Centre de Documentation Campus Montignies
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Mercredi 9h-16h30
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Comparaison de méthodes de détermination de sensibilité à la colistine chez les entérobactéries, les Pseudomonas et les Acinetobacter. / Yves Van Wijnsberghe
Titre : Comparaison de méthodes de détermination de sensibilité à la colistine chez les entérobactéries, les Pseudomonas et les Acinetobacter. Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Yves Van Wijnsberghe, Auteur ; Julie Schmitz, Directeur de la recherche Année de publication : 2017 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale CHU Dinant-Godinne UCL Namur CNR microbiologie Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Présentation du lieu de stage......................................................................................................... 4
Introduction théorique .................................................................................................................. 5
Notions générales ..................................................................................................................... 5
Qu’est-ce qu’un bacille Gram négatif ? ....................................................................................... 5
Les entérobactéries................................................................................................................ 6
Les bacilles Gram négatif non fermentants .............................................................................. 6
Les bactéries multi-résistantes ................................................................................................... 7
Définition d’un antibiotique.................................................................................................... 7
Historique ............................................................................................................................. 7
Les enjeux ............................................................................................................................. 8
Mécanismes d’actions des antibiotiques ..................................................................................... 9
Mécanismes de défense bactérienne.........................................................................................10
Acquisition de résistance ..........................................................................................................12
La séquence d’insertion (IS) ...................................................................................................12
Le transposon .......................................................................................................................12
Le système : intégrons - gènes casettes ..................................................................................14
Concentration Minimale Inhibitrice (CMI) ..................................................................................14
Concentration minimale bactéricide (CMB) ................................................................................14
Le rapport CMB/CMI ................................................................................................................14
La colistine ...............................................................................................................................15
Mécanismes d’actions de la colistine .........................................................................................16
Mécanismes de résistance à la colistine .....................................................................................17 Résistance à la colistine acquise par mutation ........................................................................17
Les gènes dépendant des deux composantes PmrA-PmrB et PhoP-PhoQ..................................18
Les gènes non liés aux composantes PhoPQ et PmrAB ............................................................21
Les résistances acquises par transmission de plasmide ...............................................................22
Les plasmides véhiculant les gènes de résistances...................................................................24
Méthodes de détermination des résistances et des sensibilités bactériennes à la colistine ...........24
Méthode du Sensititre™ (Thermo Scientific) ...........................................................................25
Méthode UMIC (Biocentric) ...................................................................................................25
Méthode MIC-Strip (Merlin) ..................................................................................................26
L’origine des souches................................................................................................................26
Détermination de l’espèce bactérienne (Maldi-TOF) ...............................................................27
Page | 2
Détermination de sensibilité à la colistine chez les bacilles Gram négatif pathogènes
Les souches American type culture collection (ATCC)..................................................................29
Que sont-elles ? ....................................................................................................................29
La souche de collection .............................................................................................................30
Validation technique .............................................................................................................30
Validation clinique ................................................................................................................32
But du stage ................................................................................................................................34
Matériel & méthodes ...................................................................................................................34
Les souches..............................................................................................................................34
Mise en culture des souches bactériennes d’intérêts ..............................................................36
Méthode Sensititre™ (Thermo Scientific) ...................................................................................36
Mode opératoire ..................................................................................................................36
Matériel & stockage ..............................................................................................................37
Méthode MIC-STRIP .................................................................................................................37
Mode opératoire ..................................................................................................................37
Matériel & stockage ..............................................................................................................38
Méthode UMIC ........................................................................................................................38
Mode opératoire ..................................................................................................................38
Matériel & stockage ..............................................................................................................38
Protocole généralisé .................................................................................................................39
Résultats .....................................................................................................................................40
Validation technique ................................................................................................................40
Validation clinique....................................................................................................................41
Méthode MIC-Strip (Merlin) ..................................................................................................41
Méthode UMIC (Biocentric) ...................................................................................................42
Comparaison de la méthode UMIC à la méthode MIC-Strip .....................................................44
Discussion....................................................................................................................................44
Validation technique ................................................................................................................44
Validation clinique....................................................................................................................44
Méthode MIC-Strip (Merlin) ..................................................................................................44
Méthode UMIC (Biocentric) ...................................................................................................47
Comparaison de la méthode UMIC à la méthode MIC-Strip .....................................................48
Conclusion ...................................................................................................................................49
Liste des tableaux.........................................................................................................................51
Liste des figures ...........................................................................................................................52
Page | 3
Détermination de sensibilité à la colistine chez les bacilles Gram négatif pathogènes
Liste des abréviations ...................................................................................................................53
Bibliographie ...............................................................................................................................54
Annexes ......................................................................................................................................58
Validation technique résultats bruts ..........................................................................................58
ATCC Escherichia coli ............................................................................................................58
ATCC Pseudomonas aeruginosa 27853 ...................................................................................59
