Centre de Documentation Campus Montignies
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Auteur Morgane EMMERECHTS |
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Etude des modes de conservations de frottis sanguins pour la biobanque / Morgane EMMERECHTS
Titre : Etude des modes de conservations de frottis sanguins pour la biobanque Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Morgane EMMERECHTS, Auteur Année de publication : 2016 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : erythrocytes CHU UCL Namur Mont Godinne leucocytes granulocytes lymphocytes monocytes thrombocytes immunophénotypage sang anticorps cytométrie en flux Mau-Grünwald Giemsa myéloperoxydase double estérase congélation coloration coenzymatique immunomarquage Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Présentation du lieu du stage .................................................................................................. 13
Introduction .............................................................................................................................. 15
Partie théorique ....................................................................................................................... 17
1. Les acides nucléiques ....................................................................................................... 17
2. Le gène ............................................................................................................................. 18
3. Du proto-oncogène à l’oncogène ..................................................................................... 20
4. Les mutations ................................................................................................................... 20
5. Le gène Jak2 ..................................................................................................................... 23
6. Syndrome myéloprolifératif ............................................................................................. 23
7. Les cyclines ....................................................................................................................... 25
8. Myélome multiple ............................................................................................................ 26
9. Droplet Digital PCR ........................................................................................................... 27
9. a. Point de départ en pré-PCR : .................................................................................... 28
9. b. Étape 1 : création des gouttelettes grâce au générateur de gouttelettes : ............. 29
9. c. Étape 2 : amplification par PCR : .............................................................................. 30
9. d. Étape 3 : lecture des gouttelettes grâce au lecteur automatique : ......................... 32
9. e. Étape 4 : analyse des résultats par le logiciel QuantaSoft : ..................................... 33
Objectifs et stratégie ................................................................................................................ 37
Partie pratique.......................................................................................................................... 37
1. Dossier de validation ........................................................................................................ 37
2. Dossier de validation pour la recherche de la mutation V617F sur le gène Jak2 par ddPCR ................................................................................................................................... 38
2. a. Manipulation pour les différents paramètres .......................................................... 38
Matériel et méthode .................................................................................................... 38
Mode opératoire ......................................................................................................... 38
10
2. b. Détermination du seuil en ddPCR pour la mutation V617F du gène Jak2 ............... 41
Mise en pratique : Analyse d’une série d’échantillons négatifs et un positif .............. 41
2. c. Répétabilité ............................................................................................................... 43
Mise en pratique : échantillon répété .......................................................................... 43
2. d. Reproductibilité ........................................................................................................ 44
Mise en pratique 1 : jours différents ............................................................................ 44
Mise en pratique 2 : générateur de gouttelettes différents ........................................ 45
2. e. Robustesse ................................................................................................................ 46
Mise en pratique 1 : volumes différents ...................................................................... 46
Mise en pratique 2 : concentrations en ADN différentes ............................................ 48
Mise en pratique 3 : différents volumes avant émulsions ........................................... 49
Mise en pratique 4 : volumes après émulsions différents ........................................... 51
2. f. Sensibilité .................................................................................................................. 52
Mise en pratique : pourcentages différents ................................................................ 52
2. g. Limite de détection ................................................................................................... 53
Mise en pratique : à 0.5% ............................................................................................. 53
2. h. Linéarité .................................................................................................................... 54
Mise en pratique : proportionnalité de concentrations .............................................. 54
2. i. Comparaison de deux méthodes d’analyse : le pyroséquençage et la ddPCR ......... 56
Mode opératoire ......................................................................................................... 57
Mise en pratique 1 : JAK2 de 9.6 à 0.9% ...................................................................... 59
Mise en pratique 2 : vrais ou faux positifs ? ................................................................ 61
3. Dossier de validation pour la recherche de la surexpression en cycline D1 par ddPCR .. 63
3. a. Manipulation pour les différents paramètres .......................................................... 63
Matériel et méthode .................................................................................................... 63
Mode opératoire .......................................................................................................... 63
11
3. b. Linéarité .................................................................................................................... 64
Mise en pratique : dilutions de plasmides en CD1, CD3 et CD1/CD3 .......................... 64
3. c. Spécificité .................................................................................................................. 65
Mise en pratique : dilutions des plasmides en CD1 et CD3 avec des sondes non spécifiques .................................................................................................................... 65
3. d. Établissement d’un seuil de sensibilité .................................................................... 66
Mise en pratique : échantillons négatifs ...................................................................... 66
3. e. Série d’échantillons négatifs et positifs .................................................................... 70
Mise en pratique : comparaison qPCR avec ddPCR ..................................................... 70
3. f. Répétabilité ............................................................................................................... 71
Mise en pratique : positif fort, positif faible, négatif fort et négatif faible ................. 71
3. g. Reproductibilité ........................................................................................................ 72
Mise en pratique : K562 ............................................................................................... 72
Conclusion ................................................................................................................................ 73
Bibliographie ............................................................................................................................ 75
