de données .................................................................................... 31
1.10.4 Utilisation du MALDI-TOF MS en microbiologie clinique .............................. 32
1.10.5 Identification des Mycobactéries par MALDI-TOF MS .................................... 33
8
PARTIE EXPERIMENTALE .............................................................................................. 34
2. OBJECTIF ........................................................................................................................ 34
3. MATERIELS ET METHODE .......................................................................................... 34
3.1 Souches ......................................................................................................................... 34
3.2 Préparation des souches et contrôle de la pureté ......................................................... 35
3.3 Inactivation des souches ............................................................................................... 35
3.4 Protocole d’extraction protéique .................................................................................. 36
3.5 Préparation de la plaque MALDI-TOF MS ................................................................. 38
3.6 Spectromètre de masse Biotyper Microflex LT® ........................................................ 39
3.7 Validation de la procédure d’identification des Mycobactérie par MALDI-TOF MS. 40
3.8 Analyse Statistique ....................................................................................................... 41
4. RESULTATS .................................................................................................................... 42
4.1 Validation de la procédure d’inactivation .................................................................... 42
4.2 Performances de la Mycobacteria Library version 1.0 ................................................ 42
4.3 Performances de la Mycobacteria Library version 4.0 suivant les deux protocoles d’extraction protéique ........................................................................................................... 44
4.4 Comparaison des deux protocoles d’extraction............................................................ 46
4.5 Exemples de spectres obtenus par les deux protocoles d’extraction ............................ 47
5. DISCUSSION ................................................................................................................... 48
CONCLUSION ...................................................................................................50Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65859 Validation d’une base de données MALDI-TOF MS pour l’identification des Mycobactéries [TFE / Mémoire] / Aferdita UKSHINAJ, Auteur ; Delph Martiny, Directeur de la recherche . - 2017.
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Langues : Français (fre)
Mots-clés : biologie médicale laboratoire hospitalier universitaire de Bruxelles département de microbiologie. Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : TABLES DES MATIERES
INTRODUCTION ...................................................................................................................... 8
PRESENTATION DU LIEU DE STAGE ............................................................................... 10
PARTIE THEORIQUE ......................................................................................................... 12
1. GENERALITES ............................................................................................................... 12
1.1 Historique des Mycobactéries ...................................................................................... 12
1.2 Le genre Mycobacterium .............................................................................................. 13
1.3 Propriétés bactériologiques .......................................................................................... 13
1.4 Le complexe Mycobacterium tuberculosis .................................................................. 14
1.5 Les Mycobactéries non tuberculeuses .......................................................................... 15
1.6 Mycobacterium leprae .................................................................................................. 15
1.7 Modes de transmission ................................................................................................. 16
1.8 Pathologies associées aux mycobactéries .................................................................... 18
1.8.1 Espèces du complexe M. tuberculosis et la tuberculose .................................... 18
1.8.2 Pathologies des Mycobactéries non tuberculeuses ............................................. 19
1.9 Diagnostic bactériologique de routine .......................................................................... 21
1.9.1 Biosécurité .......................................................................................................... 22
1.9.2 Types de prélèvements ....................................................................................... 22
1.9.3 Prétraitement de l’échantillon ............................................................................ 24
1.9.4 Examen microscopique ...................................................................................... 24
1.9.5 Mise en culture ................................................................................................... 25
1.9.6 Identification ...................................................................................................... 27
1.9.7 Biologie Moléculaire .......................................................................................... 28
1.9.8 Antibiogramme ................................................................................................... 28
1.10 Spectrométrie de masse Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Time Of Flight (MALDI-TOF) ...................................................................................................................... 29
1.10.1 Principe général .................................................................................................. 29
1.10.2 Les particularités de la spectrométrie de masse MALDI-TOF MS ................... 30
1.10.3 Bibliothèque de données .................................................................................... 31
1.10.4 Utilisation du MALDI-TOF MS en microbiologie clinique .............................. 32
1.10.5 Identification des Mycobactéries par MALDI-TOF MS .................................... 33
8
PARTIE EXPERIMENTALE .............................................................................................. 34
2. OBJECTIF ........................................................................................................................ 34
3. MATERIELS ET METHODE .......................................................................................... 34
3.1 Souches ......................................................................................................................... 34
3.2 Préparation des souches et contrôle de la pureté ......................................................... 35
3.3 Inactivation des souches ............................................................................................... 35
3.4 Protocole d’extraction protéique .................................................................................. 36
3.5 Préparation de la plaque MALDI-TOF MS ................................................................. 38
3.6 Spectromètre de masse Biotyper Microflex LT® ........................................................ 39
3.7 Validation de la procédure d’identification des Mycobactérie par MALDI-TOF MS. 40
3.8 Analyse Statistique ....................................................................................................... 41
4. RESULTATS .................................................................................................................... 42
4.1 Validation de la procédure d’inactivation .................................................................... 42
4.2 Performances de la Mycobacteria Library version 1.0 ................................................ 42
4.3 Performances de la Mycobacteria Library version 4.0 suivant les deux protocoles d’extraction protéique ........................................................................................................... 44
4.4 Comparaison des deux protocoles d’extraction............................................................ 46
4.5 Exemples de spectres obtenus par les deux protocoles d’extraction ............................ 47
5. DISCUSSION ................................................................................................................... 48
CONCLUSION ...................................................................................................50Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65859 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire