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1 résultat(s) recherche sur le mot-clé 'laboratoire de chimie biologie structurale'
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Caractérisation d’inhibiteurs potentiels de l’interaction entre le domaine PWWP de la DNMT3B et le marqueur épigénétique H3K36me3 / Fauve UITTERHAEGEN
Titre : Caractérisation d’inhibiteurs potentiels de l’interaction entre le domaine PWWP de la DNMT3B et le marqueur épigénétique H3K36me3 Type de document : TFE / Mémoire Auteurs : Fauve UITTERHAEGEN, Auteur ; Johan Wouters, Directeur de la recherche Année de publication : 2017 Note générale : Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur. Langues : Français (fre) Mots-clés : biologie médicale Université de Namur laboratoire de chimie biologie structurale Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Remerciements
Présentation du lieu de stage........................................................................................................ 6
Introduction .................................................................................................................................. 7
1. Contexte général ....................................................................................................................... 8
1.1 Chromatine .......................................................................................................................... 8
1.2 Épigénétique ....................................................................................................................... 9
1.2.1 Méthylation de l’ADN ................................................................................................. 10
ADN méthyltransférases ................................................................................................. 11
I Isoformes des DNMTs ............................................................................................... 11
II Structure des DNMTs ............................................................................................... 11
1.2.2 Domaine PWWP ......................................................................................................... 12
1.2.3 Modifications des histones ........................................................................................ 13
1.3 Cancer ................................................................................................................................ 14
1.4 Fonctions de méthylation de l’ADN dans le cancer .......................................................... 15
1.4.1 Répression des gènes suppresseurs de tumeurs ....................................................... 15
1.4.2 Activation d’oncogènes .............................................................................................. 16
Reconnaissance du domaine PWWP de la DNMT3B avec le marqueur épigénétique
H3K36me3 ....................................................................................................................... 17
1.4.3 Inhibiteurs des DNMTs ............................................................................................... 18
2. Objectifs et stratégie ............................................................................................................... 19
3. Principes des techniques ......................................................................................................... 20
3.1 Surexpression du domaine PWWP de la DNMT3B............................................................ 20
3.1.1 Plasmide ..................................................................................................................... 20
3.1.2 Préculture ................................................................................................................... 21
3.1.3 Culture et induction à l’IPTG ...................................................................................... 21
3.2 Purification ........................................................................................................................ 23
3.2.1 Lyse bactérienne ........................................................................................................ 23
3.2.2 Chromatographie d’affinité ........................................................................................ 23
3.2.3 Dialyse et clivage histag ............................................................................................. 25
3.2.4 Chromatographie échangeuse d’ions ........................................................................ 26
3.3 Mesure de la concentration en protéine .......................................................................... 27
3.4 Gel SDS-Page ..................................................................................................................... 28
3.5 Fluorimétrie différentielle à balayage (DSF) ..................................................................... 30
5
3.6 Concentration de la protéine ............................................................................................ 31
3.7 Cristallogenèse .................................................................................................................. 32
3.7.1 Principes ..................................................................................................................... 32
3.8 Récupération des cristaux ................................................................................................. 34
3.9 Synchrotron soleil .............................................................................................................. 35
4. Matériel et Méthodes ............................................................................................................. 37
4.1 Surexpression du domaine PWWP de la DNMT3B............................................................ 37
4.1.1 Préculture ................................................................................................................... 37
4.1.2 Culture et induction à l’IPTG ...................................................................................... 37
4.2. Purification ....................................................................................................................... 38
4.2.1 Lyse bactérienne ........................................................................................................ 38
4.2.2 Chromatographie d’affinité 1 ..................................................................................... 38
4.2.3 Mesure de la concentration en protéine ................................................................... 39
4.2.4 Dialyse et clivage de l’histag ...................................................................................... 39
4.2.5 Chromatographie d’affinité 2 ..................................................................................... 40
4.2.6 Chromatographie échangeuse d’ions ........................................................................ 40
4.3 Gel SDS-Page ..................................................................................................................... 40
4.4 Fluorimétrie différentielle à balayage (DSF) ..................................................................... 41
4.5 Cristallographie ................................................................................................................. 42
4.5.1 Concentration de la protéine ..................................................................................... 42
4.5.2 Conditions cristallographiques ................................................................................... 42
4.5.2.a Essais réalisés dans des boîtes 24 puits............................................................... 42
4.5.2.b Essais réalisés dans des plaques 96 puits ............................................................ 43
4.5.3 Récupération des cristaux .......................................................................................... 44
5. Résultats et discussion ............................................................................................................ 45
5.1 Surexpression du domaine PWWP de la DNMT3B............................................................ 45
5.2 Purification ........................................................................................................................ 46
5.3 Fluorimétrie différentielle à balayage (DSF) ..................................................................... 51
5.4 Cristallogenèse .................................................................................................................. 57
5.5 Récupération des cristaux ................................................................................................. 60
Conclusion ................................................................................................................................... 63
Permalink : ./index.php?lvl=notice_display&id=65860 Caractérisation d’inhibiteurs potentiels de l’interaction entre le domaine PWWP de la DNMT3B et le marqueur épigénétique H3K36me3 [TFE / Mémoire] / Fauve UITTERHAEGEN, Auteur ; Johan Wouters, Directeur de la recherche . - 2017.