Annexes .................................................................................................................................... 77Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65672 Etude des modes de conservations de frottis sanguins pour la biobanque [TFE / Mémoire] / Morgane EMMERECHTS, Auteur . - 2016.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : erythrocytes CHU UCL Namur Mont Godinne leucocytes granulocytes lymphocytes monocytes thrombocytes immunophénotypage sang anticorps cytométrie en flux Mau-Grünwald Giemsa myéloperoxydase double estérase congélation coloration coenzymatique immunomarquage Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Présentation du lieu du stage .................................................................................................. 13
Introduction .............................................................................................................................. 15
Partie théorique ....................................................................................................................... 17
1. Les acides nucléiques ....................................................................................................... 17
2. Le gène ............................................................................................................................. 18
3. Du proto-oncogène à l’oncogène ..................................................................................... 20
4. Les mutations ................................................................................................................... 20
5. Le gène Jak2 ..................................................................................................................... 23
6. Syndrome myéloprolifératif ............................................................................................. 23
7. Les cyclines ....................................................................................................................... 25
8. Myélome multiple ............................................................................................................ 26
9. Droplet Digital PCR ........................................................................................................... 27
9. a. Point de départ en pré-PCR : .................................................................................... 28
9. b. Étape 1 : création des gouttelettes grâce au générateur de gouttelettes : ............. 29
9. c. Étape 2 : amplification par PCR : .............................................................................. 30
9. d. Étape 3 : lecture des gouttelettes grâce au lecteur automatique : ......................... 32
9. e. Étape 4 : analyse des résultats par le logiciel QuantaSoft : ..................................... 33
Objectifs et stratégie ................................................................................................................ 37
Partie pratique.......................................................................................................................... 37
1. Dossier de validation ........................................................................................................ 37
2. Dossier de validation pour la recherche de la mutation V617F sur le gène Jak2 par ddPCR ................................................................................................................................... 38
2. a. Manipulation pour les différents paramètres .......................................................... 38
Matériel et méthode .................................................................................................... 38
Mode opératoire ......................................................................................................... 38
10
2. b. Détermination du seuil en ddPCR pour la mutation V617F du gène Jak2 ............... 41
Mise en pratique : Analyse d’une série d’échantillons négatifs et un positif .............. 41
2. c. Répétabilité ............................................................................................................... 43
Mise en pratique : échantillon répété .......................................................................... 43
2. d. Reproductibilité ........................................................................................................ 44
Mise en pratique 1 : jours différents ............................................................................ 44
Mise en pratique 2 : générateur de gouttelettes différents ........................................ 45
2. e. Robustesse ................................................................................................................ 46
Mise en pratique 1 : volumes différents ...................................................................... 46
Mise en pratique 2 : concentrations en ADN différentes ............................................ 48
Mise en pratique 3 : différents volumes avant émulsions ........................................... 49
Mise en pratique 4 : volumes après émulsions différents ........................................... 51
2. f. Sensibilité .................................................................................................................. 52
Mise en pratique : pourcentages différents ................................................................ 52
2. g. Limite de détection ................................................................................................... 53
Mise en pratique : à 0.5% ............................................................................................. 53
2. h. Linéarité .................................................................................................................... 54
Mise en pratique : proportionnalité de concentrations .............................................. 54
2. i. Comparaison de deux méthodes d’analyse : le pyroséquençage et la ddPCR ......... 56
Mode opératoire ......................................................................................................... 57
Mise en pratique 1 : JAK2 de 9.6 à 0.9% ...................................................................... 59
Mise en pratique 2 : vrais ou faux positifs ? ................................................................ 61
3. Dossier de validation pour la recherche de la surexpression en cycline D1 par ddPCR .. 63
3. a. Manipulation pour les différents paramètres .......................................................... 63
Matériel et méthode .................................................................................................... 63
Mode opératoire .......................................................................................................... 63
11
3. b. Linéarité .................................................................................................................... 64
Mise en pratique : dilutions de plasmides en CD1, CD3 et CD1/CD3 .......................... 64
3. c. Spécificité .................................................................................................................. 65
Mise en pratique : dilutions des plasmides en CD1 et CD3 avec des sondes non spécifiques .................................................................................................................... 65
3. d. Établissement d’un seuil de sensibilité .................................................................... 66
Mise en pratique : échantillons négatifs ...................................................................... 66
3. e. Série d’échantillons négatifs et positifs .................................................................... 70
Mise en pratique : comparaison qPCR avec ddPCR ..................................................... 70
3. f. Répétabilité ............................................................................................................... 71
Mise en pratique : positif fort, positif faible, négatif fort et négatif faible ................. 71
3. g. Reproductibilité ........................................................................................................ 72
Mise en pratique : K562 ............................................................................................... 72
Conclusion ................................................................................................................................ 73
Bibliographie ............................................................................................................................ 75
Annexes .................................................................................................................................... 77Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65672 Exemplaires
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