Aspects virologiques, diagnostic et variants du SARS-CoV-2 : un virus au génome d’une grande plasticité / Marion Helary in La revue du praticien, Vol. 72, n° 5 (mai 2022)

Public ISBD [article]  inLa revue du praticien > Vol. 72, n° 5 (mai 2022) . - p. 494-500 Titre : Aspects virologiques, diagnostic et variants du SARS-CoV-2 : un virus au génome d’une grande plasticité Type de document : texte imprimé Auteurs : Marion Helary ; Maud Salmona ; Eve-Marie Walle ; Linda Feghoul ; Nadia Lahjoub ; Nathalie Schnepf ; Sarah Maylin ; Marie-Laure Chaix ; Jérôme Le Goff ; Constance Delaugerre Année de publication : 2022 Article en page(s) : p. 494-500 Note générale : Fait partie du dossier "Infection par le SARS-COV-2 Langues : Français (fre) Mots-clés : variants  Covid-19 Résumé : Le SARS-CoV-2 est un virus enveloppé à ARN monocaténaire linéaire non segmenté de polarité positive. L’enveloppe porte la protéine Spike (S) qui reconnaît le récepteur ACE2 sur la cellule cible et permet l’entrée du virus. Les nombreuses mutations sur la protéine S sont à l’origine d’une grande diversité génétique, impliquées dans le franchissement de la barrière d’espèce et l’échappement aux anticorps neutralisants. Le mode de transmission principal est respiratoire. Le virus réplique dès vingt-quatre heures après l’infection, et l’ARN viral est détecté par les techniques de diagnostic direct ; la technique de référence est la RT-PCR sur prélèvement nasopharyngé. Pour élargir le dépistage, la RT-PCR sur prélèvement salivaire et les tests antigéniques ont été développés. La majorité des patients développent des anticorps spécifiques en dix à quinze jours, qui sont détectables par les méthodes sérologiques ; il est recommandé de combiner la recherche des anticorps anti-N (nucléocapside) et anti-S. Le génome viral est doté d’une grande plasticité, et des variants ont émergé dès l’été 2020. Il en existe plusieurs classifications dont celle de l’Organisation mondiale de la santé qui attribue à chaque variant une lettre grecque. Enfin, Santé publique France a déployé un système de surveillance épidémiologique de ces variants à l’aide de techniques de criblage et de séquençage. Permalink : http://cdocs.helha.be/pmbgilly/opac_css/index.php?lvl=notice_display&id=74864 [article] Aspects virologiques, diagnostic et variants du SARS-CoV-2 : un virus au génome d’une grande plasticité [texte imprimé] / Marion Helary ; Maud Salmona ; Eve-Marie Walle ; Linda Feghoul ; Nadia Lahjoub ; Nathalie Schnepf ; Sarah Maylin ; Marie-Laure Chaix ; Jérôme Le Goff ; Constance Delaugerre . - 2022 . - p. 494-500. Fait partie du dossier "Infection par le SARS-COV-2 Langues : Français (fre) in La revue du praticien > Vol. 72, n° 5 (mai 2022) . - p. 494-500 Mots-clés : variants  Covid-19 Résumé : Le SARS-CoV-2 est un virus enveloppé à ARN monocaténaire linéaire non segmenté de polarité positive. L’enveloppe porte la protéine Spike (S) qui reconnaît le récepteur ACE2 sur la cellule cible et permet l’entrée du virus. Les nombreuses mutations sur la protéine S sont à l’origine d’une grande diversité génétique, impliquées dans le franchissement de la barrière d’espèce et l’échappement aux anticorps neutralisants. Le mode de transmission principal est respiratoire. Le virus réplique dès vingt-quatre heures après l’infection, et l’ARN viral est détecté par les techniques de diagnostic direct ; la technique de référence est la RT-PCR sur prélèvement nasopharyngé. Pour élargir le dépistage, la RT-PCR sur prélèvement salivaire et les tests antigéniques ont été développés. La majorité des patients développent des anticorps spécifiques en dix à quinze jours, qui sont détectables par les méthodes sérologiques ; il est recommandé de combiner la recherche des anticorps anti-N (nucléocapside) et anti-S. Le génome viral est doté d’une grande plasticité, et des variants ont émergé dès l’été 2020. Il en existe plusieurs classifications dont celle de l’Organisation mondiale de la santé qui attribue à chaque variant une lettre grecque. Enfin, Santé publique France a déployé un système de surveillance épidémiologique de ces variants à l’aide de techniques de criblage et de séquençage. Permalink : http://cdocs.helha.be/pmbgilly/opac_css/index.php?lvl=notice_display&id=74864