Le fichier numérique de ce document est disponible uniquement pour les membres de la Haute Ecole Louvain-en-Hainaut ainsi que ses étudiants. Veuillez vous connecter pour accéder à votre compte lecteur.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : biologie médicale Université de Namur laboratoire de chimie biologie structurale Index. décimale : TFE Bio Med TFE Biologie médicale Note de contenu : Table des matières
Remerciements
Présentation du lieu de stage........................................................................................................ 6
Introduction .................................................................................................................................. 7
1. Contexte général ....................................................................................................................... 8
1.1 Chromatine .......................................................................................................................... 8
1.2 Épigénétique ....................................................................................................................... 9
1.2.1 Méthylation de l’ADN ................................................................................................. 10
ADN méthyltransférases ................................................................................................. 11
I Isoformes des DNMTs ............................................................................................... 11
II Structure des DNMTs ............................................................................................... 11
1.2.2 Domaine PWWP ......................................................................................................... 12
1.2.3 Modifications des histones ........................................................................................ 13
1.3 Cancer ................................................................................................................................ 14
1.4 Fonctions de méthylation de l’ADN dans le cancer .......................................................... 15
1.4.1 Répression des gènes suppresseurs de tumeurs ....................................................... 15
1.4.2 Activation d’oncogènes .............................................................................................. 16
Reconnaissance du domaine PWWP de la DNMT3B avec le marqueur épigénétique
H3K36me3 ....................................................................................................................... 17
1.4.3 Inhibiteurs des DNMTs ............................................................................................... 18
2. Objectifs et stratégie ............................................................................................................... 19
3. Principes des techniques ......................................................................................................... 20
3.1 Surexpression du domaine PWWP de la DNMT3B............................................................ 20
3.1.1 Plasmide ..................................................................................................................... 20
3.1.2 Préculture ................................................................................................................... 21
3.1.3 Culture et induction à l’IPTG ...................................................................................... 21
3.2 Purification ........................................................................................................................ 23
3.2.1 Lyse bactérienne ........................................................................................................ 23
3.2.2 Chromatographie d’affinité ........................................................................................ 23
3.2.3 Dialyse et clivage histag ............................................................................................. 25
3.2.4 Chromatographie échangeuse d’ions ........................................................................ 26
3.3 Mesure de la concentration en protéine .......................................................................... 27
3.4 Gel SDS-Page ..................................................................................................................... 28
3.5 Fluorimétrie différentielle à balayage (DSF) ..................................................................... 30
5
3.6 Concentration de la protéine ............................................................................................ 31
3.7 Cristallogenèse .................................................................................................................. 32
3.7.1 Principes ..................................................................................................................... 32
3.8 Récupération des cristaux ................................................................................................. 34
3.9 Synchrotron soleil .............................................................................................................. 35
4. Matériel et Méthodes ............................................................................................................. 37
4.1 Surexpression du domaine PWWP de la DNMT3B............................................................ 37
4.1.1 Préculture ................................................................................................................... 37
4.1.2 Culture et induction à l’IPTG ...................................................................................... 37
4.2. Purification ....................................................................................................................... 38
4.2.1 Lyse bactérienne ........................................................................................................ 38
4.2.2 Chromatographie d’affinité 1 ..................................................................................... 38
4.2.3 Mesure de la concentration en protéine ................................................................... 39
4.2.4 Dialyse et clivage de l’histag ...................................................................................... 39
4.2.5 Chromatographie d’affinité 2 ..................................................................................... 40
4.2.6 Chromatographie échangeuse d’ions ........................................................................ 40
4.3 Gel SDS-Page ..................................................................................................................... 40
4.4 Fluorimétrie différentielle à balayage (DSF) ..................................................................... 41
4.5 Cristallographie ................................................................................................................. 42
4.5.1 Concentration de la protéine ..................................................................................... 42
4.5.2 Conditions cristallographiques ................................................................................... 42
4.5.2.a Essais réalisés dans des boîtes 24 puits............................................................... 42
4.5.2.b Essais réalisés dans des plaques 96 puits ............................................................ 43
4.5.3 Récupération des cristaux .......................................................................................... 44
5. Résultats et discussion ............................................................................................................ 45
5.1 Surexpression du domaine PWWP de la DNMT3B............................................................ 45
5.2 Purification ........................................................................................................................ 46
5.3 Fluorimétrie différentielle à balayage (DSF) ..................................................................... 51
5.4 Cristallogenèse .................................................................................................................. 57
5.5 Récupération des cristaux ................................................................................................. 60
Conclusion ................................................................................................................................... 63
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