Souche de collection S08-56 ..................................................................................................61Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65863 Comparaison de méthodes de détermination de sensibilité à la colistine chez les entérobactéries, les Pseudomonas et les Acinetobacter. [TFE / Mémoire] / Yves Van Wijnsberghe, Auteur ; Julie Schmitz, Directeur de la recherche . - 2017.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : biologie médicale CHU Dinant-Godinne UCL Namur CNR microbiologie Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Présentation du lieu de stage......................................................................................................... 4
Introduction théorique .................................................................................................................. 5
Notions générales ..................................................................................................................... 5
Qu’est-ce qu’un bacille Gram négatif ? ....................................................................................... 5
Les entérobactéries................................................................................................................ 6
Les bacilles Gram négatif non fermentants .............................................................................. 6
Les bactéries multi-résistantes ................................................................................................... 7
Définition d’un antibiotique.................................................................................................... 7
Historique ............................................................................................................................. 7
Les enjeux ............................................................................................................................. 8
Mécanismes d’actions des antibiotiques ..................................................................................... 9
Mécanismes de défense bactérienne.........................................................................................10
Acquisition de résistance ..........................................................................................................12
La séquence d’insertion (IS) ...................................................................................................12
Le transposon .......................................................................................................................12
Le système : intégrons - gènes casettes ..................................................................................14
Concentration Minimale Inhibitrice (CMI) ..................................................................................14
Concentration minimale bactéricide (CMB) ................................................................................14
Le rapport CMB/CMI ................................................................................................................14
La colistine ...............................................................................................................................15
Mécanismes d’actions de la colistine .........................................................................................16
Mécanismes de résistance à la colistine .....................................................................................17 Résistance à la colistine acquise par mutation ........................................................................17
Les gènes dépendant des deux composantes PmrA-PmrB et PhoP-PhoQ..................................18
Les gènes non liés aux composantes PhoPQ et PmrAB ............................................................21
Les résistances acquises par transmission de plasmide ...............................................................22
Les plasmides véhiculant les gènes de résistances...................................................................24
Méthodes de détermination des résistances et des sensibilités bactériennes à la colistine ...........24
Méthode du Sensititre™ (Thermo Scientific) ...........................................................................25
Méthode UMIC (Biocentric) ...................................................................................................25
Méthode MIC-Strip (Merlin) ..................................................................................................26
L’origine des souches................................................................................................................26
Détermination de l’espèce bactérienne (Maldi-TOF) ...............................................................27
Page | 2
Détermination de sensibilité à la colistine chez les bacilles Gram négatif pathogènes
Les souches American type culture collection (ATCC)..................................................................29
Que sont-elles ? ....................................................................................................................29
La souche de collection .............................................................................................................30
Validation technique .............................................................................................................30
Validation clinique ................................................................................................................32
But du stage ................................................................................................................................34
Matériel & méthodes ...................................................................................................................34
Les souches..............................................................................................................................34
Mise en culture des souches bactériennes d’intérêts ..............................................................36
Méthode Sensititre™ (Thermo Scientific) ...................................................................................36
Mode opératoire ..................................................................................................................36
Matériel & stockage ..............................................................................................................37
Méthode MIC-STRIP .................................................................................................................37
Mode opératoire ..................................................................................................................37
Matériel & stockage ..............................................................................................................38
Méthode UMIC ........................................................................................................................38
Mode opératoire ..................................................................................................................38
Matériel & stockage ..............................................................................................................38
Protocole généralisé .................................................................................................................39
Résultats .....................................................................................................................................40
Validation technique ................................................................................................................40
Validation clinique....................................................................................................................41
Méthode MIC-Strip (Merlin) ..................................................................................................41
Méthode UMIC (Biocentric) ...................................................................................................42
Comparaison de la méthode UMIC à la méthode MIC-Strip .....................................................44
Discussion....................................................................................................................................44
Validation technique ................................................................................................................44
Validation clinique....................................................................................................................44
Méthode MIC-Strip (Merlin) ..................................................................................................44
Méthode UMIC (Biocentric) ...................................................................................................47
Comparaison de la méthode UMIC à la méthode MIC-Strip .....................................................48
Conclusion ...................................................................................................................................49
Liste des tableaux.........................................................................................................................51
Liste des figures ...........................................................................................................................52
Page | 3
Détermination de sensibilité à la colistine chez les bacilles Gram négatif pathogènes
Liste des abréviations ...................................................................................................................53
Bibliographie ...............................................................................................................................54
Annexes ......................................................................................................................................58
Validation technique résultats bruts ..........................................................................................58
ATCC Escherichia coli ............................................................................................................58
ATCC Pseudomonas aeruginosa 27853 ...................................................................................59
Souche de collection S08-56 ..................................................................................................61Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65863 Exemplaires
Cote Support Localisation Section Disponibilité aucun exemplaire