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Intérêts de la métagénomique clinique en infectiologie / Victor Euzen in La revue du praticien, Vol. 74, n° 1 (Janvier 2024)

Public ISBD [article]  inLa revue du praticien > Vol. 74, n° 1 (Janvier 2024) . - p. 63-68 Titre : Intérêts de la métagénomique clinique en infectiologie Type de document : texte imprimé Auteurs : Victor Euzen ; Théo Ghelfenstein-Ferreira ; Jérôme Le Goff ; Maud Salmona Année de publication : 2024 Article en page(s) : p. 63-68 Langues : Français (fre) Mots-clés : Infection Résumé : La métagénomique clinique (MgC) est un nouvel outil de biologie moléculaire dans l’arsenal diagnostique des microbiologistes. Elle permet de détecter sans a priori tous les micro-organismes présents. Utilisable sur tous types de prélèvements, elle nécessite plusieurs étapes (extraction, préparation des banques, séquençage par next generation sequencing, analyses bio-informatiques). Son utilisation en diagnostic a été décrite dans différentes pathologies (infections du système nerveux central, infections respiratoires, digestives, oculaires, cutanées et en cas de sepsis). En une seule analyse, la MgC permet également d’étudier le microbiome présent dans le prélèvement, d’analyser les transcrits microbiens et d’étudier la réponse de l’hôte. Sa place dans l’algorithme diagnostique doit faire l’objet d’études supplémentaires. En sus du diagnostic, la MgC a démontré son utilité dans la recherche de résistance aux traitements antimicrobiens, mais également en épidémiologie. Malgré les progrès visant à réduire les coûts, la MgC reste encore à l’heure actuelle plus coûteuse que les méthodes conventionnelles. La mise sur le marché de séquenceurs plus accessibles ainsi que le développement de tests commerciaux permettront l’utilisation de la MgC dans un plus grand nombre de laboratoires dans les années futures. Permalink : http://cdocs.helha.be/pmbgilly/opac_css/index.php?lvl=notice_display&id=81881 [article] Intérêts de la métagénomique clinique en infectiologie [texte imprimé] / Victor Euzen ; Théo Ghelfenstein-Ferreira ; Jérôme Le Goff ; Maud Salmona . - 2024 . - p. 63-68. Langues : Français (fre) in La revue du praticien > Vol. 74, n° 1 (Janvier 2024) . - p. 63-68 Mots-clés : Infection Résumé : La métagénomique clinique (MgC) est un nouvel outil de biologie moléculaire dans l’arsenal diagnostique des microbiologistes. Elle permet de détecter sans a priori tous les micro-organismes présents. Utilisable sur tous types de prélèvements, elle nécessite plusieurs étapes (extraction, préparation des banques, séquençage par next generation sequencing, analyses bio-informatiques). Son utilisation en diagnostic a été décrite dans différentes pathologies (infections du système nerveux central, infections respiratoires, digestives, oculaires, cutanées et en cas de sepsis). En une seule analyse, la MgC permet également d’étudier le microbiome présent dans le prélèvement, d’analyser les transcrits microbiens et d’étudier la réponse de l’hôte. Sa place dans l’algorithme diagnostique doit faire l’objet d’études supplémentaires. En sus du diagnostic, la MgC a démontré son utilité dans la recherche de résistance aux traitements antimicrobiens, mais également en épidémiologie. Malgré les progrès visant à réduire les coûts, la MgC reste encore à l’heure actuelle plus coûteuse que les méthodes conventionnelles. La mise sur le marché de séquenceurs plus accessibles ainsi que le développement de tests commerciaux permettront l’utilisation de la MgC dans un plus grand nombre de laboratoires dans les années futures. Permalink : http://cdocs.helha.be/pmbgilly/opac_css/index.php?lvl=notice_display&id=81881

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